ED#n°1##Diagnostic#bactériologiquedes#infections#urinaires ...
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UE 9 Agents Infectieux Vendredi 22 mars RT : Anna Fain RL : Patricia Fonseca ED n°1 Diagnostic bactériologique des infections urinaires,
ECBU Infection cutanée à Staphylococcus aureus
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Sommaire Partie A : Diagnostic bactériologique des infections urinaires, ECBU I- Infections urinaires
Cas clinique Mécanismes physiopathologiques des IU Bactéries responsables
II- ECBU Conditions de recueil Analyse d’un ECBU au labo Indication de l’ECBU Bandelettes urinaires
III- Traitements
IV- A retenir
Partie B : Infection cutanée à Staphylococcus aureus I- Cas clinique
II- Examen bactériologique
A J0 A J1
III- Physiopathologie
IV- Résistances et sensibilités A l’antibiogramme
Tests rapides Nouveau problème
Quel est le pouvoir pathogène des Staphylocoques à coagulase négative (SCN) ?
V- A retenir
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Partie A : Diagnostic bactériologique des infections urinaires, ECBU
I- Infections urinaires Cas clinique Mme D., 32 ans, consulte pour des brûlures mictionnelles. A l’interrogatoire, vous relevez qu’il y a : •Pas d’antécédent médico-‐chirurgical •Pas de traitement en cours •Apparition brutale de brûlures mictionnelles depuis la veille •Pas de fièvre • Pas de douleur lombaire Quel diagnostic évoquez vous ? Il s’agit d’une cystite, qui correspond à une infection uniquement vésicale, à ne pas confondre avec une pyélonéphrite aiguë
Cystite Pyélonéphrite aiguë Anatomiquement Niveau vésical Niveau du parenchyme
rénal Cliniquement Brulures mictionnelles
Brulures mictionnelles Fièvre, +/_ frissons Douleur unilatérale de la fosse lombaire irradiant vers le pubis
Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des infections urinaires communautaires? Le mécanisme physiopathologique le plus fréquent des
infections urinaires (IU) résulte d’une colonisation ascendante des voies urinaires par des bactéries possédant des facteurs de virulence spécifique et d’adhésion :
• Adhésines, qui permettent la fixation sur les cellules uro-‐épithéliales
• Sidérophores, qui permettent à la bactérie de capter le fer pour permettre sa croissance et sa survie
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• Uréases produites par certaines bactéries (Proteus), qui favorise la survenue de lithiase
Les bactéries adhèrent sur les voies urinaires. Si elles s’arrêtent au niveau de la vessie on aura une IU basse c’est à dire une cystite. Si elles remontent dans la voie urétrale, il s’agit d’une infection du parenchyme pulmonaire, donc d’une pyélonéphrite.
Facteurs favorisants une IU :
• Urètre plus court chez la femme • Chez la femme enceinte : diminution des défenses immunitaires, compression de l’urètre par l’utérus, imprégnation progestative
• Malformations des voies urinaires
Quelles sont les bactéries responsables d’infections urinaires ? Dans 84% des cas ce sont des entérobactéries (bacilles gram -‐ ) qui sont responsables d’IU. Le chef de file est E.coli. Examen direct
(coloration de Gram) Famille Espèce %
Escherichia coli 68 Proteus mirabilis 8 Klebsiella sp 5
Entérobactéries
Autres entérobactéries 3
Bacilles Gram négatif
Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1 Enterococcus (E. faecium, E. faecalis)
5 Cocci Gram positif en chainettes Streptococcaceae
Streptocoques B (Streptococcus agalactiae) 3
Staphylococcus aureus 3 Cocci Gram positif en amas Micrococcaceae
S. saprophyticus 3
Autres bactéries 1
Danger du streptocoque B chez la femme enceinte : Transmission à l’enfant à la naissance, avec risque d’infections graves.
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Quel examen pour confirmer le diagnostic? II- L’ECBU On effectue un Examen Cyto-‐Bactériologique des Urines (ECBU) Il permet de mettre en évidence: •Une réaction inflammatoire (cytologie : PNN) •Des bactéries dans l’urine vésicale (physiologiquement stérile) En situation normale, les urines sont stériles. S’il y a une pyélonéphrite, le patient est fébrile. On effectue des hémocultures et un ECBU. Conditions de recueil
• Premières urines du matin (car plus concentrées) • Désinfection avant le prélèvement • Urines en milieu de jet
Attention, le recueil doit être effectué avant tout traitement antibiotique (car sinon les antibio décapitent l’infection et on ne retrouve pas la bactérie) Le transport au laboratoire doit être rapide pour éviter une pullulation bactérienne. La conservation se fait soit à température ambiante pendant 2heures soit à 4° pendant moins de 24h. Il existe des situations où le prélèvement est difficile :
• Chez le jeune enfant, on met en place une poche stérile adhésive pendant 30minutes pour éviter le fort risque de contamination fécale (car seule une urine stérile est interprétable)
• Chez des patients qui ont une sonde urinaire (en réanimation, en cas d’incontinence), car la leucocyturie est ininterprétable, ce n’est pas un signe d’infection.
