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Swiss-Prot Brasil:Estado da arte e perspectivas

futuras

Claudia B. Monteiro-VitorelloSwiss-Prot/LABINFO/LNCC



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2

Ministry of Science and Technology (MCT)

The National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) - foundation linked to MCT, to support Brazilian research.

National Laboratory of Scientific Computation (LNCC)National Laboratory of Scientific Computation (LNCC)

Petrópolis, Rio de Janeiro



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• Swiss-Prot + LNCC

• Started August 1st, 2004

• 4 annotators:

• Claudia B. Monteiro-Vitorello• Marisa Fabiana Nicolas• Luciane Prioli Ciapina• Luiz Fernando Zuleta



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The Human Proteomics Iniciative

The Plant Proteome Annotation Project

Toxin Annotation Project

The HAMAP Project

The Fungal Annotation Project

The Virus Annotation Project

Swiss-Prot Projects



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6

HAMAP Annotation of complete microbial proteomes in the

Swiss-Prot Protein Knowledge Database

HHigh-quality

AAutomated and

MManual

AAnnotation of Microbial

PProteomes



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7

•Annotation of proteins involved in virulence/pathogenicity and host adaptation of pathogenic bacteria.

• Staphylococcus aureus

Swiss-Prot Brazil

Virulence factor genes

spa

protein A

fnbB

hemolysin

fibronectin-binding protein

Collagen adhesinAntigens

hla, hld, hlg

Enzymes

cna

GLOBAL REGULATION OF GLOBAL REGULATION OF Staphylococcus aureusStaphylococcus aureus VIRULENCE FACTORS VIRULENCE FACTORS

serine - cysteine protease

sspA, sspBlipase

lip nuclease

nuc

sarH1 lytS-lytR

sar locusmgrAsaeS-saeRarlS-arlRrot

arg locusP2

P3

RNA III

RNA III

Cell membrane

P1P3P2

sarR

sarAsarCsarB

clfA,cflB

clumping factor

B D C A

R S

mgrAarlS-arlRrot

sar locus

lytS-lytR

?

Staphostatin B

sspCToxins



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9



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9

www.hamapbrazil.lncc.br



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10



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10

isb-sib.ch

lncc.br

annotatorsSIB, EBI

LNCC

CLAUDIA MARISA LUCIANELUIZ

Amos



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11



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11

http://br.expasy.org



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Perspectivas futuras:

Plasmodium falciparum LeishmaniaTrypanosoma Theileria

Anotação de proteínas de protozoários patogênicos:



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Tritryps

Dra. Angela Cruz – USP/Riberão Preto

Dr. Samuel Goldenberg – Instituto de Biologia Molecular do Paraná, FIOCRUZ.

Theileria

Dr. Trushar Shah - The International Livestock Research Institute (ILRI), Kenya.

Swiss-Prot

Anotação de proteinas de protozoários patogênicos



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• Quinto nível

14

http://www.labinfo.lncc.br

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Documents

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