Introduc)on  to    R  and  RStudio  

Corey  S.  Sparks  Department  of  Demography  

The  University  of  Texas  at  San  Antonio  September  22,  2012  

Sponsored  by  the  UTSA  Department  of  Demography  

What  is  R?  

•  R  is  a  system  for  sta)s)cal  computa)on  and  graphics.    

•  It  is  heavily  influenced  by  the  S  language  •  R  was  ini)ally  wriJen  by  Ross  Ihaka  and  Robert  Gentleman  at  the  Department  of  Sta)s)cs  of  the  University  of  Auckland  in  Auckland,  New  Zealand.  

•  The  “R  Core  Team”  maintain  the  source  code  for  the  soPware  and  release  regular  updates  

What  is  R?  

•  The  R  soPware  contains  func)onality  for  a  large  number  of  sta)s)cal  procedures.  

•  Linear  and  generalized  linear  models  

•  Nonlinear  regression  models  

•  Time  series  analysis  

•  Classical  parametric  and  nonparametric  tests,  clustering  and  smoothing.  

What  is  R?  

•  In  addi)on,  the  R  project  is  added  to  by  many  of  its  users,  who  write  source  code  for  many  different  types  of  analy)cal  procedures  

•  Everything  from  analy)cal  chemistry  to  epidemiology  to  linguis)cs    – OPen  code  is  wriJen  in  FORTRAN  or  C++  and  ported  to  R  

– Currently  4,045  different  user-­‐wriJen  libraries  available  

Where  can  I  run  R?    

•  R  runs  on  a  variety  of  pla\orms  – Windows  

– Mac  OS  X  – Linux  – Unix  

•  32  and  64  bit  installa)ons  •  Support  for  parallel  compu)ng  and  clusters  

Revolu)on  R  

•  Commercial  version  of  R  soPware  

•  Revolu)on  R  is  compiled  for  mul)-­‐core  support  

•  Allows  for  a  marked  reduc)on  in  computa)on  )mes  because  of  op)mized  code  and  certain  math  system  libraries  (BLAS,  ATLAS,  etc)  

What  makes  R  so  great?  

•  Open  source  •  User  community  

•  Cudng  edge  development  

•  Integra)on  with  low  level  programming  languages  

•  Flexibility  •  Mul)-­‐language  support  

The  R  Interface  

•  Depends  on  where  you  run  it  •  Different  OS’s  have  very  different  interfaces  •  R  is  inherently  command  line-­‐oriented  

•  Several  GUIs  have  been  wriJen  

RStudio  

•  Rela)vely  recent  incarna)on  of  an  R  IDE  •  Open  source    •  Desktop  and  server  versions  

•  Lots  of  cool  features  –  syntax  highligh)ng  – workspace  and  data  browser/editor  –  integrated  help  system  –  integrated  history  –  runs  on  all  OS’s  

RStudio  Screen  

Code  editor  

R  command  console  

Workspace  browser  

Command  History  

Package  manager  

File  manager  

Plot  manager  

Integrated  help  system  

Addi)onal  Cool  things  

•  Mul)ple  project  management  – Keep  mul)ple  code  files  for  separate  projects  

•  Lots  of  keyboard  shortcuts  •  Generate  HTML  reports  with  knitr  

•  Customized  IDE