Supplementary Figures

for

STRUCTURE AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF RifR, THE TYPE II THIOESTERASE FROM THE RIFAMYCIN BIOSYNTHETIC PATHWAY

Heather B. Claxton1,2,3, David L. Akey1,3, Monica K. Silver2, Suzanne J. Admiraal2, Janet L. Smith1,2

1Life Science Institute and 2Department of Biological Chemistry, University of Michigan, 3These authors contributed equally to this work.

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikAIV_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikTE Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikAIV_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikTE Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S th E f5

144

13655223384032446263717473

10 20 30 40 50 60 70- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -MET AVNAKSPRNEK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -GGSD - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -MARSQL SAAGEQH - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -KT ENVF - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -DCMQL - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -RYGT A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -L P - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -GAMVNL RSL L VNPEGPT L MRL NS - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -SGADTGAGAG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MFRAL FRQAVEDDRYGEF L DVL AEASAFMGTGAAPADAGSG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - L PAL YREAVRTGRAAEMAEL L AAASRFAQSDYFGEL F L QA - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MRTGEL AQAQQL MAGAAQLMASQL DSGT PAREASSAL RDG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - YRQAGVSGRVRSYL DL L AGL SDFAT VVFQHPT PRAL AERVL EL GRAAGSPT PSAAGGSL - - - - - - - - - - - VEGY - RR AAESSRVRPF L SL MADL AEFAT T L VFDHPSVTDVAAYL RPL L T SET PHPAADGGGM - - - - - - - - - - - L RGL YERSVQQGRFDSYL EL L GEL AGHST VVFDQPT PREL AEYL DEL GPPVSRAGATGGSAGAVGPTGEDS I G - - - VL FRRAVRDGRRDQGFDL L HAAAALAT L T L EQRT PAGL AAHL RER I ADRPVGSGAVPVPGSADVPEAGGGSGL GELWQEADRHGRRL EF I DVL T AAAAFSS I VFDSKSPVKL ARWL HQEL ANGPQPGATGPAAADARPAVRSDDT L - EGL F YNAVRGGKL VEAMRML KAVANT

