CentoXome® &CentoGenome®

WHOLE EXOME AND WHOLE GENOMEANALYSIS FOR YOUR PATIENTS

Tenemos un compromiso de por vida con nuestros pacientes

CENTOGENE es una empresa dedicada a las enfermedades raras, centrada en transformar la información clínica, genética y bioquímica en soluciones

médicas para nuestros pacientes. Estamos comprometidos en proporcionar un diagnóstico médico preciso de las enfermedades hereditarias lo antes posible, y en transformar la experiencia médica y la información analítica en resultados

accionables para médicos, pacientes y socios farmacéuticos.

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Al ser punta de lanza en el desarrollo de pruebas genéticas, siempre hemos equilibrado el poder diagnóstico con la rentabilidad en toda nuestra cartera.

CENTOGENE ofrece la más amplia selección de pruebas genéticas para nuestros socios, que no ha sido igualada por nadie más; abarcado desde la búsqueda dirigida de variantes puntuales hasta la secuenciación completa del genoma, y complementadas con biomarcadores.

La elección de la “mejor prueba” depende de lo que necesite para su diagnóstico. Recomendamos realizar pruebas tan amplias como sea necesario,

Innovando para obtener los mejores y más rápidos resultados Pioneros en el diagnóstico de enfermedades raras desde el 2006

Sus opciones para elegir en el portafolio de CENTOGENE

SECUENCIACIÓN DEL EXOMA COMPLETO

PANELES DE GENES

SECUENCIACION DE UN SOLO GEN

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO

BUSQUEDA DE VARIANTE ESPECÍFICA

INNOVACIÓN PARA UN DIAGNÓSTICO RÁPIDO

• Invertimos en investigación de diagnóstico para aumentar el rendimiento diagnóstico y ofrecer los resultados más precisos.

• Nuestras bases de datos de referencia e inteligencia bioinformática se mejoran de forma continua.

BENEFÍCIESE DE UNA VISIÓN A FONDO

• Tenemos una experiencia única en el diagnóstico de enfermedades hereditarias raras, y en la interpretación de los datos de secuenciación y biomarcadores.

• Por lo que alcanzamos los estándares más altos de los reportes médicos.

para cubrir todas las posibilidades sugeridas por el fenotipo / síntomas del paciente.

“Nuestras soluciones de pruebas amplias como CentoXome®, secuenciación del exoma completo (WES) o CentoGenome®, secuenciación del genoma completo (WGS), le permiten acortar la travesía hacia el diagnóstico de sus pacientes.”

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El diagnóstico preciso de los pacientes con enfermedades raras puede resultar difícil. Con pruebas integrales como WES y WGS, los casos complejos y ambiguos a menudo se pueden resolver rápidamente y con un alto rendimiento diagnóstico.

Desde el 2006, CENTOGENE ha proporcionado soluciones de pruebas genéticas en todo el mundo. Hemos realizado miles de análisis de WGS y decenas de miles de WES, ayudando constantemente a los profesionales de la salud a diagnosticar a sus pacientes y a tomar mejores decisiones de tratamiento.

¿Cuándo CentoXome® y CentoGenome® ofrecen el mayor beneficio?

Se recomienda optar por WES, CentoXome® o incluso el más completo WGS, CentoGenome®, cuando:

Cuándo analizar todos los genes en un solo paso

El uso de WES y WGS como prueba de primera línea en vez de utilizarlas como último recurso, ha demostrado ser beneficioso para varios grupos de pacientes.1–7 Ambas pruebas están arrojando el mayor valor de diagnóstico en:

• Los síntomas son muy diversos, complejos o inespecíficos, sin dirigir hacia un diagnóstico específico o un fenotipo típico

o

• Las pruebas dirigidas anteriores no proporcionaron un diagnóstico concluyente

Enfermedades neurológicas complejas y heterogéneas

Enfermedades neonatales y pediátricas inespecíficas

Por qué elegir la prueba del exoma o del genoma completosExaminando todos los genes, cuando la ambigüedad clínica es alta

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Las pruebas genómicas pueden dar lugar a un diagnóstico en 20 a 70 % de los pacientes con sospecha de padecer una enfermedad genética rara.2,3,5–13

La máxima calidad en ambas pruebas

Ya sea que elija CentoXome® o CentoGenome®, garantizamos una experiencia técnica, científica y médica superior, lo que reduce las incertidumbres en el resultado y respalda el diagnóstico de su paciente.

