Département de Biologie Filière Sciences de la...
Transcript of Département de Biologie Filière Sciences de la...
________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Département de BiologieFilière Sciences de la Vie
Professeurs : S. CHAKIR ; Z. HALOUI –
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
CCOOMMPPOOSSIITTIIOONN CCHHIIMMIIQQUUEEDDEE
LLAA MMAATTIIEERREE VVIIVVAANNTTEE..
A- Les composés minéraux
a- L’eau :Constituant principal de tous être vivant, chez l’homme, sa proportion varie de 58 à
66 % l’organisme d’un adulte à besoin d’environ 2,4 l d’eau par jour.
1- Rôles solvant
- transport des aliments et des déchets- solubilise les formes ionisées des biomolécules
nécessaire à l’activité des enzymes- formation des liaisons d’hydrogène
réactif :- utilisée par l’organisme pour de nombreuses réactions
chimiques : hydrolyse, oxydoréductions, estérifications.- intervient comme agent nucléophile pour de nombreuses
réactions.Conclusion :
L’eau est un solvant remarquable pour les ions et les substances quicontiennent des liaisons polarisées. De telles substances sont dites polaires ouhydrophiles. Au contraire les molécules qui contiennent uniquement des chaîneshydrocarbonées se dissolvent mal dans l’eau. De tels composés sont dits apolairesou hydrophobes.
2- Elimination- par le rein sous forme d’urines jusqu'à 1,2 l /jour- matières fécales (selles)- sueur, vapeur d’eau exhalée par la respiration- vapeur d’eau éliminée par la peau.
Dans l’organisme, l’eau est repartie entre 2 compartiments :- intracellulaire 70%- extracellulaire 30%(liquide interstitiel, plasma sanguin).
b- Les macroéléments (besoin Journalier > 100mg)ou éléments présents en quantité importante
Na, K, Ca, P, S, Cl, Mg : Ce sont des composés structuraux des cellules etdes tissus et sont nécessaires dans l’alimentation de l’ordre du gramme.
c-Les oligoéléments (besoin journalier < 100 mg)
Se sont des éléments présents à l’état de trace Fe, Zn, Mn, Cu, Co, Cr,Mo, Se, I…. Le fluor n’est pas indispensable à la vie, mais un apportquotidien améliore cependant l’état des os et des dents.
2
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
B) Les composés organiques : l’analyse élémentaire à montrer quel’organisme humain renferme en quantité importante les élémentsorganiques suivants(C, H, O, N) et ceci sous forme de :
- Glucides- Lipides- Protéines- Acides nucléiques
3
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
LES GLUCIDES
Définition : Les glucides sont des aldéhydes ou des cétones polyhydroxylés. On lessubdivise en ose et oside selon leur taille.
Rôle des glucides- Energétique- Structural- Participant à la structure de métabolites
I. Les oses : Ils sont classés selon le nombre d’atomes de C et la nature de lafonction réductrice (aldéhyde ou cétone) : aldotriose ou cétotriose …, aldohéxose oucétohexose….
A. Les aldoses : L’ose le plus simple est un aldotriose, leglycéraldehyde
Glucide
Aldose et dérivés
Cétoses et dérivés
Oses
Les oligosaccharides (chaînes courtes de monomères)
Les polysaccharidesHomopolysaccharides
Hétéropolysaccharides
C
*C
O
CH2OH
H
H OH
Osides
4
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Le carbone 2 est asymétrique donc il peut exister sous 2 formes : inversesoptiques ou énantiomères.
CH2OH
A- Synthèse de Kiliani et Fischer : a partir du D- glycéraldéhyde, il estpossible de synthétiser par voie chimique des aldotétroses.
CHO
L’allongement de la chaîne hydrocarbonée fait apparaître un nouveau carboneasymétrique d’où l’existence de 2 isomères selon l’orientationde l’hydroxyle porté par ce nouveau C*.
COH
C
HOH2COH
H
COH
C
H
HO
D- GLYCERALDEHYDE L-GLYCERALDEHYDE
HCOH
CH2OH
+ HCN
CN
HCOH
HCOH
CH2OH
HClH2O
NH4Cl
COOH
HCOH
HCOH
CH2OH
H2
H2O
CHO
H*COH
HCOH
CH2OH
D-glycéraldéhyde(3carbones)
nC
AcideCyanhydrique
Cyanhydrine AcideAldonique Aldotetrose
(4 carbones)(n+1)C
5
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
CHOOHH
CH2OH
CHOOHHOHH
CH2OH
CHOHHOOHH
CH2OH
En continuant cette synthèse, chaque aldotétrose donne 2aldopentoses épimères et chaque aldopentose donne deuxaldohexoses épimères.
D- Glycéraldéhyde
D- Erythrose D- Thréose
6
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
La plupart des oses naturels appartiennent à la série D. l’appartenance à unesérie D ou L ne préjuge en rien le sens du pouvoir rotatoire.Pour une molécule à n C* on a 2n isomères.Exemple : un aldohéxose à 4 C* on a 24 = 16 isomères (8D et 8L)
b- Structure cyclique des oses :
Certaines propriétés des héxoses ne sont explicables que par une structurehemiacétalique cyclique, en particulier :
- Le pouvoir rotatoire plus élevé que celui des aldéhydescorrespondants.
