BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

31
HAL Id: inria-00073785 https://hal.inria.fr/inria-00073785 Submitted on 24 May 2006 HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of sci- entific research documents, whether they are pub- lished or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers. L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d’enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés. BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity Searching with Alignment Graphs Pierre Nicodème To cite this version: Pierre Nicodème. BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity Searching with Alignment Graphs. [Research Report] RR-2911, INRIA. 1996. inria-00073785

Transcript of BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

Page 1: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

HAL Id: inria-00073785https://hal.inria.fr/inria-00073785

Submitted on 24 May 2006

HAL is a multi-disciplinary open accessarchive for the deposit and dissemination of sci-entific research documents, whether they are pub-lished or not. The documents may come fromteaching and research institutions in France orabroad, or from public or private research centers.

L’archive ouverte pluridisciplinaire HAL, estdestinée au dépôt et à la diffusion de documentsscientifiques de niveau recherche, publiés ou non,émanant des établissements d’enseignement et derecherche français ou étrangers, des laboratoirespublics ou privés.

BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity Searchingwith Alignment Graphs

Pierre Nicodème

To cite this version:Pierre Nicodème. BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity Searching with Alignment Graphs.[Research Report] RR-2911, INRIA. 1996. �inria-00073785�

Page 2: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

ISS

N 0

249-

6399

appor t de r ech er ch e

1 9 9 6

����������������� ������������������ ����� �������� �������������� ����!�����"���������� ����!���

# $ %'&�(*) +,$�(*- $./% # $ %'&�( 0�12(30546&87�9'4 :�9<;&=7 > 7"$ %';�7�("? &�05%';A@=B67 4DC E 7�(*B %'$"7�CF4G> 054H( CI;�%�JKB6&

L"MONQPRP�N*��MTSVUXWZYNQ[\N

]_^a`cb�d degfhMOikjmlnlgo

L ����pq�����r�r��s

Page 3: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

��������� ��� ��������� �������������������������� !�#"$��&% �&���'"(� ��)�*�+�'"(,(-��&��. /0�1��- �#�2��.���% �3���4.#"5�768-���9

:(;=<?>�>�<A@�;=BDCEF<HGI<HJ

KML?NPORQTSVUTO1WYXkN WXN[Z S PRM]\ N+^\i N[_'[\N[`bahUhW�UTc�dhP�UhS NPZ=Z�MOi&e�Z�MO[\M]fg^ PRMh`ji+knfhNQP�MON[Z UTcF^Yd P�U `RNQM Sq[ f2fh`RM]d&fONl^mfOMhenih[\N i�`_�M]`=a�^'ZRN[`'n W&^m`o^m\p^TZRNRq Umcld P�U `RNQMOi�Z�Nrkgf NQi S N[Zrs�UgP�Z�MO[\M]fg^ PRMh`ji#knfhNQPRM NPZ\UTct^�dhP�U1`�NQMOi�ZRNRknfhNQi S N'_�M]`=a�^'ZRN[`�UTcdhPRU `�N M i#^TfOM]egi [\NQiu`=ZrvFXkN f&Z�NM^3P�N[dhPRN[Z�N i�`w^T`RM UnikUTc [ f2fh`RM]d&fON�^TfOM]egi [\NQiu`=ZF^mZ�^TfOM]egih[3NQiu`jxjegPo^md&a&Zrv� Ug[�dp^ PRMhZRUgi&Z_�M]`=a�W�Mzy NQPRNQiu`\Swfg^TZbZ�M S[^Tf [\NP`=ahUhWuZ M]Zq[I^nW�N vr��a MhZ ihN[_,[\N[`bahUhW#^Tf]fOUT_�Z�`=ahN�W�N[`RNmSw`�MOUni UmcFZ�f&\2`=fON+Z�MO[\M]fg^ PRMh`RM N[Z_�ahM Sba{^ P�Nqi U `|c Ugf i W�\�i�`=ahNqU1`=ahN P�[3N[`=a UXW}ZRv��j`�aV^TZ�WXM PRNmSw`�^Td2d&fOMTSP^T`�MOUni&Z�c UnP�Z�MO[\M]fg^ PRM]`�MON[Z�kgf NQP=i�MOi&e+_�M]`=a3`bahNW&^m`o^T\V^TZ�N UTc~d P�U `RNQMOirW�Ug[+^ MOi&Z L"PRU ��Ug['v

���[�����?� �Y�w�~��� ���+�Y�����M�~�l�Y�~�P�M���+�����[�������'�M�Y���[�����F���Y�F�����Y���+����r���P�[�����w�3��F���(�$� �|¡t��¢�+�¤£(�������¥�|���#¦b���[�[£¥�Y�� �����§

¨�©ª NP«�¬­©ª W���Unf&Z W�®NmS P�M]¯nUgi&Z�fhihNi Ugf&¯nN[f]f N�[�®N[`bahUhW�NqW�NPRNmSbahNQP S=a N W�NZRM [3M]f°^ P�M]`&®NPZ W!± fhiI^mfOMhenihNQ[3NQiu` [ f&f]`�M]d&fON�W�NdhPRU `&®N M i N[ZF^r¯gNmS f i\NQi&ZRNQ[M\&fONn f ihNF\p^mZ�N�W�N�W�Unihi�®NQNPZoq�W�N�Z&®NRknfhNQi S NPZFdhPRU `&®N M°knfhNPZRs�Ugf�W�N�P�N S=a NQP SbahN*WXNFZ�MO[3Mhfg^ P�M]`&®N[ZW!± fhihN5Z&®NRknfhNQi S Ntd P�U `&®NQMgknfhN�^r¯gNmS�f i N i&Z�NQ[M\2f NqW!±²^mf M]enihNQ[\N i�`bZ [ f&f]`�M]d&fON[Z W�N�dhPRU `&®N M i N[ZRv ��Ugf2ZS Ug[�dp^ PRUgi&ZS NP`=`�N^Td2dhP�UhSbahN�^r¯gNmS WXN[Z~^md&dhP�UhSbahN[Z Swfg^mZ=Z�MgknfhN[Zrvc� NP`=`�N ihUnf&¯gN[f]fON"[�®N[`bahUhW�N?d NQP�[3N[`!fg^�W�®N[`RNmSw`�MOUni W�NHZ�MO[\M]fg^ PRMh`&®N[ZVZ�f&\&`RM]f NPZknfhM�i N�ZRUgiu`�dp^TZ�[3MhZRN[Z NQi�®N[¯�MTWXNQi S N�dV^ P�fON[ZF^ f2`�P�NPZ�[�®N[`bahUhW�N[ZR³ N[f]fON�^ W�N[Z�^md&d&fOM S[^T`RMOUgi&Z�W�MOP�NmS´`�N[Z|d UnfhP�NwyZNmSw`�f NQPW�N[Z�P�NmSbahN P SbahN[Z*WXN�ZRMO[\M]fg^ P�M]`&®N[ZD^r¯gN SFfg^5\p^TZRN*W�NqW�Un[I^ MOihNPZDdhPRU `&®NQMgkgf N[ZL"P�U���Ug[7v

µw¶?·m¸º¹D»j¼w¹j¼[½[»j¾b·M¸º¹F½�¿jÀP¸ºÁTÂ�Ã�ÀR»jÄ(À[Å�ÆjÇ�È�ÆÊÉÌËÊÇD½PÂ͸ºÀRÁu½wÎ�ÆÊÁ1¹jÂ͸ºÂjÏ Âj¼ÀPÅ~ÆÍÁTÅgÀR»jÐ�½PÂ͸º¾w¹F½[Á1ÑMÉDÏ1ÂjÀRÐ�½PÂ͸º¾o¹È�¼w¹j¼[½[»j¾b·�ÒbÓ&ÆjÇDÈ�ÉËÊÇ�½[Â͸ºÀrÁ�½´Î�ÆÍÁ ¹jÂ͸ºÂjÏ1Âj¼MÀ[Å�ÉDÔr»jÀRÁ1ÀRÐ|¸º¾[½´Î*È�¼w¹j¼[½P»j¾=·�ÒbÓ?½PÁ Ñ3Âj·1¼ÖÕ2ÆÊ×ØÎh½PÙuÀR»=½PÂjÀr»jÚÛË&ÜÝ ¾oÀPκ¼MÞVÀ[κÚTÂj¼w¾=·1ÁT¸ºßTÏu¼[Òbà�¸ºÂ�Ã?½P¹Fáu½[»jÂ͸h½´Î²ÎºÚ¹jÏ á1áuÀR»jÂj¼wÑYÙTÚ5Âj· ¼Fâ�È Ý â�Ôr»=½[ÁTÂ�Ç?À1ã?ä[åRærç[è1ãéRêHë ìpí}î&ïºð1ñ&ò�ó5ô!î&í&õ÷ö}ø1ð!ùpúbû�üDújê�ýbüþíVøuÿ��&ö�� øuí��2î ð ù��!ý������� ��&ö���ñ&ö&ó����������Vî�� ømö��

Page 4: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

����������� ������������������������������ ����� �! �#"$����%&������"����(')���*��",+�- ��� .0/1����-2�3����.#� %����4�5. ",��6 -7�98

:8�[�F�����<; �[���Y�>=�l���

����������x���UhS[knfhN i S Ugf P=`Rs��Ug[+^ MOihN�W�N#? U1fOf S NR^ f7@BA jDCFEx � Nq��ahN[Z�iV^ri � NmW�NHGIx��hPw^ i S N

^ i W� �JI ®� S U fON*L U1fhiu`RNmSbahihMgknfhN shlhjnjmsFAx L�^Tfg^ M]ZRNR^ fr� NmW�NHGYx � Po^ i S N��x [+^ M]fJK�L"MONQPRP�N v ��M S UhW�N [\NDL�MOihP�Mg^2v c P�"N[fJKEBErxwn jrqÍxMEgl2v oFE&vNCgo2v Cnl�V^�G�KEBE xon jRqÍxMEgl2v oBE&vNCFE&v EFO

PRQTSVUXW(YVZ 9\[R[^]

KML?N[OrQTSpUmOXkN W�NPZ S PRMh\ NY^3ihN[_<[\N[`bahUhW�UTcDd P�UhS N[ZbZ�MOi&e3ZRM [3M]f°^ P�M]`jiYknfhNQPRM NPZqUTc�^�dhPRU `RNQM Sq[ f&f]`RMhd2f N�^mf M]enih[\NQiu`_�Mh`ba7^MZRN[`(n W&^m`o^m\p^TZRNRq�UTcDdhPRU `RNQMOi3Z�NRknfhN i S N[Zrs"UgPFZRMO[\M]fg^ P�M]`jiMknfhNQP�MON[Z�Umc�^MdhPRU `RNQMOi3Z�NRknfhN i S NY_�M]`ba^YZRN[`qUmc�dhPRU `RNQMOi{^mf M]enih[\NQiu`bZRv�XkN f&ZRNY^\PRN[dhPRN[Z�NQiu`w^T`�MOUni�UTc [ f&f]`�M]d&fON�^TfOM]egih[3NQiu`=Z�^mZ�^TfOM]egih[3NQiu`jxegPo^md&a&Zrv � Un[Ydp^ P�M]Z�Uni&Z�_�M]`=a5W�MzyZNQP�NQiu`\Swfg^mZ=Z�M S[^mf�[\N[`bahUhWuZ MhZ [+^gW�N1vk��ahM]Z*i N[_ [3N[`=a UXW�^Tf]fOUT_�Z`=ahN*WXN[`�NmS´`�MOUgirUmc?Z�f&\&`bfON�Z�MO[\M]fg^ PRM]`�MON[Z?_�ahM Sba3^ PRNqihU `�c Ugfhi W�\ui+`=ahN U `=a NQP[3N[`=ahUhWuZrv �j`�ap^mZ�W�MOPRNmSw`^Td&d&fOM S[^m`�MOUgi&ZHc UnPDZRM [3M]f°^ P�M]`�MON[Z�kgf NQP=i�MOi&eM_�M]`=a�`=ahN*W2^T`o^m\p^TZRN�UTc~d P�U `RNQMOirW�Ug[+^ MOi&Z L"PRU ��Ug['v

