Le diagnostic virologique
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Le diagnostic virologique
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Cibles de la détection des virus
Structure virale détectée Méthode Applications courantes
Diagnostic Indirect
Diagnostic direct
Anticorps anti-protéine virale
Particule virale complète
Protéine virale
Acides nucléiques viraux
Sérologie viraleImmunoblot
Culture Virale
Immunoenzymologie, Immunofluorescence
Biologie moléculaire (PCR, Séquençage)
Presque tous les virus
HHV,enterovirus
Rotavirus, ADV, Norovirus, VRS, Grippe,
HHV…
Presque tous les virus
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Le diagnostic indirect
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Diagnostic indirect : sérologies virales
Prélèvements : - Sérum principalement, acheminé à température ambiante au laboratoire
- Autres liquides biologiques : LCR, LA, LBA…
Techniques : - Méthodes ELISA- Autres : HA, IHA, RFC …- Tests de confirmation : Western Blot et Immunoblot
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Cinétique des Anticorps
IgM
IgG
tempsPrimo-infection
RéactivationRéinfection
IgM?
IgGtaux
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Principe de la réaction ELISA
ELISA : Enzyme Linked ImmunoSorbent Assay
1/ Formation d’un complexe Ag-Ac
2/ Détection du complexe Ag-Ac par fixation d’un Ac anti-immunoglobuline humaine marqué
Par une enzyme (méthode immuno-enzymatique)
Par une molécule fluorescente (immuno-fluorescence)
Anticorps
Antigène
Anti-Ac
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Supports de sérologie virale
Techniques Manuelles
Techniques Automatisées
Puits colorés = sérums positifs pour la réaction ELISA. Lecture des DO par spectrophotométrie
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Tests sérologiques de confirmation
Une bande colorée apparaît si le sérum testé contient l’Ac reconnaissant l’Ag adsorbé sur la bandelette
Ex : diagnostic sérologique d’une infection par le HIV
1 2 3 4
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Indications
Mise en évidence d’un contact plus ou moins récent avec un virus :
Séroconversion d’anticorps spécifiques : nécessite 2 prélèvements à 15 jours d’intervalle
Présence d’IgM spécifiques
Augmentation significative des IgG spécifiques
Mesure de l’avidité des anticorps
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Avantages et limites
Avantages :
Bonnes sensibilité et spécificité
Automatisation
Délai de rendu du résultat
Moindre sensibilité chez certaines catégories de patients (nourrissons et sujets immunodéprimés)
Limites :
Interprétation parfois délicates : réactivité croisée au sein d’une même famille, présence possible d’IgM lors de réactivation (HHV)
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Le diagnostic direct
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Diagnostic direct : prélèvements
Prélèvements ne nécessitant pas de milieu de transport Tube sec stérile : LCR, LBA, urines, selles, prélèvements
liquides divers Tube contenant un anticoagulant (EDTA) : sang total pour recherche de virus dans le plasma ou les cellules
Prélèvements effectué avec un écouvillon stérile ou une brosse immergé dans un milieu de transport
Gorge, vésicules, conjonctives, uro-génital …
La qualité du résultat résulte de la qualité du prélèvement et des conditions de transport et/ou de conservation (transport rapide à +4°C)
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Diagnostic direct « rapide » : méthodes
Immunomarquage spécifique sur lame de verre avec un Ac dirigé contre une protéine virale
Détection par immunofluorescence
Détection par immunoenzymologie
Agglutination de particules de latex sensibilisées
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Adenovirus Parainfluenza 3
Diagnostic par immunofluorescence
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Détection d’antigène précoce du CMV
Culture rapideRévélation par IF ou IP
Cellules MRC5
IPIF
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Diagnostic direct « rapide » : indications
Prise en charge spécifique et rapide du patient dans certaines circonstances :
Femme enceinte pré-partum (HSV)
Infections respiratoires : grippe, VRS +++
Diarrhées du nourrisson (ADV, Rotavirus)
Recherche d’une infection à CMV infra-clinique chez un patient immunodéprimé
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Diagnostic direct « rapide » : avantages et limites
Avantages :
Rapidité de rendu de résultat
Limites :
Manque de sensibilité
Immunofluorescence : lecture au microscope fonction de l’expérience de l’observateur
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Diagnostic direct par culture : méthodes
Virus = parasite obligatoire des cellules, cultivé dans des cellules eucaryotes entretenues au laboratoire1/ Ensemencement d’une lignées
2/ Recherche d’un effet cytopathogène (ECP)
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ECP en culture sur cellules MRC5
CMV : ECP en banc de poisson
Enterovirus : inclusions intra-cytoplasmiques et noyau hyperdense repoussé en périphérie
Coloration montrant la disparition des nucléoles, chromatines éclatées, inclusions nucléaires colorées +++
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Diagnostic direct par culture : indications
Isolement d’un virus dans un milieu biologique :