- Les aldéhydes donnent des dérivés dialcoylés appelésacétal lors de traitement par un alcool. Cette réactionréalisée avec les hexoses donne des dérivés monoalcoylés (semi-acétal ou hemi-acétal)
Il existe donc un cycle formé par élimination d’une molécule d’eau entre lafonction aldéhydique (sous forme hydratée) et l’une des fonctions alcooliques.
CHOOHHHHOOHHOHH
CH2OH
COHHHHOOHHOHH
CH2OH
OHH
OHC
OHHHHOOHH
HCH2OH
OHH
O
C
H
OCH
OH
OHR CHRR
OCH3
OCH3
H2O
H2O
H2O 2CH3OH
7
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Cette cyclisation fait apparaître un nouveau carbone asymétrique, le carbone n°1, d’où l’existence de deux formes isomériques que l’on appelle anomères α ouβ selon l’orientation de l’hydroxyle porté par le C1.
1- Mutarotation et formes amères du D-glucose
Certains oses possèdent 2 formes correspondantes à des pouvoirs rotatoiresinitiaux différents mais dont la transformation progressive en solution conduit àun état d’équilibre stable et identique. Ce phénomène s’appelle mutarotation ets’explique par le passage progressif d’à β ou d’à.
-D-glucopyrannoset=0 [] 20 =112,2°
D
-D-glucopyrannoset=0 [] 20 =18 ,7°
D
A l’équilibre [] 20 = 52,7° (valeur commune)D
O OH
H
CH2OH
CH2OH
CHO
O
CH2OH
OH
H
-D-glucopyrannose64%
-D-glucopyrannose36%
0.02%
8
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
2- cyclisation et passage de la forme de Tollens à celle de Haworth.
Pour représenter les sucres, on utilise le plus souvent la représentation duHaworth, dans laquelle le cycle est représenté en perspective plane. Lesgroupes OH, qui se trouvaient à droite dans la projection du Tollens, sontsitués en dessous du plan dans la représentation du Haworth et ceux qui étaientà gauche sont maintenant au-dessus
Serie Projection ( Tollens) Perspective (HAWORTH)
D
C
CH2OH
OHH
O
C
CH2OH
HOH
O
O
CH2OH
O
CH2OH
L
C
O
C
HHO
CH2OH
C
O
C
OHH
CH2OH
O O
CH2OHCH2OH
9
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
3-Conformation spatiale du cycle pyranique
Le cycle pyranique n’a pas une configuration plane. Il peut prendre plusieursconformations dans l’espace : chaise et bateau.
La forme chaise est le plus stable avec 2 représentations 4C1 et 1C4.
4C1 : tous les OH ont une position équatoriale.
B-Les Cétoses
Le triose le plus simple est la dihydroxyacétone. Comme les aldoses, lescétoses de la série D sont les plus importants. Le fait qu’il y ait un carboneasymétrique en moins par rapport aux aldoses correspondants, il y a qu’uneseule cétone à 4 atomes de carbone et 2 cetopentoses et 4 cetohexoses (voirefiliation). A l’état naturel, les cétohexose sont sous la forme furanique.
10
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
11
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
C- Propriétés physiques
*Solubilité : -Soluble dans l’eau, par concentration donnent du sirop-Insoluble dans l’alcool et l’éther
*Pouvoir rotatoire : - doué du pouvoir rotatoire à l’exception de ladihydroxyacétone.
D- Propriétés chimiques
a- Oxydation des oses : 4 réactions
1- oxydation par les sels métalliques :En milieu alcalin et à chaud les sucres sont réducteurs par leur fonctionpseudo-aldehydique ou pseudo-cétonique.Ils réduisent les sels de métaux lourds. (Cu+, Ag+,…)
- Sucre réducteur + Cu (OH) 2 sucre oxydé + Cu2O
- [Ag (NH2)2]
A chaud, ces sels sont réduits et on obtient un précipité de métal libre ou d’unoxyde inférieur.
2- oxydation douce en présence d’halogène en milieu alcalin
L’iode en milieu alcalin transforme les aldoses en acides aldoniques.
CHO
C
CH2OH
C
C
C
OH
OH
OH
HO
H
OH
OH
OH
H
H
H
H
H
HH
I2NaOH
COOHGC
C
C
C
CH2OH
HO
D- glucose Acide D- gluconique
12
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
CRO
H
R COOH
Les cétoses ne donnent pas cette réaction.
3- Oxydation de la seule fonction alcool Iaire :
Cette oxydation permet d’obtenir les acides uroniques.
H
CHO
OH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
CHO
OHH
HHO
OHH
OHH
COOH
4- Oxydation par l’acide nitrique (HNO3)Oxydation des aldoses en diacides carboxyliques (acides glycariques)
H
CHO
OH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
OHH
HHO
OHH
OHH
COOH
COOH
+ I2 + NaOH
Aldose Acide aldonique
Pt / O2
HNO3
D- glucose Acide glucarique
13
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
b- Action de l’acide périodique (HIO4)Il coupe en oxydant les composés possédant des fonctions alcools, aldéhydes,cétones contiguës.