Analyse d’un ECBU au labo J0, jour de prélèvement, 1-‐ On regarde l’aspect de l’urine (clair, trouble, présence de sang … ) 2-‐ Cytologie quantitative : on dépose l’urine sur une cellule quadrillée
d’1 microlitre, et on va compter le nombre d’hématies et de globules blancs à l’intérieur de cette cellule
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3-‐ Frottis avec une coloration MGG, qui va nous permettre d’observer au microscope les différents germes, leur morphologie et leur coloration.
Exemple d’interprétation · 104 leucocytes ET nombreux Bacilles à Gram -‐ Infection probable On peut commencer un traitement antibiotique probabiliste · Plusieurs types de germes au Gram
• Souillure probable Refaire ECBU 4-‐ Ensemencement de 10 microlitre d’urine sur un milieu permettant la culture des Gram + et des Gram – (Cf TD n°1) J1, le lendemain
1-‐ Numération des bactéries sur les cultures
1 colonie = 102 bactéries/mL
Leucocyturie/mL Bactéries/mL Interprétation
< 104 < 104 Pas d'infection
≥ 104 ≥ 105 Infection urinaire
< 104 104 – 105
Bactériurie sans leucocyte • Contamination du prélèvement avec mise en culture tardive surtout si plusieurs espèces • Infection débutante • Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou aplasique, immunodéprimé Un nouveau prélèvement est nécessaire
≥ 104 < 104
Leucocyturie sans germe • Infection décapitée par traitement antibiotique précoce avant prélèvement • Sécrétions génitales • Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent pas sur les milieux usuels (Cf. cours sur les mycobactéries). • Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la femme • Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur)
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2-‐ Identification bactérienne
Identification par les caractères biochimiques grâce aux milieux chromogènes (galeries biochimiques qui regardent la fermentation des sucres sur les bactéries, couleurs différentes) Ex : E.coli-‐> rose 3-‐ Identification définitive si identification par spectrométrie de
masse (Maldi-‐Tof) Bactéries pulvérisées par spectre laser -‐> spectres de protéines seront différents selon les bactéries.
4-‐ Réalisation d’un antibiogramme
J2, le surlendemain 1-Identification bactérienne complète 2-Antibiogramme Si pas de bactéries autour du disque d’antibiotique, c’est que la bactérie est sensible à l’antibiotique Si la bactérie est au contact du disque d’antibiotique, c’est que la bactérie est résistance. Ex : E.coli sauvage est sensible à tous les antibiotiques. Mais il existe des résistances acquises qui peuvent apparaître chez les bactéries. E.coli va produire une pénicillinase (enzyme qui détruit la pénicilline) Il existe aussi des E.coli BLSE (Beta Lactamine à Specte Etendu) qui sont résistantes aux pénicillines et à la céphalosporine de 3ème génération. Mais elles restent sensibles aux carbapénèmes. Indications de l’ ECBU L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial •Des cystites aigues compliquées •Des cystites récidivantes •Des pyélonéphrites aigues simples et compliquées •Des prostatites Pour le diagnostic initial des cystites aigues simples •L’ECBU n’est PAS indiqué pour le diagnostic •Le seul examen complémentaire recommandé est le test par la bandelette urinaire (BU)
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Bandelettes urinaires (BU) Elles permettent de détecter : •Leucocyte estérase produite par les PNN » Si BU négative: infection débutante, neutropénie »Faux négatifs: urine diluée, Vitamine C »Faux positifs: urétrites, inflammation non infectieuses (sonde urinaire) •Nitrites produits par les bactéries »Négatifs: germes en faible nombre ou non producteur (Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida) »Faux négatifs: Régime végétarien, Vitamine C, pH urinaire < 6 »Faux positifs: mauvaise conservation de l’échantillon Si un des deux tests sont est positif, on fait un ECBU Si les deux sont négatifs, on écarte l’hypothèse de l’infection urinaire III-Traitement •Entérobactéries (BGN)
• β-‐lactamines (pénicillines et céphalosporines) –Résistance naturelle aux Pénicillines G et M (M : pour les staphylocoques) –E. coli : 50% de résistance acquise à l’amoxicilline
• Autres antibiotiques –Quinolones, fosfomycine, bactrim, aminosides
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•Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette) -‐Résistance naturelle aux céphalosporines, bactrim et quinolones -‐Traitement par amoxicilline •Règles hygiéno-diététiques -‐Mictions fréquentes,pour éliminer les urines infectées -‐Diurèse abondante -‐Traitement d’une constipation •Contrôle de l’ECBU -‐Non recommandé dans les cystites aiguës et les pyélonéphrites aiguës simples -‐Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement Recommandé dans les pyélonéphrites aiguës compliquées (48h à 72h après le début du traitement et 4 à 6 semaines après la fin du traitement IV- A retenir •L’ECBU est un examen simple et peu coûteux (~19 €) •Il peut donner une première indication dès le 1er jour •Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des Entérobactéries (E. coli +++) •L’infection urinaire est très fréquente, généralement peu grave... sauf chez certains patients à risque.
