Pantoea sp. S3W-11 Antibacterial Activities of Strain ...
Transcript of Pantoea sp. S3W-11 Antibacterial Activities of Strain ...
Korean Society for Biotechnology and Bioengineering Journal 35(1): 64-71 (2020)http://dx.doi.org/10.7841/ksbbj.2020.35.1.64 ISSN 1225-7117 / eISSN 2288-8268
Pantoea sp. S3W-11์ ํญ๊ท ํ์ฑ๊ณผ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ
๋จ์ํธ, ์ต์์, ์ ์ ์ง*
Antibacterial Activities of Strain Pantoea sp. S3W-11 and
Optimization of Culture Conditions
Young Ho Nam, Ahyoung Choi and Eu Jin Chung*
Received: 13 October 2019 / Revised: 7 January 2020 / Accepted: 18 March 2020
ยฉ 2020 The Korean Society for Biotechnology and Bioengineering
Abstract: In this study, 46 bacteria strains were isolated from
water and soil collected from Geumjin-ri, Ganggu-ri and
Namseock-ri in Yeongdeok-Gun to screen antibacterial bacte-
ria against various pathogenic bacteria. Among them, strain
S3W-11 showed an excellent growth inhibition against methi-
cillin-resistant Staphylococcus aureus, Bacillus cereus and
Escherichia coli. As a result of the 16S rRNA gene sequence
analysis, strain S3W-11 showed the high similarity with Pan-
toea vagans LMG 24199T, Pantoea agglomerans DSM 3493T,
Pantoea conspicua LMG 24534T 99.64%, 99.58%, 99.18%,
respectively. The effects of culture medium composition, tem-
perature, and initial pH on the cell growth and antibacterial
activity were confirmed for culture optimization of strain S3W-
11. Optimal conditions for growth and antibacterial activity in
strain S3W-11 were found to be: YPD medium, 25oC and pH
6.5. When the strain was cultured in LB, NB, TSB, and R2A
media, the antibacterial activity has not been confirmed. Opti-
mal reaction time was 48 h in YPD medium, 100 rpm and 0.3
vvm in 2 L-scale fed-batch fermentation process for antimi-
crobial activity. Strain S3W-11 can be improved on antibacte-
rial activity in optimal culture conditions (YPD medium, 25oC
and pH 6.5). Therefore, the antibacterial activity of Pantoea
sp. S3W-11 had potential as antibiotics for pathogens includ-
ing MRSA.
Keywords: Antibacterial activity, Pantoea sp. S3W-11, methi-
cillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA)
1. INTRODUCTION
์ธ๋ฅ ์ต์ด์ ํญ์์ ๋ ํ๋์ค๋ฆฐ (Pennicillin)์ด๋ค. 1943๋ ํ
๋์ค๋ฆฐ์ด ํํ์ ํฉ์ฑ์ด ๊ฐ๋ฅํ๊ฒ ๋์ด ์ธ๋ฅ์ ์๋ช ์ ์ํ
ํ๋ ์ธ๊ท ๊ฐ์ผ์ ์น๋ฃ์ ๋๋ฆฌ ์ฌ์ฉ๋๊ฒ ๋์๋ค [1]. ๊ทธ๋ฌ๋,
์ผ๋ง ์ง๋์ง ์์ 1940๋ ์ ์ด๋ฏธ ํ๋์ค๋ฆฐ์ ๋ด์ฑ์ ๊ฐ์ง ํฌ
๋์๊ตฌ๊ท (penicillin-R Staphylococcus)์ด ๋ฑ์ฅํ๋ค. ๊ทธ ์ดํ,
1960๋ ๋ฉํฐ์ค๋ฆฐ, 1972๋ ๋ฐ์ฝ๋ง์ด์ , 1998๋ ์ด๋ฏธํ๋ด,
2003๋ ๋ํ ๋ง์ด์ ๋ฑ ์ฌ๋ฌ ํญ์์ ๊ฐ ๊ฐ๋ฐ๋์์ง๋ง, ์ด๋ค์
๋ํ ๋ด์ฑ๋ ์๋ฐ๋๋ค. 2016๋ ์๊ตญ์ ๋ถ๊ฐ ๋ฐํํ ใํญ์์
๋ด์ฑ ๋ณด๊ณ ์ใ์๋ ํ์ฌ ์ ์ธ๊ณ์ ์ผ๋ก 70๋ง ์ด์์ด ๋ด์ฑ ๋ฐ
ํ ๋ฆฌ์์ ๊ฐ์ผ์ ์ํด ์จ์ง๊ณ ์์ผ๋ฉฐ, ์ ์ธ๋ ํญ์์ ๊ฐ ๊ฐ๋ฐ
๋์ง ์๋๋ค๋ฉด 2050๋ ์๋ 1000๋ง ์ด์์ ์ฌ๋ง๊ณผ 100์กฐ ๋ฌ
๋ฌ์ ๊ฒฝ์ ์ ์์ค์ด ์ด๋๋ ๊ฒ์ด๋ผ๊ณ ์์ธกํ์๋ค [2].
