The Complete Nucleotide Sequence of a Common Cold Virus Human Rhinovirus

8/18/2019 The Complete Nucleotide Sequence of a Common Cold Virus Human Rhinovirus

1/17

V o l u m e

1 2

N u m b e r

2 0 1 9 8 4

N u c l e i c A c i d s R e s e a r c h

T l e

c o m p l e t e n u c l e o t f d e s e q u e n e

o f a

common c o l d

v w i r u s :

h u m a n

r h i n o v i r u s

1 4

G l y n S t a n w a y ,

P a m e l a

J . H u g h e s ,

R o g e r

C . M o u n t f o r d , P h i l i p D . M i n o r + a n d

J e f f r e y

W.Almond

D e p a r t m e n t o f

M i c r o b i o l o g y ,

U n i v e r s i t y o f L e i c e s t e r ,

U n i v e r s i t y

R o a d , L e i c e s t e r

L E I

7RH,

a n d

+ N a t i o n a l I n s t i t u t e f o r B i o l o g i c a l

S t a n d a r d s

a n d C o n t r o l , H o l l y H i l l , L o n d o n

NW3 6 R B , UK

R e c e i v e d 6

A u g u s t 1 9 8 4 ;

R e v i s e d

a n d A c c e p t e d

2 4 S e p t e m b e r

1 9 8 4

A B S T R A C T

T h e

c o m p l e t e n u c l e o t i d e s e q u e n c e

o f

t h e s i n g l e - s t r a n d e d R N A

g e n o m e o f h u m a n

r h i n o v i r u s 1 4 , o n e o f t h e c a u s a t i v e a g e n t s o f t h e c o m m o n

c o l d ,

h a s b e e n

d e t e r m i n e d

f r o m c D N A c l o n e d

i n E . c o l i .

T h e g e n o m e

i s t y p i c a l o f

t h e

p i c o r n a v i r i d a e f a m i l y , c o m p r i s i n g

a 5 '

n o n - c o d i n g r e g i o n

o f 6 2 4

n u c l e o t i d e s ,

a

l o n g o p e n r e a d i n g f r a m e

o f 6 5 3 7

n u c l e o t i d e s

( 9 0 . 8

*

o f

t h e g e n o m e )

a n d a

3 '


o f

4 7

n u c l e o t i d e s .

C o m p a r i s o n o f t h e n u c l e o t i d e

s e q u e n c e a n d t h e p r e d i c t e d a m i n o a c i d s e q u e n c e w i t h t h o s e

o f

t h e

p o l i o v i r u i s e s r e v e a l s

a

s u r p r i s i n g

d e g r e e o f h o m o l o g y

w h i c h m a y

a l l o w

r e c o g n i t i o n

o f

r e g i o n s

o f

a n t i g e n i c i m p o r t a n c e

a n d

p r e d i c t i o n

o f t h e v i r u s

p o l y p r o t e i n

c l e a v a g e s i t e s .

T h e r e s u l t s

p r e s e n t e d

h e r e

i m p l y

a

c l o s e r

g e n e t i c r e l a t i o n s h i p

b e t w e e n t h e

r h i n o v i r u s a n d

e n t e r o v i r u s

g e n e r a t h a n

p r e v i - o u s l y

s u s p e c t e d .

I N T R O D U C T I O N

H u m a n

r h i n o v i r u s e s

a r e

t h e

m a j o r

c a u s a t i v e

a g e n t s

o f

t h e

u p p e r

r e s p i r a t o r y t r a c t i n f e c t i o n s c o l l e c t i v e l y

k n o w n a s

t h e c o m m o n

c o l d ,

o n e o f

t h e

most

c o m m o n v i r u s

i n f e c t i o n s

o f man

( 1 ) .

T h e

h i g h

i n c i d e n c e

o f t h e

d i s e a s e c a n

b e

e x p l a i n e d ,

a t

l e a s t

p a r t i a l l y , b y

t h e

f a c t

t h a t

s e v e r a l

o f

t h e 1 1 5

i m m u n o l o g i c a l l y

d i s t i n c t

k n o w n r h i n o v i r u s

s e r o t y p e s

can c o - c i r c u l a t e

w i t h i n

a

c o m m u n i t y ( 2 , 3 ) .

S i n c e t h i s

s e r o t y p e d i v e r s i t y

e f f e c t i v e l y

p r e c l u d e s

a

v a c c i n a t i o n

p r o g r a m

b a s e d o n c o n v e n t i o n a l

m e t h o d s ,

t h e

e l u c i d a t i o n

o f

i t s m o l e c u l a r

b a s i s

i s

one

o f t h e

most

i m p o r t a n t

p r o b l e m s

i n

r h i n o v i r u s r e s e a r c h .

R h i n o v i r u s e s , i n c l u d i n g

h u m a n

r h i n o v i r u s e s ,

f o r m

one

g e n u s

o f t h e

f a m i l y

p i c o r n a v i r i d a e ( 4 ) . T h e y

s h a r e

t h e c o m m o n f e a t u r e s

o f

t h i s

f a m i l y ,

n a m e l y

a

2 5 n m

c a p s i d

o f

i c o s o h e d r a l

s y m m e t r y ,

m a d e

u p

o f 6 0

c o p i e s

o f e a c h o f

4

v i r u s

c o d e d

p r o t e i n s ( V P 1 - 4 )

a n d

e n c l o s i n g

a

s i n g l e - s t r a n d e d

RNA

g e n o m e

o f

a p p r o x i m a t e l y

7 5 0 0 n u c l e o t i d e s

( 5 - 7 ) .

T h e R N A i s

o f

p o s i t i v e p o l a r i t y ,

i s

p o l y - a d e n y l a t e d

a t

i t s 3 ' t e r m i n u s

a n d

h a s

a

s m a l l

p r o t e i n , V P g ,

c o v a l e n t l y

a t t a c h e d

t o t h e

5 '

t e r m i n u s

( 8 , 9 ) .

T h e

g e n o m e s

o f

r e p r e s e n t a t i v e s

o f

e a c h

o f

t h e

o t h e r

t h r e e

g e n e r a

o f

p i c o r n a v i r i d a e ,


( 1 0 - 1 4 ) ,

a p h t h o v i r u s

C 0

I

R L

P r e s s U m i t e d , O x f o r d , E n g l a n d .

7859


2/17

N u c l e i c

A c i d s R e s e a r c h

( 1 5 ) ,

a n d c a r d i o v i r u s

( 1 6 ) , h a v e b e e n

s e q u e n c e d , b u t t o

d a t e

n o

c o m p l e t e

s e q u e n c e

o f

a r h i n o v i r u s

g e n o m e

h a s b e e n p u b l i s h e d .

A s

p a r t o f - a s t u d y i n t o

t h e m o l e c u l a r

b a s i s

o f

s e r o t y p e d i v e r s i t y

o f

r h i n o v i r u s e s ,

w e h a v e

d e t e r m i n e d

t h e c o m p l e t e

n u c l e o t i d e

s e q u e n c e o f h u m a n

r h i n o v i r u s

1 4

( H R V - 1 4 ) .