• Ambas pruebas ofrecen altos rendimientos de diagnóstico para una gran variedad de etiologías moleculares11,13

• CentoGenome® puede proporcionar un diagnóstico incluso en los casos que WES no lo ha logrado13

CentoXome® y CentoGenome® Qué esperar

SNV: variantes de um unico nucleotidoInDels: pequenas inserções/deleções

SVs: Variantes estruturais grandes e mais complexasCNVs: variação do numero de copias

Mt DNA variantes: Variantes do DNA mitochondrial

CentoGenome® CentoXome®

COBERTURA

• Cobertura casi completa de todo el genoma

• Regiones codificantes (exónicas) y no codificantes (p. ej. regiones intrónicas, reguladoras y sitios de corte y empalme)

• Genoma mitocondrial • ≥98% del genoma cubierto a ≥20x

• Cobertura casi completa de todo el exoma

• Regiones codificantes (exónicas) y límites exón / intrón

• limítrofes éxon/íntron• ≥98% de las regiones objetivo cubiertas

a ≥20x

CALIDAD DE LA SECUENCIACIÓNLa más alto (uniformidad de cobertura superior y confiabilidad)

Alta

TIPOS DE VARIANTES

DETECTADAS

SNVs + InDels + CNVs SÍ SÍ

Variantes estructurales

grandes y complejasSÍ Limitada

Variantes en mtDNA SÍ Posible con CentoMito® genome

UTILIDADCLÍNICA

Rendimiento diagnósticoLa más alta (revela también variantes no identificadas por WES)

Alta

Reducción del tiempo de diagnóstico

Máxima (cuando se realiza como

primer paso)En promedio, menor que con WGS

Valor de los datos para un posible reanálisis futuro

La más alta Alta

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Cuando el tiempo te da el lujo de probar opciones

WGS puede proporcionar resultados de diagnóstico superiores a los de WES, microarreglos o paneles genéticos,2,3,7 aunque el costo inicial es mayor. Vale la pena considerar WGS porque a menudo puede reducir el tiempo de estancia hospitalaria o evitar los costos de otras pruebas o incluso evitar la implementación de terapias incorrectas.4,6,16,17 Sin embargo, en los casos en que el costo inicial de WGS representa una barrera importante, es muy razonable comenzar con WES.

CentoXome® es la mejor opción cuando necesita una solución precisa, rápida y rentable para el diagnóstico de casos complejos y no resueltos

Cuando un diagnóstico rápido es crucial

No siempre hay tiempo para optar por una estrategia de pruebas seriadas, que pueden llevar demasiado tiempo, cuando un diagnóstico rápido es una necesidad médica.6,8,16,17 En tales casos, WGS como prueba de primera línea es el método recomendado de elección.

CentoGenome® es la solución más completa para diagnosticar casos complejos y no diagnosticados rápidamente y con las mayores posibilidades de éxito en el diagnóstico

Estrategias de diagnóstico: equilibrando costos y beneficios Los factores decisivos son diversos a la hora de elegir el siguiente paso

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Estrategias de abordaje para los casos desafiantes WGS puede ser la opción rápida o el último recurso

Pacientes de difícil diagnóstico y casos no resueltos

CentoGenome®

• Fenotipos heterogéneos• Síntomas clínicos poco claros o atípicos• Historial de pruebas no concluyentes

Más rápida y completa

WGS

CentoXome®

Más económica

WES

DIAGNÓSTICODIAGNÓSTICO

SIGUIENTE

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Experiencia con estudios genómicos complementados con la interpretación médica

• CentoXome® y CentoGenome® siempre incluyen reportes médicos basados en nuestra experiencia en la interpretación clínica. Realizamos análisis adicionales en caso de resultados sospechosos o inespecíficos

• Un equipo de científicos y genetistas clínicos altamente capacitados interpreta los datos y verifica cada informe médico.• Los reportes siempre contienen resultados clinicamente relevantes, recomendaciones y opciones para el seguimientoClasificación de variantes y seguimiento de nuevos enfoques

• La clasificación de variantes por CENTOGENE excede las pautas del ACMG.18 Siempre que esté disponible, validamos la patogenicidad de las variantes encontradas con nuestros datos internos y realizando pruebas complementarias con nuestros biomarcadores

• Todo el historial de las clasificaciones de alta calidad que hemos realizado, han sido seleccionadas y codificadas en nuestro repositorio de datos CentoMD®, como referencia para futuras clasificaciones y decisiones de diagnóstico. Este repositorio de datos cubre una amplia gama de poblaciones e incluye también datos metabólicos y proteómicos complementarios.

