SIMDCAT-PD

Estandardització de les imatges de Patologia Digital utilitzant l’estàndard DICOM

SIMDCAT-PD

AUTORS NOM Entitat

RESPONSABLE DOCUMENT

Ariadna Rius Fundació TIC Salut Social

PARTICIPANTS David Rodríguez Fundació TIC Salut SocialMiquel Martí Fundació TIC Salut Social

PATROCINADOR Francesc García Cuyàs Fundació TIC Salut Social

Versió Realitzada per

Revisada per Data Revisió Aprovada per

Data Aprovació

Comentaris

1.0 David Rodríguez

22/02/2018

2.0 Ariadna Rius

01/03/2018

2.1 David Rodríguez

19/03/2018

2.2 Ariadna Rius

24/03/2018

2.3 David Rodríguez

28/03/2018 Correcció numeració apartat 5

2.4 David Rodríguez

01/10/2019 Acceptació de canvis

1

Versió 2.401/10/2019

SIMDCAT-PD

Índex

1. Introducció.................................................................................................................................................. 3

2. Conceptes clau............................................................................................................................................ 52.1 Anatomia patològica..............................................................................................................................................................52.2 Patologia digital......................................................................................................................................................................6

2.2.1 Avantatges de la PD......................................................................................................................................7

2.2.2 Continguts de la PD.................................................................................................................................................7

3 El repte...................................................................................................................................................... 10

4 Estàndards internacionals relacionats amb la PD........................................................................................124.1 HL7 124.2 DICOM..................................................................................................................................................................................124.3 SNOMED CT..........................................................................................................................................................................144.4 IHE 14

5 DICOM per PD........................................................................................................................................... 165.1 La mida de les imatges.........................................................................................................................................................175.2 La metodologia ....................................................................................................................................................................175.3 Compressió de les dades......................................................................................................................................................205.4 Els serveis DICOM.................................................................................................................................................................21

5.4.1 Modality Worklist.......................................................................................................................................21

5.4.2 Modality Performed Procedure Step..........................................................................................................22

5.4.3 WADO.........................................................................................................................................................22

5.5 La patent del mètode...........................................................................................................................................................23

6 Eines compatibles ..................................................................................................................................... 246.1 Leica Biosystems Imaging.....................................................................................................................................................246.2 Osimis................................................................................................................................................................................... 246.3 Orthanc................................................................................................................................................................................256.4 Pathomation.........................................................................................................................................................................256.5 Hamamatsu..........................................................................................................................................................................256.5 Altres eines o projectes........................................................................................................................................................26

7 Grups de treball......................................................................................................................................... 27

8 Conclusions............................................................................................................................................... 29

Annex I: Solucions existents per a la representació de PD...................................................................................31

Glossari............................................................................................................................................................. 33

Bibliografia........................................................................................................................................................ 35

2

SIMDCAT-PD

1. IntroduccióDins del marc del projecte SIMDCAT (Sistema d’Imatge Mèdica Digital de Catalunya) s’ha detectat la

necessitat de representar i compartir, de manera estandarditzada, les imatges diagnòstiques de

l’àmbit de la patologia digital. Per assolir aquest objectiu, es proposa utilitzar l’estàndard DICOM, que

permet compartir, emmagatzemar, processar i visualitzar imatgers digitals en un format normalitzat.

El paquet de treball SIMDCAT-PD consisteix en analitzar el suplement 145 de DICOM, específic per

l’àmbit de la patologia digital, per al seu ús dins el projecte SIMDCAT.

Les tasques que s’han dut a terme al paquet de treball inclouen: la comprensió del domini de

patologia digital; l’anàlisi de l’estat de l’art dels estàndards existents, tant sintàctics com semàntics,

de representació i compartició d’imatge digital; l’anàlisi de les característiques de DICOM per

anatomia patològica digital; la identificació dels punts forts i punts febles de l’estàndard; i la

identificació dels grups de treball relacionats amb aquest àmbit.

Aquest document no aborda l’ús que es farà de la imatge digital, ni quines n’han de ser les

característiques de visualització, sinó que es centra en especificar les característiques de l’estàndard

DICOM, i del suplement 145, a utilitzar per a la seva compartició i representació.

L’encàrrec de servei i el projecte SIMDCAT estan integrats en l’execució de la línia 10 del Pla de Salut

de Catalunya 2016-2020.

El present informe està estructurat en els següents apartats:

Introducció: Relació de les parts i de l’objectiu del document.

Conceptes clau: Definició de termes directament relacionats amb l’àmbit de la patologia

digital, i/o que són d’especial interès per a la comprensió del present informe.

El repte: Explicació de les dificultats a tenir en compte a l’hora de treballar amb imatges de

patologia digital.

Estàndards internacionals relacionats amb la PD: Recull d’estàndards internacionals

identificats, relatius a l’anatomia patològica i/o a la patologia digital.

DICOM per a PD: Definició de les característiques de l’estàndard DICOM per a la

representació i compartició de la imatge diagnòstica de patologia digital i del suplement 145.

Eines compatibles: Menció d’algunes eines que són compatibles amb l’estàndard DICOM.

Grups de treball: Relació dels grups de treball relacionats amb la patologia digital a nivell

internacional.

3

SIMDCAT-PD

Conclusions: Detall de les conclusions a les quals s’ha arribat a partir dels anàlisis realitzats ,

incloent un llistat d’avantatges i inconvenients d’utilitzar l’estàndard DICOM.

Glossari: Relació de sigles i acrònims que apareixen en el document.

Bibliografia: Fonts d’informació externes utilitzades en l’elaboració del present informe.

4

SIMDCAT-PD

2. Conceptes clauA continuació es presenten els principals conceptes relacionats amb la patologia digital, i que són

d’especial interès per a la comprensió del present informe:

2.1 Anatomia patològica

L’anatomia patològica és la branca de la medicina que estudia l'efecte de les malalties sobre

l'estructura dels òrgans del cos, tant en el seu conjunt com a nivell microscòpic. El paper principal de

l’anatomia patològica és identificar anomalies que poden ajudar a diagnosticar malalties, i

administrar-ne el tractament més adequat. Malgrat que un dels usos més freqüents de l’anatomia

patològica és ajudar a identificar i administrar diversos tipus de tumors o càncers, també n’és pròpia

l’avaluació d’altres afeccions, com ara malalties renals i hepàtiques, trastorns autoimmunitaris o

infeccions. De fet, en la majoria dels hospitals, tots els teixits eliminats durant la cirurgia han de ser

examinats per un patòleg.

Cal diferenciar l’anatomia patològica de la patologia clínica (medicina de laboratori), que tracta per

exemple la mesura dels components químics de la sang i d'altres fluids corporals (química clínica),

anàlisi de cèl·lules sanguínies (hematologia) i identificació de microorganismes (microbiologia).

Figura 1. Mostra de teixit sota el microscopi.

Hi ha dues subdivisions principals dins de la patologia anatòmica:

Histopatologia, que implica l'examen del teixit intacte sota el microscopi. Sovint va

acompanyada per l'ús de tècniques de tinció especials i altres proves associades, com ara l'ús

d'anticossos per identificar diferents components del teixit.