αL1 αL2

55565059516250595635374861513557494647445610510694104124125133134135

80 90 100 110 120 130 140- - - - - - - MHR PEAEKWL RRF ERAP - D - - - - - ARARL VCL PHA - - GGSASF F F PL AKAL AP - A - - VEVL AVQYP -- - - - - - MT T ST EESLWARCF HPAP - A - - - - - APVRL FCF PHA - - GGSASF YF PVSAQL SS - V - - AEVF A I QYP -- - - - - - - - - - - - - - MWL RC YAPVPGT - - - - - PAHRL VCF PHA - - GGSARAYRPF AL EL AAAG - - VET HAVQYP -- - - MTDRPL NVDSGLW I RRF HPAP - N - - - - - SAVRL VCL PHA - - GGSASYF FRF SEEL HP - S - - VEAL SVQYP -- - - - - - - - - - - MSAAWVRPFR - L T PM - - - - - PRL RL ACF PHA - - GGSASF FRSWSERL PP - D - - I DL L AL QYP -- MAPRQAAATRPDSPWL RT FGPPRPA - - - - - APARL VCF PHA - - GGAASYFRDWGGRDL A - G - - AEVWAVQYP -- - - - - - - - - - - - MSTWL RRFGP - PVE - - - - - HRARL VCF PHA - - GAAADSYL DL ARAL AP - E - - I DVHAVQYP -- - MSVE I AEL VPESPYLWR - ARR - AG - - - - - ARRRL I CF PHA - - GAGAAAYADWVRWL PP - E - - VEL VAVQL P -- - - - - - MT F I SQVNKWF VNANVN - SA - - - - - AKL RL FC I PYA - - GGGASAF YEWSHF F PK - E - - I EVCS I QL P -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MKL FCL PYA - - GGSESAF YSWKGHMQP - D - - I E I CP I QL K -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MKL FCF PYA - - GGL PG I YYSWKSRL PP - T F L E - I DAF EVRP- - - - - - - - MSQL F KS - - - - - - FD - AS - - - - - EKTQL I CF PF A - - GGYSASFRPL HAF L QG - E - - CEML AAEPP -- - - - - - - - - - - - - - - VL NCL YQN - PD - - - - - AVF KL I CF PWA - - GGGS I HF AKWGQK I ND - S - - L EVHAVRL A -- - - - - - - - - - - - - - GL QDVT I MN - QD - - - - - QEQ I I F AF PPV - - L GYGL MYQNL SSRL P - - S - - YKL CAFDF I -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - PT L FCF HPA - - SGF AWQF SVL SRYL DP - Q - - WS I I G I QSP -- - - - - - - - - - - - - - - - - - V I QL NQ - Q - - - - - GGKNL FCF PP I - - SGFG I YF KDL AL QL NH - K - - AAVYGF HF I -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - VKL N - QN - - - - - GS I PVFCF PPL - - I GYGL VYNEMANRL DG - D - - C VVYAADF T -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TRA - EE - - - - - GGKNL FCF PPA - - ASMG I AYMGL AKHL KQ - H - - - SVYSF NF I -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - I L L N - QE - - - - - T ARNVFCF T P I - - GAQSVYYQKL AAE I QG - - - - VSL YSFDF I -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - I L L N - EE - - - - - TDRNVF L F AP I - - GAQGVF YKKL AEQ I PT - - - - ASL YGFDF I -- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - V - QS - - - - - SERPL F L VHP I - - EGST T VF HSL ASRL S - - - - - - - - - - I PT Y -RPQF ASPEACSE - RL DPVL L AGG - - PTDRAEGRAVL VGCTGT AANGGPHEF L RL ST SFQE - E - - RDF L AVPL P -RPAFGT A - - DRQ - PVAL VPL ADG - - AEDTGL PL - - L VGCAGT AVASGPVEF T AF AGAL ADL PAAAPMAAL PQP -RL KYGDPAGPEA - VPE I VRL GRG - QL - - - - GPQL I L VCPT VM - - T TGPQVYSRL AEEL DA - G - RR - VSAL VPP -REHFDGSDGF S - - - L DL VDMADG - - P - - - - - GEVT V I CCAGT AA I SGPHEF TRL AGAL RG - I - AP - VRAVPQP -RERSADPDVL AENV - VPVAL GT S - - G - - - - - DGPVL VCCAGT AAPSGPHEF ARL AAAL DG - S - WS - VL GL PQP -RDHF TGPEDL S - ASVDL VEL ASG - - P - - - - - GE I RL I CVAGT APVAGPHEF L RL AAAF EG - S - MP - VSAL PQP -RPQFDEASEL AG - APEPVRL ADG - - P - - - - - GA I RL ACVPAPMGMGGAHQYARF AERFRA - V - RP - VL AVPMP -RPAYREPAEL E - - - L PPL RL T SG - - G - - - - - DEPPL FC I PSHL GKADPHKF L RF AAAL RG - R - RD - VF VL RQP -RPMFDT PAEL EE - L SEPVT L ADG - - P - - - - - GRPRL I F VSAPGATGGVHQYAR I AAHFRG - S - RH - VSAL PL M -

α0 β1 β2 α1 β3

β1 β2 α1 β3

α310 β1 β2 α1 β3

118119117123112126114

150 160 170 180 190 200 210 220- GRQDRRH - - - - EPPVDS I GGL T NRL L EVL RPF - - - - GDRPL AL FGHSMGA I I GYEL AL RMPEAGL PA - - PVHL- GRQDRRK - - - - EAGVSDL AT L ADQVYDAL RPL L - - - KERPST F FGHSMGAT L AF EVARRF EADDGD - - - L VRL- GRQDRRK - - - - EPF ART L EEL AERVL PEL RRL L DAPDGVPVAL FGHSMGAVVAYET ARL L HRSGAPR - - PAGL- GRQDRRA - - - - EPCL ESVEEL AEHVVAAT EPWW- - - QEGRL AF FGHSL GASVAF ET AR I L EQRHGVR - - PEGL- GREDRF N - - - - EAPATRL EDL ADGAAL AL RDF - - - - ADAPL AL FGHSL GAAL AYET AL RL ET PAA - - - - L RHL- GRENR I R - - - - EGF PPDL HT L ADQVTGEL RGL - - - - L DR PAVF FGHSMGAVVGYEVL RRL T ADGRGG - AVL HL

GRQDRRD EEPL GT AGE I ADEVAAVL RASG GDGPF AL FGHSMGAL I AYET ARRL EREPGGG PL RL

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEII_ _B.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKT_ _S.venezuelae_PikTE_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