• Un compromiso de por vida con nuestros pacientes con la disponibilidad para el reanálisis de los datos genómicos y la reclasificación de por vida de las variantes reportadas. Si una nueva investigación u otros casos médicos sugieren una distinta clasificación de una variante y, por lo tanto, una interpretación médica diferente, proporcionamos automáticamente un nuevo reporte médico a través del médico que realizó la solicitud.

Una asesoría confiable y la privacidad son nuestras prioridades

• Estamos comprometidos a proteger los datos personales de nuestros pacientes, adhiriéndonos a las más estrictas directrices y legislaciones internacionales sobre privacidad de datos. Esto incluye el pleno cumplimiento del RGPD europeo19 y la HIPAA de EE. UU.20, para cada caso, según corresponda.21

• Somos un asesor confiable para los profesionales de la salud, no solo para casos de pacientes individuales, sino también determinar estrategias de evaluación.

• Si tiene alguna pregunta general sobre nuestras soluciones o sobre reportes médicos entregados, nuestro equipo de atención al cliente está disponible para ayudarlo vía telefónica y por correo electrónico.

Más allá de la secuenciación La interpretación de los datos y el soporte médico de CENTOGENE hacen la diferencia

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La solución CentoXome® Solo identificó una deleción homocigota causante de enfermedad en un niño pequeño con un historial prolongado de enfermedad inflamatoria intestinal de inicio muy temprano

DIAGNÓSTICO DE ENFERMEDAD INFLAMATORIA INTESTINAL TIPO 25

• CentoXome® Solo identificó una deleción homocigótica, probablemente patogénica, que involucra el todo el exón 3 de IL10RB

• Trastorno: enfermedad inflamatoria intestinal tipo 25, de inicio temprano (OMIM # 612567, autosómico recesivo)

IMPACTO DE LA PRUEBA

• CentoXome® Solo, proporcionó un diagnóstico genético definitivo, porque pudo identificar la deleción causal. Esta variante habría sido pasada por alto con un estudio de microarreglos debido a que el tamaño de la deleción era más pequeño que el límite de resolución de la prueba, además de no haber sido detectada por el WES previo en otro laboratorio.

• El trasplante de médula ósea ofrece la única cura potencial para esta enfermedad y, debido al diagnóstico, el paciente pudo ser elegible para el tratamiento iniciándose la búsqueda de un donante compatible.

• La familia recibió asesoramiento genético.

RESUMEN CLÍNICO

• Paciente del sexo femenino de 4 años de edad con manifestaciones desde las 2 semanas de vida

• Antecedentes de larga data de enfermedad inflamatoria intestinal de inicio muy temprano, que no responde al tratamiento actual, presenta acidosis recurrente y además presenta leucomalacia periventricular

• Padres no emparentados, antecedentes familiares negativos

ESTRATEGIA DE DIAGNÓSTICO

Después de que se realizó un WES en otro laboratorio con un resultado negativo, el médico optó por CentoXome® Solo, debido a la necesidad de obtener un diagnóstico para implementar una medicación efectiva, ya que el paciente no respondía a las terapias actuales.

ESTUDIO DE CASOS

CentoXome® Solo: DIAGNÓSTICO DE UN TRASTORNO INMUNOLÓGICO TRATABLE

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DIAGNÓSTICO DE EPILEPSIA DEPENDIENTE DE PIRIDOXINA

• CentoXome® identificó una variante patogenica homocigota en ALDH7A1 • Heredada de los padres, portadores heterocigotos• Trastorno: Epilepsia dependiente de piridoxina

(OMIM # 266100, autosómica recesiva) IMPACTO DE LA PRUEBA

• CentoXome® Trio proporcionó un diagnóstico genético temprano y rápido que habría llevado más tiempo utilizando paneles genéticos, porque los síntomas del niño eran muy heterogéneos y muchos genes candidatos podrían estar involucrados

• El diagnóstico temprano permitió el tratamiento con piridoxina resultando en la mejoría del desarrollo psicomotor, el control las convulsiones y la conducta del paciente

• La familia recibió asesoramiento genético

La solución CentoXome® Trio iidentificó una variante homocigota causante de enfermedad en un niño pequeño con retraso en el desarrollo y síntomas muy heterogéneos

c.328C>T heterocigota,

p.(R110*)

c.328C>T homocigota, p.(R110*)

c.328C>T heterocigota,

p.(R110*)

RESUMEN CLÍNICO

• Varón de 1,5 años de edad • Presenta retraso global del desarrollo,

irritabilidad, convulsiones, status epilepticus, hipoplasia del vermis cerebeloso, nistagmus, hiperreflexia, acidosis metabólica y leucomalacia periventricular

ESTRATEGIA DE DIAGNÓSTICO

El médico optó CentoXome® Trio, porque el paciente presentaba síntomas muy heterogéneos relacionados con la epilepsia y no contaba con antecedentes familiares de epilepsia.