T h e

s e q u e n c e p r e s e n t e d h e r e a l l o w s

c o m p a r i s o n s

t o

b e m a d e

b e t w e e n

e a c h

o f

t h e p i c o r n a v i r i d a e

g e n e r a a n d

o u r r e s u l t s i n d i c a t e t h a t H R V - 1 4

i s c l o s e l y

r e l a t e d

t o t h e

e n t e r o v i r u s e s .

M A T E R I A L S

A N D

M E T H O D S

V i r u s

H u m a n r h i n o v i r u s

1 4

( H R V - 1 4 ) ,

o b t a i n e d f r o m t h e M R C C o m m o n C o l d

U n i t ,

S a l i s b u r y ,

U . K . ,

w a s

p r o p a g a t e d

a t

3 3 0 C

i n

O h i o

H e L a

c e l l s g r o w n

i n

r o l l e r

t u b e s .

T h e v i r u s

w a s p u r i f i e d b y a d d i n g

1

N P 4 0

t o t h e c l e a r e d t i s s u e

c u l t u r e s u p e r n a t a n t

a n d

c e n t r i f u g i n g

( 1 0 0 , 0 0 0 g , 4 h o u r s )

t h r o u g h

a

1 5 - 4 5 %

s u c r o s e

g r a d i e n t .

M o l e c u l a r

c l o n i n Q

T h e

p u r i f i c a t i o n

o f

R N A f r o m

H R V - 1 4

a n d t h e

c l o n i n g

o f c D N A . R N A

h y b r i d s

i n t o

E . c o l i

J A 2 2 1

w e r e

a s d e s c r i b e d

p r e v i o u s l y

( 1 7 , 1 8 ) . T r a n s f o r m a n t s o f

p h e n o t y p e T e t r A m p s w e r e t e s t e d

f o r

t h e p r e s e n c e o f H R V - 1 4 s p e c i f i c c D N A b y

h y b r i d i z a t i o n u s i n g

t h e m e t h o d o f

G r u n s t e i n

a n d H o g n e s s

( 1 9 ) .

I n i t i a l l y , a

r a d i o a c t i v e p r o b e w a s

s y n t h e s i z e d

b y u s i n g r a n d o m

o l i g o n u c l e o t i d e s ,

g e n e r a t e d b y D N a s e l d i g e s t i o n

o f

s a l m o n s p e r m D N A ,

t o

p r i m e r e v e r s e

t r a n s c r i p t i o n o f H R V - 1 4 R N A . S u b s e q u e n t l y , p r o b e s

w e r e p r o d u c e d

b y

l a b e l l i n g

c D N A

b y n i c k t r a n s l a t i o n .

N u c l e o t i d e

S e q u e n c e A n a l y s i s

F i v e o v e r l a p p i n g c D N A s ,

t o g e t h e r

r e p r e s e n t i n g

t h e e n t i r e

g e n o m e

o f

H R V - 1 4 , w e r e

e x c i s e d

f r o m t h e p l a s m i d v e c t o r p A T

1 5 3

w i t h

P s t I

a n d t h e v i r u s

s p e c i f i c

f r a g m e n t s i s o l a t e d .

T h e c D N A

f r a g m e n t r e p r e s e n t i n g

t h e 3 '

t e r m i n u s

w a s

s u b - c l o n e d

i n t o

P s t I - d i g e s t e d

M 1 3

m p 9 .

T h e

f o u r

r e m a i n i n g

f r a g m e n t s w e r e

e a c h c i r c u l a r i z e d b y l i g a t i o n

a n d t h e n

s h e a r e d b y s o n i c a t i o n . T h e

r a n d o m

f r a g m e n t s t h u s

g e n e r a t e d

w e r e e n d - r e p a i r e d

b y t r e a t m e n t

w i t h

T 4

D N A

p o l y m e r a s e

I

a n d

f r a c t i o n a t e d

o n a 1 . 5 %

a g a r o s e

g e l .

D N A

i n

t h e s i z e

r a n g e

3 0 0 - 1 0 0 0

b a s e

p a i r s

w a s

e l e c t r o e l u t e d ,

s u b - c l o n e d

i n t o

S m a I - d i g e s t e d ,

p h o s p h a t a s e - t r e a t e d

M 1 3

m p 8

a n d

s e q u e n c e d b y

t h e

d i d e o x y n u c l e o t i d e

m e t h o d

( 2 0 , 2 1 ) .

N u c l e o t i d e

s e q u e n c e

d a t a t h u s

o b t a i n e d

were

c o l l a t e d a n d a s s e m b l e d

w i t h

t h e

a i d

o f a

D i g i t a l

P D P

1 1 / 4 4 c o m p u t e r u s i n g p r o g r a m s d e v e l o p e d b y

S t a d e n

( 2 2 ) .

7860


3/17

N u c l e i c


R E S U L T S

A N D

D I S C U S S I O N

M o l e c u l a r C l o n i n g

R N A e x t r a c t e d

f r o m

H R V - 1 4

w a s a n a l y z e d

b y g e l e l e c t r o p h o r e s i s

o n a

1

a g a r o s e

g e l a n d

s h o w n

t o

c o n s i s t

o f

a

d i s c r e t e

b a n d

c o r r e s p o n d i n g

t o f u l l

l e n g t h

R N A ,

a l t h o u g h c o n s i d e r a b l e

d e g r a d a t i o n

w a s

a l s o o b s e r v e d

( d a t a

n o t

s h o w n ) . A n

e s t i m a t e d

1 . 5 p g o f

t h i s

m a t e r i a l w a s

r e v e r s e t r a n s c r i b e d ,

y i e l d i n g

3 5 0 n g o f c D N A .

A f t e r

d C - h o m o p o l y m e r i c

t a i l i n g o f t h e

c D N A . R N A

h y b r i d

m o l e c u l e s ,

4 0 % o f

t h e m a t e r i a l ( 1 4 0 n g

o f c D N A )

w a s a n n e a l e d t o 3 O O n g

o f

d G - t a i l e d ,

P s t I - c u t

p A T

1 5 3

a n d

u s e d

t o t r a n s f o r m c o m p e t e n t

F . c o l i J A 2 2 1 .

6 7 4 c o l o n i e s

o f

p h e n o t y p e

T e t r

A m p s w e r e

p r o d u c e d , e q u i v a l e n t

t o

1 . 1 x 1 0

/ p g

o f R N A .

T h i s

r e s u l t i s

t y p i c a l f o r

t h e c l o n i n g o f

R N A v i r u s

g e n o m e s

u s i n g

t h i s m e t h o d

w h e n

E . c o l i J A 2 2 1 , w i t h

a r o u t i n e t r a n s f o r m a t i o n

e f f i c i e n c y o f

5 X 1 0 5 / p g o f s u p e r c o i l e d

p A T 1 5 3 ,

i s

u s e d

a s

t h e

h o s t

s t r a i n

( 1 7 , 1 8 ) .

