link. · Web viewALLEGRO FRA 1980 ALTIGO FRA 2007 ALTO FRA 1975 ALTOS DEU 2000 ALTRIA FRA 1996...
20
Supplementary Information Table S1. List of varieties included in the TriticeaeGenome association mapping panel including country (FRA: 212 varieties; DEU: 90 varieties; GBR: 73 varieties; USA: 1 variety) and year of variety registration. Variety name Country of registration Year of registration AARDEN DEU 2003 AARDVARK GBR 1997 ABELE GBR 1970 ABO FRA 1977 ACCESS GBR 1998 ACCOR FRA 2007 ACIENDA FRA 2004 ACIENTO FRA 2007 ADEQUAT FRA 2006 ADMIRAL GBR 1992 AGAMI FRA 2000 AKTEUR DEU 2003 ALBERIC FRA 1998 ALCAZAR FRA 2004 ALCEDO DEU 1974 ALCHEMY GBR 2004 ALDRIC FRA 2007 ALI FRA 1960 ALICANTE FRA 1997 ALIDOS DEU 1987 ALIGRE FRA 1996 ALLANT FRA 1995 ALLEGRO FRA 1980 ALTIGO FRA 2007 ALTO FRA 1975 ALTOS DEU 2000 ALTRIA FRA 1996 AMAROK FRA 1997 AMBITION FRA 2007 AMI FRA 1992 ANDAIN FRA 1987 ANDALOU FRA 2002 ANVIL GBR 1989
Transcript of link. · Web viewALLEGRO FRA 1980 ALTIGO FRA 2007 ALTO FRA 1975 ALTOS DEU 2000 ALTRIA FRA 1996...
Supplementary Information
Table S1. List of varieties included in the TriticeaeGenome association mapping panel including country (FRA: 212 varieties; DEU: 90 varieties; GBR: 73 varieties; USA: 1 variety) and year of variety registration.
Variety name Country of registration Year of registrationAARDEN DEU 2003AARDVARK GBR 1997ABELE GBR 1970ABO FRA 1977ACCESS GBR 1998ACCOR FRA 2007ACIENDA FRA 2004ACIENTO FRA 2007ADEQUAT FRA 2006ADMIRAL GBR 1992AGAMI FRA 2000AKTEUR DEU 2003ALBERIC FRA 1998ALCAZAR FRA 2004ALCEDO DEU 1974ALCHEMY GBR 2004ALDRIC FRA 2007ALI FRA 1960ALICANTE FRA 1997ALIDOS DEU 1987ALIGRE FRA 1996ALLANT FRA 1995ALLEGRO FRA 1980ALTIGO FRA 2007ALTO FRA 1975ALTOS DEU 2000ALTRIA FRA 1996AMAROK FRA 1997AMBITION FRA 2007AMI FRA 1992ANDAIN FRA 1987ANDALOU FRA 2002ANVIL GBR 1989APACHE FRA 1998APOLLO FRA 1987APOSTLE GBR 1992ARACK FRA 2006ARBON FRA 1991
ARLEQUIN FRA 2007ARMENTIERES FRA 1968ARMINDA FRA 1978ARON DEU 1992ARPEGE FRA 1997ASKETIS DEU 1998ASTRON DEU 1965ATALANTE FRA 1996ATLANTIS DEU 1992ATTLASS FRA 2004AUBUSSON FRA 2002AUTAN FRA 2001AVALON GBR 1979AVANTAGE FRA 2005AZIMUT FRA 2004AZTEC FRA 1995BAGATELLE 007 FRA 2005BALANCE FRA 2001BALTHAZAR FRA 1996BALTIMOR FRA 1998BARON GBR 1952BAROUDEUR FRA 1988BASALT DEU 1980BASTIDE FRA 2003BATIS DEU 1994BEAUCHAMP FRA 1978BEAUFORT GBR 1993BEAVER FRA 1990BERMUDE FRA 2007BISCAY FRA 2000BOBINO FRA 2001BOOMER GBR 2004BOUNTY GBR 1982BOUQUET FRA 1975BRANDO FRA 2000BRENNUS FRA 1972BRIGADIER GBR 1990BRIGAND GBR 1991BRILLIANT DEU 2005BROCK GBR 1982BUCHAN GBR 1997BURMA DEU 1977BUSTER GBR 1990BUTEO DEU 2004