ESTUDIO DE CASO

CentoXome® Trio: DIAGNÓSTICO DE UNA EPILEPSIA SENCIBLE A TRATAMIENTO

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Tras los resultados negativos de WES, CentoGenome® Solo identificó variantes patogénicas heterocigotas compuestas, una de las cuales es una deleción de exón heterocigoto

DIAGNÓSTICO DEL SÍNDROME BLOOM

• variantes patogénicas heterocigotas compuestas en BLM • Las pruebas de portador en los padres confirmaron la

configuración en estado heterocigótico compuesto de las variantes • Trastorno: Síndrome de Bloom (OMIM # 210900, autosómica recesiva)

IMPACTO DE LA PRUEBA

• CentoGenome® Solo, proporcionó un diagnóstico definitivo porque identificó ambos tipos de variante en el paciente. Un WES anterior en otro laboratorio no detectó la deleción

• Debido al diagnóstico se implementaron en el paciente medidas preventivas y manejo sintomático, como evitar la exposición al sol y las radiaciones, y un programa de vigilancia para la detección precoz de varios tipos de cánceres.

• La familia recibió asesoramiento genético

c.3164G>C heterocigota,

p.(Cys1055Ser)

Heterocigoto compuesto c.3164G>C, p.(Cys1055Ser) y deleción

abarcando los exones 11 y 12

Het deleción abarcando los exones 11 y 12

CentoGenome® Solo: DIAGNÓSTICO DEL SÍNDROME BLOOM

RESUMEN CLÍNICO

• Varón de 1 año y manifestación desde el nacimiento• Presentó retraso global del desarrollo, microcefalia,

pigmentación anormal de la piel, erupción cutánea con patrón reticular en la cara y fotofobia

• Los padres no son consanguíneos y ningún otro miembro de la familia ha sido afectado

ESTRATEGIA DE PRUEBA

El facultativo eligió la solución CentoGenome® Solo después de realizarse un análisis WES Trio (en otro laboratorio) y no obtenerse un diagnóstico debido a la gravedad de la enfermedad y a la necesidad de determinar un diagnóstico para orientar la intervención.

ESTUDIO DE CASOS

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CentoGenome® Trio identificó una variante intrónica profunda homocigota, después de una prueba WES negativa por sospecha de Síndrome Bartter

DIAGNÓSTICO DEL SÍNDROME DE GITELMAN

• CentoGenome® Trio identificó una variante intrónica profunda homocigótica en SLC12A3

• Heredada de los padres, portadores heterocigotos• Trastorno: síndrome de Gitelman

(OMIM # 263800, autosómico recesivo) IMPACTO DE LA PRUEBA

• CentoGenome® Trio proporcionó un diagnóstico exitoso del síndrome de Gitelman porque cubre también las regiones intrónicas; WES está restringido a los exones y los límites exón-intrón

• Las pruebas con CentoGenome® Trio permitieron la identificación de la variante; la busqueda de la varinte en un hermano afectado también detectó la variante familiar en estado homocigoto.

• La familia recibió asesoramiento genético enfocado en el riesgo de recurrencia• El paciente y los hermanos afectados iniciaron un tratamiento sintomático orientado a aminorar las

manifestaciones clínicas comunes que se asocian a las alteraciones electrolíticas.

CentoGenome® TRIO: DIAGNÓSTICO DEL SÍNDROME DE GITELMAN

RESUMEN CLÍNICO

• Varón de 2 años con sospecha clínica de síndrome de Bartter

• Falla de medro, hipopotasemia, hipomagnesemia y alcalosis

• Padres sanos consanguíneos y otros dos hijos afectados

ESTRATEGIA DE DIAGNÓSTICO

El médico optó por CentoGenome® Trio, tras múltiples evaluaciones y un WES negativo, con el objetivo de encontrar un diagnóstico y posibilitar la realización de pruebas prenatales en embarazos posteriores.

