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V o l . 3 2 , N o . 5O U R N A L OF C L I N I C A L M I C R O B I O L O G Y , Ma y 1 9 9 4 , p . 1 3 3 8 - 1 3 4 00 0 9 5 - 1 1 3 7 / 9 4 / $ 0 4 . 0 0 + 0C o p y r i g h t 1 9 9 4 , A m e r i c a n S o c i e t y f o r M i c r o b i o l o g y

NOTES

I d e n t i f i c a t i o n o f B o v i n e a n d P o r c i n e R o t a v i r u s G T y p e s b y PCRVERA GOUVEA,1* NORMA SANTOS,1 AND MARIA DO CARMO TIMENETSKY1'D i v i s i o n o f M o l e c u l a r B i o l o g i c a l R e s e a r c h a n d E v a l u a t i o n , F o o d a n d D r u g A d m i n i s t r a t i o n , W a s h i n g to n , D . C . 2 0 2 0 4 , 1a n d V i r o l o g y L a b o r a t o t y , I n s t i t u t o A d o l f o L u t z , S d o P a u l o , B r a z i l 2

R e c e i v e d 1 5 D e c e m b e r 1 9 9 3 / R e t u r n e d f o r m o d i f i c a t i o n 2 5 J a n u a r y 1 9 9 4 / A c c e p t e d 1 7 F e b r u a r y 1 9 9 4A new s e m i n e s t e d PCR t y p i n g assay h a s b e e n e x t e n d e d t o i d e n t i f y t h e i m p o r t a n t v e t e r i n a r y r o t a v i r u ss e r o t y p e s G 5 , G 6 , G 1 0 , a n d G l l , as w e l l as t h e rare human s e r o t y p e G 8 . T h e s p e c i f i c i t y o f t h e m e t h o d wase v a l u a t e d w i t h 3 0 s t a n d a r d l a b o r a t o r y s t r a i n s o f t h e Gl t o G6 a n d G8 t o Gll t y p e s . R o t a v i r u s s t r a i n t y p e s G6a n d G 8 , n o t p r e v i o u s l y r e c o g n i z e d i n p i g s , were i d e n t i f i e d i n f i e l d s p e c i m e n s o f p o r c i n e o r i g i n .

G r o u p A r o t a v i r u s e s a r e t h e l e a d i n g c a u s e o f a c u t e g a s t r o -e n t e r i t i s i n c h i l d r e n a n d y o u n g a n i m a l s o f many s p e c i e st h r o u g h o u t t h e w o r l d . D e v e l o p m e n t o f a s a f e a n d e f f i c a c i o u sp e d i a t r i c v a c c i n e i s n e e d e d t o c o n t r o l s e v e r e d e h y d r a t i n gd i s e a s e a n d p r e v e n t c o s t l y h o s p i t a l i z a t i o n ( 4 ) . S e v e r a l c a n d i -d a t e s o f l i v e a n i m a l r o t a v i r u s s t r a i n s o r r e a s s o r t a n t s c o n t a i n i n gt h e VP7 g e n e o f t h e m a j o r human s e r o t y p e s i n a n a n i m a lb a c k g r o u n d v i r u s h a v e b e e n e v a l u a t e d i n c l i n i c a l t r i a l s w i t hv a r i o u s d e g r e e s o f s u c c e s s .T h e r o t a v i r u s g e n o m e c o n s i s t s o f 1 1 s e g m e n t s o f d o u b l e -s t r a n d e d RNA s u r r o u n d e d b y d o u b l e - s h e l l e d c a p s i d s . T h eo u t e r c a p s i d c o n t a i n s t w o p r o t e i n s , VP7 a n d V P 4 , t h a t i n d e -p e n d e n t l y e v o k e n e u t r a l i z i n g a n t i b o d i e s , a l t h o u g h t h e i r r e l a -t i v e i m p o r t a n c e i n p r o t e c t i v e i m m u n i t y i n h u m a n s h a s y e t t o b ee s t a b l i s h e d ( 4 ) . C l a s s i f i c a t i o n o f r o t a v i r u s e s i s b a s e d o n t h es p e c i f i c i t y o f t h e v i r a l VP7 a n t i g e n , o r G s e r o t y p e , a n d i t s VP4a n t i g e n , o r P s e r o t y p e . To d a t e , 1 4 G s e r o t y p e s h a v e b e e nd e f i n e d b y n e u t r a l i z a t i o n a s s a y s w i t h h y p e r i m m u n e s e r a : 1 3 i nm a m m a l s , i n c l u d i n g t h e n e w l y d e s c r i b e d human G12 a n de q u i n e G 1 3 a n d G 1 4 , a n d o n e s e r o t y p e ( G 7 ) i n b i r d s ( 1 , 4 , 2 0 ) .S e r o t y p e s G i t o G4 h a v e b e e n m o s t f r e q u e n t l y a s s o c i a t e d w i t hd i a r r h e a i n h u m a n s a n d c o n s t i t u t e t h e t a r g e t s o f c u r r e n tv a c c i n e d e v e l o p m e n t , w h e r e a s t h e l e s s common human s e r o -t y p e s G8 a n d G9 h a v e b e e n o n l y r a r e l y a s s o c i a t e d w i t h d i s e a s e .N a t u r a l i n f e c t i o n s w i t h t h o s e G t y p e s , h o w e v e r , h a v e n o t b e e nr e s t r i c t e d t o h u m a n s ; t h e y h a v e a l s o b e e n r e c o v e r e d f r o m a f e wa n i m a l h o s t s p e c i e s o r , i n t h e c a s e o f s e r o t y p e G 3 , f r o m av a r i e t y o f s p e c i e s ( 4 , 1 0 ) . R o t a v i r u s s e r o t y p e s G6 a n d G10 a r em a j o r b o v i n e p a t h o g e n s t h a t h a v e r e c e n t l y b e e n r e c o v e r e df r o m d i a r r h e i c c h i l d r e n a n d h e a l t h y human n e o n a t e s ( 2 , 5 , 2 2 ) .S e r o t y p e s G5 a n d G l l h a v e b e e n p r e v a l e n t i n p i g s , a l t h o u g hG5 h a s a l s o b e e n r e c o v e r e d f r o m h o r s e s w i t h a c u t e g a s t r o e n -t e r i t i s ( 1 1 ) .