C-8-14-2 FRA 2007CADENZA GBR 1990CALIF DEU 1985CALISTO FRA 2002CAMP REMY FRA 1980CAMPARI DEU 2003CAMPERO FRA 2006CAPPELLE DESPREZ FRA 1946CAPHORN FRA 2001CAPITOLE FRA 1964CAPNOR FRA 2001CAPTA FRA 1970CARDOS FRA 2000CARENIUS DEU 2006CARIBO DEU 1968CCB PREFERENCE FRA 2007CENTRUM DEU 2001CEZANNE FRA 1998CHAMPION DEU 2004CHANCELIER FRA 1996CHARGER GBR 1992CHATELET FRA 2000CHATSWORTH GBR 1998CHIANTI FRA 1996CLAIRE GBR 1999CLICK GBR 1998COLBERT FRA 2000COMPAL DEU 1981COMPLIMENT DEU 2001CONSORT GBR 1991CONTRA DEU 1990COPAIN FRA 1977CORDIALE FRA 2005CORSAIRE FRA 1995CORVUS FRA 1991CRAKLIN FRA 1998CRISTO FRA 1996CRITERIUM FRA 1996CUBUS DEU 2002DAVIDOC FRA 1987DEBEN GBR 1997DEFENDER GBR 2001DEKAN DEU 1999DESTINO FRA 1998
DI_9714 FRA 2007DINOSOR FRA 2005DUCAT FRA 1974DUKE USA 1981EINSTEIN GBR 1999EKLA GBR 1988ELEGANT DEU 2005ELOI FRA 1974ENORM DEU 2002EQUINOX FRA 1998ESTICA FRA 1991EUCLIDE FRA 2007EUREKA FRA 1992EXALTO FRA 2003EXCEPT GBR 1997EXOTIC FRA 2005FESTIN FRA 1982FEUVERT FRA 1984FLAIR FRA 1996FLAME GBR 1990FLANDERS FRA 1988FLORENZO FRA 2003FLORETT DEU 2005FOCUS FRA 1990FOLIO FRA 1997FORBAN FRA 2002FOURMI FRA 2002FOURNIL FRA 1971FRANDOC FRA 1980FREGATE FRA 1983FROIDURE FRA 1966FRUMENT DEU 2005GALA FRA 1982GALAHAD FRA 1985GALAXIE FRA 1985GAMIN FRA 1975GARANT FRA 1981GATSBY GBR 2002GAUGAIN FRA 2005GECKO DEU 2007GENIAL FRA 1988GLANOR FRA 1975GLASGOW GBR 2007GLOCKNER DEU 1993
GOELENT FRA 1986GRANADA DEU 1980GRANTA GBR 1981GREIF DEU 1989GRISBY FRA 2002GULLIVER GBR 2003HAMAC FRA 2002HATTRICK DEU 2000HAVEN GBR 1992HEREWARD GBR 1992HERMANN DEU 2004HEROLDO DEU 2004HOBBIT GBR 1970HORNET GBR 1989HOURRA FRA 2004HUMBER GBR 2003HURLEY GBR 2002HUSTLER GBR 1978HYPERION GBR 2002IBIS DEU 1963IENA FRA 1980IGOR FRA 1997IMPALA GBR 1995INCISIF FRA 2005INOUI FRA 2004INSPIRATION FRA 2006INSTINCT FRA 2006IRIDIUM FRA 2007ISIDOR FRA 2003ISTABRAQ GBR 2000JOSS CAMBIER GBR 1975JUNIOR FRA 1994KADOR GBR 1979KALIF FRA 1997KALTOP FRA 1998KENZO FRA 1998KRONJUWEL DEU 1984KUNO DEU 1991LAHERTIS DEU 2004LANCELOT FRA 2003LAREDO FRA 1996LATER FRA 1948LEIFFER DEU 2005LIMES FRA 2003
