Virus of Fungi, Yeast and Parasitic Microorganism.

Anggota kelompok :

1.Waode Nur Zara104070302.Yunitazari Laksmi PW104070313.Venessa Alia104070324.Siti Amalia104070335.Sutina104070346.Vilandri Astarini104070357.Angga Kusnan Qodafi104070368.Oktira Roka Aji104070389.Nur Azizah1040703910.Anissa Kurnia M10407040

VIRUS OF FUNGI

Mycoviruses

• Mr. Hollings of Glasshouse Crop Research Institute, USA untuk pertamakalinya mendapatkan hasil eksperimen mengenai virus yang ditemukan pada jamur Agaricus bisporus yang menyebabkan “die-back disease” pada tahun 1962.

• Karakteristik yang paling umum dari “mushroom virus diseases” yaitu kerusakan pada panen dan kehiangan kemampuan untuk menghasilkan mycelium.

Morphology of Mycoviruses

• Rod-shaped, filamentous and herpes types. • Pada umumnya isodiametric dengan ukuran 25 and 50 nm

(diameter) dan berat partikelnya 6-13 x 106 dalton. • Memiliki double-stranded ribonucleic acid (dsRNA), biasanya

tersedmentasi menjadi 1-8 segments dengan total molekul 2 to 8.5 X 106 dalton.

• The dsRNA segments are separately enclosed into identical capsids.

• Berdasarkan materi genetiknya, dsRNA Mycovirus berbeda dengan dsRNA pada hewan dan tumbuhan. Pada mycovirus semua materi genetrik dilindungi oleh virion tunggal.

Efek Infeksi Mycovirus :

Morphological differences

perubahan drastis pada fungi inang :

• Perlambatan pertumbuhan

• Pembentukan koloni abnormal

• irregular margins

• reduksi jumlah spores asexual yang viable

Isolatea dsRNA Morphologyb Colony diameter (cm)c

DK21 mengandung dsRNA + Merah tua, irregular

0.86 ± 0.25d

DK21 tidak mengandung dsRNA

− Pink, sirkuler 2.34 ± 0.13

T-DK B2 + Merah tua, irregular

1.01 ± 0.33d

T-DK C5 + Merah tua, irregular

0.98 ± 0.51d

T-DK D1 + Merah tua, irregular

0.88 ± 0.08d

T-DK F1 − Pink, sirkuler 2.38 ± 0.04

karakteristik isolat-isolat DK21 yang mengandung dsRNA dan yang tidak

* Fusarium graminearum isolates

Efek Infeksi Mycovirus :

Perubahan Patogenitas• Hypovirulence adalah fenomena dimana

virulensi suatu fungi patogen berkurang, bahkan sampai hilang karena infeksi mycovirus.

• Reduksi tingkat virulensi (hypovirulence) termasuk penekanan sporulasi, perubahan morfologi koloni, reduksi pigmentasi, peningkatan akumulasi oksalate, dan perubahan aktivitas sellulase dan laccase.

• mitovirus di Cryphonectria parasitica , Ophiostoma novo-ulmi , Sclerotinia homoeocarpa , Chalara elegans dan Botrytis cinerea

• mycoreoviruses di Cryphonectria parasitica , dan Rosellinia necatrix

• Beberapa mycoviruses yang tidak terklasifikasi, seperti SsDRV pada family Flexiviridae di S. sclerotiorum , DaRV di Diarporthe ambigua , FgV-DK21 di Fusarium graminearum dan a 33-nm mycovirus isometrik di B. cinerea

Mycovirus lain yang menyebabkan hypovirulence pada fungi patogen tanaman, yaitu:

Mekanisme Transmisi

• Mycovirus dsRNA dapat secara sitoplasmic ditransmisi dari salah satu strain fungi inang ke yang lainnya selama hyphal fusion (anastomosis).

• Hypal fusion diartikan sebagai fusion complete dinding dan sitoplasma keduanya dan hal ini berbeda dari kontak langsung dan adesi hypae

Aplikasi

Mycovirus digunkan sebagai kontrol alternatif fungi pathogen tanaman.

Masalah yang berhubungan dengan kontrol menggunakan zat kimia (fungisida):

Fungisida tidak mencapai di cabang secara efisien karena kanopi yang lebat

B. cinerea resisten terhadap fungisida Residue fungisida di tanaman Menyebabkan polusi lingkungan.

alternatif non-fungisida sperti kontrol biologi sangat diperlukan dan telah menarik perhatian para peneliti dan telah mengawali penemuan strain-strain hypovirulen baru di fungi lainnya.

