TEST GENOTYPIQUE DE RESISTANCE AUX INHIBITEURS DE L …

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TEST GENOTYPIQUE DE RESISTANCE AUX INHIBITEURS DE L ’INTEGRASE

RAPPORT D’EVALUATION

Avril 2010

Service évaluation des actes professionnels

Test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase – Rapport d’évaluation

Haute Autorité de Santé / Service évaluation des actes professionnels / avril 2010 - 2 -

Ce rapport est téléchargeable sur www.has-sante.fr

Haute Autorité de Santé Service communication

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Ce rapport a été validé par le Collège de la Haute Autorité de Santé en avril 2010. © Haute Autorité de Santé – 2010



L’EQUIPE

Ce rapport d’évaluation a été réalisé par M. le Dr Gonzalo MARTINEZ ZAVALA, chef de projet au Service évaluation des actes professionnels.

La recherche documentaire a été effectuée par M. Aurélien DANCOISNE documentaliste avec l’aide de Mme Laurence FRIGERE assistante-documentaliste.

L’organisation logistique et le travail de secrétariat ont été réalisés par Mmes Frédérique DEVAUX et Stéphanie BANKOUSSOU.

_________________________________

Pour tout contact au sujet de ce rapport :

Tél. : 01 55 93 71 12

Fax : 01 55 93 74 35

Courriel : [email protected]

Service évaluation des actes professionnels

Chef de service, Mme le Dr Sun Hae LEE-ROBIN

Adjoint au chef de service, M. le Dr Denis Jean DAVID, docteur ès sciences

Service Documentation et information des publics

Chef de service, Mme le Dr Frédérique PAGES, docteur ès sciences

Adjoint au chef de service, Mme Christine DEVAUD



TABLE DES MATIERES

L’EQUIPE ........................................... .............................................................................. 3

LEXIQUE .......................................................................................................................... 6

INTRODUCTION............................................................................................................... 7

CONTEXTE....................................................................................................................... 8

I. SOURCES D’INFORMATION .......................................................................................... 8 II. INTRODUCTION ........................................................................................................... 8 II.1 Resistances aux antirétroviraux.................... ........................................................ 8 II.2 Inhibiteurs de l’intégrase ......................... .............................................................. 8 III. INTEGRATION DU GENOME DU VIH – ROLES DE L ’INTEGRASE ........................................ 8 IV. LE RALTEGRAVIR ANTAGONISTE DE L ’INTEGRASE DU VIH-1........................................... 9 IV.1 Mécanisme d’action................................. ............................................................... 9 IV.2 Aspects réglementaires ............................. ............................................................ 9 IV.3 Efficacité clinique ................................ ................................................................... 9 IV.4 Resistance au raltégravir .......................... ........................................................... 10 V. TESTS DE RESISTANCE AUX ANTIRETROVIRAUX .......................................................... 10 V.1 Indications........................................ ..................................................................... 10 V.2 Types de tests..................................... .................................................................. 11 METHODE D’EVALUATION............................... ............................................................ 12

I. RECHERCHE DOCUMENTAIRE .................................................................................... 12 I.1 Bases automatisées de données bibliographiques ..... ...................................... 12

I.1.1 Liste des bases interrogées .....................................................................12 I.1.2 Stratégie d’interrogation des bases et résultats .....................................12

II. METHODE D’ANALYSE CRITIQUE DE LA LITTERATURE .................................................. 15 II.1 Champs et critères d’évaluation.................... ...................................................... 15

II.1.1 Champs d’évaluation ................................................................................15 II.1.2 Critères d’évaluation .................................................................................15

II.2 Résultats .......................................... ..................................................................... 16 II.2.1 Efficacité de la réalisation des tests de résistanc e aux inhibiteurs de

l’intégrase ..................................................................................................16 II.2.2 Kits de détection .......................................................................................16 II.2.3 Prévalence des mutations du gène de l’intégrase en cas d’échec

thérapeutique ............................................................................................16 II.2.4 Implications sur la capacité réplicative et la rési stance aux inhibiteurs

de l’intégrase des mutations associées à l’échec th érapeutique. .........16 II.2.5 Résistances croisées ................................................................................16

III. GROUPE DE TRAVAIL ................................................................................................ 17 III.1 Composition........................................ .................................................................. 17 III.2 Déclaration d’intérêts ............................. .............................................................. 17 III.3 Recueil de la position argumentée du groupe de trav ail ................................... 17 RESULTATS DE L’EVALUATION.......................... ........................................................ 18

I. RESISTANCE AU RALTEGRAVIR .................................................................................. 18 I.1 Mutations du gène de l’intégrase associées in vivo à l’échec thérapeutique .. 18 I.2 Conséquences phénotypiques des mutations du gène de l’intégrase. ............ 19 II. RESISTANCE CROISEE ............................................................................................... 21 III. TESTS DEVELOPPES ................................................................................................. 22 III.1 Tests Phénotypiques................................ ............................................................ 22 III.2 Tests génotypiques : ............................... ............................................................. 22



IV. INDICATIONS DES TESTS GENOTYPIQUES DE RESISTANCE AUX INHIBITEURS DE L’INTEGRASE ............................................................................................................23

V. ESTIMATION DE LA POPULATION CIBLE .......................................................................24 CONCLUSION.................................................................................................................25

ANNEXES .......................................................................................................................26

I. METHODE GENERALE D ’ELABORATION D ’UN RAPPORT D’EVALUATION D ’UNE TECHNOLOGIE DE SANTE ...........................................................................................26

II. SYNTHESE DES REPONSES DU GROUPE DE TRAVAIL INTERROGE A DISTANCE................................................................................................................................27

II.1 INDICATIONS - applications ......................... ........................................................27 II.2 Conditions de réalisation .......................... ...........................................................28 III. NOMENCLATURE DES MUTATIONS ..............................................................................29 IV. PREVALENCES DES MUTATIONS DE RESISTANCE AU RALTEGRAV IR ..............................30 REFERENCES ................................................................................................................31



LEXIQUE

GSS PSS

: :

Genotypic sensitivity score Phenotypic Sensitivity Score Ces résultats chiffrés reflètent la somme des drogues actives au sein la trithérapie évaluée par les tests de résistance.

Mutation associée à une pharmacorésistance

: Remplacement d'un acide aminé qui est associé à une résistance accrue du VIH à un antirétroviral

Mutation primaire

: Mutation dans la séquence de nucléotides viraux qui est en soi fortement associée à une résistance accrue du VIH à un antirétroviral

Mutation secondaire

: Mutation dans la séquence de nucléotides viraux qui, combinée à d'autres mutations, confère au VIH une résistance accrue à un médicament

PCR

: Amplification par la polymérase, technique moléculaire servant à amplifier des séquences de nucléotides

Pharmacorésistance

: Diminution de la sensibilité à un médicament

Résistance croisée

: Résistance à un médicament par pression sélective, qui confère une résistance à d'autres médicaments qui ne font pas partie du traitement actuel

Résistance génotypique

: Présence de mutations dans les nucléotides qui augmente la résistance du VIH à au moins un antirétroviral

Résistance phénotypique

: Cas où la quantité de médicament requise pour inhiber la croissance virale de 50 % (concentration inhibitrice moyenne) est supérieure à la normale

Résistance primaire

: Résistance accrue du VIH à des antirétroviraux, observée chez des personnes n'ayant jamais été traitées auparavant et qui ont sans doute été infectées par un virus pharmacorésistant

Résistance secondaire

: Résistance accrue du VIH à des médicaments, observée chez des personnes déjà traitées (que l'on impute à un échec du traitement)

Sous-type

: (clade) groupe de variants apparentés du VIH, classé selon le degré de similarité génétique

