The table here under shows all oligos specific to HB3/IT/Dd2 VSA. “Oligo site” indicates where the oligo is located in the gene sequence. OligoID corresponds to the supercontig where the gene is found. A gene ID conversion table can be found in supplementary table 5.

OligoID oligo site oligo sequenceHB3var_1.8_6_0 1390 CAAATAGAAAATGTGAAAAGCGCCTGCAAAGCGATAAAAAATGTAAAAAAGAAGAACGAGATCGTAAAAAHB3var_1.8_6_1 2888 ACTAGATGGCATCAAAGGAAATGACAAATATACTCAAGATGAAAACAAAACGCCCAAATATAAACAATTGHB3var_1.8_6_2 3637 AGGAAGAAATAAAGAAAGCATGTGAAATAGTGGAGACACTTATAGCAAAAAATAATGATGGAAATACTGCHB3var_1.8_6_3 6537 GAGATATATTATGATGTCAGACGTTTTTTGGAGATGATGCAACCGGAAAGTGAAGTTAAAAAAGTTAAAAHB3var_1.47_1_E 1524 GGAGTGAAAAAGGTAAATAATGGTAACAAATGGGAAGAGAAACATGGTAGTAATGTATGCAAGAATATAAHB3var_1.47_1_E 3386 GAACCTTTTGAAGAAAATCAAAGAAGAAACGGGCGAATACCATTACAAAAATGTCAAACTTAAAGACGAAHB3var_1.47_1_E 4060 ATGCTAATTGTAATGGTGATAAGAAAATTGGCTGCAAAAGTAAAACGCATATTGACGTAAATGATTTTCAHB3var_1.47_1_0 1442 CGAAAAGAAAAGTAATGGAGAATTTCAAGAGAAACCTAAAAAGAAAAGTGGTAAATGCGATGGTAAAAAAHB3var_1.47_1_1 2831 AGCACAAGAAAACGTATATAACCTAAAAGATGACAACGACGAAGCACAAACCAAATTAAAAAATGGTAATHB3var_1.47_1_2 3441 TATATAATTGAAAAAGAGTGTAAAGTAGAAGCAAATAGTGGTACTCGTCGTAAAAATGGTACAAAAACCCHB3var_1.47_2_0 1805 ACTAATTGAAAAATGGCAATGTTATAAACATGACTATGTAAAGGAAGTTGGAGAGAAAGATGAAGATGACHB3var_1.47_2_1 3572 ATACGACTACGACAAAGTCACAATAAATAGTGTTGGTCCTAATGGTGATAGTACCTCTTTATTAAATTTTHB3var_1.47_2_2 5092 AGGAAATTGCAAAGAAATTAAGGGAAGATGCGGAACGTGCTGTAGAAAAAATGAAAGATAATAAGTTGAAHB3var_1.47_2_3 6737 TATGTTGGACACTACATCATCCAGACAGATAAACAAGAGATTAACAGAATTACTTAACGCTTCAAAAAATHB3var_1.47_3_0 1708 TTTGCCAAAAAGAATATGATGAATCTTTATATGCAGCATGGAAATGTTATAACGATGTAGAGAAAGTTAAHB3var_1.47_3_1 2298 GAAAAACAAAAAAGTAAAGCAGAAGCAGATGGTGGAACGGAAAGTCAAAAGAAGAATACAATTGATAAATHB3var_1.47_3_2 4171 AAAAAAATAGTTGCAAAGGTGATGAAGAACAGAAGTGCAATGGAAGAACATCTATTACTAAGGATGATATHB3var_1.47_5_0 984 AGAGTAAGAGAACATAAGTTGAAAAAGATTAAAGAAGCGTGTCGTGGGAAAAATGATGAAAAAGATTGTAHB3var_1.47_5_1 2760 ACAAAGAAGAAAAAAGGAGATAAACTCATTGAAGATAATGAAAAACACAAAGAGTGGTGGAATGAACATGHB3var_1.47_5_2 5404 GTAAGGATGTGATCCAAAGTAAATCTGAAGAAACAATATGTAGAGATGATAAAAGGGTAGATTGTAACAAHB3var_1.47_5_3 5977 AATGCGTTTGGTCAGCAATGAAATGTGGTTACAACGAAGGAATAAAAAAGGGTAATAAGAGTAATAATATHB3var_1.47_5_4 8387 AAACTTATCAAGAAGAAGACCAAAACCATTAGAAGAAGGAACACAATCGTCGATAGCAACTAAAACTATTHB3var_1.54_1_0 1554 AATAATAATGGTGGTAGTGGTAACAAATGGGAAGCTAAAAATGATGAAAAATGCCAGCCTATAAAACTTTHB3var_1.54_1_1 3081 AAAAACGACATCTTGATTCAAAAAACAAGTAGTGGTAGTGACAAAGAAATGCAGGAAAGAGAAGAGAAAAHB3var_1.54_1_2 4858 AGGAAATTGCAAAGAAATTAAGGGAAGATGCGGAACGTGCTGTAGAAAAAATGAAAGATAATAAGTTGAAHB3var_1.54_1_3 6818 AGGAAGAATAAGTTTACCTCAATGTGCTAATGCATGTGCACAATATAGAAGTTATGTATGGACAAAAAAAHB3var_1.54_2a_ 1529 GGTGAGAAAGACAAATGGTAATGAATGGGAAAAGAAAAAAGAAGATGATAAATGCAATAGTGGAAAACTTHB3var_1.54_2a_ 3360 GGGAATGATATAGGTAGAAATATGGATGAAATAGAAAAAAAAATAAAGGATGTTTTCAGAAATGGTGGGGHB3var_1.54_2a_ 5121 GTACCTAGATCACGACCAAAACAACGAAAAAAACAAAAACGACAAATAACCCCCAAGGAATATAGATTAAHB3var_1.54_2b_ 490 AAACGTTAACAACACAACATGGACAACATCAACTAACTTATCCTGATTCTCATTATGAAATATGTACTGAHB3var_1.54_2b_ 3282 GTGAGTGCAAGTGACAAAGACAGTATGCAAAAAAACCTTACCGATAAATATAAGTACAAAGAAGTTAAATHB3var_1.54_2b_ 5839 GTGAATGTAAAACGTCAAAAGAACATGACGATAAAGTTAATGACCTAGATAAATGTCCAACTGAAGAAAAHB3var_1.54_2b_ 5985 TATGGAAGAGATATGTTAATACCACGTAGAAGACGAAAAATGTGCCTTCAAAATGTAACTAGAAAACATTHB3var_1.54_3_0 73 ATAGTATAGGGAAAAAAGTGCATGACGAAGTGAAGAATGGTGAGGCTAAAACATATGATAGTTACTTGAAHB3var_1.54_3_1 2381 ATTACTACAACATGAAGATAAAGATGCCAAAGAATGCCTACAAAAACAGAATGACTGTAACAAACAATCAHB3var_1.54_3_2 5098 AGGAAATTGCAAAGAAATTAAGGGAAGATGCGGAACGTGCTGTAGAAAAAATGAAAGATAATAAGTTGAAHB3var_1.54_3_3 7339 AATGTATACAATTAATAATTCCAACTAAACGAAAAGAAAAAGAAGAACCAAAAAAACCTGTACGCCCACCHB3var_1.54_1_N 1513 CTCTATGTGGGGTCCAAAATAAAGGTAATAAGGAATGGAAAGAGAAAAATAATGATAATTGCAAGAATATHB3var_1.54_1_N 3254 TTCTGAAAAGAATGACACAGTGCAAACACAACTTACCAATAAATACGACTACAATAACGTCACATTTAAAHB3var_1.54_1_N 4417 CTGAGGAAGCCAAAAAAATTTTTGATAACGAAATGAAAGAAGATGATATATGGGGATGTACTGGTAATATHB3var_1.54_1_N 7003 AATGTAAACAATCTGTAATTCCAACTGAACGAAAAGAACAAAAAACAGATAAAGATCCTGAAGAATCACCHB3var_1.88_2_0 78 CATGACCAAGTTAAAAGTGAAGCTGAAGCATATAAAAATAAATTGAAAGGAGATTTGTCACTAGCAACATHB3var_1.88_2_1 2048 ACAACAGGTGGAAAAAATTAGAAAACTTTTGCAAAATAAAATGGACAATGAAATTAATGCTGCGAGAACGHB3var_1.88_2_2 4151 TGTATGTAAATCGGAAAAGGGTAATGGGGAAAAAGTCAATGGGCAAAAAGATGGTGAAAAACACATTATAHB3var_1.88_4_0 1155 CAAAAATACGAAGAGGAGATCAATGAAAGCAAACCTAGTGTTAAATCAGAACATGGAAAATATAATAAAGHB3var_1.88_4_1 2784 AGTCAAAATAAAATATCAATACTATCTGAGGAAAATGACAAAGCAACTGTGTGTCGTGCGATGAAATATAHB3var_1.88_4_3 6872 GACAATTAATAAAAAAATAAAACAAATTTTAAACGGTAACACATCTAGTCGCACACATGGCCAACAACCTHB3var_1.88_4_4 7291 TATATATAATTAAAAAAGATTGTAAGGTAGGTGAAAATGGTGATCGTCGTGGTGGTGGTATAACAAAACAHB3var_1.96_2_0 1592 TATACTAAAGAAATATGAAAAGTTCTGTGAAGATACTAATGGTGAAAGGGCTAATCAAGTTACAAGTTGGHB3var_1.96_2_1 2153 AAAACAAAATGCCAATAAATGTGTAGAAAATAATCCATATAAGGACTGCCCCAAAAAACCACCAATAAAC

HB3var_1.96_2_2 4759 TTGAAAAGCTTAGTAAAGAAACAGAAAAGTGTCAAGAACACCAAAATATTGTCGAAAACCAAACAACTTGHB3var_1.100_1_ 1639 ATCAATGGGAAGAGAAAGACAAAAGTAAAGAAAAATGCGATGGTCAAAAACTTTATAAGCCTATAAATGGHB3var_1.100_1_ 3156 GCTTGGCATAGATATAAAAAAATAAAAGAAAAGGAAATAGAGGAAAAAAGAAAACGAGAAAATGGTGAACHB3var_1.100_1_ 3990 TATGAGAAACAAAAAGAAATATATAATGAACAAAAACAAAACTGCAAAGAGGAAAGTAACGGTGCTGCTCHB3var_1.100_1_ 1523 GGAAAAGGATAATACTGGAAATGGAAAATGGAAAGATAAGGAGTTAAATTGTGCAAAAACAAAGACATACHB3var_1.100_1_ 3319 ACACTATGAAAAAAATAAAAGAGAATATAGAAAAACTTCTCCCAAAAAATGCTGATTCCCAACCTCCTAGHB3var_1.100_1_ 4082 AAATAATGAGAACGTAGAGGGTAAAAAAGGAGAGGATGACATAAATTTTAAGGAAAAAGATGGTAAAACAHB3var_1.100_3_ 1044 AATAAAAAAATAAAAGATGTCCAAAAACAGTGTCGTGGAACTGACTCAAGTGGTAAGAAACGATATTGTAHB3var_1.100_3_ 2392 TTAAGAACATGTTGGAAAAGGAAAATGAAAAAAATCAACAAGAAGCAGATGATGGCAATGACAGTCAAAAHB3var_1.100_3_ 4163 AAATAATGAGAACGTAGAGGGTAAAAAAGGAGAGGATGACATAAATTTTAAGGAAAAAGATGGTAAAACAHB3var_1.105_3 1098 GGATATGATTGTAAAAGAACTTTTAGTGCAAAAAAAAAATATAGGTGGGATCACAAATGTACTGGCTGTTHB3var_1.105_3 2354 AATTGATTTCTTGCTCAAAGAGGAATTAAACGAAGCTGAAGAATGTCTAAAAAAACAGAAAGACAACGAAHB3var_1.105_3 4150 TTAAAATCAAATGTCAAGATGGTAAATGCAAGGGTGATACAGGAAATAAGTGCAATGGAAAAACGGATATHB3var_1.114_4_ 1269 AAAGCAAACGGAAAAAACGGAACATCAATAACAATTGGAAAAACAACTATTAACAATATATATGCAAAGGHB3var_1.114_4_ 2259 AATACTAAAATTGATAAATTTCTCCAAGAGGAATTAAACGAAGCCAACAGATGCAAAAACTGCCAAGAAAHB3var_1.114_4_ 4243 TAGATTGTACAAAAGCTAAATGTACTGGTGCTGGTACAAATGATATGTGCAAAGGTAAAAATATAACGATHB3var_1.118_1_ 1394 TAAAAGTGATACCGACTGTGCAAAGGAAATAGAAAAGACAATCACTAAAGAAAATACTACCATTATACCAHB3var_1.118_1_ 3293 ATGGGGTCAACATTTTTGTAAGACACGGAAGAGGATGTTAAAAGACATAATATATGAATGTCGTAATAGAHB3var_1.118_1_ 4446 ATTGAAAACCTTGAAAAAAAAATTCATAGATGTAAAACCCAACATGCCACTAAACCAGAAAAACCTTGTGHB3var_1.118_1_ 6863 TAAGAAAATTAAACCCATAATTAATCGTAACAAAAAGAAAACAGTGGATGAAACTGCTGCAGAACCCGATHB3var_1.125_4_ 3450 GGAAAAAAAACACAATATGAGAGTCAAGAAGGCAAATTTAATACAGAAAAAAGACAGAAGAAACCAGGATHB3var_1.125_4_ 4297 AATCAAAAATTAAGGATGAAAGTCTGTGCAAAATACTTACCGAAAAAAACAGCGGAAACAAAAACACGTAHB3var_1.125_4_ 6831 TGGGAAAATCAATGGGATAAAATAAAAGAGAAATACGAAAAATTATACAAAGAAGCAAAACAAACTGGCGHB3var_1.130_1_ 82 TGGAAGAAATTGGAAAAAAGATAAAAGATAAGACAGAAAAAGAGAGTAAATATGACGGGAAATTGAAAGGHB3var_1.130_1_ 2424 GGAATACTTACTGGGAAGAAAGAAACAGATGATATAGAAAAGTGCAAAGGAAAATATAAAGGTGGTAAATHB3var_1.130_1_ 3794 AATAAAAGAAGAAGCAGAACTAGTATATAAAACAACAGGCCCAAATGAACACGATCAAAAATTAGAAAGCHB3var_1.130_1_ 6609 CCATGGAGAGAACAATGGGCAAAAATAAAAACAAAATACGAACAATTATACAAAAAAGCACAAAATAGTGHB3var_1.138_2_ 1429 ACATCACTTGTACATATGTTAAAGGGTTTCCTAATAGAATAACGGACAAAAACAACGATGCTTTTGTTATHB3var_1.138_2_ 2394 GGAATACTTACTGGGAAGAAAGAAACAGATGATATAGAAAAGTGCAAAGGAAAATATAAAGGTGGTAAATHB3var_1.138_2_ 3764 AATAAAAGAAGAAGCAGAACTAGTATATAAAACAACAGGCCCAAATGAACACGATCAAAAATTAGAAAGCHB3var_1.138_2_ 6579 CCATGGAGAGAACAATGGGCAAAAATAAAAACAAAATACGAACAATTATACAAAAAAGCACAAAATAGTGHB3var_1.142_6_ 468 GGACAAATGATAGCAAAAAAGCTTCAAGAATATGATCCAACTAATTATAAATCACGAATATGTACTGAGTHB3var_1.142_6_ 3304 AAGATATATCAGATAAAATAGATGAAATTCTCCCAAAAAATGGTGATACAGTTCCTGGCCAAAAAAGTGTHB3var_1.142_6_ 4194 CTTAAATGTAATTCAGATGTTTGTGGTGGTAATACAAAAAGTAAGTGCGATGGTAAAAAGCCTATTACTAHB3var_1.142_6_ 475 TAGTAGAAAATCATGAAGAATATAAAAAAACAAATAACGATTCCAATATATGTACGGCCTTAGCACGCAGHB3var_1.142_6_ 2675 AAAACAAGGAATATACAAAAAAGGAGGTAATGCAGATGAGTTGAAGGACGTATGTAAAATAACGAACAATHB3var_1.142_6_ 3906 TATGATGAGATGTTAAATTGTGTGAATAAGGAGAAGAAGAAACAGGAAAAAAAGGAAAAACCGAAAGAAGHB3var_1.142_6_ 6373 CAGAATATGAGAAACAAAAAAGTGCGTATGAACAACAAAAAAAATACGTAAATGGAAGTAATAACCACGGHB3var_1.142_5 679 TATATGAAGAATTGACTTACGGCGCACAAAATTACTACAAAGGTGATCGCGAGAAAAATTATTATCAGTTHB3var_1.142_5 3214 AAGCTAGTGGTGATACGAAAATGAAAGAAATATCGAGTAAAATAGAAGCAATCCTCAAACAAAGTGGTAAHB3var_1.142_5 4120 AGTGTAAGGAATATAAGGTAAATGGACAAACATGGGAAAAGCTTTTAAATGGAGAAAAACAAGATGAAGAHB3var_1.144_5_ 96 ACTGTACAGAAAAAAGTGCATGATGCTGCTAAAAATTGTATTGATGATTTGAAAGGAAGTTTGTCAAAAGHB3var_1.144_5_ 2368 ATAAATTACTAAAACATGAAGGAGAAGAAGCCGGTGAATGCCTAAAAACACACAAAGAAAAATGCGAAAAHB3var_1.144_5_ 4453 TATGTAAATCGAAAAACGTTAATGGGGAAACAACCAGTGGGGAAAACAATGATCAAATTATAACAATTAGHB3var_1.153_4_ 1431 CAATGTACCGATAATGGTAACTGTACAAAAAAGCAAGATACTTCATGCCATAAAGAAATTCCTAAAAAAGHB3var_1.153_4_ 2014 ACGTAGAAGATATTTTGACAAATATTAAAGATGGTTATAAGGAGGTAGAAGGAGCAGAACACATTAAGAAHB3var_1.153_4_ 3851 ATATAAAGGGGAACATGGTAAATTAACAAAAGATAAATGTGGTGGGGGTGATAATAATTGTTGTGAACAAHB3var_1.153_4_ 6231 GAACCTAAATATTGTGTAGACAAAACTGCATATGATATAAGAAAAGAGAACGGGAAAAAGTCGGATAATAHB3var_1.153_4_ 7924 TTTTTGAACATAAAATTAACAAACGAACTCATTCATCATCATCGTCATCAGAACCAAATATCACACCTTCHB3var_1.168_5_ 1278 AAAGCAAACGGAAAAAACGGAACATCAATAACAATTGGAAAAACAACTATTAACAATATATATGCAAAGGHB3var_1.168_5_ 2268 AATACTAAAATTGATAAATTTCTCCAAGAGGAATTAAACGAAGCCAACAGATGCAAAAACTGCCAAGAAAHB3var_1.168_5_ 5195 TAATGGTAGATGCAAACAGATAAAAAAAGAAAATGGTGCTCCTAATGGAGATGATTGTGAATTCAAAACTHB3var_1.168_5_ 7005 GCTAGACAAAAAGAATTATATCAAAGCGTAAAAAAGGAATGTGAATCTGCCAAATGTAATAATGAGGATG

