大上 雅史，下田 雄大，鈴木 脩司，松崎 由理，石田 貴士，秋山 泰 （東工大・情報理工）

MEGADOCK 4.0an ultra-high-performance protein-protein docking software for heterogeneous supercomputers

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タンパク質ドッキングを1日で100万ペア計算するよ^^

2つのタンパク構造から複合体構造を予測する計算のこと

タンパク質間相互作用(PPI)ネットワークの予測や、アンサンブルドッキングとかに気軽に応用できるようにするためには、そのくらい速い計算が必要なんだ。

タンパク質ドッキングって何？

なんで1日に100万ペア？

へぇ、どうやってやるの？

GPUスパコンを使うよ

1T1-35 (G-06)

大上 雅史MEGADOCK 4.0MPI, OpenMP, and CUDA Hybrid Parallelization東工大TSUBAME 2.5のGPU（1ノードあたり3枚）を全て活用

1ノードフル利用で84倍高速化(12CPUコアに対して9.4倍)

世界第13位 (2.8 PetaFlops)

17,984 CPUコア，4,258 GPU

1ノード：12CPUコア＋3GPU

強スケーリング97%以上を達成

並列化効率

単一ノードでのGPUによる高速化複数ノードでの並列化効率

1T1-35 (G-06)

論文 Open Access!

ツール Open Source!

www.bi.cs.titech.ac.jp/megadock

ノートPCからTSUBAMEまで !

大上 雅史 1T1-35 (G-06)MEGADOCK 4.0I I B M P 2 0 1 4

TSUBAME 2.5の420ノード利用でおよそ12時間だったよ

で、結局100万ペアのドッキングは何時間でできたの？

Binding Partner

Recognition Test

Chemotaxis

Pathway Analysis

Human Apoptosis

Pathway Analysis