SessionGénéque’’ - Muco CFTR

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Session Géné*que Marie Pierre Audrézet Caroline Raynal Emmanuelle Girodon

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Session  Géné*que    Marie  Pierre  Audrézet  Caroline  Raynal  Emmanuelle  Girodon  

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Session  Géné*que  –  Acte  I  Dépistage  néonatal  de  la  mucoviscidose  

Page 3: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Session  Géné*que  –  Acte  II  Le  casse  tête  des  corréla*ons  Génotype-­‐Phénotype  

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Session  Géné*que  –  Acte  III  Les  formes  fron*ères  en  conseil  géné*que  

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Dépistage  néonatal  de  la  mucoviscidose  l’apport  précieux  de  la  géné*que  moléculaire  

Marie  Pierre  Audrézet  Laboratoire  de  Géné3que  Moléculaire  

CHRU  BREST  marie-­‐pierre.audrezet@chu-­‐brest.fr  

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Plan  

§  Historique  –  Le  dépistage  néonatal  –  Les  muta*ons  du  gène  CFTR  

§  La  mise  en  place  en  France  en  2002  

§   Le  bilan  2002-­‐2013  

§  Etude  CASCADEMUCO  

Page 7: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Plan  

§  Historique  –  Le  dépistage  néonatal  –  Les  muta*ons  du  gène  CFTR  

§  La  mise  en  place  en  France  en  2002  

§   Le  bilan  2002-­‐2013  

§  Etude  CASCADEMUCO  

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Historique  

§  1970s  :  1ères  expériences  Européennes  de  dépistage  néonatal  de  la  mucoviscidose  

–  BM  test  :  dosage  de  l’albumine  dans  le  méconium  

§  1979  :  Crossley  et  al.  Lancet  

–  Eléva*on  de  la  trypsine  immunoréac*ve  (TIR)  dans  le  serum  des  nouveau  nés  a[eints  de  mucoviscidose  

–  Possibilité  de  dosage  à  par*r  de  taches  de  sang  séché    

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Historique  

§  1980s  :  Mise  en  place  de  programmes  de  dépistage  –  Australie,  Europe,  France  (Caen,  1980s,  Bretagne,  1988)  

Dosage  TIR  à  J5  

<  cut-­‐off   >  cut-­‐off  

Dosage  TIR  à  J21  

<  cut-­‐off   >  cut-­‐off  

Dépistage  Néga*f  

Test  de  la  sueur  

Points  Posi3fs   Points  Néga3fs  

Simplicité  Bonne  VPP  après  2nd  test  

Rappel  

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Historique  

§  1989  :  Iden*fica*on  du  gène  CFTR  et  de  la  muta*on  ∆F508  (c.Phe508del  ou  c.1521_1523del)  

Dosage  TIR  à  J5  

<  cut-­‐off   >  cut-­‐off  

Dosage  TIR  à  J21  Dépistage  Néga*f  

<  cut-­‐off   >  cut-­‐off  

Test  de  la  sueur  

Biologie  Moléculaire  

Posi*f   Néga*f  

Points  Posi3fs   Points  Néga3fs  

Simplicité  Excellente  VPP  après  BM  

Rappel  

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Historique  

§  Dans  les  années  1990s  

–  Expérience  Française  :  Bretagne  TIR  DNA  

ü Analyse  des  exons  7,  10  et  11  :  85%  des  muta*ons  

§  Autres  expériences  européennes  

–  Stratégie  :  TIR-­‐DNA  –  Différences  :  choix  des  muta*ons  

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Historique  

§  Les  muta*ons  du  gène  CFTR  depuis  l’iden*fica*on  du  gène  

0  

200  

400  

600  

800  

1000  

1200  

1400  

1600  

1800  

1989  

1990  

1991  

1992  

1993  

1994  

1995  

1996  

1997  

1998  

1999  

2000  

2001  

2002  

2003  

2004  

2005  

2006  

2007  

2008  

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Historique  

§  Spectre  de  répar**on  des  muta*ons  en  France  

F508del  :  67.18%  G542X  :                      2.86%  N1303K                      2.10%  1717-­‐1G>A            1.31%  

310  muta3ons  différentes  

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Plan  

§  Historique  –  Le  dépistage  néonatal  –  Les  muta*ons  du  gène  CFTR  

§  La  mise  en  place  en  France  en  2002  

§   Le  bilan  2002-­‐2013  

§  Etude  CASCADEMUCO  

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La  mise  en  place  du  DNN  en  France  

