20 de Agosto de 2015

BIOINFORMÁTICA BÁSICA

TALLER 3. Bases de datos biológicas

1. NCBI Education

1.1. Ingrese a la página principal del NCBI y de click sobre el hipervínculo Education o ingrese a http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/.

1.2. Explore las diferentes herramientas que aparecen disponibles en esa página.

UNIVERSIDAD COLEGIO MAYOR DE NUESTRA SEÑORA DEL ROSARIO

FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES Y MATEMÁTICAS

PROGRAMA DE REFUERZO ACADÉMICO

1.3. Abra el hipervínculo que lo lleva a la página de las herramientas educativas (Educational Tools) y seleccione el explorador de aminoácidos (Amino Acid Explorer).

1.4. Explore la página y comente brevemente ¿para qué cree usted que puede serle útil una página como ésta?

Para buscar determinadas propiedades, estructura, sustitutos, interacciones, expresión, visualización en 3D del amino ácido requerido.

2. NCBI Bookshelf

2.1. Ingrese a la página del NCBI que le permite buscar información en libros relacionados con medicina (Bookshelf) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/

2.2. Busque dos libros que le sean de ayuda durante este semestre en cualquiera de las

2.3. asignaturas que está cursando. Adjunte el título de los libros en el documento a entregar.

Molecular Biology of the Cell. 4th edition. - Alberts B, Johnson A, Lewis J, et al.

Molecular Cell Biology. 4th edition. - Lodish H, Berk A, Zipursky SL, et al.

3. Secuencias tipo FASTA

3.1. Busque en internet, ¿qué es el formato FASTA?

El formato FASTA es el formato más común de secuencia de ADN, ARN y Proteínas. Es un formato de solo texto (se puede escribir o leer en un bloc de notas). Hay unas líneas de descripción y unas líneas donde esta nuestra secuencia. La secuencia máxima de las líneas del formato FASTA es de 80 caracteres de longitud, es decir que cuando llegamos a 80 se empieza una nueva línea.

3.2. ¿A qué tipo de moléculas corresponden cada una de las letras de las siguientes secuencias?

3.2.1. ATGGTGCATCTGACTCCTGAG

Nucleótidos

3.2.2. MVHLTPEEKS

Aminoácidos

4. Información acerca de un gen

4.1. Ingrese a la página principal del NCBI y, activando la opción Gene en la pestaña de opciones, realice una búsqueda del gen para la cadena beta de la hemoglobina (beta hemoglobin) de humano.

4.2. ¿Cuál es el símbolo oficial de este gen?

HBB

4.3. ¿Qué otros nombres alternativos recibe este gen?

hemoglobin, beta, CD113t-C; beta-globin

4.4. Haga un breve resumen de este gen según la información presentada en la página

Hemoglobin, beta (HBB) o también conocido como CD113t-C; beta-globin que está pertenece en el organismo (Homo Sapiens), pertenece al linaje y (Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Euarchontoglires; Primates; Haplorrhini; Catarrhini; Hominidae; Homo). La beta globin mutante produce anemia. La ausencia de la cadena beta causa beta-zero-thalassemia. Reducidas cantidades detectadas de beta globin causa beta-plus-thalassmia.

5. Descargas de secuencias de nucleótidos

5.1. Ingrese a la página principal del NCBI, y activando la opción Nucleotide en la pestaña de opciones realice una búsqueda del gen para la cadena beta de la hemoglobina (HBB)

5.1.1. ¿Cuántos resultados genera la búsqueda?

Genera (2837) resultados.

5.1.2. Active los filtros en la parte derecha que corresponden a Refseq (secuencias de referencia o validadas) y Homo sapiens (humanos). ¿Cuántos resultados genera ahora la búsqueda?

Genera (16) resultados.

5.1.3. Ingrese al archivo FASTA de ARN mensajero (mRNA) de la hemoglobina beta de humano, copie y pegue en el documento adjunto la secuencia de nucleótidos.

5.1.4. ¿Cuántas pares de bases tiene el ARNm?

Hay (626 bp)

5.1.5. Complemente: NM_ 000518.46. Descargas de secuencias de proteínas

6.1. Ingrese a la página principal del NCBI, y activando la opción Protein en la pestaña de opciones realice una búsqueda de la proteína beta de la hemoglobina (HBB)

6.1.1. ¿Cuántos resultados genera la búsqueda?

Genera (2490) resultados.

6.1.2. Active los filtros en la parte derecha que corresponden a Refseq (secuencias de referencia o validadas) y Homo sapiens (humanos). ¿Cuántos resultados genera ahora la búsqueda.

Genera (3) resultados.

6.1.3. Ingrese al archivo FASTA de proteína de la hemoglobina beta de humano, copie y pegue en el documento adjunto la secuencia d/e aminoácidos.

6.1.4. ¿Cuántos aminoácidos tiene la proteína?

Tiene (147 aa)

6.1.5. Complemente según la secuencia descargada: NP_000509.1

7. Búsqueda por número de acceso

7.1. En la página principal del NCBI, realice una búsqueda de la proteína con el número de acceso NP_001092.1

7.2. ¿A qué proteína corresponde el número de acceso?, ¿a cuál especie corresponde?

actin, cytoplasmic 1 [Homo sapiens]

7.3. Ingrese al archivo FASTA de proteína copie y pegue en el documento adjunto la secuencia de nucleótidos.

7.4. Complemente:

7.4.1. NG__:007992.1

7.4.2. NM__:001101.3

7.4.3. NP__:001092.1

7.5. ¿Qué utilidad tiene este sistema de codificación?

Supongo que es una forma de clasificación y referencia, para ubicar determinadas proteínas de forma rápida y eficiente para ser usada en trabajos académicos o determinado grupo estudio.

8. Descarga de secuencias

8.1. Realice una búsqueda de la secuencia de ARNm para la colágeno tipo VI alfa 1 (COL6A1) en humanos

8.1.1. ¿Cuál es el número de acceso?

NM_001848.28.1.2. ¿Cuántos nucleótidos tiene la secuencia?

Tiene (4,246 bp)

8.1.3. Adjunte la secuencia en formato FASTA

9. Escriba un documento reflexivo de al menos 250 palabras que contenga como se ha sentido esta semana, cómo se sintió en clase y qué aprendió hoy.

Envíe el documento a través de la plataforma Moodle, las 8 primeras preguntas a la actividad Taller 3 Bioinformática: Bases de datos biológicas y la última pregunta a la actividad 3. Documento reflexivo.

“Probablemente todos los seres orgánicos que hayan vivido nunca sobre esta tierra han descendido de alguna única forma primordial, a la que se infundió vida por primera vez... Esta opinión sobre el origen de

la vida tiene su grandeza... porque mientras este planeta ha ido dando vueltas de acuerdo con la ley fija de la gravedad, a partir de un inicio tan sencillo han evolucionado y siguen evolucionando formas sin fin,

las más bellas y las más maravillosas.”

Charles Darwin, 18591

1 El origen de las especies, Charles Darwin, 1859.