Tests génotypiques

: Analyse visant à déterminer la présence de mutations dans la séquence de nucléotides du génome viral

Tests phénotypiques

: Tests servant à déterminer la sensibilité d'un virus à un médicament dans un milieu de culture

Virus de type sauvage

: Forme de VIH-1 la plus répandue



INTRODUCTION

La Direction générale de la santé a demandé à la HAS d’évaluer dans le cadre de son programme de travail 2008 le test génotypique de résistance du VIH par séquençage du gène de l’intégrase en vue d’une éventuelle inscription à la Nomenclature des Actes de Biologie Médicale (NABM). L’autorisation de mise sur le marché du raltégravir (ISENTRESS), premier antirétroviral inhibiteur de l’intégrase (décembre 2007 et juillet 2009), rend nécessaire l’évaluation des outils de diagnostic des résistances qui sont associées à ce traitement. A l’heure actuelle les deux actes inscrits à la NABM pour la détermination de la résistance aux antirétroviraux du VIH-1 permettent le génotypage uniquement du gène de l’enveloppe, et de deux parties du gène pol du VIH-1 codant pour la transcriptase inverse et la protéase. L’intégrase est codée par une troisième zone de ce gène pol.



CONTEXTE

I. SOURCES D’INFORMATION Ce chapitre de contexte a été élaboré a partir d’une revue non systématique de la littérature publiée, des recommandations, du site de l’agence européenne d’évaluation des médicaments (EMEA) et de la consultation de sites des sociétés savantes.

II. INTRODUCTION En France, la mise à disposition des antirétroviraux, notamment associés en trithérapie depuis 1996, a permis une amélioration très substantielle de la prise en charge des patients infectés par le VIH, avec une diminution de la morbi-mortalité de cette infection (1). Néanmoins ces résultats peuvent être compromis par la perte d’efficacité des antirétroviraux, qui peut être liée à l’apparition de mutations dans le génome du virus, conférant une résistance à ces médicaments.

II.1 Resistances aux antirétroviraux La dynamique de population des quasi-espèces virales est responsable de l'importante plasticité génétique de ces agents pathogènes et de leur potentiel d'adaptation : une réplication virale persistante en présence d’antirétroviraux induit l’émergence de quasi-espèces résistantes. Cette résistance correspond à la sélection de mutations dans les gènes codant pour les protéines ciblées par les antirétroviraux. La résistance aux antirétroviraux est un problème croissant en particulier chez les patients prétraités : dans une étude transversale en France, chez des patients en échec virologique, plus de 80 % présentaient au moins une mutation de résistance aux antirétroviraux (2). Une étude réalisée aux Etats Unis a mis en évidence la présence de quasi espèces résistantes à au moins un antirétroviral chez 8 % des patients n’ayant jamais été traités (3). Dans ce contexte le développement de nouvelles classes thérapeutiques de lutte contre le VIH est donc essentiel.

II.2 Inhibiteurs de l’intégrase Les inhibiteurs de l’intégrase constituent une nouvelle classe pharmacologique d’antirétroviraux. Si deux inhibiteurs de l’intégrase de type di-ketoacides (raltégravir et elvitégravir) ont atteint une phase avancée de développement clinique (phase III), seul le raltégravir (ISENTRESS) a obtenu une autorisation de mise sur le marché (AMM).

III. INTEGRATION DU GENOME DU VIH – ROLES DE L’INTE GRASE La transcriptase inverse réalise la copie de l’ARN viral monobrin en ADN proviral double brin ou ADN complémentaire (ADNc) avant son incorporation dans le génome de la cellule hôte. L’intégration de l’ADNc viral, produit par l’action de la transcriptase inverse sur l’ARN du VIH, au sein d’un chromosome hôte est une étape essentielle du cycle vital du virus. (voir figure 1) L’intégration du génome viral se déroule en plusieurs étapes : - formation du complexe de pré-intégration (CPI) dans le cytoplasme cellulaire.

Ce CPI est constitué de l’ADNc proviral à double brin, de l’intégrase et d’autres protéines cellulaires et virales (ces dernières semblent participer principalement à l’importation du CPI dans le noyau de la cellule infectée) (4).

- excision des parties 3’ terminales de l’ADNc proviral par l’intégrase.



- importation du CPI dans le noyau de la cellule - transfert des brins d’ADN proviral dans le génome de la cellule hôte par

l’intégrase. - réparation des séquences manquantes à l’intégration de l’ADN proviral par des

enzymes nucléaires de la cellule hôte (5).

Figure 1 – Etapes de l’intégration de l’ADNc proviral du VIH-1

IV. LE RALTEGRAVIR ANTAGONISTE DE L’INTEGRASE DU VI H-1

IV.1 Mécanisme d’action Le raltégravir inhibe le transfert de brin d’ADNc en se fixant au niveau du site catalytique de l’intégrase (6,7). L'inhibition de l'intégrase empêche l’intégration du génome du VIH dans le génome de la cellule hôte ; ce qui interdit la production de nouvelles particules virales infectieuses.

IV.2 Aspects réglementaires Le raltégravir (ISENTRESS) est la première molécule de la classe des inhibiteurs de l’intégrase à recevoir une autorisation de mise sur le marché (AMM). Cette AMM a été attribuée par procédure centralisée de l’EMEA le 20 décembre 2007 (8). Initialement indiqué uniquement chez les patients prétraités et en échec thérapeutique, l’EMEA en date du 23 juillet 2009, a étendu les indications du raltégravir aux adultes infectés par le VIH-1 prétraités ou non ; toujours en combinaison avec d’autres antirétroviraux (9).

IV.3 Efficacité clinique Les indications actuelles du raltégravir se fondent sur trois essais randomisés, en double aveugle dont l’efficacité a été évaluée à 48 semaines. Les deux premiers ont inclus au total 699 patients en échec thérapeutique et avec une résistance documentée à au moins une des 3 principales classes d’antirétroviraux. A 48 semaines, le raltégravir au sein d'un traitement antirétroviral optimisé a conduit à rendre indétectable le VIH dans le sang chez environ les deux



tiers des malades (62,1%), alors que seulement un tiers (32,9%) des patients du bras placebo ont atteint cet objectif (10). Au sein d’un troisième essai multicentrique incluant 566 patients infectés par le VIH-1 n’ayant jamais reçu de traitement antirétroviral, le raltégravir et l’efavirenz (tous deux administrés au sein d’une trithérapie) ont abouti à des taux similaires de patients atteignant une charge virale (CV) indécelable (86,1% et 81,9% respectivement) (11).

IV.4 Resistance au raltégravir Au cours de la phase de développement clinique, le profil de sécurité d’emploi d’ISENTRESS a été évalué chez près de 900 patients. Les principaux risques liés à l’emploi d’ISENTRESS sont le syndrome de restauration immunitaire et le risque de développement de résistances au raltégravir qui, à terme, peut conduire à un échec virologique, une résistance croisée aux autres inhibiteurs de l'intégrase et à une transmission des variants (12). Dans les essais d’AMM chez les patients prétraités, 23 % des patients du bras raltegravir étaient en échec thérapeutique à la semaine 48. Au moins une mutation du gène de l’intégrase a été mise en évidence chez 68 % des patients en échec (13). L’introduction des tests de résistance au raltégravir semble donc un outil nécessaire à la prise en charge des patients infectés par le VIH.

V. TESTS DE RESISTANCE AUX ANTIRETROVIRAUX Il existe deux types de tests de résistance utilisés en pratique clinique :

– les tests génotypiques fondés sur le séquençage des gènes du VIH-1 afin de détecter les mutations de résistance ;

– les tests phénotypiques pour lesquels la réplication des virus plasmatiques du patient sur culture cellulaire se fait en présence de différentes concentrations d’antirétroviraux .