ํญ์๋ฌผ์ง์ด๋ ๋ค๋ฅธ ์ธ๊ท ์ด๋ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ๋ฐ์ก๊ณผ ๋ฒ์์ ์ต
์ ํ๋ ๋ฌผ์ง์ ๋งํ๋ฉฐ ์ด๋ฌํ ๋ฌผ์ง๋ก ๋ง๋ ์ฝ์ ํญ์์
(antibiotics)๋ผ๊ณ ํ๋ฉฐ, ์ข ๋ ๊ด๋ฒ์ํ ์๋ฏธ์ ํญ๊ท ์ (antimi-
crobials)๋ผ๋ ์ฉ์ด๊ฐ ํจ๊ป ์ฌ์ฉ๋๊ณ ์๋ค. ๊ทธ ํ์ ๋์์ด ์ธ
๊ท ์ผ ๋ ํญ์ธ๊ท ์ , ๋ฐ์ด๋ฌ์ค์ผ ๋ ํญ๋ฐ์ด๋ฌ์ค์ , ๊ณฐํก์ด์ผ
๋ ํญ์ง๊ท ์ ๋ผ๊ณ ๋ถ๋ฅธ๋ค. ์ผ๋ฐ์ ์ผ๋ก ์ธ๊ท ์ ์ฃฝ์ด๋ ํญ์ธ๊ท
์ ๋ฅผ ํญ์์ ๋ผ๊ณ ํ๋ค [3]. ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ด๋ฌํ ํญ์๋ฌผ์ง์ ์
์ฐํ๋ ๋ง์ ์ข ๋ค์ด ๋๋ฆฌ ์๋ ค์ ธ ์๋ค. Burkholderia ์
(genus)์ ์ด์ฐจ ๋์ฌ์ฐ๋ฌผ์ ์์ฐํ๋ ๊ธธํญ๋ฏธ์๋ฌผ๋ก ์๋ ค์ ธ
์๊ณ , ์๋ฌผ์์ฅ์ด์ง ํจ๊ณผ, ํญ์ง๊ท ํจ๊ณผ๊ฐ ์๋ค [4-7]. ๋ฐ์ค๋ฌ
๊ตญ๋ฆฝ๋๋๊ฐ์๋ฌผ์์๊ด ๋ฏธ์๋ฌผ์ฐ๊ตฌ์คMicrobial Research Department, Nakdonggang National Institute ofBiological Resources (NNIBR), Sangju 37242, KoreaTel: +82-54-530-0870, Fax: +82-54-530-0879,e-mail: [email protected]
Research Paper
Pantoea sp. S3W-11์ ํญ๊ท ํ์ฑ๊ณผ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ 65
์ค (Bacillus) ์ข ์ ์์ฐ๊ณ ๋๋ฆฌ ๋ถํฌํ๋ฉด์ ๋ฒ์๊ฐ ๋์ ํญ๊ท
๋ฌผ์ง์ ์์ฑํ์ฌ ๋ณ์์ฑ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ต์ ํ๋ ๋ฐ ์ค์ํ ์ญํ
์ ํ๋ ๊ฒ์ผ๋ก ์๋ ค์ ธ ์๋ค. ๋ฐ์ค๋ฌ์ค๊ฐ ์์ฐํ๋ 2์ฐจ ๋์ฌ
์ฐ๋ฌผ์ ํญ๊ท ๋ฒ์๊ฐ ๋๊ณ ๊ฐ๋ ฅํ ํญ๊ท ํจ๊ณผ๋ฅผ ๊ฐ์ง๊ณ ์๋ค. ๋
ํ, ํฌ์๋ฅผ ํ์ฑํ์ฌ ๋ณต์กํ ์์ฐํ๊ฒฝ ์กฐ๊ฑด์ ์ ํญ๋ ฅ ์๊ฒ
์ด์๋จ์ ์ ์๋ค [8]. ๋ธ๋ ๋น๋ฐ์ค๋ฌ์ค (Brevibacillus)๋ 1996๋
๋ฐ์ค๋ฌ์ค ์ข ์์ ์ฌ๋ถ๋ฅ๋ ๋ ๋ฆฝ์ ์ธ ์์ผ๋ก chitinase์
gramicin S๊ฐ์ 2์ฐจ๋์ฌ์ฐ๋ฌผ์ ์์ฐํ๊ณ , ๊ทธ๋์์ฑ ๋ฐ ์์ฑ
์ธ๊ท ๋ชจ๋์ ํ์ฑ์ ๊ฐ์ง๊ณ ์๋ ํญ๊ท ์ ๋ก ํ์ฌ๋ ์ฐ๊ตฌ๊ฐ์น
๊ฐ ๋์ ์ข ์ด๋ค [9-11].
์ด๋ฌํ, ํญ๊ท ๋ฌผ์ง์ ์์ฐํ ์ ์๋ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ํญ์์ , ์ฒ์ฐ
์๋ฌผ๋ณดํธ์ , ์ฌ๋ฃ์ฒจ๊ฐ์ ๋ฑ์ผ๋ก ์ด์ฉ์ด ๊ฐ๋ฅํ๋ฉฐ, ๋ฏธ์๋ฌผ ์ฐ
์ ์ด ๊ฐ๊ด์ ๋ฐ์ผ๋ฉด์ ๋ฏธ์๋ฌผ๋ค์ ์ ์ฉ๋ฌผ์ง ์์ฐ์ฑ์ ๋์ผ
์ ์๋ ๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด, ์ ์ ๊ณต์ ๋ฑ์ ์ต์ ํ ์ฐ๊ตฌ์ ์ค์์ฑ์ด
๋๋๋์๋ค. ์ด์ ์ ์ฐ๊ตฌ๊ฒฐ๊ณผ์ ๋ฐ๋ฅด๋ฉด ํ๊ฒฝ์์ธ, pH, ์จ๋,
๊ณต๊ธฐ๋ ๋ฑ์ ๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด์ด ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ธํฌ์์ฅ์ฑ๊ณผ ํญ์๋ฌผ์ง
์์ฐ์ ์ํฅ์ ์ค ์ ์๋ค [12,13].
ํนํ, ๋ณธ ์ฐ๊ตฌ์์ ๋ถ๋ฆฌํ S3W-11๊ท ์ฃผ์ ๊ทผ์ฐ์ข ์ธ Pantoea
vagans์ Pantoea agglomerans๋ Erwinia amylovora์ ์ํด
๋ฐ์ํ๋ ๋ฐฐ๋๋ฌดํ์๋ณ์ ์ ์ดํ๋ ์๋ฌผํ์ ๋ฐฉ์ ์ (bio-
control agent)์ ๋ฏธ์๋ฌผ ์์ฌ๋ก ์ฌ์ฉ๋๋ค. P. vagans C9-1์
๋ฏธ๊ตญ๊ณผ ์บ๋๋ค์ ๋ฑ๋ก๋ ์์ฉํ๋ ์ฝ์ ์ธ BlightBan C9-1S
(NuFarms America)๋ก ๊ฐ๋ฐ๋์๊ณ , ๋ ์ข ์ P. agglomerans
(E325, P10c)๋ ๋ฐฐ๋๋ฌดํ์๋ณ ๋ฐฉ์ ์ ๋ก ์์ฉํ๋์๋ค. P.
vagans C9-1๋ ์ด์ฐจ๋์ฌ์ฐ๋ฌผ๋ก pantocin A๋ฅผ ์์ฐํ๋ฉฐ ๊ด๋ จ
์ ์ ์ ๊ทธ๋ฃน์ด ์ด์ ์ฐ๊ตฌ์์ ๋ฐํ์ง ๋ฐ ์๋ค [14]. ์ด๋ฌํ ๋ฐ
์ด์ค ์์ฌ ๊ฐ๋ฐ ์ ๊ฐ์ฅ ์ค์ํ ์๊ฑด์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ํ์ฉํ์์
๋ ๊ทธ ํจ๊ณผ์ ๊ฒฝ์ ์ฑ ํ๋ณด์ ์๋ค. ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์์ฉ๋ฐฐ์ง ์ ์
๊ณผ์ ์ ํตํด ๋ฏธ์๋ฌผ์ด ํญ๊ท ํจ๊ณผ๋ฅผ ๊ทน๋ํ ํ ์ ์๋ ์์ฉ๋ฐฐ
์ง๋ฅผ ํ์ ํ ๋ค ์ ์ ๋ ๋ฐฐ์ง ์กฐ์ฑ ์ ๋ณด๋ฅผ ๋ฐํ์ผ๋ก ์ ๋ ดํ
๋๋๋ฐฐ์์ฉ ๋ฐฐ์ง ์ ์์ผ๋ก ๊ฒฝ์ ์ฑ ํ๋ณด์ ๊ธฐ์ฌํ ์ ์๋ค.
