Isolation Kit MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid

Za in vitro dijagnostičku uporabu.

MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic AcidIsolation KitUPUTE ZA UPORABU

Kataloški broj A48383

Broj publikacije MAN0019811

Revizija A.0

Thermo Fisher Scientific Baltics UAB | V.A. Graiciuno 8, LT-02241 | Vilnius, LithuaniaZa opise simbola na naljepnicama proizvoda ili u dokumentima o proizvodima posjetite stranicu thermofisher.com/symbols-definition.

Kupac odgovara za usklađenost s regulatornim zahtjevima koji se odnose na njegove postupke i uporabu instrumenta.

Informacije u ovom priručniku mogu se promijeniti bez prethodne obavijesti.

IZJAVA O ODRICANJU OD ODGOVORNOSTI: U MJERI U KOJOJ TO DOPUŠTA ZAKON, DRUŠTVO THERMO FISHER SCIENTIFICINC. I/ILI NJEGOVA PRIDRUŽENA DRUŠTVA NISU ODGOVORNI ZA POSEBNE, SLUČAJNE, NEIZRAVNE, KAZNENE, VIŠESTRUKEILI POSLJEDIČNE ŠTETE KOJE SU POVEZANE S OVIM DOKUMENTOM, UKLJUČUJUĆI NJEGOVU UPORABU, ILI KOJE IZ NJEGAPROIZLAZE.

Preveden engleski broj publikacije MAN0019746 Rev. A.0.

Povijest revizija: Br. pub. MAN0019746

Revizija Datum Opis

A.0 20. studenog 2020. Novi dokument.

ZAŠTITNI ZNAKOVI: Svi zaštitni znakovi vlasništvo su društva Thermo Fisher Scientific i njegovih društava kćeri osim ako je drugačijenavedeno.

©2020 Thermo Fisher Scientific Inc. Sva prava pridržana.

https://www.thermofisher.com/symbols-definition

Sadržaj

■ POGLAVLJE 1 Informacije o proizvodu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Namjena . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Informacije o proizvodu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

Sadržaj i pohrana . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

Potrebni materijali koji nisu isporučeni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

■ POGLAVLJE 2 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (automatska metoda) . . . . . . . 9

Pripreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda (ulazni volumen uzorkaod 200 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10

Postavljanje instrumenta (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10Priprema pločica za obradu (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11Priprema mješavine kuglica za vezanje (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . 11Priprema pločice za uzorke . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11Obrada uzoraka (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12

Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda (ulazni volumen uzorkaod 400 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13

Postavljanje instrumenta . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13Priprema pločica za obradu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13Priprema mješavine kuglica za vezanje (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . 14Priprema pločice za uzorke . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14Obrada uzoraka (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15

■ POGLAVLJE 3 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (ručna metoda) . . . . . . . . . . . . . 16

Pripreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . 17Priprema mješavine kuglica za vezanje (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . 17Razgradnja s pomoću Proteinase K (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . . 17Ispiranje kuglica (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18Elucija nukleinske kiseline (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18

Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . 19Priprema mješavine kuglica za vezanje (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . 19Razgradnja s pomoću Proteinase K (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . . . . 19Ispiranje kuglica (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20Elucija nukleinske kiseline (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21

Upute za uporabu MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit 3

■ DODATAK A Sigurnost . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

Kemijska sigurnost . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23

Sigurnost od biološke opasnosti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24

■ DODATAK B Dokumenti i podrška . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Povezani dokumenti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Korisnička i tehnička podrška . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Ograničeno jamstvo proizvoda . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

Sadržaj

4 Upute za uporabu MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit

Informacije o proizvodu

■ Namjena . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

■ Informacije o proizvodu . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5

■ Sadržaj i pohrana . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

■ Potrebni materijali koji nisu isporučeni . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6

NamjenaKomplet MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit je komplet za pročišćavanje nukleinskekiseline temeljen na tehnologiji magnetskih kuglica namijenjen za izolaciju i pročišćavanje RNK i DNKvirusa iz humanih nazofaringealnih brisova. Komplet je namijenjen za kvalificirano i obučeno osobljeu kliničkim laboratorijima koje je primilo posebne upute i obuku iz tehnika pročišćavanja primjenommagnetskih kuglica, ručnih ili automatskih, te in vitro dijagnostičkih postupaka.

Informacije o proizvoduKomplet MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit (kat. br. A48383) posebno je osmišljenza dobivanje RNK i DNK iz čestica virusa u virusnom transportnom mediju (VTM). Komplet primjenjujetehnologiju magnetskih kuglica MagMAX™, čime se osigurava ponovljiva iskoristivost nukleinske kiselinevisoke kvalitete.

Ovaj je proizvod namijenjen za in vitro dijagnostičku uporabu i obuhvaća sljedeće značajke:

• automatski radni postupak na sustavu KingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor with 96 Deep-Well Head omogućuje obradu 96 ispitaka nazofaringealnog brisa u < 30 minuta

• opcije protokola podržavaju automatski radni postupak ili ručni radni postupak

• fleksibilni protokol prihvaća ulazne volumene uzorka od 200 do 400 µL virusnog transportnogmedija

• nema potrebe za RNK nosačima

• volumen elucije od 50 µL

1


Sadržaj i pohranaKomplet MagMAX™ Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit sadrži dovoljno reagensa za1000 reakcija s ulaznim volumenom od 400 µL ili 2000 reakcija s ulaznim volumenom od 200 µL.