§  Stratégie  :  TIR-­‐DNA  §  Choix  du  kit  /  des  muta*ons  

–  Kit    :  3  Kits  commerciaux  ü Simple  d’u*lisa*on  ü Pas  d’appareillage  spécifique  ü Marquage  CE-­‐IVD    

–  Muta*ons  ü 80  %  de  couverture  ü Spécificités  régionales  ü Evolu*f  

–  Groupe  d’experts  («  Commission  ADN  »)  

Innolipa  Innogene*cs    

Ola  V3  Abbot  

Elucigene  CF20  Genprobe  

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La  mise  en  place  du  DNN  en  France  

§  Kit  Elucigene  CF20  

ü 80%  de  couverture  ü Spécificités  régionales  ü Evolu*f  

       

Bretagne  CF-­‐20  :  88.73%          

Pays  de  Loire  CF-­‐20  :  85.21%  

Normandie  CF-­‐20  :  85.56%  

Lyon  CF-­‐20  :  83.00%  

Bordeaux  CF-­‐20  :  74.52%  

Clermont-­‐Ferrand  CF-­‐20  :  82.06%  

Marseille  CF-­‐20  :  87.39%  

Toulouse  CF-­‐20  :  83.76%  

Lille  CF-­‐20  :  77.48%  

FRANCE  CF-­‐20  :  83.89%    

La  Réunion  CF-­‐20  :  

     c.1680-­‐886A>G        c.2657+5G>A        p.Y122X        c.3246-­‐26A>G  

     p.W846X        c.2657+5G>A        c.3140-­‐26A>G  

     p.W846X        c.2657+5G>A        c.262_263delTT          c.3140-­‐26A>G  

     c.2657+5G>A        c.262_263delTT        c.3246-­‐26A>G  

     c.1680-­‐886A>G        c.579+1G>T    

     c.1680-­‐886A>G        p.Y122X    

   c.579+1G>T    

     c.2657+5G>A        c.579+1G>T  

     p.Y122X  CF-­‐20+  

CF-­‐20+  :  82.06%  

CF-­‐20+  :  86.44%  

CF-­‐20+  :  92.11%  

CF-­‐20+  :  88.61%   CF-­‐20+  :  82.48%  

CF-­‐20+  :  84.80%  CF-­‐20+  :  89.33%  

CF-­‐20+  :  81.46%  

CF-­‐20+  :  86.68%  

CF-­‐20+  :  87.82%  

Page 17: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

La  mise  en  place  du  DNN  en  France  

§  Kit  Elucigene  CF30  –  Développé  spécifiquement  pour  la  France  –  Taux   de   détec*on   des  muta*ons   du   gène  CFTR   supérieur   ou   égal   à  

80%  chez  tous  les  pa*ents  dépistés.  

Page 18: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

La  mise  en  place  du  DNN  en  France  

Dosage  de  la  TIR  :  22  laboratoires  régionaux    

Page 19: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

La  mise  en  place  du  DNN  en  France  

Toulouse  Montpellier  

Lyon  

Caen  

Necker  Trousseau  

Reims  

Brest  

Lille  

Biologie  Moléculaire  :  9  laboratoires  

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La  stratégie  

Dosage  TIR  à  J3  >  65µg/L  

Diagnos3c  de  Mucoviscidose  

Test  de  la  sueur  

Recherche  des  30  principales  muta*ons  

Iden*fica*on  de  la  (des)  anomalies  moléculaires  

2  muta*ons   1  muta*on   0  muta*on  

Test  de  la  sueur  

Si  TIR  à  J3  <  100  µg/L  

Si  TIR  à  J3  ≥  100  µg/L  

Dosage  TIR  à  J21  

Pa3ent  NON  abeint  

≥  40   <  40  

≥  60  mmol/L   30-­‐  59  mmol/L   <  30  mmol/L  

Diagnos3c  de  Mucoviscidose  

Pa3ent    NON  abeint  

Contrôle  Test  de  la  sueur  

Scanning  complet  du  gène  CFTR  

Page 21: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Plan  

§  Historique  –  Le  dépistage  néonatal  –  Les  muta*ons  du  gène  CFTR  

§  La  mise  en  place  en  France  en  2002  

§   Le  bilan  2002-­‐2013  

§  Etude  CASCADEMUCO  

Page 22: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  bilan  du  DNN  en  France  –  2002-­‐2013  

                                   CRCM

CRCM

Recherche  des  30  mutations  (n=49  679)  (0.53%)