R
O OH
R'C
H
R C
O
H
C
O
R
H
R C
O
R'C R C
O
C
O
ROH HO
C
R
HO
R'C
NH2
R C
O
C R'
R C R'C R C
O
C
O
R'H
C
OH
HHH
OH
H
14
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Exemple :
R'R C C R C
O
C
O
R'H
OH
HHH
C
H
HCOOH
Cette réaction est utilisée pour la détermination de la nature du cycle pyranneou furanne.
C-RéductionOn obtient des polyalcools appelés « Itols »
CHO
OHH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
CH2OH
OHH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
CH2OH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
O
CH2OH
OHH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
CH2OH
HOH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
+ +
H2
NaBH4LiALH4
H2 H2
15
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
d- Methylation :
O
CH2OH
O
CH2OH
H
OH
H
OCH3
OH
OH
OH
OH
OH
OH
Méthylation uniquement du carbone anomérique. Pour une pérmethylation, onutilise le sulfate dimethylique ou l’iodure de méthyle en présence de l’oxyded’argent.
O
CH2OH
O
CH2OCH3
H
OH
H
OCH3
OH
OH
OH
H3CO
OCH3
OCH3
O
CH2OH
H
OH
H3CO
OCH3
OCH3
La methylation est une réaction importante pour la détermination des structuresdes sucres. Elle permet de nous renseigner sur la nature du cycle (pyranne oufuranne) et sur la localisation de la liaison osidique.
e- réaction des fonctions alcooliques
Formation d’esters. Les esters phosphoriques ont une importance biologiqueimportante.
CH3OH
Méthanol
Méthyl- glucoside
(CH3)2SO4
CH3I
HCldilué
2,3,4,6-tétra-o-méthyl1-o-méthyl D-glucopyrannose
2,3,4,6-tétra-o-méthylD-glucopyrannose
16
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
O
CH2
OH
H
OH
OH
OH
OP
O
OH
HO
H
H
HO H
H OHO
OP
O
OH
HO CH2
H2C O P
O
OH
HO
5- Action des acides :
Cette réaction permet d’obtenir des dérivés du furfural
HOCH CHOH
CH CHO
HO
HCH
OH
OCHO
Glucose –6- phosphate
Fructose –1, 6- diphosphate
3H2O
17
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
6-Formation d’osazones
CHO
OHH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
HHO
OHH
OHH
CH2OH
HC N NH C6H5
N NH C6H5
7- Analyse des oses
- Chromatographie sur couche mince (C.C.M)- Chromatographie en phase gazeuse (C.P.G)- Chromatographie liquide haute performance (C.L.H.P).
E- Etude des oses les plus courants :
Trioses : le glycéraldéhyde et la dihydroxyacétone sont rencontréssous formes d’ester phosphorique dans le métabolisme.
Tetroses : érythrose 4 – Phosphate, cycle des pentoses
CHO
OHH
HHO
OH P
O
OH
OHH
Pentoses et hexoses (voir tableau….).
H2N-NH-C6H5
Phénylhydrazine
PhénylosazoneD - glucose
18
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Monosaccharides et disaccharides les plus courants
GGlluucciiddeess LLooccaalliissaattiioonn eett rrôôlleeMonosaccharides
Pentoses
L- Arabinose
DD -- RRiibboossee
2 – Désoxy - D- ribose
Présent sous forme de pentosanes dans lesgommes végétales. Il est fermenté par certainesbactéries. Il existe sous la forme D dans leglycoside du bacille de la tuberculose
Constituant essentiel des ARN, impliqué dans lasynthèse des protéines. Présent également dansde nombreux coenzymes (NAD+ ; FAD, ATP)
Constituant important des ADN, matérielgénétique de tous les organismes vivants.
HHééxxoosseess
DD-- GGlluuccoossee
DD-- FFrruuccttoossee
DD -- GGaallaaccttoossee
Le sucre le plus largement répondu. Le glucoseest transporté dans le sang et oxydé dans lescellules pour produire de l’énergie.
Le glucide le plus sucré. Il est trouvé dans lesfruits, le miel. Il est aussi présent dans le liquideséminal où il sert de source d’énergie pour lesspermatozoïdes.
Constituant des glycolipides du tissu nerveux etdes membranes des chloroplastes. Lagalactosamine est présente dans les substancesà activité de groupe sanguin, dans leurs cartilageset dans les tendons.
DDiissaacccchhaarriiddeess
LLaaccttoossee
MMaallttoossee
SSaacccchhaarroossee
PPrréésseenntt ddaannss llee llaaiitt ddeess mmaammmmiiffèèrreess eett aauussssiiddaannss ll’’uurriinnee aauu ccoouurrss ddee llaa ggeessttaattiioonn..
Produit obtenu pendant la digestion de l ‘amidonpar l’amylase et présent lors de la germinationdes céréales et dans le malt.
Sucre non réducteur, localisé dans les plantes, ilest obtenu principalement de la canne à sucre etde la betterave.
