CH25.5  Organic Chemistry I, Lecture (3 units)                                     Modesto T. Chua, PhD Department of Chemistry                      mtchua@ateneo.edu 

School of Science and Engineering                       GF  PIPAC building 

Summer, SY 2014 ‐2015 

Schedule:    Monday to Friday,   0900 ‐1030        Room C‐114 

 

 

A.  COURSE DESCRIPTION 

 

This course is Part I (of two) of the study of carbon compounds.  Following the functional group 

approach, the course organizes organic compounds into families, each family possessing a given 

functional group (such as hydroxyl group –OH, carbonyl group C=O).  This method of treatment 

highlights the over‐riding theme in organic chemistry,  namely, that the structure of organic compounds 

determines their properties and reactivities.  If one knows the structure, one can predict (or at least 

explain) a compound’s properties or reactions.  The course begins with a requisite review of notions of 

atomic orbitals, formation of bonds, bond properties, inductive and mesomeric effects, conjugation and 

resonance, basic notions of thermodynamics, kinetics and stereochemistry.  Application of these 

principles in the step‐by‐step description of organic reactions (“reaction mechanisms”), allow 

rationalizing reactions in terms of the structure of compounds undergoing the reaction.  “This  makes 

organic chemistry a fascinating study. Spectroscopy (IR, H‐NMR, 13C‐NMR, MS, Uv‐Vis),  a set of powerful 

methods for determining molecular structure, is introduced and helps to make palpably real the 

structures of compounds in the different families.  Reactions are discussed in relation to free energy 

changes, activation energy, and are visualized through free energy diagrams. 

 

 

B.  LEARNING OUTCOMES 

      

Upon successfully completing Ch 25.5, a student will be able to 

 

1. Name organic compounds using the IUPAC system, and draw structural formulas  given systematic   

     names. 

2. Demonstrate an understanding of reactions of organic molecules such as substitution, addition,  

     elimination and rearrangement, on the basis of structure, and use accepted reaction mechanisms. 

3. Demonstrate ability to explain reactivity on the basis of bond polarity/inductive effects,  

    resonance/steric effects and bond energy changes, and explain the effect of solvents and catalysts. 

4. Propose reasonable reaction schemes to synthesize target molecules from given starting materials. 

5. Interpret IR, H‐NMR , 13C‐NMR and MS of  simple organic compounds. 

 

C.  COURSE OUTLINE   Molecular Structure and Bonding    Chapter 1 

  Polar Bonds and their Consequences    Chapter 2 

  Alkanes and their Stereochemistry    Chapter 3 

  Cycloalkanes and their Stereochemistry   Chapter 4 

  Stereochemistry and Chirality    Chapter 5 

  Overview of Organic Reactions    Chapter 6 

  Alkenes: Structure and Reactivity    Chapter 7 

  Alkenes: Reactions and Synthesis    Chapter 8 

  Alkynes:  An introduction to        

        Organic Synthesis       Chapter 9 

Organohalides        Chapter 10 

Reactions of Alkyl halides:   

   Nucleophilic Substitution and Elimination  Chapter 11 

Structure Determination: MS,  IR    Chapter 12 

Structure Determination:  NMR    Chapter 13 

Conjugated Compounds and UV    Chapter 14 

Benzene and Aromaticity      Chapter 15 

 

D.  REQUIRED READING   ORGANIC CHEMISTRY, John McMurry, 8th Edition         Publisher:  Thomson, Brooks/Cole 

A copy of the STUDY GUIDE AND SOLUTIONS MANUAL (Susan McMurry) is available at the 

Reserved Books Section of the Rizal Library for reference. 

 

E.  SUGGESTED READINGS  Topics on organic compounds of interest will be assigned. 

 

 

 

F.  COURSE REQUIREMENTS 

1.   Attendance and Punctuality:  Attendance is checked at the beginning of each class. Two late arrivals is    

       considered a cut.  A grade of F is earned when the maximum number of cuts is exceeded. 

2.   Four long tests and a final examination are scheduled.  No make‐up examinations are   

       given:  if a student misses an exam for meritorious reason, the exam is not included in the  

       computation of the final grade.   

     3.    Quizzes may or may not be announced ahead of time. 

     4.    Homework assigned is due on the next class day. 

 

G.  GRADING SYSTEM 

The number grade for this course is the composite of 60% of class standing, 30% of the final exam and 

10% quizzes, homework and reports.  Class standing is the average of the 4 long tests.   

The corresponding letter grades are assigned as follows: 

           Letter Grade                % Number Grade      A    >91     B+    90‐86     B    85‐79     C+    78‐72     C    71‐65     D    64‐59     F    <59            _________________________________ 

   

H.  CLASSROOM POLICIES 

1.   The basic principle that should guide student behavior and decorum in the classroom is respect for  

       the rights of others.  Unnecessary talking during class is not allowed.  Eating and drinking in the  

       classroom is not allowed. 

      2.    The use of cell phones during class is strictly prohibited.  Such devices must be turned off or set to   

              silent mode at the start of class. 

      3.     Cheating, copying, plagiarism are always serious offenses (see “Section E. Offenses involving  

              dishonesty”, under Code of Discipline for Students in Student Handbook).  Penalties imposed under   

              School Rules will be imposed. 

 

I.  CONSULTATION HOURS 

     Wednesdays, 11:00 a.m.,  GF PIPAC Building      Or, by appointment:  mtc@ateneo.edu