Dove Medical Press Web view0.001 32 (64) 19 (76) 0.431 Gentamicin 21 (42) 14 (56) 0.327 22 (44) 10...

Supplementary material 1 Antibiotics tested in this studyClass Abbreviation Antibiotic Concentration

AminoglycosidesGM Gentamicin 10 ugNET Netilmicin 30 ugAMK Amikacin 30 ug

Fluoroquinolones

OFX Ofloxacin 5 ugLVX Levofloxacin 5 ugNOR Norfloxacin 10 ugAN Nalidixic acid 30 ugCIP Ciprofloxacin 5 ug

Penicillin AM Ampicillin 10 ug

1st-4th generation cephalosporins

CF Cefalotin 30 ugCFX Cefuroxime 30 ugCFZ Ceftazidime 30 ugCTX Cefotaxime 30 ugCRO Ceftriaxone 30 ugFEP Cefepime 30 μg

Monobactamic ATM Aztreonam 30 μgPenicillin with ESBL

inhibitor AMC Amoxicillin-clavulanic acid 20/10 μg

Sulphas TSX Trimetropim/ Sulphametoxazol 1.25/ 23.75ug

Nitrofurans MAC Nitrofurantoin 300 ugPhosfonic acids FOS Fosfomycin 200 μg

Phenicols C Cloramphenicol 30 ugTetracyclines TE Tetracyclin 30mgpolymyxins CL Colistin 10mg

Carbapenemics ETP Ertapenem 10mgClinical & Laboratory Standards Institute (CLSI)1

1

Supplementary material 2 Genes and PAI sought in this study

PCR Genes oligonucleotides SequenceLengthBase pairs (bp)

Reference Positive control

Tm (C°)

mPCR1

fimH FimH F CCTACAGCTGAACCCAAAG 210 Arenas-Hernández unpublished data

E. coli CFT073 57.7

FimH 188 R CGAAAGATCTACGACCAG

fliC FliC 242 F GCTGTCCGAAATCAACAACAA 304 Arenas-Hernández unpublished dataFliC 445 R GGCTATCGTACCGGAACCATT

satA satA 978F CCAAAACAATGCAGATACCAC 384 Arenas-Hernández unpublished datasatA 1321R ATTACCTTACCATTTCCGCTT

iucD iucD-30F GCTGTGGCTGGTAACTCAGG 512 Arenas-Hernández unpublished dataiucD512R TGCTTCACACAGGGTGGTAAAT

mPCR2

iha IhaEMSAR CGGAATTCCGATCTCCGATCATGTTAACCG 150 Rashid et al., 20062

E. coli CFT073+

E. coli O59I61.4

IhaEMSAL CGGAATTCCGGCATGCCGAGGCAGTCGTTA

vatP vatP-86F TAGCGCGCAATTCAACAATA 226 Arenas-Hernández unpublished datavat226R GCAGATAGTGCCAGAGAGGTAAG

vatA vatA1076F CCTGGGACATAATGGTCAGAT 330 Arenas-Hernández unpublished datavatA1406R CTGGCAATATTCACGCTACTG

papGIII papG1/G3 F CATGGCTGGTTGTTCCTAAACAT 421 Tiba et al. 20083

papG2/G3 R TCCAGAGACTGTGCAGAAGGAC

papGII papG2 113F GGAATGTGGTGATTACTCAAAGG 562 Tiba et al. 20083

papG2/G3 R TCCAGAGACTGTGCAGAAGGAC

mPCR3

papA papA-45F CAGATATCTCTGGTGTGTTCAGTAA 641 Arenas-Hernández unpublished data

E. coli GAG1 61.4

papA+31R GGTCTTGCCTCACCCTGTAA

satP satP 82F AGCAAGCTGTTAGTAACCAACC 880 Arenas-Hernández unpublished datasatP 773R GAGCCGCTGTCTCCGAATA

hlyA hlyA-133F ACTCATGTTGGTAAAGTATCAGAAT 1, 280 Arenas-Hernández unpublished datahlyA1348R AGCCAGTACAGTGCTTATCGTTG

PCRcnf-1 cnf-1 CNF1-71F CTCGCCCAGTGATTAGGTATTC 3, 100 Arenas-Hernández unpublished data E. coli GAG1 61.4CNF1 +60R GCGCTAACAAAACAGCACAAGG

PAI mPCR-1

PAIICFT073RPAi GGACATCCTGTTACAGCGCGCA 930 Sabaté et. al., 20064

E. coli CFT073

60.1

RPAf TCGCCACCAATCACAGCGAAC

PAIIICFT073cft073.2Ent1 ATGGATGTTGTATCGCGC 400 Sabaté et. al., 20064

cftO73.2Ent2 ACGAGCATGTGGATCTGC

PAI mPCR-2

PAIIJ96papGIF TCGTGCTCAGGTCCGGAATTT 400 Sabaté et. al., 20064

E. coli J96papGIR TGGCATCCCACATTATCG

PAIIIJ96hlyd GGATCCATGAAAACATGGTTAATGGG 2,400 Sabaté et. al., 20064

cnf GATATTTTTGTTGCCATTGGTTACC

Supplementary material 3 Antibiotic resistance in UPEC strains by study group and geographic area

Class of antibiotics Specifics antibioticsPregnant (n= 75) p=0.743 Non-pregnant (n= 75) p= 0.601

Sonora Pueblapb Sonora Puebla

pb

n=50 (%) n=25 (%) n=50 (%) n=25 (%)

AminoglycosidesAmikacin 31 (62) 24 (96) 0.001 32 (64) 19 (76) 0.431

Gentamicin 21 (42) 14 (56) 0.327 22 (44) 10 (49) 0.807Netilmicin 5 (10) 4 (24) 0.164 2 (4) 5 (20) 0.037

β-lactams

Ampicillin 50 (100) 25 (100) - 50 (100) 25 (100) -Cefalotine 48 (96) 24 (96) 1 49 (98) 25 (100) 1

Cefuroxime 41 (82) 25 (100) 0.025 50 (100) 23 (92) 0.108Cefotaxime 35 (70) 20 (80) 0.417 47 (94) 20 (80) 0.107Ceftazidime 37 (74) 21 (84) 0.393 33 (66) 19 (76) 0.435Ceftriaxone 41 (82) 24 (96) 0.15 50 (100) 24 (96) 0.333Cefepime 19 (38) 8 (32) 0.799 14 (28) 6 (24) 0.787

Aztreonam 20 (40) 15 (60) 0.141 15 (30) 11 (44) 0.304Amoxicillin/ Clavulanic Ácid 37 (74) 23 (92) 0.075 47 (94) 22 (84) 212

Fluoroquinolones

Nalidixic ácid 37 (74) 17 (68) 0.596 37 (74) 18 (72) 1Ciprofloxacin 29 (58) 10 (40) 0.152 22 (44) 13 (52) 0.624

Ofloxacin 27 (54) 12 (48) 0.634 18 (36) 14 (56) 0.137Norfloxacin 28 (56) 13 (32) 0.055 19 (38) 14 (56) 0.149

Levofloxacin 29 (58) 13 (32) 0.049 16 (32) 11 (44) 0.321Nitrofurantoins Nitrofurantoin 20 (40) 16 (64) 0.085 41 (82) 17 (68) 0.242Sulphonamides Cotrimoxazole 32 (64) 11 (44) 0.137 35 (70) 17 (68) 1Phosphonates Fosfomycin 2 (4) 5 (20) 0.037 2 (4) 1 (4) 1

Phenicols Chloramphenicol 30 (60) 9 (36) 0.085 25 (50) 11 (44) 0.806Tetracyclines Tetracyclin 35 (70) 13 (52) 0.304 29 (58) 18 (72) 0.313Polimixyns Colistin 35 (70) 14 (56) 0.136 34 (68) 17 (68) 1

Carbapenems Ertapenem 6 (12) 5 (20) 0.489 4 (8) 0 (0) 0.294

2

pb: Fisher test exact. In bold the statistically significant values.

