Freiburg.bioinfo I.2008s.uebungsblatt04

1
Albert–Ludwigs–Universit¨ at Freiburg Fakult¨ at f ¨ ur Angewandte Wissenschaften Institut f ¨ ur Informatik Prof. Dr. Rolf Backofen http://www.bioinf.uni-freiburg.de Anke Busch [email protected] Exercise to the Lecture Bioinformatik I SS 2008 Exercise Sheet 4 – NEW until: 10.07.2008 Exercise 1 Find the best multiple alignment for sequences a, b and c using the method of Feng & Doolittle! For the pairwise alignment, use the algorithm of Needleman & Wunsch with the similarity function s(x, y)= 1 x = y −1 x = y The alignment tree is given by: {a,b} a b c {a,b,c} The sequences are: a = GCATG b = GGCAG c = CCTGA Exercise 2 Find the phylogenetic tree of the six sequences a,b,c,d ,e, and f using the hierarchical clustering method UPGMA! You are given the distance matrix D: D i, j = a b c d e f a 0 8 8 14 14 24 b 0 2 14 14 24 c 0 14 14 24 d 0 2 24 e 0 24 f 0

description

info

Transcript of Freiburg.bioinfo I.2008s.uebungsblatt04

  • AlbertLudwigsUniversitat FreiburgFakultat fur Angewandte WissenschaftenInstitut fur Informatik

    Prof. Dr. Rolf Backofenhttp://www.bioinf.uni-freiburg.de

    Anke [email protected]

    Exercise to the Lecture

    Bioinformatik ISS 2008

    Exercise Sheet 4 NEW

    until: 10.07.2008

    Exercise 1

    Find the best multiple alignment for sequences a,b and c using the method of Feng & Doolittle! For thepairwise alignment, use the algorithm of Needleman & Wunsch with the similarity function

    s(x,y) ={

    1 x = y1 x 6= y

    The alignment tree is given by:

    {a,b}

    a b c

    {a,b,c}

    The sequences are: a = GCATGb = GGCAGc = CCTGA

    Exercise 2

    Find the phylogenetic tree of the six sequences a,b,c,d,e, and f using the hierarchical clustering methodUPGMA! You are given the distance matrix D:

    Di, j =

    a b c d e fa 0 8 8 14 14 24b 0 2 14 14 24c 0 14 14 24d 0 2 24e 0 24f 0


I tie Meeting I...I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I tie Meeting 24th October 2005 TRS00008535 _ 0001

I tie Meeting I...I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I tie Meeting 24th October 2005 TRS00008535 _ 0001

I I I I I I I I I I I I I I I I I I Il I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ......Ho riin-H ar-Ayr 700 69. n Nuur .1 19 o uur 11 Single track Multiple track tion. Fair or

I I I I I I I I I I I I I I I I I I Il I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ......Ho riin-H ar-Ayr 700 69. n Nuur .1 19 o uur 11 Single track Multiple track tion. Fair or

161 290 I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I Il I I I I I I I I I I I ...legacy.lib.utexas.edu/maps/topo/former_yugoslavia/gacko... · 2011. 8. 8. · gacko, bos

161 290 I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I Il I I I I I I I I I I I ...legacy.lib.utexas.edu/maps/topo/former_yugoslavia/gacko... · 2011. 8. 8. · gacko, bos

I I I I I I I I I I I I I I I I I - Alternative Techalternativetech.com/publications/Power of Stored Procedures.pdf · I I I I I I I I I I I I I I I I I BY DAVID McGOVERAN More easily

I I I I I I I I I I I I I I I I I - Alternative Techalternativetech.com/publications/Power of Stored Procedures.pdf · I I I I I I I I I I I I I I I I I BY DAVID McGOVERAN More easily

I I I I I I I I I I I I

I I I I I I I I I I I I

B-133316 Improved Space Criteria To Be Developed by the ... · 1 i i i i i i i : i i i i i i 1 i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i

B-133316 Improved Space Criteria To Be Developed by the ... · 1 i i i i i i i : i i i i i i 1 i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i

!i!i!i!i!i!i!i!i!i!i!i!i # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #!