A n a l y s i s

o f t h e

c o l o n i e s

b y f i l t e r h y b r i d i z a t i o n ,

u s i n g

t h e

r a n d o m l y - p r i m e d

c D N A p r o b e p r e p a r e d

a s

d e s c r i b e d i n

M e t h o d s ,

i d e n t i f i e d t h e

c l o n e s

p A M 1 - 4 a n d

p A M 6 - 9

r e p r e s e n t e d

i n F i g . 1 ( i n a d d i t i o n t o

s e v e r a l

o t h e r s n o t

s h o w n ) .

T h e s e w e r e p o s i t i o n e d

r e l a t i v e

t o e a c h

o t h e r

b y c r o s s

h y b r i d i z a t i o n

a n d r e s t r i c t i o n

e n z y m e m a p p i n g

a n d

w e r e f o u n d

t o o v e r l a p

t o

g i v e

a

c o n t i g u o u s s t r e t c h

o f

D N A


7 2 0 0 n u c l e o t i d e s

i n

l e n g t h .

T h e

o r i e n t a t i o n o f

t h e

c l o n e d

D N A w a s d e t e r m i n e d

b y

u s i n g a

c D N A

p r o b e

e n r i c h e d

f o r

3 '

s e q u e n c e s

( 1 7 ) . p A M

4

was

f o u n d , b y s e q u e n c e

a n a l y s i s ,

t o

t e r m i n a t e s h o r t

o f t h e 3 '

t e r m i n u s

s i n c e

i t d i d

n o t

c o n t a i n

a p o l y A

t r a c t .

W h e n

p A M 5 ,

s e l e c t e d o n

t h e b a s i s o f i t s h y b r i d i z a t i o n

w i t h t h e

3 Y - e n r i c h e d

5 '

1Iv

311

41

16

I

On

l i e d I I I

l g t 1 1 A ws

l i e d

I I I * i d 1 I I

Ee13

l u l

3 3

lo

-

I

.1.

1pAMS

pAM7

I p A M 9

3

AM1

*pAM2

~ ~

IAM

AM3

pAM4

r

pA M 5

F i g u r e

1 . O v e r l a p p i n g

c D N A c l o n e s

p r o d u c e d

b y

t h e

cDNA.RNA

m e t h o d ,

s p a n n i n g

t h e

g e n o m e

o f

H R V - 1 4 .

p A M

6 - 9

t e r m i n a t e

at

t h e

same

p o i n t , p r e s u m e d

t o b e

t h e

5 '

t e r m i n u s .

p A M

1 - 5

w er e

u s e d

t o

d e t e r m i n e

t h e

c o m p l e t e

g e n o m e

s e q u e n c e .

7861


4/17


p r o b e , w a s

s e q u e n c e d , i t w a s

f o u n d

t o c o n t a i n

a p o l y A t r a c t o f 2 0 r e s i d u e s

a n d w a s t h e r e f o r e

d e e m e d t o i n c l u d e t h e

3 ' t e r m i n u s . F i v e o f t h e

c l o n e s

a n a l y z e d

w e r e f o u n d ,

b y r e s t r i c t i o n e n z y m e

m a p p i n g , t o f o r m a

n e s t e d s e t a t

t h e

5 '

t e r m i n u s o f t h e c D N A .

S e q u e n c e a n a l y s i s

r e v e a l e d

t h a t

t h e s e

t e r m i n a t e d

a t a

p o i n t , w h i c h

b y i t s e x t e n s i v e h o m o l o g y

w i t h p o l i o v i r u s ( t h e

f i n a l

1 0 b a s e s

a r e

i d e n t i c a l

[ 1 0- 1 4 ] ) w a s p r e s u m e d t o

b e t h e 5 ' t e r m i n u s

o f

t h e

g e n o m e .

N u c l e o t i d e

s e q u e n c i n g

T h e

m a j o r i t y

o f t h e

n u c l e o t i d e

s e q u e n c e

o f t h e

c l o n e d

c D N A w a s determined

f r o m t h e

c l o n e s p A M 1 - 4 .

T h e s e q u e n c e o f t h e

3 '

t e r m i n a l 1 5 b a s e s

w a s

o b t a i n e d

f r o m p A M

5 .

T h e c o m p l e t e

g e n o m e s e q u e n c e

o f

H R V - 1 4 , t o g e t h e r

w i t h

t h e

p r e d i c t e d

a m i n o a c i d

s e q u e n c e

o f t h e

m a j o r o p e n r e a d i n g

f r a m e

i s

p r e s e n t e d i n

F i g . 2

( p r o t e i n

n o m e n c l a t u r e

i s i n

accordance w i t h

t h e L 4 3 4

s y s t e m p r o p o s e d

b y R u e c k e r t

a n d

W i m m e r

[ 2 3 ] ) .

T h e

n u c l e o t i d e s e q u e n c e

w a s

d e r i v e d

f r o m

1 4 0

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o f 7 7

c o d o n s

( s t a r t i n g p o s i t i o n 4 9 2 )

a n d o n e

o f

6 4 c o d o n s ( s t a r t i n g

p o s i t i o n 1 6 5 ) .

I n

n e i t h e r c a s e i s t h e r e

a n

e q u i v a l e n t

o p e n r e a d i n g f r a m e

i n

p o l i o v i r u s

a n d

t h e s e a r e t h e r e f o r e

o f q u e s t i o n a b l e

s i g n i f i c a n c e . O n e

p o t e n t i a l r e a d i n g

f r a m e ( s t a r t i n g a t p o s i t i o n 4 3 3 ) , c o d i n g

f o r a

p e p t i d e

o f

2 9 a m i n o

a c i d s ,

i s

c o n s e r v e d

b e t w e e n

H R V - 1 4

a n d


3 a n d t h i s

c o n t a i n s

t h e s t r e t c h

o f

2 3 i d e n t i c a l


( 1 3 , 1 4 ) .

H o w e v e r , t h e i n i t i a t i n g m e t h i o n i n e

c o d o n

i s a b s e n t i n t h e o t h e r t w o

p o l i o v i r u s s e r o t y p e s

a n d t h e r e f o r e

t h i s

o b s e r v a t i o n

i s a g a i n

d i f f i c u l t

t o i n t e r p r e t

( 1 2 ) . T h e

f a c t t h a t i n s e r t i o n s

o r

d e l e t i o n s h a v e t o

b e

i n s e r t e d

t o a l i g n

t h e

5 ' s e q u e n c e s

o f p o l i o v i r u s

t y p e

3

a n d

H R V - 1 4

s u g g e s t s

t h a t

t h e

r e g i o n

i s u n d e r

p r e s s u r e

t o b e

c o n s e r v e d

f o r r e a s o n s o t h e r t h a n p r o t e i n

c o d i n g .

I n t h i s

c o n n e c t i o n i t i s

i n t e r e s t i n g

t o n o t e t h a t

t h e n u c l e o t i d e c o m p o s i t i o n o f t h e r e g i o n ( A = 2 2 . 4 % , C=26.0,

G = 2 2 . 8 % ,

T = 2 8 . 8 % )

i s

d i f f e r e n t

f r o m t h a t o f t h e r e s t

o f

t h e

g e n o m e ( A = 3 3 . 0 % ,

C = 1 9 . 6 % ,

G = 2 0 . 2 % ,

T = 2 7 . 2 % ) .