๋ํ, ๋ฏธ์๋ฌผ์ ๋ฐฐ์์จ๋, ์๊ฐ ๋ฑ์ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ ๊ณผ์ ์ ํต
ํ์ฌ ๋๋๋ฐฐ์ ์ฉ๋ ๋๋น ํจ๊ณผ ์ฆ๋๋ก ๋ฏธ์๋ฌผ ์ ์ ์ ์กฐ์์
๋ ํจ์จ์ ์ธ ๋ฉด์์ ๊ธ์ ์ ์ธ ์ญํ ์ ํ ์ ์๋ค. ์ด์ ๋ณธ ์ฐ
๊ตฌ์์๋ ์ ํด๋ฏธ์๋ฌผ์ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ๋ณด์ ํ ๋ฏธ์๋ฌผ Pantoea
sp. S3W-11์ ํ๋ณดํ์๋ค. ์ด ๊ท ์ฃผ์ ๋ฐฐ์ง, ๋ฐฐ์ ์จ๋, ์ด๊ธฐ
pH๋ณ ์์ฅ๊ณผ ํ์ฑ ํ๊ฐ๋ฅผ ํตํด ์ต์ ๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด์ ์ ์ ํ๊ณ ์
ํ์๋ค. ์ ์ฉ๋ฏธ์๋ฌผ์ ๋ฐฐ์์ต์ ํ๋ฅผ ํตํด ํญ๊ท ํ์ฑ ๋ฌผ์ง์
์์ฐ์ ๊ทน๋ํํ์ฌ ์ด ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ด์ฉํ ํ์ฉ๋๋ฅผ ์ฆ๋์ํค
๊ณ ์ ํ์๋ค.
2. MATERIALS AND METHODS
2.1. ๋ฏธ์๋ฌผ ๋ถ๋ฆฌ ๋ฐ ๋์
๋ณธ ์คํ์ ์ํ์ฌ ๊ฒฝ๋ถ ์๋๊ตฐ ๊ธ์ง๋ฆฌ, ๊ฐ๊ตฌ๋ฆฌ, ๋จ์๋ฆฌ ์ธ๊ทผ
3์ง์ ์์ ๋ฌผ์๋ฃ ๋ฐ ํ ์์๋ฃ๋ฅผ ์ฑ์ทจํ์๋ค. ์์งํ๊ฒฝ์
๋ฉํฐ์์ง์ธก์ ๊ธฐ์ธ YSI (556MPS)๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ์ธก์ ํ์๋ค
(Table 1). ์ฑ์ทจํ ์๋ฃ๋ 0.85%(w/v) NaCl ์ฉ์ก์ ์ฐ์ ํฌ์
ํ์ฌ Reasonerโs2A agar (R2A, Difco) ๊ณ ์ฒด๋ฐฐ์ง์ ๋๋งํ ํ,
25oC์์ 3์ผ๊ฐ ๋ฐฐ์ํ์๋ค. ๊ท ์ฒด์ ๋ค์ํ ํํ์ ํน์ฑ์
๋ฐ๋ผ ๊ฐ๊ฐ ๋ถ๋ฆฌํ๊ณ , ๊ณ๋๋ฐฐ์ ๊ณผ์ ์ ๊ฑฐ์ณ ์์ ๋ถ๋ฆฌํ์๋ค.
์ ์ ์ ๋ถ์์๋น์ค๋ Macrogen์ ์๋ขฐํ์ฌ ์งํํ์๋ค. ๋ฏธ
์๋ฌผ์ ํต์ฐ์ Qiagen DNeasy Tissue Kit๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ์ถ์ถํ
์๊ณ , 16S rRNA ์ ์ ์์ ์ฆํญ์ universal primer (27F, 5โ-
AGAGTTTGATCMTGGCTCAG-3โ์ 1492R, 5โ-TACGGYTA
CCTTGTTACGACTT-3โ)๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์๋ค. EzBioCloud [15]๋ฅผ
์ฌ์ฉํ์ฌ ์ฐ๊ด์ฑ์ด ๋์ ์ ์ ์ ์์ด์ ํ๋, ๋น๊ต ๋ฐ ๋ถ์
์ ์งํํ์๋ค.
2.2. ํญ๊ท ํ์ฑ๋ณด์ ๊ท ์ฃผ ํ์
์์๋ถ๋ฆฌํ ๋ฏธ์๋ฌผ ์ค ํญ๊ท ํ์ฑ ๋ณด์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ํ์ํ๊ธฐ ์
ํด 3์ข ์ ํ์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ฌ์ฉํ์๊ณ , ํญ๊ท ์คํ์ ์ํ ๊ฐ ๋ฏธ์
๋ฌผ๋ค์ ํ๊ตญ๋ฏธ์๋ฌผ๋ณด์กด์ผํฐ (KCCM), ์๋ฌผ์์์ผํฐ (KCTC)
์์ methicillin-resistant Staphylococcus aureus subsp. aureus
KCCM 40510, Bacillus cereus KCTC 3624, Escherichia coli
KCTC 2443์ ๋ถ์๋ฐ์๋ค. ํ์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ 30oC, 24์๊ฐ ์ก์ฒด
๋ฐฐ์ ํ ๋ค, ๋ฐฐ์์ก์ ๋ถ๊ด๊ด๋๊ณ (Novaspec spectrophotometer,
Biochrom, Cambridge, UK)๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ OD600๊ฐ 0.4~0.5๋ก ํฌ
์ ํ 100 ยตl๋ฅผ ๊ณ ์ฒด๋ฐฐ์ง์ ๋๋งํ์๋ค. ๊ทธ ํ ์์๋ถ๋ฆฌํ ๊ท
์ฃผ๋ฅผ ๋๋ง๋ฐฐ์ง ์์ streaking ํ ํ 28oC, 24์๊ฐ ์ ์น๋ฐฐ์
ํ ์ฃผ๋ณ์ ์ต์ ์ง๋ (clear zone) ๊ด์ฐฐ์ ํตํด 1์ฐจ๋ก ํญ๊ท ํ์ฑ
Table 1. Location information
Location
Water
Temperature
(โ)
Electrical
conductivity
(ยตS/cm)
DO
(%)
DO
(mg/L)pH
Sal
(%)Latitude/Longitude
S1
Geumjin-ri,
Ganggu-myeon,
Yeongdeok-gun
11.4 490.99 126.9 11.34 8.0 31.97 36ยฐ22'04.1"N 129ยฐ23'42.3"E
S2
Ganggu-ri,
Ganggu-myeon,
Yeongdeok-gun
12.6 181.0 104.3 11.02 6.88 0.92 36ยฐ21'44.1"N 129ยฐ22'56.1"E
S3
Namseok-ri,
Yeongdeok-eup,
Yeongdeok-gun
12.7 159.2 108.5 11.50 7.0 0.08 36ยฐ24'41.3"N 129ยฐ21'51.0"E
66 Korean Society for Biotechnology and Bioengineering Journal 35(1): 64-71 (2020)
๋ณด์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ํ์ธํ์๋ค. ์ ๋ฐ๋ ๋ฏธ์๋ฌผ์ 30oC, 48์๊ฐ,
130 rpm์ผ๋ก ์งํ๋ฐฐ์ํ ํ, ๋ฐฐ์์๋ฑ์ก์ ํํฐ (0.22 ยตm ํฌ
๊ธฐ)๋ก ์ฌ๊ณผํ์๋ค. ๋ฐฐ์์ฌ์ก 400 ยตl๋ฅผ ์ข ์ด๋์คํฌ (paper
disc)์ ์ฌ๋ ค ์์ ๊ฑด์กฐ ํ ํ์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ด ๋๋ง๋ ๊ณ ์ฒด๋ฐฐ์ง์
์ฌ๋ ค 28oC, 24์๊ฐ ์ ์น๋ฐฐ์ ํ ์ต์ ์ง๋ (inhibition zone)๋ฅผ
ํ์ธํ์๋ค.