3

Supplementary material 4.1 Possible classification and type of beta-lactamases, according to the antibiotic resistance by Kirby-Bauer and substrate profile by double-disk diffusion test, of isolated strains of pregnant and non-pregnant women in Puebla.

Strain Source AMP AMC1GC 2GC 3GC 3GC 3GC 4GC CARB

ATM Substrate Profile β-lactamaseCF CFX CFZ CTX CRO FEP ETP3 Pregnant R R R R S S R S S S FEP ESBL

11 Pregnant R R R R S R R S S S CFZ ESBL13 Pregnant R S R R S S R S S S FEP ESBL16 Pregnant R R R R R R R S S S CFZ,CTX ESBL20 Pregnant R R R R R R R R S R CTX ESBL22 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL27 Pregnant R R R R R R S S S R CFZ ESBL30 Pregnant R R R R R R R S S R CRO,ATM ESBL35 Pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP, ATM ESBL37 Pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP,ATM ESBL38 Pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP, ATM ESBL39 Pregnant R R R R R R R S S R FEP ESBL42 Pregnant R R R R R R R R R R CTX,FEP,ATM CP45 Pregnant R R R R R R R S S R CTX,FEP,ATM ESBL46 Pregnant R R R R R R R S R R ATM CP47 Pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP,ATM ESBL50 Pregnant R R R R R R R R S R CTX ESBL1 Non- Pregnant R R R R S S R S S S FEP ESBL

26 Non- Pregnant R R R R R R R S S R CFZ ESBL29 Non- Pregnant R R R R R R R R S R CTX,CRO,FEP ESBL33 Non- Pregnant R R R R R R R R S R CTX,CRO,FEP,ATM ESBL36 Non- Pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP,ATM ESBL

1GC: First generation Cephalosporin; 2GC: Second generation Cephalosporin; 3GC: Third generation Cephalosporin; 4GC: Fourth generation Cephalosporin; R: Resistant; S: Sensitive; ESBL: Extended spectrum β -lactamase ; CP: Carbapenemase; AMP: Ampicilin; AMC: Amoxicilin/Clavulanic Acid; CF: Cefalotin; CFX: Cefuroxime; FEP: Cefepime; CFZ: Ceftazidime; CTX: Cefotaxime; ATM: Aztreonam; CRO: Ceftriaxone. This analysis was carry out following the criteria of Bush et al., 2010 and Piccazo et al., 2011 5,6.

4

Supplementary material 4.2 Possible classification and type of beta-lactamases, according to the antibiotic resistance by Kirby-Bauer and substrate profile by double-disk diffusion test, of isolated strains of pregnant women in Sonora (n=22)


ATM Substrate Profile β-lactamaseCF CFX CFZ CTX CRO FEP ETP2 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,ATM ESBL5 Pregnant R R R R R R R R S R CTX,ATM ESBL6 Pregnant R R R R S S R S S S CRO,ATM ESBL7 Pregnant R R R R S S S S S S CFZ ESBL8 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM ESBL9 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM ESBL

13 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM ESBL16 Pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP,ATM ESBL17 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM ESBL18 Pregnant R R R R R R R R R R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM CP19 Pregnant R R R R R R R R R R CTX,FEP, ATM CP21 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM ESBL22 Pregnant R R R S R S S S S S CFZ ESBL23 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,CRO,FEP, ATM ESBL27 Pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL28 Pregnant R R R R R R R R S S CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL29 Pregnant R R R R R R R R S S CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL32 Pregnant R S R R R R R S S S CTX ESBL34 Pregnant R R R R S R R S S S CRO ESBL36 Pregnant R R R R S S R S S S CFZ ESBL40 Pregnant R R R R R S S S S S CFZ ESBL44 Pregnant R R R R R R R R R S CTX,FEP CP

5

1GC: First generation Cephalosporin; 2GC: Second generation Cephalosporin; 3GC: Third generation Cephalosporin; 4GC: Fourth generation Cephalosporin; R: Resistant; S: Sensitive; ESBL: Extended spectrum β -lactamase ; CP: Carbapenemase; AMP: Ampicilin; AMC: Amoxicilin/Clavulanic Acid; CF: Cefalotin;

CFX: Cefuroxime; FEP: Cefepime; CFZ: Ceftazidime; CTX: Cefotaxime; ATM: Aztreonam; CRO: Ceftriaxone. This analysis was carry out following the criteria of Bush et al., 2010 and Piccazo et al., 2011 5,6.

6

Supplementary material 4.3 Possible classification and type of beta-lactamases, according to the antibiotic resistance by Kirby-Bauer and substrate profile by double-disk diffusion test, of isolated strains of non-pregnnt women in Sonora (n=23)


ATM Substrate Profile β-lactamaseCF CFX CFZ CTX CRO FEP ETP2 Non-pregnant R R R R R R R S S S CFZ,CRO ESBL6 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL7 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL8 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL9 Non-pregnant R R R R R R R R S R CTX,FEP,ATM ESBL

10 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL11 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL12 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL13 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL17 Non-pregnant R R R R R R R R S R FEP ESBL18 Non-pregnant R R R R R R R S S R CTX ESBL19 Non-pregnant R R R R S R R S S S CFZ,CRO ESBL22 Non-pregnant R R R R S R R S R S CFZ,FEP CP24 Non-pregnant R R R R S R R S S S CFZ,CTX ESBL37 Non-pregnant R S R R R R R S S S CFZ,FEP ESBL40 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL41 Non-pregnant R R R R S R R S S S CRO ESBL42 Non-pregnant R R R R R R R R S R CTX,CRO,FEP,ATM ESBL45 Non-pregnant R R R R S R R S S S CFZ,CTX,CRO ESBL47 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL48 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL49 Non-pregnant R R R R R R R R S R CFZ,CTX,FEP,ATM ESBL50 Non-pregnant R R R R S R R S S S CFZ,CTX,FEP ESBL

7

1GC: First generation Cephalosporin; 2GC: Second generation Cephalosporin; 3GC: Third generation Cephalosporin; 4GC: Fourth generation Cephalosporin; R: Resistant; S: Sensitive; ESBL: Extended spectrum β -lactamase ; CP: Carbapenemase; AMP: Ampicilin; AMC: Amoxicilin/Clavulanic Acid; CF: Cefalotin; CFX: Cefuroxime; FEP: Cefepime; CFZ: Ceftazidime; CTX: Cefotaxime; ATM: Aztreonam; CRO: Ceftriaxone. This analysis was carry out following the criteria of Bush et al., 2010 and Piccazo et al., 2011 5,6.