Komponenta Količina Pohrana

Binding Solution 550 mL

15 °C do 25 °C

Wash Solution 1000 mL

Binding Beads 20 mL

Proteinase K 10 mL

Elution Buffer 100 mL

Potrebni materijali koji nisu isporučeniOsim ako je drugačije navedeno, svi materijali dostupni su putem stranice thermofisher.com. „MLS”znači da je materijal dostupan za nabavu na fisherscientific.com ili pri drugim većim dobavljačimalaboratorijske opreme.

Kataloški brojevi koji izgledaju kao poveznice otvaraju web-mjesta tih proizvoda.

Stavka Izvor

Sustav i materijali za automatsku ekstrakciju nukleinske kiseline

KingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor with 96 Deep-Well Head

5400630

KingFisher™ Flex 96 Deep-Well Heating Block 24075430

KingFisher™ Deep-Well 96 Plate 95040450, A48305, A48424, 95040455

Pločica s 96 jažica za češljasti nastavak (eng. tip comb), jednaod navedenih:

• KingFisher™ 96 KF microplate

• Tip Comb Presenting Plate for KF 96

• Nunc™ MicroWell™ 96‑Well Microplate, Flat Bottom

• Nunc™ MicroWell™ 96‑Well Microplate, barcoded

• ABgene™ 96–Well Polypropylene Storage Microplate

• ABgene™ 96–Well 1.2–mL Polypropylene DeepwellStorage Plate

• Nunc™ F96 MicroWell™ Black Polystyrene Plate

• Nunc™ F96 MicroWell™ White Polystyrene Plate

• KingFisher™ Deep-Well 96 Plate

• 97002540

• 267600

• 167008

• 269787

• AB0796

• AB1127

• 137101

• 136101

• 95040450, A48305, A48424, 95040455

KingFisher™ 96 tip comb for DW magnets 97002534, A48438, A48414

Poglavlje 1 Informacije o proizvoduSadržaj i pohrana1


http://www.thermofisher.com

http://fisherscientific.com

https://www.thermofisher.com/search/results?query=5400630&focusarea=Search%20All&scope=PDF



https://www.thermofisher.com/search/results?query=AB1127&focusarea=Search%20All&scope=PDF


(nastavak)

Stavka Izvor

Sustav i materijali za ručnu ekstrakciju nukleinske kiseline

Magnetic Stand-96AM10027

AM10050

Compact Digital Microplate Shaker 88882005

Inkubator s rešetkastim policama koji može dosećitemperaturu od 65 °C

MLS

KingFisher™ Deep-Well 96 Plate 95040450, A48305, A48424, 95040455

Standardna pločica s 96 jažica za eluat, jedna od navedenih:

• KingFisher™ 96 KF microplate

• MicroAmp™ Fast Optical 96‑Well Reaction Plate withBarcode, 0.1 mL

• MicroAmp™ Fast Optical 96-Well Reaction Plate, 0.1 mL

• MicroAmp™ Optical 96‑Well Reaction Plate with Barcode,0.2 mL

• MicroAmp™ Optical 96-Well Reaction Plate, 0.2 mL

• 97002540

• 4346906, 4366932

• 4346907

• 4306737, 4326659

• N8010560, 4316813

MicroAmp™ Clear Adhesive Film 4306311

Oprema

Laboratorijski mikser, vorteks miješalica ili jednakovrijedanproizvod

MLS

Jednokanalni i višekanalni prilagodljivi pipetori (1,00 µl do1000,0 µl)

MLS

Hladan blok ili led MLS

Reagensi

Fisher BioReagents™ Ethanol, Absolute, Molecular BiologyGrade[1] ili sličan

BP2818100, BP2818500, BP28184

Nuclease-free Water (not DEPC-Treated) MLS

(Opcionalno) Kontrola ekstrakcije, ako je potrebna za vaš test Za više informacija pogledajte vodič za test

Epruvete, pločice i ostali potrošni materijal

MicroAmp™ Clear Adhesive Film 4306311

MicroAmp™ Adhesive Film Applicator 4333183

Poglavlje 1 Informacije o proizvoduPotrebni materijali koji nisu isporučeni 1


https://www.fishersci.com/us/en/catalog/search/products?keyword=88882005






https://www.thermofisher.com/search/results?query=N8010560&focusarea=Search%20All&scope=PDF



https://www.fishersci.com/us/en/catalog/search/products?keyword=BP2818100





(nastavak)

Stavka Izvor

Sterilne konusne epruvete za pripremu reagensa MLS

Sterilni (filtrirani) vrhovi za pipete s barijerama za aerosole thermofisher.com/pipettetips

[1] Dostupno na fisherscientific.com.