D e t e r m i n a t i o n o f r o t a v i r u s s e r o t y p e s h a s b e e n c l a s s i c a l l yp e r f o r m e d b y n e u t r a l i z a t i o n a s s a y o f c e l l - a d a p t e d s t r a i n s o rh a s b e e n p e r f o r m e d d i r e c t l y w i t h c l i n i c a l s p e c i m e n s b y e n z y m ei m m u n o a s s a y w i t h n e u t r a l i z i n g m o n o c l o n a l a n t i b o d i e s ( 4 , 1 4 ) .R e c e n t l y , m o l e c u l a r m e t h o d s , s u c h a s p r o b e h y b r i d i z a t i o n a n dPCR a m p l i f i c a t i o n , h a v e b e e n d e v e l o p e d t o t y p e r o t a v i r u s e s ( 7 ,1 6 , 1 7 ) . G e n o t y p i n g h a s g a i n e d w i d e s p r e a d a c c e p t a n c e a s a na l t e r n a t i v e a p p r o a c h t o r o t a v i r u s s e r o t y p i n g . I t c o r r e l a t e s w e l l* C o r r e s p o n d i n g a u t h o r . M a i l i n g a d d r e s s : 1 2 2 0 N o r t h P i e r c e S t . ,7 0 1 , A r l i n g t o n , VA 2 2 2 0 9 . P h o n e : ( 7 0 3 ) 5 2 2 - 8 4 3 1 .

