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Guide pour l’administration

de Sextant

12/05/2014 Guide pour l’administration de Sextant 1.

Geonetwork/ Sextant

Ftp, mail, disque dur, etc.

Introduction

Objectif : Ce document est destiné aux administrateurs de Sextant souhaitant connaitre les « tâches » associées à ce statut. Son but est également de permettre de comprendre le fonctionnement de l’intégration de nouvelles Métadonnées/Données dans l’infrastructure de données géographiques marines et littorales Sextant.

Principe de fonctionnement de l’administration dans Sextant

Equipe des Administrateurs centraux à Brest

Administrateur local : Catalogue thématique


thématique



Liste des utilisateurs du Catalogue




Administration centrale Administrateurs locaux

Données

Fiche de métadonnées


Sommaire

Introduction................................................................................................................................. 1

I. Fonctions diverses de l’administrateur local ........................................................................ 3

A. Rôles ............................................................................................................................ 3

B. Comment ajouter des membres à mon catalogue ? ...................................................... 3

C. Comment faire en sorte que mon catalogue soit moissonable ? ................................... 3

D. Comment obtenir des rapports statistiques sur mon catalogue ? .................................. 3

II. Les métadonnées ............................................................................................................... 6

A. Comment créer une fiche de métadonnée ? ................................................................. 6

B. Comment rédiger une fiche de métadonnée ? .............................................................. 7

C. Quels outils sont associés à chaque fiche de métadonnée ? ........................................ 7

D. Lien direct vers une métadonnée .................................................................................. 8

E. Les pages canoniques des métadonnées ..................................................................... 9

III. Les données ..................................................................................................................... 12

A. Envoi des données ..................................................................................................... 12

B. Les services web ........................................................................................................ 14

C. Fonctions diverses ...................................................................................................... 15

D. Chargement des données par les administrateurs centraux ....................................... 16

IV. Le site web associé ........................................................................................................ 17

A. Site web Liferay .......................................................................................................... 17

B. Encapsulage de Sextant dans tout site web sous la forme d’une IFrame .................... 19


I. Fonctions diverses de l’administrateur local

A. Rôles

L’administrateur local est le point de contact du catalogue thématique et c’est lui qui assure l’interface entre les utilisateurs de son catalogue et l’administration centrale à Brest.

B. Comment ajouter des membres à mon catalogue ?

L’identification dans Sextant se faisant via un accès sécurisé, c’est l’administrateur du catalogue qui fait la demande de création de compte Extranet pour les membres de son catalogue à l’adresse mail suivante : [email protected].

Un Nom, un Prénom, une adresse mail et un organisme sont nécessaires pour la création de ce compte extranet.

Pour chaque catalogue, deux groupes de membres sont créés : les utilisateurs qui ont les droits attribués à chaque donnée et les administrateurs qui ont les droits de gestion des métadonnées

C. Comment faire en sorte que mon catalogue soit moissonable ?

Chaque catalogue thématique dans Sextant peut posséder une URL CSW (Catalogue Service for the Web). L’adresse CSW prend la forme suivante :

http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fr/csw?groupid=Nom_du_catalogue

Cette URL permet ainsi de se faire moissonner : principe permettant à un site extérieur de pouvoir

« synchroniser » le contenu de son catalogue avec un autre.

Contacter la cellule Sextant pour activer cette fonctionnalité sur votre catalogue.

Pour vérifier que votre adresse CSW fonctionne, le lien prend la forme suivante :

http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/csw-Nom_du_catalogue?SERVICE=CSW&REQUEST=GetCapabilities&VERSION=2.0.2

D. Comment obtenir des rapports statistiques sur mon catalogue ?

Pour obtenir ces documents, il faut en faire la demande auprès de la cellule Sextant.

Chaque administrateur de catalogue peut connaitre la conformité des fiches de métadonnées présentes dans son catalogue via un document .pdf.

La figure suivante illustre l’organisation de ce document.