Nouveau  nés    TIR  J3  

(n=  9  233  748)

TIR < seuil

2 mutations (n= 1 398)

Test de la sueur

Si  TIR  J3  >  100,  ou  si  pas  de  test  génétique  Convocation  TIR  J21  

(2006-­‐2013  n=4  885  /  6  349  302)  (600/an)  

TIR < seuil TIR ≥ seuil

1 mutation (n= 4 180)

Test de la sueur et évaluation

clinique

Test de la sueur et évaluation clinique

(n ≈ 90/an)

TIR ≥ seuil

1839  pa3ents  

42  pa3ents  

0.5%  des  enfants  ont  une  TIR  à  J3  supérieure  au  seuil  Sans  la  BM  :  49  679  enfants  rappelés  pour  TIR  J21  1881  pa3ents  abeints  

0 mutation

Page 23: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  bilan  du  DNN  en  France  –  2002-­‐2013  

§  Les  performances  du  Kit  CF30  

–  1881  pa*ents  ü 2  muta*ons  :  1  398  74.3%  ü 1  muta*on  :  441    23.4%  ü 0  muta*on    :  42        2.3%  

–  Fréquence  allélique  ü 3762  allèles  ü 3237  allèles  iden*fiés  86.0%  

 

Scanning  complet  du  gène  CFTR  

Iden3fica3on  du  génotype    chez  99,7%  des  enfants    

Page 24: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  bilan  du  DNN  en  France  –  2002-­‐2013  

§  Les  muta*ons  iden*fiées    

 

ü   30  muta*ons  du  kit  

ü Toutes  les  muta*ons  retrouvées  

ü 6  muta*ons  >  1%  

ü   Plus  de  200  autres  muta*ons  

à  Variabilité  allélique  

 

Page 25: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  bilan  du  DNN  en  France  –  2002-­‐2013  

§  25  ans  d’étude  du  gène  CFTR  

Impacts  fonc*onnels  des  muta*ons  du  gène  CFTR  

Muta3ons  sévères  «  A  »   Muta3ons  modérées  «  B  »  

Polymorphismes  

Effet  inconnu  «  D  »  

Spectre  variable  «  (A/B)  »  

Page 26: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  bilan  du  DNN  en  France  –  2002-­‐2013  

§  Classifica*on  des  génotypes  :    

Classification  des  génotypes  

A  A   A   B   A   (A/B)   (A/B)  (A/B)   A  D   B   B   B   D  

Diagnos3c    de  mucoviscidose  

Test  de  la  sueur  

≥  60  mmol/L   30-­‐  59  mmol/L   <  30  mmol/L  Formes  fron3ères  

ou  CFTR-­‐RD  

1881  pa*ents  1604  :  mucoviscidose  

   277  :  Forme  fron*ère   R117H  

Page 27: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  bilan  du  DNN  en  France  –  2002-­‐2013  

§  L’évolu*on  du  dépistage  –  Décision  en  février  2014  d’enlever  la  muta*on  R117H  

§  Kit  CF30  V2  au  1er  janvier  2015  

§  Bilan  au  30  juin  2015  Période   2010-­‐2014   Janvier-­‐juin  2015  

Pop  testée   4  081  311   385  827  

Pa*ents  a[eints   696   66  

Hétérozygotes   1264   126  

Hétérozygotes  R117H  

123   1  (janvier)  

Page 28: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Plan  

§  Historique  –  Le  dépistage  néonatal  –  Les  muta*ons  du  gène  CFTR  

§  La  mise  en  place  en  France  en  2002  

§   Le  bilan  2002-­‐2013  

§  Etude  CASCADEMUCO  

Page 29: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Evalua*on  rétrospec*ve  du  recours  au  dépistage    en  cascade  chez  les  apparentés  de  pa*ents    a[eints  de  mucoviscidose  –  Dépistage  en  cascade  :  test  perme[ant  aux  apparentés  d’un  pa*ent  de  

savoir  s’ils  sont  porteurs  ou  non  de  la  muta*on  qui  ségrége  dans  leur  famille  

–  Finalité  :    ü Rassurer  les  apparentés  sur  leur  statut    ü Repérer  de  nouveaux  couples  à  risque  qui  pourront  bénéficier  d’un  conseil  géné*que  et  avoir  recours  au  diagnos*c  prénatal  lors  des  grossesses  à  venir  

