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Outils pour ladiffusion rapideet reproductiblede la recherche
RechercheReproductible(RR)Quoi?Pourquoi?001-exemple-justificatif
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Final Remarks
Avoir une présence en ligneOutils pour la diffusion rapide et reproductible de la
recherche
Sahir Rai Bhatnagar1
May 14, 2019
1https://github.com/sahirbhatnagar/raqc1 / 47
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Final Remarks
Remerciements
• La comité organisateur• Pierre Racine et SophieBaillargeon
• Don Knuth (TEX)• Friedrich Leisch(Sweave)
• Yihui Xie (knitr)• Vous
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Final Remarks
Avis #1
• Ceci est une introduction au outils pour la recherchereproductible
• Le niveau de cet atelier est ”intermédiaire” et suppose desconnaissances de base en R ainsi que de l’environnementRStudio
• N’hésitez pas à posez des questions
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Final Remarks
Avis #1
• Ceci est une introduction au outils pour la recherchereproductible
• Le niveau de cet atelier est ”intermédiaire” et suppose desconnaissances de base en R ainsi que de l’environnementRStudio
• N’hésitez pas à posez des questions
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Final Remarks
Avis #1
• Ceci est une introduction au outils pour la recherchereproductible
• Le niveau de cet atelier est ”intermédiaire” et suppose desconnaissances de base en R ainsi que de l’environnementRStudio
• N’hésitez pas à posez des questions
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Final Remarks
Avis #2
Je n’ai aucune relation commerciale avec ces logiciels.4 / 47
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Final Remarks
Avis #3
• Le matériel pour cet atelier est basé sur plusieurs ressources• Voir ce lien pour une liste complète de références:https://github.com/sahirbhatnagar/raqc
• Une grande partie du contenu de ces diapositives est baséesur ces deux livres:
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Final Remarks
Eat Your Own Dog Food
• Ces diapositives sont reproductibles• Voir raqc-slides.Rnw:https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/slides
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Final Remarks
Le programme de l’atelier
• 8h30 à 10h00: Introduction aux raports reproductibles avecknitr et RMarkdown
• 10h00 à 10h30: Pause• 10h30 à 12h00: Exercises, Git, GitHub• 13h30 à 15h00: Créer un siteweb avec blogdown• 15h00 à 15h30: Pause• 15h30 à 17h: Publier son propre site et « Github ProjectPages »
• 17h: Fin de l’atelier
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Final Remarks
Recherche Reproductible (RR)
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Final Remarks
C’est quoi la science?
Selon l’American Physical Society:La science est l’entreprise systématique consistant à rassemblerdes connaissances sur l’univers et à les organiser et lescondenser en lois et théories vérifiables...
Le succès et la crédibilité de la science sont fondés sur lavolonté des scientifiques d’exposer leurs idées et leurs résultatsà des tests indépendants et à leur reproduction par d’autresscientifiques.
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Final Remarks
C’est quoi la science?
Selon l’American Physical Society:La science est l’entreprise systématique consistant à rassemblerdes connaissances sur l’univers et à les organiser et lescondenser en lois et théories vérifiables...
Le succès et la crédibilité de la science sont fondés sur lavolonté des scientifiques d’exposer leurs idées et leurs résultatsà des tests indépendants et à leur reproduction par d’autresscientifiques.
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Final Remarks
C’est quoi la science?
Selon l’American Physical Society:La science est l’entreprise systématique consistant à rassemblerdes connaissances sur l’univers et à les organiser et lescondenser en lois et théories vérifiables...
Le succès et la crédibilité de la science sont fondés sur lavolonté des scientifiques d’exposer leurs idées et leurs résultatsà des tests indépendants et à leur reproduction par d’autresscientifiques.
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Final Remarks
RR: Une norme minimale pour vérifier lesrésultats scientifiques
Recherche reproductible (RR) dans la science desdonnéesLes données et le code utilisés pour effectuer une constatationsont disponibles et suffisent à un chercheur indépendant pourrecréer la constatation.
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Final Remarks
RR: Une norme minimale pour vérifier lesrésultats scientifiques
Recherche reproductible (RR) dans la science desdonnéesLes données et le code utilisés pour effectuer une constatationsont disponibles et suffisent à un chercheur indépendant pourrecréer la constatation.