1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Document de vérifications des services

1. La colonne "Iso 19115" vérifie que la métadonnée est conforme à la norme iso 19115.

2. La colonne "Inspire" vérifie que la métadonnée est conforme à la norme Inspire.

3. La colonne "WMS" vérifie les sources de type "service WMS" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, le service n'existe pas, les droits d'accès sont insuffisants, ou si le service ne contient pas d'emprise.

4. La colonne "WFS" vérifie les sources de type "service WFS" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, le service n'existe pas, les droits d'accès sont insuffisants, ou si le service ne contient pas d'emprise.

5. La colonne "WCS" vérifie les sources de type "service WCS" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, le service n'existe pas, les droits d'accès sont insuffisants, ou si le service ne contient pas d'emprise.

6. La colonne "Bases de données" vérifie les sources de type "base de données" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, les droits d'accès sont insuffisants, la table n'existe pas dans la base de données, ou si il n'y a pas de colonne ayant des emprises dans la table.

7. La colonne "Fichiers" vérifie les sources de type "fichier" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, les droits d'accès sont insuffisants, ou si il n'y a pas d'emprise dans le fichier.

8. La colonne "Copie de fichiers" vérifie les sources de type "copie de fichier" de la métadonnée. La source est incorrecte si son url est invalide, les droits d'accès sont insuffisants.

9. La colonne "Emprises" est calculée suivant les sources opérationnelles (Bases de données, Fichiers, WMS et WFS). Elle vérifie la concordance entre l'emprise des sources et l'emprise de la métadonnée à plus ou moins 1°. L'emprise des sources correspond à la plus petite valeur xmin (respectivement ymin) et à la plus grande valeur xmax (respectivement ymax) de ces sources.

10. La colonne "Vignettes" vérifie les vignettes (petite et grande) de la métadonnée.

11. La colonne "Catégories" vérifie si la métadonnée est bien affectée qu'à une seule catégorie. La valeur entre parenthèse indique le nombre de catégorie auquel la métadonnée est affectée si celui-ci est différent de 1.


Un rapport listant les métadonnées disponibles dans un catalogue, avec les droits sur les données et le nombre de téléchargement, peut être réalisé. Ce rapport présente aussi la liste des utilisateurs et des administrateurs de ce catalogue.

Document de synthèse de catalogue


II. Les métadonnées

A. Comment créer une fiche de métadonnée ?

La fonction la plus importante de l’administrateur local est la rédaction des fiches de métadonnées. En effet, aucune donnée ne peut intégrer Sextant sans la métadonnée qui lui est associée.

- Ouvrir Sextant : http://sextant.ifremer.fr

- Accéder au module Catalogue

- S’identifier grâce à la clé située en haut à droite de l’écran

- Un bouton Administrer apparaît en haut du Catalogue

Deux possibilités pour créer une fiche de métadonnées :

o Nouvelle métadonnée

Sélectionner un modèle de saisie (pour données vecteur et/ou raster) puis le catalogue où la métadonnée sera créée.

Pop-up de création d’une nouvelle fiche de métadonnées

o Import de métadonnée

Cette fonction permet d’insérer dans Sextant une métadonnée déjà existante sous forme xml.

Création d’un modèle de métadonnée : Pour faciliter la saisie de métadonnées pour un même catalogue, il est possible de créer son propre modèle de saisie. Ce modèle pourra contenir des champs pré-remplis.

Pour ce faire, il faut d’abord créer une nouvelle métadonnée, puis l’enregistrer comme un modèle.

http://sextant.ifremer.fr/


B. Comment rédiger une fiche de métadonnée ?

Un manuel détaillé d’aide à la saisie de ces métadonnées est disponible sur le site de Sextant dans la page « Documentation ».

D’autre part, afin de simplifier ce travail de rédaction, une vue simplifiée (Vue Sextant) a été créée dans l’outil de saisie des métadonnées, limitant ainsi la fiche aux champs rendus obligatoires par la Directive Inspire et la norme ISO 19139. Le guide de saisie associé « Guide vue Sextant » est lui aussi disponible sur le site de Sextant.