HB3var_1.183_6_ 651 TTCAAGAAGATACATGAGGATTTGACAGAAACCGGGGTAAAAAATTACTACAAAAATGATGATAAAGATCHB3var_1.183_6_ 3182 AGATATGGACAAAGTGAATCAGAAAATAAAGGGTGTTTTCTCAAATAATGTCCAAACACCTACTGAAAAAHB3var_1.183_6_ 4122 TTAAGGAAACAAAAATGGGAATGCCAAAAAAAACAGGATAAAATTCATCAGTGTAAAATTAGTACAGACGHB3var_1.189_4_ 430 CAGCCAAACATGAAGGACAATCAATAAAAACTGAATATAACGAAAAGAATGGTGATTATAAATCGGGATTHB3var_1.189_4_ 2853 AAAATCAAAAGGCACCTTATGGGCAAAGACAAGGACAAATATAAAGATGATGACTACAAACATACTAAATHB3var_1.189_4_ 4322 TAAGGACTATGAGTGTAAGAAACGTGATGATGATAAGAAAAAAGCATGTGTAAAAGCGTGTAAAGAATATHB3var_1.193_2_ 1990 GAGATCAAGAGGAATCGAAAGAATTAATGCAGAAAATAGATAAAATTGATATGTCGCAACAAGAAGGAAAHB3var_1.193_2_ 1998 GAGGAATCGAAAGAATTAATGCAGAAAATAGATAAAATTGATATGTCGCAACAAGAAGGAAATACAGAACHB3var_1.193_2_ 4563 GTTGAAAAAGTCAAAGGAAATTTTGAAAGTTTAGAGGAGTTAGAGAAGACACTTAAATGTAATGGAAGTGHB3var_1.200_6_ 1622 ATATAAAAATTTTTGTGGAAATGGTAAAAACGGTGAAAAAGGTGAAAAGGGTGGTCAAATTGAAACATGGHB3var_1.200_6_ 4445 TAAAAAGAAAAAGGAGTGGGAAGAAATAAAAAAACATTTTAATAATCGAAAACAGCAAGAGGGTGATGGCHB3var_1.203_6_ 1373 AGAAGGAGGAAAAATTGATTTCAGAAACGTTAATAGTGCTAAAAATAGCGATGGCGATGATAGTAATAAAHB3var_1.203_6_ 1812 GCAGGGGGTTTATGTATATTAAAAAACGAAAAAGAAGAACAAGAAAAAGAAAGAAGTGATTCCAAATCTCHB3var_1.203_6_ 4186 TTAAAACAGATTGTAAAAGTGGTAAATGCGATAAGACTAAAGGACAGGAGTGCCAAAATAAAAGGCATATHB3var_1.220_5_ 3005 AGCAAATTACGAAGCAAAAAAAATAAAAGAAAAATATAGGGGCCCAAATGGCCAAAATAACCATAAAGGTHB3var_1.220_5_ 3910 ATTATAAAGATAAGTGTGAGTGTAAGGAGAATGAGGCACAACCAAAAAAAGTCGAAACACCAAAACACAAHB3var_1.220_5_ 6223 AAATTGAAAAATGCAAAAAGATATACCACGAAAATGGTGACAACAAATGTACCGAAACATCACAACAAACHB3var_1.226_6_ 1164 CTAAAACAAAAAAAAAAATGCAGAAATGAAATACCAAGTTCTAAGAGGCAAAAACGGAGTATACGTAGTGHB3var_1.226_6_ 1934 AGAGTGGAGAAACGAACTTGGGAGTTGTATAAATAATGCCAAATCAGGACAATGTAAAAACAATAAATGTHB3var_1.226_6_ 4372 TATGTAAATCGAAAAACGTTAATGGGGAAACAACCAGTGGGGAAAACAATGATCAAATTATAACAATTAGHB3var_1.226_5_ 1582 AGTTTTGTGAAAATGGTGTGAAGGAAACGGAAACATGGAAATGTCATTATGAAGAAAAAAGTGAATATGAHB3var_1.226_5_ 2068 ATAATATCATGAAAGCTACAAGAGATAATAATTCAATAACCAAGTTGCTAGAGTACGAAGAAAAGGAAGCHB3var_1.226_5_ 3574 AATATAAAGGGGAACATGGTAAATTAACAAAAGATAAATGTGGTGGGGGTGATAATAATTGTTGTGAACAHB3var_1.226_5_ 5955 GAACCTAAATATTGTGTAGACAAAACTGCATATGATATAAGAAAAGAGAACGGGAAAAAGTCGGATAATAHB3var_1.226_5_ 7648 TTTTTGAACATAAAATTAACAAACGAACTCATTCATCATCATCGTCATCAGAACCAAATATCACACCTTCHB3var_1.243_5_ 433 CAGCGCAACATGAAGGAGATTCAATAATTGAAAACTATATTAAAAGGCATGAAAATAGAGAAGGTATTTGHB3var_1.243_5_ 3205 CGTGCAAAAAAGCATGTGATAACTATAAAAAAGTTGTCGATGAATGGGAAAAACAATGGAATGAAATATCHB3var_1.243_5_ 3699 GATATAGTGGAGGAAATATATAAACGCTCAAATGGTGGAAAAGATGCAATAAATAGCTGTTATCGAAAAAHB3var_1.243_5_ 5647 AAAAAGATAAGTTGGCACAACTTAAGAAAGATTGCCGTCTAGAAAATGATAGTAGACATTGTAATGGTGAHB3var_1.243_5_ 6786 ATAACATCTTGTAAAAACCAACATAACGAACAAACACAACCAAATACTTGTGTTGAAACTTTTCCCCAAAHB3var_1.243_6_ 271 TATATGAAGAATTGACTTACGGCGCACAAAATTACTACAAAGGTGATCGCGAGAAAAATTATTATCAGTTHB3var_1.243_6_ 2806 AAGCTAGTGGTGATACGAAAATGAAAGAAATATCGAGTAAAATAGAAGCAATCCTCAAACAAAGTGGTAAHB3var_1.243_6_ 3719 GGAATATAAGGTAAATGGACAAACATGGGAAAAGCTTTTAAATGGAGAAAAACAAGATGAAGAAACTACTHB3var_1.245_4_ 96 ACTGTACAGAAAAAAGTGCATGATGCTGCTAAAAATTGTATTGATGATTTGAAAGGAAGTTTGTCAAAAGHB3var_1.245_4_ 2339 ATTACTAAAACATGAAGGAGAAGAAGCCGGTGAATGCCTAAAAACACACAAAGAAAAATGCGAAAAAAAAHB3var_1.245_4_ 4713 ATTGAAAACCTTGAAAAAAAAATTCATAGATGTAAAACCCAACATGCCACTAAACCAGAAAAACCTTGTGHB3var_1.245_4_ 5470 ACAATATCATGGATCCTGAGGAAAAATCAAAGTATAAAGATCGTGTTAACTATTATGAACTACGTTCTGAHB3var_1.253_6 948 TGTCGAATAAGAAATGATAAGTTGAAAAAGGTTAAGAAAGAGTGTCGTGGAGAAAATATAGGTGACAAATHB3var_1.253_6 3178 AATGTACTCTTGGTACTGATGGTAAAATATGTGAGAAAAATAGTGAAGGATGCACAAAATGTAGAAATGAHB3var_1.253_6 3411 ACTAATGGCGATTGTGAGTATAACTGTATGAAAAACATTTCTACCAAAGAACAACCAACAGAAAACAAATHB3var_1.253_6 5650 CTGCTAAAGGAAATACTTGCACAACAGGAAAGATTACGGCAGAAAATTTTAAGGATAAGATAGATTGTAAHB3var_1.253_6 8239 TAAAAGACAACCTGAAAGGTGAAGACAAAAAGAAATACCAAGATGATACAAAGCATCATAAATTAAGAGCHB3var_1.253_6 8757 GCATTTTTAGATAAACTAAGAGTAAAACACAATAGAAGAAGCTGCATGGCAAATAATTTGGGAACATATCHB3var_1.265_2 87 AAAGATATAAAAGGGAAAGCGTCAATTGATGCGGAAAAACATGCATATTCGTTAAAAGGAAATTTGAAAGHB3var_1.265_2 2214 GACAAAGTTATAAGTGTGAAACAAATAGCACAATATTATAAACGAATAGCGCACAAACAATTGAATGAGCHB3var_1.265_2 5081 AATAAAAGAAGAAGCAGAACTAGTATATAAAACAACAGGCCCAAATGAACACGATCAAAAATTAGAAAGCHB3var_1.265_2 5387 AACAAAAGAGTTAAAAAATGGAGTTCGCACACAAGTTAACGCCGAGAAGAACAACTACAAAAACATTAAAHB3var_1.265_2 7896 CCATGGAGAGAACAATGGGCAAAAATAAAAACAAAATACGAACAATTATACAAAAAAGCACAAAATAGTGHB3var_1.368_1_ 406 TATGTGATCAACATTTATCACATATGAAAGCTGATCAAATTGATAATACGCATAAGTTGTTGGTAGAGGTHB3var_1.368_1_ 4833 AACAATTAAGAGAAGATGCAGAAGGGAAGGTGAGTACTATGGATAAAAATTTGATAGGAGATGGAACAAAHB3var_1.463_6_ 647 TAAAAGTGATACCGACTGTGCAAAGGAAATAGAAAAGACAATCACTAAAGAAAATACTACCATTATACCAHB3var_1.463_6_ 2558 ATGGGGTCAACATTTTTGTAAGACACGGAAGAGGATGTTAAAAGACATAATATATGAATGTCGTAATAGAHB3var_1.508_3_ 895 AAATTTATAGAGAGTGTAAGGTAGGTGAAAATGATCGTGGTGGTAAAAAAAACCCAAAATGTAGTTGTTA

HB3var_1.508_3_ 2041 TTGAAAAGCTTAGTAAAGAAACAGAAAAGTGTCAAGAACACCAAAATATTGTCGAAAACCAAACAACTTGHB3var_1.528_5_ 281 ATTACTAAAACATGAAGGAGAAGAAGCCGGTGAATGCCTAAAAACACACAAAGAAAAATGCGAAAAAAAAHB3var_1.528_5_ 1640 TAAAGAGAGAACCAAGCGGTTGGAAGACATTAAAGACAACTGTGTTGATGCAGATGGTAATAAACAATATHB3var_1.529_4_ 869 CGAAAAGAAAAGTAATGGAGAATTTCAAGAGAAACCTAAAAAGAAAAGTGGTAAATGCGATGGTAAAAAAHB3var_1.529_4_ 1048 ATAGTGATAGTAGTGAACTAACTGAAAAGTGGAAATGTTATTATGGAGATCAACAATATGAAGCATGTACHB3var_1.105_Ex 1076 TTTGGATAATAAGTGTACTGACTGTTTGACTAAATGCAATGTTTTTGAAGTTTGGTTAGGGAATCAACAAHB3var_1.105_Ex 3766 TACTTAAAGAAAACGATGGACAGAAACAAGTAGAAGATTGTCATCCAAAAAAGAATAGTAATGGATATCCHB3var_1.105_Ex 7034 GAAGTGGAAAACTGAATATGAAAGACAAAGAGAAAAGTTCAAAAAGGATAAAGATGGCAAAAAGTATAAGHB3var_1.105_Ex 9066 AAAAAAATATTTGAAACATCAAATGAAGCAACCGAAGATCGTAAAACATGGTGGGAAAATAATAGACGTCHB3_var2CSA_1_ 1630 AATGCGACAAATGTAAATCTGGAACATCAAGAAGTAAAAAAAAATGGATATGGAGAAAATCCTCTGGTAAHB3_var2CSA_1_ 3168 AAAATATCGTGCAATAACGAGAAAAACGTATTGAGTAGGGTGTCAGAAGAAAGTCAAAACCAAAATGGTAHB3_var2CSA_1_ 3987 ATGAAAGAAGGAGGAGAAGACGGAAAAGGAAAACAAAAAGAAGGTGGAGAAGAAGCAAATAATAATTCTAHB3_var2CSA_1_ 7431 ATAGAGCAAATATTTAAAGGTACGGAATATAGTGGAATTGATAGTGAAACTTGGTGGGACATGAATAAATHB3_var2CSA_2_ 1642 AATGCGACAAATGTAAATCTGGAACATCAAGAAGTAAAAAAAAATGGATATGGAGAAAATCCTCTGGTAAHB3_var2CSA_2_ 7485 ATAGAGCAAATATTTAAAGGTACGGAATATAGTGGAATTGATAGTGAAACTTGGTGGGACATGAATAAATHB3Rif_1.47_2 486 TAAGGCAGTACTTGATATGTTGACATACCTTCCTGGTATAAGTAAATTTTCTACTGTTGATTTCACCAAAHB3Rif_1.54_2a 4 AATCAAAAAAATCCATACTTCACGCCACATAATCCTAACCCCAAATCTGTAAAAACATGTAGATCATTATHB3Rif_1.54_2b 5 TCCATAAGCATCATTACAACACTACTCATCATACAACAAACAATAAACCAACAAAATCACATAGAGTATTHB3Rif_1.54_3 8 CATAAAAATCATTACAACACTACGCTTCATACATCAAACACCCCCAAAATACCAACCACTAGGTTATTATHB3Rif_1.88_1 650 AAAAAAGGTTCAGGCTTGTCAGGTGGCGACCGAAAATATTCTTGAAACTATGTGCAAACAATATGATATTHB3Rif_1.88_4a 720 GAAACAACTTGTATCAAATGCGGTAACCAATGTTGTTAAAAAAGCTACATTATCTGCTAACGACCAAGCTHB3Rif_1.88_4b 411 TGTTAAAGAAACCATTAAAGGATTAGGACAAATATATGGATTAAGTACTCTACCTGGAGTTGATATCCCAHB3Rif_1.88_6_0 463 AGCTATAACTGAGGGTACTCCTAATATTTTGGCTGCAGGTGTTGAAGCAGGTGAGATTGCAGGTAAGGAAHB3Rif_1.88_6_1 525 GTAAGGAAGCAGTTATTGAAGGATTAAAACGAATGGGTATATCAACTCTAGATAATAAGTTATTGGAATCHB3Rif_1.96_1 629 AAGAATTGCTAAGGCTATTGTTACGAAAAAAAATGAGATCTGTGGGATAAATCAAAGTACTGCTAATGATHB3Rif_1.96_2 634 AATAAGCTTTGTACTCCTCAACTTGAAGACACTAATTTTTTTTGTTCCATACATTCAAATTATGGAGGACHB3Rif_1.96_5a 713 AGTATACTCTAAGAAGGGTGAATATTACCTTGGGGATATTGCAAAAGTTGGTGCTAACACATATGAGAAAHB3Rif_1.96_5b 476 TAACGCAGAAAATTATAGTAATAAAATGTCTCTTATTGGTATAATGACCTCTCTAAATAATGGGTGCGAGHB3Rif_1.96_5c 470 GATTAACGCAGGAAATTATAATCAGAAAATGCTTCTTTCTGAAATAGTGAATGTTCTAAATAATGGGTGCHB3Rif_1.100_1 3 AATCAAAAAAATCCATACTTCACGCCACATAATCCTAACCCCAAATCTGTAAAAACATGTAGATCATTATHB3Rif_1.105_5 590 TATTTAATTCCTTTGTTAGTACAAACCGTTATGCTGAAGTCGCAAATATTTCTGGTGCTATTATTACAAAHB3Rif_1.105_6a 528 AGACTTGAAATTGAAGGATTGAGTAAAATTTTTAAACCAAGGGAAGGATTTGTTGATTTGAGACCAATTGHB3Rif_1.105_6b 682 GAATTAAAAAAGCAACTTCTTTTCAGAATTCGGCATTATACTACCCAGGTGAATATAACATAGAGGGTTTHB3Rif_1.105_6c 617 TTCTAAGAAGTCTATTTGCACTTTTATGACGGAAAATTCTTTCATTGAAGATTTTGTTTCACCGGAAACTHB3Rif_1.114_1a 610 GTAATATAACTCATTATGCTGATGTCAAAAATTTTGTTGGTGATATTGTTAAAGAACATGCTCTGAACTGHB3Rif_1.114_2a 681 TGAGTTGTTCTCCATTGTTAATCCTCCTATCTGTGATTTTCGTGTGAAATTAGGTCTTGTTGCAAATTATHB3Rif_1.115_4 325 GGTAAAAATGAAAAAAAGGTAGCAACTAAAGGGAAAAAAGGTCGTAAAAAAACTAAGAAAACATTAGGTCHB3Rif_1.118_2_ 507 AGGTGCTACTAAGATTTTGGCTGCCAGTAAAATTGCTGGTGATGCTGCAGGTATGAAAGTAGTTAGTTTTHB3Rif_1.118_3a 632 AGTGCTAAGAATCTAGCTAGTAAATCTTGTATAGTTAATGGACACGAGATGGATAAGTCTTTTTGTAATTHB3Rif_1.118_3b 673 ATTTTGTCTTTTCGCAGATACAGAGAAGACTTTTAATGCTGCTATAAAAGGACATATACCTATTGTAGTTHB3Rif_1.118_4a 120 TGTGAAAAAAAATTTCGATCGACAAACCTCACAAAGATTACGAGAATATGACGAAAGGTTGCAAGATAAAHB3Rif_1.118_4b 517 GCTGTCAAACTTAAAATTAAAGAATTACTTGACATGTTTACTGGTAAACCAGGATATGTTGATTTGCTACHB3Rif_1.118_4c 494 TTCAAGTATTAAAAAAATTGGGTGCAGAGAAAGTAACTGCTGTAATATTCGAAGAAATTTCTCATACAGGHB3Rif_1.130_2 419 TGGGTTTGATTAAAGTCACGGAAATTGTAAATGAAGCAATAGACAGTGTAAATACGATACCTATAATTGAHB3Rif_1.130_3 425 CAAGCAGTAATTGCAGAAATAAAAAAAACTAACGCTTTTAGAGATATATGGCATGTAGAATGGAAAAACAHB3Rif_1.130_4 616 TAATTAAACCAACATGTGTAGTTAAATCTGGTGGTATCAATAGTACGTTATGCTCTACTTTAGAACATACHB3Rif_1.130_5 640 TAATACCTTGAATAGTGCTATGCCCGACAATTTTAATTCTGGAACGTATTCTAAATTTTCTATGTTCGTAHB3Rif_1.138_2 568 GGTTTATCAACACAAGCTGTTCAGAAAATAGGGTTAGTTATTAATGCACAAAATTATAAAGATGCTGGATHB3Rif_1.142_1 619 TTACTCAGAAAATAAAAATCTCCATGTGCGTTGGAACAAAAAATACTAAAAGTCTATTTTGTAGTGCTGCHB3Rif_1.144_1a 660 AATTACTGTAATTTTGGCGGAAAACTAAGAAGTGGTAATTTTTGTATTACAATAGACTACGGTAGGGAAAHB3Rif_1.144_1b 539 AGTATATAATAAGTGTAGTGAACTTGAGAATGCTTCTGATTTTTTATTTTGTAGTGGCACAGAAGCTATGHB3Rif_1.153_1 724 AAATAAGTCTAATTCAAGGGAATATTCAATCACAAGATTCATCGTATGCTGCTATAGTAAGAGAGGTAAAHB3Rif_1.168_2a 548 TAGAAGAATTTGGTGTAGATAAATTAGTTCCTGATATATGCAAAAAGGTTTCTAGTACAGGCGATTATAC