V.1 Indications D’après les recommandations françaises de prise en charge des patients infectés par le VIH (1), il est recommandé de réaliser les tests de résistance aux antirétroviraux dans les situations suivantes : - primo-infection ; - avant de débuter le traitement ; - en cas d’échec thérapeutique. Les recommandations semblent s’appliquer à tous les antirétroviraux puisque aucune classe n’est mentionnée précisément. Les deux premières indications se fondent sur les résultats d’études rétrospectives (14). L’utilisation des tests de résistance pour guider la prise en charge des patients en échec thérapeutique a démontré son efficacité dans plusieurs essais comparatifs prospectifs par une diminution du taux de persistance d’échec thérapeutique (15-17) et par une plus grande proportion de patients atteignant une charge virale indétectable (18-21). Ces essais prospectifs démontrant l’intérêt immuno-virologique du guidage du traitement antirétroviral (inhibiteurs de la transcriptase inverse et de la protéase) par les tests de résistance sont analysés de façon exhaustive dans le dossier d’évaluation concernant les tests génotypiques de résistance de l’ANAES de 2004 (22).



V.2 Types de tests Tests génotypiques de résistance Une amplification par PCR puis un séquençage des gènes des virus plasmatiques du patient codant pour les protéines virales ciblées par les antirétroviraux constituent la première étape. Cette étape peut être réalisée en utilisant des kits commerciaux ou par des méthodes propres à chaque laboratoire comme celle de l’action coordonnée 11 de l’ANRS (23) L’interprétation se fait par l’application d’algorithmes aux séquences amplifiées ; ces algorithmes prennent en compte la détection de mutation de résistance déjà décrites pour caractériser le degré de résistance aux antirétroviraux des souches de VIH-1 du patient. Tests phénotypiques Les tests de résistance phénotypiques représentent le degré de résistance des virus cultivés par le rapport entre la IC50 des virus du patient et celle de virus de référence (sensible à l’antirétroviral étudié) Recommandations Aucun guide de prise en charge des patients infectés par le VIH ne recommande la réalisation d’un type de test par rapport à un autre. Une seule étude comparative directe sur 5 comparant génotypage à phénotypage a montré un bénéfice significatif mais modéré de l’utilisation de tests génotypiques sur 276 patients (réduction de la CV de 1 log vs 1,3 log à 48 semaines) (24). Dans les autres essais, les deux techniques ont abouti à des réponses virologiques équivalentes (20,25-27). Ces tests semblent donc en principe équivalents pour le suivi des patients infectés par le VIH. Les tests les plus communément réalisés en France sont les tests génotypiques de résistance : en effet un grand nombre des laboratoires universitaires de virologie (une quarantaine), ainsi que plusieurs laboratoires privés sont équipés pour la réalisation complète du test. L’AFSSAPS en coordination avec l’AC11 de l’ANRS ont mis en place un contrôle de qualité national pour les laboratoires réalisant les tests de résistance génotypique. Les recommandations européennes, des Etats Unis d’Amérique et françaises insistent néanmoins sur l’intérêt potentiel de l’utilisation des tests phénotypiques pour l’évaluation des résistances aux nouvelles molécules puisque le recul des algorithmes d’interprétation génotypique, dans ce contexte, est faible (1,14,28).



METHODE D’EVALUATION

La méthode d’évaluation utilisée dans ce rapport par la HAS (cf. Annexe I) est fondée sur :

– l’analyse critique des données identifiées de la littérature scientifique ;

– la position argumentée de professionnels interrogés à distance par questionnaire au sein d’un groupe de travail.

I. RECHERCHE DOCUMENTAIRE

I.1 Bases automatisées de données bibliographiques

I.1.1 Liste des bases interrogées Bases de données bibliographiques consultées :

• Medline (National Library of Medicine, États-Unis) ; • Embase (Elsevier, Pays-Bas) ; • The Cochrane Library (Grande-Bretagne) ; • National Guideline Clearinghouse (États-Unis) ; • HTA Database (International Network of Agencies for Health Technology Assessment

- INAHTA) ; • Bibliothèque Médicale A.F.Lemanissier (France) ; • CISMeF Bonnes Pratiques (France) ; • CMA Infobase - Clinical Practice Guidelines (Canada) ; • National Library for Health - Guidelines Finder (UK).

Autres sources :

• Sites Internet des sociétés savantes compétentes dans le domaine étudié ; • Sites Internet des organismes publiant des recommandations et/ou des rapports

d’évaluation technologique ; • Bibliographie des articles et documents sélectionnés.

I.1.2 Stratégie d’interrogation des bases et résult ats La stratégie de recherche est construite en utilisant, pour chaque sujet, soit des termes issus d’un thésaurus (descripteurs du MESH par exemple pour Medline), soit des termes du titre ou du résumé (mots libres). Ils sont combinés en autant d’étapes que nécessaire à l’aide des opérateurs booléens. Ils sont également combinés avec les termes descripteurs de type d’étude. Le tableau ci-dessous présente la stratégie et les résultats de la recherche, en termes de nombre de références obtenues par type d’étude et par sujet, sur une période donnée. Dans ce tableau, lorsque le champ de recherche n’est pas précisé, il s’agit du champ descripteur. Le tableau 1 ci-dessous présente la stratégie et les résultats de la recherche en termes de nombre de références obtenues par type d’étude et par sujet sur une période donnée.

Dans ce tableau 1, la dénomination indiquée du type de document correspond à celle fournie par les bases. Elle ne constitue pas le résultat de l’appréciation méthodologique, réalisée par la HAS lors de l’analyse critique - postérieure à la recherche documentaire - des documents concernés, ce qui explique la différence entre les résultats de ce tableau 1et les résultats de l’analyse (cf. infra).



Tableau 1. Stratégie d’interrogation documentaire dans les bases (medline, embase et Pascal) et résultats.

Type d'étude / sujet Termes utilisés

Période de recherche

Nombre de références

Tests génotypique et phénotypique de résistance à l ’intégrase

Recommandations et conférence de consensus janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 45

Etape 1 Drug resistance OU HIV integrase OU drug resistance[titre et résumé] OU drug resisting[titre et résumé] OU multidrug resistance

ET Etape 2 HIV OU hiv infections OU HIV[titre et résumé] OU human

immunodeficiency virus[titre et résumé] OU immunodeficiency syndrome[titre et résumé] OU human immunodeficiency virus OU human immunodeficiency virus infection

ET Etape 3 (Genetic screening OU polymerase chain reaction OU

chromosome mapping OU reagent kits, diagnostic OU sensitivity or specificity OU predictive value of tests OU biological assay OU clinical laboratory techniques OU genetic techniques OU immunologic techniques OU molecular probe techniques OU reproducibility of results OU diagnosis, differential OU testing[titre et résumé] OU assay?[titre et résumé] OU test? [titre et résumé] OU determination[titre et résumé] OU analytical equipment OU prediction and forecasting OU bioassay OU diagnosis, measurement and analysis OU genetic procedures OU immunological procedures OU laboratories OU cluster analysis

ET Etape 4 HIV integrase inhibitors OU integrases OU raltegravir[titre et

résumé] OU isentress[titre et résumé]

ET Etape 5 (Guidelines as topic OU Practice Guideline/Type de publication

OU Guideline/Type de publication OU Health Planning Guidelines OU Consensus Development Conferences as topic OU Consensus Development Conferences, NIH as topic OU Consensus Development Conference, NIH/Type de publication OU Consensus Development Conference/Type de publication

Méta analyses, revues systématiques janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 158

Etape 1 ET Etape 2 ET Etape 3 ET Etape 4 ET Etape 6 (Meta-Analysis as topic OU Meta-Analysis/Type de publication