Mycoviruses

• Beberapa fungi penting yang mengandung Mycoviruses yaitu : – Agaricus bisporus (25-50 nm)– Alternaria tenius (30-40 nm),– Aspergillus foetidus (40-42 nm) – Penicillium brevicompactum (40 nm) – P.chrysogenum (35 nm), – P.funiculosum (25-30 nm) – P.notatum (25 nm),

Virus of Fungi

Family Genus Materi Genetik

unassigned Rhizidiovirus dsDNA

Chrysoviridae Chrysovirus dsRNA

Endornaviridae Endornavirus dsRNA

Hypoviridae Hypovirus dsRNA

PartiviridaePartitivirus dsRNA

Cryspovirus dsRNA

Reoviridae Mycoreovirus dsRNA

TotiviridaeTotivirus dsRNA

Victorivirus dsRNA

AlphaflexiviridaeBotrexvirus ssRNA

Sclerodarnavirus ssRNA

Gammaflexiviridae Mycoflexivirus ssRNA

NarnaviridaeNarnavirus ssRNA

Mitovirus ssRNA

Virus of Fungi

Rhizidiovirus Virion • Virus capsid tidak beramplop• simetri ikosahedral.• nucleocapsidnya isometric• Diameter 60 nm.

Host• Fungi• Hyphochytridiomycota

Spesies Rhizidiomyces virus (RZV)host : Rhizidiomyces sp.

Virus of Fungi

Hypovirus

VirionTidak punya capsid. dsRNA genomenya terencapsulasi memanjang dengan enzim replikasi viralnya di dalam host-derived lipid pleomorphic vesicles (50-80nm in diameter).

SpesiesCryphonectria hypovirus 1 (CHV-1) Cryphonectria hypovirus 2 (CHV-2)Cryphonectria hypovirus 3 (CHV-3)Cryphonectria hypovirus 4 (CHV-4)

HostCryphonetria parasiticaSclerotinia scleroliorum

Cryphonectria hypovirus 1 (CHV-1)

Virus of Fungi

Partitivirus

VirionKapsid ikosahedralTidak beramplop Diameter 30-35 nmSimetri ikosahedral

Contoh : Atkinsonella hypoxylon virus (AhV)

Virus of Fungi

Mycoreovirus Virion• tidak beramplop• Ikosahedral virion dengan struktur kapsid ganda• diameter 80 nm

Spesiesmycoreovirus 1: Cryphonectria parasitica mycoreovirus-1 (CpMYRV-1) mycoreovirus 3: Rosellinia necatrix mycoreovirus-3 (RnMYRV-3)

Cryphonectria parasitica adalah fungi yang menyerang tanaman Castanea spp. Tetapi juga terkenal dapat merusak berbagai Quercus spp

VIRUS OF YEAST

Virus of Yeast

Virus pada ragi Saccharomyces cerevisiae

Virus of Yeast

Saccharomyces cerevisiae disebut “killer” karena membawa ds-RNA virus yang menyebabkan mereka dapat mensekresi sejumlah toksin yang bersifat letal untuk sel tertentu

Virus M1 (kategori M spesies) merupakan jenis double stranded RNA (ds-RNA) virus pada S.cerevisiae yang berukuran 1.7-2.1 kbp (lebih kecil dari L spesies yang berukuran 4.5)

Termasuk cytoplasmic viruslike particles (VLPs).

Saccharomyces cerevisiae killer virus M1 mengkode toksin K1 dan K28 yang spesifik untuk mekanisme imunitas

Saccharomyces cerevisiae killer virus M1

Virus of Yeast


Produk protein inisial dari proses translasi M ds-RNA disebut prepotoksin. Target prepotoksin adalah secretory pathway dari yeast. Prepotoksin diproses untuk menghasilkan α/β dimer yang bertindak sebagai bentuk aktif dari toksin

Mekanisme Toksin K1:K1 berikatan dengan β-1,6-D-glucan receptor pada

dinding sel target masuk ke dalam sel berikatan dengan reseptor plasma membran Kre1p Membentuk kation-selektif channel ion pada membran yang bersifat letal pada sel

Virus of Yeast


Mekanisme toksin K28:

K28 menggunakan reseptor α-1,6-mannoprotein untuk masuk ke dalam sel Toksin prekursor dapat diimpor ke retikulum enoplasma setelah diproses di RE, K28 pindah ke sitoplasma dan menghentikan sintesis DNA pada nukleus, meransang terjadinya apoptosis

Virus of Yeast

Sekilas Mengenai “Killer Yeast”

• Killer yeast = ragi (Saccharhomyces cereviseae) yang membawa virus dengan RNA untai ganda.