ESTUDIO DE CASOS

Het variante intrónica profunda c.1670-191C>T

Het variante intrónica profunda c.1670-191C>

Hom variante intrónica profunda c.1670-191C>T

No disponible para la prueba

Hom variante intrónica profundac.1670-191C>T

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NUESTROS SERVICIOS DE DIAGNÓSTICO SON MÁS QUE PRUEBAS DE LABORATORIO Y ANÁLISIS BIOINFORMÁTICOS.

La ventaja de CENTOGENE Una solución de diagnóstico integral más allá de las pruebas de ADN

CentoCard®Es nuestra solución rápida, rentable y sin complicaciones para el envío de muestras de sangre para análisis genéticos. Al recolectar las muestras con nuestra CentoCard®, estas no se ven afectadas por el tiempo de envío ni por la temperatura, y una sola tarjeta le permite la realización de varias pruebas genéticas Y metabólicas.

Fenotipificación extendida Para garantizar la calidad de la información clínica para la interpretación de datos, los síntomas que presenta su paciente son reestructurados aplicando los términos definidos por la Ontología del Fenotipo Humano (HPO).

Seguridad de datos y su uso para investigaciónCon formularios de consentimiento informado transparentes y fáciles de entender, sus pacientes pueden tomar decisiones sin preocuparse por la protección de sus datos. Al dar su consentimiento a la opción de investigación y almacenamiento, usted y sus pacientes nos ayudan a impulsar la investigación, incrementar el conocimiento acerca de las enfermedades raras y la calidad de futuras herramientas diagnósticas y terapéuticas.

Pruebas multiómicas Nuestras investigaciones continuamente identifican y validan biomarcadores, los cuales mejoran nuestro entendimiento de muchas enfermedades raras y facilitan la monitorización de sus tratamientos. Actualmente, este abordaje ha añadido certeza diagnóstica a trastornos de depósito lisosomal entre otras muchas enfermedades.

CentoPortal® Es nuestra plataforma en línea, fácil de usar y totalmente segura, que ha sido diseñada para asistir en la solicitud de pruebas, el ingreso de sus datos de los pacientes, la administracion de las muestras y para el conveniente acceso 24/7 a sus reportes de diagnóstico. Por favor visite: www.centoportal.com CentoMD® Nuestra interpretación médica de clase mundial se basa en nuestra capacidad de detección de más de 12.7 millones de variantes únicas respaldadas por nuestro extenso repositorio de datos de enfermedades raras que cuenta con más de 430,000 casos.

Programa de reclasificación de variantesCENTOGENE cuenta con un programa robusto y continuo de reclasificación de variantes basado en la actualización de evidencia genética. Si la nueva reclasificación afecta la naturaleza del diagnóstico genético previo, CENTOGENE informará a los médicos el nuevo diagnóstico de forma gratuita.

Experiencia de clase mundial La reputación de CENTOGENE se cimienta sobre un equipo internacional de expertos en genética y bioinformática; tecnología de laboratorio de punta, procesos y protocolos que son continuamente mejorados, así como en un software de análisis de datos único.

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1 Bowling et al., 2017; PMID: 28554332 2 Clark et al., 2018; PMID: 30002876 3 Lionel et al., 2018; PMID: 28771251 4 Farnaes et al. 2018; PMID: 29644095 5 Fogel, 2018; PMID: 29325607 6 Soden et al., 2014; PMID: 25473036 7 Stavropoulos et al., 2016; PMID: 28567303 8 Kingsmore et al., 2019; PMID: 315644329 Niguidula, et al. 2018; PMID: 30318729 10 Taylor et al., 2015; PMID: 25985138 11 Trujillano et al., 2017; PMID: 2784894412 Vissers et al. 2017, PMID: 28333917 13 Datos de archivo de CENTOGENE 14 Gilissen et al., 2014; PMID: 24896178 15 Ostrander et al., 2018; PMID: 30109124 16 Petrikin et al., 2018; PMID: 29449963 17 Willig et al., 2015; PMID: 25937001 18 Kalia et al., 2017; PMID: 27854360 19 The European General Data Protection Regulation (GDPR) 20 USA Health Insurance Portability and Accountability Act (HIPAA)21 Consulte información detallada en www.centogene.com/data-protection.html22 CentoMD® 5.8

Referencias

Tenemos un compromiso de por vida con nuestros

pacientes

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.1en

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vem

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020

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