HB3Rif_1.168_2b 656 AACGTAATGTGATGTGTAGCGTGTCGAAAAAGCTTGGTAGTACTACATGTGAACAAATTGGTATTAGTATHB3Rif_1.168_3 634 TAAATTTTTACCTGGAGTGGAAGTTAAAGGGAAATTTGTTTCAGATATGTATGCTATAGAAGCAACTGTAHB3Rif_1.168_4 717 AGACAAGTACGCTAACATTATAAAAGTAACTACACAACTTCTCGTTGGAAAAGCTAACAAAACTGTTGAAHB3Rif_1.170_5 639 TAGCTGGATTAGGAGGTAAAGGGGGATTTGTTAAAGAAACAAAGATTATAGAAACAACTGTAAAAACTATHB3Rif_1.177_4a 756 TCCACCGAATTATACTATAAGAATACTGTTAGAACAAGTTGCTTATAAAGCTGATCAAACTGCTAAAGAAHB3Rif_1.177_4b 584 TATTTTGCAAGGCCACAAAAGCTATGGGTGAGGAACCTAATGTGAATCCTGTTAAAGTAATTTCTCAAGAHB3Rif_1.177_5a 474 TTTCGTGTATCAACTCTAGGTGTTCAGGGATTACAATCCTTATTTACTGCACAAAATTATAATAATGTCAHB3Rif_1.177_5b 482 AACTCTAGGTCATAAGGAATTGGGATCCTATATTACTTCAGAAAATTATATTGATGTCTCAGTCATTTTTHB3Rif_1.177_5c 615 TTTGTTGAAAAAGTTAATACTACAAAGTGTGTTGGTAATGTTGCTAAAACTGAACCATTTTGCCATTTCGHB3Rif_1.177_5d 436 AAACGATATTCGATTTAGAGACCATATCTGGAGTTCCATTAAACACAGTTCTTAATGCTAACAACTTTAAHB3Rif_1.177_6a 509 AAAGTAACTGAATTAGCAACAAAACTATTAGGTGGTGCAGATAAAATACCTAGATTTAATGTGGGAGAATHB3Rif_1.189_2 625 TATAATGAGACCTCAAAGATTATTAAGGTTATTCTTGAGCAACATGGTATGAAGTGTGGGTTAAAAGAAAHB3Rif_1.193_4a 586 TATTTAATTCCTTTGTTAGTACAAACCGTTATGCTGAAGTCGCAAATATTTCTGGTGCTATTATTACAAAHB3Rif_1.193_5 543 AAGTATTAATCAGTACATGGGGTGAAAGGGCTTTTGTTTTGAGAAAAGTTGCTACTTCATCAAATTATAAHB3Rif_1.195_4 395 TATTGATGTAGGTATTAAAGCAGCCATTGATGGATTAGGAAATATAGCAGGGCTTAGTGATTTTAGTTTAHB3Rif_1.195_5 633 ATATTGCTACTGTTATTGATACGGAATTGAATAACTACTGTTCGTTATCGTCCACTGGTACTTATACTATHB3Rif_1.195_6a 769 ATAGATGCTATAAGAAAAGTGTTGAACCAATCTCTTGAAAAAGCTACACAAAGTGCTGAAGAACTTTCTAHB3Rif_1.203_1 584 TTTAACTGGAGATATTGGGCGTCTTTACAATGGTTTATCTCAAAATGAAGCATGGTTTAGTTCATTTGTAHB3Rif_1.203_3 621 CAAAGTGTGTTGATAAAGCTGTTAAAGAGAACGCATTTTGCAATTACTTATTTATTTCGAATGAAAATGCHB3Rif_1.203_4 760 AACAGCATCAACAGCATTTTTGTCTAATCCTATAATTTTATCCGCTATTGTAATAGCTTGTATAGTTGCTHB3Rif_1.205_1 656 AAAATATTCGAATACCTGTATGACGTTGTCAAATGATACTCCTCCTATATGCACAACAATTGGTAATAATHB3Rif_1.205_3a 655 AAGTGCTAAGAATGTAATAGGTAATGCCTGCAATGTTCCAGGAACAAATAGAACGACTATTTTTTGTAATHB3Rif_1.205_3b 497 AATTTTTTCAAACGAAATAGCCTGGTTACTATTGTAAACGAAGTAAATCTTATGTGTGATGACATTGAGGHB3Rif_1.205_4 568 TACCTACAATGGATTGGGAAAAACTTATTATTTTTGGTAACTTTTCTGATGGAGTAACACTTCATGCTATHB3Rif_1.218_1 717 AATCCTATTAAATTCTTTATTAAAAACTATCCAACACATTCAGAAGCAGTTACAAACGCTGTTACTGGTGHB3Rif_1.218_2a 682 ACGTCTCTGTTAAATGATTTTGAAACTCCAGCTAAATGCAAAGATATTATGACTAATCTTCGTATGATTAHB3Rif_1.218_2b 646 ATTAAACGAATAACTGAGTACAATGCACTTAAAGTATTTGATAGAATGACTCCTTTTCAGAATACGGCAAHB3Rif_1.218_3 509 ATTGAAGGATTAAAAAAGGTGTATGGTCTTGTTGATTTACTCGGGAATGATATTTCAAAAATCGTTACAGHB3Rif_1.218_4a 681 AGAAGGACTGGTTTTTATAATACGGTAATACAGTTTGACAGTGACTATAACATTAAGAATTTCGCAAAAGHB3Rif_1.218_4b 514 ATAATACTGTCAATGGTCTTTTTAATGCTATTATGGATGCTATGGCTTCAATTGGAAAATCGTGTAAATCHB3Rif_1.218_6 694 AATACATCTATAAAAACACATATACCAACTACAGTTAAGCAGGTCATTGAGGAAGTTGCAAGTGTTAAAAHB3Rif_1.223_2 608 ATAATAATACCGAATATATTTTTAAAGCTATTTATAATAAATTTCGAGTGTCGTGTCTAGGTGGTGCCCCHB3Rif_1.245_1a 508 GTAAGAATGCAGTTATTGGAGGATTACAAAAACATTTCTTTATAAAGGAATTAGGTATTGGACAGTTGGAHB3Rif_1.265_3 562 ATCATTAAAATCATTGGGAGTACATAATTTTTGGACTGAAATGTCGAACGACATTCTTAAAATGAGTCATHB3Rif_1.265_6 609 GATATAATAATATAGTATGTGGTGAAGAATCTATTGGTGATAGTGGTGTTCTTTGCTTTTACAAAACAACHB3Rif_1.270_1a 509 GGCAGGTAAGGAGGCAATTATTGGAGCATTACAGAAATATTTCAAAATATATAATTTAAATGGAACATCAHB3Rif_1.270_1b 512 TAAGGGATTAGGAAGTATATTTGACCTAGATAAGTTAACAAGTATTGATTGGACGAAGATGATTACTGTAHB3Rif_1.270_4 564 TACAATTAAGGTGGCTGATTTGATGGCTGTAGGAAAGTTTACTAAGGATGTAACATTTTCTGATATATTTHB3Rif_1.274_4a 327 AAAAGTCAATAGCAGATAAAATGGAAAAAGTTTGTTTCAGATGTGGAGGTGTGTTCGGTGGTGGTGTGATHB3Rif_1.274_4a 633 TTAGTAAAGTCACAACTTTTGTTGATTTTATTTATTCGCAATATGATCGGAACTGTAACTGGATCGTATCHB3Rif_1.274_4b 632 TATTTTGATATCAAAGAGCTTGCTACTGTTATTTTAAGTCGACGTGATGCGGTGTGTAATTTGGGGAACTHB3Rif_1.274_5a 637 GTGTTGGAAAAATCTGAAGCTGTATTGGGAAGTAAAACGAGATATGTTTCACATATGGATGTAATAAAAAHB3Rif_1.274_5b 443 AAAATATAAAAACGATTTCTATTATTCGTGACTTTTTGTTTGTAGAATGGGCAGAATTCATTAATGGATCHB3Rif_1.285_5 529 GCCATACAAGGAGTAAAGTCAGTATTTAACCTAAATTTTCTAGGTGGTGTTGCATTAGATAAAATTTTCAHB3Rif_1.285_6a 500 TAAAATTGCGGGGGAAGCCAAAGGTATGGAAATAGTTATACATGGATTAAAATATTTTGGTGTAGATAATHB3Rif_1.285_6b 578 ATCTCCTTCTGAAACTCTCAATCGATCGTGCAGTGGAATATTAACTAATAAAACATACTGGTTAGGTCGAHB3Rif_1.308_5a 627 CAAATATTGCTAATGCTATTATTACAAAAAAAACTCAGATGTGTGGGCTGAATCCAAGTTCTGCTAATGTHB3Rif_1.316_3 628 AATCATTCGTGGATTTATTAAAAGTGAATATTCGAGATTGGTATGTGGAGATATTATCTCTCCATCTGTTHB3Rif_1.338_1 761 AACAGCATCAACAGCATTTTTGTCTAATCCTATAATTTTATCCGCTATTGTAATAGCTTGTATAGTTGCTHB3Rif_1.353_2a 560 TATGGCATATAAAATTGTCAAATTTTATTAAAGGACCAAATTATCATACTTTCGATGGTCTTGCTGAGGCHB3Rif_1.353_2b 654 TGGTGAACAAACAACCTCTGATCAAGCTGCTATTTTGGCACAAAAATCTCTTACATTAACTAATAGTATAHB3Rif_1.366_1 710 AAGGGAAGGAACCGAAGCTTATATTAAAACGTTTTCTGATTCTACAACAATAACAACATTCTTAACTCATHB3Rif_1.382_1_ 506 AGCAGGTATTAAAGCGGGTGAGGCTGCGGGTGCGACTAGACTTATTGAATTAATACAATCAACATTTAAG