Aucune  étude  en  France  ni  en  Europe  

Page 30: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Popula*on  d’étude  –  Familles  de  pa*ents  nés  dans  le  Finistère  entre  1980  et  2004  

§  Recueil  des  données  

§  Confronter  les  données  généalogiques  et  moléculaires  

Centres  soins  &  VLM  Informa*on  des  pa*ents  

+/-­‐  parents    

 

Familles    Réalisa*on  de  l’arbre  

généalogique  

 

Labo.  géné3que  Synthèse  des  tests  géné*ques  réalisés  

Page 31: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

Patients nés dans le Finistère entre 1980 et 2004

n=128

Patients éligibles n=119

Patients non inclus n= 75

Refus de participation : n=22 Non réponse : n=43

Patients inclus n=44

Patients analysables n=40

Autres patients CF de la fratrie n=7

Patients adoptés n=2

Données incomplètes n=4

Patients non contactés n=10

Patients contactés n=109

Page 32: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Résultats  –  Descrip*on  des  familles  

ü 40  familles  ü 1301  membres  ü 459  apparentés  éligibles  (11.5/famille)  

–  Taux  de  recours  ü 185  apparentés  éligibles  hors  parents  ont  fait  le  test  ü Taux  de  recours  :  40.7%  

éligiblespersonnesdenombretestéespersonnesdenombrerecoursdeTaux =

Page 33: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Age  des  apparentés  au  test  –  Age  médian  :  31.2  ans  –  2  pics  

§  Délai  pour  se  faire  tester  –  Délai  médian  :  1,4  ans  –  45%  testés  la  première  année  

Âge  moyen  au  1er  enfant  

Âge  post-­‐reproduc*f  

Page 34: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Résultats  :    –  Influence  du  sexe  :  Femmes  plus  testées  –  Influence  du  risque  à  priori  

Variables Proportion testée Analyse univariée Analyse multivariée n (%) OR IC à 95 % p OR IC à 95 % p

Sexe de l'apparenté (n=459) Femme 106 / 230 46,1 % 1,64 [1,15 ; 2,32] 0,006 1,52 [1,04 ; 2,23] 0,031 Homme 79 / 229 34,5 % 1,00 1,00

Risque a priori d'être porteur (n=459) 2/3 (Fratrie) 17 / 19 89,5 % 31,75 [6,32 ; 159,64] <0,001 30,13 [5,74 ; 158,27] <0,001 1/2 (Oncles/tantes, grands-parents) 134 / 269 49,8 % 3,68 [1,52 ; 8,89] 0,004 3,61 [1,48 ; 8,81] 0,005 1/4 (Cousins) 34 / 157 21,7 % 1,00 1,00 1/8 (Enfants de cousins) 0 / 14 0,0 %

Mode de diagnostic du probant (n=459) - Signes cliniques 112 / 284 39,4 % 0,91 [0,52 ; 1,59] 0,743 Dépistage néonatal 73 / 175 41,7 % 1,00

Un  projet  parental  ou  une  grossesse  38,4%  des  apparentés  éligibles  testés  

Page 35: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Résultats  –  Impact  en  santé  publique  

Familles  (n=40)  

Apparentés  (n=955)  

Porteurs  (n=5)  

Apparentés  éligibles  (n=459  –  48.1%)  

Testés  (n=185  –  40.3%)  

Non  testés  (n=274  –  59.7%)  

Porteurs    (n=98  –  53.0%)  

Déduits  non  porteurs  (n=40)  

Apparentés  non  éligibles    déduits  non  porteurs  (n=120)  

             

•   87  apparentés  testés  non  porteurs        ●  60  couples  d’apparentés  porteurs  

 

Couples  à  risque  ¼    (n=5)  

Rassurer  les  apparentés    et  les  couples  

Non  porteurs    (n=87  –  47.0%)  

Non  porteurs  (n=60)  

Conjoints  testés  (n=65)  

Page 36: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Etude  CASCADEMUCO  

§  Résultats  –  Impact  en  santé  publique  

Familles  (n=40)  

Apparentés  (n=955)  

Non  porteurs  (n=60)   Porteurs  (n=5)  

Apparentés  éligibles  (n=459  –  48.1%)  

Testés  (n=185  –  40.3%)  

Non  testés  (n=274  –  59.7%)  

Non  porteurs    (n=87  –  47.0%)  

Porteurs    (n=98  –  53.0%)  

Déduits  non  porteurs  (n=40)  

             

8  diagnos3cs  prénatals  ●  5  fœtus  CF  →  IMG      

Couples  à  risque  ¼    (n=5)  