T h e

h i g h e r

G + C c o n t e n t

p o s s i b l y

s u g g e s t s

t h a t

s e c o n d a r y

s t r u c t u r e

i n

t h e

5 '

u n t r a n s l a t e d

r e g i o n p l a y s

some

p a r t

i n

t h e

F i g u r e

2 . T h e

c o m p l e t e

n u c l e o t i d e

s e q u e n c e

o f

t h e

cDNA

r e p r e s e n t i n g

t h e

g e n o m e

o f

H R V - 1 4

t o g e t h e r

w i t h

t h e

p r e d i c t e d

a m i n o

a c i d

s e q u e n c e

o f

p o l y p e p t i d e s

e n c o d e d

b y

t h e

m a j o r

o p e n r e a d i n g

f r a m e . V e r t i c a l

arrows

i n d i c a t e

t h e

p o s i t i o n s

o f

p r o b a b l e


c l e a v a g e

s i t e s b a s e d

on

h o m o l o g y

w i t h

p o l i o v i r u s .

P r o t e i n s

are n a m e d i n

a c c o r d a n c e

w i t h t h e L 4 3 4

n o m e n c l a t u r e

p r o p o s e d

b y

R u e c k e r t a n d

W i m m e r

( 2 3 ) .

7869


12/17


5W

'

W4

W 2

W 3 WI

P 2 - A P 2 - I

P 2 - C

MP-A

P R O T E

P O L Y N A n

. . - - - 1 - - - . - - - - - - - - - - I - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 - - - 1 - - - - - - - -

I _ A A A ( N

C l e a v a g e

p o s n .

6 2 5

8 3 2

1 6 1 8 . 2 3 0 0

. 3 2 0 0 3 63 1

3 9 2 1

4 91 1 5 1 6 7

5 7 8 1

7 1 6 1

5 2 3 6

7 2 0 8

s e q u e n c e . N S Q G

Q T S 2 ) Y G M 2

Q C

Q 0

Q C

Q G Q G

E G Q G

F i g u r e

3 .

S c h e m a t i c

r e p r e s e n t a t i o n

o f

t h e H R V - 1 4

g e n o m e

s h o w i n g

t h e

p o s i t i o n

o f t h e

v i r u s

p r o t e i n s

a n d

t h e

p r e d i c t e d

c l e a v a g e

s i t e s .

r e p l i c a t i v e c y c l e

o f t h e

v i r u s .

T h e 5 '

r e g i o n s

o f

H R V - 1 4

a n d


3

a l i g n

f o r


6 0 0

n u c l e o t i d e s . A r o u n d t h i s

p o i n t

h o w e v e r , t h p r e i s

a d i v e r g e n c e

o f

s e q u e n c e

a n d

a t

p o s i t i o n 6 2 5 i n H R V - 1 4 t h e r e i s

a

m e t h i o n i n e

c o d o n

a t

t h e

s t a r t

o f t h e l o n g

o p e n

r e a d i n g f r a m e . I n

p o l i o v i r u s t y p e 3 t h e

n o n - c o d i n g

r e g i o n e x t e n d s f o r

a f u r t h e r 1 4 0 n u c l e o t i d e s .

T h i s

r e l a t i v e d e l e t i o n i n

H R V - 1 4

i s a n o t a b l e

f e a t u r e

i - n

v i e w o f

t h e

o t h e r w i s e

c l o s e

h o m o l o g y

a n d i t

w a s

t h e r e f o r e t h o u g h t

n p c e s s a r y t o

e n s u r e

t h a t

t h i s

w a s n o t a n

a r t e f a c t

p r o d u c e d

d u r i n g

c D N A c l o n i n g .

R e s t r i c t i o n e n z y m e

m a p p i n g o f p A M

6 - 9

o v e r

t h i s r e g i o n

c o n f i r m e d

t h a t t h e s e

c l o n e s

a r e

i d e n t i c a l i n

t h i s

r e s p e c t t o

p A M

2 , f r o m w h i c h t h e

s e q u e n c e w a s d e r i v e d ,

a n d

t h e r e f o r e t h e r e i s a

r a d i c a l

d i f f e r e n c e b e t w e e n

H R V - 1 4 a n d

p o l i o v i r u s t y p e 3

a t

t h i s

p o i n t .

A

m e t h i o n i n e

c o d o n

l o c a t e d a t

p o s i t i o n

6 2 5

i n i t i a t e s

a l o n g

o p e n

r e a d i n g

f r a m e

o f 2 1 7 8

c o d o n s a n d

t h i s

i s

s u f f i c i e n t

t o

c o d e

f o r a l l

t h e k n o w n v i r u s

p r o t e i n s

( 2 7 ) .

T h e

m o s t ;

s t r i k i n g f e a t u r e o f t h e

c o d i n g r e g i o n i s

a g a i n

t h e

c l o s e

h o m o l o g y

w i t h

t h e

p o l i o v i r u s e s . T h e

o v e r a l l a m i n o a c i d

h o m o l o g y

w i t h

p o l i o v i r u s

t y p e

3

v a r i e s f r o m

4 3 % i n V P 1

a n d

V P 3

t o

6 5 ' e i n

t h e p o l y m e r a s e

p r o t e i n

s u g g e s t i n g

t h a t

t h e

v i r u s

p r o t e i n s

h a v e

c l o s e l y

r e l a t e d

f u n c t i o n s .

T h e

h o m o l o g i e s

a r e

s l i g h t l y l e s s t h a n t h o s e

b e t w e e n t h e

p o l i o v i r u s e s a n d

a n o t h e r

e n t e r o v i r u s ,


7 0

( R y a n

e t a l

i n

p r e p a r a t i o n ) ,

b u t

m u c h

g r e a t e r t h a n

t h o s e

b e t w e e n

H R V - 1 4 a n d E M C V

( 1 6 )

o r

F M D V

( 1 5 ) ( s e e T a b l e

1 ) .

P r e v i o u s s t u d i e s

b a s e d

o n

R N A


h a v e

s u g g e s t e d

t h a t

t h e r e

i s

l i t t l e

h o m o l o g y b e t w e e n

p o l i o v i r u s a n d

h u m a n r h i n o v i r u s e s ,

i n c l u d i n g

H R V - 1 4 ,

a t

t h e

n u c l e o t i d e

s e q u e n c e

l e v e l

( 2 8 ) a n d

t h e r e f o r e t h e

e x t e n s i v e a m i n o

a c i d

h o m o l o g y

f o u n d

h e r e

i s

u n e x p e c t e d .

H o w e v e r ,

i t

h a s b e e n s h o w n

t h a t H R V - 1 4

a n d

s o m e

o f

t h e

o t h e r

r h i n o v i r u s e s s h a r e a c o m m o n

c e l l u l a r

r e c e p t o r

w i t h t h e

e n t e r o v i r u s , c o x s a c k i e A 2 1

( 2 9 ) .