19
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Heptose : Sedoheptulose, intervient dans les réactions de laphotosynthèse, et dans le cycle des pentoses.
C
HHO
OHH
OHH
OHH
CH2OH
o
CH2OH
Osamines : Amino-2 desoxy- 2 oseRemplacement d’un OH alcoolique en position 2 par un groupe NH2.
O
CH2OH
H
OH
OH
NH2
O
CH2OH
H
OH
OH
NH C CH3
OConstituant des glycoprotéines et de la chitine des insectes.
N- Acétyl - D- Galactosamine
O
CH2OH
H
OH
OH
NH C CH3
O
OH
Composé toxique qui détruit les cellules hépatiques.
D- Glucosamine N- Acétyl - D- Glucosamine
20
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Dérivés des osamines acétyléesAcide neuraminique : 9 atomes de carbone, constituant du lait de femme.
O
H
COOH
OH
H
C
HNH2
HHO
OHH
OHH
CH2OH
OHH
CH2
c .O
COOH
OH
HOH
H CH2OH
H
OH
H
NR
Acide uroniqueRésulte de l’oxydation de la fonction alcool primaire des oses.
Exemple : Ac. Glucuronique
O
COOH
H
OH
OH
OH
OH
Il joue un rôle très important dans la détoxification de l’organisme des composésexogènes (glucuronoconjugaison).
Acide pyruvique
D- Mannosamine
Acide neuraminique
R= H2 : Acide NeuraminiqueR= CH3CO : Acide N- Acétyl-Neuraminique(NANA) NANA
21
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Acide L Ascorbique ou Vitamine C
C
H
OH
OH
O
OHH
CH2OH
O
C
H
O
O
O
OHH
CH2OH
O
On le trouve dans les tissus dentaires, foie, glandes surrénales.Une déficience en acide ascorbique provoque le scorbut : chute des dents.Il joue un rôle important dans les réactions d’oxydoréduction
Méthodes d’étude des osides
exemple d’un diholoside
- Détermination de la nature des oses- Détermination du mode de liaison- Détermination de la configuration anomèrique
Détermination de la nature des oses
On coupe la liaison par hydrolyse acide (2 cas) :- obtention d’un seul type d’ose diholoside homogène- obtention de 2 oses différents diholoside hétérogène, il fautséparer les 2 oses et les identifier par chromatographie.
Détermination du mode de la liaison
Méthylation
Détermination de la configuration anomèriqueOn fait appel à l’activité spécifique de certains enzymes :
α glucosidaseβ glucosidaseα galactosidaseβ galactosidase
Oxydation
Réduction
Acide L – Ascorbique ouvitamine C
22
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
II-Les Osides
A- Les oligosaccharides
Sont formés de chaîne courte d’unités monosaccharidiques :( disaccharides,trisaccharides......)
a - Disaccharides
1 – Disaccharides non réducteurs
- Saccharose : α- D – Glucopyranosyl (1→2) β – D -Fructofuranoside
O
CH2OH
OH
OH
OH
CH2OH
HO
OHO
CH2OH
O
- Tréhalose : α- D – Glucopyranosyl (1 → 1) D- Glucopyranoside)
Constituant de l’hémolymphe des insectes.
Hydrolyse acide : Glucose + Fructose(Sucre inverti) Enzymes : α – Glucosidase
(Saccharase intestinal)β – Fructosidase (Invertase
de la levure)
23
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
2- Disaccharides réducteurs-Lactose: -- D galactopyranosyl (1 → 4) D glucopyranose
O
CH2OH
OH
OH
O
OH
OH
CH2OH
OH
HOOH
- lait des mammifères 71 g/l- Enzyme : β galactosidase = lactase.
- Maltose : D- glucopyranosyl (1 → 4) D – glucopyranoseProvient le plus souvent par hydrolyse de l’amidon et du glycogène.
O
CH2OHO
OH
OH
CH2OH
OH
HO
HO
Anomère du lactose
Anomère du maltose
24
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
- cellobiose : B-D glucopyranosyl (1 → 4) D glucopyranose c’est le produitde dégradation de la cellulose.
O
CH2OH
OH
OH
OH
O
OH
CH2OH
OH
HO
b-Trisaccharides :
Raffinose: D galactopyranosyl (1 → 6)G saccharose
O
CH2
OH
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
CH2OH
HO
OHO
CH2OH
O
O
Anomère du cellobiose
25
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
B les polyosides :
ils sont classés en homopolysaccharide et hétéropolysaccharides.
a-Homopolysaccharides : contiennent 1 seul type d’unité monomérique
Unité = D - glucose (amidon, glycogène) → Glucanes
Unité = D-mannose → Mannanes
1-Homopolysaccharides de réserve
Amidon → règne végétal
Glycogène → règne animal
- Amidon (voir figure) : Contient deux types de polymères, l’amylose (15 à 30%) et
l’amylopectine (70 à 85 %)
Très répandu dans le monde végétal, constitue la principale réserveglucidique. Se présente sous forme de graines, blé, mais, riz……
Insoluble dans l’eau froide, dans l’eau chaude → empoisd’amidon
Amidon + I2 → Coloration bleu
.