• Virus tersebut membuat ragi menghasilkan sejumlah protein racun yang bersifat lethal terhadap sel reseptor.

• Jenis ragi ini bersifar imun terhadap efek racun dari protein tersebut dikarenakan mempunyai kekebalan intrinsik.

• Strain “Killer Yeast “ dapat menyebabkan masalah dalam proses komersial membunuh strain yang diinginkan untuk ditumbuhkan.

ContohScV-L

- Double-stranded RNA sederhana- -4,8 kbp RNA (L) encapsidated in isometric - Memiliki dua jenis dsRNAs, - Yang terbesar adalah 4,9 kbp mengkode the plopeptida

kapsul terbesar - Yang terkecil dsRNA (M) adalah 1,9 kbp mengkode a

polipeptida yang mensekresi toxin (killer factory)

Virus of Yeast

• Virus ini mencegah pertumbuhan dari strains yeast liar yang sensitif

• Menebabkan kontaminasi dai fermentasi alkohol.

• Aktivitas volatil yang tinggi, memproduksi H2S

Virus of Yeast

Taksonomi Yeast Virus

Saccharomyces cerevisiae virus L-AKlasifikasi Virus :

Grup: Grup III (dsRNA)

Famili: TotiviridaeGenus: Totivirus

Virus of Yeast

Virus yang telah dijelaskan sebelumnya dinamakan sebagai Saccharomyces cereviseae virus L-A.

Merupakan virus dengan RNA untai ganda dan mempunyai bentuk ikosahedral.

Mempunyai sebuah segmen genomik tunggal sepanjang 4.6 kb yang mengkode protein coat utamanya: Gag (76 kDa) dan sebuah protein fusi Gag–Pol (180 kDa) dan beberapa sekuen satellite RNA untai ganda = M dsRNAs.

Segmen genomiknya mengkode:

a. protein coat virus

b. protein yang dapat mereplikasi genom virusM dsRNAs mengkode:

a. toksin protein sekresi (the Killer Toxin).

b. immunitas terhadap toksin tersebut.

Virus of Yeast

Pemanfaatan “the Killer Toxins” Untuk mengidentifikasi strain Morace, Archibusacci, Sestito and Polonelli

(1984) menggunakan toksin yang dihasilkan dari 25 spesies ragi untuk

membedakan di antara sebanyak 112 strain patogen strains, berdasarkan

sensitifitasnya terhadap tiap toksin.

Untuk mengontrol pertumbuhan ragi yang tidak diinginkan Polonelli et al.

(1994) menggunakan sebuah “killer yeast” untuk mengontrol pertumbuhan C.

albicans.

Untuk agen antifungiBeberapa eksperimen menunjukkan bahwa antibodi

yang mempunyai aktivitas biologis serupa dengan “the Killer Toxins” dapat

digunakan sebagai agen antifungi.

Virus of Yeast

VIRUS OF PARASITIC MICROORGANISM

Apa itu Parasit?

• Parasit adalah organisme yang hidup pada inang untuk memperoleh nutrisi tanpa memberikan keuntungan pada inang tersebut. Bahkan cenderung merugikan pada inang.

• Beberapa contoh parasit diantaranya adalah protozoa, yeast, atau organisme multisellular lainnya seperti fungi atau cacing.

Protozoa

• Protozoa merupakan hewan bersel tunggal, berinti banyak dan tidak memiliki dinding sel. Ukurannya antara 3-1000 mikron dan merupakan organisme mikroskopis bersifat heterotrof.

• Beberapa jenis protozoa bersifat parasit dan menyebabkan penyakit pada manusia dan hewan ternak.

Penemuan Virus pada Protozoa

• Virus atau partikel seperti virus telah terobservasi pada beberapa protozoa, yaitu Leishmania, Entamoeba histolytica, Acanthamoeba sp., Naegleria, Plasmodium vivax, P. berghei, Paramecium aurelia, Carchesilun polypinum dan 19notocoma sabellarum.

• Pada strain tertentu Paramecium aurelia ditemukan adanya fenomena ‘pembunuh’ (killer) yang berkaitan dengan keberadaan sejumlah partikel yang disebut sebagai kappa di dalam sitoplasmanya.

Kappa

• Status biologis kappa dan partikel terkait, telah lama menjadi

subjek investigasi intensif dan memunculkan banyak spekulasi.

• Kappa telah diamati sebagai elemen genetika endegenous,

virus, rickettsia, bakteri atau alga degenerasi. Bukti yang

mendukung bermacam sudut pandang sangat sedikit dan

kebanyakan tidak dapat dibuktikan.

