BLAST: Guía rápida
BLAST
BLAST: Guía rápida
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
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Diversas versiones de BLAST
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BLASTN
Query sequence:
Database:
Typical uses:
Nucleotide
1.- Mapping oligonucleotides, cDNA and PCR productos to a genome
2.- Screening repetitive elements
3.- Cross-species sequence exploration
Nucleotide
4.- Annotation of genomic DNA
5.- Clustering sequence reads
6.- Vector clipping
BLAST: Guía rápida
BLASTP
Query sequence:
Database:
Typical uses:
Protein
1.- Identifying common regions between proteins
2.- collecting related proteins for phylogenetic analysis
Protein
BLAST: Guía rápida
BLASTX
Query sequence:
Database:
Typical uses:
Nucleotide translated into protein (6)
1.- Finding protein-coding genes in genomic DNA
2.- Determining if a cDNA corresponds to a known protein
Protein
BLAST: Guía rápida
TBLASN
Query sequence:
Database:
Typical uses:
Nucleotide translated into protein (6)
1.- Identifying transcripts, potentially from multiple organisms, similar to a given protein
2.- Mapping a protein to genomic DNA
Protein
BLAST: Guía rápida
TBLASX
Query sequence:
Database:
Typical uses:
Nucleotide translated into protein (6)
1.- cross-species gene prediction, at the genome or transcript level
2.- Searching for genes missed by traditional methods or not yet in protein databases
Nucleotide translated into protein (6)
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Página principal de BLAST
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¿ Para qué sirve BLAST ?
BLAST compara una secuencia problema (query sequence) con todas las secuencias de una base de datos para encontrar regiones de
similitud local. Al mismo tiempo calcula la significancia estadística de cada resultado
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Basic Local Alignment Search Tool
― Es la herramienta de software más importante de la Bioinformática porque:
1.- La comparación de secuencias es una poderosa herramienta para obtener información a partir de secuencias desconocidas
2.- Es rápida
3.- Es fiable, tanto por la solidez de su análisis estadístico como por el grado de desarrollo del software
4.- Es flexible, permite comparar secuencias en múltiples escenarios
5.- Es una herramienta consolidada y de uso generalizado: cualquier persona con un ordenador conectado a Internet la puede utilizar
Características de BLAST
BLAST: Guía rápida
¿ Cómo se hace una búsqueda con BLAST ?
Para hacer una búsqueda con BLAST:
1.- Escoge el programa BLAST adecuado
2.- Introduce la secuencia problema
3.- Selecciona la base de datos
4.- Selecciona la versión del programa
5.- Selecciona los parámetros de búsqueda
6.- Inicia la búsqueda
7.- Analiza los resultados de la búsqueda
BLAST: Guía rápida
1.- Escoge el programa BLAST adecuado
BLAST: Guía rápida
Formulario de búsqueda en BLAST
BLAST: Guía rápida
2.- Introduce la secuencia problema
1.- Teclea la secuencia completa
2.- Pega un fichero en formato FASTA
3.- Introduce el identificador de la secuencia
OpcionesOpciones
BLAST: Guía rápida
3.- Selecciona la base de datos
OpcionesOpciones
1.- Selecciona un organismo
2.- Introduce uno o varios términos para limitar la búsqueda
Botones de ayuda
Menú desplegable para seleccionar la base de datos
donde se va a buscar
BLAST: Guía rápida
4.- Selecciona una versión del programa (blastp)
1.- blastp (protein-protein BLAST)
2.- PSI-BLAST
3.- PHI-BLAST
OpcionesOpciones
BLAST: Guía rápida
1.- megaBLAST
2.- discontiguous megaBLAST
3.- blastn
OpcionesOpciones
4.- Selecciona una versión del programa (blastn)
BLAST: Guía rápida
5.- Selecciona los parámetros de la búsqueda
― Utiliza los parámetros que aparecen por defecto
― La selección de los parámetros condiciona notablemente los resultados de la búsqueda
BLAST: Guía rápida
6.- Inicia la búsqueda
BLAST: Guía rápida
La búsqueda se está realizando…
BLAST: Guía rápida
Página con los resultados de la búsqueda
Se puede cambiar el formato de presentación
de los resultados
BLAST: Guía rápida
Cambiar el formato de los resultados de la búsqueda
BLAST: Guía rápida
― La página con los resultados de BLAST contiene la siguiente información:
La página de los resultados de BLAST
1.- El encabezamiento
2.- Gráficos: Alineamientos y árboles filogenéticos
3.- Listado de hallazgos (hits)
4.- Alineamientos detallados (todos)
5.- Pie de página (parámetros de búsqueda, estadísticas)
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: el encabezamiento
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: gráficos
Alineamientos encontrados
NOVEDADES
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: árboles filogenéticos
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: estructuras relacionadas
BLAST: Guía rápida
7.- Resultados de la búsqueda: listado de “hits”
Enlaces a la base de datos de proteínas Enlaces a
bases de datos de estructuras 3D o de genes
Ir al alineamiento
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7.- Resultados de la búsqueda: alineamientos
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7.- Resultados de la búsqueda: pie de página
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