26
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Amylose
Enchaînement linéaire non ramifié de D-glucose unis par des liaisons :
α (1→ 4)
Structure hélicoïdale de l’amylose (6 à 7 résidus glucose par tour despire)
O
CH2OH
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
OO
O
CH2OH
O
H
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
OO
Amylopectine
O
CH2OH
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
OO
O
CH2OH
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
OO
O
CH2OH
O
H
OH
OH
O
CH2
OH
OH
OO
O
H
27
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
- Glycogène
Principale polysaccharide de stockage des cellules animales. Sa structure estproche de celle de l’amylopectine, toutefois, il est plus ramifié (lesramifications apparaissent tous les 8 à 12 résidus glucose) et plus compacteque l’amidon.
Existe dans le foie, muscle, cœur…. Poudre blanche, soluble dans l’eau et insoluble dans l’alcool glycogène + I2
Coloration brun acajou
-l’Inuline :
* Glucide de réserve des plantes comme les dahlias et les artichauts.* formée de résidu de fructofuranose liés par des liaisons β (1 2)
2-Homopolysaccharides de structure
- Cellulose
Substance fibreuse, résistante, insoluble dans l’eau, est trouvée dans lesparois cellulaires des végétaux, en particulier dans les tiges, les troncs ettoutes les portions ligneuses des tissus végétaux. le coton, le papier……c’est de la cellulose presque pure. 10 000 à 15 000 unités glucose liés par des liaisons β (1 4).
β Amylase
α Αmylase
28
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
O
CH2OH
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
O
O
CH2OH
O
H
OH
OH
O
CH2OH
OH
OH
O O O
- Chitine : Structure linéaire de résidus N-acétyl D-glucosamine lié par desliaisons β (1 – 4)
principal composant de l’exosquelette dur de presque un million d’espèced’arthropodes (insectes, langoustes et crabes).
OCH2OH
OH
HN C
O
CH3
OCH2OH
OH
HN C
O
CH3
O OCH2OH
OH
HN C
O
CH3
OCH2OH
OH
HN C
O
CH3
OO
29
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Polysaccharide(unitémonosaccharidique
Chaîne principale Point deramification
Massemoléculaire
Polysaccharidesde réserve
Amylopectine(α – D – Glucose)
Amylose(α – D – Glucose )
Glycogène(α – D – Glucose )
Inuline( β – D – fructose)
α 1 - 4
α 1 - 4
α 1 - 4
β 1 - 2
α 1 - 6
aucune
α 1 - 6
aucune
0,2 – 1x 106
50 000
1 –3 x 106
5000
Polysaccharidesde structure
Cellulose(β - D Glucose)
Chitineβ - D - N – acétyl –glucosamine
β 1 - 4
β 1 - 4
aucune
aucune
Composant majeur de l’amidon, principal glucide de réserve des plantes
Présent dans la plupart des amidons jusqu’à 20%
Sucre majeur de réserve des animaux, principalement localisé dans le foie et les muscles
Glucide de réserve des plantes comme les artichauts et les dahlias
Composant structural majeur des parois cellulaires des plantes, de certaines algues etbactéries
Composant principal de l’exosquelette des insectes et de la carapace descrustacés comme le crabe et le Homard.
30
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Hétéropolysaccharides
les glycoaminoglycannes, constituent une famille de polymères linéairesformés d’unités disaccharidiques répétitives
Acide hyaluronique
O
COOH
OH
O
CH2OH
HN C
O
CH3
O
H
O
OH
O
O
COOH
OH
O
CH2OH
HN C
O
CH3
O
H
O
OH
O
HO3SO
kératane sulphate
O
CH2OH
O
CH2OSO3H
HN C
O
CH3
O
OH
H
OHO
OH
O
Chondroïtine sulphate
β 1 – 4
β 1 – 4
β 1 – 3
β 1 – 4β 1 – 4
β 1 – 3
β 1 – 4
β 1 – 3β 1 – 3
31
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
- les peptidoglycanes
composant rigide des parois des cellules bactériennes il est composé d’unités alternées liées par une liaison β (1 4)
de N-acétylglucosamines et d’acide N- acétylmuramique.
O
O
CH2OH
O
CH2OH
HN C
O
CH3
O
H
OROOH
HN C
O
CH3
CH3
CH
COAla Glu Lys Ala Gly 5
R =
32
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Les lipides
Définition : On appelle lipides les substances naturelles qui contiennent dans leurmolécule des acides gras aliphatiques à nombre d’atome de C > 4 généralementpairs, sous forme d’esters ( huile, beurre, cire, graisse…..) . Certaines substancess’en rapprochent par leur caractère de solubilité dans les solvants organiques : cessubstances dites liposolubles ou lipoïdiques sont extraits des tissus en même tempsque les lipidesI Classification
LIPIDES
Acide gras Stéroides
iiiiiiii
iiiiiiiiiiiiiiiiiiiiii
Vitamineliposolubles
Autresterpènes
Icosanoides Triacylglycérols(graisses et huiles)
Cires Sphingolipides
Glycérophospholipides Céramides
Sphingomyélines Cérébrosides
GangliosidesAutresGlycolipides
PhosphatidatesPlasmalogènes
Phosphatidyl-ethanolamines
Phosphatidyl-sérines
Phosphatidyl-cholines
Autresphospholipides
33
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
A-Acide gras :Ce sont des acides monocarboxyliques de formule R-COOH, où R représente une
queue hydrocarbonée.Ils se distinguent par la longueur de leur queue hydrocarbonée, par leur degréd’insaturation et par la position de ces doubles liaisons au sein de la chaînehydrocarbonée des acides gras.