• Sonneborn (1938) menyebut partikel infeksi, innterselular

parasit, menjadi manifestasi sebuah level organisasi

protoseluler,yang akan menentukan perbedaannya dari tipe

bakteri.

Membedakannya..

• Ukuran, sensitivitas pada antibotik, reproduksi dengan

pembelahan transverse dan keberadaan DNA dan RNA

pada partikel yang sama akan menjadikan mereka seperti

rickettsia atau bakteri.

• Sebaliknya, ketiadaan atau sedikitnya enzim dan kegagalan

pertumbuhan ekstraseluler akan membuat mereka seperti

virus. Konsentrasi DNA dan RNA pada Kappa dan partikel

lambda sangat mirip dan tidak dapat membedakan partikel

ini dari bakteri.

• Keberadaan kappa bergantung kepada gen kromosomal dominan

K. Beberapa peneliti, seperti T.M. Sonneborn, mengamati bahwa

sel P. aurelia yang mengandung partikel-partikel kappa akan

menghasilkan senyawa beracun yang dapat mematikan strain-strain

protozoa lainnya yang ada di sekitarnya. Senyawa beracun ini

selanjutnya disebut sebagai paramesin, sedangkan partikel-partikel

kappa ternyata merupakan bakteri simbion yang kemudian dikenal

dengan nama Caedobacter taeniospiralis, yang artinya bakteri

pembunuh berbentuk pita spiral.

Kelas Kappa pada Paramecium

Virus Taxonomy

00.075.0.03.001. Leishmania brasiliensis virus 1-1

.

Nama, Sinonim dan Silsilah

Sinonim: Leishmania RNA virus-1. ICTV memberi akronim LRV1-1. Termasuk tipe spesies genus Leishmaniavirus, famili 00.075.Totiviridae

ICTVdB Virus Code: 00.075.0.03.001. nomor assesi Virus : 75003001. kode Obsolete virus: 75.0.3.0.001; nomor assesi superced: 75030001. NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 58103.

Sifat Virion Leishmania brasiliensis virus 1-1

• Morfologi

Virion memiliki capsid tanpa amplop, melingkar dengan icosahedral simetri. Isometric capsid berdiameter 33 nm.

• Asam Nukleat

Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear, dsRNA. Panjang genom komplitnya 5284 nukleotida.

accession number [M92355].5'-end genom tidak memiliki cap (penutup).

• Protein

Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.

Sifat Biologi Leishmania brasiliensis virus 1-1

Inang Alami• Domain

Domain Eucarya.

• Domain Eucarya Protoctistae.

Giardia lamblia

Giardia lamblia adalah protozoa penyebab giardiasis, mengganggu pencernaan, dengan berdiam di usus. Menginfeksi dengan membentuk cyst pada saluran

pencernaan dan menyebabkan diare dan infeksi usus.

00.075.0.02.001. Giardia lamblia virus

Nama, Sinonim dan Silsilah

ICTV memberi akronim: GLV.

tipe genus 00.075.0.02. Giardiavirus;

family 00.075. Totiviridae.

CTVdB Virus Code: 00.075.0.02.001. Virus accession number: 75002001. Obsolete virus code: 75.0.2.0.001; superceded accession number: 75020001. NCBI Taxon Identifier NCBI Taxonomy ID: 29255.

Sifat VirionGiardia lamblia virus

• Morfologi

Terdiri atas capsid tanpa amplop, membulat dengan icosahedral simetri, isometric capsid berdiameter 36 nm.

• Asam Nukleat

Genom nya monopartite, hanya satu ukuran partikel yang linear, dsRNA. Panjang genom komplitnya 7000 nukleotida. 5'-end genom tidak memiliki cap (penutup). accession number [L13218].

• Proteins

Genom virus tersusun atas protein struktural dan non-struktural.

Sifat Biologis Giardia lamblia virus

Inang Alami• Domain

Domain Eucarya.

• Domain Eucarya Protoctistae.

Acanthamoeba polyphaga

•Acanthamoeba adalah patogen pada manusia yang menyebabkan enchephalitis fatal (infeksi otak) yang jarang terjadi dan berpotensi menyebabkan infeksi kebutaan pada kornea (keratitis)

•Ditemukan (1980) amoeba dari mata yang terinfeksi, yang kemudian dihubungkan dengan trauma pada mata.

•Pada pertengahan 1980 kasus terjadi pada pengguna lensa kontak, penggunannya menjadi sangat beresiko dengan 95% kasus keratitis adalah pengunannya.