2.3. ๊ณํต๋ ์์ฑ
ํญ๊ท ํ์ฑ ํ์ ํ, ์ต์ข ์ ์ ๋ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ๊ณํต๋๋ฅผ ์์ฑํ์
๋ค. Multiple alignment๋ CLUSTAL X program์ ์ฌ์ฉํ์ฌ
์ํํ์๋ค [16]. ๊ทธ ์ดํ์ BioEdit program [17]์ ์ฌ์ฉํ
์ฌ ์ผ๊ธฐ์์ด๋ค์ ์ ๋ ฌํ๊ณ , ๊ณํต์๋ MEGA 7 program [18]
์์ ์ ๊ณตํ๋ neighbor-joining [19], maximum-likelihood
Table 2. Strains obtained from Yeongdeok-gun province
No. Strains Isolation source Closest type strain (accession number, similarity) Location
1 S1S-1 Soil Bacillus funiculus (AB049195, 99.93%)
Geumjin-ri
2 S1S-2 Soil Rouxiella silvae (KX784908, 99.56%)
3 S1S-3 Soil Bacillus megaterium (CP009920.1, 99.93%)
4 S1S-4 Soil Bacillus altitudinis (ASJC01000029, 100%)
5 S1S-5 Soil Bacillus velezensis (AY603658, 98.8%)
6 S1S-7 Soil Bacillus thuringiensis (NR_024928.1, 99.93%)
7 S1S-8 Soil Bacillus amyloliquefaciens (FN597644.1, 99.8%)
8 S1S-10 Soil Bacillus mobilis (KJ812449, 100%)
9 S1S-11 Soil Paenarthrobacter nitroguajacolicus (AJ512504, 99.93%)
10 S2S-1 Soil Bacillus asahii (NR_024817.1, 99.84%)
Ganggu-ri
11 S2S-2 Soil Psychrobacter piscatorii (NR_112807.1, 100%)
12 S2S-3 Soil Shewanella baltica (NR_025267.1, 98.7%)
13 S2S-4 Soil Paenibacillus lupini (KF769449, 99.39%)
14 S2S-5 Soil Streptomyces lannensis (NR_113181.1, 100%)
15 S2S-6 Soil Oerskovia turbata (NR_029279.1, 99.17%)
16 S2S-7 Soil Bacillus wiedmannii (KU198626.1, 99.93%)
17 S2S-8 Soil Raoultella ornithinolytica (NR_114736.1, 100%)
18 S2S-9 Soil Exiguobacterium sibiricum (NR_075006.1, 99.66%)
19 S2S-10 Soil Acinetobacter harbinensis (KC843488.1, 99.77%)
20 S2S-11 Soil Pseudomonas frederiksbergensis (NR_117177.1, 99.52%)
21 S2S-12 Soil Pseudomonas poae (AJ492829.1, 99.86%)
22 S2S-13 Soil Pedobacter koreensis (NR_113980.1, 99.93%)
23 S2S-14 Soil Pseudomonas poae (AJ492829.1, 99.86%)
24 S2W-1 Surface water Serratia glossinae (FJ790328, 99.86%)
25 S2W-2 Surface water Pseudomonas lurida (AJ581999, 99.66%)
26 S2W-3 Surface water Sphingomonas kyungheensis (NR_118263.1, 99.86%)
27 S2W-4 Surface water Pseudomonas peli (NR_042451.1, 99.93%)
28 S3S-3 Surface water Bacillus megaterium (CP009920.1, 99.93%)
Namseock-ri
29 S3S-4 Surface water Pseudomonas moorei (AM293566, 98.82%)
30 S3S-5 Surface water Bacillus mobilis (KJ812449, 99.93%)
31 S3S-6 Surface water Pseudomonas azotoformans (LT629702.1, 99.79%)
32 S3S-7 Surface water Pseudomonas frederiksbergensis (NR_117177.1, 99.52%)
33 S3S-8 Surface water Bacillus toyonensis (NR_121761.1, 99.93%)
34 S3S-9 Surface water Pantoea vagans (EF688012, 99.57%)
35 S3W-1 Surface water Pseudomonas baetica (FM201274, 99.59%)
36 S3W-2 Surface water Pseudomonas protegens (CP003190.1, 99%)
37 S3W-3 Surface water Aeromonas sobria (NR_037012.2, 99.86%)
38 S3W-4 Surface water Leptothrix cholodnii (ASJC01000029, 99.93%)
39 S3W-5 Surface water Exiguobacterium artemiae (AM072763, 99.86%)
40 S3W-6 Surface water Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida (NR_043324.1, 99.86%)
41 S3W-7 Surface water Exiguobacterium undae (NR_043477.1, 99.8%)
42 S3W-8 Surface water Bacillus marisflavi (NR_025240.1, 100%)
43 S3W-9 Surface water Xanthomonas cynarae (AF208315, 100%)
44 S3W-10 Surface water Caulobacter flavus (AF208315, 99.15%)
45 S3W-11 Surface water Pantoea vagans (LMG 24199, 99.64%)
46 S3W-12 Surface water Micrococcus yunnanensis (FJ214355, 99.79%)
Pantoea sp. S3W-11์ ํญ๊ท ํ์ฑ๊ณผ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ 67
[20] ๊ทธ๋ฆฌ๊ณ maximum-parsimony [21] algorithms์ ์ด์ฉํ์ฌ
์์ฑํ์๋ค. ์์ ๋ถ๋ฆฌ๋ ๋ฏธ์๋ฌผ์ 16S rRNA ์ ์ ์์ ์๋
์ฑ์ EzBioCloud๋ฅผ ํตํด ๊ณ์ฐํ์๋ค. Bootstrap values๋
1,000 replicates๋ฅผ ๋ง๋ค์ด ๊ณ์ฐํ์๋ค [22].