Nombre de
carbones
Nombre
de
liaisons
double
nom
commun
Nom IUPAC Point de
fusion
℃
Formule
moléculaires
12
14
16
18
20
22
24
16
18
18
18
20
0
0
0
0
0
0
0
1
1
2
3
4
Laurate
Myristate
Palmitate
Stéarate
Arachidate
Béhénate
Lignocérate
Palmitoléate
Oléate
Linoléate
Linolénate
Arachidonate
Dodécanoate
Tétradécanoate
Héxadécanoate
Octadécanoate
Icosanoate
Docosanoate
Tétracosanoate
cis-∆9-Héxadécénoate
cis-∆9-Octadécénoate
cis-cis-∆9,12-Octadécadiénoate
tout cis-∆9,12,15Octadécatriénoate
tout cis-∆5,8,11,14Icosatétraénoate
44
52
63
70
75
81
84
-0,5
13
-9
-17
-49
CH3(CH2)10COO-
CH3(CH2)12COO-
CH3(CH2)14COO-
CH3(CH2)16COO-
CH3(CH2)18COO-
CH3 (CH2) 20COO-
CH3 (CH2) 22COO-
CH3 CH CH(CH2)5 (CH2)7COO-
CH3 CH CH(CH2)7 (CH2)7COO-
34
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Le tableau donne la liste des acides gras communs trouvés chez les Mammifères.IUPAC (International Union of pure and applied chemistry).Dans la nomenclature commune, on utilise les lettres grecques pour identifier lescarbones(α β,у,…etc.).
H3C CO
OH
Queue hydrocarbonée
* Acides gras saturés: CnH2nO2 (n : nombre d’atomes de C)* Acides gras insaturés CnH2n-2pO2 (p : nombre de doubles liaisons)
- Acide palmitique (16 : 0) ou C16- Acide stéarique (18 : 0) ou C18- Acide oléique (18 :1) ou C18 Δ9
La longueur de la chaîne hydrocarbonée d’un acide gras de même que son degréd’insaturation influencent le point de fusion : le point fusion augmente avec le nombred’atomes de carbone et diminue avec l’introduction d’une double liaison
* Acide oléique Acide Stéarique.*Acide oléique (cis) Acide élaidique (trans)
La plupart des acides gras sont liés sous forme d’esters dans les moléculeslipidiques plus complexes. Les acides gras les plus abondants chez les animaux sontl’oléate( 18 :1), le palmitate ( 16 : 0) et le stéarate ( 18 : 0 ), mais on y rencontre aussi desacides gras poly-insaturés. Les Mammifères exigent certains acides gras poly-insaturés dans leur alimentation : acides gras essentiels.
Tête polaire
α
β
у
35
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Acides gras spéciaux- Acide ricinoléique : se trouve dans l’huile de ricin C18 Δ9 ol 12.
H3c-(CH2)5-CHOH-CH2-CH=CH-(CH2)7-COOH
H3CCO
OH
OH- Acide cérébronique : C24 ol 2 : on le trouve dans les cérébrosides du
cerveau.H3C – (CH2)21- CHOH-COOH
CO
OHH3C
OH- Acide tuberculostéarique : se trouve dans les cires du bacille tuberculeux :méthyle 10 stéarique (C18).
CO
OHH3C
H3C
- Acide phtiénoique : C24
H3C (CH2)17 COOHH3C
H3C
H3C
L’injection d’une petite quantité de cet acide provoque chez l’animal la formationdes tubercules typiques.
36
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Acides gras cycliques :- Acide chaulmogrique : extrait de l’huile chaulmogra (12C)
COOH
- Acide hydrocaprique (10C)
COOH
Ces acides sont utilisés dans le traitement de la lèpre.
1 - Propriétés physiques :a - Solubilité
-insoluble dans l’eau-soluble dans les solvants organiques
b - Point de fusionIl augmente avec le nombre d’atomes de carbones et il diminue
avec l’introduction de double liaison.
c - Formation des sels : sel de Na+ de K+ de NH+4……..
RCOOH + NaOH RCOO Na+ + H2O
On les dit amphipathiques car ont un pôle hydrophile et un pôlehydrophobes. A la surface de l’eau les molécules s’orientent pour tournerleur pôles hydrophiles vers l’eau et la chaîne grasse vers l’extérieure.Ils abaissent la tension superficielle : ils sont dits tensioactif.
37
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
- En présence d’un liquide non miscible à l’eau comme l’huile, le savon s’orienteen plongeant son pôle hydrophile dans l’eau et le pôle hydrophobe dansl’huile. Les gouttelettes d’huile sont stabilisées. Les savons sont ditsémulsionnants pour les lipides inversement ils stabilisent l’émulsion desgouttelettes d’eau dans l’huile.
