8/18/2019 Dinamica moleculara ppt

1/3

Dinamica moleculara: Introducere

• In conditii fiziologice, biomoleculele sufera mai multe miscari si modificari

• Scara de timp a acestor miscari este intre femtosecunde si secunde

•  Aceste miscari sunt esentiale pentru functia biomoleculelor 

Dinamica moleculara se bazeaza pe legea a doua a dinamici (legea lui Newton):

Miscarea atomilor x(t)

Se deduce din energia potentiala (x)

!nergia potentiala (x) a unei molecule include termeni de legatura

Deformarea legaturii

Indoirea ung"iurilor 

#otatia de torsiune

8/18/2019 Dinamica moleculara ppt

2/3

Diedre improprii

si termeni de nelegatura

Interactiuni electrostatice

Interactiuni an der $aals

!cuatia pentru termenii de legatura din energia potentiala

( ) 22 2

0 0 0 0( ) ( ) ( ) [1 cos( )]bonded l nbonds angles impropers torsions

V R k l l k k A nθ ω θ θ ω ω ϕ ϕ  = − + − + − + + −∑ ∑ ∑ ∑

!cuatia pentru termenii de nelegatura

min min

12 6

0

( ) ( [( ) 2( ) ]4

ij ij i j

nonbonded 

i j   ij ij r ij

r r q qV R

ij   r r r ε 

πε ε <= − +∑

ur

%iecare dintre aceste interactiuni exercita o forta asupra unui atom dat din molecula

%orta rezultanta se calculaza din functia energiei potentiale

Daca se cunoaste forta asupra unui atom se calculeaza miscarea:

Dinamica moleculara: Introducere

&a un moment de timp, t trebuie cunoscute:

• pozitia initiala a fiecarui atom x'

• iteza ' dx'*dt

8/18/2019 Dinamica moleculara ppt

3/3

• si acceleratia a'  d+x'*dt

+  m'%(x')

-ozitia x+ , a atomului dupa un interal de timp ∆t este,

2 1 1 x x v t = + ∆

iar iteza +,

1

1 12 1 1 1 1 1( )  xdV v v a t v m F x t v m t  

dx

− −= + ∆ = + ∆ = − ∆