2.4. ์์ฅ๊ณผ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ์ํ ๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด ์ต์ ํ
์ต์ข ์ ๋ฐํ ํญ๊ท ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ต์ ๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด ์ค์ ์ ์ํด ๋ฐฐ์ง,
์จ๋, ์ด๊ธฐ pH๋ณ ์์ก ๋ฐ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ์กฐ์ฌํ์๋ค. ์ด๊ธฐ ๋ฐฐ์
์กฐ๊ฑด์ ์ ๋ฐ๋ ํญ๊ท ๋ฏธ์๋ฌผ์ ์ข ๊ท (seed culture)์ผ๋ก 3%(v/
v)๋ก ์ ์ข ํ์ฌ, 28oC, 100 rpm์ผ๋ก 2์ผ๊ฐ ๋ฐฐ์ํ์๋ค. ๋ฐฐ์ง๋
LB, NA, TSB, YPD, R2A, Bennett`s์ ์์ฉํ๋ ๋ฐฐ์ง๋ฅผ ์ฌ์ฉ
ํ์ฌ ๋ฐฐ์ง์ข ๋ฅ๋ณ ์์ก ๋ฐ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ํ์ธํ์๋ค. ์จ๋๋
20oC, 25oC, 30oC, 35oC, 40oC์์ ์จ๋๋ณ๋ก ๋ฐฐ์ํ์์ผ๋ฉฐ,
pH๋ 5.5~8.5๊น์ง 0.5๊ฐ๊ฒฉ์ผ๋ก ๋ฐฐ์ง์ ์ด๊ธฐ pH๋ฅผ ์กฐ์ ํ ํ
๊ฐ๊ฐ์ ์ต์ข ๋ฐฐ์๋ฌผ์ ์์ก ๋ฐ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ํ์ธํ์๋ค. ์์
๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด ๊ฒฐ๊ณผ๋ฅผ ๋ฐํ์ผ๋ก 5 L fermenter๋ฅผ ์ด์ฉํ ์๊ฐ๋๋ณ
๋ฐฐ์์ก์ ํญ๊ท ํ์ฑ ํ์ธํ์ฌ ๊ฐ์ฅ ํจ์จ์ ์ผ๋ก ํญ๊ท ๋ฌผ์ง์
์์ฐํ ์ ์๋ ๋ฐฐ์์๊ฐ์ ์ ์ ํ์๋ค.
3. RESULTS AND DISCUSSION
3.1. ๋ฏธ์๋ฌผ ๋ถ๋ฆฌ
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ํตํ์ฌ 2018๋ 3์ 13์ผ ์๋๊ตฐ ๊ธ์ง๋ฆฌ, ๊ฐ๊ตฌ๋ฆฌ,
๋จ์๋ฆฌ 3๊ฐ ์ง์ ์์ ๋ฌผ๊ณผ ์ฃผ๋ณ ํ์๋ฃ๋ฅผ ์ฑ์ทจํ์๋ค. ๊ธ์ง
๋ฆฌ, ๊ฐ๊ตฌ๋ฆฌ, ๋จ์๋ฆฌ์ ์ผ๋๋๋ ๊ฐ๊ฐ 31.92%, 0.92%, 0.08%
๋ก ํด์, ๊ธฐ์์ญ, ์ผ๋ฐํ์ฒ (๊ฒฝ๋ถ ์๋๊ตฐ ๊ฐ๊ตฌ๋ฉด ์ค์ญ์ฒ) ์
ํ์ด์๋ค. 3๊ฐ ์ง์ ์์ ์ด 46๊ท ์ฃผ๋ฅผ ๋ถ๋ฆฌํ์๊ณ , 16S rRNA
์ ์ ์ ์ผ๊ธฐ์์ด์ ๋ถ์ํ์ฌ ๋์ ํ์๋ค. ๊ธ์ง๋ฆฌ์ ํ ์๋ฃ
์์ ์ด 9์ฃผ, ๊ฐ๊ตฌ๋ฆฌ์์๋ ์ด 18์ฃผ, ๋จ์๋ฆฌ์์๋ ์ด 19์ฃผ๋ฅผ
๋ถ๋ฆฌํ์๋ค (Table 2).
3.2. ํญ๊ท ํ์ฑ ๋ณด์ ๊ท ์ฃผ ํ์
์์๋ถ๋ฆฌ๋ 46์ข ์ ๊ท ์ฃผ๋ฅผ ๋์์ผ๋ก B. cereus์ methicillin-
resistant S. aureus์ ๋ํ ํญ๊ท ํ์ฑ ๋ณด์ ๋ฏธ์๋ฌผ์ ํ์ํ ๊ฒฐ
๊ณผ, ํ์ ํํ๋ฒ๊ณผ ๋ฐฐ์์ฌ์ก์ ์ด์ฉํ paper disc๋ฒ ์์ ํ์ฑ
์ ๋ณด์ ํ ๊ท ์ฃผ๋ค์ ํ์ธํ์๋ค. S1S-2, S3W-2, S3W-11 ์ด 3
์ข ์ ๊ท ์ฃผ์์ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ํ์ธํ์๊ณ , ๊ฐ์ฅ ์ต์ ๊ฑฐ๋ฆฌ๊ฐ ํฐ
S3W-11๊ท ์ฃผ๋ฅผ ์ต์ข ์ ์ผ๋ก ์ ํํ์๋ค (Fig. 1). ํญ๊ท ํ์ฑ์
๋ณด์ ํ๊ณ Rouxiella silvae ์ 99.56% ์ ์ฌ๋๋ฅผ ๋ณด์๋ S1S-2
๊ท ์ฃผ๋ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ ๋ฐ ์๋ฆฌ์ ํน์ฑ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ์งํ ์ค์ด๋ค.
3.3. ๊ณํต๋ ์์ฑ
S3W-11๊ท ์ฃผ๋ ๊ทผ์ฐ์ข ๋ค๊ณผ 16S rRNA ์ ์ ์ ์ผ๊ธฐ์์ด ๋ถ์
์ ์ํ ๊ณํต๋ถ์์ ์งํํ์๋ค. ๊ทธ ๊ฒฐ๊ณผ, S3W-11๊ท ์ฃผ๋
Pantoea vagans LMG 24199T, Pantoea agglomerans DSM
3493T, Pantoea conspicua LMG 24534T์ ๊ฐ๊ฐ 99.64%,
99.58%, 99.18%์ ์๋์ฑ์ ๋ณด์๊ณ Pantoea ์ (genus)์ ์
ํ๋ ์ข (species)์ผ๋ก ํ์ธํ์๋ค (Fig. 2).