2 - Propriétés chimiques :
a - Isomérisation : par chauffage, les liaisons en position cis deviennent Trans.Ceci modifie les propriétés physiques.
b - Saponifications : formation des savons : sels de Na ou de K.
c - Estérification : En présence d’un alcool formation d’un ester.
d - Hydrogénation : les acides non saturés peuvent fixer de l’hydrogène enprésence de catalyseurs. (Réaction utilisé pour stabiliser les graisses).
e - Fixation des halogènes (I2, Br2) : les acides gras insaturés peuvent fixer leshalogènes. Ceci permet de déterminer l’indice d’iode (voir TP).
f- Oxydation:-KMNO4
R R'CH CH OR COOH R'HOOC+KMnO4alcalin
Cette réaction permet de localiser la double liaison.
38
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
-Ozone ( O3).
R R'CH CH R R'CH CH
O
O O
R R'CH OHC OR COOH R'HOOC
H2O
H2O2+ + +
O3O
g- Oxydation à l’airOn obtient des péroxydes,hydroxyacides .les graisses non saturées s’oxydent àl’air et cette auto oxydation est catalysée par les péroxydes,par les porphyrinesou par une enzyme(lipooxydase) ,irradiation.On explique l’auto-oxydation également par la formation des peroxydes d’acidesgras et des radicaux libres qui catalysent eux même la peroxydation des chaînesvoisines
R R'CH CH R R'CH CH O
O O
R R'CH OHCO2
+
Peroxyde
R CH CH CHCHCH2 R' R CH CH CHCHCH R'
O OHLipooxydase
B - Les triacylglycérols (triglycérides).
Ce sont des réserves d’énergie métabolique dans la cellule.Leur oxydation fournit plus d’énergie (9 Kcal/g) quel’oxydation des protéines et des glucides (4 kcal/g).
- Trois acides gras estérifient la molécule du glycérol (triglycéride)- Deux acides gras estérifient la molécule du glycérol (diglycéride)- Un acide gras estérifie la molécule du glycérol (monoglycéride).
Aldéhydes malodorants
39
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
H2C
HC
O
O
O
O
O
OH2C
R2
R2R3
R1
H2C
HC
O
O
H2C
R1
OH
OH
-Les triacylglycérols sont des lipides neutres (sans groupes ionisable) non polaires(donc hydrophobe)Les graisses (solide) et les huiles (liquide) sont des mélanges de triglycérides.Graisse tissus adipeux adipocytes. (Sous la peau et dans lacavité abdominale) : réservoir d’énergie et couche d’isolant thermique.
Les triacylglycérols libèrent leurs acides gras sous l’action catalytique d’une catégoried’hydrolases appelés lipases.
C- Les glycérophospholipides :Ce sont les lipides prépondérants des membranes biologiques ( phosphoglycérides)
a - Phosphatides : les plus simple de phosphoglycérolipides, ce sont desintermédiaires métaboliques de la biosynthèse de glycérophospholipides pluscomplexes.
Triglycéride
Monoglycéride
40
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
H2C
HC
H2C
O
OH
OH
O P
OH
OH
H2C
HC
H2C
O
O P
OH
OH
O
O
O
O R1
R2
b- Glycerophospholipides complexes : le phosphate est estérifié à la fois auglycérol est à un autre alcool (voir tableau : Quelques substituant liés au groupephosphate des glycérophospholipides)
A- Glycérol 3 -phosphate
A-Phosphatide
41
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Eau H
Choline
Ethanolamine
Sérine
Glycérol
Phosphatidyl-glycérol
myo-Inositol
NCH2
CH3
CH3
CH3
CH2
CH2CH
OH
CH2OH
CH2CH
OH
CH2 CH2
CH2
O-
O P
O CH
OCR3
OCR4
O
O
OH
OH
OH
OH OH
H
H
H
H H
H
CH2 HC
NH3+
COO-
CH2CH2NH3+
Phosphatidate
Phosphatidylcholine(Lécitine)
Phosphatidylsérine
Phosphatidyléthanolamine
Phosphatidylglycérol
Diphosphatidylglycérol(Cardiolipine)
Phosphatidylinositol
42
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Les glycérophospholipides sont des molécules amphipathiques : tête polaire(Phosphate anionique et souvent un ou plusieurs autres groupes chargés) et delongues queues non polaires.
Queues non polaires
HC
O
O
R1
P
O
O
O
CH2
CR2O
CH2H2C CH2 NH3+O
O-
Tête polaire hydrophile
La dipalmitylphosphatidyl choline représente 50% de la sécrétion connue sous lenom de surfactant pulmonaire. Cette substance réduit la tension superficielle del’interface air-eau des alvéoles pulmonaires, la barrière qui assure le transfert rapided’oxygène entre les voies respiratoires et les cellules.
Plasmalogénes : la chaîne hydrocarbonée liée au C1 du glycérol 3-phosphate par une liaison vinyl éther au lieu d’une liaison ester .ilsreprésentent environs 23% des glycérophospholipides du système nerveuxcentral de l’homme.