HB3Rif_1.382_1_ 601 TGGGATCTTTTATTAATCCAGAAAATTATACTAGTGTCTCAATCATTACTGAAGCCCTTTCTAACGATTAHB3Rif_1.11_46_ 15 GCATAATAAAAAAAAAAGCATACTTCACTACACAGCATACATCAAATACAAAATCAATAAAACCGCACAGHB3Rif_1.11_1_E 539 TCTTACAACAAAACCTGGAATTATATCTCCTTTGTGCAGTGCTATAAAAACTACTGGTAAAAATACGTTTHB3Rif_1.105_13 654 AAATATAATGCCTGTAAGAATACCACTGAAGCTGTTATGGTTAAATGCGATGCATTTGATATTAACTTTGHB3Rif_1.125_1c_ 508 AGGCATTGGGATTGGTTTTTGACGTAACAAATTATACTGATGTCTCAAAGATTATTGAAGCTGTTTATATHB3Rif_1.125_64 620 TACAACACCTTATACGAATGTCTTAAAGATTACTAATCTTATTGATATGAAATATGGGGAGATCTGTTCGHB3Rif_1.125_1b 543 CTTTGCTTTTTAAAAGAGTTTTTAAATGATGAACTTAAGCTTACTAGATCTATTGCAGCAAGCGCACAAAHB3Rif_1.138_4_ 429 CGTAGTAATTGAAAGAATAAAAGACCTTCCTTTTATTAGTAATTATTTGAACGTTCAATGGACAAAGTTCHB3Rif_1.153_3_ 792 AAGATGCTGCCTCTGCTACGTCAACAATTGTTTCTAACTTTTTTACTAATCCTATAGGAATTTCCATTATHB3Rif_1.177_4c 510 TAATAATTTTGATCTAATTCCCAAATCTGGTGGATCAATCGTTAATCCGATAGATTCTATACAAGGAAAGHB3Rif_1.223_32 544 GCACTTCAGTGGGTAAATATTACAATGTGCTATAACGAATCTAATGAAAATGTGCTTTTTTGTAATGCTAHB3Rif_1.245_1b 505 TGGCTAAAGTTCAAGCTATGGGTTTTGCTAATTTTTTTGAAGGAATGAAATCAGGGTTTTGTATAAAAGAHB3Rif_1.249_1_ 512 AAAAGAAATAACTGTTCTCGATACGTTATTTGAGGATAAGCTTGGATCTTTAGTTACAGTAGAAACGTATHB3Rif_1.295_2_ 565 TATAATGAGACCTCAAAGATTATTAAGGTTATTCTTGAGCAACATGGTATGAAGTGTGGGTTAAAAGAAAHB3Rif_1.308_45 645 AACTATTTGGTAAAGCCTACTCGAATGGAAAAGGAGGAACGACTTCTTTTTGTAATTCGTATATATACTAHB3Rif_1.409_4_ 304 CCCTTGGTATTAATATAGTTATTGGAGGAATAAAAAAAGTATTCTCTATAGAGGAATTAGGTGGAACATCHB3Rif_1.512_4_ 607 ATAATAATACCGAATATATTTTTAAAGCTATTTATAATAAATTTCGAGTGTCGTGTCTAGGTGGTGCCCCHB3Rif_1.200_23 334 TTAAAGTGGGAAAAATTATTACTGCTGGAAGGTTTACTGATGACGTAACATTTTCTGGTGTATTAAAATCHB3Rif_1.333_46 1 AATTCCCCAAAAAATCCTTAGAACACACCACTTGATGCAACATACACAAAAACAAAAAAATCACATATATHB3Rif_1.1006_4 559 ATTGTCAAAATAGTCATTATAATAGAAGCCTCATACCAAATAACACGCAAAGAACAACGATAAAATCAAGHB3Rif_1.1006_4 1160 TATACTTAATATGTTTGAAGGTGCATCTATGATTTCATCTATTAAAGCAGCTGGTGTCACCTTGGTAACTHB3Ste_1.96_4 522 GCAAAAGCTACAGTTGGAGCTTTATTTATGAAACATATTCCAGATTGTGCGTCTTATATTACCATATTTAHB3Ste_1.130_3 523 AAGCTGCTGTCATTGGTTCATTTGCAGATACGGCTAAGAATTGCATAAACACTATTTCTATATTTCACATHB3Ste_1.130_5 608 ACTTAATATGATTGATGGTGTATCTATGTCTTCAGCTATTACAGGAACTAGTGCATGTGCTTCTCTTAAAHB3Ste_1.138_4 515 TAAAGCTACTGTCCTTAAATATATTGCTACCTTTCCATCACCTTATAATACATGCCCTATCACTATATATHB3Ste_1.168_6 10 TAACTAACCATTGTAATATAAGGCTTACACAAAGAAACACACAAATAGCAACGACAAAATCAAGACTCTTHB3Ste_1.177_5 553 CCATTCGAAATTGTGTGTCTTCTGTTGCAATATTTAATTTATTTGATAATTCAGCTATGCTTTCAGCTCTHB3Ste_1.195_6 608 TAGTGTTTCATTAACTGCAGCTATGGAGACAGGTAGTAAATGTGCTTCTATTACCTCCGGTATTACTGATHB3Ste_1.203_2_ 556 TCACTTCTAGCTTTAACGAAGCATCTAAGATTTGCGCATCCTCTATTTCTGTATTACATATGTTTACTCAHB3Ste_1.205_2 542 ATTCGCTAAATATGGAACAACTTATAGTGCGTGCACATCCTCTATAAACATATTGAATATGTTTAGTAGTHB3Ste_1.218_5 599 TCATGAATCTATGTATTCAGCTATACAATCAGTTAGTACAGCAGGTAGTGTAACCTGTTCTTCTGATTTAHB3Ste_1.223_3 540 AAAATTTTTCCTTCTGCTAAAACTTGTGTATCCTCCGTTTCGATATTTAGTCTATTTGACAAGTCATTGAHB3Ste_1.245_2 468 TGTACTCGTAGTATATGTTTTTGTTCAGTAAGTACGGTTTTTTTAACATTGATAGCTTTGGCATTTGCAAHB3Ste_1.270_5 305 GTTTGGTGGAAAGAATCATATAATGTTAAAATCAGGTAGATACTCAAATGATGATGATAAATTAGTTGGGHB3Ste_1.316_1 522 AAAACTGCTATCATTACTTCATGGGGAGAAACTTTTAAGAATTGCATCACCTCTATTTCTATATTGCATAHB3Ste_1.195_1 610 ATATATAATATGTTTAATCCTGTTACTCTAAGTTTATCTGTTGAAGCTGGTAGTTCAGCTTCTGTTGTTGHB3Ste_1.285_6 374 CATCACATGTGAATGTGACTGATAATAATAATACCGAAACCTAGCCAAAACCAAAAGAAGGATAAATATTHB3Ste_1.518_5_ 205 AGAGCTGAAAGCATAGCTGAATTATCAAATAAATTAAATATTGCAACAGAAGACACACAATTTCGAATGGDd2var1CSA__1. 81 TTTGGAACGTTATGCCAAAAATATAAGACATCCATCAAAATATGCAAAAGAACATGTGGATTCGTTGAAADd2var1CSA__1. 3408 GTTAGTAATAGTGGTATTGAAGCTTCCAGTACTGCCAAAAATAATATAGACAGGAATGTTATTGAATTTTDd2var1CSA__1. 4622 AAAAAAAGAAGAGTGGATTCCACAAGATAAATATTACAAGGATGAACGCGACAAAAAAAGATTCGATAGADd2var1CSA__1. 6885 TCTCAAAGGTGAAGATAAAAATAGGATCCCAGAAGACTCCAAATACCAATACAACAAACTAAAACCTGATDd2var1CSA__1. 9241 CATATAATGGTATAGAACATAAAGAAGCTCATGAATATTTAGTTGACGAATGTAAAGGAGAATGTGACTGDd2var1CSA__1. 10532 AAAAGCCGGAAAACGTTAGAGATAAGTGTATGTGTGTTCGATATAAATGTAGTGGATTAAGTGTATCTGADd2var2CSA_sg1 7 AATCAAGTATTGGTGACAAAATTGAAGCATATTTAGAGAAGAAATCCGATGAGTCTGATATAGAACAATCDd2var2CSA_sg1 3163 CAAAAATATCGTGTAATAACGAGATGAAAATACTGAGTAGTTCATCAGAAGAAAGTCAAAACCAAAATGGDd2var2CSA_sg1 6731 GATTCTGATCATATAATTGGTAAAAGTATAAAGGCTTCTGAAAAACTAGAATGTAAATTAGCCACTGGGADd2var2CSA_sg1 9322 TATTCTAAGGATTACACTAATAGCCATAAAGTAAAAGCCCCTATAAATTTACATTCTGGAAACAAATCCGDd2var_sg1.2_3_ 296 AAATCAAAAACGTTTTGATGAAGGTCAAGTATGTGAATGTGGTAGTGGTATAATCAAAGGTAATGGAAATDd2var_sg1.2_3_ 3302 TGAAACATGGCAACCTCAATGGAATAAAATGGAACAAAAATACGACGAATTGTATAAAAATGCAGAAAAADd2var_sg1.2_3_ 4488 AAAATAGATAATATTTTCCCAAAAAAACACCCACAAAATGAAACAAAACGCCAAGAATGGTGGAAAGAACDd2var_sg1.2_3_ 5347 AACAAAGAGATGATAAAACAAACCCATATCGTCAATGGCAATGCAACAAAAGTTCAAATTTAGTGAAAGADd2var_sg1.2_4_ 1858 TAAAAAACCAAAAAAAGAATAAAGAAGAAGGTGGAAATACGTCTGAAAAGGAGCCTGATGAAATCCAAAA

Dd2var_sg1.2_4_ 3183 AAAAACATTAAAGAAAAACATGATGGAATCAAAGACAACCCTAAATATACCGGTGATGAAAGCAAAAAGCDd2var_sg1.2_4_ 4559 AACAAAATACGTCACAGATACCGATAACAAAAGAAAAATCAAAAACGACTACTCATACGATAAAGTCAACDd2var_sg1.2_4_ 7096 AAAATTGTGTAGAAAAATGGGTAGATCAGAAAAGAAAAGAATGGAAGGAAATTACTGAACGTTTCAAAGADd2var_sg1.2_5a 1450 GTACAGAAGATAAGAAAAATGACAAATGCAGGAGCAAAATAATCAAAAAAATTCTACAAAGTGAGGAACCDd2var_sg1.2_5a 3333 AAAAAAAAAACTGCTAGTGATGCTAAAGACCAACAGGTTGTACATTTCTTGGCAGAATTAATACGAAAAADd2var_sg1.2_5a 3923 TTTTGCTTGGGATAGATATAAAGAGGATAATGGAGAAGCAGAAGCTGAATTAAAAAATGGAAATATTCCTDd2var_sg1.2_5a 6878 CACTCTGGAAAAAACCAATAATGAAGAAAGAGTCAGTGCGAAAGAAAATGATGGTAAAAACCAAATTATADd2var_sg1.2_5b 454 CAGCAAAATATGAAGGACAAATGATAGCAAAAAAGCTTCAAGAATATGATCCAACTAATTATAAATCACGDd2var_sg1.2_5b 2085 GATATGGGCAAAAATAAATTATTTGGCAACTTTGGTCACGATTTTGTTCTCCAAAATATTTTGGAACAAGDd2var_sg1.2_5b 4124 TAATGGAGTTTGTAATGGTGATGGTAAAAAAGTGAACTGCAATGGAGGAAAGATTAATGCAAAAGATATTDd2var_sg1.2_5c 899 TAGAAAAAGAAAAGTAAAATTGGAAGATGCCATAAAAAATTGTCGTGGGGAAAAGGAGGGTGAAAAATATDd2var_sg1.2_5c 1843 AATGGAAAGAAGTGAAGAACCAATTCTATAGACAAGGAGATATTAAGAAGGGAGTTCATTATATGATTCTDd2var_sg1.2_5c 4797 AATAGAAATGGTTTATGTACAGCGATAAGTAAGATTAATCAAAATAAAACAGAAGGAACGCCGAGTGATADd2var_sg1.2_5c 5165 TGAAGGATGTAGAAAAAATTGTGAATGCGTGAATAATTGGCTAAAAATAAAGAGAAGAGAATGGGAAAGTDd2var_sg1.2_5c 7509 AAACAAAATAACCATGCAGAAAGTTCACAAAATACAAGTACAGAAACAGAACAAACGAAAAAATGTGGTCDd2var_sg1.2_6_ 1599 CACAAAGAGATAATAGAAAAAATAGAGCAGTTTTGTGCTGAATCAAATAGTGATAGTAGTAAACTAACTGDd2var_sg1.2_6_ 2200 AAATTCAAGAAGAATGCCAACCAAAAAAACCAACAAAAGTCAGAAATCCATGTTATGGCAACAATACATADd2var_sg1.2_6_ 3311 AAAATCTACTACTACCAAAGATGATAAAGACAAGAATGTGATTGACTTTTTACAAAAATTGCACGAGGCADd2var_sg1.2_6_ 6132 AATAAACTTGAAACAAAAATTCATGAATGCAAAACCCAACACGAAAATAGTGTCGAAAATAGTGACCAACDd2var_sg1.5_3_ 271 AAGAAGGAGCACAATGTGCTAATAATAGAATAGAAGGTAATAATAAAGCTAGTAATGGTAAGGATTTTGGDd2var_sg1.5_3_ 2918 GAAAAAAGAAGCAGAATTCATAAAAAAGAAGTATCAAGAAAATAAGGACAACAGTGGCCAAAATGGCAAADd2var_sg1.5_3_ 4976 TATGGATAAAGAATCGGAAAGCACATCAAAAGAACATAATAAAGAAGCTAGTAGAAAATCTGAATCTGACDd2var_sg1.5_3_ 7204 TTGAGAAAGCGGCACAAAAAGTAAGAATAGAAGCAGAAGAGAATGCTAAAAAGAATGATAAGAATTTGAADd2var_sg1.5_3_ 7696 TAATTAGAGGAAGAGATCTATTAAGCAATGATAAGGATCAACTAAGAATACAAAGACGATTAATAAACGCDd2var_sg1.6_2_ 1728 TTAACGGAAACTATAACGTGGAAAGATAAGCTTAAAACGTGTATGAATAATACTAAAACCGCGGATTGTADd2var_sg1.6_2_ 3131 ATGTGAGAACGTAGAAAAATGTAAAGGATGCAGAGAGAAATGCCAAGATTATGAAAAAAAAATAGAACCADd2var_sg1.6_2_ 5402 GGAAGAGAATGTGCAAAAAAATCTTATCGAAAACCTCAACAAGAAAAACAACTACAAGTATGAAAATGTCDd2var_sg1.6_2_ 7578 CAGAAACGAGGGGAATTGGAGAAAAATGTGAAACAAAGTTGTAAGGATGTTAATACTGGATATAAAAAAADd2var_sg1.6_2_ 7959 AAAGGAAAAATGAGTTGTGTAGAACAAATAGCAAAAGAGTTACGTGAAAAGGCAGAGAAAAATGTAGAAADd2var_sg1.9_1_ 1478 TGGAACACACGAAGAAGAATGTAGAATACAAAAAACACGCACCAAAAATGAGTCAAAAAATACAGATATTDd2var_sg1.9_1_ 2047 TTAAGAAATTAAAAAAAGATCATGCTTCTAAACGAGATGAAGATGTAGCGACGGCAAAATATGCAATAGADd2var_sg1.9_1_ 4388 AGATTTTTGTTATCACCAAGCGGAGGAAATTAAAAAATTAGAGGAAGAATGTAACTTTAATACATGTGAADd2var_sg1.9_1_ 5522 TAAATATGAATGCGAAAAGGCTGCTGTGAATTATGTACAATGGGCTAGAAAAATAAATGAAAAATGGACTDd2var_sg1.10_1 676 ATAGTGGATTGTCGAAGAACGGCGCACAAACTTACTACAATGATGATAAAGACGGAAATTATTATAAATTDd2var_sg1.10_1 3429 ACGTGCACAAAAGCATGTGAAAAATATACAACCGAAATAAAAAAGTGGCAAAAGCAATGGACAAAAATAADd2var_sg1.10_1 4712 TTATAGTACAGATGACAAAAAAGAGATTCAAGGTGTGCGCGATAAACTTATAAAACCCGACAAGAAAAACDd2var_sg1.10_1 5698 CAAACAAAGGAGAAAATAAATGTGACTGTGTGCAAAAATGGATAAATAAAAAATCTGAAGAATGGGAAACDd2var_sg1.10_1 8611 AATCAAGCACTGATCCTGCTGAAATATTGACAAACATTATACAAAATTCATTTAAACCTCCGAAAATTCCDd2var_sg1.13_4 1456 AAATATATCCAAATTGTGAAAATAATGAAACCTATGACCCTCCTGATGGTGCAGAAACTACTGAAATTAADd2var_sg1.13_4 2339 TACAGGTTGCAATAAAAAAGGTAACTCGAAAAAATGGGAGTGTGAAAAAAATATTGATCCAAAACATGCTDd2var_sg1.13_4 3457 TGAAACCACCACAAAACAATGAATGCACAATAGTAGAAAACCTTTTTCACAATCAGAACCCAATAAATTTDd2var_sg1.13_4 6198 GCTGATATTATAAGAGGAACAGACATATGGAAAGGAAATAGAGAGCAACAAAAAATACAAGAAAGATTAGDd2var_sg1.13_4 6779 AAATAATACTAAAAGTTATGAAGAACTTTACAGAATTGGGAAGCCTTCACACAGAAACCACTATGAAGATDd2var_sg1.14_3 1492 AAAATGATGGTCAATGCAAAGGTGGAAACCTTTATACTATTTCAACTAGTGCCGAATCTACTGATATCAADd2var_sg1.14_3 3227 GAAAATTAAGAGTATTTTGAACAATGAAAATGACGCCAAAACAACAGCACAACAATGGTGGGATAAAAATDd2var_sg1.14_3 4972 CAAAAAAGGAACAGGTACCGGAACCTTCACCAAAAAAGAAAGATACAATTACATGTAAGACTAATAAATTDd2var_sg1.14_3 5965 TGAAAGTTGAATGTGATAAATGTACAAGTGGAAAATGTTCAAATGATACTGAGGGAAAATTTTGTATCCGDd2var_sg1.14_6 81 AATATTGGAAAATGGATAAAAGATAAGAGGCAAATTGAGAGTAAACATGAAAGGCAATTGAAAGGAACATDd2var_sg1.14_6 2788 AAAATGAAAAAATTACATATGGAACAGGACAAAAAACACCGGACGAAGAAGCTGAAATCCAATTAAAAAGDd2var_sg1.14_6 4850 TGGAGTTAATTGTAAAGAAAGTGATTGCAATGATGCCCCTGTAAAATCGTGCAATGGAAAAAATTTTATTDd2var_sg1.14_6 6664 GTAAGCATGATGATCAAAATTGTAAGAATTGCAGAAAGGCATGTGATGAATATTGGACAAAAATTCAAACDd2var_sg1.17_5 1186 ATGCTGAAGAAATAAAAAAAGCAGATGGAAGAAACGGAACATCAATAAGAATTGGAGATACAACTATTAADd2var_sg1.17_5 1694 TGACAGTGATAATTGCATACTAGGAGATTGGCAAAATGTTAAAGAGGAAGACAAAATTATGTCCTATAAT