!i!i!i!i!i!i!i!i!i!i!i!i # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # # #!

A73 I - apps.dtic.mil · ECM/Pen Aids Project Officer System Engineering Directorate Deputy for Reentry Systems I I I I l I I I I I I I I· I I ·I I I .I i . I I I I I I I I I I

A73 I - apps.dtic.mil · ECM/Pen Aids Project Officer System Engineering Directorate Deputy for Reentry Systems I I I I l I I I I I I I I· I I ·I I I .I i . I I I I I I I I I I

I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ...€¦ · I I I I I I I I I I I I I I I I I ... having aconsistent and reliable supply ofhigh-quality ... This condition

I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ...€¦ · I I I I I I I I I I I I I I I I I ... having aconsistent and reliable supply ofhigh-quality ... This condition

Ornament Art - Holy Heroes art. ii i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i day 13 j e s s e ...

Ornament Art - Holy Heroes art. ii i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i i day 13 j e s s e ...

i i i i i i i i i i i

i i i i i i i i i i i

tsoua.com€¦ · 000000000000000000000000000000000 coco o ' o o o o . oaoooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo. I I I I I I I I I I Il I I I I I I I I I I I Ill I I I I I

tsoua.com€¦ · 000000000000000000000000000000000 coco o ' o o o o . oaoooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo. I I I I I I I I I I Il I I I I I I I I I I I Ill I I I I I

Untitled-1 [] I Ill Il I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I Ill I . Title: Untitled-1 Author: admin Created Date: 6/17/2013 5:18:51 PM

Untitled-1 [] I Ill Il I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I Ill I . Title: Untitled-1 Author: admin Created Date: 6/17/2013 5:18:51 PM

I I I I 1 I I I I I I I I I 2— I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I · 2017-12-20 · SUMMARY OF PARTICULARLY HAZARDOUS SUBSTANCES (ALPHABETICAL) Key: SC-Select Carcinogens

I I I I 1 I I I I I I I I I 2— I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I · 2017-12-20 · SUMMARY OF PARTICULARLY HAZARDOUS SUBSTANCES (ALPHABETICAL) Key: SC-Select Carcinogens

I I I I I I I I I \q 1~ I I I I I

I I I I I I I I I \q 1~ I I I I I

M I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ...

M I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I ...

I Il I I I I Il I I I I I I I I I I I I I I Il Il I I I AAA · I Il I I I I Il I I I I I I I I I I I I I I Il Il I I I AAA . Title: Flying-Elephant-Menu Created Date: 8/8/2020 1:41:41

I Il I I I I Il I I I I I I I I I I I I I I Il Il I I I AAA · I Il I I I I Il I I I I I I I I I I I I I I Il Il I I I AAA . Title: Flying-Elephant-Menu Created Date: 8/8/2020 1:41:41

fI/I/I/I/I/I/I/I/I/I/I/'/I/I/.I7I/I/I/I7I/I/I/I/'/I/I7I/,1 ...

fI/I/I/I/I/I/I/I/I/I/I/'/I/I/.I7I/I/I/I7I/I/I/I/'/I/I7I/,1 ...

The Royal Standard · 2020. 7. 23. · I I I 111 Il I I I I 1 1 L I I I I I J I I I I I I I I I I I I I I Il I I I 111 I I I I I I I I I Il I n I I I I Il i I I I I I Il I Il I I

The Royal Standard · 2020. 7. 23. · I I I 111 Il I I I I 1 1 L I I I I I J I I I I I I I I I I I I I I Il I I I 111 I I I I I I I I I Il I n I I I I Il i I I I I I Il I Il I I

questionpapers.spmcollege.ac.in · 3,500 51 ,080 I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I Ill I I I I Cash Goodwill 50 860 500 53,050 51,080 Additional information

questionpapers.spmcollege.ac.in · 3,500 51 ,080 I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I I Ill I I I I Cash Goodwill 50 860 500 53,050 51,080 Additional information