Détecter de nouveaux

couples à risque

Conjoints  testés  (n=65)  

Page 37: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Merci  pour  votre  aben3on  

Page 38: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Session  Géné*que  –  Acte  II  

Le  casse  tête  des  corréla3ons  Génotype-­‐Phénotype  

Caroline  Raynal  Laboratoire  de  Géné3que  moléculaire  

CHU  de  Montpellier  [email protected]  

Page 39: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  varia*ons  de  la  séquence  du  gène  CFTR  

h[p://www.genet.sickkids.on.ca/  

Mars  2016  :  2007  varia3ons  différentes  décrites  au  niveau  interna3onal  

Page 40: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

ABCD  

Le  spectre  phénotypique  de  la  pathologie  du  CFTR    Mucoviscidose  «  classique  »  

ñ  Sévérité  

Mucoviscidose  «  atypique  »  

CFTR-­‐Related  Disorders    (CFTR-­‐RD)  

Pancréa3tes  PS  

Adulte  Dilata3ons  des  bronches  

et  abeintes  ORL  

Corréla3on  génotype-­‐phénotype    

=    quelles  muta3ons  impliquées  dans  les  

différents  phénotypes  ?  

Page 41: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Protéine  immature  

D’après  une  illustra*on  du  laboratoire  Vertex    

La  classifica*on  «  fonc*onnelle  »  des  muta*ons  Tsui,  1992;  Welsch  &  Smith,  1993  

Classe  I  Défaut  de  synthèse  

Classe  III  Défaut  de  régula3on  

Classe  IV  Défaut  de  conductance  

Classe  V  Défaut  d’épissage  

Classe  VI  Défaut  de  stabilité  

Classe  II  Défaut  de  matura3on  

Page 42: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

La  classifica*on  «  fonc*onnelle  »  des  muta*ons  Tsui,  1992;  Welsch  &  Smith,  1993  

+  

-­‐  

Permet  de  sélec*onner  les  pa*ents  éligibles  aux  thérapies  ciblées      

La  plupart  des  muta*ons  sont  classées  a  priori  (posi*on  ou  type  de  muta*on)  

Variants  rares  difficiles  à  classer  :  études  fonc*onnelles  rarement  réalisées    

Une  muta*on  peut  appartenir  à  plusieurs  classes  

Page 43: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

p.Glu831*  (E831X)  -­‐  exon  15  (14a)  

Classe  I  Défaut  de  synthèse  Muta*on  «  Non-­‐sens  »  =  codon  Stop  prématuré  

Hinzpeter  A.  et  al.  2010   Pa*ents  CF  mais  phénotype  moins  sévère  

1

23 Classe  I  +  V  

Page 44: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

La  classifica*on  «  phénotypique  »  des  muta*ons  Castellani  et  al.,  2008  

Transmission  autosomique  récessive    Malade  =  2  allèles  mutés  (mut.  en  trans)  

Interpréter  le  génotype    

D   Significa3on  (clinique)  inconnue  

C  

Neutre  

B  

CFTR-­‐Related  Disorders    (CFTR-­‐RD)  

A  

Mucoviscidose  

A/B  

Variants  rares  

Page 45: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

La  classifica*on  «  phénotypique  »  des  muta*ons  

+  

-­‐  

Prend  en  compte  le  génotype  (muta*on  en  trans)    

Basée  sur  un  faisceau  de  données:  épidémiologiques,  fonc*onnelles…  

Biais  possibles  

La  classe  du  variant  peut  être  différente  selon  la  popula3on  de  référence  

Page 46: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  bases  de  données  dédiées  au  gène  CFTR  

236 mutations caractérisées version  13  août  2015  

88 664 patients CF http://www.cftr2.org/

4 615  individus    

Patients CF et CFTR-RD Hétérozygotes composites asymptomatiques

737 variants version  janvier  2016  

CFTR-France

A   A/B   B  et  C  

Collabora*on  avec  le  Registre  Français  de  la  Mucoviscidose  

Page 47: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

p.Leu206Trp  (L206W)  -­‐  exon  6  

Classe  A  

CFTR-­‐France  

Classe  A/B  

Page 48: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  facteurs  modificateurs  du  phénotype  

Autres  varia3ons  CFTR  Allèles  complexes  Variants  neutres  

Epigéné3que  

miRNA  

Environnement  

Gènes  modificateurs  Réponse  inflammatoire  Transporteurs  membranaires  

GENOTYPE   PHENOTYPE  

Page 49: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  facteurs  modificateurs  du  phénotype  

