PENGELOLAAN SPESIMEN UNTUK PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI

Sudirman Katu

Tujuan Pemeriksaan Mikrobiologi

From: Miller M, A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology, 2nd ed. Washington DC, ASM Press, 1999.

Mendeteksi dan mengidentifikasi mikroorganisme penyebab

infeksi.

Memberikan ekspertisi terapi antimikroba yang rasional.

Mengeradikasi mikroorganisme penyebab infeksi.

Alur Prosedur Lab MK

Pra-Analitik Intra-Analitik Pasca-Analitik

Mikrobiologi Klinik

Klinisi Terkait Klinisi Terkait

Soebandrio A, Konsensus Mikrobiologi Klinik. Jakarta 2005

PEMERIKSAAN MIKROBIOLOGI

Mikroskopis

Kultur dan resistensi

Serologi pemeriksaan antigen dan antibodi Widal, RPR, TPHA,

Molekuler asam nukleat PCR

bakteri, virus, jamur

Pengelolaan spesimen baik kualitas

baik

Pemilihan

Pengambilan

Pengiriman

Penyimpanan/pengawetan

Kualitas spesimen baik hasil akurat

… pendahuluan

Pengelolaan tidak tepat : Mikroorganisme tidak ditemukan

Hasil yang ditemukan: mikroorganisme bukan penyebab

Perhatikan : Spesimen mikrobiologi organisme hidup dapat

bermultiplikasi dan cepat mati

Spesimen tidak lagi representatif bila mikroorganisme bermultiplikasi selama pengumpulan, pengiriman atau penyimpanan

Patogenesitas penyakit, sifat-sifat mikroorganisme tersangka

… pendahuluan

Menggunakan alat-alat proteksi standar (jas lab, sarung tangan, dll)

Wadah spesimen ditutup rapat dan tidak bocor

Lepaskan jarum

2. …….

1. Utamakan keselamatan dan keamanan petugas

rumah sakit / laboratorium:

PRINSIP PENGELOLAAN SPESIMEN

2. Pertimbangkan kenyamanan dan keamanan pasien:

Informed consent sebelum mengambil spesimen

Tepat dalam waktu pengambilan dan pemilihan spesimen mencegah resampling

3. …..

… prinsip pengelolaan spesimen

3. Jumlah mikroorganisme hidup saat kultur cukup Jenis spesimen tepat Waktu pengumpulan spesimen tepat Volume cukup Penyimpanan dan transportasi yang baik Pemeriksaan yang benar dan tepat Media transport Sebelum pemberian antibiotika / bebas antibiotika ± 3 hari Bakteri anaerob: kontak dengan oksigen (-)

4. …..

… prinsip pengelolaan spesimen

4. Hindari kontaminasi flora normal atau dari lingkungan

Cara pengumpulan spesimen

Tindakan asepsis

Wadah steril dan tertutup rapat / tidak bocor 5. Komunikasi yang baik antara dokter dan

laboratorium mikrobiologi

… prinsip pengelolaan spesimen

SUMBER KONTAMINASI OLEH FLORA NORMAL

Tempat Infeksi Sumber Kontaminasi

Vesika Urinaria Uretra dan perineum

Darah Kulit tempat pungsi

Fistula Saluran cerna

Infeksi subkutan dan

luka superfisial

Kulit dan membran

mukosa

Miller J. A Guide to Specimen Management in Clinical Microbiology. 1996

PEMILIHAN SPESIMEN

DARAH

URINE

SPUTUM

GASTROINTESTINAL

LUKA, ABSES, EKSUDAT (PUS), LUKA BAKAR

SALURAN NAPAS ATAS • USAP TENGGOROK

–Tekan lidah dengan spatula lidah, usap lidi kapas pada kedua tonsil dan faring belakang, jangan menyentuh lidah & uvula

–Pemeriksaan Difteri pseudomembran

USAP HIDUNG

• Cara:

–Masukkan swab sekurangnya 1 cm ke dalam lobang hidung atau bila ada lesi ambil di pinggir lesi

–Putar swab dan diamkan 10 -15”

–Tusukkan ke medium transpor

–Skrining MRSA

… saluran napas atas

SALURAN NAPAS BAWAH

• SPUTUM – Bukan saliva !!! – Mukolitik dan inhalasi sebelumnya – Bangun tidur – berkumur – batuk dalam – Wadah steril

Saliva vs sputum

Sputum + Pewarnaan Gram

Pemeriksaan Mikroskopik untuk menilai Kualitas Sputum

Sputum – Q scores Evaluasi sel Epithelial dan Leukosit => sputum atau

saliva >10 SEC/LPF – Kualitas spesimen jelek Bila SEQ > WBC - Kualitas spesimen jelek

Saliva tidak dikultur. Minta untuk mengambil sampel kembali Laporkan : Spesimen tidak dapat diterima karena sel

epitel > 10 /LPF”

Lain :

Bronchial washing

Bronchial brushing Dilakukan oleh dokter dengan

bronkoskopi

Bronchial brushing lebih baik daripada bronchial washing

Bronchoalveolar lavage

Transtracheal aspiration

Tracheal aspiration

… saluran napas bawah

• Beberapa mikroorganisme yang memerlukan teknik isolasi atau media tertentu seperti bakteri Corynebacterium diphteriae, Bordetella pertussis, N. gonorrhoeae, Legionella spp., Chlamydia, atau Mycoplasma , dokter pengirim hendaknya menghubungi laboratorium mikrobiologi terlebih dahulu sebelum mengambil spesimen.

… saluran napas bawah

DARAH

Possible types of bacteremia

Specimen collection methods

Blood volumes

Number of specimens

Timing of blood cultures

Interpretation of results

Bacteremia

0

30

60 Time (min)

Temp

Chills Blood Cultures

Bacteremia

Level

When ?

Draw blood cultures as close as possible to the episode of chills or fever. Do NOT delay, as recovery of microorganisms diminishes with time after the fever spike.

DARAH

Waktu Pengambilan

Darah diambil pada saat suhu badan

meningkat

Bakteremia intermiten darah diambil 2-3

kali, dari 2 tempat berbeda,interval 5 menit

aerob dan anaerob (juga menilai kontaminasi)

Untuk typhoid diambil pada demam minggu

pertama.

Sebaiknya sebelum pemberian antibiotik atau

setelah 3 hari antibiotik dihentikan.

Volume darah

Bayi : 1-3 ml.

Anak-anak: 3-5 ml

Dewasa:10-20 ml

Lokasi pengambilan :

Pada vena perifer, bukan pada ujung kateter

Cara pengambilan :

Proses aseptik dan antiseptik

… darah

SALURAN KEMIH: URIN

Pemeriksaan semikuantitatif

Sampel:

Mid stream urine ( Clean catch urine, urin porsi tengah)

Supra pubic puncture – terutama kultur anaerob

Urin kateter

Transport :

minimal 2 jam setelah pengumpulan spesimen

> 2 jam : lemari es (bukan freezer)

Cara pengumpulan spesimen urin

1. Mid stream urine ( Clean catch

urine )

Explain to patients !

urine pertama di pagi hari

spesimen dikumpulkan di

pertengahan urine dikeluarkan

Penis / vulva dibersihkan

dengan air sabun atau tissue

basah steril

Hindari kemih mengenai kulit

2. Urin Kateter

bukan dari catheter bag

kumpulkan dari selang indwelling catheter melalui sampling port setelah dibersihkan dengan swab alkohol terlebih dahulu

Cara pengumpulan spesimen urin

Cara pengumpulan spesimen urin

3. Urine Aspirasi Suprapubik

Spesimen urine paling

baik

Invasif

Tindakan secara aseptik

Dikerjakan bila urin porsi

tengah sulit didapatkan

Cara pengumpulan spesimen urine

FESES

Feses segar sebanyak + 10 gram/ 1 sendok

teh, taruh dalam wadah bersih, jangan

tercampur dengan urine atau air kloset.

