Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI 2005 15/11/2005 Dr. Claudio Arlandini, PhD HPC...

Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI 2005 15/11/2005

Dr. Claudio Arlandini, PhDHPC System Administrator


CILEAProductive Unit for High Performance Computing

Support(http://www.cilea.it/servizi/b/)Hardware Resources

Exadron 32 & 64bit cluster: 256 CPUs Intel Xeon 3.06GHz + Myrinet

72 CPUs AMD Opteron 2.2GHz + Infiniband

HP Cluster:

SuperDome SD 64000 (64 CPUs) V2500 Enterprise Server (20 CPUs) 2 N4000 Enterprise Server (8 + 8

CPUs)

Vector Computing Machine:NEC SX-5/4s (4 CPUs)

(http://www.supercomputing.it/fcilea.htm)


CILEA High Performance Computing Resources(http://www.supercomputing.it/fcilea.htm)


Exadron 32bit cluster

O.S.: Linux Red-Hat 9256 CPU Intel XeonPeak performance: 1567 GFlops/sLinpack performance: 1084 GFlops/sClock: 3.06 GHzRAM: 2 GB/cpuDisks: 2 TB local + 6.4 TB sharedConn: Myrinet 2000 [message passing]

Gigabit ethernet [file sharing]


Exadron 64bit cluster

O.S.: Linux Fedora Core release 3 72 CPU AMD OpteronPeak performance: 317 GFlops/sClock: 2.2 GHzRAM: 1 GB/cpuDisks: 5.2 TB sharedConn: Infiniband 4X [message passing]

Myrinet 2000 [message passing]

Gigabit ethernet [file sharing]


HP SuperDome SD 64000

Model: SuperDome SD 64000O.S.: HP-UX 11.11 64 bit64 CPU PA-RISC PA-8700Peak performance: 192 GflopsClock: 750 MHzRAM: 64 GBDisks: 1600 GB


NEC SX-5/4s

Model: Nec SX-5/4s vector 4 CPUPeak performance: 16 GflopsClock: 250 MHz RAM: 16 GBDisks: 340 GbO.S.: Super-UX 10.2 64 bit


HP clusterHP cluster64 GF64 GF

SuperdomeSuperdome192 GF192 GF

Xeon clusterXeon cluster1567 GF1567 GF

Una storia di successo


Il CILEA è partner organizzatore del progetto LITBIO, Il CILEA è partner organizzatore del progetto LITBIO, laboratorio finanziato dal MIUR attraverso un bando FIRB laboratorio finanziato dal MIUR attraverso un bando FIRB 2003 per il periodo 2005-2010.2003 per il periodo 2005-2010.I principali obiettivi del laboratorio:I principali obiettivi del laboratorio:

• Rendere disponibile alla comunità bioinformatica italiana Rendere disponibile alla comunità bioinformatica italiana un supercalcolatore dedicato di altissimo livelloun supercalcolatore dedicato di altissimo livello• Costruire una solida piattaforma informatica per ogni tipo Costruire una solida piattaforma informatica per ogni tipo di analisi genomiche e proteomichedi analisi genomiche e proteomiche• Sviluppare attraverso la tecnologia Grid un network Sviluppare attraverso la tecnologia Grid un network europeo della bioinformaticaeuropeo della bioinformatica• Fungere da incubatore per nuove iniziative e da creatore Fungere da incubatore per nuove iniziative e da creatore di sinergie tra ricerca accademica e privata di sinergie tra ricerca accademica e privata


Michelangelo:Michelangelo:un nuovo supercalcolatore per la un nuovo supercalcolatore per la

Bioinformatica italianaBioinformatica italiana

Il progetto: Il progetto: • 364 cores AMD Opteron364 cores AMD Opteron• 1,6 TFlops/s peak performance1,6 TFlops/s peak performance• Infiniband 4XInfiniband 4X• Schede acceleratrici per Schede acceleratrici per algoritmi specificialgoritmi specifici


Analisi StrutturaleAnalisi Strutturale

TermofluidodinamicaTermofluidodinamica

Chimica & BioinformaticaChimica & Bioinformatica

Abbiamo la più vasta disponibilità di codici Abbiamo la più vasta disponibilità di codici commerciali e open-source per ogni settore di commerciali e open-source per ogni settore di

interesse computazionale,interesse computazionale,in particolare:in particolare:


ABAQUS NASTRAN PATRANABAQUS NASTRAN PATRANDYTRAN LS-DYNA ANSYSDYTRAN LS-DYNA ANSYS

RADIOSSRADIOSS


CFX FIDAP FLUENTCFX FIDAP FLUENTSTAR-CD TASCFLOW KIVA STAR-CD TASCFLOW KIVA


GAUSSIAN GAMESS CPMDGAUSSIAN GAMESS CPMDAMBER GROMACS NAMDAMBER GROMACS NAMD

CHARMM BLASTCHARMM BLAST


• Teniamo regolarmente corsi di:– Introduzione alle tecniche di calcolo parallelo e distribuito

– Elementi di XML per trattare e presentare i dati

– Introduzione alla programmazione orientata agli oggetti in C++

(http://www.cilea.it/corsi_CILEA/calcolo_ad_alte_prestazioni/calcolo_ad_alte_prestazioni.htm)

• Produciamo ed ottimizziamo codici su commissione• Forniamo assistenza all’utilizzo di codici commerciali e

strumenti di sviluppo alla bisogna creando sinergie tra competenze accademiche e richieste industriali


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