C. Quels outils sont associés à chaque fiche de métadonnée ?

A chaque fiche de métadonnée est associé un bouton Administrer proposant les outils ci-dessous.

Accès à l’administration d’une fiche de métadonnée

Editer : permet l’édition de la fiche de métadonnée

Supprimer : permet la suppression d’une fiche de métadonnée

Dupliquer : permet la duplication de la fiche de métadonnée au sein du même catalogue ou dans un autre catalogue

Créer un enfant : permet de créer une fiche dont la référence vers le parent sera la fiche en cours

Activer la gestion de l’état de la fiche: Statut de la fiche de métadonnée (publié, à valider, rejeté…)

Activer le suivi des versions : Activer la sauvegarde des modifications

Privilèges : l’Administrateur de catalogue thématique gère les privilèges associés à ses données. Dans l’exemple de la figure 5, tous les droits sont ouverts aux utilisateurs du Catalogue « Ifremer - Géosciences Marines ».

https://www.ifremer.fr/sextant_doc/sextant/20111206_Sextant_GuideSaisie_V2.0.pdf

https://www.ifremer.fr/sextant_doc/sextant/Guide_vue_sextant.pdf


Box des Privilèges associées à une fiche de métadonnée

Métadonnée : Si la case est cochée, la métadonnée sera visible par les membres de ce catalogue

Visualiser : Si la case est cochée, la donnée sera visualisable dans le Geoviewer par les membres de ce catalogue

Télécharger : Si la case est cochée, la donnée sera téléchargeable via le Panier par les membres de ce catalogue

Dans la mesure du possible, et dans le respect de la Directive Inspire, il est demandé de rendre la métadonnée visible par le grand public en cochant la case ‘Métadonnée’ du catalogue « Acces public ».

Le Géocatalogue national (www.geocatalogue.fr/) est le point d’entrée français pour l’accès aux métadonnées et est, par conséquent, directement moissonné par le portail européen Inspire (http://inspire-geoportal.ec.europa.eu/). Aussi, afin de favoriser la visibilité des données produites par Ifremer, il est demandé aux administrateurs locaux de sélectionner la case ‘Métadonnée’ du catalogue thématique « Geocatalogue national » pour toutes les données produites par Ifremer, et également pour celles des partenaires souhaitant utiliser Sextant comme plateforme de diffusion de leurs métadonnées.

D. Lien direct vers une métadonnée

Il est possible d’afficher chaque fiche de métadonnée dans une popup depuis n’importe quel site internet ou dans un mail.

http://www.geocatalogue.fr/

http://inspire-geoportal.ec.europa.eu/


Vous trouverez le lien directement sur la popup :

http://sextant.ifremer.fr/geonetwork/srv/fre/metadata.formatter.html?uuid=3995eed0-4150-11de-b9bb-000086f6a603&xsl=mdviewer

Lien url de la fiche de métadonnée

E. Les pages canoniques des métadonnées

Un mécanisme, développé en dehors de l’outil GeoNetwork, construit des pages web pour l’ensemble des fiches de métadonnées publiques de Sextant. Elles sont accessibles depuis l’adresse http://sextant.ifremer.fr/record/liste.htm. Ces pages sont construites et/ou mises à jour automatiquement toutes les nuits.

Ces pages sont indexables par les robots des moteurs de recherches du web (ex : Google). Un internaute peut donc découvrir une de ces pages directement à partir d’une recherche dans Google, et décider, si le sujet l’intéresse, de découvrir d’autres ressources similaires en interrogeant Sextant. Ces pages web constituent donc autant de nouvelles portes d’entrée vers l’infrastructure Sextant.

Ces pages canoniques permettent également d’attribuer un DOI (Digital Object Identifier) aux données disponibles en libre accès. Ces ressources numériques peuvent donc désormais bénéficier d’un identifiant international pérenne au même titre qu’une publication. Un DOI fiabilise la citation de données et fournit un lien stable vers la ressource. Les données sont ainsi plus simplement accessibles aux lecteurs qui souhaitent les réutiliser pour vérifier un résultat ou poursuivre les travaux présentés dans une publication.