Poglavlje 1 Informacije o proizvoduPotrebni materijali koji nisu isporučeni1


http://www.thermofisher.com/pipettetips

http://fisherscientific.com

Ekstrahiranje nukleinske kiseline(automatska metoda)

■ Pripreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9

■ Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . 10

■ Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . 13

Automatska ekstrakcija nukleinske kiseline izvodi se na sustavu KingFisher™ Flex Magnetic ParticleProcessor with 96 Deep-Well Head primjenom ulaznog volumena uzorka od 200 µL ili 400 µL. Zaspecifične preporuke u vezi s ulaznim volumenom uzorka pogledajte dokumentaciju testa.

Pripreme• Pobrinite se da pročitate i usvojite informacije navedene u ovom vodiču prije nego što počnete s

postupkom ekstrakcije.

• Pregledajte svoju dokumentaciju testa kako biste utvrdili preporučuje li se kontrola ekstrakcijeza provjeru djelotvornosti pripravka nukleinske kiseline. Slijedite smjernice o kontroli ekstrakcijenavedene u dokumentaciji testa.

• Utvrdite broj potrebnih reakcija na temelju broja uzoraka pacijenta koji će se obrađivati, uz jednunegativnu kontrolu po pločici.

• Pripremite svježi 80 %-tni etanol primjenom etanola Ethanol, Absolute, Molecular Biology Grade ivode Nuclease-free Water (not DEPC-Treated) za željeni broj reakcija, dovoljno za 1 mL po reakciji,uz prekoračenje od 10 %.

• Označite kratku stranu svake pločice KingFisher™ Deep-Well 96 Plate (4):

Naljepnica Broj pločica

Pločica za uzorke 1

Ispiranje 1 1

Ispiranje 2 1

Pločica za eluciju 1

• Označite kratku stranu KingFisher™ 96 KF microplate (1):

Naljepnica Broj pločica

Češljasti nastavak (eng. tip comb) 1

2


Napomena: Za držanje češljastih nastavaka (eng. tip comb) umjesto mikropločice KingFisher™ 96KF microplate mogu se upotrebljavati sljedeće pločice:

· Tip Comb Presenting Plate for KF 96

· Nunc™ MicroWell™ 96‑Well Microplate, Flat Bottom

· Nunc™ MicroWell™ 96‑Well Microplate, barcoded

· ABgene™ 96–Well Polypropylene Storage Microplate

· ABgene™ 96–Well 1.2–mL Polypropylene Deepwell Storage Plate

· Nunc™ F96 MicroWell™ Black Polystyrene Plate

· Nunc™ F96 MicroWell™ White Polystyrene Plate

· KingFisher™ Deep-Well 96 Plate

• Označite jažicu s negativnom kontrolom na pločici.

Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda(ulazni volumen uzorka od 200 μL)

Postavljanje instrumenta (ulazni volumen uzorka od 200 μL)

1. Pobrinite se da je blok KingFisher™ Flex 96 Deep-Well Heating Block postavljen na sustavKingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor with 96 Deep-Well Head.

VAŽNO! Uporaba nepravilnih magnetskih glava i blokova za zagrijavanje dovest će do nižihrezultata i potencijalno oštetiti instrument.

2. Pobrinite se da preuzmete program MVP_2Wash_200_Flex s web-mjesta proizvoda MagMAX™

Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit na www.thermofisher.com i učitate ga na instrument.

Poglavlje 2 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (automatska metoda)Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL)2


https://www.thermofisher.com/us/en/home.html

Priprema pločica za obradu (ulazni volumen uzorka od 200 μL)

Napomena: Tijekom koraka ispiranja otopina Wash Solution može razviti inertne bijele ili smeđe česticekoje plutaju u otopini. To nije razlog za zabrinutost i ne utječe negativno na učinkovitost.

Pripremite pločice za obradu u skladu sa sljedećom tablicom. Prekrijte pločice privremenom brtvom(kao što je MicroAmp™ Clear Adhesive Film) i zatim ih pohranite na sobnoj temperaturi najviše 1 sat dokpostavljate pločicu za uzorke.

ID pločicePoložajpločice

Vrsta pločice ReagensVolumen po

jažici

Pločica za ispiranje 1 2

KingFisher™ Deep-Well 96 Plate

Wash Solution 500 µl

Pločica za ispiranje 2 3 80 %-tni etanol 500 µl

Pločica za eluciju 4 Elution Buffer 50 µl

Pločica s češljastimnastavcima (eng. tip comb

plate)5

Postavite KingFisher™ 96 tip comb for DW magnets u KingFisher™ 96KF microplate ili sličnu pločicu[1]

[1] Pogledajte “Pripreme” na stranici 9 za slične pločice.

Priprema mješavine kuglica za vezanje (ulazni volumen uzorka od 200 μL)

Pripremite potrebnu količinu mješavine kuglica za vezanje na svaki dan uporabe.