8

Supplementary material 5 ESBL production and antibiotic resistance in UPEC strains from Sonora and Puebla

Antibiotic

SONORAn= 100

PUEBLAn= 50

Pregnantn= 50

Non-pregnantn= 50

Pregnantn= 25

Non-pregnantn= 25

ESBL+n=22 (%)

ESBL-n=28 (%) pb ESBL+

n= 23 (%)ESBL-

n= 27 (%) pb ESBL+n= 17 (%)

ESBL-n= 8 (%) pb BLEE+

n= 5 (%)BLEE-

n= 20 (%) pb

Amikacin 15 (68) 16 (57) 0.55 16 (70) 16 (59) 0.55 17 (100) 7 (88) 0.32 4 (80) 15 (75) 1Gentamicin 11 (50) 10 (36) 0.39 13 (57) 9 (33) 0.15 10 (59) 4 (50) 1 3 (60) 7 (35) 0.35Netilmicin 2 (9) 3 (11) 1 0 (0) 2 (7) 0.49 6 (35) 0 (0) 0.12 1 (20) 4 (20) 1

Nalidixic acid 18 (82) 19 (68) 0.33 15 (65) 22 (81) 0.21 14 (82) 3 (38) 0.06 2 (40) 16 (80) 0.11Ciprofloxacin 16 (72) 13 (46) 0.08 12 (52) 10 (37) 0.39 9 (53) 1 (12.5) 0.08 1 (20) 12 (60) 0.16

Ofloxacin 15 (68) 12 (43) 0.09 10 (43) 8 (30) 0.56 10 (59) 2 (25) 0.2 2 (40) 12 (60) 0.62Norfloxacin 15 (68) 13 (46) 0.15 10 (43) 9 (33) 0.56 8 (47) 0 (0) 0.02 2 (40) 12 (60) 0.62

Levofloxacin 16 (72) 13 (46) 0.08 10 (43) 6 (22) 0.13 8 (47) 0 (0) 0.02 1 (20) 10 (50) 0.34Trimethoprim-

Sulfamethoxazole 19 (86) 13 (46) 0.006 22 (96) 13 (48) 0 8 (47) 3 (38) 1 4 (80) 13 (65) 1

Nitrofurantoin 9 (40) 11 (39) 1 17 (74) 24 (89) 0.26 10 (59) 6 (75) 0.66 5 (100) 11 (55) 0.12Chloramphenicol 16 (72) 14 (50) 0.14 14 (61) 11 (41) 0.25 6 (35) 3 (38) 1 0 (0) 11 (55) 0.04

Ampicillin 22 (100) 28 (100) - 23 (100) 27 (100) - 17 (100) 8 (100) - 5 (100) 20 (100) -Cefalotin 22 (100) 26 (93) 0.49 22 (96) 27 (100) 0.46 17 (100) 7 (88) 0.32 5 (100) 20 (100) -

Cefuroxime 21 (95) 20 (71) 0.06 23 (100) 27 (100) - 17 (100) 8 (100) - 5 (100) 18 (90) 1Ceftazidime 18 (82) 19 (68) 0.33 17 (74) 16 (59) 0.37 14 (82) 7 (88) 1 4 (80) 15 (75) 1Cefotaxime 17 (77) 18 (65) 0.36 23 (100) 24 (88) 0.23 15 (88) 5 (62.5) 0.28 4 (80) 16 (80) 1Ceftriaxone 19 (86) 22 (79) 0.71 23 (100) 27 (100) - 16 (94) 8 (100) 1 5 (100) 19 (95) 1Cefepime 15 (68) 4 (14) 0 14 (61) 0 (0) 0 8 (47) 0 (0) 0.02 2 (40) 4 (20) 0.56

Aztreonam 15 (68) 5 (18) 0 15 (65) 0 (0) 0 12 (70) 3 (38) 0.19 4 (80) 7 (35) 0.13Amoxicilin- clavulanic

acid 21 (95) 16 (57) 0 22 (96) 25 (93) 1 16 (94) 7 (88) 1 5 (100) 16 (80) 0.54

Fosfomycin 1 (4) 1 (4) 1 0 (0) 2 (7) 0.49 3 (18) 2 (25) 1 1 (20) 0 (0) 0.2Colistin 16 (72) 19 (68) 0.76 14 (61) 20 (74) 0.37 10 (59) 4 (50) 1 2 (40) 15 (75) 0.28

Tetratcyclin 22 (100) 13 (46) 0 15 (65) 14 (52) 0.39 10 (59) 3 (38) 0.4 3 (60) 15 (75) 0.59Ertapenem 3 (12) 3 (11) 1 1 (4) 3 (11) 0.61 2 (12) 3 (38) 0.28 0 (0) 0 (0) -

pb: Fisher test exact. In bold the statistically significant values

9

Supplementary material 6.1 (Figure 2 data). Virulence genes distribution in E. coli isolates from urine of pregnant and non-pregnant women from Sonora (A) and Puebla (B), Mexico.

(A) E. coli isolates from women in Sonora (n=100) p valuea1= 0.170

Genes Pregnant (%)n=50

Non-pregnant (%)n=50

Totaln=100 (%) p valuea2

fimH 50 (100) 50 (100) 100 (100) -

papG+papA 13 (26) 6 (12) 19 (19) 0.124

iha 23 (46) 33 (66) 56 (56) 0.069

iucD 46 (92) 44 (88) 90 (90) 0.740

satA+satP 13 (26) 16 (32) 29 (29) 0.659

vatA+vatP 17 (34) 12 (24) 29 (29) 0.378

hlyA 22 (44) 11 (22) 33 (33) 0.032

cnf1 7 (14) 5 (10) 12 (12) 0.759

ªfliC 19 (38) 14 (28) 33 (33) 0.306

(B) E. coli isolates from women in Puebla (n=50) pa1= 0.300

Genes Pregnant (%)n=25

Non-pregnant (%)n=25

Totaln=50 (%) p valuea2

fimH 25 (100) 25 (100) 50 (100) -

papG+papA 10 (40) 12 (48) 22 (44) 0.776

Iha 15 (60) 17 (68) 32 (64) 0.768

iucD 21 (84) 19 (76) 40 (80) 0.725

satA+satP 10 (40) 11 (44) 21 (42) 1

vatA+vatP 10 (40) 3 (12) 13 (26) 0.050

hlyA 14 (56) 8 (32) 22 (44) 0.153

cnf1 2 (8) 7 (28) 9 (18) 0.138

fliC 11 (44) 4 (16) 15 (30) 0.062

fimH: gene that codified for the type 1 pilus adhesin; papG+papA: genes that codified for adhesin and pilin of the type P pili; iha: gene that codified for the enterobactin receptor/Irg homologue adhesin; iucD: gene that codified for the aerobactin receptor; satA+satP: genes that codified for autotransporter and peptidase regions of the secreted autotransporter toxin; vatA+vatP: genes that codified for autotransporter and peptidase regions of the vacuolating autotransporter toxin; hlyA: gene that codified for the pro-α-hemolysin; cnf-1: gene that codified for the cytotoxic necrotizing factor; fliC: gene that codified for the subunit of flagelin. pa1: Statistic analysis of the number of virulence genes between study groups; pa2: Statistic analysis of the major prevalence of each virulence genes between study groups. In bold the statistically significance results. pa: Fisher’s exact test.