Feses berdarah atau berlendir, ambil bagian

berdarah/ berlendir

SPESIMEN SALURAN CERNA

Bayi, konstipasi

memasukkan lidi kapas

steril sepanjang 1 inchi/ 2,5

cm ke dalam sfingter anus.

Secara hati-hati, putar lidi

kapas pada kripte anus

searah jarum jam dan putar

balik lidi kapas.

Bila tidak langsung

ditanam, masukkan ke

dalam media transport

Carey-Blair.

… spesimen saluran cerna

USAP DUBUR (rectal swab)

Pemeriksaan spesimen feses

dilakukan dengan tujuan untuk

mengisolasi Shigellae, Salmonella,

E. Coli patogen, dan dengan

permintaan khusus yaitu

Clostridium difficile, Vibrio, dan

Yersinia.

… spesimen saluran cerna

LUKA / ABSES

Cara : biopsi (terbaik), aspirasi, dan swab Anaerob : biopsi dan aspirasi Aspirasi untuk : Abses tertutup Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang

tertutup debris superfisial Swab : Pus diluar dibersihkan terlebih dahulu dengan swab

yang telah dicelupkan dengan NaCl steril dengan swab baru buat usapan dari dasar ulkus

Tidak dianjurkan untuk mengambil pus yang berasal dari drain

BIOPSI DAN ASPIRASI

Aspirasi untuk :

•Abses tertutup

•Luka bergaung dengan cairan di dalamnya yang tertutup

debris superfisial

… luka / abses

SWAB

… luka / abses

A. Urogenitalia wanita Usap vagina, usap serviks

• Jangan gunakan pelumas (lubricant), analgetik, atau

antiseptik.

• Bersihkan vulva dangan kapas/kassa yang dibasahi

dengan aquades atau NaCl steril

• Masukkan spekulum dengan hati-hati

• Ambil sampel dari forniks posterior vagina atau

endoserviks dengan kapas lidi steril. Ambil 2 swab.

• Bila penderita belum menikah, jangan gunakan

spekulum, ambil sampel dengan kapas lidi steril

dengan hati-hati.

UROGENITALIA

B. Urogenitalia Pria Sekret uretra

• Ambil sampel paling sedikit 2 jam setelah penderita

berkemih

• Bersihkan glans penis dengan kapas/kassa yang

dibasahi dengan air/Na Cl steril

• Lakukan urutan ringan dari pangkal ke ujung penis, dan

ambil sekret yang keluar dengan lidi kapas steril.

• Bila tidak terlihat sekret, masukkan swab urogenital

kira-kira 2 cm ke endouretra, putar perlahan 5-10

detik

PEMERIKSAAN MYCOBACTERIUM

Sputum –Waktu pengambilan : –Sputum pertama pagi sesudah bangun

tidur, 3 kali berturut-turut bila diperlukan –Sputum sewaktu di bawah pengawasan

dokter – pagi - sewaktu

•Alat : Wadah + Penutup ( bersih ) •Cara pengambilan ( sama dengan diatas)

•Jumlah : 3-5 ml

Bahan lain

• Waktu pengambilan : sewaktu. –Cairan Pleura (> 50 cc)

–Bronchial wash ( minimal 40 – 50 cc )

–Aspirat Trakhea

–Liquor ceresbrospinal & cairan sendi

–Jaringan biopsi ( dianjurkan jaringan yang nekrotik ).

–Bilasan lambung ( minimal 50 cc ).

–Urin ( urin porsi tengah bangun tidur, minimal 10 cc, 3 hari berturut-turut).