3.4. ์์ฉ ๋ฐฐ์ง๋ณ ์์ก ๋ฐ ํญ๊ท ํ์ฑ ๋น๊ต
S3W-11๊ท ์ฃผ์ ๋ฐฐ์๋ฐฐ์ง ์ต์ ํ ์ฐ๊ตฌ๋ฅผ ์ํด ์์ฉ๋ฐฐ์ง LB,
NB, TSB, YPD, R2A, Bennettโs ๋ฐฐ์ง์์ ๊ท ์ฃผ ์์ก๋๊ณผ pH
๋ฅผ ์ธก์ ํ์๋ค. ๊ฐ์ฅ ๋์ ์์ก์ ๋ณด์ธ ๋ฐฐ์ง๋ LB, TSB๋ฐฐ์ง
๋ก OD๊ฐ์ด ๊ฐ๊ฐ 1.9, 1.8๋ก ํ์ธ๋์๊ณ , NB๋ฐฐ์ง์์๋ OD
๊ฐ์ด 0.4๋ก ๊ฐ์ฅ ๋ฎ์ ์์ก์ ๋ณด์๋ค (Fig. 3(A)). S3W-11 ๊ท
์ฃผ๋ ๋ฐฐ์ง์ ๋ฐ๋ผ ์์ก์ ์ฐจ์ด๊ฐ ๋ง์ด ๋ฌ์ผ๋ฉฐ ์์ฉ๋ฐฐ์ง์ ๋ฐ
๋ฅธ ์ต์ข ๋ฐฐ์์ก์ pH๋ 3.5~8.1 ๋ฒ์๋ก ๋ํ๋ฌ๋ค. S3W-11 ๊ท
์ฃผ์ ์์ฉ ๋ฐฐ์ง๋ณ ํญ๊ท ํ์ฑ ํ์ธ ๊ฒฐ๊ณผ, B. cereus, S. aureus,
E. coli 3์ข ์ ๋ํ์ฌ YPD๋ฐฐ์ง์์ ๊ฐ๊ฐ 4 mm, 4 mm, 2 mm
์ ์ต์ ๊ฑฐ๋ฆฌ๋ฅผ ๊ด์ฐฐํ์๋ค. ๋ค๋ฅธ ์์ฉ๋ฐฐ์ง ๋ฐฐ์์ก์์๋ ํ
์ฑ์ด ์ ํ ๋ํ๋์ง ์์ ์ต์ ๋ฐฐ์ง๋ก YPD๋ฐฐ์ง๋ฅผ ์ ์ ํ์
๋ค (Fig. 3(B), Fig. 3(C)). ํญ๊ท ํ์ฑ์ ๋ณด์๋ ์ ์ผํ ๋ฐฐ์ง๋
YPD๋ฐฐ์ง๋ก ์กฐ์ฑ์ dextrose 2%, yeast extract 1%, peptone
2%์ด๋ค. ์ด ๊ฒฐ๊ณผ๋ก S3W-11๊ท ์ฃผ์ ํญ๊ท ๋ฌผ์ง ์์ฐ์ ์ ํฉํ
๋ฐฐ์ง์ ์กฐ์ฑ๊ณผ ํจ๋์ ํ์ธํ์๋ค. S3W-11๊ท ์ฃผ์ ์ต์ ๋ฐฐ์ง
๋ YPD๋ก ์ ์ ํ์๊ณ ์ดํ ์งํ๋๋ ์จ๋, ์ด๊ธฐ pH๋ณ ์์ก
๋ฐ ํ์ฑ๋น๊ต ์คํ์ YPD๋ฐฐ์ง์์ ๋ฐฐ์ํ์ฌ ์งํํ์๋ค.
3.5. ๋ฐฐ์์จ๋๋ณ ์์ก ๋ฐ ํญ๊ท ํ์ฑ ๋น๊ต
์ต์ ๋ฐฐ์ง๋ก ์ ์ ๋ YPD ๋ฐฐ์ง๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ์จ๋๋ณ ์์ก์ ๋น
๊ตํ๊ธฐ ์ํด ์์ก๋๊ณผ pH๋ฅผ ์ธก์ ํ์๋ค. ๊ท ์ฒด์ฑ์ฅ์ 20~
35oC ๋ฒ์์์ ๊ณ ๋ฅด๊ฒ ์ ์์ฅํ์์ผ๋ฉฐ, ๊ฐ๊ฐ์ ์จ๋๋ณ ์กฐ๊ฑด
์์ ๊ฐ์ฅ ๋์ ์์ก์ ๋ณด์ธ ์จ๋๋ 25oC๋ก OD๊ฐ์ด 1.4์๋ค.
๋ฐฐ์์จ๋ 40oC์์๋ ๊ฐ์ฅ ์ ์กฐํ ์์ก์ ๋ํ๋ด์์ผ๋ฉฐ OD
๊ฐ์ด 0.1๋ก ํ์ธ๋์๋ค. ์จ๋์ ๋ฐ๋ฅธ ์ต์ข ๋ฐฐ์์ก์ pH๋
Fig. 1. Antimicrobial activity against B. cereus (A) and S. aureus
(B) of isolated strains from Yeongdeok-gun.
68 Korean Society for Biotechnology and Bioengineering Journal 35(1): 64-71 (2020)
3.3~4.9 ๋ฒ์๋ก ํ์ธํ์๋ค (Fig. 4(A)). S3W-11๊ท ์ฃผ์ ์จ๋
๋ณ ํญ๊ท ํ์ฑ ํ์ธ๊ฒฐ๊ณผ, B. cereus, S. aureus, E. coli 3์ข ์ ๋
ํ์ฌ 25oC ์จ๋์์ ๊ฐ์ฅ ๋์ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ๋ํ๋๋ค (Fig.
4(B), Fig. 4(C)). 25oC, 20oC, 30oC, 35oC์์ผ๋ก ํ์ฑ์ ์ฐจ์ด
๋ฅผ ํ์ธํ์์ผ๋ฉฐ, 40oC ์จ๋์ ๋ฐฐ์์ก์์๋ ํ์ฑ์ ์ ํ ๋
ํ๋ด์ง ์์๋ค. ๋ฐ๋ผ์, ํญ๊ท ํ์ฑ ์ต์ ๋ฐฐ์์จ๋๋ 25oC๋ก
์ ์ ํ์๋ค.
3.5. ์ด๊ธฐ pH๋ณ ์์ก ๋ฐ ํญ๊ท ํ์ฑ ๋น๊ต
์ต์ ๋ฐฐ์ง๋ก ์ ์ ๋ YPD ๋ฐฐ์ง์ ์ต์ ๋ฐฐ์์จ๋ 25oC์์ ์ด
๊ธฐ pH๋ณ ์์ก์ ๋น๊ตํ๊ธฐ ์ํด ์์ก๋๊ณผ pH๋ฅผ ์ธก์ ํ์๋ค.