10

Supplementary material 6.2 Prevalence of virulence genes by geographical areaGen Sonora n= 100 (%) Puebla n= 50 (%) pa

fimH 100 (100) 50 (100) -papG+papA 19 (19) 22 (44) 0.001

iha 56 (56) 32 (64) 0.38iucD 90 (90) 40 (80) 0.12

satA+satP 29 (29) 21 (42) 0.14vatA+vatP 29 (29) 13 (26) 0.84

hlyA 33 (33) 22 (44) 0.1cnf-1 12 (12) 9 (18) 0.32fliC 33 (33) 15 (30) 1

pc: x2; -: the value of p could not be obtained; In bold the statistically significant values.

11

Supplementary material 7 Prevalence of genes reported in PAIs

Gen/PAI Sonoraa

n (%)Pueblab

n (%)hlyA 33 (33) 22 (44)

PAI ICFT073 35 (35) 29 (58)

PAI IJ96 9 (9) 9 (18)

PAI IIJ96 8 (8) 13 (26)

cnf-1 12 (12) 9 (18)PAI IIJ96 8 (8) 13 (26)

papG+papA 19 (19) 22 (44)PAI ICFT073 35 (35) 29 (58)

PAI IICFT073 36 (36) 18 (36)

PAI IJ96 9 (9) 9 (18)a. 100 was the total number of strains; b. 50 was the total number of strainsIn bold virulence factors that are localized in PAIs

12

Supplementary material 8.1. Iron uptake phenotype of UPEC strains isolated from Puebla.

C-: Negative control. Strains 20 and 23 have halo with double coloration (Yellow-Orange). The method was modify from Sung et al., 2011 7.

Supplementary material 8.2. Hemolysis phenotype of UPEC strains isolated from Puebla

C-: Negative control

13

Supplementary Material 9 Correlation between hemolytic phenotype and hlyA genotype in UPEC strains isolated from Sonora and Puebla

Study group hemolytic phenotype Genotype (hlyA) hlyA+hemolytic phenotypePregnant from Sonora 19 (38) 22 (44) 8 (16)

Non-pregnant from Sonora 28 (56) 11 (22) 6 (12)

Pregant from Puebla 11 (44) 14 (56) 6 (24)

Non-pregnant from Puebla 7 (28) 8 (32) 2 (8) Pregnant from Sonora n= 50; Non-pregnant from Sonora n= 50; Pregnant from Puebla n=25; Non-pregnant from Puebla n=25.

14

Supplementary 10.1 Serotypes found in the E. coli strains isolated from pregnant women (n = 25) in Puebla and pathotypes or associated clinical reports.

SerotypeSerotype associated to

pathotype or clinic case

n (%) Accumulated % Reference

O18ac:H7UPEC

2 (8%)36% Wiles, Kulesus, &

Mulvey, 20088O25:H4 4 (16%)O6:H1 3 (12%)

O7:H18 ETEC 1 (4%) 4% Cravioto, R.J. Gross, 19799

O1:H- STEC or UPEC 1 (4%) 4%

Blanco, et al., 2004; Constantiniu,2013; Rodriguez-Angeles,

2002; Wiles, Kulesus, & Mulvey, 20088,10–12

O2:H6 Heteropathogenic E. coli 2 (8%) 8% Bielaszewska, et al.,

201413

O15:H1 Isolated from diarrhea in Mexico

1 (4%)8% Bourdin, et al.,201414

O48:H30 1 (4%)

O8:H25 isolated from lactating calves 1 (4%) 4%

Donaldson, et al., 200615

OR:H4Unreported

2 (8%)16% -

O139:H9 2 (8%)O?:H-

NT

1 (4%)

28% -O?:H? 2 (8%)

O?:H36 1 (4%)O?:H40 1 (4%)O25:H? 2 (8%)

UPEC, Uropathogenic Escherichia coli; ETEC, Enterotoxigenic Escherichia coli; STEC, Shiga toxin-producing Escherichia coli; Heteropateropathogenic E. coli, First serotype associated with hybrid strains UPEC-DAEC; NT, Not typable; DAEC, Diarreagenic Escherichia coli; -, No reference association.

15

Serotype Serotype associated to pathotype or clinic case n=25 (%) Accumulated % Reference

O1:H6

UPEC

1 (4%)

28%

Wiles, Kulesus, & Mulvey, 20088

O102:H6 2 (8%) Molina-López, et al., 201116

O25:H4 3 (12%) Wiles, Kulesus, & Mulvey, 20088O6:H1 1 (4%)

O27:H-

ETEC

1 (4%)

16% Cravioto, R.J. Gross, 19799CrO7:H18 2 (8%)

OR:H10 1 (4%)

OR:H- STEC 1 (4%) 4% Constantiniu, 200211

O15:H18 EAEC, EPEC and isolated from ITU cases in USA 2 (8%) 8%

Regua-Mangia, et al., 2010; Rodriguez-Angeles,

20028,10–12

O2:H6 Hereropatogenic E. coli 2 (8%) 8% Bielaszewska, et al., 201413

O16:H-

Unreported

1 (4%)

24% -OR:H4 1 (4%)

OR:H7 4 (16%)

O?:H-NT

2 (8%)16% -

O?:H? 2 (8%)Supplementary10.2 Serotypes found in the E. coli strains from non-pregnant women (n=25) in Puebla and pathotypes or associated clinical reports.UPEC, Uropathogenic Escherichia coli; ETEC, Enterotoxigenic Escherichia coli; STEC, Shiga toxin producing Escherichia coli; Heteropateropathogenic E. coli, First serotype associated with hybrid strains UPEC-DAEC; NT, Not typable; DAEC, Diarreagenic Escherichia coli; -, No reference association.

16

Supplementary 10.3 Serotypes found in the E. coli strains isolated from pregnant women (n = 50) in Sonora

Serotype Serotype associated to -pathotype or clinic case n=50 (%) Accumulated % Reference

025:H4

UPEC

8 (16%)

28%Wiles, et al., 20088

06:H1 4 (8%)

O153:H6 2 (4%) Regua-Mangia. et al., 201017

O78:H- STEC 3 (6%) 8%Lienemann & Salo,

201218

O6:H10 1 (2%) Blanco, et al., 200319

O75:H- UPEC or STEC 4 (8%) 8% Rodriguez-Angeles, 200210

O44:H18 EAEC 1 (2%) 2% Rodriguez-Angeles, 200210

O15:H18 EAEC, EPEC and isolated from ITU cases in USA 3 (6%) 6% Regua-Mangia, et al.,

201017

O2:H6 Heteropatogenic E. coli 2 (4%) 4% Bielaszewska, et al., 201413

O2:H4 Isolated from diarrhea in humans

1 (2%) 6% Bourdin, et al., 201414

OR:H9 2 (4%)

O20:H9 Isolated from neonatal sepsis 9 (18%) 18% Carrillo-Casas, et al., 201320C

O165:H10 Associated with hemolytic uremic syndrome 1 (2%) 2% Regua-Mangia, et al.,

201017

O2:H- Others 1 (2%)4% Pearce, et al., 201021

O21:H10 1 (2%)O132:H10

Unreported

1 (2%)

10% -

O149:H20 1 (2%)O175:H5 1 (2%)O41:H34 1 (2%)

O78:H1 1 (2%)

O?:H-NT

1 (2%)6% -O?:H1 1 (2%)

O?:H11 1 (2%)UPEC, Uropathogenic Escherichia coli; ETEC, Enterotoxigenic Escherichia coli; STEC, Shiga toxin producing Escherichia coli; Heteropateropathogenic E. coli, First serotype associated with hybrid strains UPEC-DAEC; NT, Not typable; DAEC, Diarreagenic Escherichia coli; -, No reference association.