1. Vrtložite kuglice Binding Beads kako biste osigurali homogeno miješanje mješavine kuglica.

2. Za potreban broj reakcija mješavinu kuglica za vezanje pripremite u skladu sa sljedećom tablicom:

Komponenta Volumen po jažici[1]

Binding Solution 265 µl

Binding Beads 10 µl

Ukupni volumen po jažici 275 µl

[1] Prilikom izrade mješavine kuglica za vezanje uključite prekoračenje od 10 % za uporabu s više reakcija.

3. Dobro promiješajte preokretanjem i zatim pohranite na sobnoj temperaturi.

Priprema pločice za uzorke

1. Nježno preokrenite mješavinu kuglica za vezanje 5 puta kako biste je promiješali i zatim dodajte275 µL u svaku jažicu za uzorak i jažicu s negativnom kontrolom u pločici za uzorke (KingFisher™

Deep-Well 96 Plate).

Napomena: Mješavinu kuglica za vezanje ponovno promiješajte čestim preokretanjem tijekompipetiranja kako biste osigurali ravnomjernu raspodjelu kuglica u sve uzorke ili jažice. Mješavinakuglica za vezanje je viskozna pa pipetirajte polako kako biste bili sigurni da ste dodali točnukoličinu. NEMOJTE ponovno upotrebljavati vrhove za pipete kako biste dodali mješavinu kuglica zavezanje u uzorke jer će visoka viskoznost uzrokovati odstupanja u dodanim volumenima.

Poglavlje 2 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (automatska metoda)Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL) 2


2. Dodajte 200 µL uzorka u svaku jažicu za uzorak.

3. Dodajte 200 µL vode Nuclease-free Water (not DEPC-Treated) u jažicu s negativnom kontrolom.

4. Dodajte 5 µL enzima Proteinase K u svaku jažicu, uključujući jažicu s negativnom kontrolom.

5. (Opcionalno) Ako upotrebljavate kontrolu ekstrakcije, dodajte željeni volumen u svaku jažicu,uključujući jažicu s negativnom kontrolom. Za više informacija o uporabi kontrole ekstrakcijepogledajte dokumentaciju testa.

Napomena: Enzim Proteinase K (pogledajte korak 4) i kontrola ekstrakcije mogu se prethodnopromiješati na svaki dan uporabe i zatim čuvati na ledu. Dodajte kombinirani željeni volumenenzima Proteinase K i kontrole ekstrakcije u svaku jažicu pločice za uzorke.Na primjer, ako se za vaš test preporučuje 5 µL kontrole ekstrakcije po reakciji, dodajte 10 µLprethodno promiješanog enzima Proteinase K i kontrole ekstrakcije u svaku jažicu tijekom korak 4.

Obrada uzoraka (ulazni volumen uzorka od 200 μL)

1. Odaberite MVP_2Wash_200_Flex na sustavu KingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor with96 Deep-Well Head.

2. Pokrenite analizu, a zatim pripremljene pločice postavite na odgovarajući položaj kada vasinstrument to zatraži.

3. Kada analiza završi (~22 minute nakon pokretanja), smjesta uklonite pločicu za eluciju sinstrumenta te prekrijte pločicu s pomoću MicroAmp™ Clear Adhesive Film.

VAŽNO! Da biste spriječili isparavanje, pločicu s eluatom odmah zabrtvite.

Uzorci su eluirani u 50 µL pufera Elution Buffer (pogledajte “Priprema pločica za obradu (ulaznivolumen uzorka od 200 μL)” na stranici 11).

Napomena:

· Značajan prijenos kuglica može negativno utjecati na učinkovitost RT-PCR-a. Ako se uoči prijenoskuglica, postavite pločicu za eluciju na magnetsko postolje kako biste granulirali kuglice, a zatim eluatpipetirajte u novu pločicu s 96 jažica za uporabu u PCR-u u stvarnom vremenu. Pregledajte rezultatePCR-a u stvarnom vremenu kako biste utvrdili je li potrebna ponovna ekstrakcija.

· Da biste osigurali pouzdan radni učinak sustava KingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor,provedite preventivno održavanje prema uputama proizvođača.

Pločicu za eluciju postavite na led za neposrednu uporabu u RT-PCR-u u stvarnom vremenu.



Ekstrahiranje nukleinske kiseline – automatska metoda(ulazni volumen uzorka od 400 μL)

Postavljanje instrumenta

1. Pobrinite se da je blok KingFisher™ Flex 96 Deep-Well Heating Block postavljen na sustavKingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor with 96 Deep-Well Head.

VAŽNO! Uporaba nepravilnih magnetskih glava i blokova za zagrijavanje dovest će do nižihrezultata i potencijalno oštetiti instrument.

2. Pobrinite se da preuzmete program MVP_2Wash_400_Flex s web-mjesta proizvoda MagMAX™

Viral/Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit na www.thermofisher.com i učitate ga na instrument.

Priprema pločica za obradu


Pripremite pločice za obradu u skladu sa sljedećom tablicom. Prekrijte pločice privremenom brtvom(kao što je MicroAmp™ Clear Adhesive Film) i zatim ih pohranite na sobnoj temperaturi najviše 1 sat dokpostavljate pločicu za uzorke.