Dd2var_sg1.17_5 4130 TGGTTATAATGTGTGTAAACCGAAAAAGGTTAATGGGAAAATAGTCAATGGAAAACCAAATGGTGAAAAADd2var_sg1.19_2 1459 ACTGTGGAGTGAAAAAGGTAAATAATGGTAACAAATGGGAAGAGAAACATGATAGTAAAGAATGCAATATDd2var_sg1.19_2 2854 AGATAATAAATCGCTATAAAAATCAGAATAACATACAAGACGTAACTGACCCAAATGATCAAGCTACTGTDd2var_sg1.19_2 3399 AGAAAATGGTCAGATCAATTGACAAAAATGGATATAAAATATCGAACGCTATACCTACAAGCACAAACTADd2var_sg1.19_2 5198 TAAGGAGACTAACAATGAATTGCAGGAAAAGTGTAAAGACTACGGACTATATAAAAATTTAAGGGAACAADd2var_sg1.21_3 1557 GATAAAGGACAGTTAGATATAGTCCGAAAATATAGTAAGTTTTGCAATAGTGTAAATGGTAAAAACGGTGDd2var_sg1.21_3 1912 TTGGGAGTTGTATAAATGATGCGAAATCAGGAAAATGTAGAAAAGGATGTAAAAATCCATGTGATTGTTTDd2var_sg1.21_3 4070 AGTACAAACACTATTTAATAGTGGCGAACCAAAAAACACTTTTAAAGAGGCGTGTGAACAAAAATATAGTDd2var_sg1.21_3 5642 TATATGTAATAAAGGTGATTGTAGTAACGCTATAGAAAAGGAGTGCAAAGAGTATGGAAGAACGGATATTDd2var_sg1.25_4 1475 TGGAGTAAATGGCCCCAAAGGAAAATGGAAAGATATAGATGATGGAGTATGTGCAAATTTAAATAAAAAADd2var_sg1.25_4 2036 AGATATGATAGATGCTAATGGAGATCCACAACAAATAGCGAAAATTAAAGAACTGAAGGAAAAGAAAAACDd2var_sg1.25_4 4454 AAATGAAAGAGAAGAACTATGGGGAAATACTGGACGTAATTATAATAATCGACAGCATACACAAACAAATDd2var_sg1.25_4 5640 AATAATGGTTCTTCATGTAAAGATGATACAACGGGAAAGAAGTGTGAAAATTGCAAAAAGCAATGTGAAADd2var_sg1.26_4 658 AAATTAAGGGAAATAATAATTCAACACTTAAGGATCTTCCACTAGATGAATTAAGAGAATACTGGTGGGADd2var_sg1.26_4 3001 AAAAAGCAGAACTAGTATATAAAACAACAGGCCCAAATGAATTCGACAAAAAATTAGAAAGCGGAGAAATDd2var_sg1.26_4 4030 ATGATGACAAAAAAGGAAACAGTCACATAGATTTTAAGAAAACAGAGGAATCATTTGGACATGCAGAAAADd2var_sg1.26_5 1433 ATGGGATCCTAAAAAAGATACCGATTGTGATCATATAGGAATTAAAACCTTTGATGAGAGTAATAGTACTDd2var_sg1.26_5 1945 TTAAGGAGAAAATTACACAAGCTTATGGAGAAAAAAAATCGAACGAATTGATGAACGCATTGAACAACATDd2var_sg1.26_5 3911 AATAAATTGTAAAAATGGTAAATGTACTGGTGGTACGCAAAATGAGTGCAATGGAAAAACGGATATTACTDd2var_sg1.26_6 1498 ATTGTGGAATGAAAAAGAAAAAGAATAGTAGTGGATGGGAAAAAAGAAGTGAAAATGATGAATGCAAGAGDd2var_sg1.26_6 2281 TAAAACACCTTCAGAAAATATTGAAAGACGAAGAAAATGAAGAACCAGCTGGTGCCAATGGAAAAAAAAADd2var_sg1.26_6 4773 CTTAAATGTAATTGCGGTAATAATTCACAAAATGGTAAGGAAGGTGAAGAGAACGATATTGTTCTATGTTDd2var_sg1.35_1 248 TAATGTACAGAGCGATAAGTCTGTAGATAGAAATCCTTGTCTTTTTAGTCCTGTAGAACGTTTTTCAAATDd2var_sg1.35_1 2376 ATAGATCCTTGCAAAAATCAACATAAAGCAACCAAAGGTAAAGAATGTTGTGGTAAATTACCTAAAACTCDd2var_sg1.35_1 4343 AGAAAAAATATCTGAGGCCAAAAAAGATGATAAACAGTGTCGTGAAGAATTTTGGGGAAAATATGGAAAADd2var_sg1.35_1 7738 ATGATGAAAACAAAGAAGAGGAAAAAGAAAATCAAGAAGAAACAGATAAAGGAGATGAGGAAGAAGAAGADd2var_sg1.35_4 605 AAAAACAATGTTTGATAACATTAAGGAAAAGAATCCAGCACTTATACCCCTTGAAAATGAAGAAGTTAGGDd2var_sg1.35_4 3156 AAGGAGAAAATGAAAGAAATACAAAAGAAAATAGATGAAATTCTCCCCAAAAATGACACATCTAGTGGTCDd2var_sg1.35_4 4662 ATTGATTTCGAGTCAAAACAATGTAATGAAGCTGCAAGTTCAGAAAATGGTCAAAAAACAGATGTTATTGDd2var_sg1.37_6 1414 CACTTGATGACATCAAATGTACATATGGTAATGAGATTCCTAATAGAGTAACGGACAAAAATAACGATATDd2var_sg1.37_6 2014 GTACTGCACCATCAGGAAAGGGAAAGTGTAAAAATAATGATGTAATCAAAATTCTACTCTCTAAACTTAADd2var_sg1.37_6 6619 GTGATATTGAAAAAGTTAAGGGAGCTTTTAAAGAATTACGTGATTTAGAAGAGTCAGATGAATGTACTGADd2var_sg1.37_6 7872 AAACAATGTAGTAGTTGTAAGAGTGGAAAGTGTGAGAAGGAAGAAAAATGTAAATCGTGTAAAGAAAAGTDd2var_sg1.48_3 650 TAAGAATATATATGAGAAATTATTAGAGGATAACAAGACGAATGAGAAGACGAATGGGGAGATAGAAGAADd2var_sg1.48_3 3431 TTACAGAGAAACGAAGGAATGTAACTCGTGCAAGCCAGAATGTGAAGCATATAGAGACAAAATAAAAAAADd2var_sg1.48_3 4170 CACAAATACAAAAAGGATATAGAAAGAGAGGATAAAGAAAAAGAACAACAGAAAAATGGACTAGTTGCAGDd2var_sg1.48_3 6394 AAGTAAAAACTAGCGAAAAAACACAAGTCGCAGATAAACTTCAAAAGCAATTAAAAGATGGGAATATTCCDd2var_sg1.48_3 8176 AAAATGGTACAGAGTGCGACAATGAGAAAGATAAGGAAAATTGTAAAGAATGCATAAGAAAATGTAAGGADd2var_sg1.54_6 644 TGAGGACTTGAAGAATAAACAAATAAGTGATTATGATGGTGATGGTCCAGAGTATTACAAATTAAGAGAADd2var_sg1.54_6 2306 TACAGGTTGCAATAAAAAAGGTAACTCGAAAAAATGGGAGTGTGAAAAAAATATTGATCCAAAACATGCTDd2var_sg1.54_6 4405 CACTAAAAGAAAAGTACCCTAAAGCTACAGATTTTTTACAAACGTTAAAAGAGAGACCGTATTATAAAGGDd2var_sg1.54_6 4987 GTAAATGGATAAACCTAAAAAAGGAAGAATGGGGAAAAGTACGAGATAGTTATATCAAACGATATATAGGDd2var_sg1.54_6 6855 ATACATAATTGTAAACAAAAACAGGAAGCAAAATGGAAATGCGACGATACAAACTTAGTGCAAGAAAAAGDd2var_sg1.58_6 1427 AACTAAAGAGAAAGCAGGTGGAAAATGGGAACCTATAGATGATAGAGAATGTGCACATAAAAATGAAAATDd2var_sg1.58_6 1924 AAGACGGTTTTGATGATTTTGGTTATGATTTTGCACTTAAAACTCTTTTGAACGTAGAAGATATTTTGACDd2var_sg1.58_6 3507 TGTCGAAAACGAAAGCATAAATTGGAAGAAATTGATAAGGAATGTGCACAGGATGGTAAAAAAAAATGTADd2var_sg1.64_4 617 ACGTACTGACAAAGACTATGTAGAAAACGGTCTAAGAGAAGTTTTTAGGAAAATAAATGATGACTTGAAADd2var_sg1.64_4 3522 TATAAGGATAAATGTAATTGTAAGGATGATACACGACCACAAGAAAAAAAAAAAGACGATGTGTGTGACADd2var_sg1.64_4 4024 ATAAAAAGTGTGATAAAGGAAAAAACGATAATACAGAACGTAAACAATGGTGGGATGAACATAAAGAAGCDd2var_sg1.64_4 6340 ACGAAGAGCAAAATAAGGGTGCTGAAAGTAATAGTAATGATGGCAATGGATTTTCTAAAATACTAAAAAGDd2var_sg1.80_2 1408 GTAACAAAGGAACATGTAAAAAAAAACCGAATGATAGCAATTGTAGAAATAATGAAGCCTATATACCTCCDd2var_sg1.80_2 3186 AGTGTATGTGAAAAGTGCAAGAAAGCATGTGAAGCATATAATACGAAAATACAAGAATGGAAAGATCAATDd2var_sg1.80_2 4672 GAAAATGTACGAAAGAGATGGGAGAATGTAAGCAATGTGAACCTCAATGTAAACAATATACTGAATTTAT

Dd2var_sg1.80_2 5652 TATAATACCAACGAAAAAACGTTTAAACAAAATGTACACACAAACCTAATCGACGCCAAAAACAACAACADd2var_sg1.80_2 8861 TTGTGGTCTTAATGGTGATGGGGAGTCAAAAAGTGATAAAGAGGTTACAAAAGAAGAGAACGATCTTGTTDd2var_sg1.93_2 1463 TGGAGTAAATGGCCCCAAAGGAAAATGGAAAGATATAGATGATGGAGTATGTGCAAATTTAAATAAAAAADd2var_sg1.93_2 2024 AGATATGATAGATGCTAATGGAGATCCACAACAAATAGCGAAAATTAAAGAACTGAAGGAAAAGAAAAACDd2var_sg1.93_2 3451 GTAGAGAAAGGAAAAAGAGGTTAGAAAAGATAAAGGAGGATTGCTACAAAAATGGTGAAAAACAATATAGDd2var_sg1.93_4 1465 CACTTGATGACATCAAATGTACATATGGTAATGAGATTCCTAATAGAGTAACGGACAAAAATAACGATATDd2var_sg1.93_4 3209 TACTGATGGATCATGTGAGAGAGATGTTGATGGATGTAAAAAATGTAGAGATGAATGTACAAAATATCAADd2var_sg1.93_4 4663 GTGGGAAGTGTGATAAAGGATGCGAAGAATGTAAATCTAAATGTAAAGAATATGAACAACTTGTTGAAAADd2var_sg1.93_4 6024 GACTCAAGTGGTGAGGAAAAGAGTAAAATGACTACGAATGAAATATCAACAAAAATAAAAGAATTTCTCCDd2var_sg1.93_4 6973 GTCAAAAAGGTAATTGCGATAATTCTAAAGGAAACAACTGTAATGGAAAAAAGGTTATTACTGCCAGTAADd2var_sg1.187_ 75 AGCATAGGGAAAAAAGTGTACAGAGAAAAAGTACAAAGTGATGGGGAAACATATAAAAATAAGTTGAAAGDd2var_sg1.187_ 2216 TATTAAATCGGGTTATGGGAATGTAAAGGAATTAAAAGGAATTGAGAACATGTTGGAAAAGGAACAAAAADd2var_sg1.187_ 4550 TAAAACAAAAAAAATATCGCAAATAATAGAAGAAATGTTAGGCAAACAAAGTGGCACAACTCCCACACCTDd2var_sg1.187_ 6338 AACCGAAGAAGATCAAGGAGATAAAAAAAAAGCACACCAAGAAAGTGAGACCAAAATAGAAGCAGAAAATDd2var_sg1.193_ 608 CGTACGCGGTAAAGATCTGTATCGTCGTGATAATAAAAAAGATAAAACTGATAAGTTACAAGAACAATTADd2var_sg1.193_ 3458 AAAAACTAACACACCAAAAATTACACAGAATACACAACTGAAAAATGCACTTTTGGATAAAGACGGCAAADd2var_sg1.193_ 3509 TTTGGATAAAGACGGCAAAAAACCGAAAGACATCTACAAATACACCGATGTAAAACTCAATGAAAATAGTDd2var_sg1.208_ 325 ATAAGAAAATAGAAGGTAATGTTCGTAGTAAAGGTAAAGGAGGTAATAATGAAGGAGCGTGTGCTCCATADd2var_sg1.208_ 3464 TACTGACGAGAAGGACAAGCAGAAAATGGAGGCAATACAACAAGAAATAGATAAAATTCTCAAACAAAGTDd2var_sg1.208_ 3962 TAAAAATATAGAAACCCCCAAATGTAGTTGTTATGGTGAACATTGTGACGATCAGCTTAGTAAGAATAAADd2var_sg1.208_ 447 AATTTGGAAAATATAAATGATACAGATAAAAGAAGTACTCATAAATTGTTGGGAGAAGTGTGCATGGCAGDd2var_sg1.208_ 3092 TAGTAACGACACAAGTGACACAACTGGTAAACAGACACCTAGTAGTAGTAATGACAACCTCAAAAATATTDd2var_sg1.208_ 4438 CGAAAAAGGAAGATGGATGCAAATGTATAAAAGGTTGTATAGAAAAATGGGTACAAGAAAAAACGAAAGADd2var_sg1.218_ 1978 GAGGCAAAATTGGGGGATGCTTAAAAAATAAATCAGAAAAATGTAAAAGTGGATGTAACAGTAATTGTGADd2var_sg1.218_ 4477 GTGCTAAAGTATGTGGTTTAGATGTATGTGGTCTTAAAAATGGTAATGGTAGTATAGATAAAGATCAAAADd2var_sg1.218_ 5512 TGTTATGGCAAAACTACAAAAAAGATAAGAATGGTAATGCAGAAGATCTCGATGAAAAATTAAAAGGTGGDd2var_sg1.274_ 833 TTTTAGAGAAAAAAACTCCAATGGAAATACGTGCACTGTTAATAAATGTAAATGTGCTAATGGAGATCCTDd2var_sg1.274_ 2733 AAAATAATGGAACTGTATACAAAAGATAACGGACTAAATGACCTAAAGGACAAAGAAACTGTATGTAGAGDd2var_sg1.274_ 4095 GATATAACTAAGGCAAAAAACACTATAGACAGAATTTTCAAACATACAGGCAGAACAGAAGAACATAAACDd2var_sg1.274_ 5525 ATTCGATTCGAAAAATGGTCCTAGTAATGGAATATCTTTATCCGATTTTGCAACTGTTCCCTATTTTATADd2var_sg1.308_ 68 TAGTATAGGGAAAAGAGTACACGAAGAAGTGGAAAAGGAAGCTAAAGAACGTAGTAATGGTGATTTGAAADd2var_sg1.308_ 2393 ATTACTACAACACGAAGAAAAAAAAGCACAAACATGCCTAGAAACACACAGCGAAGATAAATGCAAAAAADd2var_sg1.308_ 4755 CGTAGAAAAAAAATAGATGAATATGAGGATTGTAATGGTGATAGCAGTTGTAAACGTTCGGATAAAAAAADd2var_sg1.339_ 1555 GAGTGAAAAAGAAAAGGAATGGTGATAGTGGTAATCAATGGGAAAAGAAAAATAATGAGAATTGCAAGAADd2var_sg1.339_ 3381 AATGCAGATGTGCACACACAACTCATATCCCCTAAAAACAATAACTACGACTACACAAACGTGTCATTTADd2var_sg1.339_ 4017 CGTAACAAAGATGATTGGATTAATATTACTGACAAGACGTGCAAAGGTAAAAAGTTTACTGAAGAAAATADd2var_sg1.344_ 2810 TAAAATTAAAGAGAAAGTTCCTCAAAAATATAAGGATGGCACCGAACATAAAGAATTACGTTCAGATTGGDd2var_sg1.344_ 3906 GATGATAACAAAAACAAAACTCCAAAAGACGCAACAACAATAGTCGACCCAGATAATGAATTAAAAAATGDd2var_sg1.344_ 5444 TAAAGAAACAACGTATACACAACTTACCGATAATTACAAATACGAGAAACAAAAATCGAATCTCGAGGAADd2var_sg1.394_ 656 AAAATTAGAAGAAAATTTTAAAAAATATTTCCAACAAATACATGAGGACGTGACGAAGGGAGGGACGAATDd2var_sg1.394_ 3096 AATGTAGATACAAAAAAAAACAAAGAAGACAAAGATAGTGAAAAGGAAAAATGGTGGAAAGCAAACGGTCDd2var_sg1.394_ 4207 AGAAAAAACAACAACAGGAAAATGTACTAGTTACAAATACATCAGAAGTTGGAAAAGAGCATCAAGAGAADd2var_sg1.394_ 5333 TTGTAATGGTGGTAGTAGAAGTGGTAGAAGAAATGGATGTAATGTTAAGGATAATGAAGACAAATGGAAADd2var_p_sg1.13 1521 AGATAAAGATCATAAAGGATGTGATCCAGGTAAAAAATACGCTGATTATAAAAATACCCCGATACCAATADd2var_p_sg1.13 2149 GAGAAAGATCTACTTTTGGAAATTATTGAGGGTACTTATGGGAAATCAAAAGAAACAGAAGCAATTAACADd2var_p_sg1.13 4712 AAGATAAAGCAAAAGAGTGTAAAGAAGACCAAAAACCTAATGGCGAAAACCCAGAAACAAAGAGTCAAAADd2var_p_sg1.17 2655 GTTAAGAAATTATGCATCGAGGTGCGTCTTAAAATATAGTGGATCTAAGTCTCAAAATATAGTATTTAGGDd2var_p_sg1.21 308 TATATAAAGAATTAACGAAGAATGAGAAGAAGGCGAGTGAAGCACAAAATCGCTACAAAGATACTAAAAADd2var_p_sg1.21 2792 GTGATTATAGGGATATATGTACTGGTGATGAAAAAGTGATTCAGATGTTAAAAGCTAATGGTGATAACAADd2var_p_sg1.21 3289 GGAAAAAAAGATTGGAGAAGATTAAAGACGATTGTAAAGTAGAAAATGGTGGTAGTGAAAAACAATATAGDd2var_p_sg1.11 821 AAAATGGAAAGATAAGGATGGTAAAGACTGTGCAAAGGGAAATAGAAAGAAATATGATCCTGAAAAAACTDd2var_p_sg1.11 2608 TTAAAACTGCGAACAGTAAACTTTTGGACAAACTCAAAAAAGAAGACGATGGAGAATACAAGTATGAAAADd2var_p_sg1.11 3131 AGAAAATTTAGGACCATGTAAAAATGATAGTGAGGAGGGTAAAAAAATTTTTGAGGATAATGGCGATACA