Afin d’attribuer un DOI à un jeu de données, des éléments complémentaires à la norme ISO et au standard Inspire, doivent être renseignées dans la métadonnée :

- un ou des auteurs identifiés, - le nom d’un éditeur (ce peut être l’organisme d’appartenance des auteurs).

Et il est obligatoire que la donnée soit téléchargeable sans restriction.

En parallèle de ce mécanisme d’attribution de DOI, Archimer vous permet d’associer une publication à des données via leurs DOI.

http://sextant.ifremer.fr/record/liste.htm


Exemple de la page canonique pour les données de l’atlas d’imagerie hyperspectrale de La Réunion :

Pascal MOUQUET, Touria BAJJOUK (2014). Bathymétrie issue des images hyperspectrales - côte ouest de La Réunion. Délégation Ifremer océan Indien. http://dx.doi.org/10.12770/0d177ff9-d802-4d10-8a00-3a46e0ef0735

http://dx.doi.org/10.12770/0d177ff9-d802-4d10-8a00-3a46e0ef0735

http://dx.doi.org/10.12770/0d177ff9-d802-4d10-8a00-3a46e0ef0735


Et de sa référence dans Archimer :

Mouquet Pascal, Bajjouk Touria, Maurel Laurence, Cebeillac Alexandre, Le Goff Ronan, Ropert Michel (2014). ATLAS des Résultats du traitement des images hyperspectrales et des données Lidar sur les plateformes récifales de La Réunion. http://dx.doi.org/10.13155/29653

http://dx.doi.org/10.13155/29653


III. Les données

A. Envoi des données

L’Administrateur local a également à sa charge l’envoi des données à la cellule Sextant via un email, un ftp, un disque dur externe, etc. Il est demandé d’associer à chaque envoi de données un document (texte, tableau) décrivant :

- le lien entre la donnée et la métadonnée, - la symbologie à associer à la couche, - le nom de la couche apparaissant dans le Geoviewer - le nom apparaissant dans la liste déroulante si plusieurs données sont affectées à

la même fiche de métadonnées - le seuil de zoom maximum et minimum pour l’affichage de la donnée - l’affichage éventuel d’étiquette (par exemple, le nom des communes)

Il est également demandé de préciser la projection des données au moment de l’envoi.

Pour les données de type « vecteur », le format d’intégration dans la base de données est le shapefile. Ci-dessous, un exemple de description accompagnant les données :

Exemple :

Visualisation des données vecteur

Titre de la Métadonnée Symbologie/ Légende

Nom du Shape

Nom dans la liste déroulante du Catalogue

Titre de la couche dans le Geoviewer

Strates d'échantillonnage des campagnes EVHOE

Strates d'échantillonnage EVHOE.lyr

Strates_EVHOE_Polyg _WGS84.shp

EVHOE

Strates d'échantillonnage des campagnes EVHOE

Niveaux de présence de contaminants chimiques dans le sédiment du Golfe de Gascogne

DCSMM_metaux_Manche _teneurs_vf.lyr

DCSMM_metaux_organochlores _Gascogne_vf.shp

Mercure

Niveaux de présence en Mercure dans le sédiment du Golfe de Gascogne


Pour les données de type « raster », tous les formats lisibles par Mapserver peuvent être chargés : tif, ecw, img, jpeg2000, etc.

Exemple :

Visualisation des données raster

Pour les données multidimensionnelles de type Modèle Numérique de Terrain (MNT) au format Grid, Ascii, ou Netcdf, les données sont proposées en visualisation dans le Geoviewer par un service wms différent, permettant d’accéder à des fonctionnalités dédiées.