5

SIMDCAT-PD

Citopatologia (citologia), que és l'examen de cèl·lules simples o grups de cèl·lules. Una prova

de citologia comuna és la síndrome de Papanicolau cervical. Els exemplars són processats per

metges assistents i tècnics i després examinats sota un microscopi per un patòleg. El patòleg

dóna el diagnòstic definitiu, que s’utilitza per a decidir el mode de tractament més adequat i

la gestió del pacient.

2.2 Patologia digital

La patologia digital (en endavant PD) és un entorn dinàmic basat en la imatge que permet adquirir,

gestionar i interpretar la informació patològica generada a partir d'una diapositiva (preparació) de

vidre digitalitzada.

Amb l'aparició de les anomenades Whole-Slide Imaging (en endavant WSI1), el camp de la patologia

digital ha esclatat i actualment es considera una de les vies més prometedores de la medicina

diagnòstica per aconseguir, de manera encara més ràpida i econòmica el diagnòstic, el pronòstic i la

prevenció de càncer i d’altres malalties.

La patologia digital permet als patòlegs participar, avaluar i col·laborar de manera ràpida i remota,

amb transparència i coherència, millorant així l'eficiència i la productivitat. L’evolució de la patologia

digital podria incloure recerques traslacionals2 millorades, diagnòstic assistit per ordinador (CAD) i

medicina personalitzada.

La taula següent mostra les característiques de la imatge patològica digital en comparació amb la

radiològica:

Imatge radiològica Patologia digital

La representació és digital La representació es basa en dades

analògiques que es digitalitzen.

Fitxers amb mides adequades a la

infraestructura actual

Fitxers de gran mida que suposa un repte

per a les infraestructures actuals

Coneixement estès en quant a la

interpretació de resultats

Coneixement no tant estès en quant a la

interpretació de resultats

Els costos són menors comparats Costos addicionals respecte les

1 També conegut com a “digital slide” o preparació digital.2 La recerca traslacional en l'àmbit biomèdic s'entén com l'aplicació dels coneixements bàsics que s'adquireixen en el laboratori de recerca a la pràctica clínica, amb l'objecte de millorar l'assistència mèdica. Aquest tipus de recerca és un element necessari per a l'èxit de qualsevol estratègia que es proposi millorar la salut dels ciutadans a través de programes específics.

6

SIMDCAT-PD

amb els analògics adquisicions analògiques

Experiències existents en detecció

assistida (per exemple en

mamografies)

Experiències existents en projecció

assistida (per exemple en citologies)

2.2.1 Avantatges de la PDLa patologia digital està guanyant impuls ràpidament com una tecnologia provada i essencial gràcies

al suport específic que existeix per a l'educació, la investigació sobre teixits, el desenvolupament de

fàrmacs i la pràctica de la patologia humana a tot el món. Es tracta d'una innovació compromesa amb

la reducció de les despeses de laboratori a nivell general i la millora de l'eficiència operativa, de la

productivitat i de les decisions de tractament i l'atenció al pacient.

Alguns dels avantatges de la patologia digital són:

Diagnòstics més ràpids.

Mesures més fàcils i precises.

Millor visió general dels teixits.

Inclusió de referències externes a imatges i informes.

Preparació més ràpida, i disponibilitat independent a la localització física. Adequada per a la

mostra d’imatges en les reunions multidisciplinars (MDM).

Facilitat per afegir-hi anotacions.

Major facilitat per a realitzar captures instantànies.

Major facilitat per a la cerca de diapositives o arxius.

Consulta més ràpida i senzilla.

Revisió més ràpida.

Possibilitat de diagnòstic digital remot (inclosa la consulta).

Permet treballar sense papers.

Millor ergonomia.

Facilitats per a la docència.

2.2.2 Continguts de la PDEl contingut de les patologies digitals consisteix principalment en dos parts:

Les imatges

Les anotacions

7

SIMDCAT-PD

Però per gestionar i distribuir el contingut en el seu conjunt, cal una part addicional: L'estructura de

connexió i transferència de dades.

Les imatges

Les diapositives amb la mostra es digitalitzen a través de l'escaneig i la fotografia digital. La resolució

d’aquestes imatges d’anatomia patològica digitalitzades generalment oscil·la entre dècimes i

centenes de milers de píxels de dimensió, la qual cosa n’augmenta la mida considerablement.

Aquesta característica pot fer que la gestió de les imatges no sigui eficaç, i en dificulta la compartició

online.

Figura 2. Detall digital de la imatge de patologia digital, en comparació amb la resta de la imatge.

Les anotacions

Les anotacions en la patologia digital consisteixen en:

Comentaris textuals.

Textos específics del domini semi o completament estructurats en XML.

Enllaços que fan referència a:

o L’Espècimen inicial

o La diapositiva

o La imatge

8

Detall de la imatge digital

Vista de la diapositiva sencera

SIMDCAT-PD

o Una o més Regions d’interès (ROIS; Region Of Interest) dins de la imatge.

9

SIMDCAT-PD

3 El repteMalgrat la patologia digital pot millorar significativament els fluxos de treball de la imatge digital,

també és necessari tenir en compte els reptes que implica la seva gestió. Les WSI realitzades

mitjançant la digitalització de diapositives de microscopi a la resolució de diagnòstic, són molt grans,

fet que en dificulta l’emmagatzemament i la compartició. A més de la gran mida de les WSI, les

característiques d'accés d'aquestes imatges són diferents a les d'altre tipus, i que actualment ja

s’emmagatzemen en sistemes PACS, de manera que cal dissenyar una estratègia

d’emmagatzemament i recuperació que ho tingui en compte.

Avui en dia l'ús eficient dels sistemes d’imatge digital encara és un repte, sobretot pels aspectes com

la mida de les imatges microscòpiques, la velocitat d'escanejat, la qualitat de les imatges, o la falta

d’experiència. Els patòlegs necessiten tenir una navegació fluida quan estan consultant les imatges,

ja que volen poder fer zoom, focalitzar en les parts rellevants, o avançar cap a la següent diapositiva

d’una manera àgil i ràpida.

A més a més, el nombre de fabricants i models d’escàners de preparacions digitals és molt elevat i

sovint cada fabricant utilitza el seu propi format de fitxer o el seu propi sistema de comprensió, ja

que les preparacions digitals són imatges molt complexes, que sense comprimir poden arribar a tenir

un grandària superior als 15GB.

Degut a aquestes característiques, és necessari definir normes d'alt nivell que indiquin quin és la

informació bàsica que ha de contenir una preparació digital i com poden transmetre’s entre diversos

sistemes, encara que siguin de diferents fabricants.

Actualment s’utilitzen diverses tècniques de programari (en la majoria dels casos són propietàries)

per a proporcionar una gestió eficient de les imatges, com per exemple:

El format Overlapping tiles, que consisteix en una representació basada en diferents rajoles

d'ampliació superposades a l'espai d'imatges.

10

SIMDCAT-PD

Figura 3. Overlapping, o rajoles superposades

L’àmpliament utilitzat "Format piramidal" (Pyramidal Format), que consisteix en versions

escalades pre-computables de l'escaneig original.