LOUVRE FRA 1988LUTIN FRA 1974LYNX GBR 1990MAGISTER DEU 2005MAGNUS DEU 2000MALACCA FRA 1997MANDUB DEU 2003MANHATTAN DEU 2002MARIS FREEMAN GBR 1977MAVERICK DEU 1999MAXYL FRA 2005MELKIOR FRA 2004MENDEL FRA 2004MERCIA GBR 1983MERKUR DEU 1973MESSAGER FRA 1994MESSIDOR FRA 2007METEOR DEU 2006MILVUS DEU 2004MIRONOVSKAJA DEU 1963MITCHEL FRA 2001MOISSON FRA 1985MOULIN FRA 1984MULAN DEU 2006MURIOT FRA 2000MYTHOS DEU 2007NATURASTAR DEU 2002NICAM FRA 1972NIRVANA FRA 2002NOBLET FRA 1996NORMAN GBR 1980NOROIT FRA 1985NUAGE FRA 2006OAKLEY GBR 2006OCCITAN FRA 2002OCTET FRA 2006OKAPI DEU 1978OPEN FRA 1987OPTIDOR FRA 2002ORATORIO FRA 1996ORDEAL FRA 1998OREPI FRA 1979ORESTIS DEU 1991ORMIL FRA 1996
ORTOP FRA 1997ORVANTIS FRA 2000OURAGAN FRA 1998PACTOLE FRA 1987PAINDOR FRA 1996PAJERO FRA 1996PALEDOR FRA 2005PARADIS FRA 1992PAROLI DEU 2004PASTICHE GBR 1987PAUILLAC FRA 1998PEGASOS DEU 1994PEPIDOR FRA 2007PEPITAL FRA 1992PERICLES FRA 2005PERNEL FRA 1983PETRUS DEU 1996PICADOR FRA 2006PLETHORE FRA 2000PR-22-R-28 FRA 2001PREMIO FRA 2007PROTINAL FRA 1978PULSAR FRA 1998PYTAGOR FRA 2003QUATUOR FRA 2003QUEBON FRA 2004RAGLAN GBR 2001RALEIGH GBR 1992RAPOR FRA 1997REAPER GBR 1992RECITAL FRA 1986RECORD FRA 1996REMOIS FRA 1985RESO FRA 1974RETRO DEU 2007RIALTO GBR 1990RIBAND GBR 1987RICHMOND GBR 1998RITMO FRA 1991ROBIGUS GBR 1999RODRIGO FRA 2006ROMANUS DEU 1996RUDI FRA 1976RUMBA FRA 2000
RUSTIC FRA 2005RYTMIC FRA 2006SAHARA GBR 2003SAVANNAH GBR 1994SCHAMANE DEU 2005SCORE FRA 1985SCORPION GBR 1990SENATOR DEU 1970SEYRAC FRA 2006SHAMROCK FRA 1998SHANGO FRA 1995SKAGEN DEU 2006SKALMEJE DEU 2006SOBI DEU 2004SOCRATES DEU 1991SOGOOD FRA 2006SOISSONS FRA 1988SOKRATES GBR 2003SOLEIL FRA 1993SOLITER DEU 2004SOLSTICE GBR 1997SPARK GBR 1990SPERBER DEU 1982SPONSOR FRA 1995STEADFAST GBR 2000STRIKER DEU 2004SW MAXI DEU 2002SW TATAROS DEU 2002SW TOPPER DEU 2002SWINDY FRA 2002TALENT FRA 1973TALON DEU 1992TAMBOR DEU 1993TANKER GBR 1997TAPIDOR FRA 2002TARAS DEU 1983TARSO DEU 1995TERRIER DEU 2001TEXEL FRA 1992THESEE FRA 1984TIGER DEU 2001TILBURI FRA 1995TIMBER DEU 2003TOISONDOR FRA 2004
TOP FRA 1972TORAS DEU 2004TOREADOR FRA 2002TORFRIDA GBR 1992TORONTO DEU 1990TOUT A TOUT FRA 1973TRANSIT DEU 1996TREMIE FRA 1992TRIO FRA 1974TUAREG DEU 2005TUKAN DEU 2006TULSA DEU 2004TURKIS DEU 2004URBAN DEU 1981VALMY FRA 1981VALOIS FRA 1994VALORIS FRA 1998VERCORS FRA 2002VILMORIN 27 FRA 1956VIRTUE GBR 1979VIVANT FRA 1992VOLTIGE FRA 2003WASP GBR 1989WELFORD GBR 2000WELLINGTON GBR 1994WESTON GBR 1994WINNETOU DEU 2002XI19 GBR 1998ZENTOS DEU 1987ZOBEL DEU 2006
Table S2. The proportion of markers falling into the target interval (x) and intervals up to >200cM from x (based on 1000 simulations) which are hits (based on significance threshold
of P=0.001), calculated for heritabilities ranging from 0.001 to 0.75 with (a) no background effects and (b) 100 background marker effects.