ID pločicePoložajpločice

Vrsta pločice ReagensVolumen po

jažici

Pločica za ispiranje 1 2

KingFisher™ Deep-Well 96 Plate

Wash Solution 1000 µl

Pločica za ispiranje 2 3 80 %-tni etanol 1000 µl

Pločica za eluciju 4 Elution Buffer 50 µl

Pločica s češljastimnastavcima (eng. tip comb

plate)5

Postavite KingFisher™ 96 tip comb for DW magnets u KingFisher™ 96KF microplate ili sličnu pločicu[1]

[1] Pogledajte “Pripreme” na stranici 9 za slične pločice.



https://www.thermofisher.com/us/en/home.html











Priprema pločice za uzorke

1. Nježno preokrenite mješavinu kuglica za vezanje 5 puta kako biste je promiješali i zatim dodajte550 µL u svaku jažicu za uzorak i jažicu s negativnom kontrolom u pločici za uzorke (KingFisher™

Deep-Well 96 Plate).


2. Dodajte 400 µL uzorka u svaku jažicu za uzorak.







Obrada uzoraka (ulazni volumen uzorka od 400 μL)

1. Odaberite MVP_2Wash_400_Flex na sustavu KingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor with96 Deep-Well Head.

2. Pokrenite analizu, a zatim pripremljene pločice postavite na odgovarajući položaj kada vasinstrument to zatraži.

3. Kada analiza završi (~24 minute nakon pokretanja), smjesta uklonite pločicu za eluciju sinstrumenta te prekrijte pločicu s pomoću MicroAmp™ Clear Adhesive Film.

VAŽNO! Da biste spriječili isparavanje, pločicu s eluatom odmah zabrtvite.

Uzorci su eluirani u 50 µL pufera Elution Buffer (pogledajte “Priprema pločica za obradu” nastranici 13).

Napomena:

· Značajan prijenos kuglica može negativno utjecati na učinkovitost RT-PCR-a. Ako se uoči prijenoskuglica, postavite pločicu za eluciju na magnetsko postolje kako biste granulirali kuglice, a zatim eluatpipetirajte u novu pločicu s 96 jažica za uporabu u PCR-u u stvarnom vremenu. Pregledajte rezultatePCR-a u stvarnom vremenu kako biste utvrdili je li potrebna ponovna ekstrakcija.

· Da biste osigurali pouzdan radni učinak sustava KingFisher™ Flex Magnetic Particle Processor,provedite preventivno održavanje prema uputama proizvođača.

Pločicu za eluciju postavite na led za neposrednu uporabu u RT-PCR-u u stvarnom vremenu.



Ekstrahiranje nukleinske kiseline(ručna metoda)

■ Pripreme . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16

■ Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL) . . . . . . . . . . 17

■ Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 400 μL) . . . . . . . . . . 19

Ručna ekstrakcija nukleinske kiseline može se izvoditi primjenom ulaznog volumena uzorka od 200 µL ili400 µL. Za specifične preporuke u vezi s ulaznim volumenom uzorka pogledajte dokumentaciju testa.

Pripreme• Pobrinite se da pročitate i usvojite informacije navedene u ovom vodiču prije nego što počnete s

postupkom ekstrakcije.

• Pregledajte svoju dokumentaciju testa kako biste utvrdili preporučuje li se kontrola ekstrakcijeza provjeru djelotvornosti pripravka nukleinske kiseline. Slijedite smjernice o kontroli ekstrakcijenavedene u dokumentaciji testa.

• Utvrdite broj potrebnih reakcija na temelju broja uzoraka pacijenta koji će se obrađivati, uz jednunegativnu kontrolu po pločici.

• Pripremite svježi 80 %-tni etanol primjenom etanola Ethanol, Absolute, Molecular Biology Grade ivode Nuclease-free Water (not DEPC-Treated) za željeni broj reakcija, uz prekoračenje od 10 %.

Ulazni volumen uzorka Volumen 80 %-tnog etanola po reakciji

200 μL 0,75 mL

400 μL 1,5 mL

• Označite jažicu s negativnom kontrolom na pločici.

3


Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulaznivolumen uzorka od 200 μL)











Razgradnja s pomoću Proteinase K (ulazni volumen uzorka od 200 μL)

U ovom su odjeljku navedeni volumeni za pločicu za uzorke. Vaš raspored pločica ovisit će o brojuuzoraka koje obrađujete.

1. Nježno preokrenite mješavinu kuglica za vezanje 5 puta kako biste je promiješali i zatim dodajte275 µL u svaku jažicu za uzorak i jažicu s negativnom kontrolom.


2. Dodajte 200 µL uzorka u svaku jažicu za uzorak na pločici KingFisher™ Deep-Well 96 Plate.





Poglavlje 3 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (ručna metoda)Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL) 3


6. Zabrtvite pločicu s pomoću MicroAmp™ Clear Adhesive Film i zatim tresite zabrtvljenu pločicu2 minute pri 1050 o/min.

7. Inkubirajte zabrtvljenu pločicu 5 minuta pri 65 °C (pobrinite se da je dno pločice neprekriveno) izatim tresite pločicu 5 minuta pri 1050 o/min.