๊ท ์ฒด์ ์์ฅ์ ์ด๊ธฐ pH 8.5์์ OD๊ฐ 2.2๋ก ๊ฐ์ฅ ์ ์์ฅํ
์์ผ๋ฉฐ, ์ด๊ธฐ pH 5.5์์๋ OD๊ฐ 0.96์ผ๋ก ์ ์กฐํ ์์ฅ์ ๋
ํ๋ด์๋ค. ์ด๊ธฐ pH๋ณ๋ก ๊ท ์ฃผ ์์ก์ ์ฐจ์ด๋ฅผ ๋ณด์์ผ๋ฉฐ ์ด๊ธฐ
pH๊ฐ ๋์์ง ์๋ก ๊ท ์ฃผ์ ์์ฅ์ด ์ฆ๋ํ๋ ๊ฒ์ผ๋ก ํ์ธํ์
Fig. 2. Neighbor-joining phylogenetic tree based on 16S rRNA gene sequences showing the relationships among isolates belonging to
the order Pantoea sp. S3W-11 and related taxa. Numbers at nodes indicated bootstrap percentage (above 50%) based on 1,000
resampled data sets. Bar, 0.01 substitutions per nucleotide position.
Fig. 3. Growth, pH (A), antimicrobial activities (B) and bioassay pictures (C) of Pantoea sp. S3W-11 according to commercial media.
Pantoea sp. S3W-11์ ํญ๊ท ํ์ฑ๊ณผ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ 69
๋ค (Fig. 5(A)). ์ด๊ธฐpH์ ๋ฐ๋ฅธ ์ต์ข ๋ฐฐ์์ก์ pH ์ธก์ ๊ฒฐ๊ณผ,
3.6~4.1 ๋ฒ์๋ก ๋ํ๋ฌ๋ค. S3W-11 ๊ท ์ฃผ์ ์ด๊ธฐ pH๋ณ ํญ๊ท ํ
์ฑ ํ์ธ๊ฒฐ๊ณผ, B. cereus, S. aureus, E. coli 3์ข ์ ๋ํ์ฌ pH 6.5
์์ ๊ฐ์ฅ ๋์ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ๋ํ๋๋ค (Fig. 5(B), Fig. 5(C)).
3.6. S3W-11๊ท ์ฃผ์ ํญ๊ท ํ์ฑ ์ต์ ๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด
S3W-11๊ท ์ฃผ๋ 5 L fermenter๋ฅผ ์ด์ฉํ์ฌ ์ต์ ๋ฐฐ์์๊ฐ ์กฐ
๊ฑด์ ํ์ธํ์๋ค. ์ด์ ์คํ๊ฒฐ๊ณผ๋ก ์ ์ ๋ ์ต์ ์กฐ๊ฑด์ผ๋ก ๊ต
๋ฐ์๋ 100 rpm, ํต๊ธฐ๋์ 0.3 vvm (aeration volume/medium
Fig. 4. Growth, pH (A) and antimicrobial activities (B) and bioassay pictures (C) of Pantoea sp. S3W-11 according to culture temperature.
Fig. 5. Growth, pH (A) and antimicrobial activities (B) and bioassay pictures (C) of Pantoea sp. S3W-11 according to initial pH.
70 Korean Society for Biotechnology and Bioengineering Journal 35(1): 64-71 (2020)
volume/minute) ์กฐ๊ฑดํ์ ์งํํ์๋ค. ์์กํจํด ํ์ธ ๊ฒฐ๊ณผ,
์ ์ข ํ ๋ฐฐ์ 48์๊ฐ์ ์ ์ง๊ธฐ๋ก ๋ค์ด์๋ ๊ฒ์ผ๋ก ํ์ธ๋์
๋ค (Fig. 6). ์๊ฐ๋ณ๋ก ๋ฐฐ์์ก์ ํ์ํ์ฌ B. cereus, S. aureus,
E. coli 3์ข ์ ๋์์ผ๋ก ๋ฐฐ์์๊ฐ๋ณ ํญ๊ท ํ์ฑ์ ํ์ธํ์๋ค.
๋ฐฐ์์๊ฐ๋ณ ํญ๊ท ํ์ฑ ํ์ธ๊ฒฐ๊ณผ, ๋์๊ธฐ์์ ์ ์ง๊ธฐ๋ก ๋ค์ด
์ 48์๊ฐ ํ ํญ๊ท ํ์ฑ์ด ๊ฐ์ฅ ์ข์์ผ๋ฉฐ, ๋ฐฐ์ 120์๊ฐ๊น์ง
ํญ๊ท ํ์ฑ์ ๋ ์ฆ๋๋์ง ์๊ณ ์ ์ง๋๋ ๊ฒ์ผ๋ก ํ์ธํ์๋ค
(Fig. 6). ์ต์ ๋ฐฐ์์๊ฐ์ ์ ์ข ํ 48์๊ฐ๊น์ง ๋ฐฐ์ํ๋ ๊ฒ์ด
๊ฐ์ฅ ํจ์จ์ ์ผ๋ก ํญ๊ท ์ ์ฉ๋ฌผ์ง์ ์์ฐํ ์ ์๋ ์กฐ๊ฑด์ผ๋ก
ํ๋จ๋๋ค. ์ต์ข ์ ์ผ๋ก S3W-11 ๊ท ์ฃผ์ ํญ๊ท ํ์ฑ ์ฆ๋๋ฅผ ์ํ
์ต์ ํ ๋ฐฐ์ง๋ YPD๋ก ์ ์ ํ์๊ณ , YPD ๋ฐฐ์ง๋ฅผ ์ด์ฉํ ์ผ๋ฐ
๋ฐฐ์ ๋ฐ ์ต์ ํ๋ ์กฐ๊ฑดํ์ 48์๊ฐ ๋ฐฐ์ ํ ํ์ฑํ์ธ ๊ฒฐ๊ณผ
์ฝ 40%์ ํญ๊ท ํ์ฑํจ๋ฅ์ด ์ฆ๋๋๋ ๊ฒ์ผ๋ก ํ์ธํ์๋ค.
S3W-11๊ท ์ฃผ๋ ํญ๊ท ํ์ฑ ๋ฌผ์ง ์์ฐ์ 5 L fermenter์ ์ต์
๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด์ YPD๋ฐฐ์ง, ๋ฐฐ์์จ๋ 25oC, ์ด๊ธฐ pH 6.5, 48์๊ฐ
๋ฐฐ์์กฐ๊ฑด์ผ๋ก ๊ฒฐ์ ํ์๋ค. ์ด ์กฐ๊ฑด์ผ๋ก ๋ฐฐ์ํ๋ ๊ฒ์ด ๊ฐ์ฅ
ํจ์จ์ ์ผ๋ก ํญ๊ท ๋ฌผ์ง์ ์์ฐํ ์ ์๋ ์กฐ๊ฑด์ผ๋ก ํ๋จ๋๋ค.
