Overview

• Download TASSEL• Read in data• GWAS using GLM• Calculate kinship matrix and conduct PCA• GWAS using MLM• Visualize LD• Cladogram 

1

Download TASSEL

2

www.maizegenetics.net/tassel

Reading in data

3

Data > Load > I will make my best guess and try

Fit a generalized linear model (GLM)

4

Select “mdp_traits” and “data_hapmap”, and join them together

Fit a generalized linear model (GLM)

5

Select “mdp_traits+data_hapmap”, then Analysis > GLM > OK

Make a Manhattan and QQ‐Plot

6

Select GLM model results, then Results > Manhattan Plot/QQ Plot

Calculate a kinship matrix

7

Select “data_hapmap”, then Analysis > Kinship > Run

Run PCA

8

Select “data_hapmap”, then Data > Transform > Create Dataset

Run PCA

9

Select “data_hapmap_Collapsed”, then Data > Transform > Impute> Create Dataset

Run PCA

10

Select “data_hapmap_Collapsed_3093_imputed”, then Data > Transform > PCA > Create Dataset

Run MLM

11

Select “mdp_population_structure”, then Data > Traits > Deselect Q3 > OK

Run MLM

12

Join “mdp_traits”, “data_hapmap”, and “Filtered_population_structure”Select merged file and “kin_data_hapmap”, then Analysis > MLM > Run

QQ and Manhattan Plot from MLM

13

Investigate LD on Chromosome 1

14

Select “data_hapmap”, then Data > Sites > Select Chromosomes

Make an LD  Plot

15

Select the Chr1 filtered data, then Analysis > Link. Diseq. > Run

Make an LD Plot

16

Select the LD data, then Results > LD Plot

Make a Cladogram

17

Select the Chr1 filtered data, then Analysis > Cladogram > Run

18

Make a CladogramSelect the Tree data, then Results > Tree Plot

Questions?

• Requests for other analyses in TASSEL?

19