w i t h v i r a l a n t i g e n i c s p e c i f i c i t y , u s e s u n i v e r s a l s y n t h e t i c r e -a g e n t s , a n d a l l o w s r a p i d e x a m i n a t i o n o f a l a r g e n u m b e r o fs p e c i m e n s .We h a v e e x t e n d e d o u r o r i g i n a l PCR t y p i n g a s s a y d e v e l o p e dt o c h a r a c t e r i z e human r o t a v i r u s s e r o t y p e s ( 7 ) t o e m b r a c e t h ev e t e r i n a r y - r e l e v a n t s e r o t y p e s G 5 , G 6 , G 1 0 , a n d G l l . Wed e s c r i b e h e r e a new a n d c o m p l e m e n t a r y a s s a y t h a t i n c l u d e s a ni m p r o v e d m e a n s o f i d e n t i f y i n g t h e G8 s e r o t y p e .T h i r t y w e l l - c h a r a c t e r i z e d , c e l l - c u l t u r e - a d a p t e d a n i m a l a n dhuman r o t a v i r u s e s o f k n o w n G s e r o t y p e s w e r e u s e d t o d e v e l o pa n d t e s t t h e new G t y p i n g a s s a y . T h e f o l l o w i n g a n i m a l r o t a v i -r u s e s w e r e u s e d : G6 b o v i n e s t r a i n s WC3, NCDV, UK, O K ,C 4 8 6 , a n d B 6 4 1 ; G l O b o v i n e s t r a i n s B 2 2 3 a n d C r ; G5 p o r c i n es t r a i n s OSU a n d EE a n d G5 e q u i n e s t r a i n H 1 ; G4 p o r c i n es t r a i n s G o t t f r i e d a n d S B 1 A ; G3 e q u i n e s t r a i n s H2 a n d F I 1 4 ;a n d G l l p o r c i n e s t r a i n YM. T h e f o l l o w i n g human r o t a v i r u s e sw e r e u s e d : Gi s t r a i n s W a , 0 , a n d M 3 7 ; G2 s t r a i n s D S 1 , R V 5 ,a n d S C 2 ; G3 s t r a i n s P a n d HCR3; G4 s t r a i n s H o c h i a n d C C 4 ;G8 s t r a i n s 69M a n d B 3 7 ; a n d G9 s t r a i n s W 1 6 1 a n d F 4 5 . I na d d i t i o n , 1 5 f e c a l s p e c i m e n s o f a n unknown G t y p e o b t a i n e df r o m f i e l d o u t b r e a k s o f r o t a v i r u s d i a r r h e a i n c a t t l e ( 8 s a m p l e s )a n d i n p i g s ( 7 s a m p l e s ) i n t h e U n i t e d S t a t e s w e r e t e s t e d w i t ht h e new PCR t y p i n g a s s a y .R o t a v i r u s d o u b l e - s t r a n d e d RNA w a s e x t r a c t e d a n d p u r i f i e db y t r e a t m e n t w i t h g u a n i d i n i u m i s o t h i o c y a n a t e , h y d r o x y a p a t i t e ,a n d c e t y l t r i m e t h y l a m m o n i u m b r o m i d e , a s d e s c r i b e d b y S a n t o sa n d G o u v e a ( 1 8 ) , a n d w a s u s e d a s t h e t e m p l a t e f o r r e v e r s et r a n s c r i p t i o n a n d f i r s t PCR a m p l i f i c a t i o n a s p r e v i o u s l y d e -s c r i b e d ( 7 ) . P r i m e r B e g 9 a n d a d e g e n e r a t e m i x t u r e o f E n d 9p r i m e r s ( d E n d 9 ) ( 8 ) w e r e u s e d t o a m p l i f y f u l l - l e n g t h c o p i e s o ft h e r o t a v i r u s VP7 g e n e u n d e r PCR c o n d i t i o n s o f 3 0 c y c l e s o f9 4 C f o r 1 m i n , 4 2 C f o r 2 m i n , a n d 7 2 C f o r 1 m i n . A l i q u o t s o f0 . 2 R I , o r , p r e f e r a b l y , 2 [ l I o f a 1 : 1 0 0 d i l u t i o n , o f t h e f i r s t PCRp r o d u c t w e r e s u b j e c t e d t o t h e s e m i n e s t e d PCR t y p i n g a s s a yw i t h t h e A p o o l o f p r i m e r s . T h i s p o o l c o n s i s t e d o f t h e s e n s et y p i n g p r i m e r s F T 5 , D T 6 , H T 8 , E T 1 0 , a n d BT11 s p e c i f i c f o rt h e s e r o t y p e s G 5 , G 6 , G 8 , G 1 0 , a n d G 1 1 , r e s p e c t i v e l y , a n d t h ec o n s e r v e d a n t i s e n s e p r i m e r s B e g 9 , w h i c h i s a s h or t e r v e r s i o n o fp r i m e r B e g 9 . Th e s e q u e n c e s o f t h e t y p i n g p r i m e r s , t h e i rp o s i t i o n s i n t h e g e n o m i c s e g m e n t , t h e p r o t o t y p e v i r u s e s f r o mw h i c h t h e s e q u e n c e s w e r e t a k e n , a n d t h e e x p e c t e d s e g m e n tl e n g t h s a r e d i s p l a y e d i n T a b l e 1 a n d F i g . 1 . A m p l i f i c a t i o n w a sp e r f o r m e d e s s e n t i a l l y a s d e s c r i b e d p r e v i o u s l y ( 7 ) u n d e r t h ef o l l o w i n g PCR c o n d i t i o n s : 2 5 c y c l e s o f d e n a t u r i n g a t 9 4 C f o r1 m i n , a n n e a l i n g a t 5 5 C f o r 2 m i n , a n d e x t e n s i o n a t 7 2 C f o r

1 3 3 8

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NOTES 1 3 3 9TABLE 1 . O l i g o n u c l e o t i d e p r i m e r s t h a t c o n s t i t u t e t h e A p o o l o fPCR t y p i n g p r i m e r s

P r i m e r S e q u e n c e ( 5 '- 3 ' ) P o s i t i o n G s t r a i n A c c e s s i o nn o . 's B e g 9 GGCTTTAAAAGAGAGAATTTC 1 - 2 1 Wa K 0 2 0 3 3FT5 CATGTACTCGTTGTTACGTC 7 7 9 - 7 6 0 OSU ( G 5 ) X04613DT6 CTAGTTCCTGTGTAGAATC 4 9 9 - 4 8 1 UK ( G 6 ) K 0 0 0 3 7HT8 CGGTTCCGGATTAGACAC 2 7 3 - 2 5 6 B37 ( G 8 ) J 0 4 3 3 4E T I O TTCAGCCGTTGCGACTTC 7 1 4 - 6 9 7 B 2 2 3 ( GI O) X 5 2 6 5 0B T 1 1 GTCATCAGCAATCTGAGTTGC 3 3 6 - 3 1 6 YM ( G I l ) M23194

a EMBL-GenBank a c c e s s i o n n u m b e r .