Autres  varia3ons  CFTR  Allèles  complexes  Variants  neutres  

Epigéné3que  

miRNA  

Environnement  

Gènes  modificateurs  Réponse  inflammatoire  Transporteurs  membranaires  

GENOTYPE   PHENOTYPE  

Page 50: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Autres  varia*ons  du  gène  CFTR  

Romey  MC.  et  al.  1999   c.-­‐102T>A  associée  en  cis  à  p.Ser549Arg  (Classe  II)  

5’   3’  

ATG   TAG  

Promoteur  

c.-­‐102T>A    

ì  Quan*té  d’ARN  messager  de  CFTR  

ì Quan*té  de  protéine  CFTR  produite    

Page 51: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  facteurs  modificateurs  du  phénotype  

Autres  varia3ons  CFTR  Allèles  complexes  Variants  neutres  

Epigéné3que  

miRNA  

Environnement  

Gènes  modificateurs  Réponse  inflammatoire  Transporteurs  membranaires  

GENOTYPE   PHENOTYPE  

Page 52: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Gènes  «  modificateurs  »  du  phénotype  

muta3ons  CFTR  /  gènes  modificateurs  

voies  respiratoires  

complica*ons  hépato-­‐biliaires  

intes*n  

pancréas  endocrine  

pancréas  exocrine  

glandes  sudoripares  

tractus  génital  

A[einte  respiratoire  –  inflamma*on  Colonisa*on  bactérienne  

...  

Page 53: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  facteurs  modificateurs  du  phénotype  

Autres  varia3ons  CFTR  Allèles  complexes  Variants  neutres  

Epigéné3que  

miRNA  

Environnement  

Gènes  modificateurs  Réponse  inflammatoire  Transporteurs  membranaires  

GENOTYPE   PHENOTYPE  

Page 54: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Merci...  

Laboratoire  de  Géné*que  Moléculaire  (Pr.  M.  Koenig)  

CFTR-­‐France  (Pr.  M.  Claustres)   Corinne  Bareil,  Corinne  Thèze  Collaborateurs…  

Anne  Bergougnoux,  Fanny  Verneau,  Jean-­‐Pierre  Al*eri,  Lise  Larrieu    Equipe  Diagnos3c  

Milena  Magalhaes,  Fanny  Pineau,  Alexandra  Pommier,  Jessica  Varilh  Equipe  Recherche  transla3onnelle  (Dr  A.  De  Sario  et  Dr  M.  Taulan-­‐Cadars)  

Page 55: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Session  Géné*que  –  Acte  III  

Les  formes  «  fron3ères  »  en  conseil  géné3que  

Page 56: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  conseil  géné*que  

§  Démarche  médicale  qui  vise  à  apporter    –  à  un  pa*ent  symptoma*que,    –  à  un  individu  asymptoma*que    –  ou  à  un  couple  

         …  des  informa*ons  sur      

–  une  maladie  géné3que    –  le  risque  d’être  abeint  de  ce[e  maladie  –  le  risque  de  transmebre  ce[e  maladie.  

Page 57: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Recommanda*ons  pour  la  pra*que  du  conseil  géné*que  dans  les  CRCM  §  PNDS  §  Parents  d’un  pa*ent  mineur,  pa*ent  adolescent,  pa*ent  adulte  §  Temps  à  dissocier  de  l’annonce  du  diagnos*c  §  Consulta3on  à  part  en*ère,  minimum  30  min,  pra*cien  formé  §  Informa*on  délivrée  en  par*culier  sur  :  

–  les  aspects  géné*ques,  le  mode  de  transmission,  le  risque  de  récurrence  

–  les  possibilités  de  DPN  et  de  DPI  –  l’informa*on  à  la  parentèle  –  Intérêt  d’étudier  les  parents  +++  

Page 58: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

§  Pa*ent  adulte  

§  Apparentés  et  conjoints   1/2 1/34

1/34 1/4

1 1

2/3 1/34

1/204

1/4

1 1

§  Parents  d’un  nouveau-­‐né  

Le  conseil  géné*que  dans  les  formes  classiques  

1/68

1/34

Page 59: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  formes  «  fron*ères  »  

§  Terme  pas  clair  !  §  Pathologie  CFTR  =  CFTR-­‐RD    

Défini*on:  En*té  clinique  associée  à  une  dysfonc3on  de  CFTR  mais  ne  répondant  pas  aux  critères  du  diagnos*c  de  la  mucoviscidose  –  Infer*lité  masculine  par  absence  des  canaux  déférents  –  DDB    –  Pancréa*te  chronique  –  A[einte  pluri-­‐organes  

§  Formes  révélées  au  dépistage  néonatal  mais  de  diagnos3c  incertain,  non  conclu  (CFSPID,  CRMS)  à  évolu*on  vers  CF,  CFTR-­‐RD  ?  