8. Zabrtvljenu pločicu postavite na magnetsko postolje na 10 minuta ili dok se ne prikupe sve kuglice.

Ispiranje kuglica (ulazni volumen uzorka od 200 μL)


1. Držeći pločicu na magnetu, pažljivo uklonite poklopac i zatim bacite supernatant iz svake jažice.

VAŽNO! Pazite da ne narušite stabilnost kuglica.

2. Uklonite pločicu s magnetskog postolja i zatim u svaki uzorak dodajte 500 µL otopineWash Solution.

3. Ponovno zabrtvite pločicu i zatim je tresite 1 minutu pri 1050 o/min.

4. Pločicu postavite natrag na magnetsko postolje na 2 minute ili dok se ne prikupe sve kuglice.



6. Ponovite korak 2 do korak 5 korištenjem 500 µL 80 %-tnog etanola.


8. Osušite kuglice tako da pločicu (neprekrivenu) tresete 2 minute pri 1050 o/min.

Elucija nukleinske kiseline (ulazni volumen uzorka od 200 μL)

1. Dodajte 50 µL pufera Elution Buffer u svaki uzorak, a zatim zabrtvite pločicu s pomoću MicroAmp™

Clear Adhesive Film.

2. Tresite zabrtvljenu pločicu 5 minuta pri 1050 o/min.

3. Stavite pločicu u inkubator na 10 minuta pri 65 °C.

4. Uklonite pločicu iz inkubatora i zatim tresite pločicu 5 minuta pri 1050 o/min.

5. Zabrtvljenu pločicu postavite na magnetsko postolje na 3 minute ili dok se sve kuglice ne skupe namagnete.

Poglavlje 3 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (ručna metoda)Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 200 μL)3


6. Držeći pločicu na magnetu, pažljivo uklonite brtvu, prenesite eluate u novu standardnu pločicu s 96jažica (koje nisu duboke) i zatim zabrtvite pločicu s pomoću MicroAmp™ Clear Adhesive Film.

VAŽNO! Da biste spriječili isparavanje, pločicu s eluatom zabrtvite neposredno nakon završetkaprijenosa.

Napomena: Značajan prijenos kuglica može negativno utjecati na učinkovitost RT-PCR-a. Ako se uočiprijenos kuglica, držite ih na magnetskom postolju duže vrijeme kako biste dodatno granulirali kuglice, azatim eluat pipetirajte u novu pločicu s 96 jažica za uporabu u PCR-u u stvarnom vremenu. Pregledajterezultate PCR-a u stvarnom vremenu kako biste utvrdili je li potrebna ponovna ekstrakcija.

Pločicu postavite na led za neposrednu uporabu u RT-PCR-u u stvarnom vremenu.

Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulaznivolumen uzorka od 400 μL)











Razgradnja s pomoću Proteinase K (ulazni volumen uzorka od 400 μL)

U ovom su odjeljku navedeni volumeni za pločicu za uzorke. Vaš raspored pločica ovisit će o brojuuzoraka koje obrađujete.

1. Nježno preokrenite mješavinu kuglica za vezanje 5 puta kako biste je promiješali i zatim dodajte550 µL u svaku jažicu za uzorak i jažicu s negativnom kontrolom.

Napomena: Mješavinu kuglica za vezanje ponovno promiješajte čestim preokretanjem tijekompipetiranja kako biste osigurali ravnomjernu raspodjelu kuglica u sve uzorke ili jažice. Mješavinakuglica za vezanje je viskozna pa pipetirajte polako kako biste bili sigurni da ste dodali točnu



količinu. NEMOJTE ponovno upotrebljavati vrhove za pipete kako biste dodali mješavinu kuglica zavezanje u uzorke jer će visoka viskoznost uzrokovati odstupanja u dodanim volumenima.

2. Dodajte 400 µL uzorka u svaku jažicu za uzorak na pločici KingFisher™ Deep-Well 96 Plate.





6. Zabrtvite pločicu s pomoću MicroAmp™ Clear Adhesive Film i zatim tresite zabrtvljenu pločicu2 minute pri 1050 o/min.

7. Inkubirajte zabrtvljenu pločicu 5 minuta pri 65 °C (pobrinite se da je dno pločice neprekriveno) izatim tresite pločicu 5 minuta pri 1050 o/min.

8. Zabrtvljenu pločicu postavite na magnetsko postolje na 10 minuta ili dok se ne prikupe sve kuglice.

Ispiranje kuglica (ulazni volumen uzorka od 400 μL)




2. Uklonite pločicu s magnetskog postolja i zatim u svaki uzorak dodajte 1 mL otopine Wash Solution.

3. Ponovno zabrtvite pločicu i zatim je tresite 1 minutu pri 1050 o/min.

4. Pločicu postavite natrag na magnetsko postolje na 2 minute ili dok se ne prikupe sve kuglice.



6. Ponovite korak 2 do korak 5 korištenjem 1 mL 80 %-tnog etanola.


8. Osušite kuglice tako da pločicu (neprekrivenu) tresete 2 minute pri 1050 o/min.

Poglavlje 3 Ekstrahiranje nukleinske kiseline (ručna metoda)Ekstrahiranje nukleinske kiseline – ručna metoda (ulazni volumen uzorka od 400 μL)3


Elucija nukleinske kiseline (ulazni volumen uzorka od 400 μL)

1. Dodajte 50 µL pufera Elution Buffer u svaki uzorak, a zatim zabrtvite pločicu s pomoću MicroAmp™

Clear Adhesive Film.