Figura 4. Format piramidal

Existeixen diferents formats per emmagatzemar els arxius, com per exemple Leica SCN, 3D Histech

MRXS, Hamamatsu NDPI, Aperio SVS, Olympus ZVI o TIFF, entre d’altres. Els formats de compressió

més freqüents són el JPEG, JPEG2000, PNG, LZW i DEFLATE. El colors estan normalment codificats en

RGB i en escala de grisos.

11

SIMDCAT-PD

4 Estàndards internacionals relacionats amb la PDA nivell internacional s’ha realitzat un treball intensiu d’estandardització de patologia digital,

destacant els principals estàndards sintàctics i semàntics següents:

Health Level 7 (HL7) per a l'intercanvi de missatges i documents,

Digital Imaging and Communication in Medicine (DICOM) per a l’emmagatzemament i

l’intercanvi d'imatges,

Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms (SNOMED CT) per unificar termes

clínics.

Integrating Healthcare Enterprise (IHE) elabora documentació i bancs de proves per

optimitzar l'ús dels estàndards prèviament indicats (HL7, DICOM i SNOMED CT).

4.1 HL7

HL7 és un conjunt d'estàndards per facilitar l'intercanvi electrònic d'informació clínica, utilitzant una

notació formal de modelatge (UML) i un metallenguatge extensible de marcat amb etiquetes (XML).

HL7 també és essencial en la gestió d'imatge en patologia, doncs gràcies a aquests missatges

normalitzats és possible identificar i traçar correctament les mostres i els pacients, normalitzar

l'estructura dels informes d'anatomia patològica usant l’Arquitectura de Documents Clínics (CDA) i

comunicar el sistema d'informació de patologia amb altres sistemes d'informació.

Actualment existeix un grup de treball d’anatomia patològica que té per objectiu desenvolupar i

revisar les guies d’implementació dels estàndards HL7 per adaptar-les a aquest àmbit. No s’ha trobat

cap actualització de l’estat del treball del grup des del febrer del 2015, que és quan es van publicar

les últimes minutes a la seva pàgina web: http://www.hl7.org/Special/committees/anatomicpath/

4.2 DICOM

L'estàndard DICOM (Digital Imaging and COmunication in Medicine) és un estàndard internacional

que defineix els formats de les imatges mèdiques que es poden intercanviar amb les dades i la

qualitat necessària per al seu ús clínic. És un dels estàndards de missatgeria de salut més estès al

món i més àmpliament implementats.

12

SIMDCAT-PD

Figura 5. Visor DICOM

Els fitxers DICOM estan composts per:

Capçalera, que conté dades del pacient, tipus de prova, dimensions de la imatge, dades del

dispositiu.

Cos, que conté dades clíniques de la imatge i la pròpia imatge.

Aquest estàndard agrupa tota la informació en un únic fitxer, i està suportat per múltiples sistemes

com: Radiologia simple, Ultrasons, Tomografia computeritzada (CT), Imatge Mèdica de Resonància

(MRI) , etc.

L’estàndard també serveix per connectar-se als grans repositoris d'imatge centrals PACS

(Picture Archiving and Communication System) dels hospitals per realitzar una gestió eficient

d'imatges i de les dades de pacients associats a les mateixes.

Actualment existeix el grup de treball GW26 de DICOM, que ha elaborat el suplement 145 de

l’estàndard (publicat al 2010), el qual té com a objectiu donar suport per a l’estandardització de

l’anatomia patològica digital i en enumerar una sèrie de recomanacions, tenint en compte

l’experiència i els bons resultats obtinguts en l’ús del DICOM en radiologia, i procurant ocasionar un

baix impacte en els PACS actuals existents.

En el següent enllaç es recopilen les minutes de les reunions que tenen els participants del WG26:

http://dicom.nema.org/dicom/minutes/WG-26/

13

SIMDCAT-PD

4.3 SNOMED CT

SNOMED CT és una terminologia clínica que permet representar, amb diferents nivells de detall,

conceptes de diferents dominis de l'àmbit de la salut com a diagnòstics, medicaments, procediments,

informes o variables clíniques. La seva estructura respon a una jerarquia múltiple, ja que cada

concepte pot tenir diversos fills i també més d'un pare.

En l’àmbit de l’anatomia patològica, existeix un grup d'especial interès en patologia (IPaLM SIG) dins

de SNOMED CT, regulat per SNOMED International (IHTSDO). El grup coincideix en què

SNOMED CT és la terminologia més adequada per representar els conceptes utilitzats en anatomia

patològica, tant per a tipus d'espècimens o topogràfics com per diagnòstics. A més, també s'utilitza

en els informes estructurats d'anatomia patològica del Col·legi Americà de Patòlegs i de IHE.

4.4 IHE

IHE (Integrating the Healthcare Enterprise) és una iniciativa d'empreses i professionals de la sanitat

(www.ihe.net), la finalitat de la qual és millorar la comunicació entre els diferents sistemes

d'informació sanitaris. D’aquesta manera, té per objectiu aconseguir la interoperabilitat dels

diferents sistemes i aplicacions utilitzats en l'àmbit de la salut, promovent l'ús coordinat d'estàndards

establerts com DICOM o HL7, i definint-los en un conjunt d'especificacions que formen un Marc

Tècnic.

Al voltant del 2006 es va iniciar el domini d’Anatomia Patològica (AP) amb l’objectiu de treballar

l’aplicació d’estàndards com HL7 i DICOM en aquest àmbit. Posteriorment cap a inicis del 2016,

aquest domini es va fusionar amb el domini de laboratori (LAB) per donar lloc al domini de Patologia i

medicina de laboratori (PaLM).

Al llarg d’aquests anys s’han anat definit perfils tècnics d’integració d’IHE per al circuit general en

anatomia patològica, relatius a l'intercanvi d'informació amb registres de tumors i per als informes

estructurats d'anatomia patològica.

A data d’elaboració d’aquest document, encara no tenen s’ha elaborat cap perfil3 que expliqui com

treballar específicament amb patologia digital amb les WSI, si bé actualment estan treballant en

definir el perfil que incorpori les recomanacions indicades en el Suplement 145 elaborat pel grup

WG26 de DICOM.

3 En el següent enllaç es pot trobar més informació de la problemàtica que presenta l’actual perfil de IHE i la proposta de solució: ftp://ftp.ihe.net/PaLM/iheyr1_2016/Brief_Proposals/Retrieve_multi-frame_image_David.docx

14

SIMDCAT-PD

Figura 6. Diagrama dels perfils del domini PaLM de IHE. La patologia digital encara es troba en fase de proves

de implementació, i actualment estan elaborant els “White Papers”.

L’activitat que s’està realitzant actualment en aquest domini es pot consultar en el següent enllaç:

http://wiki.ihe.net/index.php/Pathology_and_Laboratory_Medicine_(PaLM)#Current_Activity

També es mostra la planificació que tenen durant aquest any 2018, com per exemple la reunió del

grup WG26 prevista pel proper maig a Helsinki per tractar la patologia digital, o la publicació de la

versió 9.0 del marc tècnic PaLM pel Juny.