Visualisation des données multidimensionnelles

Titre de la Métadonnée

Légende Nom du Fichier Nom dans la liste déroulante du Catalogue

Titre de la couche dans le Geoviewer

Carte de l'environnement marin dans le bassin d'Arcachon

Image_jointe.png Bassin_Arcachon.tif Arcachon

Carte de l'environnement marin dans le bassin d'Arcachon

Paramètres d’affichage

d’un NetCDF

Choix des bornes du fichier

GetTimesSeries GetVerticaleProfile GetTransect


B. Les services web

Les données sont chargées dans les services WMS de visualisation et les services WFS de téléchargement (pour les données publiques) existants pour l'Ifremer. Si vous souhaitez intégrer vos données dans ces services WMS, il est nécessaire de préciser lequel.

Chaque service est structuré en groupe et sous-groupe, permettant de mieux organiser les données (ceux-ci pouvant être créés à la demande) :

- Océanographie physique (courantologie, température, houle, chlorophylle...) http://www.ifremer.fr/services/wms/oceanographie_physique

Groupes et sous-groupes : /Atlas satellite /Atlas satellite/Chlorophylle /Atlas satellite/Matière en suspension /Atlas satellite/Turbidité /Courantologie /Température /Houle

/ADCP

- Biologie (Habitats marins, halieutique, mammifères marins...) http://www.ifremer.fr/services/wms/biologie

Groupes et sous-groupes : /Cultures marines

/Faune /Habitats benthiques/Biocénoses méditerranéennes /Habitats benthiques/Cartes historiques /Habitats benthiques/Environnement profond /Habitats benthiques/LIENSs /Habitats benthiques/Natura 2000 /Habitats benthiques/Réseau benthique /Habitats benthiques/Réseau Posidonie Corse /Halieutique/Antilles/

/Halieutique/SIH /Mammifères

- Geosciences marines (Bathymétrie, sédimentologie, géologie, imagerie acoustique...) http://www.ifremer.fr/services/wms/geosciences

Groupes et sous-groupes : /Extraplac/Bathymétrie /Extraplac/Campagnes /Extraplac/Limites /Bathymétrie /Imagerie acoustique /Physiographie /Sédimentologie

Chaque administrateur de catalogue peut également demander la création d'un service WMS de visualisation et d'un service WFS de téléchargement dédié à la diffusion des données de son projet. Pour cela, il doit contacter l'équipe Sextant afin de définir les modalités de mise en œuvre de ce service.

La liste des services existants est disponible sur Sextant, onglet Services OGC.

http://www.ifremer.fr/services/wms/oceanographie_physique

http://www.ifremer.fr/services/wms/biologie

http://www.ifremer.fr/services/wms/geosciences

http://sextant.ifremer.fr/fr/nos-services


C. Fonctions diverses

Il est possible de créer un lien pointant vers le catalogue, avec un catalogue pré-sélectionné. Ce lien prend la forme suivante :

http://sextant.ifremer.fr/fr/geoservices/catalogue?s_E__groupPublished=Nom_du_Catalogue

Il est possible de créer un lien pointant directement sur une donnée à visualiser dans le Geoviewer, depuis un autre site web, ou à insérer dans un mail.

Ce lien prend la forme suivante :

http://sextant.ifremer.fr/fr/geoservices/geoviewer?wmsurl=http://www.ifremer.fr/services/biologie&w

msversion=1.1.1&layername=IFR_SIH_RECTANGLE_P&layergroup=Ifremer/SIH

Les fichiers de contexte : un fichier de contexte (au format xml) contient une liste de couches et leurs propriétés à charger dans le Geoviewer. Ce fichier de contexte s'enregistre et se télécharge à partir du Geoviewer.

Il est possible de créer un lien vers ce fichier de contexte depuis un site web ou inséré dans un mail. Pour cela, le fichier xml doit être stocké sur un espace disque accessible depuis internet. Ce peut être sur l'espace géré par Sextant ou un espace géré par l'administrateur.