1 m i n . PCR p r o d u c t s ( 5 [ I ) w e r e a n a l y z e d b y e l e c t r o p h o r e s i so n a 1 . 2 % a g a r o s e - e t h i d i u m b r o m i d e m i n i g e l i n T r i s b o r a t eb u f f e r ( 7 ) .E x c e l l e n t s p e c i f i c i t y w a s o b t a i n e d w i t h t h e A p o o l o f t y p i n gp r i m e r s , a s s h o w n f o r t h e p r o t o t y p e G s t r a i n s i n F i g . 2 . T h u s ,a s i n g l e a m p l i c o n o f t h e e x p e c t e d s i z e w a s o b t a i n e d f o r e a c hG 5 , G 6, G 8 , G I O , o r G I l s t r a i n ; n o a m p l i f i c a t i o n w a s o b t a i n e df o r s t r a i n s o f o t h e r G t y p e s ( G l t o G4 a n d G 9 ) . T h e s e r o t y p e so f t h e o t h e r 2 0 w e l l - c h a r a c t e r i z e d l a b o r a t o r y s t r a i n s o f a n i m a la n d human r o t a v i r u s o f s e r o t y p e s GI t o G6 a n d G8 t o G I lw e r e c o r r e c t l y i d e n t i f i e d ( o r w e r e a p p r o p r i a t e l y n o t a m p l i f i e d )b y t h e new m e t h o d , a t t e s t i n g t o i t s s p e c i f i c i t y a n d v a l i d i t y .S i m i l a r r e s u l t s w e r e o b t a i n e d when e a c h o f t h e n e w l y d e s i gn e dt y p i n g p r i m e r s t h a t c o n s t i t u t e t h e A p o o l w a s u s e d s i n g l y w i t ht h e g e n e r i c s B e g 9 p r i m e r i n i n d i v i d u a l PCR t y p i n g a s s a y s . T h eo n l y e x c e p t i o n w a s p r i m e r F T 5 , w h i c h w e a k l y a m p l i f i e d G8s t r a i n s 69M a n d B 3 7 . T h i s w a s n o t s u r p r i s i n g , s i n c e o l i g o n u -c l e o t i d e p r i m e r FT5 h a s o n l y t h r e e m i s m a t c h e s w i t h t h en u c l e i c a c i d s e q u e n c e s o f G8 s t r a i n s , w h i c h i s a b o u t t h e l i m i t o fm i s m a t c h e s t o l e r a t e d a t t h e c h o s e n a n n e a l i n g t e m p e r a t u r e o f5 5 C . I n t h e p r e s e n c e o f G 8 - s p e c i f i c p r i m e r H T 8 , a s i n t h e Ap o o l , h o w e v e r , t h i s c r o s s - a m p l i f i c a t i o n i s c o m p l e t e l y e l i m i -n a t e d b e c a u s e t h e s h o r t e r s e g m e n t a m p l i f i e d b y HT8 i s p r e f -e r e n t i a l l y f o r m e d o v e r t h e l a r g e r s e g m e n t a m p l i f i e d b y F T 5 .S e l e c t i o n o f t h e new t y p i n g p r i m e r s w a s b a s e d o n o u r o r i g i n a ls t r a t e g y d e v i s e d t o i d e n t i f y human G s e r o t y p e s ( 7 ) . T h u s , e a c ht y p e - s p e c i f i c p r i m e r w a s d e r i v e d f r o m a d i s t i n c t v a r i a b l e r e g i o ni n t h e VP7 g e n e . T h e s e v a r i a b l e r e g i o n s a r e d i s c r e t e n u c l e i ca c i d s e q u e n c e s c h a r a c t e r i s t i c o f e a c h G t y p e a n d p r e s u m e d t oe n c o d e t y p e - s p e c i f i c e p i t o p e s o n VP7 ( 4 ) . I n f a c t , a l l f i v ev a r i a b l e r e g i o n s u s e d i n t h e p r e s e n t s t u d y h a v e b e e n c o n f i r m e da s c o n t a i n i n g n e u t r a l i z a t i o n s i t e s b y s e q u e n c e a n a l y s i s o fe s c a p e m u t a n t s s e l e c t e d w i t h n e u t r a l i z i n g m o n o c l o n a l a n t i b o d -i e s ( 3 , 1 2 ) . N e v e r t h e l e s s , i n t e r t y p i c s e q u e n c e h o m o l o g i e sw i t h i n v a r i a b l e r e g i o n s h a v e a l s o b e e n d e m o n s t r a t e d , s u c h a st h o s e b e t w e e n G8 a n d G5 i n v a r i a b l e r e g i o n F ( n u c l e o t i d e s 7 5 6