17

UPEC, Uropathogenic Escherichia coli; ETEC, Enterotoxigenic Escherichia coli; STEC, Shiga toxin producing Escherichia coli; Heteropateropathogenic E. coli, First serotype associated with hybrid strains UPEC-DAEC; NT, Not typable; DAEC, Diarreagenic Escherichia coli; -, No reference association.

Supplementary 10.4 Serotypes found in the E. coli strains isolated from non-pregnant women (n = 50) in Sonora.

Serotype Serotype associated to pathotype or clinic case n=50 (%) Accumulate

d % Reference

O75:H44UPEC

1 (2%)18% Wiles, et al, 2008;

Sainz, et al,20088,22O25:H4 4 (8%)O6:H1 4 (8%)

O153:H18

STEC

1 (2%)

10%

Zhang, et al., 200223

O73:H18 1 (2%)O78:H- 1 (2%) Cravioto, et al., 19799

O8:H19 1 (2%) Blanco, et al., 200319

O9:H21 1 (2%)

O75:H- UPEC or STEC 2 (4%) 4% Regua-Manguia, et al. 201017

O7:H15 ETEC 1 (2%) 2% Rowe, et al., 19799

015:H18 EAEC, EPEC and isolated from UTI cases 3 (6%) 6%Rodriguez-Angeles,

2002; Regua-Mangia, et al., 201010,17

O2:H6 Heteropatogenic E. coli 1 (2%) 2% Bielaszewska, et al., 201413

O20:H9 Isolated from neonatal sepsis 4 (8%) 8% Carrillo-Casas, et al., 201320

O22:H1 Isolated from diarrhea in humans 1 (2%) 12% Bourdin, et al., 201414

O44:H18 5 (10%)O101:H9 Isolated from animal infections 1 (2%) 6% Poppe, et al., 200424

O9:H- 2 (4%) Blanco, et al.,200319

O178:H10

Unreported

1 (2%)

18% -

O21:H4 1 (2%)O53:H10 1 (2%)

O8:H1 1 (2%)O8:H25 1 (2%)OR:H19 1 (2%)OR:H25 1 (2%)O1:H15 2 (4%)O?:H-

NT

1 (2%)

14% -

O?:H10 1 (2%)O?:H18 1 (2%)O?:H7 1 (2%)O?:H9 1 (2%)

O101:H? 1 (2%)O48:H? 1 (2%)

19

The results were analyzed using two samples test and Fisher test using the Minitab 18, Statistix 10 trial and GraphPad Prims 6 software. The level of significance was set at a p value 0.05.

In this document we shown the statistical analysis for each result in the paper.

ANTIBIOTIC RESISTANCE

This table show the number of tested antibiotics to which each strain obtain in Sonora Resist,

Strain ID Number of antibiotics tested antibiotics to which each strain is resistant

Non-pregnant women from Sonora

Pregnant women from Sonora

1 13 12

2 16 18

3 10 8

4 9 5

5 6 18

6 18 10

7 12 7

8 20 20

9 19 18

10 17 7

11 18 10

12 14 11

13 18 20

14 11 6

15 18 3

16 10 18

17 15 10

18 13 21

19 10 19

20 14 8

21 13 20

22 13 8

23 10 19

24 11 10

25 14 17

26 14 8

27 12 20

20

28 12 22

29 14 21

30 7 12

31 15 12

32 18 11

33 14 11

34 12 13

35 12 13

36 18 11

37 9 16

38 11 12

39 15 6

40 14 11

41 12 16

42 21 19

43 11 16

44 16 19

45 13 10

46 13 17

47 20 17

48 17 7

49 16 21

50 16 21

Then we compare the mean of resistance between the two study groups (strains from preganant women vs strains from non-pregnant women in Sonora)

Descriptive Statistics

Study group MeanStandard deviation Minimum Median Maximum asymmetry

Non-pregnant women

13.880 3.414 6.000 14.000 21.000 0.03

Pregnant women 13.700 5.281 3.000 12.500 22.000 -0.09

Two samples test

μ₁: media de la muestra 1

µ₂: media de la muestra

21

2

Diferencia: μ₁ - µ₂

No se presupuso igualdad de varianzas para este análisis.

Estadísticas descriptivas

Muestra NMedia Desv.Est.

Errorestándarde lamedia

Muestra 1 50 13.88 3.40 0.48

Muestra 2 50 13.70 5.20 0.74

Estimación de la diferencia

Diferencia

IC de 95%para ladiferencia

0.180 (-1.567, 1.927)

Prueba

Hipótesis nula H₀: μ₁ - µ₂ = 0

Hipótesis alterna

H₁: μ₁ - µ₂ ≠ 0

Valor T GL Valor p

0.20 84 0.838

Then we analyze if there was a difference in the resistance to each specific antibiotic between both groups.

Estadísticas tabuladas: Amikacina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Amikacina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes

Sonora Nogestantes Todo

Amikacina Resistente 31 32 63

Amikacina Sensible 19 18 37

Todo 50 50 100

Contenido de la celda Conteo

Prueba exacta de Fisher

Valor p

22

1

Estadísticas tabuladas: Gentamicina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Gentamicina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_1

Sonora Nogestantes_1 Todo

Gentamicina Resistente 21 22 43

Gentamicina Sensible 29 28 57

Todo 50 50 100



Valor p

1.00000

Estadísticas tabuladas: Netilmicina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Netilmicina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_2


Netilmicina Resistente 5 2 7

Netilmicina Sensible 45 48 93

Todo 50 50 100



Valor p

0.436032

Estadísticas tabuladas: Ácido nalidixico, Columnas de la ... a de trabajo

Filas: Ácido nalidixico Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_3


Ácido nalidixico Resistente 37 37 74

Ácido nalidixico Sensible 13 13 26

Todo 50 50 100

23



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: Ciprofloxacino, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Ciprofloxacino Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_4


Ciprofloxacina Resistente 29 22 51

Ciprofloxacina Sensible 21 28 49

Todo 50 50 100



Valor p

0.229902

Estadísticas tabuladas: Ofloxacino, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Ofloxacino Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_5


Ofloxacina Resistente 27 18 45

Ofloxacina Sensible 23 32 55

Todo 50 50 100



Valor p

0.107356

Estadísticas tabuladas: Norfloxacino, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Norfloxacino Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_6


Norfloxacina Resistente 28 19 47

Norfloxacina Sensible 22 31 53

24

Todo 50 50 100



Valor p

0.108508

Estadísticas tabuladas: Levofloxacino, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Levofloxacino Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_7


Levofloxacina Resistente 29 16 45

Levofloxacina Sensible 21 34 55

Todo 50 50 100



Valor p

0.0154245

Estadísticas tabuladas: Ampicilina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Ampicilina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_8


Ampicilina Resistente

50 50 100

Ampicilina Sensible 0 0 0

Todo 50 50 100


* ERROR * No se puede calcular la Prueba exacta de Fisher.