Page 60: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Les  formes  «  fron*ères  »  

§  Dysfonc3on  de  CFTR  :  –  Test  de  la  sueur  intermédiaire  –  Muta3ons  CFTR  –  Ddp  nasale  –  Courant  de  court  circuit  chlorure  sur  biopsie  rectale  –  Evaporimétrie  

DPN/DPI  et  test  des  apparentés    

 R    Q  (R)      ?  

 

§  Pathogénicité  et  classifica*on  des  muta*ons  CFTR  –  CF  =  sévère,  associée  à  la  mucoviscidose            –  CFTR-­‐RD  =  modérée,  associée  à  la  pathologie  CFTR              –  CF/CFTR-­‐RD  =  spectre  phénotypique  large      –  Pathogénicité  incertaine  !            

Page 61: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Le  défi  des  formes  fron*ères  pour  le  conseil  géné*que  

§  Muta*ons  connues  à  large  spectre  :  –  c.617T>G                        (L206W)  –  c.3140-­‐26A>G        (3272-­‐26A>G)  –  c.3454G>C                    (D1152H)  

§  Muta*ons  de  pathogénicité  incertaine  :  nombreuses  muta*ons  faux-­‐sens  rares  ou  nouvelles  –  c.3041A>G                    (Y1014C)  Nouveau-­‐né  au  diagnos*c  non  conclu  (F508del)  –  c.2506G>T                    (D836Y)          Homme  infer*le  (pas  d’autre  muta*on)  –  c.1495C>T                      (P499S)  Homme  avec  pancréa*te  chronique  (F508del)  

§  Hétérogénéité  des  génotypes  dans  les  CFTR-­‐RD  :  –  1  CF        +        1  CFTR-­‐RD  –  1  CF        +        1    large  spectre  –  2    CFTR-­‐RD    –  2    large  spectre  

12%

88% dans  les  ABCD  

Page 62: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

§  Evolu3on  des  connaissances  :  observa*ons  cliniques,  allèles  complexes  

 à  retour  aux  laboratoires  sur  le  suivi  des  pa*ents  +++++  

Le  défi  des  formes  fron*ères  pour  le  conseil  géné*que  

§  Le  défi  ne  vient  pas  toujours  des  pa*ents…  il  peut  venir  de  leur  conjoint  !  

Page 63: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Illustra*on  :  diagnos*c  incertain  au  DNN  

R334W / M1028R c.[1000C>T(;)3083T>G]

-­‐  TIR  80  µg/L  -­‐   1  mut  fréquente  -­‐   TS  34-­‐50  mEq/L  -­‐  Stagna*on  nutri*onnelle   ?

§  Observa3ons  cliniques  – 1  pa*ent  infer*le  :  F508del  en  trans,  et  TS  114  et  134  mEq/L;  pas  d’a[einte  pulm  – 1  enfant  de  8  ans  :  F508del  en  trans,  bronchites  répétées,  PS,  TS  30-­‐33  mEq/L    – 1  pa*ent  asthma*que  sans  muta*on  en  trans  

§  Epidémiologie  :  muta*on  rare,  fréquence  non  déterminée  dans  la  popula*on  générale  

§  Ou3ls  bioinforma3ques  :  possible  effet  sur  l’épissage,  effet  bénin  sur  la  protéine?  

§  Tests  électrophysiologiques  –  Ddp  nasale  :  ininterprétable  –  CCC  biopsie  rectale  :  possible  dysfonc*on  de  CFTR  

à  Suivi  clinique,  étude  de  l’ARNm,  autres  tests  fonc3onnels  

Page 64: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Illustra*on  :  Infer*lité,  muta*ons  CFTR-­‐RD  et  allèles  complexes  -­‐  Infer3lité  par  ABCD  -­‐  Pas  d’autre  signe  évocateur  de  

mucoviscidose  -­‐  Demande  de  PMA  

?F508del / D443Y;G576A;R668C

c.[1521_1523del];[1327G>T;1727G>C;2002C>T]

Etude  complète  néga*ve  

§  Risque  pour  le  couple  :  très  faible      à  PMA,  ICSI  

§  Intérêt  pour  les  apparentés  :  recherche  de  F508del  §  Allèle  complexe    

–  Fréquent  chez  les  ABCD  –  Connaissance  de  la  pathologie  moléculaire,  des  allèles  complexes  –  Publica*on  française  collabora*ve  (El-­‐Seedy  et  al.,  Hum  Mutat  2012)  –  Aben3on  à  CFTR2  !  Ne  prend  pas  en  compte  les  allèles  CFTR-­‐RD  !!!  