15

SIMDCAT-PD

5 DICOM per PDDesprès de realitzar l’anàlisi de l’estat de l’art dels estàndards existents, i en base a les necessitats i

reptes prèviament presentats, es conclou que l’estàndard més adequat per a la representació i

compartició de la imatge diagnòstica en patologia digital és DICOM, amb el seu suplement 145.

DICOM és l’estàndard internacional més popular per la imatge mèdica en general, i ja fa més de 8

anys que es va treballar la seva adaptació per al cas d’ús de patologia digital.

Els motius principals pels quals es recomana DICOM com a estàndard de representació i compartició

en telepatologia i patologia digital, són els excel·lents resultats obtinguts en radiologia, així com el fet

de poder utilitzar-lo amb un baix impacte en els PACS existents. D’aquesta manera, DICOM facilita

l'adopció d'imatges de patologia digital en hospitals i laboratoris, on la major part dels instruments

que adquireixin diapositives digitals WSI emmagatzemen aquestes imatges en sistemes PACS

disponibles comercialment utilitzant missatgeria estàndard DICOM.

Les capacitats dels sistemes PACS per emmagatzemar, arxivar, recuperar, buscar i gestionar imatges

es poden aprofitar per a aquests nous tipus d'imatges. A més, un cas o experiment pot incloure

imatges de diverses modalitats, incloses la Radiologia i la Patologia, i totes les imatges d'un cas o

experiment es podrien gestionar juntes en un mateix sistema PACS.

El 26è grup de treball DICOM va documentar en un suplement de l’estàndard DICOM, anomenat

suplement 145 (i en combinació amb el suplement 122), com emmagatzemar diapositives digitals en

un arxiu PACS, tenint en compte els reptes que suposa la patologia digital. Aquest grup va definir els

principals canvis en l’estàndard DICOM per patologia:

En anatomia patològica, la imatge està centrada en la mostra o l'espècimen, no en el pacient

(a diferència de radiologia). Aquest canvi es va incloure en el suplement 122 de DICOM.

Les imatges grans no es poden guardar directament doncs la norma DICOM inclou un límit en

els atributs files/columnes, que no poden ser majors de 216, és a dir, 64.000 píxels i aquest

límit s'ha mantingut per garantir la compatibilitat amb PACS ja instal·lats, per la qual cosa

DICOM, en el seu suplement 145, va proposar que les imatges grans, com les d'anatomia

patològica, haurien de ser dividides en sèries d'imatges.

Això va permetre que imatges de dimensions extremadament grans, com ara les de portaobjectes

digitals WSI creades per Patologia, es puguin manejar amb resolucions variables.

16

SIMDCAT-PD

És important remarcar que el suplement 145 de DICOM és un estàndard d’intercanvi de missatgeria,

no pas un estàndard de fitxer, és a dir, no estableix un format estàndard comú per emmagatzemar

imatges completes de portaobjectes (WSI) per patologia. En lloc d'això, estableix un estàndard per a

l'intercanvi de la informació entre els sistemes, amb la finalitat d'emmagatzemar, recuperar, mostrar,

analitzar, etc. aquesta mena d’imatges.

En els següents apartats es descriu les característiques de la imatge WSI, analitza els problemes amb

l'emmagatzematge d'aquestes imatges amb DICOM i es mostra el mètode per emmagatzemar WSI

mitjançant DICOM.

5.1 La mida de les imatges

En casos normals les imatges d’anatomia patològica, amb mides 20 mm x 15 mm, poden ser

d’aproximadament uns 15 Gb, però es poden capturar imatges més grans. Les mides de mostra de

fins a 50 mm x 25 mm es poden capturar a partir de diapositives convencionals de 1"x 3", i fins i tot

poden haver-hi mostres més grans amb diapositives de 2"x 3". També es poden digitalitzar imatges a

resolucions superiors a 25 mpp.

En el pitjor dels casos, prenent un exemple extrem amb 10 plans focals (o plans Z4) el conjunt de

dades d'imatge completa podria arribar a contenir 3.75TB de dades, i s’ha de tenir en compte que

donada la tecnologia actual, en el futur la resolució només augmentarà.

Figura 6. El repte de la mida de la imatge.

5.2 La metodologia

4 El pla focal d'un marc o pla Z s'identifica com l'alçada física nominal (en μm) del focus d'imatge per sobre de la superfície de referència, que en el sistema de coordenades basat en corredissa és la superfície superior del substrat de corredissa (vidre) , és a dir, el costat sobre el qual es col·loca l'espècimen.

17

SIMDCAT-PD

El suplement 145 ens mostra dues formes d’emmagatzemar la informació d’una imatge. La primera

és la més senzilla i consisteix en guardar la informació del píxels en files i columnes, com es mostra a

la següent figura:

Figura 7: Estructura Files i Columnes

Ara bé, aquest mètode no és el més adient, ja que com es veu a la Figura 7, per carregar una regió de

la imatge es necessita llegir totes les files senceres que la comprenen. Per resolucions tan grans com

les d’anatomia patològica, és inviable. La recomanació que es fa és guardar les dades en un format

més complex però que no necessita carregar tanta informació per tal de visualitzar una regió de la

imatge. Aquest consisteix en subdividir la imatge en rajoles, com es mostra a la Figura 8:

Figura 8: Distribució en rajoles

Com es pot apreciar, la quantitat de dades a carregar és més petita que amb el mètode anterior. La

grandària de les rajoles influeix en el rendiment a l’hora de carregar la imatge. Com més grans siguin

les rajoles, menys se n’hauran de carregar, però en general s’hauran de llegir més dades. Les mides 18

SIMDCAT-PD

habituals de les rajoles varien entre 240 x 240 i 4096 x 4096 píxels. Si s’agafen rajoles de major

resolució, implica que serà necessari carregar menors quantitats de rajoles per cada regió que es vol

visualitzar, però en general es carregaran més dades.

L’organització per rajoles proporciona una navegació més ràpida a través de la imatge, però segueix

sense donar suport a un zoom òptim. Existeix l’inconvenient de que, si es vol visualitzar a alta

resolució, s'ha d'accedir a una petita àrea d'imatge per representar una regió determinada, i en

resolucions més baixes, s'ha d'accedir a zones d'imatge progressivament més grans per representar

la mateixa regió de mida.

Figura 9: Problema al fer un zoom ràpid

Ara bé, perquè la imatge es pugui veure a baixa resolució en temps real, s’hauria de llegir totes les

dades de la imatge i baixar la resolució, però degut a les grans mides que s’han comentat, és inviable.

La solució passa per pre-computar versions de la imatge amb baixa resolució, de manera que es

genera una espècie de piràmide on a cada nivell de zoom es tracten imatges diferents, només

accedint a la màxima resolució quan es visualitza de més a prop, tal com es mostra en la següent

figura:

19

SIMDCAT-PD

Figura 10: Estructura piramidal de les dades de la imatge

Com es pot veure en aquesta figura, el WSI es compon d'imatges múltiples a diferents resolucions, on

l’altitud de la piràmide correspon al "nivell de zoom". La base de la piràmide és la dada més alta

d'imatges de resolució que es captura per l'instrument. Es pot crear una imatge en miniatura que

sigui una versió de baixa resolució de la imatge per facilitar la visualització completa de la imatge. Es

poden crear un o més nivells intermedis de la piràmide, en les resolucions intermèdies, per facilitar la

recuperació de dades d'imatge a resolució arbitrària.

