Lo splicing dellRNA definizione importanza predizione Ing Francesco Piva Gruppo di biologia...
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Lo splicing dell’RNA• definizione• importanza• predizione
Ing Francesco PivaGruppo di biologia computazionale e molecolareDipartimento di Biochimica, Biologia e Genetica
Università Politecnica delle MarcheEdificio Scienze 3, Brecce Bianche, Ancona
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These are synonymous words, are we sure ?
. . . Ala Val Arg . . .
GCA C G T
GTA C G T
CGA C G TAGA G
GCAGTACGAGCAGTACGCGCAGTACGGGCAGTACGTGCAGTAAGAGCAGTAAGGGCAGTCCGAGCAGTCCGCGCAGTCCGGGCAGTCCGTGCAGTCAGAGCAGTCAGGGCAGTGCGAGCAGTGCGCGCAGTGCGGGCAGTGCGTGCAGTGAGAGCAGTGAGGGCAGTTCGAGCAGTTCGCGCAGTTCGGGCAGTTCGTGCAGTTAGAGCAGTTAGG
GCCGTACGAGCCGTACGCGCCGTACGGGCCGTACGTGCCGTAAGAGCCGTAAGGGCCGTCCGAGCCGTCCGCGCCGTCCGGGCCGTCCGTGCCGTCAGAGCCGTCAGGGCCGTGCGAGCCGTGCGCGCCGTGCGGGCCGTGCGTGCCGTGAGAGCCGTGAGGGCCGTTCGAGCCGTTCGCGCCGTTCGGGCCGTTCGTGCCGTTAGAGCCGTTAGG
GCGGTACGAGCGGTACGCGCGGTACGGGCGGTACGTGCGGTAAGAGCGGTAAGGGCGGTCCGAGCGGTCCGCGCGGTCCGGGCGGTCCGTGCGGTCAGAGCGGTCAGGGCGGTGCGAGCGGTGCGCGCGGTGCGGGCGGTGCGTGCGGTGAGAGCGGTGAGGGCGGTTCGAGCGGTTCGCGCGGTTCGGGCGGTTCGTGCGGTTAGAGCGGTTAGG
GCTGTACGAGCTGTACGCGCTGTACGGGCTGTACGTGCTGTAAGAGCTGTAAGGGCTGTCCGAGCTGTCCGCGCTGTCCGGGCTGTCCGTGCTGTCAGAGCTGTCAGGGCTGTGCGAGCTGTGCGCGCTGTGCGGGCTGTGCGTGCTGTGAGAGCTGTGAGGGCTGTTCGAGCTGTTCGCGCTGTTCGGGCTGTTCGTGCTGTTAGAGCTGTTAGG
4 * 4 * 6 = 96Three AAs specified by 96 synonymous words
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ATGTAAACGTATATCGTGACAGTGGTCTGTTAGTATTCCTTTAGTCATGGTTT
ATGTAAACTGGTCTGTTATCATGGTTT
Genomic DNA
mRNA
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attggaaaccgaaacccgttggtcacctctgcaatagccctccctccctcacttctacaattttgtgacagtggtcttgttttctgcattctctgcttcacgtgcttgttttgttggagcgcgtttgcatgctgctttaaattctgaaatattaaaaaaatttcgaagtttttcagcacatgggatgggagttttgaatttcaattttttaaaaacatttttctgtgattagtgccgtcgtggcacggctgttagccgcctatccggtttattcgatactttGTGAGTTTTTTGTAACTTTATGGTCGTCGAAATGGGAAAACTTGGCCACCAATATAAGTTTGGAAAACAATTTCCTAAAAATAAAATAATTGAACTTTTCCGATGAATAAAAAAATCGATCAGATATTCTGGAAAAAAAATCGATAAATTAATCGATTTTCTTGGAAAATACATCGAAAAATTGAGAAAAATAGAAAAATGAATGTTTTTCGATTACCGATTTATTGATTTTTCGTGAAAACTGAGTTCAGATAATTTTAAAAGCAATGTTTTTCATTTTTCAAATCAGAATCACTATAGTTTTGAAAAATCAATAATTAATTTATTGATTTTTCAATATAATTTTTTGGAAAAAATAGAAAAATCCCTTTCTAAAAGTTTTAAATTTCCAAGAAAAATTCATTTTCAAAATCACCAACGCGCTCTATAGAGTAGTCGATGAAAATCTCCGTTAAGGGTGCATGGGCAAAACGCGCTCGAACGACAATTGTTATTGTATGTTTGGTCTTGCAACGAAAAGTTTGAAAAATTGAAAAAAAGTTGTGTCTGATACATTTTTTTTTGGCATTTTCTGCTATTTTACACCAGAAAAAATTTAATAAACATAAAAAATCGAAATTTTTCAAGTTGGACAATTTTCAGtgagcatcttatccatcctagttctcagttcaggacttgtgcacattcgtttagagccagatattcgcaaagccttttcaccggatgattcagatgctggataGTAAGTGACTACTGACCTTGAAGCCTCCTTCCTCCACCAGTCAGAAATAACACGTTTTTTCGCAATGTTTTTCTTTTTCTAATTCGATTTCCCTTTCTCCCTTTCTTATTGTGATTTGGTCAATGTTTGGTTGACTGGGAAGAAAATTGAATTTTTTTGGAATTCCACTTGAAGTTAAAAAACCCAAAATAAATATTTGATCAAAAATAAATAAGAAAAAAAAGAAAACTTTAAAGCAAATGAAAATTTCGTTCGTAACTATTTTGTTAATTTTTTTAAAACTCCTATTTTAAATATATGCTTTTTGCGGAAATTTCTATAAATTTTTTTACATTTTTCAGtgaaacccgtgtctggctggaatactacggactcgacatctatccggaacgagcattctgtatttttaccgccaagcgcgaaaattccagtattctccaggaaggcgcactggcagacGTAAGTTGATTCTCCGTCACGCCCACTTTTCTGGCGGGAATTTAAAAAATTTCAGatttatactgtggacaatcgactatcggcggcagttggctaccaagatggggatggacgaaaaaattgcgatccactctgcgacttgaacagcccctttcacttgttagcgGTAGGTGGTGGTCTAGGGTGTCATTTTTCGATTTTTTCAATTATTCGATGTTTTTAGTGAAAATCGAAAAATCTAAAAATTGAAAATCGAAAAATGAAAGAAACATTGTTTTTTGGGGACCAAACATCTTAATGAATTTAACAACAGGGAAAACTGAACAGAAACCTGGACGGTCTTATCCCATTTATCTATATTCTTAAAATGAATGATGGAGAAAAAAGTTAAAATAAAAACATTATCAGCTTTTTGTAAGTTTTTCTCAAAAATTGTTCGATTTTTCGATTTTCTAAAAAGTCGAAAAACCGAAACCCTTGGTGGTGGTGGTGGTGGACTAGAAAACTCTTCAACGACCACATGGCAATTTTCAGaatttgacgcggagaaacaatggtaccacaagtgtattcacctatccggatatgccatatagcggactggatattttcctgggacttcacttgagtaatgcggattttggtaagattttttttgaaatgttaaatgaaaagttgaaaaatagtttttatgatttagccactttccagttaaaatttcatttttttaactataaaaagttctggaaaaatg
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Struttura tipica dei geni umani
esoni introni
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esone1 introne1 esone2 introne2 esone3
esone1
esone1
introne1
esone2
esone2
introne2
esone3
esone3
SPLICING
eliminazione introni
unione esoni
GT GTAG AG
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Lo splicing avviene in tutto il trascritto, anche nelle zone non codificanti
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R = G, AY = T, C
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R C ORI
O
HO RII+
=
R C ORII
O
HO RI+
Meccanismo di splicingestere alcool
due legami fosfoesterici
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U2AF
U2AF
U2AFU2AF
arly
U2AF si lega al tratto pirimidinico a valle del sito di ramificazione
snRNP U2 si lega al sito di ramificazione (richiesta idrolisi ATP)
Arg-Ser
le prot SR connettono U2Af con snRNP U1
si legano insieme
snRNP U5 si lega al 5’ss, snRNP U6 si lega a snRNP U2
snRNP U1 è rilasciato, snRNP U5 si sposta dall’esone all’introne, snRNP U6 si lega al 5’ss
snRNP U4 è rilasciato (richiesta idrolisi ATP), snRNP U6 e U2 catalizzano la
transesterificazione, snRNP U5 si lega al 3’ss, il 5’ ss è tagliato e si forma il
cappio
il 3’ss è tagliato e gli esoni vengono saldati insieme, il cappio verrà deramificato
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introne (5’ss)
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Sm protein
snRNP U1