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Final Remarks
Pourquoi devrions-nous nouspréoccuper de la RR?
pour la science
Norme pour jugerdes affirmationsscientifiques
Éviter la du-plication
Développementcumulatif desconnaissances
pour toi
Meilleureshabitudesde travail
Meilleur tra-vail d’équipe
Les modificationssont plus faciles
Plus grandimpact surla recherche
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Final Remarks
Pourquoi devrions-nous nouspréoccuper de la RR?
pour la science
Norme pour jugerdes affirmationsscientifiques
Éviter la du-plication
Développementcumulatif desconnaissances
pour toi
Meilleureshabitudesde travail
Meilleur tra-vail d’équipe
Les modificationssont plus faciles
Plus grandimpact surla recherche
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Final Remarks
Un exemple justificatif
Démo: 001-motivating-example
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Final Remarks
Commencer
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Final Remarks
Outils pour la recherche reproductible2
Logiciel gratuit et « open source »
• RStudio: Créer, gérer, compiler des documents• LATEX: langage de balisage pour la composition d’un document• R: Langage d’analyse statistique• knitr: Intègre le code LATEXet le code R. La version modernede Sweave du professeur Friedrich Leisch
• RMarkdown: Intègre le code Markdown et le code R
2http://onepager.togaware.com/14 / 47
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Final Remarks
Comparaison
Figure 1: Comparison
• LATEX a une plus grandecourbe d’apprentissage
• De nombreuses tâches sonttrès difficiles ouimpossibles (la plupart descas) à effectuer dans MSWord ou Libre Office
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RechercheReproductible(RR)Quoi?Pourquoi?001-exemple-justificatif
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Exemples002-minimum-working-example003-model-output004-figures005-beamer-presentation006-sensitivity-analysis-one-parameter007-sensitivity-analysis-many-parameters010-rmarkdown-presentation015-two-column
Final Remarks
La philosophie derrière LATEX
Figure 2: Adam Smith, l’auteur deThe Wealth of Nations (1776),dans lequel il conceptualise lanotion de division du travail
Division du travailLa composition et la structurationlogique du texte constituent lacontribution spécifique de l’auteurà la production d’un texte imprimé.
Des questions telles que le choix dela famille de polices, les en-têtes desection doivent-ils être encaractères gras ou en petitescapitales? Doivent-ils être alignés àgauche ou centrés? Le texte doit-ilêtre justifié ou non? Les notesdoivent-elles apparaître au bas dela page ou à la fin? Le texte doit-ilêtre placé dans une colonne oudeux? et ainsi de suite, est l’affairede la typographe
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Final Remarks
La philosophie derrière LATEX
Figure 2: Adam Smith, l’auteur deThe Wealth of Nations (1776),dans lequel il conceptualise lanotion de division du travail
Division du travailLa composition et la structurationlogique du texte constituent lacontribution spécifique de l’auteurà la production d’un texte imprimé.
Des questions telles que le choix dela famille de polices, les en-têtes desection doivent-ils être encaractères gras ou en petitescapitales? Doivent-ils être alignés àgauche ou centrés? Le texte doit-ilêtre justifié ou non? Les notesdoivent-elles apparaître au bas dela page ou à la fin? Le texte doit-ilêtre placé dans une colonne oudeux? et ainsi de suite, est l’affairede la typographe
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Final Remarks
Le génie derrière LATEX
Figure 3: The TEX project was started in 1978 by Donald Knuth (Stanford).He planned for 6 months, but it took him nearly 10 years to complete.Coined the term “Literate programming”: mixture of code and textsegments that are “human” readable. Recipient of the Turing Award(1974) and the Kyoto Prize (1996).