∗∗

αL1 αL2

β1 β2 α1 β3

β1 β2 α1 β3

β1 β2 α1 β3

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEII_ _B.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKT_ _S.venezuelae_PikTE_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S th E f5

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikAIV Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikAIV_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikTE Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikAIV_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikTE Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2

β1 β2 α1 β3

α310 β1 β2 α1 β3

1181191171231121261141221199910210912510296108104979895121172167155165185185194192197

150 160 170 180 190 200 210 220- GRQDRRH - - - - EPPVDS I GGL T NRL L EVL RPF - - - - GDRPL AL FGHSMGA I I GYEL AL RMPEAGL PA - - PVHL- GRQDRRK - - - - EAGVSDL AT L ADQVYDAL RPL L - - - KERPST F FGHSMGAT L AF EVARRF EADDGD - - - L VRL- GRQDRRK - - - - EPF ART L EEL AERVL PEL RRL L DAPDGVPVAL FGHSMGAVVAYET ARL L HRSGAPR - - PAGL- GRQDRRA - - - - EPCL ESVEEL AEHVVAAT EPWW- - - QEGRL AF FGHSL GASVAF ET AR I L EQRHGVR - - PEGL- GREDRF N - - - - EAPATRL EDL ADGAAL AL RDF - - - - ADAPL AL FGHSL GAAL AYET AL RL ET PAA - - - - L RHL- GRENR I R - - - - EGF PPDL HT L ADQVTGEL RGL - - - - L DR PAVF FGHSMGAVVGYEVL RRL T ADGRGG - AVL HL- GRQDRRD - - - - EEPL GT AGE I ADEVAAVL RASG - - - GDGPF AL FGHSMGAL I AYET ARRL EREPGGG - - PL RL- GRQNR I A - - - - EEPF T EVPRMVNVL AHAL RPV - - - - L DGPF AF FGHSAGAML SYEL ARAL HAAGRRG - - PDRL- GRENRGA - - - - EVPL T NL QQ I VE I VAEE I QPL - - - - I N I PF AF L GHSMGAL I SF EL ART I RQKSNVN - - PVHL- GRGRRF N - - - - EPCYESL EEAVQD I F EQVQAER - - - KGDDYAL FGHSMGSL L AYEL YYQMSGAGAEK - - PVH IH I PQPNRD - - - - VF L PT SF YEL L EDVCDR I T PAL - - - T ET PF AF FGHSMGGL VAF EL TRKL MQKGAPL - - PQHL- GHGT NQ - - - - - T SA I EDL EEL TDL YKQEL N - L R - - - PDRPF VL FGHSMGGM I T FRL AQKL EREG I F - - - PQAV- GRETRL G - - - - EPF AND I YQ I ADE I VT AL L P I I - - - QDKAF AF FGHSFGSY I AL I T AL L L KEKYKME - - PL H I- EEE - - - - - - - - - - - - - - - - DRL DRYADL I QKL Q - - - PEGPL T L FGYSAGCSL AF EAAKKL EGQGR I V - - - QR I- RPNGPM - - - - - QT - AANL DEVCEAHL AT L L EQQ - - - PHGPYYL L GYSL GGT L AQG I AARL RARGEQV - - - AF L- EED - - - - - - - - - - - - - - - - SR I EQYVSR I T E I Q - - - PEGPYVL L GYSAGGNL AF EVVQAMEQKGL EV - - - SDF- EDP - - - - - - - - - - - - SYKKP I I DRF AESM I D I Q - - - EQGPF VL L GYSSGSNL AF EVAKAL EQRGRT V - - - SDV- - - - - - - - - - - - - - P - S - - ANR I RKYAD I I KN I Q - - - GEGPYT L I GYSSGG I L AFD VAKEL NRQGYEV - - - EDL- QDD - - - - - - - - - - - - - - - - NRMEQY I AA I T A I D - - - PSGPYT L MGYSSGGNL AF EVAKEL EERGYGV - - - TD I- EDD - - - - - - - - - - - - - - - - DR I QQY I ESM I QTQ - - - SDGQYVL I GYSSGGNL AF EVAKEMERQGYSV - - - SDL- GL QCTR - - - - - AAPL DS I HSL AAYY I DC I RQVQ - - - PEGPYRVAGYSYGACVAF EMCSQL QAQQSPAPT HNSL- GYGTGTGTGT AL L P - ADL DT AL DAQARA I L RAA - - - GDAPVVL L GHSGGAL L AHEL AFRL ERAHGAP - - PAG I- GF L PGE - - - - - RVP - AT PEAL F EAQAEAL L RYA - - - AGRPF VL L GHSAGANMAHAL TRHL EANGGGP - - - AGL- GF HGGQ - - - - - AL P - AT L T VL VRSL ADVVQAEV - - - ADGEF AL AGHSSGGVVAYEVAREL EARGL AP - - - RGV- GYEEGE - - - - - PL P - SSMAAVAAVQADAV I RTQ - - - GDKPF VVAGHSAGAL MAYAL AT EL L DRGHPP - - - RGV- GYL AGE - - - - - PL P - ASMEAL AAAQAAT VL RAV - - - AARPVVL VGHSAGGL MSHAL AT AL TQQGHRP - - - DGV- GYEPGE - - - - - QL P - ASL AAVL GVQADAVL K - S - - - ADGPF VL VGHSAGAL MAHAL GAEL ADRGRPP - - - HG I- GF SAKE - - - - - PL P - ASPEAAVEVL AGQL RPL A - - - ESGPL VL VGYSSGGVF ANAAAHRL EQL GCRV - - - AGL- GF VPGQ - - - - - PL P - AGL DVL L DT HARAM - - AG - - - HDRP - VL L GYSAGGL AAQAL AARL AEL GRPP - - - AAV- GF APGE - - - - - L L P - AT SEAAAR I VAESVL MAS - - - EGEPF VMVGHSTGGSL AYL AAGVL EDTWDVR - - PEAV

