Viruses  in  the  Ocean  

Genome  sequences  from  the  sea  Jed  Fuhrman  Nature  424,  1001-­‐1002(28  August  2003)  doi:10.1038/4241001a  

Execu0ve  Summary?    

How  did  the  authors  go  about  addressing  the  problem?  

Table  5.    

Yooseph  S,  SuGon  G,  Rusch  DB,  Halpern  AL,  et  al.  (2007)  The  Sorcerer  II  Global  Ocean  Sampling  ExpediUon:  Expanding                      the  Universe  of  Protein  Families.  PLoS  Biol  5(3):  e16.  doi:10.1371/journal.pbio.0050016  hGp://www.plosbiology.org/arUcle/info:doi/10.1371/journal.pbio.0050016  

Figure  3.    

Yooseph  S,  SuGon  G,  Rusch  DB,  Halpern  AL,  et  al.  (2007)  The  Sorcerer  II  Global  Ocean  Sampling  ExpediUon:  Expanding                      the  Universe  of  Protein  Families.  PLoS  Biol  5(3):  e16.  doi:10.1371/journal.pbio.0050016  hGp://www.plosbiology.org/arUcle/info:doi/10.1371/journal.pbio.0050016  

What  is  the  specific  hypothesis  being  addressed?  

Sample  Collec0on  •  Seawater  collected  from  4  

regions  around  the  Pacific  Ocean  at  varying  depths  (5  to  4500  meters),  nutrients  and  season    

Sample  Prepara0on  •  Glass  FiltraUon    •  .22um  to  pre-­‐filter  the  seawater  •  Concentrated  by  FeCl  precipitaUon    •  DNase  and  CsCl  purificaUon    •  DNA  extracUon  using  Wizards  PCR  DNA  

PurificaUon  Resin  and  Minicolumns    •  Modified  Linker  AmplificaUon  (LA)  protocol  

What  are  par0cular  challenges  associated  with  these  method(s)?  

What  were  the  take-­‐home  results,  and  do  folks  believe  them?