T h e s e

v i r u s e s

m a y

t h e r e f o r e

b e r e l a t e d t o

s o m e

e x t e n t ,

a t l e a s t

i n

t h e

r e g i o n o f

t h e

c e l l u l a r

r e c e p t o r

b i n d i n g

s i t e .

T h e

h o m o l o g y w i t h

t h e


f a c i l i t a t e s

t h e

p r e d i c t i o n

o f t h e

c l e a v a g e

s i t e s

i n t h e


r e c o g n i z e d b y

t h e v i r u s

p r o t e a s e

t o

g e n e r a t e

t h e

v i r a l

p r o t e i n s

a n d t h e s e

a r e

s u m m a r i z e d

i n T a b l e

2 .

A s i n

t h e

7 8 7 0


13/17


T a b l e

1 .

H o m o l o g i e s

b e t w e e n t h e p r o t e i n s o f H R V - 1 4

a n d t h e

e q u i v a l e n t p r o t e i n s

o f o t h e r

p i c o r n a v i r u s e s .

H R V - 1 4

p o l i o v i r u s

t y p

p r o t e i n

( e n t e r o v i r u s :

V P 4

V P 2

V P 3

VP

1

P 2 - A

P 2 - B

P 2 - C

P 3 - - A

V P g

P r o t e a s e

P o l y m e r a s e

5 8

5 6

4 3

4 3

4 9

4 9

6 1

5 2

4 8

4 6

6 5

H o m o l o g y w i t h :

e

3

E M C V

( c a r d i o v i r u s )

n . h . d .

2 7

1 9

3 0

2 1

3 3

F M D V

( a p h t h o v i r u s )

n . h . d .

2 2

n . h . d .

3 5 ( V P g 1

1 4

3 3

n . h . d . = n o

h o m o l o g y

d e t e c t e d .

c a s e

o f p o l i o v i r u s e s ,

m a n y

o f

t h e s e

s e e m

t o o c c u r

b e t w e e n

g l u t a m i n e

a n d

g l y c i n e

r e s i d u e s ( 1 0 ) .

T h i s s e q u e n c e i s

n o t p r e s e n t ,

h o w e v e r ,

a t

t h e

V P 3 / V P 1

a n d

P 2 - B / P 2 - C

b o u n d a r i e s .

I n t h e

c a s e o f t h e f o r m e r ,

t h e

s e q u e n c e

g l u t a m i n e - t h r e o n i n e o c c u r s

t w i c e

a n d

g l u t a m i c

a c i d - g l y c i n e o n c e i n

t h e

a r e a

l i k e l y

t o b e t h e c l e a v a g e

j u n c t i o n ,

b u t

i t i s not k n o w n

w h i c h

i f

a n y

o f

t h e s e i s

r e c o g n i z e d

b y t h e

H R V - 1 4 p r o t e a s e .

I n

F M D V

( 1 5 ) ,

t h e

V P 3 / V P 1

c l e a v a g e i s

a t g l u t a m i n e - t h r e o n i n e

a n d

t h i s p o s s i b l y

s u g g e s t s

t h a t o n e

o f

t h e s e t w o

p o t e n t i a l

c l e a v a g e s i t e s i s

u s e d

i n

H R V - 1 4 . T h e m o s t l i k e l y

c l e a v a g e s i t e

i n

t h e

p r e d i c t e d r e g i o n o f

t h e P 2 - B / P 2 - C

b o u n d a r y

w o u l d

s e e m

t o

b e

g l u t a m i n e - a l a n i n e .

T h e s e r e s u l t s i m p l y

t h a t t h e

r h i n o v i r u s e n c o d e d

p r o t e a s e

i s

l e s s s t r i n g e n t i n

i t s s u b s t r a t e s p e c i f i c i t y t h a n

t h a t

o f

t h e

T a b l e

2 .

P r e d i c t e d

c l e a v a g e

s i t e s o f t h e

H R V - 1 4

p o l y p r o t e i n .

P r o t e i n b o u n d a r y

P r o b a b l e

c l e a v a g e

V P 4 / V P 2

A L N I S P N

V P 2 / V P 3

V P Q I G L P

V P 3 / V P 1 D T Q I T I S ?

I S Q I T V A ?

L T E I G L G ?

V P 1 / P 2 - A

K S Y I G L G ?

P R Y I G G I ?

P 2 - A / P 2 - B

E E Q I G L S

P 2 - B / P 2 - C

E R Q I A N D

P 2 - C / P 3 - A

L F Q I G P V

P 3 - A / V P g

Q T Q I G P Y

V P g / P r o t e a s e

V V Q I G P N

P r o t e a s e / P o l y m e r a s e

E K Q I

G Q V

7871


14/17


R e s e a r c h

p o l i o v i r u s e s . I n g e n e r a l ,

t h e

r e g i o n s a r o u n d t h e

c l e a v a g e s i t e s s h o w

t h e

g r e a t e s t d i v e r g e n c e

b e t w e e n

H R V - 1 4

a n d p o l i o v i r u s

t y p e 3

w i t h t h e

p r e s e n c e

o f

s e v e r a l s m a l l

d e l e t i o n s

o r

i n s e r t i o n s a n d

t h i s

a l s o

m a y b e

a

r e f l e c t i o n

o f t h e

d i f f e r i n g

s u b s t r a t e s p e c i f i c i t i e s . I t

i s

n o t e w o r t h y

t h a t

t h e r e

i s

o n l y

4 6 %

h o m o l o g y a t t h e a m i n o

a c i d

l e v e l

b e t w e e n

H R V - 1 4

a n d

p o l i o v i r u s

t y p e

3 i n

t h e

r e g i o n

o f

t h e

p r o t e a s e .

I n

c o n t r a s t ,

a t

t h e

V P 4 / V P 2

b o u n d a r y ,

w h o s e

p r o c e s s i n g

i s

u n i q u e i n

t h a t

i t

o c c u r s

d u r i n g

t h e

m a t u r a t i o n o f

t h e

v i r i o n

( 3 0 ) , 1 8

a m i n o

a c i d s

a r o u n d

t h e

c l e a v a g e j u n c t i o n

are

e x a c t l y

c o n s e r v e d

b e t w e e n

H R V - 1 4 a n d

p o l i o v i r u s

t y p e

3

( 1 3 , 1 4 ) .

T h e

d i s t i n c t i v e

n a t u r e o f t h e

c l e a v a g e

s i t e

( a s p a r a g i n e - s e r i n e )

a n d

t h e

t i m e - s c a l e o f

t h e

p r o c e s s i n g

s u g g e s t t h a t

t h i s

i s

p e r f o r m e d

b y

a

s e c o n d

v i r u s

p r o t e a s e

o r

o n e

s p e c i f i e d

b y

t h e h o s t . A s

w i t h

t h e

p o l i o v i r u s e s ,

t h e

V P 1 / P 2 - A

c l e a v a g e

p r o b a b l y o c c u r s a t

t y r o s i n e - g l y c i n e .