HT 8 B T 1 1 DT6 ET10 FT5eg 9s Beg 9

F I G . 1 . R o t a v i r u s mRNA s t r a n d o f VP 7 gene, l o c a t i o n o f t h e At y p i n g p r i m e r s a n d e x p e c t e d l e n g t h s o f a m p l i f i e d s e g m e n t s .

N 1 1 2 3 4 5 6 8 9 1 0 1 1 M

F I G . 2 . PCR t y p i n g a s s a y w i t h t h e A p o o l o f p r i m e r s . L a n en u m b e r s c o r r e s p o n d t o t h e G t y p e s o f s t r a i n s a s f o l l o w s : 1 , Wa; 2 , DS l ;3 , P ; 4 , H o c h i ; 5 , OSU; 6 , UK; 8 , B 3 7 ; 9 , W 1 6 1 ; 1 0 , B 2 2 3 ; a n d 1 1 , YM.L a n e s M , 1 0 0 - b p m a r k e r s w i t h h i g h l i g h t e d 6 0 0 - b p s e g m e n t .t o 7 7 4 ) a n d t h o s e b e t w e e n G8 a n d G3 i n r e g i o n E ( n u c l e o t i d e s4 7 7 t o 5 0 5 ) ( 9 ) . S h a r i n g o f v a r i a b l e r e g i o n s b e t w e e n t y p e sp r e s e n t e d s o m e d i f f i c u l t i e s i n t h e d e s i g n i n g o f t y p e - s p e c i f i cp r i m e r s a n d r e s u l t e d i n a m p l i f i c a t i o n o f G8 s t r a i n s b y t h eG 3 - s p e c i f i c p r i m e r aET3 i n o u r o r i g i n a l PCR t y p i n g a s s a y ( 7 )a n d b y G 5 - s p e c i f i c p r i m e r F T 5 , i f u s e d s i n g l y , i n t h e p r e s e n ts t u d y . We h a v e t h e r e f o r e d e s i g n e d a new G 8 - s p e c i f i c p r i m e r ,H T 8 , t o b e i n c l u d e d i n t h e A p o o l o f p r i m e r s t o c o m p l e t e l ye l i m i n a t e a m p l i f i c a t i o n o f G8 s t r a i n s b y FF5 p r i m e r i n t h ep r e s e n t PCR A t y p i n g a s s a y a n d t o p r o v i d e a m e a n s o fc o n f i r m i n g G8 s t r a i n s i d e n t i f i e d b y t h e p r e v i o u s PCR t y p i n gm e t h o d .We e x a m i n e d 1 5 f i e l d s p e c i m e n s o f b o v i n e a n d p o r c i n eo r i g i n s b y t h e PCR A t y p i n g a s s a y . A l l b o v i n e f e c a l s p e c i m e n sh a d r o t a v i r u s s t r a i n s o f t h e c o n v e n t i on a l b o v i n e t y p e s G6 ( s i xs p e c i m e n s ) a n d GIO ( o n e s p e c i m e n ) o r a m i x t u r e o f b o t h ( o n es p e c i m e n ) . On t h e o t h e r h a n d, q u i t e d i v e r s e a n d u n u s u a l t y p e sw e r e f o u n d i n t h e l i m i t e d n u m b e r o f p o r c i n e f e c a l s p e c i m e n s .On e w a s o f t h e common p o r c i n e s e r o t y p e G 5 , b u t t w o w e r eG 6 , o n e w a s G 8 , a n d t h r e e r e m a i n e d u n t y p e a b l e . T h e p r e s e n c eo f G5 a n d G6 r o t a v i r u s e s i n t h o s e s p e c i m e n s w a s c o n f i r m e d b ye n z y m e i m m u n o a s s a y w i t h a p a n e l o f m o n o c l o n a l a n t i b o d i e ss p e c i f i c f o r s e r o t y p e s GI t o G6 ( 1 4 ) . T h e G8 s a m p l e w a su n r e a c t i v e i n t h e e n z y m e i m m u n o a s s a y b u t w a s r e c og n i z e d b yp r i m e r s ET3 a n d F F 5 i n i n d i v i d u a l PCR a s s a y s , a s w o u l d b ee x p e c t e d f o r a G8 r o t a v i r u s s t r a i n ( s e e a b o v e ) . C e l l a d a p t a t i o na n d f u r t h e r a n a l y s e s o f t h e s e v i r u s e s a r e u n d e r w a y . T y p e s G6a n d G8 h a v e n o t b e e n p r e v i o u s l y r e c o g n i z e d i n p i g s . G 6 , t h em o s t p r e v a l e n t b o v i n e s e r o t y p e , h a s r e c e n t l y b e e n r e c o v e r e df r o m t w o c h i l d r e n w i t h g a s t r o e n t e r i t i s i n I t a l y ( 5 ) , w h e r e a s G 8 ,a s e r o t y p e f i r s t d e s c r i b e d i n c h i l d r e n i n I n d o n e s i a ( 1 3 ) a n dl a t e r d e s c r i b e d i n E u r o p e ( 6 ) , h a s b e e n r e c o v e r e d f r o m c a t t l ei n T h a i l a n d ( 2 1 ) , S c o t l a n d ( 1 9 ) , a n d t h e U n i t e d S t a t e s ( 1 5 ) .A l t h o u g h a n o v e l t y , t h e f i n d i n g o f t y p e G6 a n d G8 r o t a v i r u ss t r a i n s i n p i g s i s n o t s u r p r i s i n g i n v i e w o f a c c u m u l a t i n ge v i d e n c e f o r o c c a s i o n a l b u t w i d e s p r e a d t r a n s m i s s i o n o f g r o u pA r o t a v i r u s e s f r o m o n e a n i m a l s p e c i e s t o a n o t h e r i n n a t u r e ( 1 0 ,2 2 ) . T h e a v a i l a b i l i t y o f m o l e c u l a r m e t h o d s t o i d e n t i f y r o t a v i r u sg e n o t y p e s , s u c h a s t h e o n e d e s c r i b e d h e r e , a s a n a l t e r n a t i v e t os e r o t y p i n g h a d f a c i l i t a t e d a n d s h o u l d i n t e n s i f y s t u d i e s o n t h eo c c u r r e n c e a n d d i s t r i b u t i o n o f i n d i v i d u a l G t y p e s i n d i f f e r e n ta n i m a l p o p u l a t i o n s .