OU meta analysis/Titre) OU (Review Literature as topic OU Review/Type de publication OU systematic review/Titre)

Etudes contrôlées randomisées janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 3

Etape 1 ET Etape 2 ET Etape 3 ET Etape 4 ET



Etape 7 (Randomized Controlled Trial/Type de publication OU Randomized Controlled Trials as topic)

Etudes contrôlées janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 62

Etape 1 ET Etape 2 ET Etape 3 ET Etape 4 ET Etape 8 (Controlled Clinical Trial/Type de publication OU Controlled

Clinical Trials as topic OU Randomized Controlled Trial/Type de publication OU Single-Blind Method OU Double-Blind Method OU Random Allocation OU Comparative Study/Type de publication)

Etudes de cohortes janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 39

Etape 1 ET Etape 2 ET Etape 3 ET Etape 4 ET Etape 9 (Comparative Study OU Cohort Studies OU Longitudinal Studies

OU Follow-Up Studies OU Prospective Studies OU retrospective Studies)

Etudes de cas janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 39

Etape 1 ET Etape 2 ET Etape 3 ET Etape 4 ET Etape 10 (Case study/titre, résumé OU case report/titre, résumé OU

comparative study OU case report OU comparative study/Type de publication)

Autres publications janvier 1998 – mai 2008

M ; E : 256

Etape 1 ET Etape 2 ET Etape 3 ET Etape 4 NOT Etapes 1 à 10

Publications dédoublonnées des résultats précédents.

Nombre total de références obtenues 615 Nombre de références retenues 120 Nombre de références citées 56

M : Medline; E : Embase. Le signe ! signifie que le descripteur a été interrogé avec son arborescence, c’est à dire que tous ses termes spécifiques sont compris dans l’interrogation. Le signe ? notifie une troncature.



Cette recherche s’est poursuivie par : • une veille systématique, jusqu'en octobre 2009, des revues suivantes : British

Medical Journal (BMJ), Journal of the American Medical Association (JAMA), The Lancet, The New England Journal of Medicine, la presse quotidienne médicale et paramédicale et l’Agence Presse Médicale (APM) ;

• des mises à jour ponctuelle, de la recherche sur la base de données Medline en utilisant la même stratégie. Elles se sont déroulées jusqu’en octobre 2009 et on permis d’identifier 160 références supplémentaires à la recherche initiale.

II. METHODE D’ANALYSE CRITIQUE DE LA LITTERATURE Les études analysées dans ce rapport ont été évaluées selon leur niveau de preuve et leur qualité méthodologique à l’aide des grilles de lecture du « Guide d’analyse de la littérature et gradation des recommandations ».

II.1 Champs et critères d’évaluation

II.1.1 Champs d’évaluation La finalité principale de ce rapport est de définir l’efficacité de la réalisation des tests de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase pour guider la prise en charge des patients traités par raltégravir. Les champs d’évaluation secondaires ont une valeur principalement descriptive : - Une revue des kits de détection et des algorithmes d’interprétation disponibles permet entre autre d’en connaître les seuils de détection. - Les autres objectifs secondaires sont de décrire les principales mutations de résistance au raltégravir apparaissant in vivo ainsi que leurs conséquences sur la résistance du VIH au raltégravir et la capacité réplicative des virus mutés (variables étudiées in vitro). Les éventuelles résistances croisées entre raltégravir et elvitégravir (le seul autre inhibiteur de l’intégrase à un stade avancé de développement) sont un dernier point de cette évaluation.

II.1.2 Critères d’évaluation Efficacité de l’utilisation des tests de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase : Pour l’efficacité des tests de résistance aux inhibiteurs de l‘intégrase, il est nécessaire de réaliser une analyse sur l’évaluation de variables pronostiques objectives comme les charges virales atteintes par les patients dont le traitement est guidée par ces tests et ceux dont la prise en charge n’en dépend pas. Evaluation des kits de détection disponibles : L’évaluation des kits de détection disponibles ainsi que de leur efficacité de détection des mutations du gène de l’intégrase se fera sur le degré de concordance ainsi que sur le seuil de détection (charges virales) La description des mutations de résistance doit prendre en compte les variables suivantes :

- Prévalence des mutations de résistance chez les patients en échec thérapeutique sous raltegravir: cette analyse doit permettre de décrire les mutations sélectionnées in vivo par la pression de sélection d’un traitement antirétroviral incluant le raltégravir

- Résistance au raltégravir conférée par les différentes mutations : cette résistance est exprimée en général par le rapport des variations de l’IC50

(concentration inhibitrice nécessaire pour bloquer la réplication de la moitié des virus mis en culture) des virus mutés par rapport aux souches virales « sauvages » (sensibles au raltégravir)



- Capacité réplicative des virus mutés Les mutations de résistance confèrent un avantage face aux antirétroviraux mais elles peuvent également limiter la capacité de souches mutées à se reproduire.

- Resistance croisée : la variations de l’IC50 sous elvitégravir et raltégravir des virus mutés sera comparée au sein des mêmes essais : en effet ces variations de résistance ne sont pas équivalentes d’un essai à un autre, les techniques de détection et les cultures cellulaires étant propres à chaque équipe de recherche.

II.2 Résultats

II.2.1 Efficacité de la réalisation des tests de ré sistance aux inhibiteurs de l’intégrase

Aucun essai comparatif concernant le bénéfice pronostique de l’utilisation des tests de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase pour la prise en charge des patients sous traitement par raltégravir n’a été identifié.

II.2.2 Kits de détection Un seul essai de validation d’un kit de détection commercial a été identifié. Au moins 4 publications décrivant des méthodes développées spécifiques à chaque laboratoire sont recensées. Une seule technique phénotypique a fait l’objet de publications quant à ses résultats de validation de détection sur échantillons avec des charges virales.

II.2.3 Prévalence des mutations du gène de l’intégr ase en cas d’échec thérapeutique

Un total de 5 essais prospectif ont été identifiés pour lesquels une analyse des mutations du gène de l’intégrase a été réalisée. Une relecture systématique des bases bibliographiques des articles sélectionnés a mis en évidence un grand nombre de références non publiées correspondant essentiellement à des d’essais présentés au cours de conférences internationales sur l’infection par VIH.

Un total de six références non publiées, issues des présentations au cours des congrès ont été identifiées.

II.2.4 Implications sur la capacité réplicative et la résistance aux inhibiteurs de l’intégrase des mutations associées à l’échec théra peutique.

Des 7 essais décrivant la résistance phénotypique (variation de l’IC50) de variants mutants, 4 sont analysés sur résumés (les données n’ayant été présentées qu’au cours de congrès). Il n’est pas possible de combiner les résultats de ces essais pour établir une résistance phénotypique moyenne pour chaque mutation en raison de l’hétérogénéité des kits de détection, du type de virus (recombinant ou non) et de types de cultures cellulaires utilisées. Seuls 3 essais in vitro ont été retenus pour l’évaluation des effets sur la capacité réplicative des quasi-espèces de VIH comportant les mutations du gène de l’intégrase.

II.2.5 Résistances croisées Un total de 8 essais évaluant les variations de l’IC50 pour l’elvitégravir chez des virus comportant une ou plusieurs mutations du gène de l’intégrase ont été identifiés.



Le profil de résistance du raltégravir et celui de l’elvitégravir sont comparés d’après cette variable phénotypique au sein de 3 essais ayant réalisés les mêmes tests de mise en culture de virus mutés sous la pression de sélection du raltégravir et de l’elvitégravir.

III. GROUPE DE TRAVAIL

III.1 Composition Les disciplines suivantes ont été sollicitées pour participer à cette évaluation :

- Médecine interne infectiologie ;

- Virologie ;

- Biologie clinique.

