Teaching protein folding to high school students in less than a day
-
Upload
molmodbasics -
Category
Documents
-
view
1.062 -
download
0
description
Transcript of Teaching protein folding to high school students in less than a day
I dag
Hvad er computa.onal chemistry?
Proteinfoldning med Molecular Workbench
Proteinfoldning med Foldit
Frokost
Proteinfoldning med Foldit
14:00 Rundvisning med Jes Andersen (45 min)
Proteinfoldning med Foldit
16:00 Slut
Netværk: KU Guest / Brugernavn: xxx/ Password: xxx
1
Protein Structure Determina6on
Biotechnology and Medicine: No ra#onal design without protein structures
2
The underlying physical laws necessary for the mathema.cal theory of a large part of physics and the whole of chemistry are thus completely known, and the difficulty is only that the exact applica.on of these laws leads to equa.ons much too complicated to be soluble.
Paul Dirac, 1929
i ∂∂t
Ψ = HΨ
The 6me-‐dependent Schrödinger Equa6on (1926)
Computa6onal Chemistry
3
i ∂∂t
Ψ = HΨ
HΨn (x) = EnΨn (x)
Ψ(x,t) ≈ Ψ(x)e− iEt /
i ∂∂t
Ψ = EΨ
HΨ(x) = EΨ(x)
Approxima6ons
pn =e−En /kT
e−En /kTn∑
Sta6s6cal Mechanics (probability of state n) E(x) ≈ 1
2 c2 (x − xo )
2 + ...
Molecular Mechanics Force Fields
x(t + Δt) = 2x(t) − x(t − Δt) − Δt 2
m∂E∂x
⎛⎝⎜
⎞⎠⎟
Molecular Dynamics
p(x,t) = Ψ(x,t)( )2Probability
4
What is possible with today’s computers
5
Fold.it
hWp://molecularmodelingbasics.blogspot.com/2010/06/foldit-‐solve-‐puzzles-‐for-‐science.html
6
En alpha-‐helix er stabiliseret af:
A. Hydrofobe interak.oner
B. Hydrogenbindinger
C. Interak.oner mellem ladede aminosyre
D. Ved ikke
hQp://m.socra6ve.com Room number 9076
7
En alpha-‐helix er stabiliseret af:
A. Hydrofobe interak.oner
B. Hydrogenbindinger
C. Interak.oner mellem ladede aminosyre
D. Ved ikke
hQp://m.socra6ve.com Room number 9076
8
Hvad er den mest sandsynlige posi.on for isoleucine:
A. I kernen af proteiner
B. På ydersiden af proteinet
C. Som den første aminosyre i proteinet
D. Ved ikke
9
Hvad er den mest sandsynlige posi.on for isoleucine:
A. I kernen af proteinet
B. På ydersiden af proteinet
C. Som den første aminosyre i proteinet
D. Ved ikke
10
Et beta-‐sheet er stabiliseret af hydrogenbindinger:
A. Mellem sidekæde atomer
B. Mellem sidekæde og backbone atomer
C. Mellem backbone atomer
D. Ved ikke
hQp://m.socra6ve.com Room number 9076
11
Et beta-‐sheet er stabiliseret af hydrogenbindinger:
A. Mellem sidekæde atomer
B. Mellem sidekæde og backbone atomer
C. Mellem backbone atomer
D. Ved ikke
hQp://m.socra6ve.com Room number 9076
12
Hvad kan man bruge proteinstrukturer .l?
13