Dd2var_p_sg1.18 685 CCAAAAGAAGCTAATTATTTTATAAAAACAGCGTGTAATGTAGGAAAAGGAACTAATGGTCAATGCCATTDd2var_p_sg1.18 3002 TAGTAACGACACAAGTGACACAACTGGTAAACAGACACCTAGTAGTAGTAATGACAACCTCAAAAATATTDd2var_p_sg1.18 4347 ACGAAAAAGGAAGATGGATGCAAATGTATAAAAGGTTGTATAGAAAAATGGGTACAAGAAAAAACGAAAGDd2var_p_sg1.18 6506 CATCAAAAAGAGATACACAAAATGATATACACAATGATATACCTAGTGATATACCAAATAGTGACACACCDd2var_p_sg1.9 1330 ATTGTATTGTTTTACAAGTAGATCAAACCTTCTTTCTCTTATGTTCCCACCACAAACACATATTTATTCGDd2var_p_sg1.9 5432 GTAGAGAAAGGAAAAAGAGGTTAGAAAAGATAAAGGAGGATTGCTACAAAAATGGTGAAAAACAATATAGDd2var_p_sg1.10 110 ATAATTATAAAAGTCAATTGAAGGGAAACTTATCAGAAGCAAGATTTGAGAATGAACCAAACGGTCAACADd2var_p_sg1.10 3354 TTAAAACTGCGAACAGTAAACTTTTGGACAAACTCAAAAAAGAAGACGATGGAGAATACAAGTATGAAAADd2var_p_sg1.11 783 CCAAAAGAAGCTAATTATTTTATAAAAACAGCGTGTAATGTAGGAAAAGGAACTAATGGTCAATGCCATTDd2var_p_sg1.11 1514 AAAGACATACGATCCTAAAAATATTACCGATATACCAGTACTCTACCCTGATAAATCACAGCAAAATATADd2Rif_1.5_1_0 503 TGCAGGTATTCAGGCAGGTATTAAAGCGGTCATGAATGTATTAGGTTCAGATTTTGGTTTATCGATAGAADd2Rif_1.5_1_1 797 AATAAAAAATAATATAGAAACATATGTACAAAAAATCGTCTCAGAAGCCGAAACTACTGCTGGAATGGCTDd2Rif_1.5_3 577 TTTTTTATTTTGCCAGGCTATAGAATCTATGGGTAAAGAATCTTATACTTTGCCTCTTCCAACCATTACTDd2Rif_1.5_4 613 TAATGCAAGACATTATAATGAAGTCCTAAGTTTTGCTGATACTATTATTGTAAAACGTCAGACGATGTGTDd2Rif_1.5_5a 589 AAAACTTTTGTTGCTACAAACCGTTACACTGAACTCGCAAATATTGCTGGTGATATTATTAAAAAACATGDd2Rif_1.5_5b_0 474 TAAGGCCGCTGCAAGATATGCCGCATCTAAGGGTGCTGCGGAGGGTTTAGCTGCTGGTAAAATTGCTGGADd2Rif_1.5_5b_1 658 AAGATTTCTGAAATTATTCTTCAAAAAAAAAATGCTATGTGTCATGCAGGGGTCCCTGGTAATTCTATATDd2Rif_1.5_5c 548 CACTTCAGTATGTAAACCTTACAATGTGTGACACTATTCCTGTTAAAAATGGACTTTTTTGTAATGCTATDd2Rif_1.5_6a 630 GTCTTATTCATTAGTAAATCTATTCATTCTGAATATATCGGATCGGGATGTAGATCTATTTTCCCTTTACDd2Rif_1.5_6b 58 TTTTAAGCGAAAAGGACATACATTCGTCAAATTATAATGATAATGTGGATATCCAATCAGTGAGGGAAAADd2Rif_1.6_1a 652 TTATTAATTCTCAATATAAAACGAAATGTTTTTCTCTTAGTGTTGCAGCTGAAGCTGATCAGCCTTTTTGDd2Rif_1.6_1b 633 ATAACACAACATGCTAAAGCCGTTGCAATAAAAGCTGGTAAAGAAGCTGCAAAAATTACAACTGAAGAAADd2Rif_1.6_6a 505 TTGCTGAAGGTTTAAAAGTTGGTTTGGTTAAAGTTGCAGAAATAGTAACACAATTATCTAAGGATATACCDd2Rif_1.6_6b 522 GGTATTAAGGCAGGAAATTCTGCTGGTATTGAGTCTGTAATTAAAGGATTATATGACAAATTCTTTCTAADd2Rif_1.9_5 653 AACTAGCTAGTAAATCCTGTGTACCTCAATCAAATGGAAGTTATACTTCTTTTTGTAATTCCATAACGTADd2Rif_1.9_6 494 TAATAGAATGTCTCTTATTCAAATATTGACCTCTGTAAAAAATTCGTGCGAGGATGTTCAAACTGTTGAADd2Rif_1.13_1a 704 TACAGTTCCTGCTGCATGCAGTAAATTTCAGATTAAGTTAGGTATACATCTATCAGAGACTAATACATATDd2Rif_1.13_1b 689 TACAAGTAATCCTACTGTATTTACAAATTCTATAAAAGGACATATACCAACTGCAGTTAAGGAGGCTGTTDd2Rif_1.13_4a_ 0 GGTATATAATCAAAGGAACTATTACATTACACCACGTCATACAGAAACCAACAGATCTTTATGTGAATGTDd2Rif_1.13_4a_ 601 TTATTGAAATCCATTGGTACTACAACGGGTTATACTGAGGCCTTAAAGATTGCTGACGCTATTATTGGAADd2Rif_1.13_4b 378 TGCTGCTGTTAATTTAGCTATTGAGAAGGGTATTGAAGCTGGTGTAAAGACAGTAATTACAAATATAAAADd2Rif_1.13_6 545 GGAATGACATATGTTAATATTATTAAGCAAGTAAAAATTACAAATTGTGTTGGTAAAGCTGCTGAAACTCDd2Rif_1.14_1 520 GATTAGAAGAAATATATGGATTAAGCCAATTTTCTTATTTAGATTGGCATGCAATGGTTACTGCAACAACDd2Rif_1.14_2 483 AGATGCAGGTCTTAAGGCAGGTGTAAAAGTAGGTTTGGTTAACGCTGTCAAAATAGTAACAAAGACATTADd2Rif_1.14_3a 615 ATTATGCTAAAGTCACAGAATTTGCTAATACTATTTATGTGAAATATCGTGGAACCTGTTTTTCGTTGAGDd2Rif_1.14_3b 635 AATAAGCTTTGTACTCCTCAAATTGAAGACACTAATTTTTTTTGTTCCATACATTCAAATAAGGGAGGACDd2Rif_1.14_5 423 TGAAAAATTAGGAGAAATATATGGACTAATTGAGTTTTCTTACTTACCTTGGGCTGCAAAAATTAATGGADd2Rif_1.19_4 586 TCTTGGTCAAATTGTTCAAGGGGAATATAATACAGTCTGCGGGGTTGACCCAAATAATACTAGTGTTCTTDd2Rif_1.19_6b 638 AAAATCTGCAGCTGCAATGAATATTCCAGGAAATGTTTCAAAGCAAGGTGTTTCAACGAATGCTCTTATADd2Rif_1.25_2a_ 498 TGATATTTCGGCTGCCGCTGAGGCAGCAGGCAATGCCAGAGGTGTGGAAATAGTTACTGAAGGATTAAGADd2Rif_1.25_2a_ 605 AATCCATTGGAAATGCGATACCTTTTAATAATGCTGGACAGATTGCTGATGCTATTCTTGCAAAAAAAACDd2Rif_1.25_2b 698 AAGCAAAAGAAGCTGCCAGTTTTCTACCGAAAACTATTATGTTAAGTAATAATATTGTTGCTTCGATTGTDd2Rif_1.37_2 431 TTTTATATGCTTTAAATCAGTGGAAAACTTATGCTTTATTGGAAACTACGAAATATGCCTTAGCTAAGGGDd2Rif_1.37_5a 752 TTATACAACGCAAGAGGTTATAGATGAAACTGTAAAAGAAATTATTGCTAATTCCGAAAGTACTGCTGAADd2Rif_1.37_5b_ 3 TATGATAAAAAAAATGCATGCAACAGCACTACACCTCATGTACCAAAAACAAAAACGACAAAAATACCAADd2Rif_1.37_5b_ 647 TGCACAAAATTATAATAATGTCACAAAGCTTGCTCTTGCTATAAATAGTGAATATAACGCATCGTCATGTDd2Rif_1.37_5c 574 ATACTTTGATAATGAAAGCTATACAAACTAAAGCTGTACCATTATGCTCTGTTGAACGTAAAACAGATCTDd2Rif_1.45_1a 612 ATTCTTAAAATGGGTCATTATAATGAAATCGCAAACCTTACTGGTGTTATTTATGGAAAGAAGTTTCAGGDd2Rif_1.45_1b 581 ATTTTGCATGGCCACAAAAGCTATGGATGAGCAACCTAAGGTGTCTGCTGTTCAAGTCATTTCTAGAGAGDd2Rif_1.45_3a 555 CTAGTATTGTTAATATGCAGTATAGAATTACATGTAAAAGAGGTTTATCTAGCACTAGTTCTATCTGCGADd2Rif_1.45_3b 487 AAATTATAATCAGAAAATGCCTCTTGTTAATATAGTGAACTTTCTAAAGAATTCGTGCGAGGAGGATCAADd2Rif_1.45_4a 764 TACTACAACATTCGCATCTAAATCAGTAGAATTTAAAGCAGCAAATGTGGATATGGTAAAAGCTACATATDd2Rif_1.45_6a 776 AAGCTGTTGAGATTTCAGGAACAACTAGCAATTTCTCTAATTTCATGATTTTCTCAGGCATTACTATATT

Dd2Rif_1.54_1 619 TGAAAGTGTCTGTCATTTATGGTAATGTTTATTCTCATTATACCACGTCATGTACACCTAGTTTAGTTAADd2Rif_1.54_4 513 CTATTTTGCTACAACAGATTATACTAATTTCAAAACCATTGCTCACGCTATAAATACTCAATATGACCCADd2Rif_1.54_6_0 168 ATGACGAAAGGATGCAAGGTAAGCGCCAAAAATGTAGAGAACAATGTGATAAAGAAATCGAAAAAATTATDd2Rif_1.54_6_1 775 AAACAGTGGTTCAGGGACAGTTTCAGCAAAAGATACTATAAGAAATATTGTAAACGGAATTGTTGCAGATDd2Rif_1.58_2a_ 502 GCTGTACGTATTCCGGCAGCTATTGAAGCAGTTATTTCAGGAATTAAATCAAAATTCTCTATAGATACTTDd2Rif_1.58_2a_ 603 TGCGCAAAAATATAATAAAGTCGCACTCATTAGTCAATCTATTCATATGGAATATTCATCATGTCTACCTDd2Rif_1.64_1 740 TACAGGATATGCTACACAAGCAAAAGCAGTGAGTACCGCATTCAGTAAAGCTAAAGCAGGTGTATTGACADd2Rif_1.64_2 630 TGGAGGTGCTGCTGAAGATAAAATTTTTTGTGCGTACAAAATTAGTATTACCAAAGAAGATCTGTTTATTDd2Rif_1.64_4 522 TGAAATTGTTAACATTGTAAATAGTAAGTGTACTGAATCTGCAGTTGCTAAGGAATCTTTATTTTGCAGGDd2Rif_1.64_6a 586 AGATAAATTAAATGAAACACCATTGCAATCCTTTTTTACCTCCACCTCTTATAATGATGTCACAGCAATTDd2Rif_1.64_6b 655 TAAGAACCTGCTTAATAATTACTGTAATTTCAACGGAGAACTAAGAAAGGGTAGTTTTTGTAGTACGATADd2Rif_1.64_6c 491 TTAGCTTTTGGAACATTGGATAAAATTATTGATGCTAACACGTATAATAATGCCGAACTCATTAGTGGATDd2Rif_1.76_1 44 CCATTCTGCGAAAGAATTATATACACCCAATTATGACAACCATCCTGAAATGAAAGAACTAATAGAAAATDd2Rif_1.76_4 398 TATTGAGAAAGGTATACAAGTGGGTTTAGATCAAATTATTCAAATATACAAAGCGACTCGTTTAGGTAGTDd2Rif_1.76_6 616 AATAGTACAAAGTGTGTTGATCAAGTTGCTAAACGTGAGGAAATATTTTGCAATTTTGTATCATATCAGGDd2Rif_1.80_1 605 TATAGGTCAAAAATCTAGTATGTTGGATGTTCAAACAATTTCTACTATGGCTGCAAATGCTGCAAGAGTADd2Rif_1.80_3a 599 TCCATTGGTAAAACGATAGCTTATACTAATGCCGAAGAGATTGCTAAAATTATTGTTGAAAAATATACGGDd2Rif_1.80_3b 834 TAAAAACTGCTGATATTACTATTGAACAAACAGCAACAATTGAAGCAGCAAAAAAAGGTGCTATAGAAACDd2Rif_1.101_4a 660 AATTTTCGACATTGGGATGTGGAGATATTGGGTGTTCATCTTTTTACAAAAACCCTTTTTGCAAATTTGTDd2Rif_1.101_5 626 ATTATGCTAATATCACAGAATTTGTTGAATTTATTAATTCGCAATATGATGGGACCTGTAACTGGATCGTDd2Rif_1.101_6a 244 AAATGGAAAAACAAATGGCAGAAAAGTTAAGCACATTGGAGACAAAAATAAACACCGATGATATATCTACDd2Rif_1.101_6b 743 ATTGTACGTTGGGAATTTCGGAAAAATTGGTAGTAATGCATATAATGCAGAATTCGCATTACAAAAAGAADd2Rif_1.113_1a 503 TGCGGGTGATATTGCGGGTGCAGCTAAAGTTATTGACTTAATAGAATCAACATTTTATATAAATGAATTADd2Rif_1.113_1b 724 ATAGAAATTATGGACAATATTCAACAGCAGTTACAGAAGCCTTTGTTCAAGCTAAAAATAGCGCAATAAADd2Rif_1.283_1a 538 GATTAAATGCATTGAAATTAGAGGAGTTAGGTATTGGATCATGGAAATCCATCGTTACTACAGAATATTADd2Rif_1.283_1b 427 GATTAGAAGAAATATATGGATTAAGCCAATTTTCTTATTTAGATTGGCATGCAATGGTTACTGCAACAACDd2Rif_1.303_1 720 AACTTTACCATTAAATTAGGCACAATTACAGAAACTGGTGATCCAGCTCTTACAGACACCATTGCTATATDd2Rif_1.303_3 654 CTATAGATAGTACTATGGCTATAAAATTAGAAGCTGAGGGATATTCTGATTATTGTTTCACACTACAAAGDd2Rif_1.303_6 8 ATCAAAGGAACCATTACATAACACTTCATAGGCCAAACACAGAATCAATAAAAAGACATAGATCTTTATGDd2Rif_1.317_3a 601 AGAAATTTCTCGTACAGGCCATTATGCTAATATTACAAATTTTACTAAAACGATTATTGAACAACGTGGGDd2Rif_1.343_1a 514 TTGCAGGTGAAGCTGCAGGTAAAAATGCAATTATTGGAGCATTACAAAATCATTTCAAAATACATAGTTTDd2Rif_1.343_1b 509 TGAAGCTGGTATGAATGCTGTAAGACATGAAATTAAAGTATATCTTGCCGATTTTATTAATGAAAAAGGADd2Rif_1.366_6 546 TGAAAAACTGGGTATCATTTTTACTGCAAGGGAAGGATTTGTTGATTTGAGTTCAATTGTTAGTAAATCADd2Rif_1.436_1 682 AATTAAATGGTATTCTTCGTTTTATTCACGATCAATTTTCAGGTGATCTCGGTAAGATTATGGAAAGTATDd2Rif_1.481_2 599 CAACATTGCAATCCTTTTTTATCTCAACTCCTTATGCTGATGTCTCAAATGTTATTGAAATTATTACTACDd2Rif_1.525_4a 545 AAACAATTTTTGCACATCTGGACTCAATGAGACTAACCTTTTTTGTTCTACTGAAGTAAAAATGACATCADd2Rif_1.525_4b 501 AAAAAAAATATGTTTTTCGTTGAGAAAATTGTGGAGGAATATAATACTATGTGTGAGAATGGCACCGTTGDd2Rif_1.525_6 680 ATGGAGGTGTTAATAAGTGTAATGCATTTGAGATTAAATTAGGTCTATTTGAAGCAGAAACTGGTAAAACDd2Rif_1.605_5 1 TGCATAATAAAAAAAATCCATACATAATAACATCACATACACCAAGCCAAGAATCTCTAAAAACATGTAGDd2Rif_1.696_2 687 TATAAATATTGCTGCATGTGATAATATTGATAGTTCTAGCACGAAGTCTACATTTTGTGCATTCTTAGAGDd2Rif_1.696_3 535 TAATGCCATATTCATTAGTAAATCCGTTCAAGTTAAATATAATGGGTCGAATTGTCTAGCTCTTTTCTCTDd2Rif_1.926_2b 650 CAAAAAAAACTCAGATCTGTAACATGTTGGTCGTTGATACTCCACCTATATGCTCAAAAATTGATATTAADd2Rif_1.960_3a 633 TAAGTAATAAATTGTGCGATTCTTCAAATGCTAACGTATTTTGCGCTTTTACAAATGTGGAAGGACAAAADd2Rif_1.1100_4 720 CACACAATTGAAAATTAGTTTACGTATAGTGAAATCAGATGGTATTAGTGCAGATCTTCCAGATACTAATDd2Rif_1.1100_4 410 CAGTTATTTCTGAGACCATTGATGGAGTAACAAAGGAATTCTTATTAAACACTTTAGGTGGTAAAACATTDd2Rif_1.1151_2 663 AAAAAAAACTCAGATGTGTGGGCTGAATCCAAGTTCTGCTAATGAGGCTATTTGCAAAACAATCAATATTDd2Rif_1.1169_5 719 TAAAAGTGGTAACCATACCATACTTATAGCAACTAATGCAAATGATGTCGCAAGAAACGCTATTAAAGAADd2Rif_1.1373_4 437 TTCCCTCTAGAAACGTTAGGCGGTGTTCCATTGCAAGAAATTATTACTGCAGAAAATTTTAATAAAAATADd2Rif_1.1410_3 575 TGTAGTGCCTCAAATTCTATAGCTGAAAGTGGTGATACTTTTGAATTTAGTAAAAATATTTATGGAATGGDd2Rif_1.1458_3 382 TGCAGCTCAAAAGGGTATTGCAAAAGGTATTGATAAAACCATTGAAGGATTAGGAAATATATATGAACTADd2Rif_p_1.2_4_ 628 CACTATATAATGAATATGTAAGCATGTGTGTAAATACGAACCCTGTCGAAGACAAATTAATTTGTGCTTTDd2Rif_p_1.14_4 541 ATATAGTATGTGGTGAAGAATCTATTGGTGATAGTGGTGTTCTTTGCTTTTACAAAACAACTATAGTTGADd2Rif_p_1.19_6 601 CGACGTATTTTTCATTTGTTGAAAAAGTTAATACTACAAAGTGTGTTGGTAATGTTGCTAAAACTGAACC