Estadísticas tabuladas: Cefalotina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Cefalotina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_9


Cefalotina Resistente 48 49 97

25

Cefalotina Sensible 2 1 3

Todo 50 50 100



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: Cefuroxima, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Cefuroxima Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_10


Cefuroxima Resistente 41 50 91

Cefuroxima Sensible 9 0 9

Todo 50 50 100



Valor p

0.0026342

Estadísticas tabuladas: Ceftazidima, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Ceftazidima Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_11


Ceftazidima Resistente 37 33 70

Ceftazidima Sensible 13 17 30

Todo 50 50 100



Valor p

0.513094

Estadísticas tabuladas: Cefotaxima, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Cefotaxima Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

26

SonoraGestantes_12


Cefotaxima Resistente 35 47 82

Cefotaxima Sensible 15 3 18

Todo 50 50 100



Valor p

0.0033040

Estadísticas tabuladas: Ceftriaxona, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Ceftriaxona Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_13


Ceftriaxona Resistente 41 50 91

Ceftriaxona Sensible 9 0 9

Todo 50 50 100



Valor p

0.0026342

Estadísticas tabuladas: Cefepime, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Cefepime Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_14


Cefepime Resistente 19 14 33

Cefepime Sensible 31 36 67

Todo 50 50 100



Valor p

0.395160

Estadísticas tabuladas: Aztreonam, Columnas de la hoja de trabajo

27

Filas: Aztreonam Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_15


Aztreonam Resistente 20 15 35

Aztreonam Sensible 30 35 65

Todo 50 50 100



Valor p

0.401883

Estadísticas tabuladas: Amoxicilina-Ácido Clavulánico, ... ja de trabajo

Filas: Amoxicilina-Ácido Clavulánico Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_16


Amoxicilina-Ácido Clavulánico R 37 47 84

Amoxicilina-Ácido Clavulánico S 13 3 16

Todo 50 50 100



Valor p

0.0122176

Estadísticas tabuladas: Trimetoprim con sulfametoxazol, ... de trabajo

Filas: Trimetoprim con sulfametoxazol Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_17


Trimetoprim con sulfametoxazol 32 35 67

18 15 33

Todo 50 50 100



Valor p

0.670942

28

Estadísticas tabuladas: Nitrofurantoina, Columnas de la ... a de trabajo

Filas: Nitrofurantoina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_18


Nitrofurantoina Resistente 20 41 61

Nitrofurantoina Sensible 30 9 39

Todo 50 50 100



Valor p

0.0000303

Estadísticas tabuladas: Cloramfenicol, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Cloramfenicol Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_19


Cloramfenicol Resistente 30 25 55

Cloramfenicol Sensible 20 25 45

Todo 50 50 100



Valor p

0.421552

Estadísticas tabuladas: Fosfomicina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Fosfomicina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_20


Fosfomicina Resistente

2 2 4

Fosfomicina Sensible 48 48 96

Todo 50 50 100



Valor p

29

1

Estadísticas tabuladas: Colistina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Colistina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_21


Colistina Resistente 35 34 69

Colistina Sensible 15 16 31

Todo 50 50 100



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: Tetraciclina, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Tetraciclina Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_22


Tetraciclina Resistente 35 29 64

Tetraciclina Sensible 15 31 46

Todo 50 60 110



Valor p

0.0323160

Estadísticas tabuladas: Ertapenem, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: Ertapenem Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_23


Ertapenem Resistente 6 4 10

Ertapenem Sensible 44 46 90

Todo 50 50 100


30


Valor p

0.740666

The same analysis was done for strains from Puebla

Estadísticos descriptivos: Puebla No gestantes, Puebla Gestantes

Estadísticas

Variable Media

Errorestándarde lamedia Desv.Est.

Varianza Suma Mínimo Mediana Máximo

Puebla No gestantes 14.360

0.772 3.861 14.907 359.000 6.000 15.000 21.000

Puebla Gestantes 14.280

0.877 4.383 19.210 357.000 7.000 15.000 24.000

Prueba T e IC de dos muestras: Puebla No gestantes, Puebla Gestantes

Método

μ₁: media de Puebla No gestantes

µ₂: media de Puebla Gestantes




Muestra N MediaDesv.Est.


Puebla No gestantes 25

14.36 3.86 0.77

Puebla Gestantes 25

14.28 4.38 0.88


Diferencia


0.08 (-2.27, 2.43)

Prueba


31

Hipótesis alterna

H₁: μ₁ - µ₂ ≠ 0

Valor T GL Valor p

0.07 47 0.946

Estadísticas tabuladas: AMIKACINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: AMIKACINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes

Puebla Nogestantes Todo



Todo 25 25 50



Valor p

0.0982776

Estadísticas tabuladas: GENTAMICINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: GENTAMICINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_1

Puebla Nogestantes_1 Todo



Todo 25 25 50



Valor p

0.396104

Estadísticas tabuladas: NETILMICINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: NETILMICINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_2



32


Todo 25 25 50



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: ÁCIDO NALIDIXICO, Columnas de ... de trabajo

Filas: ÁCIDO NALIDIXICO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_3




Todo 25 25 50



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: CIPROFLOXACINO, Columnas de ... a de trabajo

Filas: CIPROFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_4


Ciprofloxacina Resistente 10 13 23


Todo 25 25 50



Valor p

0.570916

Estadísticas tabuladas: OFLOXACINO, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: OFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

33

PueblaGestantes_5




Todo 25 25 50



Valor p

0.777512

Estadísticas tabuladas: NORFLOXACINO, Columnas de la ... de trabajo

Filas: NORFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_6




Todo 25 25 50



Valor p

0.153647

Estadísticas tabuladas: LEVOFLOXACINO, Columnas de la ... de trabajo

Filas: LEVOFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_7




Todo 25 25 50



Valor p

0.560744

Estadísticas tabuladas: AMPICILINA, Columnas de la hoja de trabajo

34

Filas: AMPICILINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_8


Ampicilina Resistente

25 25 50


Todo 25 25 50



Estadísticas tabuladas: CEFALOTINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: CEFALOTINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_9




Todo 25 25 50



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: CEFUROXIMA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: CEFUROXIMA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_10




Todo 25 25 50



Valor p

0.489796

Estadísticas tabuladas: CEFTAZIDIMA, Columnas de la hoja de trabajo

35

Filas: CEFTAZIDIMA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_11




Todo 25 25 50



Valor p

0.725202

Estadísticas tabuladas: CEFOTAXIMA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: CEFOTAXIMA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_12




Todo 25 25 50



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: CEFTRIAXONA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: CEFTRIAXONA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_13




Todo 25 25 50



Valor p

1

36

Estadísticas tabuladas: CEFEPIME, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: CEFEPIME Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_14




Todo 25 25 50



Valor p

0.753614

Estadísticas tabuladas: AZTREONAM, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: AZTREONAM Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_15




Todo 25 25 50



Valor p

0.396104

Estadísticas tabuladas: AMOXICILINA-ÁCIDO ... s de la hoja de trabajo

Filas: AMOXICILINA-ÁCIDO CLAVULÁNICO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_16




Todo 25 25 50



Valor p

0.667101

37

Estadísticas tabuladas: TRIMETOPRIM CON ... nas de la hoja de trabajo

Filas: TRIMETOPRIM CON SULFAMETOXAZOL Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_17



14 8 22

Todo 25 25 50



Valor p

0.153647

Estadísticas tabuladas: NITROFURANTOINA, Columnas ... ja de trabajo

Filas: NITROFURANTOINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_18




Todo 25 25 50



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: CLORAMFENICOL, Columnas de ... ja de trabajo

Filas: CLORAMFENICOL Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_19




Todo 25 25 50


Prueba exacta de Fisher38

Valor p

0.773287

Estadísticas tabuladas: FOSFOMICINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: FOSFOMICINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_20


Fosfomicina Resistente

5 1 6


Todo 25 25 50



Valor p

0.189463

Estadísticas tabuladas: COLISTINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: COLISTINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_21


Colistina Resistente 14 17 31


Todo 25 25 50



Valor p

0.560744

Estadísticas tabuladas: TETRACICLINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: TETRACICLINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_22




Todo 25 25 50

39



Valor p

0.243634

Estadísticas tabuladas: ERTAPENEM, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: ERTAPENEM Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

PueblaGestantes_23




Todo 25 25 50



Valor p

0.0501520

Then we compare the resistance between geographic area (pregnant from Sonora vs pregnant from Puebla and non-pregnant from Sonora vs non-pregnant from Puebla) and again we use fisher test exact.