Le groupe de travail a été constitué par des professionnels de santé indiqués par les organismes professionnels suivants :

- Société de Pathologies Infectieuses de Langue Française ;

- Société Française de Microbiologie ;

- Société Nationale Française Médecine Interne.

Les membres ayant accepté de participer au groupe de travail sont :

- Monsieur le Professeur Patrice MASSIP Service des maladies infectieuses et Tropicales, Hôpital Purpan Toulouse ;

- Monsieur le Professeur Jacques IZOPET Laboratoire de Virologie, Hôpital Purpan, Toulouse ;

- Monsieur le Docteur Jean Dominique POVEDA, service de Biologie clinique, Laboratoires Pasteur-Cerba, Saint Ouen ;

- Madame le Docteur Diane DESCAMPS, Service de virologie médicale, Hôpital Bichat-Claude Bernard, Paris.

III.2 Déclaration d’intérêts Aucun des membres du groupe de travail n’a déclaré d’intérêt.

III.3 Recueil de la position argumentée du groupe de trav ail Le groupe de travail a été interrogé à distance par questionnaire sur le contenu du rapport ainsi que sur différents point essentiels liés à la pratique clinique des tests de résistance, en septembre 2009.

La synthèse des réponses est présentée en annexe II. Les réponses du groupe sont rappelées dans le rapport pour chaque point abordé dans l’évaluation.



RESULTATS DE L ’EVALUATION

I. RESISTANCE AU RALTEGRAVIR

I.1 Mutations du gène de l’intégrase associées in vivo à l’échec thérapeutique Les essais d’AMM sur patients prétraités sont les essais ayant impliqué le plus de patients et fournissent donc le plus d’information sur les voies de résistance. A la semaine 48, 23 % des patients sous raltégravir étaient en échec thérapeutique. Le génotypage de l’intégrase, a mis en évidence que 68 % de ces patients en échec (94 patients) présentaient au moins une mutation (13). L’échec virologique s’est principalement associé à des mutations primaires sur l’un des 3 résidus : Y143, Q148, N155 présentes respectivement chez 15%, 42% et 59% des patients testés (voir tableau 3 en annexe du rapport) Les mutations Q148H/K/R et N155H sont les principales voies de résistance associées à l’échec thérapeutique, dans les différents essais analysés (voir figure 2). Deux autres mutations sont associées à la résistance au raltégravir : E92Q et G140S. Cette dernière est presque systématiquement associée à la mutation Q148H/K/R, alors que la voie de mutation N155 s’associe à la mutation secondaire E92Q. Plusieurs études longitudinales mettent en avant l’exclusion mutuelle des mutations en position N155 et Q148 (29,30) ; ces mutations n’apparaissant pas conjointement sur une même souche de VIH-1 in vivo. Le risque de présenter ces mutations de résistance a été plus élevé chez les patients présentant un score de sensibilité aux antirétroviraux bas (GSS <1ou PSS<1) et chez ceux dont la charge virale était élevée (13,31). La majorité des virus isolés chez les patients en échec thérapeutique présentaient au moins deux mutations sur le gène de l’intégrase (13).

0,00

5,00

10,00

15,00

20,00

25,00

30,00

35,00

40,00

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8H/K

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N15

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T97A

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163

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L101

I

V72I

v201

I

Figure 2 - Prévalence relative de chacune des principales mutations identifiées chez les patients en échec thérapeutique. D’après Malet 2008 (32), Malet 2009 (33), Cooper 2009 (13), Ferns 2009 (34), Roquebert 2008 (35), Salgado 2009 (36), Sichtig 2009 (30), Miller 2008 (37), Katlama 2008 (38), Anies 2009 (39). * Une pondération en fonction de l’effectif des études à été réalisée. Les données complètes des essais sont disponibles dans le tableau 4 en annexe du rapport.



La mutation en position 155 semble être sélectionnée initialement en cas d’échec thérapeutique puisqu’au sein des essais BENCHMRK, cette mutation s’est associé à un échec précoce chez 43% des patients en échec virologique sous raltégravir (13). La voie de mutation principale Q148 H/K/R s’associe fréquemment avec certaines mutations secondaires comme G140S

I.2 Conséquences phénotypiques des mutations du gène de l’intégrase. Deux variables permettent d’évaluer les conséquences phénotypiques (in vitro) des mutations détectées sur le génome du VIH. La concentration inhibitrice IC50 qui reflète le degré de résistance à l’antirétroviral testé et la capacité réplicative qui en général est altérée par les mutations de résistance. Il s’agit de deux variables subrogées qui ne reflètent qu’en partie le comportement du virus in vivo et donc l’impact pronostique des mutations reste à évaluer sur des études prospectives en conditions réelles d’utilisation du raltégravir (40,41). Résistance au raltégravir La concentration Inhibitrice IC50 correspond à la concentration d’antirétroviral nécessaire pour inhiber 50% de la réplication virale sur culture cellulaire. Cette variable est souvent présentée comme le rapport entre IC50 du virus muté et celui d’un virus de type sauvage, sensible au traitement. Ce rapport permet d’évaluer le degré de résistance à l’antirétroviral testé acquis par le virus mutant par rapport au virus « sauvage ». Au sein du tableau 2 sont référencées les résistances conférées par les différentes mutations du gène de l’intégrase.

Les différents essais retenus évaluent la résistance au raltégravir de clones de VIH-1 dont les mutations ont été induites par un processus de mutagénèse dirigée.

Tableau 2 : Variation des ratios d'IC50 au raltégravir des souches virales de VIH-1 par rapport aux souches « sauvages », en fonction des mutations du gène de l'intégrase présentes

N155H N155S Q148R Q148H G140S E92Q Q148R+ N155H

Q148R+ E132K

N155H+ L68V

Q148H +G140S

E92Q+ N155H

Rowley 2008 (42)

10

Goethals 2008 (43) 8 3 20

Hombrouk 2008 (44)

3

Malet 2009 (33) 10 50

Malet 2008 (32)

14 8 7

Goodman 2008 (45) 21 35 18 6 102 24 >1000 105

Ren 2007 (46) 2,9 9

Jones 2007 (47)

7

Quercia 2009 (48) 36,9 164 2,1 7 >30000 1603 496

Delelis 2009 (49)

10 > 70 3 100



Les mutations Q148H/K/R et N155H induisent une résistance au raltégravir plus de 10 fois supérieure aux souches de référence (33,42-46,48). La présence concomitante de mutations primaires et de mutations secondaires sur le génome d’un même virus augmente significativement la résistance au raltégravir. (1000 fois pour Q148H+G140S et entre 100 et 500 fois pour E92Q+N155H) La capacité réplicative ou fitness Les mutations de résistance peuvent influencer la capacité réplicative des virus. Cette capacité réplicative est évaluée en mettant en culture cellulaire les virus mutés ou des virus recombinants comportant une ou plusieurs mutations de résistance. Seulement 3 essais évaluant la capacité réplicative ont été identifiés. La voie de résistance N155H présente une capacité réplicative préservée (entre 62% et 77 % selon les essais). Par contre les mutations sur le codon 148 altèrent fortement la réplication des souches (entre 28% et 40%) (37,45,48) Cette diminution de la capacité réplicative peut en partie s’expliquer par une altération des fonctions principales de l’intégrase conséquence des mutations de résistance. En effet l’excision 3’comme le transfert de brin d’ADNc sont altérés chez les souches comportant les mutations primaires (32). L’association des mutations principales avec les mutations secondaires les plus fréquentes aboutit à une restauration de la capacité réplicative : les mutations Q148h+G140S présentent une capacité réplicative significativement supérieures à celle de Q148H seule (passe de 40 % à 88 % dans l’étude de l’équipe Goodman). Ce dernier point ainsi que la haute résistance au raltégravir que ce couple de mutation confère expliquerait la prévalence de ces deux mutations au sein des virus des patients en échec thérapeutique.