V O L . 3 2 , 1 9 9 4

3 3 7 b p i

7 8 0 b p

8/7/2019 jcm00005-0218

3/3

J . C L I N . M I C R O B I O L .We t h a n k Y a s u t a k a H o s h i n o , L i n d a S a i f , G e r a l d W o o d e , H . F r e dC l a r k , a n d E n z o P a l o m b o f o r p r o v i d i n g r o t a v i r u s s t r a i n s u s e d i n t h i ss t u d y a n d H a r r y G r e e n b e r g f o r p r o v i d i n g m o n o c l o n a l a n t i b o d i e s .N . S . i s a r e c i p i e n t o f a f e l l o w s h i p f r o m C o n s e l h o N a c i o n a l d oD e s e n v o l v i m e n t o C i e n t i f i c o e T e c n o l 6 g i c o ( C N P q ) , B r a s i l i a , B r a z i l .

REFERENCES1 . B r o w n i n g , G . F . , T . A . F i t z g e r a l d , R . M. C h a l m e r s , a n d D . R .S n o d g r a s s . 1 9 9 1 . A n o v e l g r o u p A r o t a v i r u s G s e r o t y p e : s e r o l o g -i c a l a n d g e n o m i c c h a r a c t e r i z a t i o n o f e q u i n e i s o l a t e F 1 2 3 . J . C l i n .M i c r o b i o l . 2 9 : 2 0 4 3 - 2 0 4 6 .2 . D u n n , S . J . , H . B . G r e e n b e r g , R . L . W a r d , 0 . N a k a g o m i , J . W.B u r n s , P . T . V o , K . A . P a x , M. D a s , K . G o w d a , a n d C . D . R a o .1 9 9 3 . S e r o t y p i c a n d g e n o t y p i c c h a r a c t e r i z a t i o n o f human s e r o t y p e1 0 r o t a v i r u s e s f r o m a s y m p t o m a t i c n e o n a t e s . J . C l i n . M i c r o b i o l .3 1 : 1 6 5 - 1 6 9 .3 . D y a l l - S m i t h , M. L . , I . L a z d i n s , G . W . T r e g e a r , a n d I . H . H o l m e s .1 9 8 6 . L o c a t i o n o f t h e m a j o r a n t i g e n i c s i t e s i n v o l v e d i n r o t a v i r u ss e r o t y p e - s p e c i f i c n e u t r a l i z a t i o n . P r o c . N a t l . A c a d . S c i . USA 8 3 :3 4 6 5 - 3 4 6 8 .4 . E s t e s , M . K . , a n d J . C o h e n . 1 9 8 9 . R o t a v i r u s g e n e s t r u c t u r e a n df u n c t i o n . M i c r o b i o l . R e v . 5 3 : 4 1 0 - 4 4 9 .5 . G e r n a , G . , A . S a r a s i n i , M. P a r e a , S . A r i s t a , P . M i r a n d a , H .B r u s s o w , Y . H o s h i n o , a n d J . F l o r e s . 1 9 9 2 . I s o l a t i o n a n d c h a r a c -