§  Allèle  complexe  D443Y;G576A;R668C : CFTR-RD    

Page 65: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Illustra*on  :  Muta*on  de  pathogénicité  incertaine  

-­‐  Infer3lité  par  AUCD  -­‐  Pas  d’autre  signe  évocateur  de  

mucoviscidose  -­‐  Demande  de  PMA  

D836Y/? c.[2506G>T];[?]

§  2012  :  muta*on  rare,  1  pa*ent  CF  à  muta*on  classée  CF  

?

§  2015  :  Conseil  géné*que  chez  les  2  sœurs  à  porteuses              Bilan  refait  sur  la  muta*on  (GenMucoFrance)  :  

-­‐  Quelques  observa*ons  CFTR-­‐RD,  souvent  sans  autre  muta*on  iden*fiée  -­‐  Quelques  conjoints  de  pa*ents  ou  de  porteurs  sains  -­‐  1  mère  d’enfant  CF  hétérozygote  composite  pour  D836Y  et  une  grande  délé3on  

à  muta3on  reclassée  non  CF,  au  maximum  CFTR-­‐RD  

Page 66: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Illustra*on  :  Quand  le  conjoint  s’en  mêle  

-­‐  Mucoviscidose  -­‐  Demande  de  PMA  

§  F1052V  :  muta*on  documentée  CFTR-­‐RD                à  conseil  géné3que  rassurant  pour  le  couple,  pas  de  DPI  ni  DPN  

?F508del / M1101K c.[1521_1523del;3302T>A]

F1052V+/- c.[3154T>G];[=]

Page 67: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Illustra*on  :  Quand  le  conjoint  s’en  mêle  

-­‐  Infer3lité  par  ABCD  -­‐  Demande  de  PMA  

§  Y1032C  :  muta*on  documentée  CF/CFTR-­‐RD    à  Bilan  clinique  recommandé  chez  le  pa3ent  à  Etude  chez  les  apparentés  possible  

F508del/Y1032C c.[1521_1523del];[3095A>G]

R751C+/- c.[2251C>T];[=]

R751C+/- F508del+/-

F508del+/- ?

§  R751C  :  muta*on  jamais  décrite,  poten3ellement  CF                à  Risque  pour  le  couple  d’avoir  un  enfant  abeint  :    

 ¼  CF  classique    ¼  phénotype  variable  (CF/CFTR-­‐RD)  

§  Etude familiale  :  iden*fica*on  d’un  autre  risque  

Page 68: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Illustra*on  :  révéla*on  prénatale  par  un  signe  d’appel  échographique  -­‐  Hyperéchogénicité  intes3nale  

chez  le  fœtus  à  28SA  -­‐  Pas  d’antécédent  de  

mucoviscidose  

§  D36N  :  muta*on  jamais  décrite,  poten3ellement  CF                à  Risque  important  pour  le  fœtus  d’être  abeint  

F508del+/-

D36N/F508del c.[106G>A];[1521_1523del]

D36N+/-

§  Grossesse  poursuivie  :  naissance  d’un  enfant  a[eint  de  mucoviscidose                à  DPN  pour  les  grossesses  suivantes  

Page 69: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

§  Implica*ons  des  résultats  d’étude  géné*que  pour  le  conseil  géné*que  dans  TOUTES  LES  SITUATIONS  –  Test  des  apparentés  –  Test  du  conjoint  /  de  la  conjointe  –  DPN  /  DPI  

Conclusions  

§  Dialogue  permanent  avec  le  clinicien  pour  documenter  les  corréla*ons  génotypes-­‐phénotypes  

§  Evolu3on  des  connaissances  +++  

§  Bases  de  données  :  a[en*on  à  CFTR2  qui  ne  prend  pas  en  compte  les  muta*ons  CFTR-­‐RD  !  

Page 70: SessionGénéque’’ - Muco CFTR

Merci  pour  votre  aben3on  !