α2 β4 α3 β5

α2 β4 α3 β5

α2 β4 α3 β5

154155153159147166148158156136139144164140134135140133140137193206201194199219219229229238

230 240 250 260 270 280 290F ASGRRAPSRYRD - - D - - DVR - - - - - - GASDERL VAEL RKL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GSDAF ASGRRAPSRVRE - - E - - AVH - - - - - - RRSDDG I VEEL KL L A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GT NTI L SGRRAPT ADRT - - E - - T AH - - - - - - L L GDREL L AE I RRL Q - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTDPYVSGRRAPSL APD - - R - - L VH - - - - - - QL DDRAF L AE I RRL S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTDEF VSAHPAPHRQRG - - G - - AL H - - - - - - RGDEAAL L EDVRRQG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GA - SVVSGCGAPQRVRPF AGQEGAH - - - - - - L L DDDRL VAL L KEL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - SGNAF VSGQT APRVHER - - R - - - TD - - - - - - L PGDDGL VDEL RRL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T S - EF L SAQPAPGRT EV - - R - - PL H - - - - - - GL PEDEF L AEMVAL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - G I DAF VSGRHAPQ I PCA - KQ - - DYH - - - - - - L L PDEQF I QEL RSL N - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GT PEF F SGYKAPNR I RK - T E - - KL H - - - - - - T L PNP I F KKK I VEL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GT PEF L SASRAPHAYGK - L A - - KT Y - - - - - - NL PHDEF VEAL RKL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GT PDI I SA I QPPH I QRK - - K - - - VS - - - - - - HL PDDQF L DH I I QL G - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GMPAF VSGASAPHST SR - PQVPDL N - - - - - - EL T EEQVRHHL L DFG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GT PKI MVDSYKKQGVSD - L DGRT V - - - - - - - - - - ESD VEAL MNVNR - - - - - - - - - - - - - - - - - - DNE - - - - - - - AL NS