Cada imatge de la piràmide es pot emmagatzemar com una sèrie de fitxes, per facilitar la ràpida

recuperació de subregions de la imatge.

Tot i que DICOM no especifica el comportament de l'aplicació de visualització (és a dir, del visor),

amb la definició de la classe SOP Whole Slide Microscopic Image en el Suplement 145 es proporciona

informació suficient per a una aplicació per navegar per totes les rajoles d'imatges de la sèrie.

5.3 Compressió de les dades

DICOM no inclou recomanacions específiques sobre els formats dels fitxers en els WSI, però degut a

que la seva mida sovint són comprimits, sí que fa unes mencions sobre uns mètodes de compressió

que poden ser útils.

Els mètodes utilitzats són el “lossless” (sense pèrdues) i el “lossy” (amb pèrdua). Són termes que

descriuen si, en la compressió d'un fitxer, es poden recuperar totes les dades originals quan el fitxer

no està comprimit. Amb la compressió sense pèrdues o lossless, cada bit de dades que originalment

estava en el fitxer resta després de descomprimir el fitxer, i per tant, tota la informació està

20

SIMDCAT-PD

completament restaurada. En general, aquesta és la tècnica d'elecció per als fitxers de text o fulls de

càlcul, on la pèrdua de paraules o dades financeres podria suposar un problema.

D'altra banda, la compressió amb pèrdua (lossy) redueix un arxiu eliminant permanentment certa

informació, especialment la informació redundant. Quan el fitxer no està comprimit, només hi ha una

part de la informació original (encara que l'usuari no ho noti). La compressió lossy s'utilitza

generalment per a vídeo i so, on la majoria dels usuaris no detecten una certa quantitat de pèrdua

d'informació. El fitxer d'imatge JPEG, que s'utilitza habitualment per a fotografies i altres tipus de

imatges, és una imatge que té compressió amb pèrdua. Mitjançant la compressió JPEG, el creador

pot decidir quanta pèrdua pot introduir i fer una compensació entre la mida del fitxer i la qualitat de

la imatge.

Amb el mètode lossless s’aconsegueix una reducció de la mida entre 3 i 5 vegades. En canvi, utilitzant

el mètode lossy es comprimeixen molt més les dades. En el cas del format JPEG es por arribar a

comprimir entre 15 i 20 vegades i en el format JPEG20005, entre 30 i 50. Per exemple, una imatge de

15 GB ocuparia uns 300 MB aproximadament. Els patòlegs han arribat a la conclusió que en la

majoria dels casos, aquesta compressió tan gran de la imatge no influeix en el diagnòstic.

5.4 Els serveis DICOM

En el Suplement 145 no profunditza sobre els serveis de DICOM per la gestió del flux de treball, sinó

que ofereix una secció concretant unes certes modificacions per un parell de serveis per adaptar-ho a

les recomanacions que s’han realitzat en el suplement, i es refereix al marc tècnic del domini de

anatomia patològica d'IHE (domini PaLM) per a consultar casos d'ús específic i perfils per a la gestió

del flux de treball d'imatges de patologia.

Per la gestió del flux de treball en l'entorn d'imatge de DICOM es fan servir els serveis de Modality

Worklist (MWL) i Modality Performed Procedure Step (MPPS). Tot i que aquests serveis es van definir

per donar suport a imatges gestionades per persones del sector (com per exemple tècnics radiològics

que operen una modalitat d'escàner), també haurien de ser adaptats per a les modalitats d'escaneig

automàtic de diapositives.

5 El format JPEG2000 sembla ser el format més popular per comprimir les imatges.21

SIMDCAT-PD

2

3

4

5

5.3

5.4

5.4.1 Modality Worklist En el Suplement 122 es va afegir la seqüència de mostra programada als serveis de Modality Worklist

(MWL) i Modality Performed Procedure Step (MPPS). Aquesta característica permet que un escàner

consulti elements mitjançant un codi de barres de diapositives (identificador de contenidor). Així,

quan un escàner WSI carrega una diapositiva, pot escanejar l'etiqueta i interpretar el codi de barres i

enviar una consulta MWL amb aquest codi de barres al sistema d'informació de laboratori (el

servidor de la worklist). Llavors el LIS pot tornar tota la informació necessària per crear una imatge

DICOM WSI, inclosa la identitat del pacient, l'historial complet del processament de diapositives

(inclosa les taques aplicades) que s'utilitzarà per a la configuració de la imatge o la inclusió d’aquesta

informació en la capçalera de l'objecte d'imatge WSI.

5.4.2 Modality Performed Procedure StepUn cop realitzada la comprovació, l'escàner informa que el treball s'ha completat amb una transacció

MPPS. De fet, el Suplement 122 de DICOM també ha millorat el servei MPPS afegint informació

d'identificador de diapositives, de manera que s’informa al sistema d'informació de laboratori dels

identificadors únics de la imatge associats a cada diapositiva imatge.

5.4.3 WADOEl Suplement 145 no fa cap menció específica sobre WADO (Web Access to Dicom Objects). El que sí

es pot trobar informació en alguns articles o documents a la web que fan referència a la utilització

del WADO per les WSI:

En l’article6 publicat en www.researchgate.net per professionals del Hospital de Jerez de la

Frontera, es fa menció sobre com dcm4che.org ofereix un servei WADO que permet accedir a

6https://www.researchgate.net/publication/ 321679532_Standardization_Of_Pathology_Whole_Slide_Images_According_To_DICOM_145_Supplement_And_Storage_In_PACs

22

SIMDCAT-PD

cada “frame” (quadre o rajola) per separat, dins del mateix objecte, facilitant així la

implementació de visors de diapositives en patologia digital.

En varis documents realitzats per David Clunie7, participant del WG 26 de DICOM, menciona la

utilització dels serveis de WADO com WADO-RS8, amb crides REST per recuperar estudis, series,

instàncies o frames de les imatges de patologia digital y també per recuperar metadata, o la

utilització del servei QIDO-RS per realitzar consultes (equivalent al C-FIND) o el servei STOW-RS

per enviar estudis (equivalent al C-STORE).

En un article recentment publicat a www.jpathinformatics.org (5 de Març del 2018) explica

l’experiència obtinguda del Connectathon9 realitzat al 2017, així com els resultats obtinguts i les

lliçons apresses. En el Connectathon van fer servir el tradicional DICOM C-STORE per a la

transmissió d'imatges des dels escàners al servidor. Les operacions de consulta DICOMweb

(QIDO-RS) i la recuperació (WADO-RS) es van utilitzar entre els visors i el servidor per recuperar

imatges i metadades de les “tiles”(les rajoles o fitxes) per buscar de manera selectiva només

aquelles fitxes necessàries de la capa de resolució apropiada per fer servir les funcionalitats de

zoom o pan (desplaçament), en la imatge, de mode interactiu en els visors de microscòpia

virtuals.