0

20

40

60

80

100

120

140

160

Q148H

Q148R

N155H

E92Q

G140S

E92Q+N155

H

Q148H

+G140S

Q148H

+N155H

Q148R

+G140S

Y143R

CR

viru

s m

uté

/ C

R v

irus

sauv

age

x 10

0

Quercia2009

Goodman2008

miller 2008

Figure 3 - Capacité réplicative des virus comportant les mutations associées à la résistance au raltégravir par rapport à celle de souches sauvages. (d’après Goodman, Quercia, Miller) (37,45,48)



La mutation N155H + Q148H diminue fortement la capacité réplicative du VIH-1 (<20%), malgré une résistance conférée importante (voir tableau 2) ce qui explique certainement l’exclusion réciproque de ces deux voies de résistance, évoquée par certains auteurs.

II. RESISTANCE CROISEE Raltégravir et elvitégravir inhibent l’action de l’intégrase en empêchant le processus du transfert de brin d’ADNc. La figure 4 fait la synthèse d’essais des variations de l’IC50 pour l’elvitégravir et le raltégravir de virus porteurs de mutations de résistance (introduites par mutagénèse ciblée). Les combinaisons des mutations Q148H/R/K +G140S et N155H+E92Q confèrent une résistance de plus de 100 fois supérieure à celle des souches sauvages au raltégravir comme à l’elvitégravir (45). Certaines mutations comme T66I semblent n’avoir de conséquences que pour l’elvitégravir (résistance 33 fois supérieur à l’elvitégravir et inchangée au raltégravir).

0

20

40

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120

140

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N155H

N155H L6

8V

Q148R

Q148R

N155

H

Q148H

Q148H

G14

0SE92

Q

E92Q N

155H

T66I

Q148R

E13

2K

F121Y

Raltegravir

Elvitegravir

Figure 4 - Résistances croisées entre raltégravir et elvitégravir (d’après Goodman, Ren, Goethals) (43,45,46). Ces deux antirétroviraux partagent le même mécanisme d’action (inhibition du centre catalytique de l’intégrase) et présentent donc un profil résistance similaire.



En Résumé :

� Le raltégravir est un antirétroviral efficace chez les patients infectés par le VIH-1 n’ayant jamais reçu d’antirétroviraux et prétraités. Un des principaux risques associé à son utilisation correspond au développement de résistances.

� Le raltégravir présente une barrière génétique faible : une mutation ponctuelle peut induire une résistance importante (jusqu’à 60 fois pour N155H)

� Trois voies principales de résistance ont été décrites dans les différents essais incluant des patients sous traitement par raltegravir Y143 R/C, N155H et Q148H/K/R. Deux d’entre elles, N155H et Q148H/K/R, ne coexistent pas.

� Plusieurs mutations secondaires peuvent induire à la fois une augmentation de la résistance au raltégravir et une restauration de la capacité réplicative des virus présentant une des mutations primaires.

� Il existe une forte résistance croisée entre les inhibiteurs de l’intégrase bloqueurs du transfert de brin (raltégravir et elvitégravir)

III. TESTS DEVELOPPES Aucun essai comparant les résultats obtenus avec les différentes techniques n’a été identifié au cours de la recherche bibliographique.

III.1 Tests Phénotypiques Un seul test phénotypique dont les données d’efficacité ont été publiées intégralement a été identifié. Il s’agit du test développé par le laboratoire Virco BVBA. Ce test utilise des techniques génotypiques comme phénotypiques et nécessite la mise en culture cellulaire de virus recombinants (50). Pour le moment il n’est pas commercialisé. Monogram a commercialisé un test phénotypique à virus recombinant dont les donnés de validation ont été présentées au cours d’une conférence internationale (51). Ce test a été calibré pour la détection des résistances à l’intégrase seule ou de façon concomitante à celles aux autres antirétroviraux. Un autre laboratoire industriel a développé un essai à virus recombinant qui inclut presque la totalité du génome viral. Ce test semble en mesure d’évaluer les résistances aux inhibiteurs de la protéase, de l’intégrase et de la transcriptase inverse. L’équipe Buzón et al a décrit au sein d’un essai, une technique phénotypique propre. (52)

III.2 Tests génotypiques : Un seul kit de séquençage commercial présente des données de validation de détection des mutations de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase : Le kit de séquençage Trugene Sequencing System® offre des résultats concordants dans 97,3% des cas analysés (pour des échantillons dont la charge virale est supérieure à 500 copies par mL) (53). Le séquençage est réalisé sur 409 paires de bases des codons 41 à 176 de la région génomique du gène de l’intégrase. Un grand nombre de laboratoires utilisent d’autres techniques de séquençage avec des méthodes propres, dont celle du groupe Résistance AC11 de l’ANRS décrite sur le site http://www.hivfrenchresistance.org (1).



Plusieurs algorithmes d’interprétation des séquences du gène de l’intégrase sont disponibles sur des sites Internet collaboratifs : � Intégrase geno2pheno (développé par l’institut Max Plank): http://integrase.bioinf.mpi-inf.mpg.de/ Ce site web précise qu’une stabilité complète du système n’est pas encore garantie. � HIV drug resistance database. http://hivdb.stanford.edu/ � Algorithme de l’AC11 de l’ANRS http://www.hivfrenchresistance.org. Avis des experts consultés: L’amplification du gène de l’intégrase est réalisée de façon séparée des autres zones du gène pol (gènes de protéase et transcriptase inverse). Cette pratique permet plus de flexibilité d’utilisation et de précision de l’amplification (plus la zone amplifiée est courte, plus la PCR est sensible). La réalisation d’un test phénotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase en cas de doute sur l’interprétation du test génotypique n’a pas démontré son efficacité dans le contexte d’un échec thérapeutique.

IV. INDICATIONS DES TESTS GENOTYPIQUES DE RESISTANCE AUX INHIBITEURS DE L’INTEGRASE

Aucune des recommandations identifiées (1, 14, 28) ne fait référence spécifiquement aux indications des tests génotypiques de résistance au raltégravir. Néanmoins, toutes ces recommandations font état des indications générales du génotypage de résistance des antirétroviraux et décrivent dans une sous-partie les mutations de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase. � La réalisation d’un test génotypique de résistance, incluant la recherche de

mutations sur le gène de l’intégrase est indiquée en cas d’échec thérapeutique, même si le bénéfice clinique n’en a pas été évalué au cours d’essais prospectifs pour les inhibiteurs de l’intégrase comme ceci avait été fait pour les autres classes d’antirétroviraux (22), car :

- le raltégravir présente une faible barrière génétique et une résistance croisée avec la seule autre molécule de cette classe à un stade avancé de développement ;

- les mutations associées à l’échec thérapeutique sont clairement identifiées ;

- Les algorithmes d’interprétation peuvent être actualisés au fur et à mesure de l’intégration de nouveaux résultats.

� Pour les autres indications des tests génotypiques de résistance aux

antirétroviraux (en cas de primo-infection ou infection récente et avant d’initier un traitement), bien qu’il n’existe pas de données formelles (pas d’essais prospectifs et comparatifs) sur lesquelles se fonder, leur utilisation est aussi recommandée pour détecter la présence de mutations entraînant des résistances (résistances primaires et transmises).

Avis des experts consultés:

Les experts consultés considèrent que la recherche des mutations sur le gène de l’intégrase doit être réalisée dans les mêmes situations que la recherche des mutations sur les autres gènes (i.e., pour les autres antirétroviraux), ces situations étant celles retenues par les Recommandations. Ils soulignent qu’une transmission de résistance reste possible même si aucun cas de résistance primaire n’est décrit à ce jour.