t e r i z a t i o n o f t w o d i s t i n c t human r o t a v i r u s s t r a i n s w i t h G6 s p e c i -f i c i t y . J . C l i n . M i c r o b i o l . 3 0 : 9 - 1 6 .6 . G e r n a , G . , A . S a r a s i n i , L . Z e n t i l i n , A . D i M a t e o , P . M i r a n d a , M .P a r e a , M . B a t t a g l i a , a n d G . M i l a n e s i . 1 9 9 0 . I s o l a t i o n i n E u r o p e o f6 9 M - l i k e ( s e r o t y p e 8 ) human r o t a v i r u s s t r a i n s w i t h e i t h e r s u b -g r o u p I o r I I s p e c i f i c i t y a n d a l o n g RNA e l e c t r o p h e r o t y p e . A r c h .V i r o l . 1 1 2 : 2 7 - 4 0 .7 . G o u v e a , V . , R . I . G l a s s , P . W o o d s , K . T a n i g u c h i , H . F . C l a r k , B .F o r r e s t e r , a n d Z . - Y . F a n g . 1 9 9 0 . P o l y m e r a s e c h a i n r e a c t i o n a m -p l i f i c a t i o n a n d t y p i n g o f r o t a v i r u s n u c l e i c a c i d f r o m s t o o l s p e c i -m e n s . J . C l i n . M i c r o b i o l . 2 8 : 2 7 6 - 2 8 2 .8 . G o u v e a , V . , C . R a m i r e z , B . L i , N . S a n t o s , L . S a i f , H . F . C l a r k , a n dY . H o s h i n o . 1 9 9 3 . R e s t r i c t i o n e n d o n u c l e a s e a n a l y s i s o f t h e v p 7g e n e s o f human a n d a n i m a l r o t a v i r u s e s . J . C l i n . M i c r o b i o l . 3 1 : 9 1 7 -9 2 3 .9 . Hum, C . P . , M. L . D y a l l - S m i t h , a n d I . H . H o l m e s . 1 9 8 9 . T h e VP7g e n e o f a new G s e r o t y p e o f human r o t a v i r u s ( B 3 7 ) i s s i m i l a r t o G3p r o t e i n s i n t h e a n t i g e n i c C r e g i o n . V i r o l o g y 1 7 0 : 5 5 - 6 1 .1 0 . H u s s e i n , H . A . , A . V . P a r w a n i , B . I . R o s e n , A . L u c c h e l l i , a n d L . J .S a i f . 1 9 9 3 . D e t e c t i o n o f r o t a v i r u s s e r o t y p e s G l , G 2 , G 3 , a n d G l li n f e c e s o f d i a r r h e i c c a l v e s b y u s i n g p o l y m e r a s e c h a i n r e a c t i o n -d e r i v e d c DNA p r o b e s . J . C l i n . M i c r o b i o l . 3 1 : 2 4 9 1 - 2 4 9 6 .1 1 . I m a g a w a , H . , T . T a n a k a , K . S e k i g u c h i , Y . F u k u n a g a , T . A n z a i , N .M i n a m o t o , a n d M. Kamada. 1 9 9 3 . E l e c t r o p h e r o t y p e s , s e r o t y p e s ,