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Partie B : Infection cutanée à Staphylococcus aureus
I- Cas clinique Une infirmière de chirurgie présente un panaris de la main droite •Doigt très inflammatoire, douloureux, chaud •Point de suppuration •Quelques jours auparavant elle s’était éraflé le doigt avec une ampoule en verre pour préparation injectable
Vous êtes en charge du diagnostic, qu’en pensez vous ?
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Ce n’est pas grave tant que l’infection n’est pas profonde. Ici on voit un abcès avec une collection de bactéries. Au niveau du doigt, l’os est très proche de l’ongle, donc si on ne fait rien il y a un risque d’infection des tissus mous qui évoluera en ostéite (infection du tissu osseux). Comment faire le diagnostic ? Il s’agit d’une infirmière, elle peut donc avoir acquis une infection nosocomiale avec des bactéries multi résistantes. On va donc effectuer un prélèvement. Il y a différents types de prélèvements :
• Ecouvillons stériles, on prélève le pus sous la peau après l’avoir excisée.
• Ponction à l’aiguille de l’abcès. • Prélèvement per opératoire à la seringue si c’est très profond.
Quelles précautions prendre ?
• Bien désinfecter la peau avant le prélèvement (Bétadine, alcool ) • Prélever avant toute antibiothérapie • Transport rapide du prélèvement au labo
II- Examen bactériologique
A J0 1-‐Examen macroscopique On regarde s’il y a du pus sur l’écouvillon 2-‐ Examen microscopique On étale le prélèvement sur une lame pour une coloration de Gram. On y voit des polynucléaires neutrophiles (signe de l’inflammation) et des germes cocci à Gram + en amas. A ce niveau là, on n’est pas sur qu’il s’agisse d’un Staphylococcus aureus. On ne peut pas différencier les staph à la coloration. 3-‐ Mise en culture, quels milieux choisir ? Les staphylocoques sont des bactéries non exigeantes elles poussent sur toutes les géloses (géloses ordinaires).
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Pour identifier le staph aureus, on va utiliser des géloses sélectives qui sont appelées milieu de Chapman, riches en NaCl. L’incubation se fait en aérobiose, à 37°C pendant 24H. (germe AAF : poussera en aérobie et en anaérobie) A J1 1-‐ Observation des milieux de culture Gélose ordinaire : Colonies jaunes, de taille moyenne, brillantes. On se doute que c’est du S. aureus
Gélose au sang : Beta hémolyse, on voit un halo clair autour de la bactérie, ce qui signifie que la bactérie a la capacité d’utiliser l’hémoglobine du milieu. Les bactéries Beta hémolytiques sont plus virulentes que les autres.
Milieu de Chapman, contient du mannitol, de couleur rose initialement : devient jaune en présence du S. aureus. On dit que le S. aureus est mannitol positif
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2-‐ Identification du S. aureus Quelques tests supplémentaires
• Catalase, on décharge les colonies dans de l’eau oxygénée. S’il y a un dégagement de bulle, on parle de catalase +, c’est le cas du S. aureus. Au contraire, le streptocoque a une catalase –
• Coagulase (le test le plus important pour le S. aureus), on décharge les colonies dans du plasma de lapin. En 1h, le S. aureus coagule le plasma, le Staph Blanc non.
• DNAse +, Hydrolyse de l’ ADN à 37°C
• Spectrométrie de masse, on identifie les bactéries en quelques minutes
S. aureus : Catalase +
Coagulase + DNAse + Mannitol +
3-‐Réalisation d’un antibiogramme On va tester 7 molécules. La bactérie est entre autre résistante aux Beta-‐ lactamine, à l’ofloxacine (quinolone), aux macrolides car il n’y a pas de diamètre autour de ces pastilles d’antibiotiques.