T h i s

s e q u e n c e

a p p e a r s

t w i c e

i n

t h e

a p p r o p r i a t e

r e g i o n

o f H R V - 1 4

a n d

c o m p a r i s o n

w i t h e n t e r o v i r u s

7 0

( R y a n

e t

a l ,

i n

p r e p a r a t i o n )

s u g g e s t s

t h a t

t h e

m o s t

C - t e r m i n a l

i s

u s e d .

I n

p o l i o v i r u s

t y p e

3 ,

a

m a j o r

a n t i g e n i c s i t e f o r

v i r u s

n e u t r a l i z a t i o n

h a s

b e e n

l o c a t e d a t

a m i n o a c i d

p o s i t i o n 9 2 - 9 9

o f V P 1

( 3 1 ) . B y

a l i g n i n g

h o m o l o g o u s

a m i n o

a c i d s

f l a n k i n g

t h i s s e q u e n c e ,

a

c o r r e s p o n d i n g r e g i o n

c a n

b e

i d e n t i f i e d

i n

H R V - 1 4

( n u c l e o t i d e p o s i t i o n

2 5 5 7 - 2 6 1 3 )

w h i c h h a s a

c o m p l e t e l y

d i f f e r e n t

p r i m a r y

s t r u c t u r e .

H y d r o p h i l i c i t y

p r o f i l e s

o f

t h e

c a p s i d

p r o t e i n s

o f

H R V - 1 4

a n d

p o l i o v i r u s t y p e 3

a r e

r e m a r k a b l y

s i m i l a r

a n d

s h o w t h i s

r e g i o n

t o

b e

h y d r o p h i l i c i n

b o t h c a s e s

( 3 2 , d a t a

n o t s h o w n ) . T h e s e o b s e r v a t i o n s

s u g g e s t

t h a t t h i s r e g i o n

m a y b e

a n a n t i g e n i c

s i t e

i n

H R V - 1 4

a g a i n s t

w h i c h

n e u t r a l i z i n g

a n t i b o d i e s

a r e

d i r e c t e d .

T h e r e i s

e v i d e n c e f o r

t h e

i n v o l v e m e n t

o f

a t

l e a s t t w o

o t h e r

a n t i g e n i c r e g i o n s

o f t h e

c a p s i d i n


o f


1

a n d 3

( 3 3 , P . D .

M i n o r , u n p u b l i s h e d ) .

T h e s e a r e l o c a t e d a t

p o s i t i o n

5 5 - 7 0

i n V P 3

a n d 2 8 4 - 2 9 1

i n V P I

o f p o l i o v i r u s .

I n

H R V - 1 4 t h e


r e g i o n s

a r e

a g a i n h y d r o p h i l i c

a n d h a v e

a

p r i m a r y s t r u c t u r e

d i s t i n c t

f r o m t h o s e o f

t h e

p o l i o v i r u s e s . I t

w i l l b e

i n t e r e s t i n g t o

t e s t

w h e t h e r s y n t h e t i c

p e p t i d e s


t o t h e s e

r e g i o n s i n d u c e

a n t i b o d i e s

w h i c h

n e u t r a l i z e H R V - 1 4 .

C o m p a r i s o n

w i t h h u m a n

r h i n o v i r u s 2

O n t h e

b a s i s

o f


b y

r e f e r e n c e

a n t i s e r a ,

a t

l e a s t 1 1 5

s e r o t y p e s

o f

h u m a n


a r e b e l i e v e d

t o

e x i s t

( 3 ) .

S o m e

o f

t h e s e

s e r o t y p e s c a n b e

g r o u p e d

o n

t h e

b a s i s o f

l o w - l e v e l ,

o n e - w a y o r

r e c i p r o c a l

c r o s s - r e a c t i v i t y

a n d t h e r e

i s

s o m e

e v i d e n c e

f o r

t h e

e x i s t a n c e

o f

i n t e r t y p e s

w h i c h

a r e r e l a t e d

t o

t w o

s e r o t y p e s

( 3 4 , 3 5 ) . H o w e v e r ,

l i t t l e

i s

k n o w n

a b o u t

t h e

o v e r a l l

d e g r e e

o f

h o m o l o g y

b e t w e e n

s e r o t y p e s

a t

t h e n u c l e o t i d e

o r a m i n o

7872


15/17


a c i d s e q u e n c e

l e v e l

a l t h o u g h o n e


s t u d y h a s

i n d i c a t e d t h a t

H R V - 1 A ,

H R V - 2

a n d

H R V - 1 4 s h a r e

n o

m o r e h o m o l o g y w i t h o n e

a n o t h e r

t h a n

e a c h

d o e s w i t h

p o l i o v i r u s t y p e 2 ( 2 8 ) .

R e c e n t l y

t h e s e q u e n c e o f

1 4 2 5


f r o m

t h e

3 '

t e r m i n u s

o f

t h e

g e n o m e

o f H R V - 2

h a s b e e n d e t e r m i n e d

( 3 6 ) .

T h i s

c o m p r i s e s

t h e p o l y m e r a s e

g e n e

a n d

t h e

3 ' n o n - c o d i n g

r e g i o n .

C o m p a r i s o n w i t h

t h e s e q u e n c e

o f H R V - 1 4

p r e s e n t e d

h e r e

p r o v i d e s

a

p r e l i m i n a r y e s t i m a t e o f

d i v e r s i t y

w i t h i n

t h e

r h i n o v i r u s g e n u s . I n c o n t r a s t t o

t h e d i f f e r e n t

p o l i o v i r u s s e r o t y p e s w h i c h a r e 9 7 %

h o m o l o g o u s t o e a c h o t h e r

i n

t h e

p o l y m e r a s e g e n e ( 1 7 ) , H R V - 2 a n d H R V - 1 4

a r e o n l y 5 5 % h o m o l o g o u s a t t h e a m i n o

a c i d

l e v e l .

T h i s

i s

t o

b e

e x p e c t e d

f r o m

t h e p r e v i o u s

r e p o r t

o f

t h e l o w

l e v e l

o f

n u c l e o t i d e

s e q u e n c e h o m o l o g y

a m o n g

t h e

r h i n o v i r u s e s ( 2 8 ) . M o r e

s u r p r i s i n g

h o w e v e r ,

i s

t h e

f a c t t h a t

H R V - 1 4 i s

m o r e

h o m o l o g o u s ,

a t

t h e l e v e l o f

p r e d i c t e d

a m i n o

a c i d s e q u e n c e ,

t o

p o l i o v i r u s ( 6 5 % )

t h a n i t

i s

t o

H R V - 2 .

T h e s e r e s u l t s

w o u l d s e e m t o

i n d i c a t e

t h a t

i n c o n t r a s t

to

t h e

w i d e

d i v e r s i t y

b e t w e e n

t h e

e n t e r o v i r u s e s , c a r d i o v i r u s e s a n d

a p h t h o v i r u s e s

( 1 5 , 1 6 ) , t h e r e

i s

a

c o n s i d e r a b l e

d e g r e e

o f

o v e r l a p

b e t w e e n t h e e n t e r o v i r u s a n d r h i n o v i r u s

g e n e r a i n t e r m s

o f

n u c l e o t i d e a n d a m i n o a c i d

s e q u e n c e h o m o l o g y .