Etant donné l’extension récente des indications du raltégravir, on ne peut écarter l’émergence future de ces résistances primaires et transmises. Au total, sur la base des l’analyse de la littérature et de l’opinion du groupe de travail, il apparaît que le test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase est indiqué d’une part en cas d’échec thérapeutique et d’autre part en cas de primo-infection ou infection récente et avant d’initier un traitement.

V. ESTIMATION DE LA POPULATION CIBLE Dans son récent rapport sur le dépistage de l’infection à VIH en France (56), les dernières estimations de la prévalence et de l’incidence de cette infection sont rappelées : - pour la prévalence, elle a été estimée a été estimée, fin 2006, à 137 000 selon la méthode directe (IC 95% [100 000 – 170 000]) et à 109 500 selon la méthode de rétrocalcul (IC 95% [67 000 – 175 000]) ; - pour l’incidence, le nombre de découvertes de séropositivité a été estimé à 6 500 en 2007 (IC95% [6 300-6 800]). Par ailleurs, les Recommandations françaises sur la prise en charge médicale des personnes infectées par le VIH (1) rappellent qu’n 2006 81,4 % des patients recevaient une multithérapie et qu’en 2007 88 % des patients traités depuis au moins 6 mois présentaient une charge virale plasmatique inférieure à 500 copies / ml. Sur ces bases, la population cible du test génotypique de résistance aux anti-intégrases peut être estimée de la manière suivante : - pour les patients en échec thérapeutique :

* nombre de patients infectés par le VIH : entre 67 000 et 175 000, * nombre de patients traités : 81,4 % des patients, soit entre 54 500 et

142 500, * nombre de patients en échec : 12 % des patients traités, soit entre 6 500

et 17 100, - pour les primo-infections ou infections récentes et avant d’initier un traitement :

* nombre de découvertes de séropositivité, soit entre 6 300 et 6 800. Au total, la population cible du test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase pourrait être comprise entre 12 800 et 23 900.



CONCLUSION

Resistance aux inhibiteurs de l’intégrase � Les principales mutations du gène de l’intégrase liées à l’utilisation du

raltégravir, leurs conséquences sur l’échec du traitement antirétroviral contenant du raltégravir (données in vivo) ainsi que sur la capacité réplicative (données in vitro) sont bien établies ; ces mutations sont clairement décrites dans les guides de prise en charge des patients infectés par le VIH.

� Le raltégravir présente une barrière génétique faible : une mutation ponctuelle peut induire une résistance importante

� Plusieurs mutations secondaires peuvent induire à la fois une augmentation de la résistance au raltégravir et une restauration de la capacité réplicative des virus présentant une des mutations primaires

� Il existe une forte résistance croisée entre les inhibiteurs de l’intégrase bloqueurs du transfert de brin (raltégravir et elvitégravir)

Indications des tests génotypiques de résistance à l’intégrase : � Si l’efficacité de l’utilisation des tests génotypiques de résistance par

séquençage du gène de l’intégrase n’a pas été évaluée dans des essais prospectifs, plusieurs données objectives permettent d’en valider l’utilisation en cas d’échec thérapeutique sous inhibiteur de l’intégrase :

- Le bénéfice clinique de l’utilisation des tests génotypiques aux antirétroviraux a été démontré au cours d’essais comparatifs randomisés prospectifs pour les principales classes d’antirétroviraux (inhibiteurs de la transcriptase inverse et de la protéase).

- Les principales voies de résistance au raltégravir sont bien établies. - Les algorithmes d’interprétation peuvent être actualisés au fur et à mesure

de l’intégration de nouveaux résultats.

� L’utilisation des tests génotypiques de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase (et aux autres antirétroviraux) en primo-infection ou infection récente et avant d’initier un traitement n’est appuyée par aucun essai prospectif comparatif. Néanmoins, l’indication du raltégravir en première ligne ne permet pas d’écarter de futures résistances primaires ou transmises. Cette situation fait partie des indications retenues par les Recommandations.

Ces indications devront être réévaluées sur la base des nouvelles données disponibles et les résultats correspondants seront compilés dans une base de données.

Conditions de réalisation du test génotypique de ré sistance aux inhibiteurs de l’intégrase :

- Le plateau technique et la formation du personnel sont identiques à ceux des tests de résistance aux autres antirétroviraux, établis depuis plusieurs années en France. L’amplification et le séquençage initiaux ciblent une zone différente du gène pol, le gène de l’intégrase.

- Les laboratoires susceptibles de mettre en place ces tests sont soumis à un contrôle de qualité annuel coordonné par l’AFSSAPS.



ANNEXES

I. METHODE GENERALE D’ELABORATION D’UN RAPPORT D’EVALUATION D’UNE TECHNOLOGIE DE SANTE

L’évaluation des technologies de santé est, selon l’Institute of Medicine (1985) « une démarche dont l’objet est d’examiner les conséquences à court et à long terme, de l’usage d’une technologie particulière sur les individus et sur la société dans son ensemble. Elle prend en compte la sécurité, l’efficacité expérimentale et pragmatique d’une technologie, ainsi que son impact économique (coût, rapport coûts/résultats et implications budgétaires) ; elle analyse également ses implications sociales et éthiques et met à jour les points à approfondir en terme de direction de recherche ». L’objectif est d’éclairer la décision publique par un avis argumenté prenant en compte les différentes dimensions du sujet.

Analyse critique des données identifiées de la litt érature scientifique

Une recherche documentaire méthodique est effectuée d’abord par interrogation systématique des bases de données bibliographiques médicales et scientifiques sur une période adaptée à chaque thème. En fonction du thème traité, des bases de données spécifiques peuvent être consultées. Une étape commune à toutes les études consiste à rechercher systématiquement les recommandations pour la pratique clinique, conférences de consensus, revues systématiques, méta-analyses et autres travaux d’évaluation déjà publiés au plan national et international. Tous les sites Internet utiles (agences gouvernementales, organisations professionnelles, …) sont consultés. Les documents non accessibles par les circuits conventionnels de diffusion de l’information (littérature grise) sont recherchés par tous les moyens disponibles. Par ailleurs, les textes législatifs et réglementaires pouvant avoir un rapport avec le thème sont consultés. Les recherches initiales sont mises à jour jusqu’au terme du projet. L’examen des références citées dans les articles analysés permet de sélectionner des articles non identifiés lors de l’interrogation des différentes sources d’information. Enfin, les professionnels de santé consultés peuvent transmettre des articles de leur propre fonds bibliographique. Le paragraphe « Recherche documentaire » présente le détail des sources consultées ainsi que la stratégie de recherche propres à ce rapport d’évaluation.

Chaque article est analysé selon les principes de la lecture critique de la littérature afin d'apprécier sa qualité méthodologique.

La position argumentée de professionnels de santé

Les organisations professionnelles sont consultées pour connaître les travaux réalisés sur le sujet et pour proposer une liste d'experts de la technique à évaluer, des autres options thérapeutiques ou de la pathologie étudiée. Le groupe de travail est composé de professionnels de différentes spécialités, de différents modes d’exercice (public et libéral, universitaire et non-universitaire) et de différentes localisations géographiques. Chaque membre du groupe de travail a rempli une déclaration publique d’intérêts qui a été examinée par la HAS. En cas d’intérêts déclarés, la HAS a estimé qu’ils étaient compatibles avec participation des personnes concernées, au groupe de travail, eu égard à leur expertise par rapport au sujet. La déclaration publique d’intérêts de chacun des membres est mise en ligne sur le site internet de la HAS ; le cas échéant, les intérêts déclarés pouvant avoir un lien avec le sujet évalué, sont présentés dans le rapport. Un rapport présentant la problématique, le champ, la méthode et l'analyse critique de la littérature est envoyé aux membres du groupe de travail avec un questionnaire pour recueillir leur position de manière formalisée et standardisée. La synthèse des réponses des membres du groupe au questionnaire est rédigée par la HAS et envoyé aux membres du groupe de travail pour validation.