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III- Physiopathologie de l’infection Environ 20% des sujets sains portent du S. aureus au niveau nasal. La porte d’entrée est cutanée. Si elle est lésée, la bactérie peut s’immiscer et se propager dans l’organisme. Il existe deux types de S.aureus. Ceux qui produisent des toxines et ceux qui n’en produisent pas. Les toxines aident à coloniser les lésions cutanées et permettent au S. aureus de se multiplier en résistant à la réaction immunitaire. Certaines souches produisent des toxines particulières responsables de syndromes particuliers : -‐ Exfoliatine: lésions cutanées bulleuses -‐ Leucocidine de Panton Valentine: furoncles, pneumopathie nécrosante -‐ Toxine du choc toxique Staphylococcique (TSST) -‐ Entérotoxine: cf cours sur les diarrhées Risques pour la patiente La dissémination de l’infection est une urgence. Elle peut être soit locale (ostéo-‐arthrite des phalanges, cellulite extensive) soit systémique (localisation secondaire ostéo-‐articulaire, cardiaque). De plus être infecté par une souche hospitalière résistante aux antibiotiques peut conduire à des difficultés pour traiter l’infection. IV- Resistances et sensibilités Schématisation de la paroi des bactéries
On y trouve des PLP (Protéines de Liaison aux Pénicillines) où vont se fixer les Beta lactamines. Ces dernières vont inhiber la croissance de la bactérie et vont donc la tuer. S’il y a une Beta lactamase, elle va hydrolyser la beta lactamine qui ne se fixera plus au niveau des PLP et la bactérie deviendra résistante. 90% des S. aureus produisent une pénicillinase (Beta lactamase) et sont résistants à la Pénicilline G. Mais ils restent sensibles à la Pénicilline M (= Méticilline).
SASM : Staphylocoque Aureus Sensible à la Méticilline
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La bactérie créé, grâce à l’acquisition d’un gène de résistance, une nouvelle PLP qui à la caractéristique d’être peu affine au la Beta lactamines. La méticilline ne pourra pas se fixer à cette PLP, la bactérie est alors résistance à la méticilline. 13,6% des S. aureus hospitaliers sont résistants à toutes les β-‐Lactamines
SARM : Staphylocoque Aureus Résistant à la Méticiline A l’antibiogramme SASM SARM Phénotype sauvage : sensible aux pénicillines G et M
S. aureus MétiS (SASM)
Traitement
Toutes les familles d’antibiotiques sont normalement actives sur les bactéries à Gram positif.
Résistance acquise •production de β lactamase (SASM) •Et/ou nouvelle PLP (PLP2A)
S. aureus MétiR (SARM)
Résistances associées fréquentes : -‐ R aux aminosides (enzymes inactivatrices) -‐ R aux MLS (macrolides lincomycine streptogramimes), -‐ R aux fluoroquinolones (souches multi R).
Alternative en probabiliste => vancomycine
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Tests rapides •PCR et hybridation reverse sur bandelettes •Diagnostic rapide par PCR en temps réel
• On fait un écouvillon qu’on place directement dans une petite cassette. On met la cassette dans l’appareil qui nous dit si c’est un S. aureus ou pas. Test développé pour certaines bactéries ( Strepto B, S.aureus, Clostridium difficile)
Un nouveau problème •Emergence en France de SARM et SASM communautaires producteurs de Leucocidine de Panton Valentine –Transmission se fait assez facilement: contact cutané et linge de maison, vêtements… –Hygiène stricte dans la famille (linge) –Décolonisation des porteurs de furonculoses chroniques à S. aureus PVL+ (Chlorhexidine + mupirocine) Il faut alors prendre des mesures préventives lors de contact avec des BMR (bactéries multi résistantes)
• SHA (savon hydro alcoolique) avant et après contact • Port de tablier • Port de gants, uniquement lors d’un contact avec liquide biologique
• Jeter tablier et gants avant de quitter la chambre • signalisation à la porte • chambre seule, regroupement ou isolement technique • étiquetage du dossier et des demandes d’examen • Entretient quotidien de la surface de la chambre
Quel est le pouvoir pathogène des Staphylocoques à coagulase négative (SCN) ? Ils ne sont pas pathogènes pour la majorité des cas, mais ils peuvent contaminer des prélèvements, des hémocultures. Ils peuvent devenir pathogènes sur certains terrains (les immunodéprimés et les patients avec prothèses)
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V- A retenir Bactériologie : –Coccis à gram + en amas et en grappe de raisin –Germes non exigeants, milieu ordinaire, atmosphère aérobie (aéroanaérobie),en 18 à 24h –Différentiation entre S. aureus et autres Staphylocoques de la flore commensale : Colonies dorées, Coagulase +, Dnase +, (autres comme mannitol) Habitat : – L’homme : portage, transmission par les mains Pouvoir pathogène : nombreuses enzymes et toxines –lésions suppurées –septicémie –manifestations d’origine toxinique Résistances acquises aux antibiotiques: –Existence des souches multi R en milieu hospitalier (infection nosocomiale) –Existence de souches communautaires R aux β-‐lactamines en ville Pour finir, un bisou sur l’oreille gauche à ceux qui le méritent