Analysis of resistance between geographic area (pregnant women)

Estadísticos descriptivos: Sonora Gestantes, Puebla Gestantes

Estadísticas

Variable Media

Errorestándarde lamedia Varianza Suma Mínimo Mediana Máximo

Sonora Gestantes 13.700 0.747 27.888 685.000 3.000 12.500 22.000

Puebla Gestantes 14.280 0.877 19.210 357.000 7.000 15.000 24.000

Prueba T de dos muestras e IC

T DE DOS MUESTRAS PARA RESISTENCIA DE SONORA GESTANTES VS PUEBLA GESTANTES

Método


µ₂: media de la muestra 2

Diferencia: μ₁ - µ₂40





Muestra 1 25 14.17 4.38 0.88

Muestra 2 50 13.80 5.28 0.75


Diferencia


0.38 (-1.93, 2.69)

Prueba


Hipótesis alterna

H₁: μ₁ - µ₂ ≠ 0

Valor T GL Valor p

0.33 56 0.743



SonoraGestantes

PueblaGestantes Todo



Todo 50 25 75



Valor p

0.0017493



41

SonoraGestantes_1

PueblaGestantes_1 Todo



Todo 50 25 75



Valor p

0.327681



SonoraGestantes_2




Todo 50 25 75



Valor p

0.164134



SonoraGestantes_3




Todo 50 25 75



Valor p

0.596183

Estadísticas tabuladas: CIPROFLOXACINO, Columnas de ... a de trabajo

42

Filas: CIPROFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_4


Ciprofloxacina Resistente

29 10 39


Todo 50 25 75



Valor p

0.152476

Estadísticas tabuladas: OFLOXACINO, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: OFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_5




Todo 50 25 75



Valor p

0.634340

Estadísticas tabuladas: NORFLOXACINO, Columnas de la ... de trabajo

Filas: NORFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_6




Todo 50 25 75



Valor p

0.0557165

43

Estadísticas tabuladas: LEVOFLOXACINO, Columnas de la ... de trabajo

Filas: LEVOFLOXACINO Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_7




Todo 50 25 75



Valor p

0.0497151



SonoraGestantes_8


Ampicilina Resistente 50 25 75


Todo 50 25 75





SonoraGestantes_9




Todo 50 25 75



Valor p

1

44



SonoraGestantes_10




Todo 50 25 75



Valor p

0.0250838



SonoraGestantes_11




Todo 50 25 75



Valor p

0.393294



SonoraGestantes_12




Todo 50 25 75



Valor p

0.417336

45



SonoraGestantes_13




Todo 50 25 75



Valor p

0.150249



SonoraGestantes_14




Todo 50 25 75



Valor p

0.799042



SonoraGestantes_14




Todo 50 25 75



46

Valor p

0.799042



SonoraGestantes_15




Todo 50 25 75



Valor p

0.141307



SonoraGestantes_16




Todo 50 25 75



Valor p

0.0757365

Estadísticas tabuladas: TRIMETOPRIM CON ... nas de la hoja de trabajo

Filas: TRIMETOPRIM CON SULFAMETOXAZOL Columnas: Columnas de la hoja de trabajo

SonoraGestantes_17



18 14 32

Todo 50 25 75


47


Valor p

0.137766



SonoraGestantes_18




Todo 50 25 75



Valor p

0.0851649



SonoraGestantes_19




Todo 50 25 75



Valor p

0.0851649



SonoraGestantes_20


Fosfomicina Resistente 2 5 7


Todo 50 25 75

48



Valor p

0.0374944



SonoraGestantes_21


Colistina Resistente

35 14 49


Todo 50 25 75



Valor p

0.304327



SonoraGestantes_22




Todo 50 25 75



Valor p

0.136497



SonoraGestantes_23



49


Todo 50 25 75



Valor p

0.489947

Analysis of resistance between geographic area (Non-pregnant women)

Estadísticos descriptivos: Sonora No gestantes, Puebla No gestantes

Estadísticas

Variable Media

Errorestándarde lamedia Varianza Suma Mínimo Mediana Máximo

Sonora No gestantes 13.880 0.483 11.659 694.000 6.000 14.000 21.000

Puebla No gestantes 14.360 0.772 14.907 359.000 6.000 15.000 21.000

Prueba T de dos muestras e IC

T DE DOS MUESTRAS PARA RESISTENCIA ENTRE SONORA NO GESTANTES VS PUEBLA NO GESTANTES

Método


µ₂: media de la muestra 2






Muestra 1 25 14.36 3.86 0.77

Muestra 2 50 13.88 3.41 0.48


Diferencia


0.480 (-1.357, 2.317)

50

Prueba


Hipótesis alterna

H₁: μ₁ - µ₂ ≠ 0

Valor T GL Valor p

0.53 43 0.601



Puebla Nogestantes

Sonora Nogestantes Todo



Todo 25 50 75



Valor p

0.431416



Puebla Nogestantes_1




Todo 25 50 75



Valor p

51

0.807699





Netilmicina Resistente

5 2 7


Todo 25 50 75



Valor p

0.0374944







Todo 25 50 75



Valor p

1

Estadísticas tabuladas: CIPROFLOXACINA, Columnas de ... a de trabajo

Filas: CIPROFLOXACINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo



Ciprofloxacina Resistente

13 22 35


Todo 25 50 75

52



Valor p

0.624943

Estadísticas tabuladas: OFLOXACINA, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: OFLOXACINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo





Todo 25 50 75



Valor p

0.137766

Estadísticas tabuladas: NORFLOXACINA, Columnas de la ... de trabajo

Filas: NORFLOXACINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo





Todo 25 50 75



Valor p

0.149742

Estadísticas tabuladas: LEVOFLOXACINA, Columnas de la ... de trabajo

Filas: LEVOFLOXACINA Columnas: Columnas de la hoja de trabajo




53


Todo 25 50 75



Valor p

0.321042





Ampicilina Resistente 25 50 75


Todo 25 50 75









Todo 25 50 75



Valor p

1



Sonora Nogestantes_10


Todo

54

0



Todo 50 25 75



Valor p

0.108108







Todo 25 50 75



Valor p

0.435423







Todo 25 50 75



Valor p

0.107894


55






Todo 25 50 75



Valor p

0.333333







Todo 25 50 75



Valor p

0.787614







Todo 25 50 75



Valor p

0.304327

56







Todo 25 50 75



Valor p

0.212736

Estadísticas tabuladas: ... METOXAZOL, Columnas de la hoja de trabajo

Filas: TRIMETOPRIM-SULFAMETOXAZOL Columnas: Columnas de la hoja de trabajo




8 15 23

Todo 25 50 75



Valor p

1







Todo 25 50 75



57

Valor p

0.242016







Todo 25 50 75



Valor p

0.806675





Fosfomicina Resistente 1 2 3


Todo 25 50 75



Valor p

1





Colistina Resistente

17 34 51


Todo 25 50 7558



Valor p

1







Todo 25 50 75



Valor p

0.313488







Todo 25 50 75



Valor p

0.294500

REFERENCES

1. CLSI. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Fifth Informational Supplement.; 2017.

59

2. Rashid RA, Tarr PI, Moseley SL. Expression of the Escherichia coli IrgA homolog adhesin is regulated by the ferric uptake regulation protein. Microb Pathog. 2006. doi:10.1016/j.micpath.2006.07.006

