Lampiran 1. Alat-alat .2013-07-24  Alat-alat Penelitian Hot plate Cawan petri Sentrifuse...

download Lampiran 1. Alat-alat .2013-07-24  Alat-alat Penelitian Hot plate Cawan petri Sentrifuse Timbangan

of 17

  • date post

    07-May-2019
  • Category

    Documents

  • view

    213
  • download

    0

Embed Size (px)

Transcript of Lampiran 1. Alat-alat .2013-07-24  Alat-alat Penelitian Hot plate Cawan petri Sentrifuse...

Lampiran 1. Alat-alat Penelitian

Hot plate

Cawan petri

Sentrifuse

Timbangan digital

Thermal cycler

Trays elektroforesis

Magnetic stirrer

Rak tabung reaksi

Tips

Spatula

Botol Schott

Erlenmeyer

Tube PCR

Tube Eppendorf 1,5 ml

Autoclaf

UV-Transiluminator

Tabung reaksi Shaker Inkubator

Rak Mikrotube Inkubator

Gelas ukur

Beaker glass

Kasa

Parafilm

Sisir

Water bath

Vortex

Jangka sorong digital

Ose

L Glass

Laminar air flow

Sentrifuse

Lampiran 2. Bahan-bahan Penelitian

(NH4)2SO4

NaCl

K2HPO4

MgSO4.7H2O

PDA

Agar

Yeast extract NaCl fisiologis 0,9 %

Akuades

Alkohol 70 %

Air fuchsin

Gentian violet

Objek glass

Pipet tetes

Lugol

Bunsen dan korek api

EtBr

Primer ChiE-F dan ChiE-R

Loading dye Primer 16S rRNA

1 kb DNA ladder KAPA2G Fast Ready Master Mix

Isopropanol

EDTA

Lysozyme

Tube falcon

Nuclei Lysis Solution

DNA Rehydration Solution

Protein Precipitation Solution RNase

Agarose

Nutrient broth

Lampiran 3. Pembuatan Koloidal Kitin

Penjemuran cangkang udang Pemotongan cangkang udang

Persiapan alat dan bahan Proses pelarutan dalam HCL pekat

Koloidal kitin yang siap digunakan

Lampiran 4. Proses Pengenceran Bakteri

Menuangkan agar Mengambil NaCl fisiologis 0,9 %

NaCl dicampur dengan bakteri Memasukan bakteri dan NaCl dalam agar

Meratakan menggunakan L Glass

Inkubasi hasil pengenceran bakteri

Lampiran 5. Pewarnaan Gram Bakteri

Menyiapkan Pewarna Menyiapkan bunsen dan korek api

Mengambil satu ose bakteri Mengoleskan bakteri pada objek glass

Membilas gentian violet Membilas air fuchsin

Bakteri gram positif Bakteri gram negatif

Lampiran 6. Kultur Saprolegnia sp.

Saprolegnia yang menyerang ikan Penuangan medium PDA

Menyiapkan peralatan kultur Saprolegnia disimpan di tengah medium

Saprolegnia diinkubasi 3 x 24 jam Pertumbuhan Saprolegnia selama 7 hari

Lampiran 7. Isolasi DNA Genom Bakteri Asal Limbah Udang dan Kepiting

Kultur cair Proses sentrifugasi

Pelet DNA

Pengambilan supernatan

Memasukan lysozyme

Proses inkubasi dalam water bath

Memvortex larutan Memasukan isopropanol

Lampiran 8. Analisis Bioinformatik Bioedit

1. Buka program Bioedit, kemudian buka file atau data yang akan diolah menggunakan program bioedit.

2. Sorot (reverse) dilanjutkan dengan klik sekuen Nucleic acid Reverse

complement

3. Sorot (forward dan reverse) Sequence Pairwise Alignment Align two

sequence (allow end to slide)

4. Sorot (forward dan reverse) Alignment Create concensus Sequence

5. Klik basa pertama pada concensus Edit Select to end

6. Buka website http//ncbi.nlm.nih.gov pilih BLAST Nucleotide blast

Masukan urutan sekuen Pada database pilih 16S ribosomal RNA sequences

Klik BLAST

Lampiran 9. Analisis Prediksi Struktur 3D Enzim Kitinase

1. Buka program swissmodel.espasy.org

2. Buka urutan asam amino hasil analisis BLASTX

3. Buka program SWISS MODEL klik my workspace

4. Upload asam amino kedalam program my workspace

5. Tunggu sekitar 15 menit kemudian muncul