Figura 11. Dan Hosseinzadeh, copresident del grup de treball de la imatge digital i les comunicacions de

patologia de la medicina, realitzant una presentanció en la conferència sobre visió patològica de 2017.

7 http://www.dclunie.com/papers/HIMA_2017_DICOMWSI_Clunie.pdf http://www.dclunie.com/papers/PV2017_DICOMWSI_Clunie.pdf 8 DICOM des del 2013 aproximadament deixa de donar suport a servei WADO-WS ja que s’està retirant.9 http://www.jpathinformatics.org/article.asp?issn=2153-3539;year=2018;volume=9;issue=1;spage=6;epage=6;aulast=Clunie

23

SIMDCAT-PD

5.5 La patent del mètode

L’empresa Leica Biosystems Imaging (abans Aperio) va patentar el mètode descrit en el suplement

145 (i descrit en l’apartat 5.3 d’aquest document) per emmagatzemar i recuperar les imatges

mitjançant l’estàndard DICOM i les WSI. Tot i així a l’any 2015 va negociar amb els participants del

WG26 de DICOM per finalment autoritzar la utilització de la patent, sense càrrecs, per les empreses

que participin en el DICOM.

Per tant, fins l’any 2015 no es van començar a distribuir productes comercials de patologia digital que

fossin compatibles amb el suplement 145 de DICOM.

24

SIMDCAT-PD

6 Eines compatibles

4.

5.

5.1

5.2

5.3

5.4

5.5

5.6Actualment hi ha pocs productes comercials compatibles amb WSI amb DICOM, principalment

perquè aquesta metodologia és relativament nova (el suplement 145 es va publicar al 2010) i també

degut a que fins al 2015 no es va alliberar la patent que Leica BioSystems tenia del mètode WSI amb

DICOM.

Tot i així, sembla bastant clar que la tendència és que els fabricants acabin fent compatibles els nous

productes que treguin a mercat amb l’estàndard DICOM i les WSI tenint en compte les

recomanacions del Suplement 145.

6.1 Leica Biosystems Imaging

Leica Biosystems (https://www.leicabiosystems.com/digital-pathology/) és líder mundial en patologia

digital. Ofereix solucions de flux de treball i automatització, integrant cada pas del procés, com per

exemple el flux de treball que realitzen des de la biòpsia fins al diagnòstic.

Com s’ha mencionat en l’apartat anterior, va patentar el mètode descrit en el suplement 145 per

emmagatzemar i recuperar imatges WSI mitjançant DICOM.

Disposen de varis productes, i entre ells destaca el sistema d’escaneig Leica SCN40010, el qual

proporciona una alta velocitat d’escaneig de les imatges a alta resolució, i proporciona la

implementació del Suplement 145 de DICOM.

6.2 Osimis

10 Informació del producte: https://www.leica-microsystems.com/products/light-microscopes/clinical-microscopes/details/product/leica-scn400/

25

SIMDCAT-PD

Osimis (http://www.osimis.io) té com a objectiu que els equips clínics puguin beneficiar-se

plenament de la innovació que hi ha i a la qual és difícil d'accedir. Per assolir aquest objectiu, utilitzen

programari de codi obert i construeixen eines de col·laboració innovadores per a la imatge mèdica.

Han desenvolupat un pluggin (Anapath dicomisation & web viewer) que implementa l’estàndard

DICOM i les recomanacions del Suplement 145 per emmagatzemar, accedir i visualitzar de forma

interoperable les imatges de patologia digital.

Aquesta implementació consta de dues parts:

d’una eina per convertir una imatge de diapositiva completa al format DICOM, i

d’una interfície web per mostrar aquestes imatges de DICOM.

La informació d’aquest pluggin es pot trobar en el següent enllaç:

http://www.osimis.io/en/blog/2016/10/14/plugin-anapath.html, així com una demo on amb el

mateix navegador es pot navegar per una mostra de patologia digitalitzada.

6.3 Orthanc

El projecte Orthanc (https://www.orthanc-server.com) proporciona tres eines11 oficials per donar

suport a DICOM per a imatges de microscòpia de diapositives (WSI):

Una eina de línia de comandaments anomenada "DICOM-izer" que converteix imatges de

diapositives completes (WSI) a la sèrie DICOM, seguint el Suplement 145.

Un pluggin que amplia el navegador Orthanc amb un visor web d'imatges de diapositives

completes per patologia digital.

Una altra eina de línia de comandaments anomenada “DicomToTiff” que converteix una sèrie

DICOM emmagatzemada al servidor Orthanc, a una imatge estàndard jeràrquica TIFF.

Es pot consultar una demo en el següent enllaç fent servir el propi navegador: http://wsi.orthanc-

server.com/demo/

6.4 Pathomation

Pathomation ha desenvolupat un visor gratuït, anomenat PMA.start, compatible amb múltiples

formats, entre ells l’estàndard DICOM i la especificació del Suplement 145:

http://free.pathomation.com/

6.5 Hamamatsu

11 Més informació en el següent enllaç: https://www.orthanc-server.com/static.php?page=wsi 26

SIMDCAT-PD

Hamamatsu té una dècada d'experiència en oferir sofisticades solucions d'imatge de diapositives

completes (WSI) a tot el món. Els escàners com NanoZoomer estan dissenyats per satisfer els

requisits de patologia digital, des d'1 diapositiva fins a més de 1000 diapositives al dia, per a

l'emmagatzematge o l'anàlisi automatitzat.

Han participat en jornades12 per intercanviar WSI en format DICOM amb altres companyies.

La informació dels seus productes es pot consultar en el següent enllaç:

https://www.hamamatsu.com/eu/en/community/nanozoomer/index.html

6.5 Altres eines o projectes

FFEI va desenvolupar una eina que proporciona una capacitat de conversió de molts formats

de proveïdors a format DICOM (incloent el suplement 145) per a imatges de microscòpia de

diapositives completes (WSI). L’eina només és per a Windows, i està disponible com a GUI i

línia de comandes per a Windows 32 bits (x86) i 64 bits (x64);

o

https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/uk-co-ffei-sierra/Downloads/SierraConverter_

Setup_x86.exe

o

https://s3-eu-west-1.amazonaws.com/uk-co-ffei-sierra/Downloads/SierraConverter_

Setup_x64.exe

Més informació es pot trobar en el següent enllaç:

https://lists.andrew.cmu.edu/pipermail/openslide-users/2014-August/000894.html

Dicom3tools conté una eina que permet validar fitxers DICOM, així com convertir fitxers que

estan en format propietari a DICOM:

o http://www.dclunie.com/dicom3tools.html

JVSdicom Compressor és una aplicació gratuïta de compressió d'imatges basada en la línia de

comandes, capaç de convertir múltiples formats d'imatge (p. ex., BMP, PPM i BigTIFF) en el

format JPEG2000 de diapositives virtual (WSI) compatible amb DICOM.

o http://jvsmicroscope.uta.fi/?q=jvsdicom_compressor/

A Espanya, un grup d'investigació de l'Hospital de Jerez, en col·laboració amb el programa

europeu "Col·laboració Acadèmica i de la Indústria per a la Paràlisi Digital" (Aidpath) han

desenvolupat un projecte pioner sobre anatomia patològica digital. Utilitzen l’estàndard