3. Tiba MR, Yano T, Leite DDS. Genotypic characterization of virulence factors in Escherichia coli strains from patients with cystitis. Rev Inst Med Trop Sao Paulo. 2008. doi:10.1590/S0036-46652008000500001

4. Sabate M, Moreno E, Perez T, Andreu A, Prats G. Pathogenicity island markers in commensal and uropathogenic Escherichia coli isolates. Clin Microbiol Infect. 2006;12(9):880-886. doi:10.1111/j.1469-0691.2006.01461.x

5. Bush K, Jacoby GA. Updated Functional Classification of -Lactamases. Antimicrob Agents Chemother. 2010;54(3):969-976. doi:10.1128/AAC.01009-09

6. Picazo JJ, Gobernado M, Cruz FJ, et al. Procedimientos En Microbiología Clínica.; 2011. https://www.seimc.org/contenidos/documentoscientificos/procedimientosmicrobiologia/seimc-procedimientomicrobiologia14.pdf.

7. Shin SH, Lim Y, Lee SE, Yang NW, Rhee JH. CAS agar diffusion assay for the measurement of siderophores in biological fluids. J Microbiol Methods. 2001;44(1):89-95. doi:10.1016/S0167-7012(00)00229-3

8. Wiles TJ, Kulesus RR, Mulvey MA. Origins and virulence mechanisms of uropathogenic Escherichia coli. Exp Mol Pathol. 2008;85(1):11-19. doi:10.1016/j.yexmp.2008.03.007

9. A. Cravioto, R.J. Gross SMS and BR. STRAINS OF ESCHERICHIA COLI FROM EXTRAINTESTINAL SOURCES : LACK OF. 1979;6:41-44.

10. Rodriguez-Angeles MG. Principales caracter??sticas y diagn??stico de los grupos pat??genos de Escherichia coli. Salud Publica Mex. 2002;44(5):464-475. doi:10.1590/S0036-36342002000500011

11. Constantiniu S. Escherichia coli enterohemoragic – an emerged pathogen of human infections - Part II. Non-O157 Escherichia coli. J Prev Med. 2002;10(4):57-73.

12. Blanco JE, Blanco M, Alonso MP, et al. Serotypes , Virulence Genes , and Intimin Types of Shiga Toxin ( Verotoxin ) -Producing Escherichia coli Isolates from Human Patients : Prevalence in Lugo , Spain , from 1992 through 1999. J Clin Microbiol. 2013;42(1):311-319. doi:10.1128/JCM.42.1.311

13. Bielaszewska M, Schiller R, Lammers L, et al. Heteropathogenic virulence and phylogeny reveal phased pathogenic metamorphosis in Escherichia coli O2: H6. EMBO Mol Med. 2014;6(3):347-357. doi:10.1002/emmm.201303133

14. Bourdin G, Navarro A, Sarker SA, et al. Coverage of diarrhoea-associated Escherichia coli isolates from different origins with two types of phage cocktails. Microb Biotechnol. 2014;7(2):165-176. doi:10.1111/1751-7915.12113

15. Donaldson SC, Straley BA, Hegde N V., Sawant AA, DebRoy C, Jayarao BM. Molecular epidemiology of ceftiofur-resistant escherichia coli isolates from dairy calves. Appl Environ Microbiol. 2006;72(6):3940-3948. doi:10.1128/AEM.02770-05

16. Molina-López J, Aparicio-Ozores G, Ribas-Aparicio RM, et al. Drug resistance, serotypes, and phylogenetic groups among uropathogenic Escherichia coli including O25-ST131 in Mexico City. J Infect Dev Ctries. 2011;5(12):840-849. doi:10.3855/jidc.1703

17. Regua-Mangia AH, Irino K, Da Silva Pacheco R, Pimentel Bezerra RM, Santos Périssé AR, Teixeira LM. Molecular characterization of uropathogenic and diarrheagenic Escherichia coli pathotypes. J Basic Microbiol. 2010;50(SUPPL. 1):107-115. doi:10.1002/jobm.200900364

18. Lienemann T, Salo E. Shiga Toxin – producing Escherichia coli Serotype O78 : H – in Family, Finland, 2009 Taru. Emerg Infect …. 2012;18(4):577-581. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3309701/.

19. Blanco M, Blanco JE, Mora a, et al. Types of Shiga Toxin ( Verotoxin ) -Producing Escherichia coli Isolates from Healthy Sheep in Spain Serotypes , Virulence Genes , and Intimin Types of Shiga Toxin ( Verotoxin ) -Producing Escherichia coli Isolates from Healthy Sheep in Spain. Society. 2003;41(4):1351-1356. doi:10.1128/JCM.41.4.1351

20. Carrillo-Casas EM, Suástegui-Urquijo Z, Arroyo-Escalante S, et al. E. coli outbreak in a neonate intensive care unit in a general hospital in Mexico City. Folia Microbiol (Praha). 2013;58(3):229-234. doi:10.1007/s12223-012-0202-x

21. Pearce JL, Bettelheim KA, Luke RKJ, Goldwater PN. Serotypes of Escherichia coli in Sudden Infant Death Syndrome. J Appl Microbiol. 2010;108(2):731-735. doi:10.1111/j.1365-2672.2009.04473.x

60

22. Sainz E, Rosario T, Reyes M, Vicente P, Patricia M, Eslava C. Resistencia a antimicrobianos de cepas de E. coli de diversos serotipos aisladas de pacientes de un Hospital Psiquiátrico. Rev Mex Ciencias Farm. 2008.

23. Zhang W, Bielaszewska M, Kuczius T, Karch H. Identification, characterization, and distribution of a Shiga toxin 1 gene variant (stx1c) in Escherichia coli strains isolated from humans. J Clin Microbiol. 2002. doi:10.1128/JCM.40.4.1441-1446.2002

24. Poppe C, Martin L, Gyles C, et al. Acquisition and transfer of resistance to extended-spectrum cephalosporins by Salmonella Newport and E. coli in the intestinal tract of turkey poults. Guelph Food Saf Semin Ser Symp Guelph,. 2004;71(3):1184-1192. doi:10.1128/AEM.71.3.1184

61

Dove Medical Press Web view0.001 32 (64) 19 (76) 0.431 Gentamicin 21 (42) 14 (56) 0.327 22 (44) 10...

Documents

Transcript of Dove Medical Press Web view0.001 32 (64) 19 (76) 0.431 Gentamicin 21 (42) 14 (56) 0.327 22 (44) 10...