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C5
G16
RBD: RNA binding domain
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si appaia al sito di ramificazione
Sm protein
snRNP U2
si appaiano con snRNA U6
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U5
U17
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3 541 2
1 2 3 5Muscolo cardiaco
1 43 5Muscolo uterino
Lo splicing è tessuto specifico
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Esempio di alternative splicing di un gene umano
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Alternative splicing tessuto specifico
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Tutti i modi di fare splicing alternativo
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Alcuni genomi virali subiscono splicing all’interno della cellula ospite
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equine infectious anemia virus (EIAV)
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AIM:
SPLICING PREDICTION TOOL
pre mRNAsequence
mRNAstructure
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attggaaaccgaaacccgttggtcacctctgcaatagccctccctccctcacttctacaattttgtgacagtggtcttgttttctgcattctctgcttcacgtgcttgttttgttggagcgcgtttgcatgctgctttaaattctgaaatattaaaaaaatttcgaagtttttcagcacatgggatgggagttttgaatttcaattttttaaaaacatttttctgtgattagtgccgtcgtggcacggctgttagccgcctatccggtttattcgatactttGTGAGTTTTTTGTAACTTTATGGTCGTCGAAATGGGAAAACTTGGCCACCAATATAAGTTTGGAAAACAATTTCCTAAAAATAAAATAATTGAACTTTTCCGATGAATAAAAAAATCGATCAGATATTCTGGAAAAAAAATCGATAAATTAATCGATTTTCTTGGAAAATACATCGAAAAATTGAGAAAAATAGAAAAATGAATGTTTTTCGATTACCGATTTATTGATTTTTCGTGAAAACTGAGTTCAGATAATTTTAAAAGCAATGTTTTTCATTTTTCAAATCAGAATCACTATAGTTTTGAAAAATCAATAATTAATTTATTGATTTTTCAATATAATTTTTTGGAAAAAATAGAAAAATCCCTTTCTAAAAGTTTTAAATTTCCAAGAAAAATTCATTTTCAAAATCACCAACGCGCTCTATAGAGTAGTCGATGAAAATCTCCGTTAAGGGTGCATGGGCAAAACGCGCTCGAACGACAATTGTTATTGTATGTTTGGTCTTGCAACGAAAAGTTTGAAAAATTGAAAAAAAGTTGTGTCTGATACATTTTTTTTTGGCATTTTCTGCTATTTTACACCAGAAAAAATTTAATAAACATAAAAAATCGAAATTTTTCAAGTTGGACAATTTTCAGtgagcatcttatccatcctagttctcagttcaggacttgtgcacattcgtttagagccagatattcgcaaagccttttcaccggatgattcagatgctggataGTAAGTGACTACTGACCTTGAAGCCTCCTTCCTCCACCAGTCAGAAATAACACGTTTTTTCGCAATGTTTTTCTTTTTCTAATTCGATTTCCCTTTCTCCCTTTCTTATTGTGATTTGGTCAATGTTTGGTTGACTGGGAAGAAAATTGAATTTTTTTGGAATTCCACTTGAAGTTAAAAAACCCAAAATAAATATTTGATCAAAAATAAATAAGAAAAAAAAGAAAACTTTAAAGCAAATGAAAATTTCGTTCGTAACTATTTTGTTAATTTTTTTAAAACTCCTATTTTAAATATATGCTTTTTGCGGAAATTTCTATAAATTTTTTTACATTTTTCAGtgaaacccgtgtctggctggaatactacggactcgacatctatccggaacgagcattctgtatttttaccgccaagcgcgaaaattccagtattctccaggaaggcgcactggcagacGTAAGTTGATTCTCCGTCACGCCCACTTTTCTGGCGGGAATTTAAAAAATTTCAGatttatactgtggacaatcgactatcggcggcagttggctaccaagatggggatggacgaaaaaattgcgatccactctgcgacttgaacagcccctttcacttgttagcgGTAGGTGGTGGTCTAGGGTGTCATTTTTCGATTTTTTCAATTATTCGATGTTTTTAGTGAAAATCGAAAAATCTAAAAATTGAAAATCGAAAAATGAAAGAAACATTGTTTTTTGGGGACCAAACATCTTAATGAATTTAACAACAGGGAAAACTGAACAGAAACCTGGACGGTCTTATCCCATTTATCTATATTCTTAAAATGAATGATGGAGAAAAAAGTTAAAATAAAAACATTATCAGCTTTTTGTAAGTTTTTCTCAAAAATTGTTCGATTTTTCGATTTTCTAAAAAGTCGAAAAACCGAAACCCTTGGTGGTGGTGGTGGTGGACTAGAAAACTCTTCAACGACCACATGGCAATTTTCAGaatttgacgcggagaaacaatggtaccacaagtgtattcacctatccggatatgccatatagcggactggatattttcctgggacttcacttgagtaatgcggattttggtaagattttttttgaaatgttaaatgaaaagttgaaaaatagtttttatgatttagccactttccagttaaaatttcatttttttaactataaaaagttctggaaaaatg
![Page 25: Lo splicing dellRNA definizione importanza predizione Ing Francesco Piva Gruppo di biologia computazionale e molecolare Dipartimento di Biochimica, Biologia.](https://reader033.fdocuments.in/reader033/viewer/2022061306/55148d7d550346b0158b5e71/html5/thumbnails/25.jpg)
aatttctAGgccgccgatcctaaaAGTgcaccatttcgcAGaAGTacGTacAGTttcccatctatccctAGTgGTcttGTtttctgcattctctgcttcacGTgcttGTtttGTtggAGcgcGTttgcatgctgctttaaattctgaaatattaaaaaaatttcgaAGTttttcAGcacatgggatgggAGTtttgaatttcaattttttaaaaacatttttctGTgattAGTgccGTcGTggcacggctGTtAGccgcctatccgGTttattcgatactttGTGAGTTTTTTGTAACTTTATGGTCGTCGAAATGGGAAAACTTGGCCACCAATATAAGTTTGGAAAACAATTTCCTAAAAATAAAATAATTGAACTTTTCCGATGAATAAAAAAATCGATCAGATATTCTGGAAAAAAAATCGATAAATTAATCGATTTTCTTGGAAAATACATCGAAAAATTGAGAAAAATAGAAAAATGAATGTTTTTCGATTACCGATTTATTGATTTTTCGTGAAAACTGAGTTCAGATAATTTTAAAAGCAATGTTTTTCATTTTTCAAATCAGAATCACTATAGTTTTGAAAAATCAATAATTAATTTATTGATTTTTCAATATAATTTTTTGGAAAAAATAGAAAAATCCCTTTCTAAAAGTTTTAAATTTCCAAGAAAAATTCATTTTCAAAATCACCAACGCGCTCTATAGAGTAGTCGATGAAAATCTCCGTTAAGGGTGCATGGGCAAAACGCGCTCGAACGACAATTGTTATTGTATGTTTGGTCTTGCAACGAAAAGTTTGAAAAATTGAAAAAAAGTTGTGTCTGATACATTTTTTTTTGGCATTTTCTGCTATTTTACACCAGAAAAAATTTAATAAACATAAAAAATCGAAATTTTTCAAGTTGGACAATTTTCAGtgAGcatcttatccatcctAGTtctcAGTtcAGgacttGTgcacattcGTttAGAGccAGatattcgcaaAGccttttcaccggatgattcAGatgctggatAGTAAGTGACTACTGACCTTGAAGCCTCCTTCCTCCACCAGTCAGAAATAACACGTTTTTTCGCAATGTTTTTCTTTTTCTAATTCGATTTCCCTTTCTCCCTTTCTTATTGTGATTTGGTCAATGTTTGGTTGACTGGGAAGAAAATTGAATTTTTTTGGAATTCCACTTGAAGTTAAAAAACCCAAAATAAATATTTGATCAAAAATAAATAAGAAAAAAAAGAAAACTTTAAAGCAAATGAAAATTTCGTTCGTAACTATTTTGTTAATTTTTTTAAAACTCCTATTTTAAATATATGCTTTTTGCGGAAATTTCTATAAATTTTTTTACATTTTTCAGTgaaacccGTGTctggctggaatactacggactcgacatctatccggaacgAGcattctGTatttttaccgccaAGcgcgaaaattccAGTattctccAGgaAGgcgcactggcAGacGTAAGTTGATTCTCCGTCACGCCCACTTTTCTGGCGGGAATTTAAAAAATTTCAGatttatactGTggacaatcgactatcggcggcAGTtggctaccaAGatggggatggacgaaaaaattgcgatccactctgcgacttgaacAGcccctttcacttGTtAGcgGTAGGTGGTGGTCTAGGGTGTCATTTTTCGATTTTTTCAATTATTCGATGTTTTTAGTGAAAATCGAAAAATCTAAAAATTGAAAATCGAAAAATGAAAGAAACATTGTTTTTTGGGGACCAAACATCTTAATGAATTTAACAACAGGGAAAACTGAACAGAAACCTGGACGGTCTTATCCCATTTATCTATATTCTTAAAATGAATGATGGAGAAAAAAGTTAAAATAAAAACATTATCAGCTTTTTGTAAGTTTTTCTCAAAAATTGTTCGATTTTTCGATTTTCTAAAAAGTCGAAAAACCGAAACCCTTGGTGGTGGTGGTGGTGGACTAGAAAACTCTTCAACGACCACATGGCAATTTTCAGaatttgacgcggAGaaacaatgGTaccacaAGTGTattcacctatccggatatgccatatAGcggactggatattttcctgggacttcacttgAGTaatgcggattttgGTaAGattttttttgaaatGTtaaatgaaaAGTtgaaaaatAGTttttatgatttAGccactttccAGTtaaaatttcatttttttaactataaaaAGTtctggaaaaatG