12 https://www.visiopharm.com/news-and-events/press-releases/501-dicom-a-reality-in-digital-pathology-workflows

27

SIMDCAT-PD

DICOM i el suplement 145 per facilitar el tractament de imatges de gran mida com són les

imatges de patologia digital.

o https://www.consalud.es/rss-portada/el-hospital-de-jerez-pionero-en-un-formato-

de-imagen-digital-para-muestras-patologicas_45749_102.html

28

SIMDCAT-PD

7 Grups de treballActualment hi ha diversos grups de treball interessats en liderar els esforços de normalització en la

patologia digital, tots ells oberts a la col·laboració d’entitats i particulars externs:

Grup de treball GW26 de DICOM, grup de treball DICOM que va documentar el suplement 145

de l’estàndard per donar suport a imatges patològiques (incloent citopatologia, patologia

quirúrgica, patologia clínica i estudis de patologia per autòpsia). Les accions específiques estan

relacionades amb:

o Normes tècniques per facilitar l'adquisició, visualització, transferència i

emmagatzemament d'imatges patològiques.

o Problemes relacionats amb la identificació i el flux de treball del pacient i l’espècimen.

o Desenvolupament de normes per a la integració d'imatges i informació derivada en

informes de patologia.

o Problemes tècnics especials específics d'aquests dominis d'aplicació.

http://www.dicomstandard.org/wgs/wg-26/

Grup d’anatomia patològica d’HL7 La missió del grup és desenvolupar i revisar les guies

d'implementació dels estàndards HL7 i millorar els existents per donar suport als casos d'ús de

l’anatomia patològica.

http://www.hl7.org/Special/committees/anatomicpath/

Grup International Pathology and Laboratory Medicine (IPaLM SIG) de SNOMED CT, un grup de

SNOMED International (IHTSDO) per participar en el projecte, comentar pàgines, completar

accions, pujar documents per a la discussió, etc.

https://confluence.ihtsdotools.org/pages/viewpage.action?pageId=57808086

Grup del domini Pathology and Laboratory Medicine (PaLM) de IHE. Aquest domini es va iniciar

al 2016 i fusiona i substitueix els dos dominis anteriors de Laboratori (LAB) i Anatomia patològica

(AP) publicats al 2003 i 2006 respectivament.

http://ihe.net/IHE_Pathology_and_Laboratory_Medicine/

Associació de patologia digital (Digital Pathology Association). El DPA és una organització sense

ànim de lucre formada per patòlegs, científics, tecnòlegs i representants de la indústria dedicats

29

SIMDCAT-PD

a avançar en el camp de la patologia digital. La missió de l'organització és facilitar l'educació i la

consciència de les aplicacions de patologia digital en l'àmbit de la salut i les ciències de la vida. Es

recomana als membres que comparteixin les millors pràctiques i promoguin l'ús de la tecnologia

entre col·legues per tal de demostrar eficiència, compartir coneixements i els seus millors

beneficis per a l'atenció al pacient.

https://digitalpathologyassociation.org

Societat d'Informàtica d'Imatge en Medicina (Society for Imaging Informatics in Medicine). El

SIIM consta de varis grups de treball, un dels quals està dedicat a treballar la imatge.

http://siim.org/

30

SIMDCAT-PD

8 ConclusionsEn els darrers anys la patologia digital ha estat agafant força i cada vegada són més fabricants

d’escàners que permeten adquirir, gestionar i interpretar la informació patològica que es genera de

preparacions de mostres de vidre digitalitzada.

Hi ha un consens general en que l’ús de l’estàndard DICOM per poder tractar amb les WSI de

patologia digital és la millor opció, no només per acabar aconseguir la interoperabilitat amb altres

dispositius per intercanviar informació patològica digital, sinó també per superar les barreres que

suposa treballar amb uns tipus de imatges d’una mida molt superior a les que s’acostumen a veure

en altres àmbits com són les imatges de radiologia.

Actualment hi ha pocs productes comercials que implementin l’estàndard DICOM en les WSI que es

va definir en el Suplement 145, però tenint en compte que no existeix cap altra estàndard clar sobre

la patologia digital, ja que la major part de les solucions existents són propietàries, és clar que la

tendència del mercat es dirigeix cap a la utilització de l’especificació del Suplement 145 de

l’estàndard DICOM.

A més, la proposta del Suplement 145 té com a base l’estàndard DICOM, el qual és l’estàndard

internacional de imatge més popular del món i que ja ha demostrat el seu èxit en altres àmbits com

radiologia.

A continuació es resumeixen els avantatges i inconvenients en l’ús de l’estàndard DICOM i les

recomanacions del suplement 145:

Avantatges Inconvenients

Amplia experiència del DICOM en radiologia

i cardiologia.

Clar consens dels usuaris i de la indústria en

l’ús d’aquest estàndard.

No existeix cap altra estàndard clar sobre la

patologia digital, ja que la major part de les

solucions existents són propietàries.

Gran suport en les infraestructures, tant en

format de fitxer DICOM com en el protocol i

els serveis.

Comencen haver-hi diverses eines, tant

comercials com gratuïtes, que són

L’adopció del Suplement 145 ha sigut lenta

des de la seva definició al 2010 per diversos

motius, ja sigui per les poques eines que ho

suportin, o per barreres de propietat

intel·lectual (ja ressolt).

S’ha de realitzar un esforç superior que el

que el que es faria amb altres formats més

simples (per les característiques de les

imatges).

Tot i que moltes eines ja suporten

l’estàndard DICOM, han d’adaptar-les per

poder implementar les recomanacions del

31

SIMDCAT-PD

compatibles amb l’estàndard DICOM amb les

WSI.

Èmfasi en metadades estàndards fiables i

coherents (data elements comuns, value

sets).

Diversos fabricants ja tenen experiència

exitosa en interoperar amb patologia digital

gràcies als Connectathons que es realitzen.

Suplement 145.

La generació de metadades requereix un

esforç addicional.

Els protocols de transport tradicionals per

DICOM són únics, tot i que es basen en

TCP/IP. Encara que queda mitigat

mitjançant l'ús més recent de WADO (via

HTTP) mitjançant XML i metadades en JSON.

Finalment, el format més pràctic per comprimir imatges acostuma a ser el JP2 (JPEG2000).

32

SIMDCAT-PD

Annex I: Solucions existents per a la representació de

PDA continuació es mostra13 una llista de fabricants actualment disponibles d’escàners de preparacions digitals:

Taula 1: Fabricants i models d’escàner de preparacions a data de 2015.