(a) No background effects
Heritability (h2)
Interval0.00
1 0.01 0.05 0.10 0.25 0.50 0.75
Target (x)0.00
7 0.088 0.865 0.999 1.000 1.000 1.000
0cM not target (x)0.00
5 0.037 0.352 0.522 0.611 0.651 0.686
0cM<x≤1cM0.00
3 0.010 0.100 0.199 0.285 0.368 0.413
1cM<x≤5cM0.00
1 0.007 0.054 0.116 0.190 0.268 0.308
5cM<x≤10cM0.00
2 0.003 0.031 0.065 0.103 0.143 0.172
10cM<x≤20cM0.00
1 0.002 0.014 0.027 0.048 0.071 0.089
>200cM0.00
0 0.002 0.002 0.001 0.006 0.003 0.002
(b) 100 background marker effects
Heritability (h2)
Interval0.00
1 0.01 0.05 0.10 0.25 0.50 0.75
Target (x)0.00
3 0.068 0.731 0.992 1.000 1.000 1.000
0cM not target (x)0.00
0 0.013 0.259 0.476 0.589 0.634 0.675
0cM<x≤1cM0.00
1 0.005 0.052 0.121 0.243 0.359 0.430
1cM<x≤5cM0.00
1 0.003 0.027 0.072 0.159 0.242 0.298
5cM<x≤10cM0.00
1 0.003 0.016 0.034 0.082 0.131 0.172
10cM<x≤20cM0.00
1 0.002 0.007 0.014 0.032 0.060 0.081
>200cM0.00
1 0.004 0.005 0.005 0.002 0.004 0.004
Table S3. Predictive correlations (r) for HT with different groups of Rht-B1b alleles in the training population and test set
From/To Rht-B1b Rht-B1 Rht-B1b (160) + Rht-B1b (160) +
(200) (160) Rht-B1 (160) Rht-B1 (160)Rht-B1b (200) 0.38 0.22Rht-B1 (160) 0.26 0.57Rht-B1b (160) + Rht-B1 (160) 0.80 0.79Rht-B1b (160) + Rht-B1 (160) 0.79 0.80
Fig. S1. Graphical detection of the true number of populations (K) as determined using STRUCTURE using the skimmed (1804 marker) dataset. ΔK (deltaK) calculated as μ/ L (K)|/s[L(K) according to Evanno et al. (2005). The modal value is the true K (here, 2 populations).
Fig. S2. Patterns of linkage disequilibrium on the group 1 chromosomes (1A (a); 1B (b); 1D (c)). Images on the left-hand side show D’ (in the upper section) and r2 (in the lower section) with recombination distance (cM). Images on the right-hand side show LD decay between pairs of markers by genetic distance. A locally weighted scatterplot smoothing (LOESS) curve has been fitted to the data in each case.
Fig. S3. Results of 1000 simulations for detecting a QTL with no background effect (a) and detecting a QTL with 100 background markers (b) with simulated heritabilities of: (i) 0; (ii) 0.01; (iii) 0.10; (iv) 0.25; (v) 0.50; (vi) 0.75 to determine power to detect the target locus
Fig S4. FT predictions by Ppd-D1a allele (A), showing an improved ability to predict early and late flowering types when combining allele types (Ppd-D1a and Ppd-D1b) in the training population (B).
A B
ig. S5. Testing the effect on predictive correlation of bootstrap re-sampling to improve the efficiency of genomic selection in the TriticeaeGenome dataset via sample sizes of 50, 100 and 200 individuals for both the training and test set for four traits: (a) YLD; (b) FT; (c) HT; (d) GPC