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Segnali per il riconoscimento degli introni
Motivi conservati
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I segnali dei siti di splicing sono ben conservati tra le specieprobabilmente la comparsa del meccanismo di splicing è molto antica
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5’splice sites
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![Page 30: Lo splicing dellRNA definizione importanza predizione Ing Francesco Piva Gruppo di biologia computazionale e molecolare Dipartimento di Biochimica, Biologia.](https://reader033.fdocuments.in/reader033/viewer/2022061306/55148d7d550346b0158b5e71/html5/thumbnails/30.jpg)
![Page 31: Lo splicing dellRNA definizione importanza predizione Ing Francesco Piva Gruppo di biologia computazionale e molecolare Dipartimento di Biochimica, Biologia.](https://reader033.fdocuments.in/reader033/viewer/2022061306/55148d7d550346b0158b5e71/html5/thumbnails/31.jpg)
Binding of DAZAP1 and hnRNPA1/A2 to an Exonic Splicing Silencer in a Natural BRCA1 Exon 18 MutantGoina E, Skoko N, Pagani F. Mol Cell Biol 2008; 28: 3850–3860
One point mutation at a time
BRCA1 exon 18
17 18 19
17 19
20%
80%17 18 19
100%
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Two point mutations at a time
BRCA1 exon 18
Binding of DAZAP1 and hnRNPA1/A2 to an Exonic Splicing Silencer in a Natural BRCA1 Exon 18 MutantGoina E, Skoko N, Pagani F. Mol Cell Biol 2008; 28: 3850–3860
Complete exon 18 skipping Decreased efficiency
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WT 5’-ACAGTTGTTGGCGGTTG-3’TACCACCC TTATTGGTTC AA CCGC G G T
0102030405060708090
100
G T G A G T C T C G C A C A C A C C T T C A G T T C T
WT 144A145C 146A 147G 148T 149T150G 151T 153G 154G 155C 156G 157G
ex9 +ex9 -
% e
xon
9 in
clu
sion
Effect of variations in CFTR exon 9
Pagani, F., Buratti, E., Stuani, C., and Baralle, F. E. (2003) J Biol Chem Pagani, F., Stuani, C., Zuccato, E., Kornblihtt, A. R., and Baralle, F. E. (2003) J Biol Chem
A
pathological
path
olog
ical
path
olog
ical
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An additional exonic constraints: the splicing code
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The genetic code is degenerate, but it is not all rodustness
. . . Ala Val Arg . . .