Fabricant Model Capacitat Format de la imatge

3DHistech

Pannoramic Confocal 12 preparacions. Fluorescència, confocal

Propietari. MRXSPannoramic 250 Flash II 250 preparacions

Pannoramic SCAN 150 preparacionsPannoramic MIDI 12 preparacionsPannoramic DESK 1 preparació

BioviewEncore 100/200 preparacions

PropietariDuet-3 50 preparacionsAllegro-Plus 8 preparacionsAccord-Plus 1 preparació

ClaroToco 240 240 preparacions

Propietari. Claro, Zoomify

Toco 20 preparacionsLince 5 preparacionsFino 1 preparació

PerkinElmer Cri Nuance Vectra 200 p. Fluorescència Propietari. CRi, TIFFCri Nuance EX, FX, TRIO 1 p. Fluorescència, multiespectral

Digipath PathScope 2 preparacions Obert. JPEG, JPG2000, TIFF

General Electric / Omnyx

VL120 120 preparacions Propietari. MIGVL4 4 preparacions

HamamatsuNanoZoomer-XR 320 preparacions. Fluorescència

Propietari. Ndpi. JPEG

NanoZoomer 2.0-HT 210 preparacionsNanoZoomer 2.0-RS 6 preparacions

NanoZoomer-SQ 1 preparació

HuronTissueScope CF 300 preparacions. Fluorescència,

confocal Propietari. BigTIFFTissueScope LE120 120 preparacions

TissueScope LE 12 preparacionsTissueScope PE 2 preparacions

Leica

Aperio AT2 400 preparacions

Propietari. SVS. SCN. TIFF

Aperio AT Turbo 400 preparacionsAperio CS2 5 preparacionsAperio FL 5 p. Fluorescència

Aperio CS-O 1 preparació (immersió)Aperio Versa 8 p. Fluorescència

Ariol 200 p (SL200). Fluorescència Propietari. Ariol. SCN. TIFF. JPEG

MeditePrecice 600X 480 preparacions

DesconegutPrecice 600F 1 p. FluorescènciaPrecice 500 1 (500A) a 5 (500B) preparacionsPrecice 100 1 preparació

Menarini D.Sight 2.0 5 preparacions Obert. JPEG2000D.Sight F 2.0 5 p. Fluorescència

13 Taula extreta de l’article de Marcial Garcia Rojo

http://cetes.medicina.ufmg.br/revista/index.php/rlat/article/download/115/230

33

SIMDCAT-PD

Motic EasyScan Pro 6 preparacions PropietariOlympus VS120-S6-W 6 preparacions Propietari. VSI.

JPEG. TIFFVS120-L100-W 100 preparacionsOptra Systems Optra SCAN 10 preparacions Propietari.

JPEG2000Philips IntelliSite Ultra-Fast

Scanner (UFS)480 preparacions Propietari. TIFF

Roche / Ventana iScan HT 360 preparacions Propietari. BIF. TIFFiScan Coreo 160 preparacions Propietari. BIF. TIFF.

JPEG2000Sakura VisionTek 4 preparacions Propietari. Svslide

34

SIMDCAT-PD

Glossari

AAP – Anatomia Patològica

CCDA - Clinical Document Architecture

CEN - European Committee for Standardization

DDICOM - Digital Imaging and COmmunications in Medicine

HHL7 – Health Level 7

IIHE - Integrating the Healthcare Enterprise

IPaLM SIG - International Pathology and Laboratory Medicine Special Interest Group

IHTSDO – International Health Terminology Standards Development Organisation

JJPEG - Joint Photographic Experts Group

JPIP - JPEG 2000 Interactive Protocol

LLMS - Laboratory Managment System

LIS – Laboratory Information System

35

SIMDCAT-PD

MMDM - Multidisciplinary Meeting

MRI - Imatge mèdica de ressonància

PPACS - Picture Archiving and Communication System

PD – Patologia Digital

RRIS - Radiology Information System

SSNOMED CT - Systematized Nomenclature of Medicine Clinical Terms

TTIFF - Tagged Image File Format

WWG26 – Working Group 26. Grup de treball de DICOM per anatomia patològica

WSI – Whole-Slide Imaging (Imatges completes de portamostres)

XXML - eXtensible Markup Language

36

SIMDCAT-PD

Bibliografia

A continuació es llista les diferents fonts d’informació utilitzades per a l’elaboració d’aquest

document:

Article Technical Challenges of Enterprise Imaging: HIMSS-SIIM, Collaborative White Paper

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5023533/

Anatomia patològica, LAB TESTS ONLINE,

https://labtestsonline.org/articles/anatomic-pathology

Patologia digital, LAB TESTS ONLINE,

https://digitalpathologyassociation.org/about-digital-pathology

Patologia digital, Wikipedia,

https://en.wikipedia.org/wiki/Digital_pathology

Patologia digital, Leica Biosystems,

https://www.leicabiosystems.com/pathologyleaders/what-is-digital-pathology/

Experiència de la comunitat amb DICOM i patologia, Bruce Beckwith,

http://dicom.nema.org/dicom/presents/DICOM-for-Pathology.ppt

Experiència de UMC Utretch en patologia digital, UMC Utrecht,

https://c.ymcdn.com/sites/siim.org/resource/resmgr/himss/himss17_digital_pathology.pdf

Convergència en la compartició de dades en patologia digital, Yves Sucaet, Wim Waelput,

http://www.digitalpathology2014.org/Download/presentazioni_2014/A6/14866.pdf

Suplement 145 de DICOM, nema,

ftp://medical.nema.org/medical/dicom/final/sup145_ft.pdf

Normalització i interoperabilitat en telepatologia, Marcial García Rojo,

http://cetes.medicina.ufmg.br/revista/index.php/rlat/article/download/115/230

Compressió lossy i lossless, Margaret Rouse,

http://whatis.techtarget.com/definition/lossless-and-lossy-compression

Grup 26 de patologia, DicomStandard,

http://www.dicomstandard.org/wgs/wg-26/

Minutes de les reunions del WG26 de DICOM, DicomStandard,

http://dicom.nema.org/dicom/minutes/WG-26/

Grup d’anatomia patològica d’HL7, HL7 International,

http://www.hl7.org/Special/committees/anatomicpath/

Grup International Pathology and Laboratory Medicine, SNOMED-CT,

37

SIMDCAT-PD

https://confluence.ihtsdotools.org/pages/viewpage.action?pageId=57808086

Grup del domini Pathology and Laboratory Medicine, IHE,

http://ihe.net/IHE_Pathology_and_Laboratory_Medicine/

Associació de patologia digital, DPA,

https://digitalpathologyassociation.org

Societat d'Informàtica d'Imatge en Medicina, SIIM,

http://siim.org/

Vídeo Patologia Digital, Nasjonal IKT HF,

https://youtu.be/6fqVnoWnYxc

Article del Connectathon realitzat a USA al 2017, Clunie D, Hosseinzadeh D, Wintell M, De Mena

D, Lajara N, Garcia-Rojo M,

http://www.jpathinformatics.org/article.asp?issn=2153-

3539;year=2018;volume=9;issue=1;spage=6;epage=6;aulast=Clunie

Article de Estandardització de WSI en imatges de patologia aplicant els Suplement 145 de

DICOM, Mena, David & Garcia-Rojo, Marcial & Gloria Bueno, María & , Sanchez. (2016).

https://www.researchgate.net/publication/

321679532_Standardization_Of_Pathology_Whole_Slide_Images_According_To_DICOM_145_Su

pplement_And_Storage_In_PACs

38