–Feces

… pemeriksaan Mycobacterium

•Kriteria spesimen yang baik untuk pemeriksaan kuman anaerob : –Spesimen yang baik diambil secara tepat (aspirasi

atau biopsi jaringan swab)

–Tidak tercemar oleh mikroba yang tidak diinginkan

–Terhindar dari kontak dengan udara.

–Menggunakan media transport anaerob (bila perlu)

PEMERIKSAAN ANAEROB

PENYIMPANAN & PENGIRIMAN ANAEROB

Spesimen :

Medium transport

anaerob thioglikolat

kantong anaerob

Sampel penderita

dalam spuit tidak

dianjurkan

Jangan dimasukkan

dalam lemari es

… pemeriksaan anaerob

Spesimen yang bukan untuk kultur anaerob

Spesimen

Eksudat atau material lain yang diambil dari luka di

permukaan, abses, luka bakar, kista, ulkus

Swab vagina, serviks dan uretra

Spesimen saluran nafas yang diambil dengan swab,

suction nasotrakeal atau orotrakeal, sputum, bronkoskopi

Feses, usap dubur

(kecuali sampel feses dengan permintaan spesifik :

C.difficile, C. botulinum)

Urin porsi tengah atau urin dari kateter

… pemeriksaan anaerob

DIAGNOSIS LABORATORIUM INFEKSI VIRUS

Pengumpulan, pengolahan dan pengiriman

Persyaratan Umum spesimen:

1. Jumlah bahan cukup

2. Bahan mewakili suatu proses infeksi ---- SESUAI

PATOGENESIS

3. Hindari kontaminasi

4. Dikirim dan diperiksa sesegera mungkin

5. Untuk pembiakan, spesimen dikirim pada 4-8oC,

jangan dibekukan.

Cara Pengambilan Spesimen

Proses selanjutnya:

- masukkan swab ke dalam cryotube yang berisi media transport virus

- Putuskan tangkai plastik didaerah mulut botol/tabung.

- Bungkus tabung dgn tisu bersih, masukkan ke tabung kemas

- Masukkan kertas koran yang telah diremas

- Masukkan tabung ke dalam kotak pengiriman primer

Cara Pengambilan Spesimen

Bilasan bronchoalveolar:

- Spesimen yang diambil dpt berupa bilasan bronkoalveolar, aspirasi trakeal, atau cairan pleural.

- Separuh cairan disentrifugasi (lab BSL 2+)

- Endapan selnya difiksasi dgn formalin

- Sisa cairan ditampung

Pengambilan spesimen swab

Spesimen nasopharynx Spesimen oropharynx

Label untuk usap oro dan nasopharynx

Nama : …………………

Umur : …………………

Jenis Kelamin : …………………

Tanggal pengambilan : …………………

Tempat : …………………

Dibungkus dengan Parafilm (agar kedap air)

a. Masukkan dalam plastik kedap air

b. Sisipkan kertas penyerap cairan

1. Masukkan kedalam wadah spesimen

2. Tutup wadah disegel

Pemberian Identitas

wadah spesimen

1. Beri pendingin (ice pack) min. 4 – 5 buah.

2. Masukkan kedalam box stirofoam.

3. Beri ganjal agar spesimen tidak terbalik.

Pemberian label untuk pengiriman

FRAGILE/Mudah Pecah

Kepada:

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI KLINIK FKUI

Jl. Pegangsaan Timur No.16

Jakarta 10320 - INDONESIA

Telp : 0213120491/92

FAX : 021-3100810

Pengirim:

Dr. ………..………..

RS/Pkm ……………

(Kota……………….)

Telp:……….………..