Dd2Rif_p_1.26_1 533 TGCACAAAATTATAATAATGTCACAAAGCTTGCTCTTGCTATAAATAGTGAATATAACGCATCGTCATGTDd2Rif_p_1.26_5 448 ATTTGGTGTATCAACTCTATCTGATAATGCATTGGAGTCAATTTTTACTGTGGAAAATTATGCTAATCACDd2Rif_p_1.45_6 543 CTTAAAGAATTACTCATTACGTGGAGTGATGCTCTTGATTTGTCACCAATTGTTACTTCATCAAATTATADd2Rif_p_1.339_ 553 TAGTAAAATCAGAATTTGGTATAAACTCTATAGCTGATAAGGCATTGGGGACAGTTTTTCATGCAAAAAADd2Rif_p_1.366_ 433 CAATTGCAAAACTTAAATCGTCTTCTTTGTTTAGTAAACCTCCAATAGTTGTAGAATGGTCCAAATTCATDd2Rif_p_1.436_ 5 AATCAAAGGAACCATTATATTACACTACATACACCAAGCACTAAACCAACAAAACCAAATAGATCATTATDd2Rif_p_1.481_ 461 TACTATCAATGCATTTATTACGCAAACTGTTGAAGAATTGAAAGGAATACCTGGTATGTCTCAGTTATTTDd2Rif_p_1.726_ 751 AAGCAAAAGAAGCTGCCAGTTTTCTACCGAAAACTATTATGTTAAGTAATAATATTGTTGCTTCGATTGTDd2Rif_p_1.726_ 0 AACATAATAAAAATGAACCACACACCACACCAAATCATACACAAACCACCAGATCATTATGCGAGTGCAADd2Rif_p_1.726_ 747 ATATTCGAGATTGGGATGTGGAGATATTTTAACTCGCCCGAATAAGCCTATTTGCACTTTTGTGAATGAADd2Rif_p_1.881_ 646 AATATAATACAATGTGTGTGTCTACTAATGCTTACCAAGGTAAACTGTTTTGCAATTACGGTTCAATGTTDd2Rif_p_1.912_ 124 TTTGATCGTCAAACGTCGCAACGTTTTGAAGAATACAATGAACGCTTGCTCGAAAACAAACAAAAATGTADd2Rif_p_1.960_ 614 AGAAAATTTTGGGGATGCTGCTTTTATTTCTGAAGCTATTAAGTTAGAAAACAAGGTGTGCTCTATAATTDd2Rif_p_1.990_ 265 TGCAGCTCAAAAGGGTATTGCAAAAGGTATTGATAAAACCATTGAAGGATTAGGAAATATATATGAACTADd2Rif_p_1.1003 278 CAGTTATTTCTGAGACCATTGATGGAGTAACAAAGGAATTCTTATTAAACACTTTAGGTGGTAAAACATTDd2Rif_p_1.1073 6 CATGTGAACCATTACATTACATTTCATACAAAAAAAAGGACAAAAATACCAAACACTAGGTTATTATGCGDd2Rif_p_1.1448 646 AATATAAAACGACCTGTGAGTCGTTGGAAAAAGGATTTACTGCTTCTACTTCATGCACTAAATTTCAGCTDd2Rif?_p_1.208 12 AAATGAACCATTACATCACTACATTTCATACAACAAGCGCCAAACCAATAAAAACCACATAGATCATTATDd2Rif?_p_1.261 633 CAAAACCTGGAATTATATCTCCGTGAAGACAGGTGCTATAAAAACTACTGGTAAAAATACGTTTAATAATDd2Rif?_p_1.308 144 CAACATAGATTTCATGAATATGATGACCGTATGAAAGAAAAACGCCAAAAATGTAAAGAACAATGCGATADd2Rif?_p_1.317 515 GCACTTCAGTGGGTAAATATTACAATGTGCTATAACGAATCTAATGAAAATGTGCTTTTTTGTAATGCTADd2Rif?_p_1.990 11 AATGTTGAATGTACAATATTGGAGTGTTGTTCACTCTCAGTCGTATAGAGGACTGGTCACTTGGTCTAATDd2Rif_p_1.1343 620 AATGGTAGTAGTTTTAAAAAACAAAGTGGTTTTCTCTCTTTTGCTCTTTATGCGTTATGGGAGATTTTTGDd2Rif?_p_1.147 436 TTCCCTCTAGAAACGTTAGGCGGTGTTCCATTGCAAGAAATTATTACTGCAGAAAATTTTAATAAAAATADd2Rif?_p_1.165 119 GTACAAACATTTGCTGAAAAATCTAAATCATATGCTACACCTTATTCTACAGAAGTAGCAGAAGTTACAADd2Rif?_p_1.174 98 GCATGAAATTATAAAAATAGAATCCTCTTTAGCGACAGTAACCATCATAAAGAATAAGTGCAAGAATGGTDd2Rif?_p_1.183 537 ATATGGGGTTGCTCTGGAAAAAGATTACTTCCGAGAAAAAAAACACGTCACATATATAATTCAATATTTTDd2Rif?_p_1.225 35 TACACTCCAAACCTGACCAACAAATCACATAGAACATGTGCGATGTGAATTATAACGCACATCTAACTATDd2Rif?_p_1.227 383 TTTTTCTCTGGGGATTTTTTTTTTTTTTTTTGTGTGAATCCTGCAAGCTCGCTTTTCGAACCTTTTTGCTDd2Ste_1.5_5a 303 TTATTTGGAGACAAAAACTATACTACGTTAAAGTCGTGGATGTACCAAAATGATGATGACAGATCATATADd2Ste_1.5_5b 544 TTAGTGCTATTGCTTCCCTTGGAGCACCTTATAATACTTGTATAGCCTCTAGTCCAGTATTTTACATTTTDd2Ste_1.6_2 594 TTTAATATATTTGATATGGGATCTTTAGCTACAGCTATTAAAGGAAGTACTACATGTTCTTCCGTTGCTTDd2Ste_1.6_4 526 AAACTGCTGCGGCAACATATTTTACACACGGTTATCAAGTTTGTGTGTCTCATATGACAATATTTAATATDd2Ste_1.13_4a 545 TAAATATATTGCTTCCACTGGACCGCCTTTTAATGCATGTGCACCTTCTATCAATATATATAATATGATTDd2Ste_1.13_4b 567 AGTGCTTTGTCGTTTATTATAACAATACTTCATTGCTTTTTTCCTGGTCCATTAAAGTTAGGTCTTCAAGDd2Ste_1.13_5 608 TATTGTTGCAGCTCTTAAAGGAATCGGTACAGCATGTGCAGGTGTTGCTAGTAGGGATATAATCTCACATDd2Ste_1.14_6a 522 GCAAAAGCTACAGTTGGAGCTTTATTTATGAAACATATTCCAGATTGTGCGTCTTATATTACCATATTTADd2Ste_1.14_6b 554 ATTGTATGCTACTTATAGGGGAGTAAATTATGGTACGTGCGCATCCGCTATCAATTTACTTAATATTATGDd2Ste_1.19_4 536 TAAATATATTGCTTCCACTGGACCGCCTTTTAATGCATGTGCACCTTCTATCAATATATATAATATGATTDd2Ste_1.45_3 592 ATATGCTTACTCATGATTCTATGACTTTAGCTATAAAATCATTAAGTACAGCAGGTTGTGCTCTTGATTADd2Ste_1.45_5a 590 AATAAATAATATGATGAATGTTGCTGCATTAAAACCAGTTCTTCAAACAACCGTAGGATGTACAAGTGTTDd2Ste_1.76_4a 573 AAAAGTTGTTTGTCCTCTATTTCAATATTTAGTCTACTTGATAGATCAACTATGCTTTCAGCTCTTCAAGDd2Ste_1.76_5a 302 AACGTTTGGTCACAAAAATTATATTACGCTAAAATCAGGCATGAACCTAAATGATGATGACAAATCAGATDd2Ste_1.80_2 599 TCTCTCTATATTTCATATGCTTGATGGTCCATCTATATTAGCAAGTGGTACAGCATGTTCATCTGATTTADd2Ste_1.101_4 601 CATTTAAACTACTTGATAGTTCAACTTTACTTTCATCTTTTCTATCAATGAAAGCATGTGTTGATGGTGCDd2Ste_1.113_2 542 TGTCATTGGTTCGTTTGGAGATACGGTTAAGAATTGCATAAATTCTATTTCTATATTTCACATGCTTACTDd2Ste_1.303_4 561 ACCATTCGAAATTGTGTGTCTTCTGTTGCAATATTTAATTTATTTGATAATTCAGCTATGCTTTCAGCTCDd2Ste_1.317_2 563 ATATTCTAGTGTGTGCACATCCTATGTTACTATATTTAATATGCTTAAGGAGGCTTCTATTATTTCAGCTDd2Ste_1.343_1 561 ACCATTCGAAATTGTGTGTCTTCTGTTGCAATATTTAATTTATTTGATAATTCAGCTATGCTTTCAGCTCDd2Ste_1.366_3 545 AGCCTTTAATTATGTTGCTTCCTTTGGAACACCTTATAGTACTTACGCATCTTATATCACCATACTTAATDd2Ste_1.723_3 576 GCAACGTTCCCACTATTCAACGTAAAAATTACAAGTGCATTAAGTGGTGTAAACTTTTTTTATCTATCTTDd2Ste_1.926_2 594 TCATATGTAACTATACTTAATATGTTTGAAGGTGCATCTATGATTTCATCTATTAAAGCAGCTGGTGTCADd2Ste_p_1.37_ 505 TCTTAACAACGATCGGTGTATATGCTACTAAAGCTGTTCTCATTTATAAGCTTGAAGAAACGTCTAAGAA

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IT_RifA_p_00000 1542 TACAACGGTTGCTTCGATTGCAGCTGCAAACAAGTGTGTATTAAAGCTGTTGTTGATAATTTAATAAATAIT_Ste_0002177_ 2105 AAAAGGTGCTGCCATTGCTTCCGCGGGTGGTGGGTATGAGAAATGTATATACGCTATGTCTATATTTCATIT_Ste_p_000216 4012 TAATATATTTGATATGGGATCTTTAGCTACAGCTATTAAAGGAAGTACTACATGTTCTTCCGTTGCTTTTIT_Ste_0002157_ 682 TTGATGCCATCCTTCCTGTATATGGAGCAGCGATTAAAAAGTGTGTATCCTCTACTTCATTATTTTATATIT_Ste_0002029_ 2274 CCATTCGAAATTGTGTGTCTTCTGTTGCAATATTTAATTTATTTGATAATTCAGCTATGCTTTCAGCTCTIT_Ste_0002013_ 5016 TTTACTTCCTTACCAACAACTTTTAGTAAATGCACTTCGTATGTTACACTATATAATATGCTTGATTGTCIT_Ste_0002009_ 922 TGTTAAAATCGGGTATGTACACAAATGATGATGATGAATTAGATGATTCACCTTTATGTGAATGTACTGAIT_Ste_0002006_ 2209 AAAAGCTGTTATCATTGCTAAGCTTGGAGAAGCGTCTAAGAATTGCATCTCCGCTATTTATATAATTAATIT_Ste_0002006_ 4086 AATAAATAATATGATGAATGTTGCTGCATTAAAACCAGTTCTTCAAACAACCGTAGGATGTACAAGTGTTIT_Ste_0002004_ 1511 TATAGGTGTATGCTCAGTAGGTAGTGTATTCTTAACATTTATAGGTTTGATAACTGCAAAAAATGCTGCTIT_Ste_0002004_ 3044 AAACGTTTGGTCACAAAAATGATATTACGCTAAAATCAGGCATGAACCTAAATGATGATGATAAATCAGTIT_Ste_0001562_ 3669 AATGATCCTGAATTAAAAAAAATTATTGACCAATTGAACCAGGGAGAGTTAAACACATACCAACAATCTAIT_Ste_0001455_ 801 AAAATATTAAAATCAAGATGCTTAGCAGAAACAGAGAAACCCCACAATCTACATTATCAAAATGATCCAGIT_Ste_p_000134 2911 GCCGAAACAACAATTATAATATAAGATTCACTCAAAAGATAACACAACAGACATCCACAAAATCAAGACAIT_Ste_0000801_ 4275 CTATTTCTTTTTTAGTTCTTCAATCGAGAATGCTGGTGTTTCTGGTGTTACTATTTTTTATTGGGATTCTIT_Ste_p_000071 5829 TAATATGTTTAATCCTGTTACTCTAAGTTTATCTGTTGAAGCTGGTAGTTCAGCTTCTGTTGTTGGTCTTIT_Ste_p_000049 1771 TTTAAAACGCTTAAAAGAGAGATTCATCCGTACTATATATCTTTCTTCAGTAGGTAGTCTATTCTTAGCAIT_Ste_0000402_ 1878 TCAACATGTACAAGTGCTGCATTTAAAGATTTAGTCACACCTGTTACATTTGCTGCTATGGGTTCATTTTIT_Ste_0000361_ 4248 TTTGTTTTTTGGTGGTTCATTAGAGTTAGCTCTTAAAGAAGTATGTACAATTGGTCTTGCTGATATAGTTIT_Ste_0000276_ 1614 ATTTTATATATTTGATAGCGTTTCATTAACTACAGCTATTCAAACAGCAAGTAAATGTGCTTCTCTTGCCIT_Ste_0000262_ 2204 AAAAACTGCTGCGGCAACATATTTTACACACGGTTATCAAGTTTGTGTGTCTCATATGACAATATTTAATIT_Ste_0000244_ 3551 TATATATAACATGTTTAATTCTATTACTCTAGGGGAAGCTGTTAAGGCAGGCGGTGGAATCTGTGTAAGTIT_Ste_0000242_ 1471 TCATTGTGAATCTATGGTTGCAGCTATTAAGACAGGTAGTGGAGTGTGTGTTAGTGGTCTTACAGATTTTIT_Ste_0000204_ 2741 ACTTCATCAATCAACTATGATTTCAACTTTTCAATGTGTTAGTAAATGTACAGCTGCTGCATCTCTCGATIT_Ste_p_000020 5040 CTTAATATAACTAATATGTTTAATTCTACTCTTCTAAGTTCAGCTATTAAAGCAGGTGCTGCAGCTCTTAIT_Ste_0000177_ 5963 TTTAGCTGTGAACTCATTAGGTACAGTAGGTTGTTCTGCTGATTTAGCTGGAACTGCTGCAGGTTTTGCTIT_Ste_0000177_ 8000 TATATATAGTATGCTTAATAGTGAATCTATGATTGCAGGTAGTGCAGTTTGTGCTGCTGATTTAACAGTAIT_Ste_p_000016 1048 TCATGTTAGATATATAACCAAAATAACAAAAGAGGGACAACAAAAATATCACGACTCTTAGCACAAACACIT_Ste_0000095_ 3105 ATCTAATATGTTTAATAATGCATCTATTGTTGCAGCTCTTCAAAAATGTGGTGTCTTGGTAGCTACTAATIT_Ste_0000095_ 3527 GTCTAAGCTCACAATATTTAATATGTTTAATTGTACTACTCTAGATGCAGCTCTCAAAGGAACTTCATGTIT_Ste_0000068_ 5464 ATCAACTACCTTACTGGCTTAAACCCACCTTATAATGCTTACGTATCCTCTGTCAATATAATTAATATGTIT_Ste_p_000006 138 AGGTTCTTGCTGGTGTATATTTTTTTTTTATCTCTTCTATTGAGAATGCTGCTGTTCCTATTTTTAGTCTIT_Ste_0000045_ 2033 TGCAGCTATAGAGGCAATTATGACTACTTCTAGTGCGACTATTATTACTAAACTCACAAAATCACTTTTTITvar4_E_var2CS 4427 TGTAAAGACAAATGTAAGAAATATTGTGAATGTGTGAAGAAATGGAAGACCGAATGGGAAAATCAAGAAAITvar4_E_var2CS 5780 AAAGTAAAAGATGTGATAACGAACTGTAAGTCGTGTAAGGAAAGTGGAAACAAATGTAAAACTGAATGTAITvar4_E_var2CS 1573 AAAAAAATTATCGAAAAAGGAACACCTCAACAAAAAGACAAAATAGGTGGTGTTGGTAGTAGTACAGAAAITvar4_E_var2CS 3422 ACGATGGATAAAAGAATGGGGAACAAATGTGTGTATACAAAAACAAGAGCATAAAGAATACGTTAAATCAITvar35_A2_var1 4024 CCATGGTAGAGAACAAAACCGATTTGATGAAGATGAAGAATCTGAATGTGGAAATAAAATACGTAATTATITvar35_A2_var1 195 AAAAAAGCGGAAGAAAAGGATACGGAATGTAAAACAGTGAATGATATACTTAAAGAAAACGATGGAAAGAITvar35_A2_var1 1289 TTTGAAGGATGTGCAGGAAAAATGTAAGTCAAATGACCAATTGAAGTGTGATACAGAATGTAATAAGAAAITvar35_A2_var1 1503 AAGTGGAAAACTGAATATGAAAGACAAAGAGAAAAGTTCAAAAAGGATAAAGATGGCAAAAAGTATAAGGITvar35_A2_var1 2884 ACTTTTTAGAAAAGGAAGAATGGATGGATTTGAACGCATAACATTAATACAAGATAAGTGTGGACATAAGITvar3_A1_0 4728 TGTTTTGGAAGATATTGGTAAAGGAATAAAAGATAAAGTAACAAAGGGTGCAGAAAAACGTGGTAAATCTITvar3_A1_1 1212 AGTCAAGGAAAATTGTTAGGAAAGAAATATAGTAACTACAGTAATGAAGCATATGAGGCTATGAAGTTCAITvar9_A1ST_0 2956 CCTGTTACGGAAAATGAATGGAATTCTAATAACAGATTACCTACAGACACATCTACGAAAAATTTAAATGITvar9_A1ST_1 1098 GACAAATATAGTAAGATTTCTGGTCGTAGTAATTGTTGTGGTCTAAACAGTGATGCTAAAAAAAACAAGAITvar9_A1ST_2 2588 ACGACAGAAAAAAATTTGAAAAAAATATTTAAAAGTGAAAGCAATGAAGGTAGTCAAGGGCGCCAAACATITvar9_A1ST_3 1101 AAACCGGAAAAAGTCAATGACCAAAAAGTCAACGGGAAAGAAAATGATGGTACATACATTATACAAATTAITvar18_A1_0 1797 CGAAGCGTATTGTAATAGTGATAAAATAAGAGGTAATGAAAATAACAGAAATGATGGTACAGCATGTGTAITvar18_A1_1 4399 GGTACTATCAAAAACAAAAATCCTGAAATCCAAGGAAAATATAAGCATATTGATGATGAAAAACACACTCITvar18_A1_2 632 GAAAAAACAAAAGATGAAAAAGACAATAAAAAGAAAGAGTGGTGGCATGAAAATAGTCCTAGAATATGGGITvar18_A1_3 2532 CAATGAAAAAGGATATATTCAGGATTGTAAGGAACAAAAAAATTTCAGTAATGATGACGGCGACAACAAAITvar18_A1_4 4177 TGAGAAGTCGGTTGGATGTAATTGTCATGGGAGATCGAAAAAGGAAAATGATAAAAATAATGATGTTATA