GL L DTWPPETQNW- Q - EKEA - - - - - - - - - - NGL D PEVL AE I NRE - - - - - - - - - - - - - - - - - RE - - - - - - - AF L AI I VDAYKKDQS I T - ADT - E - - - - - - - - - - - NDD SAAYL PE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -I ML DSQ I T T SVT H - L SEKEV - - - - - - - - - - EE I I - - - - - HL NL D - - - - - - - - - - - - - - - I I PV - - - - - - - YYREI I I DSKYRT KAEK - H - - - - - - - - - - - - - - - QF T EEEYREE I SKT F - - - - - - - - - - - - - - EL EK - - - - - - - - YRDI L FDSYWKDKA I E - RT VAET - - - - - - - - - - END I AQL F AE I GENT - - - - - - - - - - - - - - EMF N - - - - - - - MTQEVL FDVYWKGKVF E - QT KEEE - - - - - - - - - - EEN I K I I MEEL RENP - - - - - - - - - - - - - - GMF N - - - - - - - MTREF L FDGSPT YVL AY - T - QSYRAKL T PGCEAEAET EA I CF F VQQF TDMEHNRVL EAL L PL KGL EERVAAAVDL I I KVL VDPYPPGH - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - QEP I EVWSRQL GEGL F AG - - - - - - - - - - - - - EL EPMS - - - - - - -VL MD I YT PAD - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - PGAMGVWRNDMFQWVWRR - - - - - - - - - - - - - SD I PPD - - - - - - -VL I DSYSFDG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - DGGR PEEL FRSAL NERF VEYL RL TG - - - - GGNL - - - - - - - - - - -VL I DVYPPGH - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - QDAMNAWL EEL T AT L FDR - - - - - - - - - - - - - ET VRMD - - - - - - -VL L DSYPPGR - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - QDAVEGW I DVL TRRL L DL - - - - - - - - - - - - - ET VPL D - - - - - - -VL I DVYPPGR - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - QQAVQGWL AEL TDTMFGR - - - - - - - - - - - - - EGVRVD - - - - - - -VL L DT YQPDT - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T A I ANF I SPML DGL F ERE - - - - - - - - - - - G - SFGPF T - - - - - - -VL VDT YAPDE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - T EVMAR I QGAMEQGQRDRDG - - - - - - - - - R - TGAAFG - - - - - - -VL L DT AS I RY - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - NPGEGNDL D - RT TRF YL AD I D - - - S - PSVT L NSARM - - - - - - - -

αL1 αL2

αL1 αL2

αL3

210211209215203223

300 310 320 330 340 350 360AML ADPEL L AMVL PA I RSDYRAVET YRHEPG - - RRVDCPVT VF TGDHDP - - - - - - - - - - - RVS - - - - - VGEARAAL L GDEE I L RM I L PA I RSDYQA I ET YRCPPD - - VT VRAPL T VL TGDRDP - - - - - - - - - - - KT S - - - - - L D EAEAGAL ADEEVL RMVL PA I RGDYAAVGRYRHVPG - - PRPGCPL T VF TGDADP - - - - - - - - - - - NVT - - - - - L PEAEARF L QDDEL L RL VL PAL RSDYKAAET YL HRPS - - AKL TCPVMAL AGDRDP - - - - - - - - - - - KAP - - - - - L NEVAEEL L EDADL RAL F L P I L RADYQA I ET YRRAQP - - I AL ACAL DVL L GEHDE - - - - - - - - - - - EVS - - - - - AAEAQAGL L DDPDMRSVF L PAVRDDYR I VQSYVPRAG - GPL L RTDVT AF VGRQDE - - - - - - - - - - - AVG - - - - - VGDAGA

∗∗

∗

∗

α2 β4 α3 β5

α2 β4 α3 β5

α2 β4 α3 β5

αL1 αL2

αL1 αL2

αL3

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat FAS TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS TEI 1XKT_ _S.venezuelae_PikTE _2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

B

_ y

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikTE _2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikAIV Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikAIV_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikTE Secondary structure

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEIIB.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKTS.venezuelae_PikAIV_2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

RifR Secondary structure

SrfTEI Secondary structure

PikTE Secondary structure

αL1 αL2

αL3

210211209215203223204214212192196199219188189184183182202210250250245236241261262276270275