00.110.0.01.001. Acanthamoeba polyphaga mimivirus

Nama, Sinonim, dan Silsilah

Sebelumnya dikenal sebagai Misnomer bradfordcoccus, baru setelah diketahui sebagai virus. Termasuk ke dalam Mimivirus.

ICTVdB Virus Code: 00.110.0.01.001. Virus accession number: 11001001. NCBI Taxonomy ID: 212035.

Sifat Virion Acanthamoeba polyphaga mimivirus

• Morfologi

Virion memiliki capsid tanpa amplop,capsid berbentuk bola dengan icosahedral simetri.Isometric capsid berdiameter 300-400nm dan memiliki fibril dengan panjang 80 nm. Capsid virion terusun atas multilayer. Capsid hexagonal.

Menunjukan warna gram-positive pada pewarnaan gram.

• Sifat Psikokimia dan Fisika

Virions memiliki buoyant density dalam CaCl sekitar1.36 g cm–3.

.

Sifat Virion (2) Acanthamoeba polyphaga mimivirus

• Asam Nukleat

Genomnya tidak segmented dan memiliki molekul tunggal dsDNA sirkuler. Sequence komplit 1181404 nucleotida, dengan accession number [AY653733] yang mengkode1262 genes.

• Lipid

tidak ada Lipid• Karbohidrat

Tidak ditemukan karbohidrat• Antigenitas

Penentuan antigen dapat ditemukan pada permukaan virion yang berkoresponden pada 35 KDa polipeptida, dan dapat ditentukan dengan uji immunoblotting.

Sifat Biologis Acanthamoeba polyphaga mimivirus

• Inang Alami

Domain Eucarya, Protoctista

• Protoctista

Divisi Amoebozoa.

• Klasifikasi Inang

Family Amboebidae; Acanthamoeba polyphaga.

Daftar Pustaka

• Anonim 1, 2009. Hygiene - Viruses, Bacteria, and Parasites.http://www.scientificpsychic.com-health-hygiene.html. Tanggal Akses : 6 November 2009.

• Anonim 2, 2009. Protozoa. . http://www.e-dukasi.net/mol/mo_full.php?moid=134&fname=bio_106_kb1_hal5.htmhttp://www.e-dukasi.net/mol/mo_full.php?moid=134&fname=bio_106_kb1_hal5.htm. Tanggal Akses : 7 November 2009.

• Anonim 3, 2009. Viruses in Protozoa. http://www.microbiologyprocedure.com/virus-structure-and-classification/http://www.microbiologyprocedure.com/virus-structure-and-classification/viruses-in-protozoa.htmviruses-in-protozoa.htm. Tanggal Akses : 7 November 2009.

• ICTVdB Management (2006). 00.075.0.02.001. Giardia lamblia virus. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. Büchen-Osmond, C. (Ed), Columbia University, New York, USA

• Büchen-Osmond, C. (Ed) (2006). 00.110.0.01.001. Acanthamoeba polyphaga mimivirus. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. ICTVdB Management, Columbia University, New York, USA

• ICTVdB Management (2006). 00.075.0.03.001. Leishmania brasiliensis virus 1-1. In: ICTVdB - The Universal Virus Database, version 4. Büchen-Osmond, C. (Ed), Columbia University, New York, USA

• SONNEBORN, T. M. (1938). Mating types, toxic interactions and heredity in Paramecium aurelia. Science, N.Y. 88, 503

• W. J. Van Wagtendonk, Jo Ann D. Clark and G. A. Godoy, 1963 National Academy of Sciences

• Zaifbio, 2009. Sterilitas Jantan pada Jagung. http://zaifbio.wordpress.com/2009/11/01/sterilitas-jantan-pada-jagung/. http://zaifbio.wordpress.com/2009/11/01/sterilitas-jantan-pada-jagung/. Tanggal Akses : 7 November 2009. http://www.esrf.eu/events/Seminars/chantal-abergel-18september2009

• Anonim 1, 2009. Virus-like particle. http://en.wikipedia.org/wiki/Virus-like_particle (8 Novembr 2009 )

• Anonim 2, 2009. Viral Zone. http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_protein/230.html. (8 Novembr 2009)

• Fauquet,C. 2009. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses. Academic Press. • Schmitt, M.J. and D J Tipper, 1990, K28, a unique double-stranded RNA killer virus of Saccharomyces cerevisiae. http://mcb.asm.org/cgi/content/abstract/10/9/4807 (8 November 2009)

Virus of Fungi, Yeast and Parasitic Microorganism.

Documents

Transcript of Virus of Fungi, Yeast and Parasitic Microorganism.