a n d s u b g r o u p s o f e q u i n e r o t a v i r u s e s i s o l a t e d i n J a p a n . A r c h . V i r o l .1 3 1 : 1 6 9 - 1 7 6 .1 2 . K i r k w o o d , C . , P . J . M a s e n d y c k , a n d B . S . C o u l s o n . 1 9 9 3 . C h a r a c -t e r i s t i c s a n d l o c a t i o n o f c r o s s - r e a c t i v e a n d s e r o t y p e - s p e c i f i c n e u -t r a l i z a t i o n s i t e s o n VP7 o f h u m a n G t y p e 9 r o t a v i r u s e s . V i r o l o g y1 9 6 : 7 9 - 8 8 .1 3 . M a t s u n o , S . , A . H a s e g a w a , A . M u k o y a m a , a n d S . I n o u y e . 1 9 8 5 . Ac a n d i d a t e f o r a n e w s e r o t y p e o f human r o t a v i r u s . J . V i r o l . 5 4 :6 2 3 - 6 2 4 .1 4 . P a d i l l a - N o r i e g a , L . , C . F . A r i a s , S . L 6 p e z , F . P u e r t o , D . R .S n o d g r a s s , K . T a n i g u c h i , a n d H . B . G r e e n b e r g . 1 9 9 0 . D i v e r s i t y o fr o t a v i r u s s e r o t y p e s i n M e x i c a n i n f a n t s w i t h g a s t r o e n t e r i t i s . J . C l i n .M i c r o b i o l . 2 8 : 1 1 1 4 - 1 1 1 9 .1 5 . P a r w a n i , A . V . , H . A . H u s s e i n , B . I . R o s e n , A . L u c c h e l l i , L .N a v a r r o , a n d L . J . S a i f . 1 9 9 3 . C h a r a c t e r i z a t i o n o f f i e l d s t r a i n s o fg r o u p A b o v i n e r o t a v i r u s e s b y u s i n g p o l y m e r a s e c h a i n r e a c t i o n -g e n e r a t e d G a n d P t y p e - s p e c i f i c c DNA p r o b e s . J . C l i n . M i c r o b i o l .3 1 : 2 0 1 0 - 2 0 1 5 .1 6 . P a r w a n i , A . V . , B . I . R o s e n , J . F l o r e s , M. A . M c C r a e , M. G o r z i g l i a ,a n d L . J . S a i f . 1 9 9 2 . D e t e c t i o n a n d d i f f e r e n t i a t i o n o f b o v i n e g r o u pA r o t a v i r u s s e r o t y p e s u s i n g p o l y m e r a s e c h a i n r e a c t i o n - g e n e r a t e dp r o b e s t o t h e VP7 g e n e . J . V e t . D i a g n . I n v e s t . 4 : 1 4 8 - 1 5 8 .1 7 . R o s e n , B . I . , L . J . S a i f , D . J . J a c k w o o d , a n d M. G o r z i g l i a . 1 9 9 0 .S e r o t y p i c d i f f e r e n t i a t i o n o f g r o u p A r o t a v i r u s e s w i t h p o r c i n er o t a v i r u s g e n e 9 p r o b e s . J . C l i n . M i c r o b i o l . 2 8 : 2 5 2 6 - 2 5 3 3 .1 8 . S a n t o s , N . , a n d V . G o u v e a . 1 9 9 4 . I m p r o v e d m e t h o d f o r p u r i f i c a -t i o n o f v i r a l RNA f r o m f e c a l s p e c i m e n s f o r r o t a v i r u s d e t e c t i o n . J .V i r o l . M e t h o d s 4 6 : 1 1 - 2 1 .1 9 . S n o d g r a s s , D . R . , T . F i t z g e r a l d , I . C a m p b e l l , F . M. M. S c o t t , G . F .B r o w n i n g , D . L . M i l l e r , A . J . H e r r i n g , a n d H . B . G r e e n b e r g . 1 9 9 0 .R o t a v i r u s s e r o t y p e s 6 a n d 1 0 p r e d o m i n a t e i n c a t t l e . J . C l i n .M i c r o b i o l . 2 8 : 5 0 4 - 5 0 7 .2 0 . T a n i g u c h i , K . , T . U r a s a w a , N . K o b a y a s h i , M. G o r z i g l i a , a n d S .U r a s a w a . 1 9 9 0 . N u c l e o t i d e s e q u e n c e o f VP4 a n d VP7 g e n e s o fhuman r o t a v i r u s e s w i t h s u b g r o u p I s p e c i f i c i t y a n d l o n g RNAp a t t e r n : i m p l i c a t i o n f o r new G s e r o t y p e s p e c i f i c i t y . J . V i r o l .6 4 : 5 6 4 0 - 5 6 4 4 .2 1 . T a n i g u c h i , K . , T . U r a s a w a , Y . P o n g s u w a n n a , M. C h o o n t h a n o m , C .J a y a v a s u , a n d S . U r a s a w a . 1 9 9 1 . M o l e c u l a r a n d a n t i g e n i c a n a l y s e so f s e r o t y p e 8 a n d 1 0 o f b o v i n e r o t a v i r u s e s i n T h a i l a n d . J . G e n .V i r o l . 7 2 : 2 9 2 9 - 2 9 3 7 .2 2 . U r a s a w a , S . , A . H a s e g a w a , T . U r a s a w a , K . T a n i g u c h i , F . Waka-s u g i , H . S u z u k i , S . I n o u y e , B . P o n p r o t , J . S u p a w a d e e , S . S u p r a -s e r t , P . R a n g s i y a n o u n d , S . T o n u s i n , a n d Y . Y a m a z i . 1 9 9 2 . A n t i -g e n i c a n d g e n e t i c a n a l y s e s o f human r o t a v i r u s e s i n C h i a n g M a i ,T h a i l a n d : e v i d e n c e f o r a c l o s e r e l a t i o n s h i p b e t w e e n human a n da n i m a l r o t a v i r u s e s . J . I n f e c t . D i s . 1 6 6 : 2 2 7 - 2 3 4 .

1 3 4 0 NOTES