300 310 320 330 340 350 360AML ADPEL L AMVL PA I RSDYRAVET YRHEPG - - RRVDCPVT VF TGDHDP - - - - - - - - - - - RVS - - - - - VGEARAAL L GDEE I L RM I L PA I RSDYQA I ET YRCPPD - - VT VRAPL T VL TGDRDP - - - - - - - - - - - KT S - - - - - L D EAEAGAL ADEEVL RMVL PA I RGDYAAVGRYRHVPG - - PRPGCPL T VF TGDADP - - - - - - - - - - - NVT - - - - - L PEAEARF L QDDEL L RL VL PAL RSDYKAAET YL HRPS - - AKL TCPVMAL AGDRDP - - - - - - - - - - - KAP - - - - - L NEVAEEL L EDADL RAL F L P I L RADYQA I ET YRRAQP - - I AL ACAL DVL L GEHDE - - - - - - - - - - - EVS - - - - - AAEAQAGL L DDPDMRSVF L PAVRDDYR I VQSYVPRAG - GPL L RTDVT AF VGRQDE - - - - - - - - - - - AVG - - - - - VGDAGAAAL ADEAL L AMSL PVL RADYRVL RSYAWADG - - PPL RAG I T AL CGDADP - - - - - - - - - - - L T A - - - - - TGDAERE I AADPDV I GSL L DVL RADF ELWERHVPT PG - - PPL DCP I T VL AGDADP - - - - - - - - - - - RAP - - - - - RAEL AAI VL QDAEMMS I L L PRL RADF SVCGSYQYK - N - DEPF ECP I T AFGGKNDN - - - - - - - - - - - GVT - - - - - YQSL EAEL I NHEEL F EL F I P I L KSDF KMVENY I YQER - NSK I DCD I T VL NGKEDA - - - - - - - - - - - - MS - - - - - KEDVSDDVL ENQEL L EL F L P I L RADFQAVQT YEMNPDL PRQVPVNMT VL YGT EDT - - - - - - - - - - - - I A - - - - - L ED I WAEL VENKEVMSF F L PSFRSDYRAL EQF EL YDL - - AQ I QSPVHVF NGL DDK - - - - - - - - - - - - KC - - - - - I RDAEGHL I EDQDVL RMF I PL L KADAGVVKKF I FDKPSKAL L SL D I TGF L GSED - - - - - - - - - - - - - - T - - - - - I KD I EGE - - - - - - - - - AVKHGL KQKT HAF YSYYVNL I STGQVKAD I DL L T SGAD - - - - - - - - - - - FD I - - - - - - PEWL ASAQQGST ST EL F T T I EGNYADAVRL L T T A - HS - - VPFDGKAT L F VAERT - - - - - - - - - - - L Q - - E - - - GMSPERA- - - - - - - - - - AVRET VMQKKRCYQEYWAQL I NEGR I KSN I HF I EAG I QT - - - - - - - - - - ET SG - - - - - AMVL QKL - - - - - - - - - L T I PS I KEK I RGYL AYHNQL I NSGT I NAN I HHL L CDD - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - MT ERGVEKL - - L SDYL - VDL V - - - MKSYV - Y I QNT VT TGA I DGH I SY I KS - SD - - - - - - - - - - - NQR - - - - - - GENMMMDFQL YAAN - EF VKQSF VRKT VSYVMF HNNL VNTGMT T AA I HL I QSEL E - - - - - - - - - - - AD EEAPVAAKWNESADF EL YF AN - EF VKQSF TRKMRKYMSF YTQL VNYGEVEAT I HL I QAEF EEEK I DENEKADEEEKT YL EEKWNEKASHQGL DR - QEL - SF AARSF Y - YKL RAAEQYT PKAKYYGNVML L RAKTG - - - - - - - - - - - GAYGE - - - DL GADYN- - - - - - - - - - - - - DARL L AMGRYARF L AG - PRPGR SSAPVL L VRA - SEP - - - - - - - - - - - L GDW- - - - QEERGD- - - - - - - - - - - - - DHRL T AMGAYHRL L L D - WSPT PVR APVL HL RA - AEP - - - - - - - - - - - MGDW- - - - PPGDTG- - - - - - - - - - - SQR I T AQVWCL EL L - RG - - WRPEGL T APT L YVRP - AQ - - - - - - - - - - - PL V - - - - - - EQEKPE- - - - - - - - - - - - - DTRL T AL GAYDRL TGQ - WRPRETGL PT L L VSA - GEP - - - - - - - - - - - MGPW- - - - - P - DDS- - - - - - - - - - - - - DTRL T AMGAYDRML GG - WVPDDQQVAT L L VRA - VDP - - - - - - - - - - - I AAW- - - - - P - DDD- - - - - - - - - - - - - DTRL T AL GAYHRF T ST - WQPRDL AVPT L L VRA - CEP - - - - - - - - - - - L GEW- - - - - PDGT S- - - - - - - - - - - - - T ARL TGMARYARL L DR - CAVGEPD VPVL F VRP - GKL - - - - - - F VL D - GQPQ - - - - - PDDDT- - - - - - - - - - - - - EAWL T AMGHYFGFD - - - WT PCPVD VPVL HVRA - GDP - - - - - - - - - - - MTGM - - - - - PVEGR- - - - - - - - - - - - - SAMAHWFMAMTD I QAPAPT APT L L VRA - ARA - - - - - - - - - - - L DGF - - - R - - L D - - - - - - -