ALAMAT

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI KLINIK FKUI

Jl. Pegangsaan Timur No.16

Jakarta 10320 - INDONESIA

Telp : 0213120491/92

FAX : 021-3100810

DIAGNOSIS LABORATORIUM INFEKSI JAMUR

Pengumpulan, pengolahan dan pengiriman

Persyaratan Umum spesimen:

1.Jumlah bahan cukup

2. Bahan mewakili suatu proses infeksi

3. Hindari kontaminasi

4. Dikirim dan diperiksa sesegera mungkin

5. Bahan diambil sebelum pengobatan dimulai

Rambut

Pinset/gunting steril, rambut dicabut/digunting

sedekat mungkin dengan kulit kepala

Kulit

Kerokan diambil dari pinggir lesi/ bagian yang aktif.

Sebelum pengambilan bahan, daerah yang terinfeksi dibersihkan dulu dengan isopropanol/alkohol 70%

Pemeriksaan langsung dengan KOH, identifikasi dengan biakan

Mikosis Superfisialis

Kuku

Kerokan, guntingan kuku atau kulit utuh.

Kuku dibersihkan dengan isopropanol/alkohol 70%. Buang kerokan superfisial, dan kumpulkan kerokan dari bagian yang sakit yang lebih dalam dan di bagian bawah kuku

Pemeriksaan langsung dengan KOH, identifikasi dengan biakan

PENGAMBILAN SPESIMEN KEROKAN KULIT UNTUK PEMERIKSAAN MIKOSIS SUPERFISIALIS

Mikosis Subkutis

Abses dan eksudat : Biopsi atau aspirasi

Jaringan diiris/digerus sebelum dibiak

Jika banyak, ambil dari daerah purulen atau

daerah yang terdapat perubahan warna

Mikosis Profunda

Darah dan sumsum tulang

Untuk darah harus dilakukan dengan lysis

centrifugation , kemudian dibiak, sedangkan

sumsum tulang dapat langsung dibiak

Cairan serebrospinal

Disentrifugasi dulu sebelum dibiak pada medium

tanpa antibiotik. Pewarnaan dengan tinta India

SPESIMEN SESUAI PATOGENESISNYA

Sekret saluran nafas

Sputum, aspirat transtrakeal, cairan pleura

Sputum pagi hari, dapat dibantu dengan nebulizer

Wadah steril tertutup

Urin

Urin pancaran pertama pagi hari

Sekret genitalia

LEMBAR PERMINTAAN

PELABELAN

Label melekat pada kontainer: Nama pasien: No rekam medis: Dokter: Ruangan / Bagian / Poliklinik: Tanggal pengambilan: Waktu pengambilan:

Catatan tambahan: urgent/rutin/elektif atau berisi patogen berbahaya. Waktu penerimaan spesimen harus dicocokkan dengan lembaran permintaan.

PENYIMPANAN DAN PENGIRIMAN

•Wadah yang kuat (tidak pecah/ tidak bocor / tidak tumpah)

•Terbaik bila spesimen langsung dikirim ke laboratorium pada suhu ruang pemeriksaan/penanaman dilakukan dalam waktu kurang dari 1 jam.

•Darah bed site

•Swab jangan sampai kering

• Transportasi > 1- 2 jam –spesimen tanpa medium transport harus disimpan dalam 4C, KECUALI untuk pemeriksaan darah, anaerob, cairan tubuh, swab luka atau curiga infeksi oleh Haemophilus, Meningokokus, dan Gonokokus.

–Gunakan medium transport diperiksa kurang dari 24 jam.

• Medium transport : Stuart, Amies, Cary-Blair, Pepton alkali, thioglikolat

… penyimpanan & pengiriman

Spesimen ditolak atau diterima dengan catatan bila :

Penderita memakai antibiotik

Ada kemungkinan bahan terkontaminasi

Jumlah kurang

Penyimpanan dan pengiriman tidak memenuhi syarat

Bahan untuk pemeriksaan anaerob tidak dikirim dalam suasana anaerob.

GOOD QUALITY SPECIMENS

ARE NEEDED FOR RELIABLE MICROBIOLOGIC

DIAGNOSES

TERIMA KASIH