ํญ๊ท ๋ฌผ์ง์ ์์ํ๊ฒ ์ ์ ํ์ฌ ๋จ์ผ ๋ฌผ์ง๋ก ์ธํด ๋ํ๋ ๊ฒ
์ธ์ง ํ์ธํ๊ณ , ํํ์ ํน์ฑ๊ณผ ๊ตฌ์กฐ๋ฅผ ๊ท๋ช ํ๊ณ ์ ํ๋ค. ์
์ธ๋ฌ ์ธํฌ ๋ฐ ๋๋ฌผ ์คํ์ ํตํด ์ธ์ฒด์ ๋ํ ๋ ์ฑ์ฌ๋ถ๋ ํ
์ ํ์ฌ, ์ฐ์ ์ฉ ์์ฌ๋ก ๊ฐ๋ฐ ๊ฐ๋ฅ์ฑ์ ํ์ธํ๊ณ ์ ํ๋ค.
Acknowledgements
๋ณธ ์ฐ๊ตฌ๋ ํ๊ฒฝ๋ถ ์ฐํ ๊ตญ๋ฆฝ๋๋๊ฐ์๋ฌผ์์๊ด ์ฐ๊ตฌ๊ณผ์ (โ์ฐ
์ ํ์ ๋ง๋ฏธ์๋ฌผ์ ๋๋๋ฐฐ์๊ธฐ์ ๊ฐ๋ฐโ, NNIBR201902113)์
์ ์ง์๋ฐ์์.
REFERENCES
1. Kang, C. S. (2004) Antibiotic resistance and countermeasures. Pat-
ent 21 54:37-43.
2. KIHAST. (2016) Antibiotics resistance. Global social policy brief.
May, Vol. 20.
3. Shin, E. (2017) Antimicrobials and antimicrobial resistant super-
bacteria. Ewha Med. J. 40(3): 99-103.
4. Tawfik, K. A., P. Jeffs, B. Bray, G. Dubay, J. O. Falkinham, M.
Mesbah, D. Youssef, S. Khalifa, and E. W. Schmidt (2010) Burk-
holdines 1097 and 1229, potent antifungal peptides from Burk-
holderia ambifaria 2.2N. Org. Lett. 12: 664-666.
5. Mahenthiralingam, E., L. Song, A. Sass, J. White, C. Wilmot, A.
Marchbank, O. Boaisha, J. Paine, D. Knight, and G. L. Challis
(2011) Enacyloxins are products of an unusual hybrid modular
polyketide synthase encoded by a cryptic Burkholderia ambifaria
Genomic Island. Chem. Biol. 18: 665-677.
6. Farh Mel, A., Y. J. Kim, H. Van An, J. Sukweenadhi, P. Singh, M.
A. Huq, and D. C. Yang (2015) Burkholderia ginsengiterrae sp.
nov. and Burkholderia panaciterrae sp. nov., antagonistic bacteria
against root rot pathogen Cylindrocarpon destructans, isolated
from ginseng soil. Arch. Microbiol. 197: 439-447.
7. Nam, Y. H., A. Choi, B. S. Hwang, and E. J. Chung (2018) Anti-
microbial activities of Burkholderia sp. strains and optimization of
culture conditions. Kor. J. Microbiol. 54(4): 428-435.
8. Aouadhi, C., Z. Rouissi, S. Kmiha, S. Mejri, and A. Maaroufi
(2016) Effect of sporulation conditions on the resistance of Bacil-
lus sporothermodurans spores to nisin and heat. Food Microbiol.
54: 6-10.
9. Mogi, T., and K. Kita (2009) Gramicidin S and polymyxins: the
revival of cationic cyclic peptide antibiotics. Cell. Mol. Life Sci.
66: 3821-3826.
10. Shida, O., H. Takagi, K. Kadowaki, and K. Komagata (1996) Pro-
posal for two new genera Brevibacillus gen. nov. and Aneuriniba-
cillus gen. nov. Int. J. Syst. Bacteriol. 46: 939-946.
11. Choi, A., Y. H. Nam, K. Baek, and E. J. Chung (2019) Brevibacil-
lus antibioticus sp. nov., with a broad range of antibacterial activ-
ity, isolated from soil in the Nakdong River. J. Microbiol. 57(11):
991-996.
12. Guerra-Santos, L. H., O. Kappeli, and A. Fiechter (1986) Depen-
dence of Pseudomonas aeruginosa continous culture biosurfactant
production on nutritional and environmental factors. Appl. Micro-
biol. Biotechnol. 24: 443-448.
13. Abdel-Mawgoud, A. M., M. M. Abouwafa, and N. A. Hassouna
(2008) Optimization of surfactin production by Bacillus subtilis
Isolate BS5. Appl. Biochem. Biotechnol. 150: 305-325.
14. Smits Theo, H. M., F. Rezzonico, T. Kamber, J. Blom, A. Goes-
mann, A. Ishimaru Carol, E. Frey Jurg, V. O. Stockwell, and B.
Duffy (2011) Metabolic versatility and antibacterial metabolite
biosynthesis are distinguishing genomic features of the fire blight
antagonist Pantoea vagans C9-1. PLOS one 6(7): e22247.
15. Yoon, S., S. Ha, S. Kwon, J. Lim, Y. Kim, H. Seo and J. Chun
(2017) Introducing EzBioCloud: a taxonomically united database
of 16S rRNA gene sequences and whole-genome assemblies. Int.
J. Syst. Evol. Microbiol. 67: 1613-1617.
16. Thompson, J. D., T. J. Gibson, F. Plewniak, F. Jeanmougin, and D.
G. Higgins (1997) The CLUSTAL_X Windows interface: flexible
strategies for multiple sequence alignment aided by quality analy-
Fig. 6. Growth, pH and antimicrobial activities of Pantoea sp.
S3W-11 according to culture time by 5 L fermenter. Cell growth
(๏ฟฝ), pH(โฒ), Inhibition zone(โ ).
Pantoea sp. S3W-11์ ํญ๊ท ํ์ฑ๊ณผ ๋ฐฐ์ ์ต์ ํ 71
sis tools. Nucleic. Acids Res. 25: 4876-4882.
17. Hall, T. A. (1999) BioEdit: a user-friendly biological sequence
alignment editor and analysis program for Windows 95/98/NT.
Nucleic Acids Symp Ser 41: 95-98.
18. Kumar, S., G. Stecher, and K. Tamura (2016) MEGA7: molecular
evolutionary genetics analysis version 7.0 for bigger datasets. Mol.
Biol. Evol. 33: 1870-1874.
19. Saitou, N., and M. Nei (1987) The neighbor-joining method: a
new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol.
4: 406-425.
20. Felsenstein, J. (1981) Evolutionary trees from gene frequencies
and quantitative characters: finding maximum likelihood esti-
mates. Evolution 35(6): 1229-1242.
21. Fitch, W. M. (1971) Towards defining the course of evolution:
Minimum change for a specific tree topology. Syst. Biol. 20: 406-
416.
22. Felsenstein, J. (1985) Confidence limits on phylogenies: an approach
using the bootstrap. Evolution 39: 783-791.