Preuve du caractère infectieux
Caractérisation du phénotype d’une souche virale pour la résistance aux antiviraux (HHV, HIV) ou le tropisme (HIV)
Etudes épidémiologiques et synthèse de vaccin (grippe)
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Diagnostic direct par culture : avantages et limites
Avantages :
Très bonne sensibilité (méthode de référence)
Limites :
Délai d’obtention du résultat : 48h à 10 jours
Subjectivité de la lecture
Indispensable pour disposer de souches utilisées pour la mise au point de vaccins (vaccin grippal) Coût raisonnable
Certains virus sont non cultivables : HCV, HBV
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Diagnostic direct moléculaire : principes
Trois méthodes principales :
Hybridation moléculaire et ses variantes : bDNA, hybridation avec amplification du signal ; hybridationà la recherche de mutations sur le génome viral Amplification génique ou PCR
Séquençage nucléotidique
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Hybridation moléculaire : principe
Définition : détection directe d’ADN ou d’ARN sur différents supports
Principe :
1/ Formation d’un hybride acide nucléique viral du prélèvement (ADN ou ARN)/sonde spécifique du génome recherché, sur supports (membrane, microplaque…)
2/ Détection immuno-enzymatique de l’hybride par Ac anti-acide nucléique double brin puis détection colorimétrique, fluorescente ou chimioluminescente
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Hybridation moléculaire avec amplification du signal: méthode de
l’ADN branché
1/ Adsorbtion de l’acide nucléique par sonde de capture
2/ Détection à l’aide de sondes ramifiées sur lesquelles s’hybrident des sondes de révélation portant des molécules luminescentes
Le signal luminescent est proportionnel au nombre de molécules d’acide nucléique viral adsorbé
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Hybridation sur membrane et puces
1/ Hybridation à des sondes moléculaires fixées sur un support
1/ Détection immuni-enzymatique
Puces : multiples sondes adsorbées sur des supports de silice
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Amplification génique: principe de la PCR
1/ Amplification génique + recopiage d’une portion du génome viral grâce à des amorces et à l’action d’une polymérase
2/ Détection par électrophorèse en gel d’agarose ou par hybridation moléculaire post-PCR
(a) (b)
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La PCR temps réel
Détection ou quantification de
l’ADN pendant la phase
exponentielle par incorporation
d’une molécule fluorescente (SyBr
Green) ou hybridation de sondes
spécifiques emettant une
fluorescence (sondes à hydrolyse
ou sondes de fret)
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Séquençage nucléotidique
Méthode de Sanger
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Le séquenceur permet la détection automatique par électrophorèse du fluorochrome sur les fragments d’ADN formés
Séquençage automatique
Electrophorégramme
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41 62 67 69 74 103 184 210 215 219
LAI : M……AIKKKDSTKWRKL……K……M……LRWGLTTPDKa-1 : L -----N------- - - WK--FY----a–2 : L -----N-D----- - - W---FY----a–3 : L -----N------- - - W---FY----a–4 : L -----N------V - - W---FY----a–5 : L ------------- - - W---FY----
b–1 : - ------------- - - ----F-----b–2 : - -----N------- - - ----F-----
c–1 : - ------------- - - ----F-----
d–1 : L V----N------- N V W---FY---Nd–2 : L -----N------- N V W---FY---N
Analyse des séquences
Comparaison à des souches de référence
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0.1
1
4’15’16’
14’13’
99.7
9’HCV-JT
11’
BRU7’
8’27’
6’
5’
2’ FVI
HCV-J4 BRO17
1828’
RIO
12’
PEY DOS
LIM
3’
100
10’
Analyse phylogénétique
Même secteur (2 chambres avec 4 lits)Même jour de dialyseMême séance
Infections de novo
Infections anciennes
Souches de référence
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Diagnostic moléculaire : indications
Techniques qualitatives : montrer la présence d’un virus
Techniques quantitatives : suivi des patients traités par des antiviraux (HIV, HBV, HCV, CMV…)
Séquençage :
Caractérisation des génotypes viraux (HCV)
Détection de mutations nucléotidiques associées à la résistance aux antiviraux (HIV, HBV) Caractérisation du tropisme viral (HIV)
Analyse phylogénétique pour retracer l’origine d’une infection
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Diagnostic moléculaire : avantages et limites
Avantages :
Grande sensibilité des tests disponibles
Limites :
Absence de preuve du caractère infectieux du virus
Equipements et personnels expérimentés
Automatisation +++
Délai raccourci de rendu de résultat (urgences)
Coût relativement élevé
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![Page 38: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/38.jpg)
![Page 39: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/39.jpg)
![Page 40: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/40.jpg)
![Page 41: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/41.jpg)
![Page 42: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/42.jpg)
![Page 43: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/43.jpg)
![Page 44: Le diagnostic virologique](https://reader035.fdocuments.in/reader035/viewer/2022062301/5681326a550346895d9903d4/html5/thumbnails/44.jpg)