2. Tresite zabrtvljenu pločicu 5 minuta pri 1050 o/min.

3. Stavite pločicu u inkubator na 10 minuta pri 65 °C.

4. Uklonite pločicu iz inkubatora i zatim tresite pločicu 5 minuta pri 1050 o/min.

5. Zabrtvljenu pločicu postavite na magnetsko postolje na 3 minute ili dok se sve kuglice ne skupe namagnete.

6. Držeći pločicu na magnetu, pažljivo uklonite brtvu, prenesite eluate u novu standardnu pločicu s 96jažica (koje nisu duboke) i zatim zabrtvite pločicu s pomoću MicroAmp™ Clear Adhesive Film.

VAŽNO! Da biste spriječili isparavanje, pločicu s eluatom zabrtvite neposredno nakon završetkaprijenosa.

Napomena: Značajan prijenos kuglica može negativno utjecati na učinkovitost RT-PCR-a. Ako se uočiprijenos kuglica, držite ih na magnetskom postolju duže vrijeme kako biste dodatno granulirali kuglice, azatim eluat pipetirajte u novu pločicu s 96 jažica za uporabu u PCR-u u stvarnom vremenu. Pregledajterezultate PCR-a u stvarnom vremenu kako biste utvrdili je li potrebna ponovna ekstrakcija.

Pločicu postavite na led za neposrednu uporabu u RT-PCR-u u stvarnom vremenu.



Sigurnost

UPOZORENJE! OPĆA SIGURNOST. Uporaba ovog proizvoda na način koji nije opisan u korisničkojdokumentaciji može dovesti do tjelesne ozljede ili do oštećenja instrumenta ili uređaja. Pobrinite se daje svatko tko upotrebljava ovaj proizvod dobio upute o općim sigurnosnim praksama za laboratorije isigurnosne informacije opisane u ovom dokumentu.

· Prije uporabe instrumenta ili uređaja pročitajte i usvojite sigurnosne informacije opisane ukorisničkoj dokumentaciji koju je isporučio proizvođač instrumenta ili uređaja.

· Prije rukovanja kemikalijama pročitajte i usvojite sve primjenjive sigurnosno-tehničke listove(eng. Safety Data Sheet, SDS) te upotrebljavajte odgovarajuću osobnu zaštitnu opremu(rukavice, jednokratne ogrtače, zaštitne naočale itd.). Za preuzimanje SDS-ova pogledajte odjeljak„Dokumentacija i podrška” u ovom dokumentu.

A


Kemijska sigurnost

UPOZORENJE! OPĆE RUKOVANJE KEMIKALIJAMA. Da biste opasnosti sveli na najmanjumoguću mjeru, pobrinite se da laboratorijsko osoblje pročita i poštuje opće sigurnosne smjerniceza uporabu, pohranu i zbrinjavanje kemikalija navedene u nastavku. Za specifične mjere opreza iupute pogledajte odgovarajući SDS:

· Prije pohrane kemikalija ili opasnog materijala te rukovanja kemikalijama ili opasnim materijalom ilirada na njima, pročitajte i usvojite sigurnosno-tehničke listove (eng. Safety Data Sheet, SDS) kojeje isporučio proizvođač kemikalije. Za preuzimanje SDS-ova pogledajte odjeljak „Dokumentacija ipodrška” u ovom dokumentu.

· Kontakt s kemikalijama svedite na najmanju moguću mjeru. Prilikom rukovanja kemikalijama nositeodgovarajuću osobnu zaštitnu opremu (primjerice, zaštitne naočale, rukavice ili zaštitnu odjeću).

· Udisanje kemikalija svedite na najmanju moguću mjeru. Spremnike s kemikalijama ne ostavljajteotvorenima. Upotrebljavajte isključivo odgovarajuću ventilaciju (na primjer, digestor).

· Redovito provjeravajte ima li znakova curenja ili prolijevanja kemikalija. U slučaju curenja iliprolijevanja slijedite postupke čišćenja koje je proizvođač naveo u SDS-u.

· Kemijskim otpadom rukujte u digestoru.

· Osigurajte uporabu primarnih i sekundarnih spremnika za otpad. (Primarni spremnik za otpadsadržava otpad s mjesta nastanka. Sekundarni spremnik sadržava otpad koji curi ili istječeiz primarnog spremnika. Oba spremnika moraju biti kompatibilna s otpadnim materijalom teispunjavati savezne, državne i lokalne zahtjeve u vezi s pohranom spremnika.

