Principes de communication -...
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SNOMED CT
Dr Jean-Charles DUFOURMaître de Conférences-Praticien Hospitalier
SESSTIM (Sciences Economiques & Sociales de la Santé & Traitement de l'Information Médicale) - UMR 1252
Inserm/IRD/Aix*Marseille Université
Master de Santé Publique, parcours EISIS, UE SIS-RENO
mise à jour février 2018
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Plan
• Rappels et définitions
• Bref historique
• Organisation de la SNOMED CT
• Exemples
Dr Jean-Charles DUFOUR - SESSTIM 2
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Triade sémiotique
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Le référentL’entité, l’objet,
le réel
Le signifiantdésignation, terme
symbole, signe, formule,…
CŒUR
Le signifiéLe concept, la représentation mentale, abstraction
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Problème sémantique
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Le référentL’entité, l’objet,
le réel
Le signifiantdésignation, terme
symbole, signe, formule,…
CŒUR
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Rappels
• Terminologie = recensement des concepts d’un domaine et des termes qui les désignent + organisation des concepts recensés +/- définition des concepts
• Thésaurus terminologie à finalité de recherche d’information
• Classification terminologie à finalité statistiques
• Nomenclature terminologie à finalité de descriptive (ex: observations cliniques)
• Ontologie aboutissement de la définition d’une terminologie (terminologie formelle ?)
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Historique de la SNOMED
6
READ CODECTv3
1974
1965
1993
1979
2000
1998
2002
Mises à jourrégulières(IHTSDO)
SNOP
SNOMED
SNOMED II
SNOMED v3
SNOMED v3.5
SNOMED RT
SNOMED CT
LOINC
Pas de mise à jour
international
international
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• Systematized Nomenclature of Medicine
Clininal Terms
• Objectif : représenter (encoder et organiser) les éléments d’information utilisés en santé (pour le soins notamment)
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• Terminologie basée sur 3 types d’éléments(core components)
– « concepts »
– « descriptions »
– « relations » (relationships)
• Chaque instance d’un de ces types d’éléments possède un identifiant unique (Id) numériquepar exemple: 80891009
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Concept – Description - Relation
• Concept :
– Représentation d’une notion clinique
– Il y a environ 300 000 concepts actifs
• Description (= terme pour désigner un concept)
– Chaque concept est désigné par des « termes »• 1 terme privilégié (preferred)
• 0 à n terme(s) synonyme(s) (synonym)
• 1 terme complet précis (fully specified name)
– Il y a environ 1 000 000 descriptions (termes)
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Exemple
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Nota bene :Copie écran issue du « SNOMED CT Browser » du UMLS Terminology Services (https://uts.nlm.nih.gov/snomedctBrowser.html)Les Id des termes peuvent se retrouver aussi dans le Browser ihtsdo (https://browser.ihtsdotools.org) au survol du pictogramme (i) dans l’onglet « Details »
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Concept – Description - Relation
Relation (=lien sémantique entre 2 concepts)
• Il y a plusieurs types de relations (ou attribut) permettant :– de définir un concept (definitional) : nécessairement vrai– de qualifier un concept (qualifiers)
– de mentionner un lien entre un concept actif et un concept retiré (historical)
– de donner des informations qui n’ont pas valeur de définition (additional)
• Exemples de relations (ou attribut)– hiérarchie entre les concepts : is_a
– « interaction » entre concepts : causative_agent ; finding_site, part_of, …
– qualifier un concept : severity ; episodicity, clinical course,…
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Concept – Description – RelationExemple (extrait)
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Heart structure
Heart AND pericardium
structure
Structure of thoracic viscus
is_ais_a
Ectopic heartstructure
Entire heart Heart partStructure of
transplanted heart
is_ais_ais_ais_a
Entire heart AND pericardium
structure
is_a
part_ofAnginafinding_site
Stenocardia
SAME_AS
retired
Nota bene :is_a : relation parent/enfantsToutes les relations sont visible dans l’onglet « References » du Browser ihtsdo (https://browser.ihtsdotools.org)
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Relations (ou attributs)
Intérêts :– Sémantique exprimée par de la logique formelle
(calculable, manipulable par un logiciel)
– Traquer de concepts retirés, maintenir la nomenclature
– Représenter des faits variables (qualifiés différemment)
– Guider la « combination » de concepts pour exprimer une notion complexe (raffinement, post-coordination)
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Organisation générale
• Nomenclature multiaxiales• « Classes de concepts » partitionnant les notions
utiles pour décrire la santé, les soins – Procédures– Clinical Finding et deseases– Evénements– Body structures
(anatomie, morphologie normale ou anormale)– Eléments constitution ou contributif de la maladie
• Organismes, substances, forces, objets, contexte social
– etc..
• Possibilités d’exprimer un contexte(Qui cela concerne, Est-ce effectif, Quand)
Exemples :– Qui : « Family history of diabetes mellitus »– Effectif : « Tetanus booster given »– Quand : « Past history of pelvic fracture »
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Organisation générale
• Modèle « attribut/valeur »
• Concept 1 – Relation x – Concept 2
Nota bene : Relation x est également un concept (linkage concept)
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Organisation générale
• Relations « IS_A » établissent un graphe acyclique (une hiérarchie)
• B is_a A signifie que toutes les instances de B sont aussi des instances de A
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B C
A
D E F
G
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Organisation générale
• Les autres « definitional » relations :https://confluence.ihtsdotools.org/display/DOCSTART/6.+SNOMED+CT+Concept+Model
Dans le Browser SNOMED - CT
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Definitional relation
Exemple :263245004 |Fracture of tarsal bone (disorder)|is defined as :
• 116680003 |is a| 15574005 |Fracture of foot (disorder)|
• has 363698007 |finding site| 108371006 |Bone structure of tarsus (body structure)|
• and has 116676008 |associated morphology| 72704001 |Fracture (morphologicabnormality)|
Toute fracture des os du tarse est une fracture du pied, localisée à la structure osseuse du tarse, présentant la morphologie d’une fracture
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Definitional relation
Contre exemple : Les streptocoques du groupe A causent la plupart des cas de pharyngite streptococcique. Cependant, un faible pourcentage de ces cas sont causés par d'autres espèces de Streptococcus. Donc il serait incorrect de définir ainsi le concept de pharyngite streptococcique :
43878008 |Streptococcal sore throat (disorder)| is defined as :
• has 246075003 |causative agent| 80166006 |Streptococcus pyogenes (organism)|
En revanche la définition suivante est correcte :
43878008 |Streptococcal sore throat (disorder)| is defined as :
• has 246075003 |causative agent| 58800005 |Genus Streptococcus (organism)|
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Definitional relation
53084003 |Bacterial pneumonia (disorder)| is defined as :
• 116680003 |is a|312119006 |bacterial lower respiratory infection|
• 116680003 |is a|312342009 |infective pneumonia|
• 246075003 |causative agent|409822003 |bacteria|
• 370135005 |pathological process|441862004 |infectious process|
• 116676008 |associated morphology|707496003 |inflammation and consolidation|
• 363698007 |finding site|39607008 |lung structure|
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Exemples et demos
• Navigation : browser.ihtsdotools.org(uts.nlm.nih.gov)
• Autres SNOMED CT Browsers : http://ihtsdo.org/fileadmin/user_upload/doc/browsers/browsers.html
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