αL3 β6 α4

αL3 β6

αL4 β6 α310

246247245254239259240244249230234237260230230238249229246254289298304279294301298317318318

380 390 400 410 420 430WEEHT T - GPADL RVL PGGHF F L VD - - - - - - - - QAAPM I ATMT EKL - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WRGHT T - GDFDL KVL PGGHF F VSS - - - - - - - - EAPA I I DL L RAHL - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WREL T T - GAF AL RVF PGGHF YL ND - - - - - - - - QREAVCRT I EET L - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WRRHT S - GPFCL RAYSGGHF YL ND - - - - - - - - QWHE I CND I SDHL L VT - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WSDASR - T PARL RRF PGGHF YL SE - - - - - - - - GRDAV I EHL L RRL - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WAGAT L - GRF T L RT F PGGHF YL GE - - - - - - - - HPDHVL HAL R - EVL - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WL QHSV - I PGRTRT F PGGHF YL GE - - - - - - - - QVT EVAGAVR - RDL - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WRACT T - AEF T TRF F TGGHF YL VD - - - - - - - - SL AEVVG - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WREQT K - REF SVCMYPGDHF F L YE - - - - - - - - SKYEM I EFMCKQL R - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WKHHT S - GHF T AYYF EGNHF F L HH - - - - - - - - HVEK I T E I I NHSL T A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WRDYCQ - GACQF F PVSGGHF F I HH - - - - - - - - QT SP I L E I I QNVL KE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WKKW- A - KD I T F HQFDGGHMF L L S - - - - - - - - QT EEVAER I F A I L NQH - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WQDL T S - GKFDVHML PGDHF YL MKP - - - - - - - DNENF I KNY I AKCL EL S - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WEEAT T - GAYRMKRGFGT HAEML QG - - - ET L DRNAG I L L EF L NTQT - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WSPW I - A - EL D I YRQDCAHVD I I SP - - - GT F EK I GP I I RAT L NRL E - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WQDAAE - EGYAEYTGYGAHKDML EG - - - EF AEKNAN I I L N I L DK I NSDQKVL PNKHGS - - - - - - - - - - - -WT HST A - HNYKEYEL KGDHVT I FDP - - - QY I EENMST I RS I MKC I EEQQL GEL VPHEQL SYMSRT KSDRTWEKAT S - KT F T VVQGAGT HMQM I SKSHPD I L ERNARL I HD I I N - KT VK I - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WANATQ - - RL L T YSGHG I HSRML AG - - - DYASQNAS I L QN I L QEL F I L K - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WNKAAK - - RF VKYNGYGAHSNML GG - - - DGL ERNSS I L KQ I L QGT F VVK - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -L SQVCDG - KVSVHV I EGDHRT L L EG - - - SGL ES I I S I I HSSL A - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WRAHWD - L PHT VADVPGDHF TMMRD - - - - HAPAVAEAVL SWL DA I EG I EGAGK - - - - - - - - - - - - - - - - -WQSHWD - GAHT T AG I PGNHF TMMT E - - - - HASAAARL VHGWL AERT PSGQGGSPSRAAGREERP - - - - - -WRGDVL AAMGQVVEAPGDHF T I I EG - - - EHVAST AH I VGDWL RT EE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WKPTWP - F EHDT VAVPGDHF TMVQE - - - - HADA I ARH I DAWL GGGNSSSVDKL AAAL E - - - - - - - - - - - -WRASWP - F AHAT ADVPGDHF TMMQE - - - - HAGQVAAR I TDWWEAR - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WQSTWP - F PHTCVDVPGNHF SMVQE - - - - HAGAVAER - I RTW- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WRASWR - RMDT VREVPGNHF TML ED - - - - EVAAT AEVVESW- I AGL R - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -WQARWN - L PHT AVDVPGDHF TMMED - - - - HAPRT ADT VHDWL GT AVRRPERTR - - - - - - - - - - - - - - - - -- - T SSV - PADEVRD I DADHL SL AKE - - - - HSAL T AQA I EGWL AEL PDPAA - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -

β7 α5

α4 β7 α5

β7 α310 α5

∗

∗∗

αL1 αL2

αL3

αL3

αL3

αL4

β6 α4

β6

β6 α310

β7 α5

α4 β7 α5

β7 α310 α5

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEII_ _B.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKT_ _S.venezuelae_PikTE _2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

A.mediterranei_RifRA.noursei_NysES.fraidea_TylOS.venezuelae_PikAVP.aeruginosa_PchCS.tendae_NikP2S.erythraea_Eryorf5Kutzneria.sp744_KtzFA.migulanus_GrsTB.licheniformis_BacTB.brevis_TycFB.subtilis_SrfTEII_2RONRat_FAS_TEII_ _B.subtilis_SrfTEI_1JMKE.coli_EntF_2ROQB.subtilis_FenTE_2CB9B.subtilis_Myc_TEB.licheniformis_BacC_TEB.brevis_TycC_TEB.brevis_GrsB_TEhFAS_TEI_1XKT_ _S.venezuelae_PikTE _2HFJS.fraidea_TylGVStreptomyces_sp.CK4412_TmcBS.erythraea_DEBSTE_1MO2A.erythreum_EryAIIIS.rochei_LkmAIIIM.griseorubida_MycAVS.parvulus_BorA6S.noursei_NysK

B

Supplementary Figure 1. Structure-based sequence alignment of TEIs and TEIIs. PKS/NRPS/FAS TEIIs and TEIs were first aligned using the EXPRESSO(3DCoffee) server (1), then manually edited based on 3-D structures. Conserved residues were highlighted with Jalview 2.4 (2). Asterisks mark the active site residues of both TEIs and TEIIs. TEII sequences are highlighted in violet, FAS/NRPS TEIs in green, and PKS TEIs in red. The following TEs were aligned: A. mediterranei_RifR (AAG52991), A. noursei_NysE (AAF71777), S.fraidea_TylO (AAA21345), S.venezuelae_PikAV (AAC69333), P.aeruginosa_PchC (CAA57967), S.tendae_NikP2 (CAC11138), S.erythraea_Eryorf5 (AAA26497), Kutzneria.sp744 (ABV56586), A.migulanus_GrsT (P14686), B.licheniformis_BacT (BAA36683), B.brevis_TycF (AAC45933), B.subtilis_SrfTEII_2RON (AAF87217), Rat_FAS_TEII (CAA68411), B.subtilis_SrfTEI_1JMK (1JMK), E.Coli_EntF_2ROQ (2ROQ), B.subtilis_FenTE_2CB9 (2CB9), B.subtilis_Myc_TE (AAF08797), B.licheniformis_BacC_TE (AAC06348), B.brevis_TycC_TE (AAC45930), B.brevis_GrsB_TE (AAC06348), hFAS_TEI_1XKT (1XKT), S.venezuelae_PikTE_2HFJ (2HFJ), S.fraidea_TylGV (AAB66508.1), Streptomyces_sp.CK4412_tmcB (AB194380), S.erythraea_DEBSTE_1MO2 (1MO2), A.erythreum_EryAIII (AAU93805.2), S.rochei_LkmAIII (BAC76491), M.griseorubida_MycAV (BAC57032.1), S.parvulus_BorA6 (CAE45672.1), S.noursei_NysK (AAF71768).

αL1 αL1A. B.

C.

D. E.

Supplementary Figure 2. Electron density and model for flexible linker region for form 1 (A. – experimental density contoured at 1σ) and for form 2 (B. – 2Fo-Fc refined density contoured at 1σ). C. Stereodiagram of αL1 helices from form 1 (blue) and form 2 (gold). Form 1 (D.) and form 2 (E.) substrate chambers have unique shapes, and different access to the exterior of RifR.

References 1. Armougom, F., Moretti, S., Poirot, O., Audic, S., Dumas, P., Schaeli, B., Keduas,

V., and Notredame, C. (2006) Nucl. Acids Res. 34, W604-608 2. Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M., and Barton, G. J. (2004) Bioinformatics 20,

426-427