T h i s

f i n d i n g

c a s t s d o u b t

o n

t h e

g e n e t i c

b a s i s

f o r

s e p a r a t i n g

t h e e n t e r o v i r u s e s

a n d


a n d

i t m a y b e

m o r e

a p p r o p r i a t e t o c o n s i d e r t h e m a s m e m b e r s o f

o n e

g e n u s

o f

t h e

p i c o r n a v i r i d a e

f a m i l y .

O n e

o f

t h e

i n t e r e s t i n g

f e a t u r e s

e v i d e n t

o n

c o m p a r i s o n

o f t h e

s e q u e n c e s

o f

t h e t w o

r h i n o v i r u s e s i s

t h e

h o m o l o g y

o f

t h e 3 '

n o n - c o d i n g r e g i o n s .

A t

4 7


t h i s

r e g i o n o f

H R V - 1 4

i s

o f

a s i m i l a r s i z e

t o

H R V - 2

( 4 2

n u c l e o t i d e s )

a n d

i s

i n c o n t r a s t t o

p o l i o v i r u s ( 7 2

n u c l e o t i d e s ) .

M o r e o v e r ,

d e s p i t e t h e

d i v e r g e n c e i n

t h e

p o l y m e r a s e g e n e ,

t h e r e i s

s o m e

h o m o l o g y i n t h e

n o n - c o d i n g r e g i o n b e t w e e n

t h e t w o

r h i n o v i r u s e s .

T h e r e

a r e b l o c k s o f i d e n t i t y

o f 7

( a t p o s i t i o n

7 1 7 2

i n

H R V - 1 4 )

a n d

5


( a t

p o s i t i o n 7 1 9 6 ) ,

t o g e t h e r

w i t h

s o m e

h o m o l o g y

i n t h e

i n t e r v e n i n g

r e g i o n .

T h e r e

are

n o

s u c h

b l o c k s

o f

h o m o l o g y

w i t h

t h e


w h e r e

t h i s

r e g i o n

i s a l m o s t

p e r f e c t l y c o n s e r v e d b e t w e e n t h e

t h r e e s e r o t y p e s ( 1 0 - 1 4) .

T h e

c o m p a r a t i v e

f e a t u r e s

o f

t h e n o n - c o d i n g

r e g i o n s w h i c h

h a v e b e e n d e s c r i b e d i n t h i s

p a p e r ,

n a m e l y

t h e

r e l a t i v e

d e l e t i o n i n t h e H R V - 1 4

5 '

n o n - c o d i n g

r e g i o n

a n d t h e

h o m o l o g y

b e t w e e n

H R V - 2

a n d

H R V - 1 4

i n

t h e

3 '

r e g i o n , r a i s e

t h e

i n t r i g u i n g

p o s s i b i l i t y

t h a t t h e s e

r e g i o n s

o f t h e r h i n o v i r u s

g e n o m e

a re i n v o l v e d

i n

d e f i n i n g

t h e

d i s t i n c t i v e c h a r a c t e r i s t i c s

o f t h e

r h i n o v i r u s e s .

T h i s

p o i n t

m a y

b e

e l u c i d a t e d

a s more

c o m p l e t e

r h i n o v i r u s

s e q u e n c e s

b e c o m e a v a i l a b l e .

7 8 73


16/17


R e s e a r c h

A C K N O W L E D G E M E N T S

We

a r e

i n d e b t e d t o

D r . G . C . S c h i l d f o r

h e l p f u l d i s c u i s s i o n s

a n d

f o r

h i s

encouragement

a n d

w o u l d l i k e

t o

thank J a n e

Stanway f o r

p r o o f - r e a d i n g

t h e

m a n u s c r i p t .

T h i s w o r k was

s u p p o r t e d b y t h e

M e d i c a l R e s e a r c h C o u n c i l

o f

G r e a t

B r i t a i n , g r a n t

n u m b e r

G 8 3 2 4 2 5 5 6 C B .

R E F E R E N C E S

1 . S t o t t , E . J . a n d

K i l l i n g t o n , R . A .

( 1 9 7 2 )

A n n .

R e v .

M i c r o b i o l .

2 6 ,

5 0 3 - 5 2 4 .

2 .

G w a l t n e y , J . M .

( 1 9 7 5 )

Y a l e J .

B i o l .

M e d .

4 8 ,

1 7 - 4 5 .

3 .

M e l n i c k , J . L . ( 1 9 8 0 )

P r o g .

M e d .

V i r o l .

2 6 , 2 1 4 - 2 3 2 .

4 .

C o o p e r , P . D . ,

A g o l , V . I . ,

B a c h r a c h , H . L . ,

B r o w n , F . ,

G 3 h e n d o n , Y . ,

G i b b s , A . J . ,

G i l ] e s p i e , J . H . ,

L o n b e r g - H o l m , K . ,

M e l n i c k , J . L . ,

M o h a n t y , S . B . ,

P o v e y , R . C . ,

R u e c k e r t , R . R . , S c h a f f e r , F . L .

a n d

T y r r e l l , D . A . J .

( 1 9 7 8 )

I n t e r v i r o l o g y

1 0 ,

1 6 5 - 1 8 0 .

5 .

M e d a p p a , K . C . ,

M c L e a n , C .

a n d

R u e c k e r t , R . R .

( 1 9 7 1 )

V i r o l o g y

4 4 ,

2 5 9 - 2 7 0 .

6 .

D i m m o c k , N . J .

( 1 9 6 6 )

N a t u r e

2 0 9 , 7 9 2 - 7 9 4 .

7 .

B r o w n , F . , N e w m a n , J . F . E . a n d

S t o t t , E . J .

( 1 9 7 0 )

J .

G e n . V i r o l .

8 ,

1 4 5 - 1 4 8 .

8 .

N a i r , C . N . a n d

O w e n s , M . J .

( 1 9 7 4 )

J . V i r o l .

1 i ,

5 3 5 - 5 3 7 .

9 .

G a u n t t , C . J .

( 1 9 8 0 )

I n t e r v i r o l o g y

1 3 , 7 - 1 5 .

1 0 .

K i t a m u r a , N . ,

S e m l e r , B . L . ,

R o t h b e r g , P . G . ,

L a r s e n , D . R . ,

A d l e r , C . J . ,

D o r n e r , A . J . ,

E m i n i , E . A . ,

H a n e c a k , R . , L e e , J . L . ,

va n d e r

W e r f , S . ,

A n d e r s o n , C . W .

a n d

W i m m e r , E .

( 1 9 8 1 )

Nature

2 9 1 ,

5 4 7 - 5 5 3 .

1 1 .

R a c a n i e l l o , V . R .

a n d

B a l t i m o r e , D .

