ABI-7700 User Bulletin #5 - biomol.it · La pendenza delle log-linear phase riflette l’efficienza...
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ABI-7700 User Bulletin #5
3 www.biorad.com
2a.excitationfilters
2b.emissionfilters
1.halogentungstenlamp
4.sampleplate
3.intensifier5.ccddetector350,000pixels
Real-time qPCR
- La fluorescenza aumenta ad ogni ciclo in maniera proporzionale alla quantità di prodotto.
Comparing Ct Values
Curva di dissociazione Dopo l'amplificazione, i campioni vengono riscaldati
e la variazione dell'energia di fluorescenza viene monitorata per generare una curva di dissociazione
FRET
* stessa Tm (58-60° C)
* 15-30 basi di lunghezza
* contenuto in G+C del 30-80%
* no runs di 4 o più Gs (o altri nucleotidi)
* non più di due G+C all'estremità 3’
* nessuna G all'estremità 5'
* dimensioni dell'amplicone 50-150 bp
* scegliere le giunzioni esone esone nel cDNA
Molecole che hanno la massima sovrapposizione di spettro con il fluoroforo e non hanno una fluorescenza nativa (da qui il nome dark)
Quenchers: Dark Quenching
FRET
• il quencher è quasi sempre il Dabcyl
• multiplex
Al terminale 5’ del probe vi è il fluoroforo mentre al terminale 3’ vi è una sequenza (PCR primer) che è specifica per l’ estensione del target. Il probe è legato al terminale 5’ del PCR primer per mezzo di un “blocker”. Il Quencer si trova al 3’ di un oligo complementare alla sequenza del probe.
Sonde d’Ibridazione donatore
accettore
La pendenza delle log-linear phase riflette l’efficienza di amplificazione
L’efficienza di una reazione può essere calcolata con la seguente equazione: Eff = 10 (-1/slope) - 1
L’efficienza di una PCR ottimale dovrebbe essere circa 95-100% (pendenza ideale = -3.3)
Un gran numero di variabili possono influenzare l’efficienza della PCR. Tra questi fattori vi sono la lunghezza degli ampliconi, le
strutture secondarie, i primer stessi etc.
EFFICIENZA
Xn = X0(1+E)n
Xn = prodotto di PCR dopo il ciclo n; X0 = numero iniziale di copie E = efficienza di amplificazione n = numero di cicli
Quantificazione
ASSOLUTA i campioni sono quantificati in modo assoluto
Necessita di standard di cui si conosce la concentrazione assoluta (utilizzo di una standard curve)
Per tutti gli unknowns devono essere saggiate identiche quantità di campioni
RELATIVA la quantificazione viene effettuata paragonando i CT
Necessita di controlli endogeni (non si utilizza una standard curve)
Gli unknowns vengono “quantificati” paragonando il loro ΔCT con quello del controllo endogeno
10 7
10 6 10 5
10 4 10 3
10 2 10 1
15
2 3 4 5 6 7
Log10 quantity
Ct
unknown sample
3500 copies
35
25
1
Albumin (ALB) gene dosage by real-time PCR
The copy number of ALB (x) can be calculated as follows: y = -3.374x + 40.593, where the Ct value is substituted as y.
Plot di amplificazione
Numero di cicli
ΔCT
Sample Control
Quantizzazione assoluta curva standard, possibilmente con “lo stesso DNA” accuratezza nella quantizzazione dello standard Es. utile per la determinazione della carica virale di un campione
Quantizzazione relativa curva standard con un controllo “interno” diluizioni seriali di uno standard (hk gene) Es. utile per studi di espressione genica
Fold = 2ΔCt
Quantizzazione comparativa determinazione matematica il campione di riferimento (controllo vs hk gene) è considerato 1x Es. serve per verificare il trends di un analisi
Fold Change = 2ΔΔCt
IL1-bvit
RPLP0vit
IL1-bcon
RPLP0con
av=19.80
av=19.93
av=18.03
av=29.63
control
experiment
Quantizzazione Comparativa - metodo del ΔΔCt
Fold = 2ΔCT (assumendo efficienza del 100%)
2 ΔΔCt esprime la variazione del templato nelle due condizioni (assumendo efficienza del 100%)
Fold change = 211.40 = 2702
ma l'efficienza x IL1-beta è 96% Fold change = 1.9311.40 = 1800
Methylation detection
Quota residua di cellule neoplastiche non eradicate dalla terapia di induzione della remissione o dalle successive misure terapeutiche.
• Perché studiare l’espressione della tirosina Idrossilasi (TH) Le cellule di Neuroblastoma (NB) sintetizzano catecolamine il cui valore è alterato nel 95% dei pazienti. La TH è uno dei marker tumorali tessuto-specifici espresso dalle cellule di NB, ma non dagli altri tumori a piccole cellule rotonde. Anche i valori di HVA e VMA sono notevolmente aumentati.
• Pertanto l’espressione di questo enzima può essere utilizzata per identificare le metastasi midollari al momento della diagnosi e per monitorare lo stato della MRD (Minimal Residual Disease) in modo da individuare eventuali segnali precoci di ricaduta in pazienti in remissione clinica.
TH (Tirosina Idrossilasi)
Enzima che catalizza la prima reazione di biosintesi delle catecolamine
Rilevazione di diversi retrovirus umani mediante Multiplex Real-Time PCR
Primer x amplificare: Gene gag di HIV-1 Gene env di HIV-2 Gene tax di HTLV-1 Gene pol di HTLV-2
Usati beacon diverse associate a fluorofori specifici
Single-gene copy numbers
Barrois M et al. Clin Genet 2004 (www)