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Final Remarks
Integrated Development Environment (IDE)
Demonstrate: Explore RStudio
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Exemples002-minimum-working-example003-model-output004-figures005-beamer-presentation006-sensitivity-analysis-one-parameter007-sensitivity-analysis-many-parameters010-rmarkdown-presentation015-two-column
Final Remarks
Integrated Development Environment (IDE)
Demonstrate: Explore RStudio18 / 47
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Final Remarks
Que fait knitrExemple LATEX:
Report.Rnw (contains bothcode and markup)
Report.tex
knitr::knit('Report.Rnw')
Report.pdf
latex2pdf('Report.tex')
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Final Remarks
Que fait knitrExemple LATEX:
Report.Rnw (contains bothcode and markup)
Report.tex
knitr::knit('Report.Rnw')
Report.pdf
latex2pdf('Report.tex')
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Final Remarks
Compiler un document .Rnw
Les deux étapes de la diapositive précédente peuventêtre exécutées en une seule commande:
knitr::knit2pdf()
ou dans RStudio:
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Final Remarks
Incorporer le code R
• Insérer le code R dans un morceau de code commençant par
<< >>=
et se terminant par@
Dans RStudio:
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Final Remarks
Exemple 1
<<example-code-chunk-name, echo=TRUE>>=library(magrittr)rnorm(50) %>% mean@
produces
library(magrittr)rnorm(50) %>% mean
## [1] 0.12
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Final Remarks
Exemple 2
<<example-code-chunk-name2, echo=TRUE, tidy=TRUE>>=for(i in 1:5){ (i+3) %>% print}@
produces
for (i in 1:5) {(i + 3) %>% print
}
## [1] 4## [1] 5## [1] 6## [1] 7## [1] 8
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Final Remarks
Example 2.2
<<example-code-chunk-name3, echo=FALSE>>=for(i in 1:5){ (i+3) %>% print}@
produces
## [1] 4## [1] 5## [1] 6## [1] 7## [1] 8
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Final Remarks
Example 2.3
<<example-code-chunk-name4, echo=FALSE, eval=FALSE>>=for(i in 1:5){ (i+3) %>% print}@
producesDémo: Essayez vous-même
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Final Remarks
R output within the text
• Include R output within the text• We can do that with “S-expressions” using the command\Sexpr{. . .}
Example:
The iris dataset has \Sexpr{nrow(iris)} rows and\Sexpr{ncol(iris)} columns
produces
The iris dataset has 150 rows and 5 columns
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Final Remarks
Include a Figure
<<lm, fig.cap='Regression',fig.height=3,fig.width=3>>=plot(mtcars[ , c('disp','mpg')])lm(mpg ~ disp , data = mtcars) %>%abline(lwd=2)@
●●● ●●●●
●●●● ●●●
●●●
●●
●
●
●● ●
●
● ●●
●●
●
●
100 200 300 400
1025
disp
mpg
Figure 4: Linear regression
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Final Remarks
Include a Table
<<table.ex, results='asis'>>=library(xtable)iris[1:5,1:5] %>%xtable(caption='Sample of Iris data') %>%print(include.rownames=FALSE)@
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species5.10 3.50 1.40 0.20 setosa4.90 3.00 1.40 0.20 setosa4.70 3.20 1.30 0.20 setosa4.60 3.10 1.50 0.20 setosa5.00 3.60 1.40 0.20 setosa
Table 1: Sample of Iris data
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Final Remarks
Markdown: HTML without knowing HTML
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Final Remarks
R + Markdown = RMarkdown
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Final Remarks
What rmarkdown doesRMarkdown example:
Report.Rmd (contains bothcode and markdown)
Report.md
knitr::knit('Report.Rmd')
Report.html,Report.pdf,Report.doc
pandoc
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Final Remarks
What rmarkdown doesRMarkdown example:
Report.Rmd (contains bothcode and markdown)
Report.md
knitr::knit('Report.Rmd')
Report.html,Report.pdf,Report.doc
pandoc
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Final Remarks
Compiling a .Rmd document
The two steps on previous slide can be executed inone command:
rmarkdown::render()
or in RStudio:
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Final Remarks
Comment choisir entre LATEX et Markdown ?
symboles mathématiques tprésentations beamer teccdocuments personnaliséslpublications dans des re-vues
rapports rapides etfaciles,tkkjjjjjjk librairiesjavascript, tekkhhhhtgraphiques interactifs tepublier sur des sites Web
LATEX
Markdown
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Final Remarks
Git et GitHub
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Final Remarks
Exemples
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Final Remarks
Minimum Working Example
https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/002-minimum-working-example
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Final Remarks
Extracting output from Regression Models
https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/003-model-output
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Final Remarks
Figures
https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/004-figures
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Exemples002-minimum-working-example003-model-output004-figures005-beamer-presentation006-sensitivity-analysis-one-parameter007-sensitivity-analysis-many-parameters010-rmarkdown-presentation015-two-column
Final Remarks
Beamer Presentations
https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/005-beamer-presentation
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Exemples002-minimum-working-example003-model-output004-figures005-beamer-presentation006-sensitivity-analysis-one-parameter007-sensitivity-analysis-many-parameters010-rmarkdown-presentation015-two-column
Final Remarks
Changing one Parameter in an Analysis
https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/006-sensitivity-analysis-one-parameter
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Exemples002-minimum-working-example003-model-output004-figures005-beamer-presentation006-sensitivity-analysis-one-parameter007-sensitivity-analysis-many-parameters010-rmarkdown-presentation015-two-column
Final Remarks
Changing Many Parameters in an Analysis
https://github.com/sahirbhatnagar/raqc/tree/master/007-sensitivity-analysis-many-parameters
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