GCA C G T
GTA C G T
CGA C G TAGA G
GCAGTACGAGCAGTACGCGCAGTACGGGCAGTACGTGCAGTAAGAGCAGTAAGGGCAGTCCGAGCAGTCCGCGCAGTCCGGGCAGTCCGTGCAGTCAGAGCAGTCAGGGCAGTGCGAGCAGTGCGCGCAGTGCGGGCAGTGCGTGCAGTGAGAGCAGTGAGGGCAGTTCGAGCAGTTCGCGCAGTTCGGGCAGTTCGTGCAGTTAGAGCAGTTAGG
GCCGTACGAGCCGTACGCGCCGTACGGGCCGTACGTGCCGTAAGAGCCGTAAGGGCCGTCCGAGCCGTCCGCGCCGTCCGGGCCGTCCGTGCCGTCAGAGCCGTCAGGGCCGTGCGAGCCGTGCGCGCCGTGCGGGCCGTGCGTGCCGTGAGAGCCGTGAGGGCCGTTCGAGCCGTTCGCGCCGTTCGGGCCGTTCGTGCCGTTAGAGCCGTTAGG
GCGGTACGAGCGGTACGCGCGGTACGGGCGGTACGTGCGGTAAGAGCGGTAAGGGCGGTCCGAGCGGTCCGCGCGGTCCGGGCGGTCCGTGCGGTCAGAGCGGTCAGGGCGGTGCGAGCGGTGCGCGCGGTGCGGGCGGTGCGTGCGGTGAGAGCGGTGAGGGCGGTTCGAGCGGTTCGCGCGGTTCGGGCGGTTCGTGCGGTTAGAGCGGTTAGG
GCTGTACGAGCTGTACGCGCTGTACGGGCTGTACGTGCTGTAAGAGCTGTAAGGGCTGTCCGAGCTGTCCGCGCTGTCCGGGCTGTCCGTGCTGTCAGAGCTGTCAGGGCTGTGCGAGCTGTGCGCGCTGTGCGGGCTGTGCGTGCTGTGAGAGCTGTGAGGGCTGTTCGAGCTGTTCGCGCTGTTCGGGCTGTTCGTGCTGTTAGAGCTGTTAGG
4 * 4 * 6 = 96Three AAs specified by 96 synonymous words
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exon31cryptic exonNF1 gene
A>G
ttttatagTGAGAATA
WT MUT
Raponi M, Upadhyaya M, Baralle D.Functional splicing assay shows a pathogenic intronic mutation in neurofibromatosis type 1 (NF1) due to intronic sequence exonization.Hum Mutat. 2006; 27(3):294-295.
La mutazione attiva un esone criptico (in rosso)
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TAGgtaataTAGgtggga
TAGataataCAGgtattg
CAAgtattgCAAgtaagc
CAAgtaagg
Raponi M, Upadhyaya M, Baralle D.Functional splicing assay shows a pathogenic intronic mutation in neurofibromatosis type 1 (NF1) due to intronic sequence exonization.Hum Mutat. 2006;27(3):294-295.
exon31cryptic exonNF1 gene
Disruption of 5’ss restores normal splicing
La seq 2 ha un sito di splicing in 5’ più debole della seq 1. La seq 3 non ha il sito.