43
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
HC
O
O
R1
P
O
O CH2
CR2
OCH2H2C CH2 NH3
+O
O-
CHCH
D- Les sphingolipides : les membranes animales et végétales contiennent encoreune autre classe de lipides amphipathiques, appelés sphingolipides ( surtout auniveau du système nerveux central.
Sphingosine ( alcool à 18 atomes de carbone porteur d’une double liaison,d’un groupe aminé et de groupes hydroxyle)
HO OH
H2C
NH3+
CHCHCH
HC
CH3
Liaison vinylether
44
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
a- Céramide : Sphingosine + acide gras : ce sont les précurseurs métaboliquesde tous les sphingolipides ( sphingomyélines, cérébrosides, gangliosides). (structure)
HO OH
H2C
NH
CHCHCH
HC
CH3
CO
R
b-Sphingomyélines : ils représentent le composant majeur de la myélineenrobant les axones de certaines neurones.
O H
H 2C
N H
C HC HC H
H C
C H 3
CO
R
O
P
C H 2
C H 2
C H 3
C H 3
+NH 3C
O O -
45
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
c- cérébrosides : glycolipides formés d’un résidu glucidique attaché au carbone C1d’une céramide par une liaison B-glucosidique. On les trouve surtout dans le tissusnerveux
OH
H2C
NH
CHCHCH
HC
CH3
CO
R
O O
CH2OH
OH
OH
HO
H
E- Un galactocérébrosided- Gangliosides : sont des glycolipides plus complexes ou les chaînesoligosaccharidiques liée à la céramide portent de l’acide N-acetylneuraminique(NANA).
46
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
E- Les stéroïdesConstituent une troisième classe de lipides membranaires, ce sont des composés
polyprényle, synthétisés à partir d’une molécule à cinq atomes de carbone,l’isoprène.
H2C
H3C CH2
H
CC
Le Cholestérol est un stéroïde très bien représenté dans les membranes plasmiquesde Mammifères. Les différents stérides se distinguent par la longueur de la chaînelatérale attachée au C17 et se par le nombre et la position des groupes méthyle,liaisons doubles, groupes hydroxyle et par fois, groupes cétoniques ( fiqure).
D
A B
C
HOCholestérol
Testostérone
OH
O
D
A B
C
47
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
OH
OH COO-
A B
C D
Na+
Cholate de sodium (sel biliaire)
D
A B
C
HO
Stigmastérol (un stéroïde végétal)
L’estérification du groupe hydroxyle C3 du Cholestérol par des acides gras produitdes esters de cholestérol, molécules encore plus hydrophobes que le cholestérol lui-même
48
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
D
A B
C
OC
OR
Les cires : Esters non polaires formés d’alcools monohydroxyliques à longuechaîne et d’acide gras à longue chaîne.
Exemple : Le palmitate de myricyle : ester de palmitate (16 :0) et d’un alcool à 30atomes de carbones, l’alcool myricylique. (Cire d’abeille) imperméabilité dansl’eau.
3
49
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Cire : palmitate de myricyle, ester d’acide gras et d’alcool à longue chaîne.
Icosanoides (prostaglandines et thromboxanes) : proviennent de l’oxydationet de la cyclisation de l’acide arachidonique (20 :4)
O
HOOH
COOH
CH3
ProstaglandineE 2 (PGE2 )
Vitamines A,D,E, K : sont des vitamines liposolubles
50
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
51
___________________________________________________________________________________Université Moulay Ismaïl, Faculté des Sciences
Module de Biochimie StructuralePrs : S. CHAKIR & Z. HALOUI
Limonène : Composé lipidique principal qui confère au citron son parfumcaractéristique.Bactoprénol : lipide bactérien impliqué dans la synthèse des parois cellulaires ;Hormone Juvénile I : molécule qui gouverne le développement larvaire. les lipoprotéines
Les lipoprotéines sont des ensembles macromoléculaires à cœurhydrophobe et à surface hydrophile. Le cœur est constitué de triacylglycérols etd’esters de cholestérol, la surface, de molécules amphipathiques, cholestérol etsurtout les phospholipides et les apoprotéines.On groupe Les lipoprotéines d’après leur densité relative. Les lipoprotéines
humaines se repartissent comme suit : les chylomicrons : véhiculent des triacylglycérols entre l’intestin grêle et les
tissus. Les lipoprotéines de très faible densité (VLDL) : transportent des
triacylglycérols endogénes, du cholestérol et des esters de cholestérol Lipoprotéines de haute densité (HDL) : ramènent le cholestérol et les esters
de cholestérol endogènes au foie (voir tableau)
Chylomicrons VLDL LDL HDL
Poidsmoléculaire(106)
>400 5-6 2,3 0,18-0,36
Densité(g /cm 3 ) < 1, 006 0, 95-1,006 1,006-1,063 1,063- 1,210
Triacylglycérols 85 50 10 4
Cholestérol libre 1 7 8 2
Esters de cholestérol 3 12 37 15Phospholipides 9 18 20 24
Protéine 2 10 23 55
52