ITvar22_A1_0 112 TCTGAGAATAATGGATGTAAAATGGAAAAAAAGAATGCAAACCATACGCCCGAGGTTAAAATAACAAAATITvar22_A1_1 3170 GAAAAAACAATGGGATGAACAAGAAAAGAAATATCAGGAGTTATACAGAAAAGCAACACAAAATGGTAGTITvar22_A1_2 1502 AAATATAAACAAGGTCTTTAACAATAAAAACGGCCTCCAGAAAGAAAAAGATAAATCAAAACGTGTAGCTITvar22_A1_3 2867 AGAACACAAAGCGAAAAATTTGATGCAGATAAAAAAAACAAAAAATATGAGAAAGATCCTGCAGCAGAAGITvar22_A1_4 4680 GAGAAACAATCAAATGCATATACTGAACAACAAAAAAAATGCCAATCGAAAAGTGAGACTGCTAAAGAATITvar2_A1_0 500 AATTTTATCACCCTTTTTCTAAAGAAAGACCTTACTATAAAAGTGCCTGTGATCTTGATTATGCTTTTCAITvar2_A1_1 1548 ATGAAAAGTTAGATAAGATGAAAGAACCTGATGGATGCAATGAACCTAATAAATCCAATGGAAAATCATGITvar2_A1_2 674 ATGATAAAAAAAAAGATGCAGGAGGAGAACAAAAATCATCAGACGTAGAAGCCCAAAATCAATTAGAAAGITvar2_A1_3 1685 AAAAAAGTTTTAACGTTACCGAAGTTATTCAAGATAAGGAGAATCCTATTGATGTACATATGCTTGTCAGITvar2_A1_4 432 TGTAAGCATGATGATCAGAATTGTAAGAATTGCAGAAAGGCTTGTGATGAATATTGGACAAAAATTCAAAITvar60_A1_0 3137 AAGGTCAAAAATTTGAATGTGGTAATGATAAAATAATTGGTAATAGCGATAAATATGGATCCTGTGCTCCITvar60_A1_1 164 CGTGAAAAAAACAAGAAATGTAAAGAAGCGTGTGAACATTTTAAAGAGTGGATAAAAGGATGGAAAAATCITvar_NEW6p_Up 1897 AAGTTAAAGGTGACAAAACCTGCGGAAGTGCAAAAACAAAGACATACGATCCTAAAAATATTACCGATATITvar_NEW6p_Up 1887 TCAAATGGTTTTAAAGATGACTTGAAAGGAGATTTGAACACAGCAAATGGTCATACTTCGGAATTAGTTAITvar_NEW6p_Up 2724 AAGTTAAAGGTGACAAAACCTGCGGAAGTGCAAAAACAAAGACATACGATCCTAAAAATATTACCGATATITvar_NEW6p_Up 5694 AAAAACAAAAACCTAAAAATGGTGACAAAGACCTTAAAACTTTGGTTACAGATATTTTGAGTGCCTTGCAITvar_NEW2_Ups 6890 AAAAGTAATGGAGAATTTCAAGAGAAACCTGAAACGAAAAGTGGTGAATGCGATGGTAAAAAACCTTATAITvar_NEW2_Ups 1517 ATATAGTGAGTAAGGCGAGTAGTGAAGAGCACAAGAAGGCTATGGAAAAAATAAAAGAGAATATAGAAAAITvar_NEW2_Ups 1618 GCATAAAGATATAATTGATAAATGTAAACACCAACAATTCGAAGAAAGTGTTGAAACTAGTGGCGAAAACITvar_NEW3p_Up 4050 GAAGCTAAAAAGGAAGACTGTTCACAAACAAAGATATACAATGATCAAAAAAAAACGGATATACCAATACITvar_NEW3p_Up 4972 AAGAAAACATGTGGAAAACAAAAATGCAAAGGTGAGTGCGATTGTTTCCAAACAAGGATTGAAAAAAAAAITvar_NEW4p_Up 1161 TAATTGGAAAAGACGTGTACGAAACAGTGAAAAAGGAAGCTGAAACATATAAAGGTGAATTGGAAGGAAAITvar_NEW4p_Up 2686 AGCAAAAAAATTTGGGGGAGGATGCAGGTTTTATCAACTTTTCTCCTTATTATATTCTTGAAGAGAATTTITvar_NEW4p_Up 4239 TAGCTCTAAAACAAAAAAAATATCGCAAATAATAGAAGAAATGTTAAGCGAACAAAGTGGCACAACTCCTITvar_NEW4p_Up 6609 ATAAATTGTAAAGAAAATGGTAATTGCAAGCGTGATACAGAAAACAAGTGCAATAGCAAAAAGGGAAATGITvar_NEW7_Ups 8434 TGGTGGATGGAAAGCTAAAAGTGATGGTGAATGTGCAAAGGAAAAAAAGACGTACAAAAAAAAAAATATTITvar_NEW7_Ups 1542 GTAAAAGAAATAAAAGACATTAACCAAATGTTGGAAAAGGAAAATGAAGAAAATGAAGGAACAGCTGGTGITvar_NEW7_Ups 2105 TGTATGAATAATAATGATGCATCTCCATGTATAAAAGGTTGTGCATTAGAATGGTTAAAGAAGAAAAAGGITvar_NEW5p_Up 4012 AAAAATGGTGCTGATGGTACTGGTGCTAGTGGTGATGCTAAAAATTATATTGATGATTTGAAAGGAAATTITvar_NEW8_Ups 682 CACGAGATTATCCAAAATATCAACAAAAATATGTTAATTCTGGTTCTACAATATGTACAGTATTGGCACGITvar_NEW1_Ups 2274 GAAAGTTTTACAGGGGAAGAAGACGTTAGGTCCTATTATTCATTTTTTTATGGTTCGATTATTGATATGTITvar_NEW1_Ups 5016 AACAAGAATTAAAACGATTGCAGGAAAAGTGTGAAAATGTGACATGTAATGGTACAGATGAACGTAAAAAITvar_NEW1_Ups 922 CTAATACTAGAACTACAGCAAAACTAACTGAATCTACTGCACATGAATATATAAAAGCAAAATACCCTACITvar46p_UpsB1_ 2209 CCATTTTAATAGACGACCGCATGATAATGGAAATGATATTAAGTCTAAAGTTAGAAATTTTTTGGAGACCITvar46p_UpsB1_ 4086 GTGAACAAGAATTAAAACAGTTGAAGGACAAATGTAAGAATGGGATATGTAAAATTACAGATGAAGGTGAITvar46p_UpsB1_ 1511 CAGTCACTAAATAGTCAATACGATATGAATTATAAAGAAACCAAAGCAGAAAAAAAAGAATCCCCAGAATITvar23p_1 3044 ACGCAGAACAATGCAAAAAAACTCAAGAAGATTGCAAGAATCAAAAAAAACAACAACAACAAGAACAAGAITvar23p_2 4680 AAAAAAATAATAGACAAATGTACAGAAAATGGAGGAAAGACATGTAACGGACAACCTAAAAACGATTGTGITvar30p_probab 500 TAAACCGAAAAAAGTCAATGGGGAAACAGTCACTAAGGAAAAAGATAATGGTAAACACATTGTACAAATTITvar51p_UpsC1_ 1548 GAACGTCAAAAAGTAATCGCGTGTTCTAAAAATGGTGGTGGTGATAATAATTGTTGTAATGAAATAGAAA

The table here under shows all oligos specific to HB3/IT/Dd2 VSA. “Oligo site” indicates where the oligo is located in the gene sequence. OligoID corresponds to the supercontig where the gene is found. A gene ID conversion table can be found in supplementary table 5.

CAAATAGAAAATGTGAAAAGCGCCTGCAAAGCGATAAAAAATGTAAAAAAGAAGAACGAGATCGTAAAAAACTAGATGGCATCAAAGGAAATGACAAATATACTCAAGATGAAAACAAAACGCCCAAATATAAACAATTGAGGAAGAAATAAAGAAAGCATGTGAAATAGTGGAGACACTTATAGCAAAAAATAATGATGGAAATACTGCGAGATATATTATGATGTCAGACGTTTTTTGGAGATGATGCAACCGGAAAGTGAAGTTAAAAAAGTTAAAAGGAGTGAAAAAGGTAAATAATGGTAACAAATGGGAAGAGAAACATGGTAGTAATGTATGCAAGAATATAAGAACCTTTTGAAGAAAATCAAAGAAGAAACGGGCGAATACCATTACAAAAATGTCAAACTTAAAGACGAAATGCTAATTGTAATGGTGATAAGAAAATTGGCTGCAAAAGTAAAACGCATATTGACGTAAATGATTTTCACGAAAAGAAAAGTAATGGAGAATTTCAAGAGAAACCTAAAAAGAAAAGTGGTAAATGCGATGGTAAAAAAAGCACAAGAAAACGTATATAACCTAAAAGATGACAACGACGAAGCACAAACCAAATTAAAAAATGGTAATTATATAATTGAAAAAGAGTGTAAAGTAGAAGCAAATAGTGGTACTCGTCGTAAAAATGGTACAAAAACCCACTAATTGAAAAATGGCAATGTTATAAACATGACTATGTAAAGGAAGTTGGAGAGAAAGATGAAGATGACATACGACTACGACAAAGTCACAATAAATAGTGTTGGTCCTAATGGTGATAGTACCTCTTTATTAAATTTTAGGAAATTGCAAAGAAATTAAGGGAAGATGCGGAACGTGCTGTAGAAAAAATGAAAGATAATAAGTTGAATATGTTGGACACTACATCATCCAGACAGATAAACAAGAGATTAACAGAATTACTTAACGCTTCAAAAAATTTTGCCAAAAAGAATATGATGAATCTTTATATGCAGCATGGAAATGTTATAACGATGTAGAGAAAGTTAAGAAAAACAAAAAAGTAAAGCAGAAGCAGATGGTGGAACGGAAAGTCAAAAGAAGAATACAATTGATAAATAAAAAAATAGTTGCAAAGGTGATGAAGAACAGAAGTGCAATGGAAGAACATCTATTACTAAGGATGATATAGAGTAAGAGAACATAAGTTGAAAAAGATTAAAGAAGCGTGTCGTGGGAAAAATGATGAAAAAGATTGTAACAAAGAAGAAAAAAGGAGATAAACTCATTGAAGATAATGAAAAACACAAAGAGTGGTGGAATGAACATGGTAAGGATGTGATCCAAAGTAAATCTGAAGAAACAATATGTAGAGATGATAAAAGGGTAGATTGTAACAAAATGCGTTTGGTCAGCAATGAAATGTGGTTACAACGAAGGAATAAAAAAGGGTAATAAGAGTAATAATATAAACTTATCAAGAAGAAGACCAAAACCATTAGAAGAAGGAACACAATCGTCGATAGCAACTAAAACTATTAATAATAATGGTGGTAGTGGTAACAAATGGGAAGCTAAAAATGATGAAAAATGCCAGCCTATAAAACTTTAAAAACGACATCTTGATTCAAAAAACAAGTAGTGGTAGTGACAAAGAAATGCAGGAAAGAGAAGAGAAAAAGGAAATTGCAAAGAAATTAAGGGAAGATGCGGAACGTGCTGTAGAAAAAATGAAAGATAATAAGTTGAAAGGAAGAATAAGTTTACCTCAATGTGCTAATGCATGTGCACAATATAGAAGTTATGTATGGACAAAAAAAGGTGAGAAAGACAAATGGTAATGAATGGGAAAAGAAAAAAGAAGATGATAAATGCAATAGTGGAAAACTTGGGAATGATATAGGTAGAAATATGGATGAAATAGAAAAAAAAATAAAGGATGTTTTCAGAAATGGTGGGGGTACCTAGATCACGACCAAAACAACGAAAAAAACAAAAACGACAAATAACCCCCAAGGAATATAGATTAAAAACGTTAACAACACAACATGGACAACATCAACTAACTTATCCTGATTCTCATTATGAAATATGTACTGAGTGAGTGCAAGTGACAAAGACAGTATGCAAAAAAACCTTACCGATAAATATAAGTACAAAGAAGTTAAATGTGAATGTAAAACGTCAAAAGAACATGACGATAAAGTTAATGACCTAGATAAATGTCCAACTGAAGAAAATATGGAAGAGATATGTTAATACCACGTAGAAGACGAAAAATGTGCCTTCAAAATGTAACTAGAAAACATTATAGTATAGGGAAAAAAGTGCATGACGAAGTGAAGAATGGTGAGGCTAAAACATATGATAGTTACTTGAAATTACTACAACATGAAGATAAAGATGCCAAAGAATGCCTACAAAAACAGAATGACTGTAACAAACAATCAAGGAAATTGCAAAGAAATTAAGGGAAGATGCGGAACGTGCTGTAGAAAAAATGAAAGATAATAAGTTGAAAATGTATACAATTAATAATTCCAACTAAACGAAAAGAAAAAGAAGAACCAAAAAAACCTGTACGCCCACCCTCTATGTGGGGTCCAAAATAAAGGTAATAAGGAATGGAAAGAGAAAAATAATGATAATTGCAAGAATATTTCTGAAAAGAATGACACAGTGCAAACACAACTTACCAATAAATACGACTACAATAACGTCACATTTAAACTGAGGAAGCCAAAAAAATTTTTGATAACGAAATGAAAGAAGATGATATATGGGGATGTACTGGTAATATAATGTAAACAATCTGTAATTCCAACTGAACGAAAAGAACAAAAAACAGATAAAGATCCTGAAGAATCACCCATGACCAAGTTAAAAGTGAAGCTGAAGCATATAAAAATAAATTGAAAGGAGATTTGTCACTAGCAACATACAACAGGTGGAAAAAATTAGAAAACTTTTGCAAAATAAAATGGACAATGAAATTAATGCTGCGAGAACGTGTATGTAAATCGGAAAAGGGTAATGGGGAAAAAGTCAATGGGCAAAAAGATGGTGAAAAACACATTATACAAAAATACGAAGAGGAGATCAATGAAAGCAAACCTAGTGTTAAATCAGAACATGGAAAATATAATAAAGAGTCAAAATAAAATATCAATACTATCTGAGGAAAATGACAAAGCAACTGTGTGTCGTGCGATGAAATATAGACAATTAATAAAAAAATAAAACAAATTTTAAACGGTAACACATCTAGTCGCACACATGGCCAACAACCTTATATATAATTAAAAAAGATTGTAAGGTAGGTGAAAATGGTGATCGTCGTGGTGGTGGTATAACAAAACATATACTAAAGAAATATGAAAAGTTCTGTGAAGATACTAATGGTGAAAGGGCTAATCAAGTTACAAGTTGGAAAACAAAATGCCAATAAATGTGTAGAAAATAATCCATATAAGGACTGCCCCAAAAAACCACCAATAAAC

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The table here under shows all oligos specific to HB3/IT/Dd2 VSA. “Oligo site” indicates where the oligo is located in the gene sequence. OligoID corresponds to the supercontig where the gene is found. A gene ID conversion table can be found in supplementary table 5.

The table here under shows all oligos specific to HB3/IT/Dd2 VSA. “Oligo site” indicates where the oligo is located in the gene sequence. OligoID corresponds to the supercontig where the gene is found. A gene ID conversion table can be found in supplementary table 5.