Molecular Typing of Salmonella enterica Serovars using Two PFGE Systems Geraldine Doran Martin...
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Molecular Typing of Salmonella enterica Serovars using Two PFGE Systems Geraldine Doran Martin Cormican Interim Salmonella Reference Laboratory Ireland
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Molecular Typing of Salmonella enterica Serovars using Two PFGE Systems
Geraldine DoranMartin Cormican
Interim Salmonella Reference LaboratoryIreland
Serovars S. KedougouS. Bredeney
Systems Pharmacia Gene NavigatorBio-Rad CHEF Mapper (PulseNet)
Molecular Typing of S.enterica Serovars using two PFGE Systems
Pharmacia: 4 Subtypes
CHEF Mapper: 7 Subtypes
S. Kedougou Results
Molecular Typing of S.enterica Serovars using two PFGE Systems
Comparison of 2 Systems
Time Pharmacia 6 DaysCHEF Mapper 4 Days (3)
Reproducibility Both reproducible
Result Quality CHEF MapperEasier to intrepretStandardised
PFGE of S. Kedougou using Pharmacia
λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ ? A4 A4 A1 λ
48.5
97.0
145
194
242
291
339
kb
PFGE of S. Kedougou using
CHEF Mapper
λ A1 A6 A2 λ A3 A3 A5 A4 λ A5 A5 A7 A1 λ
48
97
145
194
242
291339
kb
PFGE of S. Kedougou
CHEF Mapper Pharmacia
4897
145
242
339
kb Λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ
S Kedougou Pharmacia Reproducibility
λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ ? A4 A4 A1 λ λ A1 A1 A2 λ A3 A3 A3 A4 λ A4 A4 A4 A1 λ
Run 1 Run 2
48
97
145
194
242
291
339
kb
PFGE of S. Bredeney
48
97
145194
242291
kb λ A A2 A3 λ B C D E λ F G λ A A2 A3 B C D E F G λ
CHEF Mapper Pharmacia
Dendogram of S. Kedougou using Bionumerics Software
CHEF Mapper QuickerEasier to IntrepretMore ReproducibleStandardised (PulseNet)
Conclusions