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ATM gene structure
20 21
M WT del mut
20 21
20 21
mutations
results
A new type of mutation causes a splicing defect in ATMPagani F, Buratti E, Stuani C, Bendix R, Dörk T, Baralle FENature Genetics 2002, 30: 426-429
20 21
WT: GGCCAGGTAAGTGATA
DEL: GGCCAG____GTGATA
MUT: GGCCAGGTCTGTGATA
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exonic splicing enhancer ESE
exonic splicing silencer ESS
intronic splicing enhancer ISE
intronic splicing silencer ISS
Many elements regulate the splicing process
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A compact formalism, but…
scorematrix
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Experimental assessed binding sites
ACG
TGconsensus
sequence
AGGAGTCGGCGT
unzip
AGGAGTCGTAGGCGT
Compression and reconstruction of motifs
zip
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Intron definition / exon definition
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Modello di exonic splicing enhancer mediato da proteine SR
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Modello di exonic splicing silencer
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elements promoting exons
elements promoting introns
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ESE, ISS: esone
ESS, ISE: introne
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9G8, CUG-BP1, DAZAP1, ETR-3, Fox-1, Fox-2, FMRP, hnRNP A0, hnRNP A1, hnRNP A2/B1, hnRNP C, hnRNP C1, hnRNP C2, hnRNP D, hnRNP D0, hnRNP DL, hnRNP E1, hnRNP E2, hnRNP F, hnRNP G, hnRNP H1, hnRNP H2, hnRNP I (PTB), hnRNP J, hnRNP K, hnRNP L, hnRNP LL, hnRNP M, hnRNP P (TLS), hnRNP Q, hnRNP U, HTra2alpha, HTra2beta1, HuB, HuD, HuR, KSRP, MBNL1, Nova-1, Nova-2, nPTB, PSF, RBM4, RBM25, Sam68, SAP155, SC35, SF1, SF2/ASF, SLM-1, SLM-2, SRp20, SRp30c, SRp38, SRp40, SRp54, SRp55, SRp75, TDP43, TIA-1, TIAL1, YB-1, ZRANB2 …
PROTEINS REGULATING SPLICING STORED IN SPLICEAID
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SEQUENCESPLICEAID COMPETING TOOLS
EXPERIMENTALLY ASSESSED BINDING ESE Finder Rescue ESE Splicing
Rainbow ACAAC YB-1 no binding no ESE SRp40
GAAGAAGAHTra2A, HTra2B1, SF2/ASF, SC35, SRp40, SRp55, SRp75
no binding 3 ESE Tra2B
CUGGCGUCGUCGC no binding SF2/ASF, SRp55 2 ESE SRp40, SRp55
UGACUG hnRNP A1 no binding no ESE SRp40, SRp55
UUUUAGACAA
hnRNP C1, Sam68, hnRNP A1, hnRNP D, hnRNP E1, hnRNP E2, SRp38
no binding 1 ESE
hnRNP A2/B1, hnRNP C1/C2, hnRNP E1/E2, SRp40, SRp55, U2AF65
UGUGUGUGUGUGUGUGUG CUG-BP1, ETR-3, TDP43 SRp55 no ESE hnRNP U
Some comparisons among literature data (SpliceAid) and prediction tools
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Pan troglodytesaverage nucleotide divergence of just 1.2%
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Suggested papers
Nature reviews. Genetics. 2002; 3(4): 285-298Listening to silence and understanding nonsense: exonic mutations that affect splicing.Cartegni L, Chew SL, Krainer AR.PMID: 11967553
Nature reviews. Genetics. 2007; 8(10): 749-761. Splicing in disease: disruption of the splicing code and the decoding machinery.Wang GS, Cooper TA.PMID: 17726481