( 1 9 R 1 )

P . N . A . S . U . S . A .

7 8 ,

4 8 8 7 - 4 8 9 1 .

1 2 .

T o y o d a , H . , K o h a r a , M . ,

K a t a o k a , Y . ,

S u g a n u m a T . ,

O m a t a , T . , I m u r a , N .

a n d

N o m o t o , A .

( 1 9 8 4 )

J .

M o l .

B i o l .

1 7 4 ,

5 6 1 - 5 8 6 .

1 3 .

S t a n w a y , G . , C a n n , A . J . ,

H a u p t m a n n , R . ,

H u g h e s , P . ,

C l a r k e , L . D . ,

M o u n t f o r d , R . C . ,

M i n o r , P . D . ,

S c h i l d , G . C .

a n d

A l m o n d , J . W . ( 1 9 8 3 )

Nucleic

A c i d s

R e s e a r c h

1 1 ,

5 6 2 9 - 5 6 4 3 .

1 4 .

S t a n w a y , G . ,

H u g h e s , P . J . ,

M o u n t f o r d , R . C . ,

R e e v e , P . ,

M i n o r , P . D . ,

S c h i l d , G . C .

a n d

A l m o n d , J . W .

( 1 9 8 4 )

P . N . A . S .

U . S . A .

8 1 ,

1 5 3 9 - 1 5 4 3 .

1 5 .

C a r r o l l , A . R . ,

R o w l a n d s , D . J .

a n d

C l a r k e , B . E .

( 1 9 8 4 )

N u c l e i c

A c i d s

R e s e a r c h

1 2 ,

2 4 6 1 - 2 4 7 2 .

1 6 .

P a l m e n b e r g , A . C . ,

K i r b y , E . M . ,

J a n d a , M . R . ,

D r a k e , N . L . ,

D u k e , G . M . ,

P o t r a t z , K . F .

a n d

C o l l e t t , M . S . ( 1 9 8 4 )

N u c l e i c


1 2 ,

2 9 6 9 - 2 9 8 5 .

1 7 .

C a n n , A . J . , S t a n w a y , G . ,

H a u p t m a n n , R . , M i n o r , P . D . ,

S c h i l d , G . C . ,

C l a r k e , L . D . ,

M o u n t f o r d , R . C .

a n d

A l m o n d , J . W .

( 1 9 8 3 )

N u c l e i c

A c i d s

R e s e a r c h

1 1 ,

1 2 6 7 - 1 2 8 1 .

1 8 .

S t a n w a y , G . ,

M o u n t f o r d , R . C . ,

C o x , S . ,

M i n o r , P . D . ,

S c h i l d , G . C . a n d

A l m o n d , J . W .

( 1 9 8 4 ) A r c h i v e s o f

V i r o l o g y .

8 1 ,

6 7 - 7 8 .

1 9 .

G r u n s t e i n , M . a n d

H o g n e s s , D . S . ( 1 9 7 5 )

P . N . A . S .

U . S . A . 7 2 , 3 9 6 1 - 3 9 6 5 .

2 0 .

D e i n i n g e r , P . ( 1 9 8 3 )

A n a l . B i o c h e m .

. 1 2 9 ,

2 1 6 - 2 2 3 .

2 1 .

S a n g e r , F . ,

N i c k l e n , S . and

C o u l s o n , A . R .

( 1 9 7 7 )

P.N.A.S. U . S . A .

7 4 ,

5 4 6 3 - 5 4 6 7 .

2 2 .

S t a d e n , R .

( 1 9 8 0 )

Nucleic

A c i d s Research

8 , 3 6 7 3 - 3 6 9 4 .

2 3 .

R u e c k e r t , R . R .

a n d W i m m e r , E .

( 1 9 8 4 )

J . V i r o l . 5 0 , 9 5 7 - 9 5 9 .

2 4 .

M a c n a u g h t o n , M . R . ,

D i m m o c k , N . J .

( 1 9 7 6 )

J .

G e n .

V i r o l .

3 0 ,

2 6 3 - 2 6 7 .

2 5 .

N a i r , C . N .

a n d

P a n i c a l i , D . L .

( 1 9 7 6 ) J . V i r o l .

2 0 ,

1 7 0 - 1 7 6 .

2 6 .

B u t t e r w o r t h , B . E .

( 1 9 7 3 ) V i r o l o g y

5 6 ,

4 3 9 - 4 5 3 .

2 7 .

A h l q u i s t , P . ,

K a e s b e r g , P .

( 1 9 7 6 ) N u c l e i c

A c i d s

Research

7 ,

1 1 9 5 - 1 2 0 4 .

2 8 .

Y i n , F . H . ,

L o n b e r g - H o l m , K . a n d C h a n , S . P . ( 1 9 7 3 )

J .

V i r o l .

1 2 ,

1 0 8 - 1 1 3 .

2 9 .

L o n b e r g - H o l m , K . , C r o w e l l , R . L . ,

a n d

P h i l i p s o n , L . ( 1 9 7 6 )

Nature

2 5 9

6 7 9 - 6 8 1 .

7 8 74


17/17


3 0 . R u e c k e r t , R . R .

( 1 9 7 6 ) C o m p r e h . V i r o l .

6 ,

1 3 1 - 2 1 3 .

3 1 .

M i n o r , P . D . ,

S c h i l d , G . C . ,

B o o t m a n , J . ,

E v a n s , D . M . A . ,

F e r g u s o n , M . ,

R e e v e , P . ,

S p i t z , M . ,

S t a n w a y , G . ,

C a n n , A . J . ,

H a u p t m a n n , R . ,

C l a r k e , L . D . ,

M o u i n t f o r d , R . C .

a n d

A l m o n d , J . W . ( 1 9 8 3 )

N a t u r e , 3 0 1 ,

6 7 4 - 6 7 9 .

3 2 .

H o p p , T . P . a n d

W o o d s , K . R .

( 1 9 8 1 ) P . N . A . S .

U . S . A .

7 8 ,

3 8 2 4 - 3 8 2 8 .

3 3 . W i m m e r , E . ,

J a m e s o n , B . A .

a n d

E m i n i , E . A .

( 1 9 8 4 ) Nature

3 0 8 ,

1 9 .

3 4 .

C o o n e y , M . K . ,

F o x , J . P .

a n d

K e n n y , G . E .

( 1 9 8 2 )

I n f e c t . I m m u n . 3 7 ,

6 4 2 - 6 4 7 .

3 5 .

H a ] f p a p , L . M .

a n d

C o o n e y , M . K .

( 1 9 8 3 ) I n f e c t .

I m m u n .

4 0 ,

2 1 3 - 2 1 8 .

3 6 . S k e r n , T . ,

S o m m e r g r u b e r , W . ,

B l a a s , D . , P i e l e r , C .

a n d

K u e c h l e r , E .

( 1 9 8 4 )

V i r o l o g y

1 3 6 , 1 2 5 - 1 3 2 .

7 8 7 5

The Complete Nucleotide Sequence of a Common Cold Virus Human Rhinovirus

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