Ce lien prend la forme suivante :

http://sextant.ifremer.fr/fr/web/granulats-marins/geoviewer?url=https://www.ifremer.fr/sextant_doc/

granulats_marins/contexte/Nationalisation/Geol_National.xml

Adresse du service wms

Nom de la donnée dans le wms Optionnel : choix d’une arborescence

Adresse URL de l'espace disque Nom du fichier de contexte

Adresse URL de l'espace disque

Site dans lequel la donnée sera affichée

Site dans lequel le contexte sera affiché


D. Chargement des données par les administrateurs centraux

Les administrateurs centraux ont ensuite à leur charge de :

- contrôler les fichiers de données et leur cohérence avec la métadonnée,

- rendre la donnée visualisable via un service wms public ou sécurisé (choix fait par l’administrateur local)

- rendre la donnée téléchargeable via un service wfs public (choix demandé par l’administrateur local)

- créer les boutons « Visualiser » et « Télécharger » dans la fiche de métadonnées

Fiche de métadonnée avec les boutons Télécharger et Visualiser

Pour ce qui est du téléchargement de données, il existe différents protocoles.

Le protocole « Fichiers » et le protocole WFS permettent à l’utilisateur de choisir les paramètres d’extraction de la donnée (projection et format) au moment du téléchargement.

A l’inverse, le protocole « Copie de fichiers » n’offre pas ces paramètres et l’utilisateur télécharge la donnée telle que fournie par l’Administrateur local.

Protocole WFS ou Extraction depuis le fichier

Protocole WMS


IV. Le site web associé

La liste des sites web existants est disponible sur Sextant, onglet Catalogues Thématiques / Sites web associés.

A. Site web Liferay

L’administrateur local peut demander l’ouverture d’un site internet spécifique à son catalogue. Celui-ci est développé avec l’outil Liferay et permet de mettre rapidement en avant le travail mené autour d’un projet, dans une station, sur une emprise géographique, avec des partenaires, etc.

La personnalisation du site se matérialise notamment par :

- un bandeau, - des critères de recherche spécifiques dans le Catalogue (facettes, thèmes, …), - une emprise et des couches par défaut dans le Geoviewer, - des pages supplémentaires, - etc.

Exemple du site Contamination microbiologique, développé par l’administrateur local avec l’ancienne charte graphique de Sextant, et qui ne tient compte que des données présentes dans le catalogue du même nom :

Exemple de site web créé avec le logiciel Liferay

http://sextant.ifremer.fr/fr/site-web-associe

http://sextant.ifremer.fr/fr/site-web-associe

http://sextant.ifremer.fr/fr/web/contamination-microbio


Exemple du site Océan indien, développé par l’administrateur local avec la nouvelle charte de Sextant, et qui regroupe les données de plusieurs catalogues sur la zone de l’océan indien :


Exemple du site DCSMM, développé en sous-traitance et intégrant sa propre charte graphique :


http://sextant.ifremer.fr/fr/web/ocean_indien

http://sextant.ifremer.fr/fr/web/dcsmm


B. Encapsulage de Sextant dans tout site web sous la forme d’une IFrame

Il est possible d'intégrer les fonctionnalités de Sextant (catalogue, geoviewer, panier) directement dans un site web de projet.

Nous avons expérimenté cette possibilité pour le site web du projet Euroshell. Le site a été développé sous Eziweb, et Sextant y a été intégré sous forme d'une Iframe.

Page d’accueil du site Euroshell

Sextant intégré au site Euroshell

http://www.euroshell-fp7.eu/


Cela nécessite d'avoir un site thématique Sextant sur Liferay, qui ne sert que de support et qui permet de personnaliser les paramètres du catalogue et du geoviewer. C'est ce site qui est "encapsulé" dans le site Eziweb, sous forme d'une Iframe.

Site web Euroshell, sur Liferay, avec le template minimaliste

C'est donc une nouvelle façon d'intégrer Sextant à vos projets ou à vos pages de laboratoire ou de service.

http://sextant.ifremer.fr/fr/web/euroshell

Guide pour l’administration - ifremer.fr · A. Site web Liferay ... 12/05/2014 Guide pour...

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