· Nakon pražnjenja, spremnik za otpad zabrtvite isporučenim poklopcem.

· Kategorizirajte (analizom, ako je potrebno) otpad koji je nastao zbog određenih primjena, reagensai supstrata koji se upotrebljavaju u vašem laboratoriju.

· Pobrinite se da se otpad pohranjuje, prenosi, prevozi i odlaže u skladu sa svim lokalnim, državnimi/ili nacionalnim propisima.

· VAŽNO! Radioaktivan ili biološki opasan materijal može zahtijevati posebno rukovanje te se moguprimijeniti ograničenja u vezi s odlaganjem.

Dodatak A SigurnostKemijska sigurnost A


Sigurnost od biološke opasnosti

UPOZORENJE! BIOLOŠKA OPASNOST. Biološki uzorci, poput tkiva, tjelesnih tekućina, infektivnihagensa i krvi ljudi ili drugih životinja, potencijalni su prijenosnici infektivnih bolesti. Sve posloveprovodite u pravilno opremljenim ustanovama s odgovarajućom zaštitnom opremom (na primjer,uređaji za fizičko zadržavanje). Sigurnosna oprema može obuhvaćati i predmete za osobnu zaštitu,kao što su rukavice, radni ogrtači, zaštita za cipele, čizme, respiratori, viziri, zaštitne naočale ilimaske. Prije rada s potencijalno biološki opasnim materijalom, pojedinci trebaju proći obuku sukladnoprimjenjivim regulatornim zahtjevima i zahtjevima tvrtke/ustanove. Poštujte sve primjenjive lokalne,državne i/ili nacionalne propise. Sljedeće reference pružaju opće smjernice za rukovanje biološkimuzorcima u laboratorijskom okruženju.

· Ministarstvo zdravstva i socijalne skrbi SAD-a, Biosafety in Microbiological and BiomedicalLaboratories (BMBL), 5. izdanje, br. publikacije HHS-a (CDC) 21-1112, revidirano u prosincu 2009.;možete preuzeti na:https://www.cdc.gov/labs/pdf/CDC-BiosafetymicrobiologicalBiomedicalLaboratories-2009-P.pdf

· Svjetska zdravstvena organizacija, Laboratory Biosafety Manual, 3. izdanje,WHO/CDS/CSR/LYO/2004.11; možete preuzeti na:www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/Biosafety7.pdf

UPOZORENJE! Potencijalna biološka opasnost. Ako upotrebljavate komplet s automatskimradnim postupkom ekstrakcije nukleinske kiseline, površina sustava KingFisher™ purification systemmože biti biološki opasna. Pri radu s biološkim opasnostima primjenjujte odgovarajuće metodedekontaminacije.

Dodatak A SigurnostSigurnost od biološke opasnostiA


https://www.cdc.gov/labs/pdf/CDC-BiosafetymicrobiologicalBiomedicalLaboratories-2009-P.pdf

https://www.cdc.gov/labs/pdf/CDC-BiosafetymicrobiologicalBiomedicalLaboratories-2009-P.pdf

http://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/Biosafety7.pdf

Dokumenti i podrška

Povezani dokumenti

Dokument Broj publikacije

Thermo Scientific™ KingFisher™ Flex User Manual N07669

Korisnička i tehnička podrškaPosjetite thermofisher.com/support za najnovije informacije o servisu i podršci.

• brojevi telefona za kontakt u cijelom svijetu

• popratne informacije o proizvodu– najčešće postavljena pitanja u vezi s proizvodom

– softver, zakrpe i ažuriranja

– obuka za mnoge aplikacije i instrumente

• podršku za narudžbu i internetsku podršku

• dokumentacija proizvoda– vodiči za korisnika, korisnički priručnici i protokoli

– certifikati analize

– sigurnosno-tehnički listovi (SDS-ovi; također poznati i kao MSDS-ovi)

Napomena: Za SDS-ove za reagense i kemikalije drugih proizvođača obratite se proizvođaču.

Ograničeno jamstvo proizvodaDruštvo Life Technologies Corporation i/ili njegova pridružena društva jamče za svojeproizvode kako je navedeno u Općim uvjetima prodaje društva Life Technologies na straniciwww.thermofisher.com/us/en/home/global/terms-and-conditions.html. Ako imate bilo kakvihpitanja, obratite se društvu Life Technologies na www.thermofisher.com/support.

B


http://thermofisher.com/support

http://www.thermofisher.com/us/en/home/global/terms-and-conditions.html

http://www.thermofisher.com/support

MagMAX Viral Pathogen II Nucleic Acid Isolation Kit_CE-IVD_IFU_MAN0019746-v3-GUID-436EB6D7-5C44-4477-B96B-4ED734942487-2020/11/19 18:43:06 hr-HR23:55:39.888Zthermofisher.com/support | thermofisher.com/askaquestion

thermofisher.com

31 prosinac 2020

http://thermofisher.com/support

http://thermofisher.com/askaquestion

http://thermofisher.com

Isolation Kit MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid

Documents

Transcript of Isolation Kit MagMAX Viral/Pathogen II Nucleic Acid