Un chef de projet de la HAS coordonne l'ensemble du travail et en assure l'encadrement méthodologique.

Au vu de l'analyse critique de la littérature identifiée et de la position argumenté des professionnels de santé du groupe de travail, le Collège de la HAS, après examen et validation du dossier par la Commission évaluation des actes professionnels (CEAP) conclut quant à la validité de la technologie de santé étudiée en précisant selon les cas, ses indications, sa place dans la stratégie de prise en charge des patients, les conditions de sa bonne réalisation, les conséquences de son introduction dans le système de soins. La composition du Collège de la HAS et celle de la CEAP sont présents sur le site internet de la HAS.

II. SYNTHESE DES REPONSES DU GROUPE DE TRAVAIL INTE RROGE A DISTANCE

Ce document correspond à la synthèse des réponses des experts du groupe de travail à distance, constitué pour répondre à une série de propositions reprenant les points essentiels du rapport élaboré à partir de l’analyse de la littérature disponible.

II.1 INDICATIONS - applications TESTS GENOTYPIQUES

Proposition :

Les indications du test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase doivent être les mêmes que celles des tests de résistance aux autres antirétroviraux.

Si, non, quelles sont selon vous ses indications ?

Réponse du groupe :

Le groupe de travail considère dans son ensemble que les indications des tests de résistances aux inhibiteurs de l’intégrase doivent suivre celles des tests de résistance aux antirétroviraux décrites dans les recommandations françaises sur la prise en charge des patients infectés par le VIH :

- En cas de primo-infection ou infection récente

- Avant l’initiation d’un traitement

- En cas d’échec thérapeutique dans le cadre d’une trithérapie.

La recherche de mutations de résistance en cas d’échec est la seule indication pour laquelle un corpus de littérature ample et congruent est disponible.

Pour les autres indications il n’existe pas de données formelles pour en évaluer l’utilisation. Une transmission de résistance reste possible même si aucun cas de résistance primaire n’est décrit à ce jour. Etant donné l’extension récente des indications du raltégravir, on ne peut écarter l’émergence future de ces résistances primaires et transmises.

ECHEC THERAPEUTIQUE

Proposition :

Pour un patient en échec thérapeutique, le test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase doit être réalisé même si le traitement n’inclut pas un inhibiteur de l’intégrase.




Il existe peu de littérature sur ce point précis. A ce jour aucune résistance primaire aux inhibiteurs de l’intégrase n’a été décrite mais il sera probablement nécessaire de réaliser un test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase si le traitement n’inclut pas le raltégravir en cas de transmission de virus résistants.

UTILISATION ACTUELLE EN CAS DE RESISTANCE AUX INHIBITEURS DE L’INTEGRASE

Proposition :

Le test génotypique de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase est déjà réalisé habituellement dans le cadre de la prise en charge des patients infectés par le VIH-1.


Le test de résistance aux inhibiteurs de l’intégrase est effectivement déjà réalisé en cas de résistance au raltégravir, mais dans certains centres seulement.

UTILISATION EVENTUELLE D’UN TEST PHENOTYPIQUE

Proposition :

La réalisation d’un test phénotypique peut être utile en cas de doute sur la prise ne charge du patient sous raltégravir après l’obtention des résultats d’un test de résistance génotypique (par exemple échec virologique associé à une mutation secondaire).


Les mutations associées à la résistance aux inhibiteurs de l’intégrase confèrent un très haut niveau de résistance et la détection des mutations semble donc suffisante.

Le bénéfice éventuel de l’application de cet algorithme séquentiel (test génotypique puis test phénotypique en cas de doute) reste à démontrer en pratique courante. En effet les tests phénotypiques de résistance nécessitent la réalisation de techniques longues et couteuses. L’application de cet algorithme en routine serait donc complexe, couteuse et d’une efficacité non démontrée.

II.2 Conditions de réalisation SEQUENCE Proposition :

L’amplification et le séquençage du gène de l’intégrase peuvent se faire de façon isolée en pratique courante


Le groupe d’experts confirme qu’en pratique habituelle ces deux techniques sont séparées.



ZONE D’AMPLIFICATION

Proposition :

L’amplification et le séquençage du gène de l’intégrase se font au sein de l’amplification du gène pol dans son intégralité ; elles sont donc liées à la recherche des mutations de gènes de la transcriptase inverse et de la protéase.


Une amplification de toute la zone pol est possible. Ces amplifications sont généralement séparées afin de préserver la sensibilité de la PCR : deux amplifications plus courtes sont plus sensibles qu’une seule large incluant l’intégralité du gène pol.

Le risque d’échec d’amplification d’une grande zone génique est d’autant plus grand que la charge virale (CV) est faible.

En pratique, l’amplification du gène de l’intégrase est effectuée indépendamment de l’amplification de gènes de la protéase et de la transcriptase inverse.

Proposition :

Existe-il des conditions particulières qui rendent complexe l’amplification du gène de l’intégrase (par exemple des zones hypervariables comme c’est le cas pour certaines parties du gène env) ?


Le gène pol correspond à une zone bien conservée du génome viral et n’offre pas de difficultés techniques particulières.

III. NOMENCLATURE DES MUTATIONS

En règle générale, une mutation qui engendre une substitution ponctuelle d’acide aminé sur une protéine est décrite par la lettre de l’acide aminé initial, suivit de la position de la substitution, et ensuite l’acide aminé issu de la mutation : Par exemple N155H aboutit à la substitution d’une Asparagine en position 155 par une Histidine.



Tableau 3 – Références des acides aminés

IV. PREVALENCES DES MUTATIONS DE RESISTANCE AU RALTEGRAVIR

Alanine A Ala Arginine R Arg Asparagine N Asn Aspartate D Asp Cystéine C Cys Glutamate E Glu Glutamine Q Gln Glycine G Gly Histidine H His Isoleucine I Ile Leucine L Leu Lysine K Lys Méthionine M Met Phénylalanine F Phe Proline P Pro Sérine S Ser Thréonine T Thr Tryptophane W Trp Tyrosine Y Tyr Valine V Val

Malet 2008

(32)

Malet 2009

(33)

Cooper 2008 (13)

Ferns 2009 (34)

Roquebert 2008 (35)

Salgado 2009 (36)

Sichtig 2009 (30)

Miller 2008 (37)

Cecherini 2008 (54)

Katlama 2008 (38)

Anies 2008 (55)

VIH 1 1 1 1 2 2 1 1 NR 1 NR Suivi Moyen

15 31 48 60 NR NR NR 48 NR 24 54

Patients EV 9 10 64 04 1 1 10 35 13 4 11

Type d'essai II II III NR NR NR cohorte II cohorte cohorte cohorte

MUTATIONS

Q148H/K/R 3 3 27 1 1 3 20 2 2 5

N155H 4 8 38 2 1 9 14 2 2 1

Y143C/H/R 10 1 4 1 1 3

E92Q 1 1 1 2 3

T97A 1 3 2 2

G140S 3 3 2 16 2 4

E157Q 1

G 163 R/G 4 1 4 2 1

L101I 5

V72I 5

v201I 9 Tableau 4 - Prévalences des mutations de résistance détectées sur le gène de l'intégrase des virus plasmatiques de patients en échec

thérapeutique sous raltegravir. EV: échec thérapeutique; NR : Non référencé; sem: semaines. En gris les essais non publiés. (données extraites de résumés des présentations lors de conférences internationales).



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