_ ` �������Y���Y���~�[�¥�a�b�ced5fgd�ceh<i(ced�ckjmlXfnd�ceh<o�l�j(p�c�qrd�qtsXu(qts�v�j�wmcelxcBuVy#b�jmz{j}|~j(im��z�cep�b�j�u�s�fF|�|rj�h�p�b�c�uRcepxcBv�p�qrjmd�j��s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs�p�j�s�cB�m��ced�v�cBs�h#b�jRs�cXo�lxjmo�cel�pHq~cBs�f�l�c{��d�uRcelDsHp�j^j�uV����q~d�u(qrd�i�sH��v�b�f�s�qrz q�|�f}l�qrp�����cep�h3cecedfgd�ceh<o�l�j(p�c�qrd�f}d�u�f�s�cB�m��ced�v�c�qrd�f�o�lxjmp�c�qrd5u�f�p�f���fms�c�j���pxced�i�qrwmcBs�qrz{o�jmlxpDf�dRp qrd�s�qrimb^p�s�q~dRp�j�p�b�c�J��d�v�p�qrjmd�fF|My�z{cepDf}��j�|�qtv�y�jml�s�p�l���v�px��lDfF|�o�l�jmo,cel�p�qrcBs�j}��p�b�c{d�ceh�o�l�jmp�c�qrd�>��q~z�q�|tf�lHq~pHq~cBs�s�cBf�lDvxbRqrd�ikp�jRj�|tsf�l�c�p�b�cel�c��Jjml�c�j���iml�cBf}p3qrz{o�jmlxpDf�d�v�c��Jjml#�Rqrj�|rjmi}q�sHpDse�3a�c�zXf� mc4qrd�p�bRqts3qrdRp�l�j�uR��v�p�qrjmd�f ��l�qrc���l�cew(qrceh�j��p�b�c�zXfFqrdkfF|�qrimd�z{cedRp¡fF|rimj(l�qrp�b�zXse¢�h3c�uRcBs�v�lHq~�,c p�b�ced£p�b�c�j(��¤�cBv�pHq~w(cBs3j��¥jm��l d�ceh¦fF|rimj(l�qrp�b�zk�d§Rd ¨�©MªF«m¬­m©�®�¯T° ±£¯T®(²�³­m¬´¶µ�·¸ jmz{j�|rjmi�qrcBs>z{cep�b�j�u�s£l�c�|r��jmd�p�b�c�s�f}z{c�o�l�qrd�vxq~oR|rcBs�h b�ced�b�f�d�u(|�qrd�i1¹�º#»¼s�cB�(��ced�v�cBskj(l£o�l�jmp�c�qrds�cB�(��ced�v�cBsey�fF|ro�b�f��,cep�s�qr½ec���c�qrd�i�¾���j(l¿¹�º »Àf�d�u�ÁmÂg��j(l£o�l�jmp�c�qrd�se¢�b�j�h�cew(celBy#c�ÿvxqrcedRp�s�qrz q�|tf�l�qrp��zXf�pxl�qtv�cBs7f}l�cXfFw\fFq�|tf��R|rc��Jjml�o�l�jmp�c�qrd�se¢*p�b�ce��z{cBfmsH��l�c{p�b�c{o�lxjm��f��Rq�|�q~p���j��Äs�����s�p�qrp���pHq~j(d�j��Äf�d�f�z qrd�jmÅfmvxqtu��R��f�d�jmp�b�cel jmd�ckuR��l�qrd�i��Rqrj�|rjmi�qtvefF|�cewmj�|r��p�qrjmd¢3p�b�cel�c�qts�d�j�u(q~lxcBv�pXcB�(�Rqrw\fF|rced�v�c���j(lX¹�º#» ��a�cv�jmd�s�qtuRcel4�Jl�jmzÆd�j�h�jmd£jmdR|r�£o�l�j(p�c�qrd�se�Ç ¶?·m¸º¹D»j¼w¹j¼[½[»j¾b·M¸º¹F½�¿jÀP¸ºÁTÂ�Ã�ÀR»jÄ(À[Å�ÆjÇ�È�ÆÊÉÌËÊÇD½PÂ͸ºÀRÁu½wÎ�ÆÊÁ1¹jÂ͸ºÂjÏ Âj¼ÀPÅ~ÆÍÁTÅgÀR»jÐ�½PÂ͸º¾w¹F½[Á1ÑMÉDÏ1ÂjÀRÐ�½PÂ͸º¾o¹È�¼w¹j¼[½[»j¾b·�ÒbÓ&ÆjÇDÈ�ÉËÊÇ�½[Â͸ºÀrÁ�½´Î�ÆÍÁ ¹jÂ͸ºÂjÏ1Âj¼MÀ[Å�ÉDÔr»jÀRÁ1ÀRÐ|¸º¾[½´Î*È�¼w¹j¼[½P»j¾=·�ÒbÓ?½PÁ Ñ3Âj·1¼�Îh½PÙuÀR»=½PÂjÀR»jÚ#Õ2ÆÊ×�Ë ÜÝ ¾oÀPκ¼MÞVÀ[κÚTÂj¼w¾=·1ÁT¸ºßTÏu¼[Òbà�¸ºÂ�Ã?½P¹Fáu½[»jÂ͸h½´Î²ÎºÚ¹jÏ á1áuÀR»jÂj¼wÑYÙTÚ5Âj· ¼Fâ�È Ý â�Ôr»=½[ÁTÂ�Ç?À1ã?ä[åRærç[è1ã

È

Page 5: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

���������� ������ ����� ������������������! "�� $#%���a�c�l�c��Jcel3p�j�a�f�p�cel�zXf}dX�,j^jm '& ÁmÂ)(,��jml3f uRcepDfFq�|rcBu�qrd^pxl�j�uR��v�pHq~j(d£p�j{fF|�q~i(d�z{ced^p q�sxs���cBse¢Rh3cÄl�cBsHpDf�p�c4b�cel�cp�b�c�zXfFqrdkuRc�*�dRqrp�qrjmd�se�+3fms�q�vef\|�|r�myVjmd�c�b�f(s3p�jXv�jmz�o�f�l�c�p�h3j�o�l�jmpxc�q�v�s�cB�(��ced�v�cBsey

,"-.,�/�010)02,4365�-7,�3�89:-;9%/!010)0<9)365�-;9)3�8h b�cel�c ,�= f�d�u 9�> f}l�c�f�z qrd�j^fmvxqtu�se�agc�v�jmd�s�qtuRcel�f{s�qrz q�|tf�l�qrp��£zXf�p�lHq@?�A i�qrw(q~d�i��Jjml#cBfmvxb£o�fFqrlÄj}�*f�z�q~d�jRfmvxqtu�sCB2D =78 D >�E f{sxv�jml�c�w\f\|~��cmyh3qrp�b�p�b�c�d�jmpDf�pHq~j(d�F�D =G8 D > F@HIA =J> ¢�p�bRqts4s�v�jml�c qts#bRqrimb>��j(l s�q~z�q�|tf�l�f}z qrd�j^fmvxqtu�sÄf}d�u�|~j�h��Jjml#u(qts�s�qrz q�|tf�ljmd�cBse�LKJ��M = qts3p�b�c�o�lxjm��f��Rq�|�q~p��£j���p�b�c�f�z�q~d�jRfmvxqtuND = y�h3c�fmsxs���z{c�p�b�f�p

O�B�F�D =�8 D > F E HQP =R > M = M > F�D =78 D > FTS  0U�cep�b�j�u�s{fF|�|rj�h3qrd�i�qrd�s�celxp�qrjmd�ÅMuRc�|rcep�qrjmd�s�BJqrd�uRc�|ts���jml�s�b�jml�p E fmsxs���z{ckfF|ts�j�f�o,ced�fF|rp���iRf�oWVXS<Â�¢

z{jmlxcÄfmuRw\f}d�v�cBu{z{cepxb�j�u�s�uRc�*�d�c�f�o,ced�fF|rp���V - �Jjml�i^f�o�jmo�cedRqrd�i{f�d�u{f4o,ced�fF|rp���V / �Jjml�i^f�o�c�?�p�ced�s�q~j(d�se�Y b�jRj^s�qrd�iZVNH\[¼qts cB�m�Rqrw�fF|rced^p�p�j��Jjml��Rqtu�qrd�uRc�|tse�»4d�f\|�qrimd�z�ced^p qts�f{s�cB�(��ced�v�c7j}� o�fFqrlDs]B2^`_ 8Ga _ E y�h3qrp�b'bcH� 010)0ed yVfms�sHj�vxqtf�p�cBu>h3qrp�b�f�s�v�jml�cgf�y�s���vxbp�b�f�p

B2^ _ih -j8<a _ih -7E HlkmnmoB7^ _�p È 8Ga _�p È E d�j�qrd�uRc�|�sqf p HQF�D =�rts%uj8 D >7rts%u FB7^ _ 8<a _�p È E uRc�|M�*q~dv? fxwZHyVB7^ _�p È 8Ga _ E uRc�|M�*q~d�� fxwZHyV

z b�c#��cBs�p#fF|�qrimd�z{cedRp3j��Tpxb�c¡s�cB�(��ced�v�cBs|{ , =`} f�d�uZ{ 9 >~} qts�p�b�c�s�cB�(��ced�v�c�B7^�_ 8<a _ E h3qrp�b�p�b�c#�,cBs�p�sxv�jml�c��� z b�c£jml�qri�qrd�fF|Äz{cepxb�j�ug�Jjml{fF|�qrimd�z{cedRp{j���p�h3j�s�cB�m��ced�v�cBs�h3qrp�b�qrd�uRc�|ts�imjRcBs���f(v� �p�j�º#cecBu(|rcezXf}df�d�u�a���d�sxv�b�& È)� (�h#b�j zXf� mc4��s�c�j�� uR�Rd�f�z qtv o�l�jmimlDf}z{z qrd�i���z3b�c�zXf}¤�jml*qrz{o�l�j�wmcez{cedRp#v�jmz{cBs¶�Jl�jmz��cBf�lDsHjmd�f�d�uW�,qro�zXf�d�& È%� (3h3qrp�b��R»���z» ¢��R»���z» s�o�cecBu�s���o�p�b�cks�cBf}lDv�b��R����s�c�j��¡f�b�f(s�b�pDf��R|rcj���s�zXfF|�|#h3jmlDu�s�j���jmd�c£j��Äpxb�c£p�h3j�s�cB�m��ced�v�cBs ��¹4�^d�f}z qtv�o�l�jmimlDf}z{z qrd�i�q�s�jmdR|r��uRjmd�c���j(l7i(cep�p�qrd�ip�b�jmlxjm��imbkfF|�qrimd�z{cedRpDs j�� o�lHq~z�f�l��£fF|�q~i(d�z{ced^p�s#l�cBf(v�bRqrd�iXf bRqrimb�s�v�jml�cm�

a�b�ced>��jmlx�Rq�u�u(qrd�i�qrd�uRc�|�s y$+��9»���z�& È (Vqts3o�l�jm��f}�R|~�£pxb�c�z{j^s�p#o,jmo��R|tf�l4z{cep�b�j�uV� Y jmd�s�qtuRcel�qrd�i�jmd�cj��¥pxb�c�s�cB�m��ced�v�cBs fms¶p�b�c¡�(��cel��my�f}d�u{p�b�c�j(p�b�cel#fms¶p�b�cÄp�f�l�imcepBy}��j(l�cBf(v�b£s�zXfF|�|h3jmlDu�h3qrp�b£f�i}q~w(cedks�qr½ecBMp��RoRq�vef\|�|r�N��jml¶¾ E j��¥p�b�c��m��celx�my�f�dR�Xs�zXfF|�|h3jmlDu j}� s�f�z{c�s�qr½ec�h3qrp�bkf s�v�jmlxcÄ�Rqrimimcel3p�b�f}dkf�p�b�l�cBsHb�j�|tus�v�jmlxc���qts�qrd�s�celxp�cBu�qrd¿f4z �R|rp�qrÅMs�p�lHq~d�i f���p�jmz�f�p�jmdy�h3qrp�b�f4o�j�qrdRp�cel���fmvx  p�j�p�b�c#j(l�qri�qrd�fF|Ts�zXfF|�|Vh�j(lDu�j��p�b�c3�m��cel��m���#d�v�c3���Rq�|rpBymp�b�c¶z �R|~pHq~ÅMsHp�l�qrd�i�f���p�jmz�f�p�jmd qts�l���d�h3qrp�b�p�b�c�p�f�l�imcep¥sHcB�m��ced�v�c#fms9qrd�o���p�s�p�l�qrd�i�¢�Jjml�cBfmvxb zXf�pDvxbymj(l�bRq~pFy^v�jml�lxcBs�o�jmd�u(qrd�i p�j�f o�fFqrl�j��,q~d�u(qtv�cBs�B7^ 8<a�E �Jjml�p�b�c p�h3j�s�cB�(��ced�v�cBs|B.{ ,4= } 8 { 9j> } E yc�?�p�ced�s�qrjmd�BMh3qrp�b�jm��p4qrd�uRc�| E qts�o,cel��Jjml�z{cBu�|rc��Jp�f�d�u�l�qrimbRp4�Jl�jmz p�b�c bRqrp�o,j^s�qrp�qrjmd���!?�p�ced�s�qrjmdnq�s�uRjmd�cfms¶|rjmd�i�fms3p�b�c�s�v�j(l�c4qtsÄf��,j�wmcĽecelxj�¢�p�b�c�l�cBv�j(lDu£s�v�jml�c�f}d�u£v�jml�l�cBs�o,jmd�u(qrd�iXo,j^s�qrp�qrjmd�s4f�l�c�z{cez�jml�qr½ecBuV��#d�c�fmuRw�f�d^p�f�imc3j���+c�V»���z qts�p�b�cÄsHj�|�q�u�o�l�jm��f��Rq�|�qts�p�qtv4�JlDf�z{ceh3jmlx �& È �)($& È ¾%(�& È1� (�i�qrwmqrd�i p�b�cÄ�(��fF|�qrp��j���f�dkfF|�qrimd�z{cedRpB��������� �� $���1�����������! "�� �#%�'���i��$ !���� ��a�c4p���l�d{d�j�h�p�j�p�b�c#z{j(l�c3imced�celDfF|Vo�l�jm�R|rcezÆj��9s�cBf}lDv�bRqrd�i{s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs3j��¥f4z �R|rp�qroR|rc�fF|�q~i(d�z{ced^p�BMz �R|rÅp�qtfF|�qrimd�z{cedRp4��j(l sHb�jml�p E h3qrp�b�f{s�cep#j���s�cB�(��ced�v�cBsey�jml j��*f�s�cB�m��ced�v�c�h3qrp�b�f�s�cep#j��¥z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse�agc ��j�v���s�j(dn�(��cBs�p�qrjmd�s�f�l�qts�qrd�i�h#b�ced�p�b�c z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs f�l�cXfF|rl�cBf(uR��j(��pDfFqrd�cBuVy¥f�d�uguRjkd�jmpv�jmd�s�qtuRcel�p�b�celxc���jmlxcÄp�b�c u(qt�9celxced^p#z�cep�b�j�u�s �Jjml3���Rq�|tu(qrd�ikz �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse�

Page 6: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

agcÄl�cew(qrceh���l�qrc����{b�cel�c4p�b�cÄp�h3j�zXfFqrd�z{cep�b�j�u�s3v���l�l�cedRp�|r�{��s�cBu�q~d£pxbRq�s¶o,celDs�o�cBv�pHq~w(cmy�o�l�j%*�|rcBs3f�d�u�R|rj�vx �se�

»�z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�j}��� s�cB�(��ced�v�cBsj}�^|rced�imp�b s�zXfF|�|rcel�p�b�f�d��(zXfF�Ä�,c�wmqrceh3cBu�fms�f3p�h�j(ÅMu(q~z�ced�s�qrjmd�d�fF|f�l�l�fB��� =R y�h3qrp�b�^!H È 01010 ��f�d�u d H È 01010 �¥� �mjmz{c�c�|rcez{cedRpDs#j}� p�b�c�f}l�lDfF�{zXfF�{�,c�i^f�okvxb�f�lDf(v�p�celDse�»�o�lxj%*�|rc & � (c&�)(�v�jmd�s�qtuRcelDs4p�b�c f�z qrd�j^fmvxqtu�s4o�l�cBs�cedRp q~d�f�v�j�|r��z{d�j���p�b�c z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpB¢,qrd�p�b�cz{jmlxc#d�fFqrwmc#wmcel�s�qrjmd{j��o�l�j%*�|rcBsey}��j(l�f|*�?�cBu qrd�uRc�? ^Vj}�9pxb�cÄs�cB�(��ced�v�cÄj��v�j�|r��z{d�sey�f�sxv�jml�c¶qts�v�j(z{o���p�cBu�Jjml#cBfmvxbkf�z qrd�j^fmvxqtu'D > �R�£fBw(celDf�i�qrd�i{p�b�c�sxv�jml�c�j�� D > h3qrp�b�p�b�c�f�z qrd�j^f(vxq�u�s o�l�cBs�cedRp q~d�v�j�|r��z{dx^x�»�uR�^d�f}z qtv#o�l�j(imlDf�z{z�q~d�i�z�cep�b�j�u qts���sHcBu p�j�fF|�qrimd{p�b�c o�l�j%*�|rcÄf�d�u pxb�c sHcB�m��ced�v�cmyRh3qrp�b{pxb�c sxf�z{co�l�qrd�vxqroR|rc{j���fmu�u(qrp�qrwmc7s�v�j(l�cBs#fms3��sHcBu£p�jXf\|�qrimd�p�h�j{s�cB�(��ced�v�cBse�

¹ qt�cel�cedRp#h3c�qrimb^pHq~d�i£s�vxb�cez{cBs4f�l�c�o�l�jmo,j^s�cBu>�^� �Äl�qr��s� (j\w£f�d�u������$&��)(My,s���v�b�fms3h3c�qrimbRp�cBu£fFwmcelDf�imcjml3|rjmiRf�l�qrp�b�z qtv�h3c�qrimbRp�qrd�i��z h�j�zXfFqrd�f�o�oR|�qtvef�p�qrjmd�s�f�l�c{uRcel�qrwmcBu��Jl�jmz0o�l�j%*�|rcBs������|�Ä�!K2�$� ����»�� Y ¸Æs�cBf�lDvxb�cBs ��j(l¡s�qrz q�|tf�l�qrÅp�qrcBs�j}��f{z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp�h3qrp�b�f£s�cep4j�� sHcB�m��ced�v�cBse¢!���|�Ä�!K2���3� Y »�ºÆs�cBf�lDvxb�cBs3�Jjml�s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs�j���fs�cB�(��ced�v�c h3qrp�bkf{s�cep#j}� o�l�j~*�|~cBs �z b�c{o�l�jmp�c�qrd��R|rj�vx �s�z{cepxb�j�u�& È Â)(�v�jmz{cBs qrd *�|�qtf�pHq~j(d�j��#o�l�j~*�|~cBs��{f£�R|rj�vx �qts f£s�b�jml�p���d�i^f�o�o,cBuo�l�j%*�|rcm��zj£f��Mf�z q�|r�kj���b�jmz�j�|rjmimjm��s4o�l�j(p�c�qrd�s�v�jml�l�cBs�o,jmd�u�s�f�d�jmlDuRcelxcBu�sHcepÄj����R|rj�v� �s�sHceo�f�lDf�p�cBu>�^���d�fF|�qrimd�cBu$l�cei�qrjmd�se����l�j(z f\|�|#p�b�c��Mf�z q�|�qrcBs{j}�Äo�l�jmp�c�qrd�sey �mp�cewmced�f�d�u���j(l�i^f�¸#cedRqr mj~�5b�fFwmc£���Rq�|rpXfu�f�pDf}��fms�c{j��#�R|rj�v� �se¢�p�b�c�jmlDuRcel�l�c�|tf�p�qrjmdgqrd�uR��v�cBs{fks�pxl���v�p���l�c{j}� u(qrl�cBv�pxcBu�iml�f�o�b�jmd�pxbRq�s u�f�p�f���fms�cm¢p�b�c{uRcep�cBv�p�qrjmd�j���f�s�qrz q�|�f}l�qrp����,cep�h3ceced�f{o�l�j(p�c�qrdnf}d�ukf�o�l�jmp�c�qrd�� f}z q�|~�>qtsÄvxb�f�lDfmv�pxcel�qr½ecBuk�R�kf�o�f�p�bqrdkp�bRqts imlDf�o�b�d§ ` ���! #",®R«m©%$&",ª�#��l#zXf\q~d�z{jmpHq~w�f�p�qrjmd�qts�pxj�o�l�j�w(q�uRc�f z{cep�b�j�u �Jjml3s�qrz q�|�f}l�qrp��£s�cBf�l�v�b�j��o�l�jmp�c�qrd�s3s�cB�(��ced�v�cBs3h3qrp�b�p�b�cu�f�pDf}��fms�c�j}�Tz �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�s ��lxj^¹4jmzXB2�*l�jmp�c�qrd ¹4jmzXfFqrd�cel E - ¢mp�b�c*|�f(s�p�wmcelDs�qrjmd�s�j}� ��l�j^¹4j(z1v�jmdRpDfFqrd�sz{jmlxc�p�b�f�d � ÂmÂ(Â�pxl���c�z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^pDs�v�j(d^pDf\q~dRqrd�i�z{jml�c�pxb�f�d£p�h�j{s�cB�(��ced�v�cBse�

��qrd�v�c�p�b�c *�lDs�p�v�jmd�sHp�l���v�p�qrjmd�j�����l�j^¹4j(zkyTs�q~z�q�|tf�lHq~p���sHcBf�lDvxb�h q~pxb �*l�j^¹4jmz0b�fFwmc ��ceced�uRjmd�c �^�s�cBf�l�v�bRqrd�i£s�qrz q�|�f}l�qrp�qrcBs4h3qrp�b�f{u�f}pDf���fms�c�j}� v�jmd�s�ced�s���s4s�cB�(��ced�v�cBs#j}� p�b�c�z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse�

agc�zXfmuRc{f�d�f�p�p�cez�o�p#h3qrp�b���d�i^f�o�o,cBu�f}d�uk��dRh3c�qrimb^pxcBu£o�l�j%*�|rcBs�fms l�ceo�l�cBsHced^pDf}p�qrjmdkj���pxb�c7z �R|rÅp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse¢3p�b�c�l�cBs��R|rpDs�jm��pDfFqrd�cBuVy�h#b�ced�v�j(z{o�f�l�qrd�i�h3qrp�b�s�qrz q�|�f}l�qrp���sHcBf�lDvxb�h3qrp�b�v�jmd�s�ced�sH��s{s�ceÅ�(��ced�v�cBseyTu(qtu�d�jmp3i�qrwmc f{vx|rcBf�lÄfmuRw�f�d^p�f�imc�p�j{pxb�c�o�l�j%*�|rcBse�

agc�pxb�cel�c���j(l�c�h3jml� (cBu�jm��p�f4v�jmz{oR|rcep�c#d�ceh�f}o�o�l�j^fmvxbymv�b�f}lDfmv�p�cel�qr½ecBu��R����s�c3j��TfF|�qrimd�z{cedRp�i(lDf�o�b�se�z3b�c3s�v�jmo�c3j���p�bRqts�o�f�o�cel�qtsp�b�c3uRcBs�v�l�qro�p�qrjmd j���p�bRqts�f�o�o�l�j^f(v�by�f�d�u�v�j(z{o�f�l�qts�jmd�s9h3qrp�b�l�cBsH�R|~p�sjm��p�fFqrd�cBuh3qrp�b ��dRh�c�qrimbRp�cBu�jml�h3c�q~i(b^p�cBu�v�jmd�s�ced�s���s ymh3qrp�b���d^h3c�qrimbRp�cBu�jml¥h3c�qrimbRp�cBu�o�l�j%*�|rcBseymf�d�u�h3qrp�b�p�b�c3d�fFqrwmcz{cep�b�j�u£j}�(')�Tf}p sHcB�m��ced�v�cBs*'��

»�s��Mf�l{fms p�bRqts h3jmlx �b�fms���ceced�fmuRw\f�d�v�cBuVy3iRf�o�s�b�fBw(c£d�jmp ��ceced�p�f� mced�qrd�v�jmd�s�qtuRcelDf�pHq~j(d�sey#f�d�uv�jmz{o�f}l�qts�jmd�s4f�l�c�uRjmd�c�h3qrp�b���d�i^f�o�o,cBu£z{cep�b�j�uV¢�h3c4qrd^pxced�u£p�j{b�f}d�u(|~c�i^f�o�s¶qrd>����p���lxc�h�j(l� T�z b�c#�Rqrj�|rjmi�qtvefF|�qrdRp��Rqrp�qrjmd���d�uRcel�|r�mqrd�i{jm��l�f}o�o�l�j^fmvxb{l�c�|�qrcBs¶��o�jmd{pxb�c#b^�Ro�j(p�b�cBs�qts�p�b�f}p�p�b�c#w\f}l�qtf��R|rcs�����s�cB�(��ced�v�cBs4v�jmz{o�jRs�qrd�i{p�b�c�o�jRjml�|r�£v�jmd�s�cel�w(cBu{o�f�lxpDs¶j�� f�z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^p4b�fFwmcÄh3cBf� (cel�s�p�lx��v�p���lDfF|v�jmd�s�pxlDfFqrd^p�sÄf�d�u>zXfF�XlxcBv�jmz �Rq~d�c{f�lxjm��d�u£fXsH mc�|rcep�jmdk���Rq�|rp�j�wmcel#p�b�c�h3c�|�|rÅMv�jmd�sHcel�wmcBu�o�f�l�pDs j���f{z �R|rÅp�qtfF|�qrimd�z{cedRpB�z bRq�s f�o�o�lxj^fmvxb�|rcBfmu�s�p�j�p�b�c¿v�j(d�s�p�l���v�p�qrjmd�j��¡s�q~z�oR|~c£i(lDf�o�b�s�pxb�f�p�h3c£vefF|�| » |�qrimd�z{cedRp�Å+�ÄlDf}o�b�se¢fms h q~pxb�o�l�j%*�|rcBsey¶p�bRqts »#|�qrimd�z{cedRp�Å+�4lDf�o�b5f}o�o�l�j^fmvxb�b�f(s p�h�j�f�o�oR|�qtvef�p�qrjmd�s���s�qrz q�|tf�l�qrp���s�cBf�lDvxb�j}�¡fs�cB�(��ced�v�c{h3qrp�b�f£u�f�pDf}��fms�c�j}��z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDsey�h#bRqtv�bgh f(s#jm��l4jml�qri�qrd�fF|�i(j^fF|My�j(l¡s�qrz q�|tf�l�qrp���s�cBf�lDvxbj���f z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�h q~pxbkf{u�f�pDf���f(s�c�j���s�cB�m��ced�v�cBs �

agcÄd�f�z�c +*|�f(s�pjU��R|rp�»#|p�b�c4s�j��Jp�h#f�lxc f(s�s�j�vxq�f}p�cBu{h q~pxbXp�bRqts*z{cep�b�j�uVy^h bRq�vxb£l�ce��s�cBs¶s�jmz{c �JcBf�p���l�cBsj�� +*|�f(s�pB�µ+, ¼wÙ�-DÈHÕY¼wÁTÂj»jÚÅgÀr»DÞ!»jÀ�.HÀRÐ̸º¹?·TÂjÂjá�/1020Pá »jÀrÂj¼b¸ºÁ&ã ÂjÀrÏTκÀrÏu¹j¼rã ¸ºÁu»=½Tã Åg»30[á1»jÀTÑ ÀTÐ(ã ·TÂjÐ|Î

Page 7: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� ���[�[£¥�+����������~�5�3�Y���(�Y�����|����:Ø��H�$�����H�Y�Y�`¥§Rd � $&",­ $�©3"���¬���«��"� "�«��¬�·»�s3h3qrp�bkpxb�c��R|~j�vx ¿f�o�o�lxj^fmvxby�h3c¡v�jmd�s�q�uRcel4p�b�f�p p�b�c�h3c�|�|rÅMv�jmd�sHcel�wmcBukf}d�u£fF|�q~i(d�cBu£l�cei�qrjmd�s4f�l�c¶¤�j�qrd�cBu�R�7pxb�c�d�j(d�ÅMv�jmd�s�cel�wmcBu�l�cei�qrjmd�se¢(����pBy�qrdXf�s�jmz{ceh#b�f}p v�jmz�oR|~cez�ced^pDf}l�� h fF��p�j�pxb�f�p�f�o�o�l�j^f(v�by�h3c3pDf� mcp�b�c£v�jmd�s�ced�s���s�j��#p�b�c�h3c�|�|~ÅMv�j(d�s�cel�wmcBugl�cei�qrjmd�s f�d�ugl�ceoR|tfmv�c�p�b�cXd�j(d�ÅMv�jmd�s�cel�wmcBugl�cei�qrjmd�s �^�go�f�lDfF|�|rc�|s�����s�cB�(��ced�v�cBse¢¶h#b�ced�c�?�p�ced�u(qrd�i�f>o�f�p�b�j}� s�qrz q�|tf�l�qrp���h q~pxb f£�(��cel���s�cB�(��ced�v�cmy�f�d�unimj�qrd�i�p�b�l�jm��imbf�d�jmd�ÅMv�jmd�sHcel�wmcBu�l�cei}q~j(dyp�bRqts�j(d�c{j���pxb�c7o�f}lDfF|�|rc�| s�cB�(��ced�v�cBs�j��3p�b�c{l�cei}q~j(d�zXf�pDvxbRqrd�i£p�b�c ��cBs�p�p�b�c�(��cel��£h3q�|�| �,c7s�c�|rcBv�p�cBuV�

agcXuRcBs�v�l�qr��c�qrd sHcBv�p�qrjmd�Á�� Á�� È b�j�h�h�c{u(qts�v�l�qrz qrd�f�pxc£��cep�h3ceced�v�jmd�s�cel�w(cBu�jml�d�jmd�v�j(d�s�cel�wmcBu�o,jmÅs�qrp�qrjmd�s p�j£���Rq�|�u�v�jmd�s�celxwmcBu�l�cei�qrjmd�se¢�h�c u(qts�v���s�s fF|ts�j£b�ce��l�qts�p�qtves�v�b�j�qtv�cBs zXfmuRc p�j� mceceo�p�b�c z{cep�b�j�uc�ÿvxqrcedRp¡f�d�u>p�j{fFwmj�qtu�d�j�qts��£bRqrpDse�

agc�uRc�*�d�c7pxb�c�»#|�qrimd�z{cedRp�Å+�Äl�f�o�bkj���f z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp#qrdkpxb�c��Jj�|�|~j�h3qrd�i qrdRp��Rqrp�qrwmc h#fB� �� KMd£f�*�lDs�p3s�p�ceoyRh3cÄuRc�*�d�c�v�jmd�s�cel�wmcBu�l�cei�qrjmd�s3f�d�u�pDf� mc#pxb�c� ����������������¶j��p�b�cBs�c#l�cei}q~j(d�se¢Rh�c h3q�|�|s�o�cBf� £j}�� ����������������������! "����� �Jjml3p�b�cBs�c�lxcei�qrjmd�se�� a�c�vefF|�| f$#���%��� �&£f{s�����s�cB�(��ced�v�c7sHo�f�d�dRqrd�i¿f�h#b�j�|rc�d�jmd�ÅMv�j(d�s�cel�wmcBu>l�cei�qrjmd�se¢�h3c4h3q�|�|*s�o,cBf� �j��#���%��� �&$�����! "�����JjmlÄf�d�jmd�v�jmd�s�cel�w(cBu�l�cei�qrjmd�

� �!?�p�l�cez qrp�qrcBs¶j��¥��lDf}d�v�b�cBs3f�l�c4v�jmd�d�cBv�p�cBu�p�j�p�b�c¡v�j(d^p�qrim��j(��s�v�j(d�s�ced�s���s#s�cB�(��ced�v�cBs3h3qrp�b�l�cBs�o,cBv�pp�j{p�b�c�jml�uRcel�qrd�i{j���p�b�c�z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpB�

' '(()+*-,-.�/�0213/�4

)+*-,-.�/�0213/�4657.�89)+:�;

<>=�1?86@�5BAC1+<>=�1?/EDF1

GHG�G�G�I�I�I�I�I>I�G�G>G�G�G>GHG>G�J�J>J�J>G>G�G>G�G�G>GKHK�K�K>I�I�I�I�I>I�K�K>K�K�K>KHK>K�L�L>L�L�K>K�K>K�K�K>K

MHM�M�M>I�I�I�I�I>I�M�M>M�M�M>MHM>M�L�L>L�L�M>M�M>M�M�M>M

MHM�M�M M�M�M�M�M�M�MHM M�M�M�M�M�M�M

KHK�K�K K�K�K�K�K�K�KHK K�K�K�K�K�K�KGHG�G�G�I�I�I�I�I>I�G�G>G�G�G>GHG>G�L�L>L�L>G>G�G>G�G�G>G

KHK�K�K>I�I�I�I�I>I�M�M>M�M�M>MHM>M�L�L>L�L>G>G�G>G�G�G>G

��qrim��l�c È ��»4dONQPR -�S��TU���WV�XFYQ��%>Z[&kf�d�u�f]\2���>V�XB^_%!V`&V¢^j(d£p�b�c�v�jmd�s�cel�w(cBu£l�cei�qrjmd�s BJqrd�s�j�|�qtu�|�qrd�cBs E yVj(dR|~�p�b�c�v�jmd�s�ced�s���s�qts� mceo�pB¢3o�f�lDf\|�|rc�|�cBuRimcBs y�jml���lDf�d�vxb�cBs{f�lxck mceo�p{j(d�p�b�c�d�jmd�ÅMv�jmd�s�cel�w(cBu�l�cei�qrjmd�svBJqrdu�fms�b�cBu�|�qrd�cBs E ¢,v�jmz �Rq~d�f}p�qrjmdXj}�9pxb�cBs�cÄ��l�f�d�v�b�cBs*qts#fF|�|rj�h3cBu{�R� p�b�c¡f\|~i(jml�qrp�b�zkyRo�l�j�uR��vxqrd�iXf��,cBs�p3o�f�p�bBJqrdk�,j�|tu�qrd£p�b�c4|rc��Jp#o�f�l�p#j}�¥p�b�c�*�im��l�c E ��º#j(p�cÄpxb�f�p3p�b�c�p�j��{c�?�f�z{oR|rc�j���p�b�c�l�qrimbRp�o�f}l�p#j��¥pxb�c�*�im��l�cv�jml�lxcBs�o�jmd�u�s¶p�j�c�?�fmv�p¶zXf�pDvxbRqrd�i�h#bRq�|rcÄj(��l�fF|rimjmlHq~pxb�z o�celH��jmlxzXs�fms�+*|tfms�p#f�o�o�lxj1?RqrzXf�p�c3zXf}pDv�bRqrd�i�y(�^���s�c�j��*f�s�qrz q�|�f}l�qrp��£z�f�p�l�qt?�

Page 8: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� Y jmd�s�qtuRcel�qrd�i4p�b�f�pp�b�celxc�q�s�d�j#i^f}o4q~d�p�b�c�z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^pFy^f�d %��T �+�� 9# PB� Z %!V`& q�s�p�b�c�v�jmd�vef}p�ced�f�Åp�qrjmdXj}��f}z qrd�j^fmvxqtu�s#f�p3v�jmd^pHq~i(��jm��s¶o�j^s�qrp�qrjmd�s y�h3qrp�b�p�b�cÄv�jmd�u(qrp�qrjmd£p�b�f}p�qrd�s�qtuRc�f�d�jmd�ÅMv�jmd�sHcel�wmcBul�cei�qrjmdy,jmd�v�c7f ��l�f�d�v�b>qts�s�c�|rcBv�p�cBuVyfF|�| f�z qrd�jmÅMf(vxq�u�s �Jjml#pxbRq�s l�cei�qrjmd�z ��s�pÄ�,c�|rjmd�iXpxjXp�b�c�sxf�z{c��lDf�d�vxb�

��qrim��lxc È s�b�j�hÄs�jmd�p�b�c�l�qrimbRp7s�qr½eckf£z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpBy3f�d�u�jmd�p�b�c�|~c��Jp{s�qr½ecXpxb�c¿v�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�is�vxb�cezXf�p�qtv »#|�qrimd�z{cedRp�Å+�Äl�f�o�b��¶�m�Rqro�o,cBu�h q~pxb�p�bRqts »#|�qrimd�z{cedRp�Å+�4lDf�o�by¶h3qrp�b5f�s�qrz q�|tf�l�qrp���zXf�p�lHq@? AÀy�f�d�u�h3qrp�b�f�d�f(u�u(q~pHq~w(cs�v�jmlHq~d�i£s�vxb�cez{cmy�h3c�vef�d�uRc�*�d�c�p�b�c�s�v�jml�c�j}� f�dkfmuRz qts�s�q~�R|rc o�f�p�b£j}�¥|rced�imp�b���h q~pxbkf{s�����s�cB�(��ced�v�c j��s�f�z�c3|rced�imp�b�j��¥f��(��cel��{s�cB�m��ced�v�cm� �#��l�lxcBs��R|rp�qrd�i�f\|�qrimd�z�ced^p3h3q�|�|��c#p�b�c�fmuRz qts�s�q~�R|rc�o�f�pxb{o�l�j�uR��vxq~d�ip�b�c�bRq~i(b�cBs�p¡sxv�jml�c�h3qrp�bkf{sH����s�cB�m��ced�v�c j���p�b�c��(��cel��£s�cB�m��ced�v�cm¢,h3c�vefF|�|¥p�bRqts o�f�p�bO\2���>V�XB^_%!V`&V�`¥§ ` � "�«�«m©Mµ¶³ «E� "1®�¬�µ�ª "�­ $!"�·0¯Tµ¶· µ�¬µ�� ®�¬�µ�ª "�­ $!"�·�­�",³©M¬�µ�ª ��­m¬ «��" �´¶°J«m©M¯V°�©M³µ��

",µ«� ��"��� �Z���� $��1��$ �������#%�"�I#6��� ������C#%�$ $������ ����1��� W�<���g� �� $���1����i��$ !���� ����!� �)��1��$ a�c�d�j\h�uRcBs�v�lHq~�,c b�j\h h�c�u(qts�v�lHq~z�q~d�f}p�c ��cep�h3cecedkv�jmd�s�cel�wmcBu�f�d�u�d�jmd�ÅMv�jmd�sHcel�wmcBu£o,j^s�qrp�qrjmd�s���Z���� $��1��$ $�� � q~w(ced�f�z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^p j�� ��s�cB�(��ced�v�cBs�j���|rced�impxb ��y,|rcep D = > �,c{p�b�c{f�z qrd�j^f(vxq�u�f�po�jRs�qrp�qrjmdx^ q~d£pxb�c�s�cB�m��ced�v�c a � �9cep F D���FR�,c�p�b�c �> ������ ��� �� 7T RP"%��� 6V��kj��¥p�h3j{f�z qrd�j^fmvxqtu�s�D�f�d�u�� q~d�p�b�cs�qrz q�|tf�l�qrp��kzXf}p�l�qt? AÀ���Vcep�� = ��c�p�b�c] ������������ ���Äf�z�q~d�j(ÅMfmvxqtu�f}p#o�j^s�q~pHq~j(dx^�y,s���v�b�p�b�f�p�� 3 ���- F D = � = F(qtszXf)?RqrzXfF|M� �Vcep � = ��c4p�b�c %��WV6 6 ����������������3f�z�q~d�j(ÅMfmvxqtuXf�p¶o�j^s�q~pHq~j(d ^xy^s���vxb{p�b�f�p�� 3 ���- F D =� � = F qts�z�q~dRqrzXf\| �a�c uRc�*�d�c7f$ �� ���$ � "��� V2���_ ����������! H%!V6 "���#" = f�p#o,j^s�qrp�qrjmdx^¶fms¶�Jj�|�|rj\h4s��

" = H �%$

� 3 ���- B F D =� � = F w F � = � = F EF � = � = F w�F � = � = F B È Ez b^��sey p�b�c�uRced�j(z qrd�f�p�jml£j���pxb�c£�JlDfmv�p�qrjmd�uRc�*�dRq~d�i&" = qts ��p�qrz{cBs�p�b�c�lDf�d�i(ckj���p�b�c�v�jmd�sHced�s���sf�z qrd�j^f(vxq�u qrd�pxb�cks�qrz q�|�f}l�qrp���z�f�p�l�qt?�I+¶� v�jmd�sHp�l���v�p�qrjmdy'" = h q�|�|���c�o�j^s�qrp�qrwmcmy#f}d�u��Jjml{f�o�cel��JcBv�p�|r�v�jmd�s�celxwmcBu£o,j^s�qrp�qrjmdy(" = H È �agc#p�b�cedXvxb�j^jRs�cÄf4p�b�l�cBsHb�j�|tu{w�fF|r��c*)"Vy(h#bRqtv�b�qts�v�jmd�s�p�f�d^p��Jjml�p�b�c z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpB�3¹4ceo�ced�u(qrd�i jmd

h#b�cep�b�cel4jml#d�j(p+"-,.)"Vy�h3c�s�fF�Xpxb�f�p3p�b�c�o�j^s�q~pHq~j(dkqts#v�j(d�s�cel�wmcBu>jml#d�jmpB��¹ qt�cel�cedRpÄs�p�lDf}p�cei�qrcBs3zXfF�{�,cfmuRjmo�pxcBu£h#b�ced�v�jmd�s�qtuRcel�qrd�ikf{s�cep#j}� z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs��#vxb�j^j^s�q~d�i£f�d£��dRqt�(��c7w�fF|r��c���jml#fF|�|�p�b�c�z �R|rp�qrÅfF|�qrimd�z{cedRpDsey�j(l�vxb�j^j^s�q~d�i{f#)" qrd�l�c�|tf�p�qrjmd�s�bRqrokh q~pxbXp�b�c4dR��z7�,cel3j��¥s�cB�m��ced�v�cBs�q~d�p�b�c4z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^pB�z b�cks�pDf�p�qts�pHq�vef\|Äl�cBs��R|rpDs i}q~w(ced�qrd�d�c�?�pXs�cBv�p�qrjmd�s�b�j�hÆp�b�f�p p�b�ckcez�oRq~lHq�vef\| vxb�j�qtv�ckj���f�v�jmd�s�pDf}d^p)"�H �0/ �Jjml�o�lDfmv�pHq�vef\|�f�o�oR|�q�vef}p�qrjmd�s�j���p�b�c z{cepxb�j�u�h3qrp�b�+c�!����1�U � Ákf(s�s�qrz q�|�f}l�qrp���zXf}p�l�qt?xA qtsl�cBfmsHjmd�f��R|rcm�� ��"�� 2"�����1i���1i#%���3�)���% $���1� �<��� " � ��547698+:*2<;��>="�a�c�vxb�j^jRs�cÄpxb�c�z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs3j}� ��l�jR¹4jmzXÁ���fms3s�f�z{oR|rc�s�cep¶�Jjml#f�o�l�fmv�p�qtvefF|¥s�pDf�pHq�sHp�qtvefF|9f�d�f\|~��s�qts j��p�b�c�o�f�lDf�z{cepxcel+"Vy,f�d�u�+c�!����1 U � Á�fms#s�q~z�q�|tf�lHq~p��£zXf}p�l�qt? AÀ�

agc�b�fBw(c�v�jmz{o���p�cBu�p�b�c�u(qts�pxl�qr����p�qrjmd�j�� pxb�c�o�f�lDf�z{cepxcel+"�j}� cB�(��f�p�qrjmd È �Jjml3z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�s4j����s�cB�(��ced�v�cBsey�h3qrp�b � H<Á 8 � 8 È Â�yVf�d�u��@? � Â�¢*h�c�b�fFwmc£fF|ts�j�v�jmz{o���p�cBugp�b�c£u(q�sHp�l�qr����p�qrjmd�j}��"��JjmllDf�d�uRj(z |r�Ximced�cel�f�p�cBu�z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�s3j�� ��lDf�d�uRj(z sHcB�m��ced�v�cBsey,h3qrp�b �'H5Á 8 � 8 È Â�ymf�d�u �A? � Â�y�f�d�uv�jmz{o�f}l�qts�jmd�s¶j��¥p�b�c4l�cBs��R|rp�qrd�iXu(qts�pxl�qr����p�qrjmd�s#b�f(s��,cecedkuRjmd�cm¢�BMz �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p4v�jmd^p�fFqrdRq~d�i�z{jml�c4p�b�f�p� Â�s�cB�(��ced�v�cBs�b�fBw(cX�,ceced�iml�jm��o,cBu�qrdRp�jkp�b�c£s�f�z�c¿f�d�f\|~��s�qts E ����qrim��l�c£Áks�b�j�hÄs p�b�cBs�c£u(qts�p�l�qr����p�qrjmd�se�B�fF|r��cBs�j��C"g��j(l ��H Á BMl�cBs�o�I� E f�l�cks�pxl�jmd�i�|r��v�jml�l�c�|tf�p�cBu�pxj�p�b�c�u(qts�pxl�qr����p�qrjmd�j���s�v�jmlxcBs���j(l{p�b�c+c�!����1�U � Á4zXf�p�l�qt?¢�p�bRqts�c�?�oR|tfFqrd�s*p�b�c�s�z�fF|�|�o�cBf� �f�pD"ZH � Á / BMl�cBsHo� � � / E �$z3b�c3o,cBf� �jm��p�fFqrd�cBu��Jjml"�, ( / �Jjml¥z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs�l�c���cBv�pDs�p�b�c¶o�l�jmo�celxp���pxb�f�p¥f�z qrd�j^f(vxq�u�s�j}�Tf#v�j�|r��z{d j���z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p

Page 9: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

f�l�c{s�qrz q�|tf�lB� ¸ j\h3cewmcelFyTfms c�?�o�cBv�p�cBuVy�h#b�ced�p�b�c dR��z7�,cel�j�� sHcB�m��ced�v�cBs¡q~d�v�lxcBfms�cBseyVp�b�c{fFwmcelDf}imc�w�fF|r��cj���"�uRcBv�l�cBfmsHcBse��»�s s�pDf�p�cBunqrd�o�l�cBv�cBu(qrd�i�s�cBv�p�qrjmdy¶h3qrp�b>)"�H � / y�wmcelx�k�Jceh�o,j^s�qrp�qrjmd�s j��4lDf�d�uRjmzfF|�qrimd�z{cedRpDs4f�l�c�v�jmd�s�qtuRcel�cBu�fms#v�jmd�sHcel�wmcBuV¢Ro�j^s�q~pHq~j(d�s#h3qrp�bA" , � / b�fFwmc�p�b�cel�c��Jjml�c��,ceced�v�jmd�s�q�uRcelxcBufms#v�j(d�s�cel�wmcBuV�

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

0.6

0.7

10 20 30 40 50 60 70 80 90

n = 2

0

0.1

0.2

0.3

0.4

0.5

10 20 30 40 50 60 70 80 90

n = 3

0

0.05

0.1

0.15

0.2

0.25

10 20 30 40 50 60 70 80 90

n = 10

0

0.05

0.1

0.15

0.2

0.25

0.3

0.35

10 20 30 40 50 60 70 80 90

n >= 50

��qrim��l�c�Á �¶¹4ced�s�qrp�������d�v�p�qrjmd�j�� "��Jl�jmz ��lxj^¹4jmzXÁ��4z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs]B�s�j�|�qtu�|�qrd�cBs E f�d�u���lxjmzÆlDf�d�uRjmz'�z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs*'vB�u�fms�b�cBu¿|�qrd�cBs E v�jmz{o���pxcBu£h3qrp�b�+�� ����1 U � Á��

`¥§�� �{­(¬ ��¯ ��©�°M©�ªB«m©�® ��­m¯� "��X¬�­m²�¯Tµ¶· ��",´�­m©�ªB«m©�®�ª£®��¬©�® "�ª�#d�c�j��p�b�cÄf}p�p�lDfmv�pHq~w(c3��cBf}p���l�cBs�j}��+*|tfms�p*qts�qrpDs3f��Rq�|�qrp��Xp�j�o�l�j�wmqtuRc�f�o�l�j(��f��Rq�|�qrp�� �J��d�v�p�qrjmd£j��p�b�cÄsxv�jml�cj��fĸ qrimb��^v�jml�qrd�i ��fFqrlB����jml�f�s�cB�(��ced�v�c#j�� ��q � q � u�l�f�d�uRjmz�w\f}l�qtf��R|rcBsc{�� = } yms���vxb7pxb�f�p¥pxb�c�c�?�o�cBv�pDf�pHq~j(dOgB�� E S$Â�y�f�d�u�{����5�)B�� ,$ E ,� } yRh3c�b�fFwmc

�����){� �B � E , |rjmi�B � E� p , } H È w�� -75���������� 8 B�Á Eh#b�cel�c� �B+� E H���D , -�� > � �"! B.f w f > E qts�p�b�cXz�f)?^qrz ��z�j}�Äp�b�cXu(qt�cel�ced�v�c£j��#p�b�c�o�f�l�p�qtfF|#s���zXs f yh3qrp�b f H$# = ��- � = ¢ � qts p�b�c�s�j�|r��p�qrjmd>qrdNb3j��¥p�b�c�cB�m��f}p�qrjmd

O�B�� _&% E H È 8 B2� Ef�d�u(' qts i�qrwmced£�R�Xp�b�c�cB�m��f}p�qrjmdy

Page 10: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

' H c�?�o��:w#Á #�����- -�� OgB �����¢�f S� E p ���5�)B.f ?$ E ���� OgB���� � % E 0 BM¾ E

K�i�|rceb�f�l�pZ& È Á)(�uRcel�qrwmcBs�cB�(��f�p�qrjmd�s�Ákf�d�u�¾>��j(l�f£d�jmd�Å |tf�p�pHq�v�c�qM� qM� uV��w\f�lHq�f}�R|~c��2h#bRq�|~ckv�j(z{o���p�qrd�ic�?�p�l�cez{cBs w\fF|r��cBs qrd�pxb�c � K�� ��� È �(��ce��cBse¢,bRqts#o�l�jRj���l�c�|�qrcBs4jmd£lDf�d�uRjmz h f\|~ kf}d�u�jmdkl�ced�ceh#fF|�p�b�cejml��m�� qtsXf�sxvefF|�q~d�ig�Mfmv�p�jml{pxlDf�d�s��Jjml�z qrd�i�f�s�o,cBvxqt*Tv�l�ced�ceh#fF|#cB�m��f}p�qrjmd�qrdRp�j�p�b�c�s�pDf�d�u�f�l�u�jmd�cm�WKMd$p�b�cc�?�o�l�cBs�s�qrjmd�j���'�y�h3c�*�d�u�f�d£c�?�o�Å |~j(ikuRcewmc�|rjmo�z{cedRp¡f�o�oR|�qrcBu�p�j�p�b�c�a$qrced�cel�ÅM¸ jmoR��uRcBv�jmz{o,j^s�qrp�qrjmd�qrdlDf�d�uRj(z h#fF|r {pxb�cejml���& �%(!& � (M� z3bRqts3uRcBv�jmz{o,j^s�qrp�qrjmd£zXfF� ��c�uRcel�qrwmcBu�c�qrp�b�cel �^�X��jm��l�qrcel3p�lDf�d�s���jmlxzXs�jmdz{cBfmsH��l�cBsC& �)(MyRjmlByRz{j(l�c�cBfms�q�|r�my��R�¿f���f�oR|tfmv�c�p�lDf�d�s���jmlxz j}�����d�v�pHq~j(d�s#j���f7v�j(z{oR|rc�?kw\f�l�qtf��R|rcZ& � (�& È �)(M���f�l�|�qrdkj(��pDfFqrd�s3f�w(celDs�qrjmd�j��¥cB�(��f�p�qrjmd�¾��Jjml¶|tf�p�p�qtv�c�w�f�l�qtf��R|rcBs#f�d�u�i�qrwmcBs3�,jm��d�u�s¶�Jjml ' & È1� (M¢Rp�bRqts*|�f(s�pl�cBs��R|rp qts#��s�cBu>�^��+*|tfms�p#p�j�v�jmz{o���p�c '��

»4l�d�j�|tu�f�d�u �����!& Á)(�s�b�j�hÄs3p�b�f}p#p�b�c�|�qrz qrp�qrd�i�u(qts�pxl�qr����p�qrjmd�c�?�o�Bjw£c�?�o"Bjw ,"E.E j�� cB�(��f�p�qrjmd�Á qts jmd�cj��¥pxb�l�cec�o�j^sxs�qr�R|~c u(qts�p�l�qr����p�qrjmd�s ��j(l�s�f�z�oR|~c�z�f)?^qrz ��zXse� �mcBf�lDvxbRq~d�i���jml|f B � E qts3cB�m�Rqrw�fF|rced^p4p�j�i(cep�p�qrd�ip�b�c�zXf ?^qrz ��z�j��¥lxcBv�jmlDu�w\fF|r��cBs j��qrd�uRceo�ced�uRcedRp�lDf�d�uRjmzÆh#fF|r £s�cBv�p�qrjmd�sey�f}d�u�p�b�c¡v�j(d�u(q~pHq~j(d�s3�Jjml3p�b�cv�jmdRwmcel�imced�v�c�p�j p�b�c7uRj(���R|~ceÅJc�?�o�j(d�ced^p�qtfF|�f}l�c�z{cepB�z���l�dRqrd�i£��fmvx £p�j�p�b�c�+�cBsHpj��f�p�bkf�o�o�lxj^fmvxby�h3c7vxb�cBvx kh#b�f�p�v�jmd�u(qrp�qrjmd�s4zXfF�£ mceceo���f�lH|�qrd�z{j�uRc�|f�o�oR|�qtvef��R|rcm¢Vp�b�c�u(q�sHp�l�qr����p�qrjmd£j�� sxv�jml�cBs�j�wmcel¶��lDf�d�vxb�cBs3v�jml�l�cBs�o,jmd�u�s¶p�j{s���zXs*j��qM� qM� u�lDf�d�uRjmzÆw\f}l�qtf��R|rc���W�Vc�� �R = B2^ H È 0)010 � E �,ckp�b�cksxv�jml�cBs j���p�b�c£��lDf}d�v�b�cBs�j���f���lDf�d�vxb�l�cei�qrjmd�j��4|rced�imp�b d q~d�f�dfF|�qrimd�z{cedRpÄh q~pxb�f{�(��cel��£s�cB�m��ced�v�cmy,h3qrp�b �kpxb�c�d^��z ��cel4j��¥o�f}lDfF|�|rc�| ��lDf}d�v�b�cBse��z3b�c7s�v�j(l�c�� j���p�b�c��cBsHp#��lDf�d�vxb£b�fms3u(qts�p�l�qr����p�qrjmd�j��¥z�f)? = ��-���� 3 B�� =<E BMp�b�c�� = �,c�q~d�i£v�jml�lxc�|�f}p�cBuXuRcBsHoRq~pxc�p�b�c4�Mfmv�p3��lDf�d�vxb�cBs��c�|rjmd�i�pxj�d�j(d�ÅMv�jmd�s�cel�wmcBu l�cei�qrjmd�s E �$KMp�qtspxb�cel�c���j(l�c�p�b�cejml�cepHq�vef\|�|r�4�JcBfms�qr�R|rc3p�jÄv�jmz{o���pxc�p�b�c�u(qts�p�l�qr����p�qrjmdj���f�lDf�d�uRjmz0w\f}l�qtf��R|rc��1s���vxb�pxb�f�p�� qts4p�b�c d _ � ÅMv�jmdRwmj�|r��p�qrjmd�j��!��B # = ��-������ � = H"� ~E �#»�z qt?�j��p�b�c4qrdRqrp�qtfF|�w\f�l�qtf��R|rc � h3qrp�b£p�b�cBs�c�lDf}d�uRjmzÆw\f�l�qtf��R|rcBs�� B+� 8�d�E y�uRceo�ced�u(qrd�i�j�� pxb�cÄdR��z ��celÄf�d�u�j}�¥p�b�cs�b�f�o,c j���p�b�c ��lDf�d�vxbkl�cei}q~j(d�s4h3q�|�|�i}q~w(c7f�lDf�d�uRjmz0w\f�lHq�f}�R|~c$#&%3y��J��d�v�p�qrjmd�j���p�b�c z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�'�yf�d�u>p�b�c���f�l�|�qrd�z{j�uRc�|�h3q�|�|���c�f}o�oR|�qtf��R|rcmy�l�ceoR|tfmvxqrd�i �&�^��#(%�yRqrd�f�lxjm��imbkf�o�o�l�j)?RqrzXf�p�qrjmd�

¸ j�h3cewmcelBy3f�zXf�¤�jmlXf(s�s���z{o�p�qrjmd ��j(lXf�o�oR|�qtvef��Rq�|�q p���j��CKMi}|~ceb�f}l�p�Å ��f�l�|�qrd��Jjml�z �R|tf�qts�p�b�ckd�ceiRf�p�qrwmcc�?�o�cBv�pDf�pHq~j(d�j������3a$q~pxbnf *�?�cBu d yf(sÄf�����d�v�pHq~j(d�j}� �¥y$OgB���B � 8jd�E E qts qrd�v�l�cBfms�q~d�i,yf�d�u�p�b�c{s�cBv�jmd�ufms�sH��z{o�p�qrjmd�j�����f�l�|�qrd�z{j�uRc�|My � {�� ,� } ,0Âkz�f� mcBs�OgB�� E uRl�q��Jp{p�j�h#f�lDu�s�o�jRs�qrp�qrwmc£w\fF|r��cBs�fms �qrd�v�l�cBfms�cBs ��a$qrp�b{�Rqri w\fF|r��cBs3j}� ��yRp�b�c#z�q@?�w\f�l�qtf��R|rc�#(%�qts�f\|�sHj�|�qr mc�|r�Xp�j�b�fFwmcÄf�o,j^s�qrp�qrwmc�c�?�o�cBv�pDf}p�qrjmd�z b�cBs�c7v�jmd�s�q�uRcel�f�p�qrjmd�s |~cBf(u£��s3p�j�zXf� mc4b�ce��l�qts�p�qtv v�b�j}q�v�cBs4v�jmd�v�cel�dRqrd�i���lDf�d�vxb�cBs��

� p�j# mceceo�OgB #(% E S�Â�yFh3c�c�|�qrz qrd�f�pxc�pxj^j#s�b�jmlxp��lDf�d�vxb�cBseyFpDf� (q~d�i p�b�c�v�jmd�s�ced�s���s9�Jjmld�jmd�ÅMv�jmd�sHcel�wmcBul�cei�qrjmd�s3j���|rced�imp�b�s�zXfF|�|rcelÄpxb�f�dN��¢� h�c3l�cBsHp�l�qtv�p�fF|ts�j�p�b�c3dR��z7�,cel�j��To�f}lDfF|�|rc�|T��lDf�d�vxb�cBs��Jjml f4d�j(d�ÅMv�jmd�s�cel�wmcBu�l�cei�qrjmd�s�p�j � y�v�j�|�|tf�o�s�qrd�ip�jmimcep�b�cel#s�qrz q�|tf�l#��l�f�d�v�b�cBs uR��l�qrd�i{p�b�c�o�l�ceo�l�j�v�cBs�s�qrd�iXsHp�ceo£j��¥p�b�c�fF|rimjmlHq~pxb�zky�uRcBs�v�l�qr��cBu>qrd£p�b�cd�c�?�pÄsHcBv�p�qrjmd�

z3b�cel�c��Jjml�cmy,h3qrp�b�+�� ����1 U � Á£fms s�qrz q�|�f}l�qrp���zXf}p�l�qt?9y,f{d�jmd�ÅMv�j(d�s�cel�wmcBu>l�cei�qrjmdkh q�|�|��,c�f�s�cB�m��ced�v�c�j��z{jmlxc�p�b�f�dkÁ{v�jmdRp�qrim��jm��s o�j^s�qrp�qrjmd�s4h q~pxb "�, � /�*lDfmv�p�qtvefF|�c�?�o�celHq~z�ced^pDs s�b�j�h�p�b�f�pByVh3qrp�bgp�b�cBs�c{b�ce��l�qts�pHq�v£vxb�j�qtv�cBsey�cB�(��f�p�qrjmd�Á>zXfF�k��c���s�cBu��Jjmlo�l�jm��f}�Rq�|�qts�p�qtv cew\fF|r��f�p�qrjmd�s j��¥p�b�cÄsxv�jml�cBs¶jm��pDfFqrd�cBu��^��jm��l�z{cepxb�j�uV� z b�cÄo�f�l�f�z{cep�celDs '&f�d�u � *�p�p�qrd�iw\f}l�qtf��R|rcBs�#&%�z ��s�p4��c{v�jmz�o���p�cBu>��jml cBfmv�b�z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp�B�s�cec{s�cBv�p�qrjmd�¾�� Á�� Á E y�h#bRqtvxbnv�j(l�l�cBs�o,jmd�u�sp�j{pxb�c�s�p�ceo£j���vefF|�qr��lDf�p�qrjmd��Jjml3�R|~j�vx �se�

Page 11: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� ������������������������������� �!�"#�$�����%���� ��&(')� !�������"������"�����*��+�,���������,���������,���-�

�/.��,0�1�����0�2�.��� & 3�3 � 4�45�,��������6�7�6���7��$����6�����8�7�"�*���*9�7�������6�6�*�����!�6�����2��2���������6�6�:�6,�%��;4�4�/.��,0�1���0���2��=<�� 3 �> 4�45�,����������7�6�8�7�6���:���������?�"�*/:�*9��0�������6�6�*�����!,0/����2��2����������@6�:�6,�%��;4�4�!�"A�1���.�!���� 3 � & � � 4�4)8�������6��,8%���!�6������ :,8/:���"���2�8�6���������6�6�*�����8��/:���2�� ������6��9�2���6,��!��;4�4�!�",�1���.�!���� 3 � & � � 4�4)8������%�7,8%���!��@:���� :���:���"���2�8�6���������6�6�*�����8��/:���2�� ������6�����2���6,��!��;4�4�!�",1���0%��0�� < � &�& 4�45�,����������6������6���?�6�:,8���7�",8/6�8�6������������*��/������2���2�2�������������6�:�6,�%��;4�4�!�",1�B���0��. ��� � &�& 4�45�,������8���6�2���*�6�*�:������*���"���2��9���������6���*�������*�����2������������6�6�:�6,�%��;4�4�!�",1���0���29� 3 �,>�> 4�45�,����������6�2�8����$����*�����:���"���2�8�����������6���*�������������2���������0�����6�:�6,�%��;4�4�!�",1�2���� �%� �� & �� 4�4)8�����*���,8%���7��@:�?�6�:,��*���"���2���6�6�������6�6�*�8/�98��/:���2�� ���������9������/��!��;4�4�!�",1�!�������. 3 � & � � 4�4)8������%�7,8%���!��@:���!�:���:���"���2�8�6���������6�6�*�����8��/:���2�� ������6�����2���6,��!��;4�4�!�",1�!��/.9��� 3 � & � � 4�4)8������%�7,8%���!��@:���� :���:���",�/2�8�6���������6�6�*�����8��/:���2�� ������6�����2���6,��!��;4�4�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������C�D/EAF�GH�I�G$JLK9D%F�M$N�M�D/E�F �O4�4P0 0 0�0�0Q0 0 0 0�0Q0(4�4�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������C�D/EAF�GH�I�G$JLK9D%F�M$N�M�D/E�F R4�4P0 0 0�0�0�0�0 0 0 0�0�0�0(4�4�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������C�D/EAF�G E�F SAFTF�G�U/SAG E�C�G 4�45�,������6��,8%���!��@:���6�:���:���"���2�8�6���������6�6�*�����8��/:���2�� ���������������6,��!��;4�4�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������

4�45�Q������6�7�6��,7������6�����8�7=*���*��$7�� ����!�6����V�2��T���,6�6�: 4�44�4)8T����6���8%���!�6������@:98/:��=*�:�*��/0�� ���,8���:��V� ���Q6��%��2�� 4�4

��W M$X�E�Y�G E,N � � H�ZK�[ 4�45�,����������6������6���?�6�:,8���7�"���2�8�6���������6�6�*��/������2���2�2�������6�����2���6,��!��;4�44�45�Q����8���6�2���*�6�*�:��$����*��\8�6�8�69��� ������*����V����]0�����6�: 4�44�45�Q��������6�2�8��������*�����:��=��2������� ���,�������Q�����Q���%�%�� 4�4

�������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������qrim��l�c�� ��» o�f�l�p�BMo,j^s�qrp�qrjmd�s#Á � Â�pxj � È E j}� fF|�qrimd�z{cedRp È Á���¾�j�� �*l�j^¹4jmzXÁ ��y^f�d�u�pxb�c¡v�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�io�l�ceo�l�j�v�cBs�s�qrd�i�jm��p�o���pB¢���lDf�d�vxb�cBs ��l�j(z s�pxceo È h#bRqtvxb�f�l�c p�jRj¿sHb�jml�p�f�l�c l�ceoR|tfmv�cBu��R�kp�b�c{v�jmd�sHced�s���sqrd�s�pxceo¿Á�����j^s�q~pHq~j(d�s#v�jmd�s�qtuRcel�cBu£fms3v�jmd�sHcel�wmcBu�b�fFwmc�f7v�j(d�s�cel�w\f}p�qrjmdkv�j^c�ãvxq~cedRp "�s���vxb£p�b�f�p'" ,.)"ZH � / ��»#�Jp�cel#s�p�ceo È y�Á È 0 ¾ / j}� p�b�c�o,j^s�qrp�qrjmd�s4f�l�c�v�jmd�s�q�uRcelxcBu�f(s�v�j(d�s�cel�wmcBuVyVf�d�u��m 0  / fF��pxcel sHp�ceokÁ��

^ ` � �+�[�� ����~�l�~�[�¥�a�c�o�l�cBs�cedRp#b�cel�c�pxb�c�zXfFqrdkfF|rimjml�qrp�b�z�q�v¡��cBf}p���l�cBs3j���jm��l#z�cep�b�j�uV���§Rd �{­ "-_�­(¬�® "�ª�ª�©Mµ�³$ªF« "`_ba{®�¬µ¶ªF«}­(´�®R«m©M¬µ ¬��dc�°M©�³µ "�µ�«}ª����n­(¯e__��ªz3bRqts4s�p�ceo£b�fms3p�h3j�����d�v�pHq~j(d�s��È �3p�j7uRc�*�d�c�v�jmd�sHcel�wmcBu�o�j^s�qrp�qrjmd�s3f�d�u�d�jmd£v�jmd�s�cel�w(cBu{jmd�cBs ¢^pxbRq�s*qts¶p�l�qrw(q�f\| y�jmd�v�cÄf�w\fF|r��c4�JjmlC)"�b�fms��ceced�vxb�j^s�ced¢�p�j^j�s�b�jml�p#��l�f�d�v�b�cBs B�s�qr½ecgf�Á E f}l�c�fF|ts�j{cBfms�q�|r��l�ceoR|tfmv�cBu£�R�Xpxb�c7v�jmd�s�ced�sH��se¢

Á��3p�j{l�cBuR��v�c�p�b�c�d^��z �,celÄj���o�f�lDfF|�|rc�| ��l�f�d�v�b�cBs ¢�h3c�uRcBs�v�l�qr��c p�bRqts |�f(s�p#jmo,celDf�p�qrjmd�z b�c�j(��¤�cBv�pHq~w(c�j}�Tp�bRqts�s�cBv�jmd�u �J��d�v�p�qrjmd qts�pxjÄl�cBuR��v�c p�b�c#s�cep¥j}�T��lDf�d�vxb�cBs��R�7f�imi(l�cei^f�p�qrd�i4��lDf�d�vxb�cBs

h3qrp�b�bRq~i(b�s�qrz q�|tf�l�qrp���qrd�f{s�cepFy�f�d�u��R�XpDf} mqrd�i{p�b�c v�jmd�s�ced�s���s �Jjml3cBfmv�b£j}� p�b�cBsHc7s�cepDs �¥agc�uRcepDfFq�| b�j�hh3c�l�cBuR��v�c�pxb�c�dR��z7�,cel#j���s�cepDs¶�Jl�jmz d p�j d w È �agc�v�jmd�s�qtuRcel¡f�o�f�l�p�qrp�qrjmd�j�� pxb�c�s�cep#j�������lDf�d�vxb�cBs � = qrd d s�cepDs�f >:8<a H È 010)0<d ¢Rh�c�b�fFwmc��

Page 12: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

��� � � >V6 "���O�>V?��Z��È Å pDf� mc4p�b�c�v�jmd�s�ced�sH��s�� > j���cBfmvxbks�cepCf > ¢Á}Å ��jml cBfmvxb�o�fFqrl � 8�� y�h3qrp�b È f �!S � f d y¶v�jmz{o���p�c£p�b�cksxv�jml�cF�� ! �� F�y#fms£s���z2j���p�b�c�s�v�j(l�ckj�� p�b�c£qrd�u(qrw(q�uR��f\|�o,j^s�qrp�qrjmd�se¢

s�c�|rcBv�pÄp�b�c�o�f\q~l �� 8�� �h3qrp�bkbRqrimb�cBsHp¡s�v�j(l�cm¢�}Å z{cel�imc�s�cep�s�f !� f�d�u f � KMdRqrp�qtfF|�qr½Bf�p�qrjmd�j��p�b�c4o�l�cBv�cBu(qrd�i£fF|rimjml�qrp�b�z q�s zXfmuRc#�R�Xv�jmd�s�qtuRcel�qrd�i£f�o�f�lxp�qrp�qrjmdXh q~pxb¿f s�qrd�i�|rc���lDf�d�vxbqrd{cBfmvxb7s�cepcf > ¢�h3c¶qrp�celDf�pxc�p�b�c3l�cBuR��v�p�qrjmd{s�pxceo���dRp�q�| d H � yFp�b�c3b�ce��l�qts�p�qtv3w�fF|r��c#i�qrwmced�qrd7pxb�c�o�lxcBv�cBu(q~d�is�cBv�p�qrjmd���� �"� �!�������C� �)��� �)�$#%���1�)� "� ��qrim��l�c�� o�l�j�w(q�uRcBs�f�p��RoRqtvefF|¥c�?�f�z{oR|rc j���o�l�ceo�l�j�v�cBs�s�qrd�i �#f�s�cBv�p�qrjmdj���p�b�c z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp È Á��}¾{j�����lxj^¹4jmzXÁ���y^h bRq�vxb�v�jmdRpDfFqrd�s È Â�s�cB�m��ced�v�cBs yf�d�u�p�b�c7v�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�i» |�qrimd�z�ced^p�Å+�4lDf�o�b�f�l�c�s�b�j�h#d���§ ` ��¯V©�µ�ªF« "`_ba{ª "�¯V­m® ��©Mµ¶³ ��¬­£¯Vµ�¯V°M©M³�µ ",µ« � "�«>� " "�µ�¯���´�",­��5ª "���´ "�µ¶® "k¯Vµ�· ¯Vµ

c�°M©�³µ "�µ�«�����­m¯ _ �z3bRqts4s�p�ceo�qtsÄv�j(z{o�j^sHcBu£j��¥p�h3j o�b�fms�cBs / �È �3»�»4b�jmÅ Y jmlDf(s�qtv� \&N¾:(Äz �R|rp�qrÅMs�p�l�qrd�i BM» Y E f}��p�jmzXf�pxjmd�j���bRqrimb s�v�jml�qrd�i�s�zXfF|�|�h3jmlDu�s�qts����Rq�|rpByo�j�qrdRp�qrd�iXp�j�o�j^s�qrp�qrjmd�s qrdkp�b�c��(��cel��ks�pxl�qrd�i�y�fms*qrdx+*|tfms�pB�Á���z3b�c�zXf\q~d£o�lxj�v�cBs�s�q~d�i�o�b�fms�c qts#v�jmz{o,j^s�cBu£j}� p�b�lxcec�s�����s�p�ceo�s��

B�f E uRcep�cBv�p�qrd�i�bRqrpDs qrd�p�b�c£» |�q~i(d�z{ced^pxÅ+�ÄlDf�o�b¢�f�bRqrp{qts�p�b�c�fF|�q~i(d�z{ced^p�j���f�sHzXfF|�|Äh3jmlDu j��p�b�c��(��cel���h q~pxb5f�s�zXfF|�|�h�j(lDu�j���p�b�c�»#|�qrimd�z{cedRp�Å+�Äl�f�o�b�h3qrp�b�s�v�jml�c�f���j�wmc���¢ qrp�b�fmsp�h3j{o�f}lDf�z{cep�cel�sey$B È E qrpDs�v�jRjmlDu(qrd�f�pxc�qrd�p�b�c{�(��cel���s�cB�(��ced�v�cmyf�d�u B�Á E qrpDs�v�jRjmlDu(qrd�f�p�cZBJqrdp�cel�zXs*j��¥o�jRs�qrp�qrjmd E q~d£pxb�cÄ» |�q~i(d�z{ced^pxÅ+�ÄlDf�o�b¢�bRq~p�s�uRcepxcBv�p�qrjmd{qts#uRj(d�cÄ�R�{l���d�dRqrd�i{p�b�c4» Yf���p�jmzXf}p�jmdks���vev�cBs�s�q~w(c�|~��jmd�p�b�c{v�jmd�s�ced�s���s�sHcB�m��ced�v�cBs4j���pxb�c�v�j(d�s�cel�wmcBu>l�cei�qrjmd�seyVjmd�p�b�c��lDf�d�vxb¿s�cB�(��ced�v�cBs j��¥p�b�c4d�jmd�ÅMv�jmd�s�celxwmcBu�l�cei�qrjmd�sey�f�d�u�jmd�p�b�c�s�zXf\|�|h3jmlDu�s*h#bRqtv�bkvef}dX�,cimced�celDf�p�cBu£f}p#p�b�c�v�jmd�d�cBv�p�qrjmd�s ��cep�h3cecedk��l�f�d�v�bkf}d�ukv�jmd�s�ced�sH��s3l�cei�qrjmd�se�

B�� E �!?�p�ced�s�qrjmdkj}��bRq~p�s3�Jjml3|rjmd�imcel�¸ q~i(b��^v�j(l�qrd�i¿fF|�qrimd�z{cedRp���fFqrlDs�B�¸����¶s E ¢�¸ ����s4f�l�c uRc�*�d�cBu�^���Jjm��l4o�f�lDf�z{cepxcelDs���B È E l�c�|tf�p�qrwmc o�j^s�q~pHq~j(dWBMo�jRs�s�qr�R|r�kd�cei^f�pHq~w(c E j���pxb�c�|rc��JpÄc�?�p�l�cez�q~p���j��p�b�c¡�(��cel���l�c�|tf�p�qrwmc�|r��p�j�p�b�c4|rc��Jp3c�?�p�lxcez qrp���j��¥p�b�c4»#|�qrimd�z{cedRp��4lDf�o�b¢�B�Á E o�j^s�qrp�qrjmd£j}�¥p�b�c��cei�qrd�dRqrd�i£j���p�b�c�¸���� ¢$B7� E o�j^s�qrp�qrjmd�j���p�b�c�¸���� ced�u��m¢"BM¾ E s�v�j(l�c�j���p�b�c�¸������z3b�cÄo�lHq~d�vxqroR|rc j��p�b�c4c�?�p�ced�s�q~j(d�q�s s�qrz{oR|rc���c�?�pxced�s�qrjmd�qts�*�l�s�p3o�cel��Jjml�z{cBu�l�qrimbRp�h f}lDu�s��Jl�jmzp�b�c£bRqrpB¢¶��j(l7cBf(v�b�v�l�jRs�s�cBug��lDf�d�vxb�l�cei�qrjmdy¶cBfmv�b���l�f�d�v�bgqts{pxl�qrcBuVy�f�d�u�p�b�c£�,cBs�p{��lDf�d�vxbq�s� mceo�pB¢3pxb�cko�jRs�qrp�qrjmd5v�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�i�p�j�pxb�c£l�cBv�jmlDu�s�v�j(l�c£qts z{cez�jml�qr½ecBuV¢4c�?�p�ced�s�q~j(d�qtss�qrz q�|�f}l�|r�kzXfmuRc4|rc��Jp�h f}lDu�se����lDf(v�p�qtvefF|qrz{oR|rcez{cedRpDf�p�qrjmd�d�cecBu�s#p�j{u(qt�cel�cedRp�qtf�p�c�pxb�c4q~dRqrp�qtfF|rÅq�sxf�p�qrjmd�j��#c�?�p�ced�s�q~j(d�qrd�p�b�cXvefms�cBs h#b�cel�c{pxb�c¿s�z�fF|�|�h3jmlDu�j��#» |�qrimd�z�ced^p�ÅJi(lDf�o�b�j��Äf£bRqrps�o�f�d�s4jmdR|r��f£v�jmd�s�ced�s���s4lxcei�qrjmdyjmdR|r��f���lDf�d�vxb�l�cei�qrjmdyVjml��,jmp�b�v�jmd�s�ced�sH��s�f�d�u���lDf�d�vxbl�cei�qrjmdyVh3qrp�b�f�s�o�cBvxqtfF|�vefmsHc '}��lDf�d�vxb�ÅMv�jmd�s�ced�s���s�ÅJ��l�f�d�v�b '��Äagc�uRcep�fFq�|�q~d'*�im��lxcBs4¾¿f�d�u �p�b�c{vefms�c h#b�cel�c p�b�c bRqrp7s�o�f}d�s�fXv�jmd�sHced�s���s�l�cei}q~j(d¢p�b�c jmp�b�cel�vefms�cBs�f}l�c b�f�d�u(|rcBu�qrd�p�b�cs�f�z{c�s�oRqrl�qrpB�

B�v E z3b�c�|tfms�p4s�����s�p�ceo£c�|�qrz qrd�f�p�cBs4p�b�c�f\|�qrimd�z�ced^pDs h3qrp�b>|�qrp�pH|~c�o�l�jm��f��Rq�|�qts�p�qtv{s�qrimdRqt*Tvef�d�v�cm�é�� Âj¼wá1¹�äF½[Á1Ñ��TËg¾[Ò?½P»j¼�¸ºÑ ¼wÁTÂ͸º¾[½wÎ�ÂjÀ�� Îh½P¹jÂwã� ÞVÀr¹Í¸ºÂ͸ºÀRÁ1¹FÀPÅ~Ùu¼wÔ[¸ºÁ1ÁT¸ºÁ Ô3½PÁ Ñ�¼oÁ1ÑYÀPÅ?Âj· ¼� � Þ�Ð�½wÚtÙu¼¾=·1ÀR¹j¼wÁ�¸ºÁ Ñm¸�!&¼o»j¼wÁTÂÍκÚ3»j¼bÎh½PÂ͸#"R¼bκÚ+ÂjÀ�Âj·1¼�ßTÏ1¼w»jÚM¹j¼oßTÏ1¼wÁ ¾w¼rÓ Àr»ÂjÀÂj· ¼|É?β¸ºÔrÁ мwÁTÂ�â�»=½Pá ·2ã

Page 13: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

���

�!?�p�ced�u Y jmd�s ¸ q~p�B�¸3qrp E{ Y ��l�l�cedRp � cei�qrjmd�H �3cei}q~j(d Y jmdRpDfFqrdRqrd�i z b�c ¸ qrpY jmoR� Y jmd�s�ced�s���s B Y ��l�l�cedRp �3cei}q~j(d E�!?�p�ced�u �¶qrimbRp�B�¸ qrpBy Y ��l�l�cedRp � cei�qrjmd E�!?�p�ced�u �Vc��Jp B�¸3qrpBy Y ��l�l�cedRp l�cei�qrjmd E»#|�qrimd�z{cedRp ��f�lDf�z�cep�celDs|HB�B �3c�| �#l�qri'H1¸3qrp �#��cel��£Å�¸ qrp »#|�qrimd �Äl�f�o�b E yB2+¶cei�qrd H��#��cel�� +¶cBs�p �Vc��Jp o�j^s�qrp�qrjmd E yB2�*d�u H��#��cel�� +¶cBs�p �¶qrimbRp o�j^s�qrp�qrjmd E yB��^v�jmlxc H +�cBsHp �Vc��Jp �^v�jml�c�� +�cBsHp �¶qrimbRp �^v�jml�c E|E}����»�1��K2�"K�» �� ¹ » z�» ��z ��1 Y z'1 �������s�p�lHq~d�i�a ����a�jmlx mqrd�i£�mp�lHq~d�i ������{��1�+ �|� 1 zcK�º � �����Y jmoR� Y jmd�sHced�s���s�B Y ��lxl�ced^p �3cei�qrjmd E��� Y jmoR� Y j(d�s�ced�s���s3j�� Y ��l�lxced^p �3cei�qrjmd�p�jXv�jml�lxcBs�o�jmd�u(qrd�i����

����o�j^s�qrp�qrjmd�s j���p�b�c�agjml� (q~d�i>�mp�l�qrd�i{a ���Y jmoR� +¶lDf�d�vxb º#��z ��cel q�B Y ��l�l�cedRp �3cei}q~j(d E��� Y jmoR� +¶lDf�d�vxb£dR��z7�,cel ^*j�� Y ��lxl�ced^p �3cei�qrjmd�p�jXv�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�i����

����o�j^s�qrp�qrjmd�s j���p�b�c�agjml� (q~d�i>�mp�l�qrd�i{a ����^v�jml�c�+*|�f(s�p�|�qr mc �¶qrimb^p��!?�p�ced�s�qrjmd"B#¸3qrpByV��l�j(z ��j^seyR��l�jmz>�^v�jml�cmy��c� � E{

�^v�jml�c�H¦��l�jmz£�^v�j(l�cm¢ Y ��l�l�cedRp ��j^s|H¦��lxjmz ��j^sY jmz{o���p�c Y ��l�l�cedRp �#��cel�� ��j^s3f�d�u Y ��l�lxced^p »#|�qrimd �4lDf�o�b ��j^s*�Jl�jmz<¸ qrpÄf�d�u Y ��l�l�cedRp ��jRs�3cBv�jmlDu �^v�jml�c�H w�[h#bRq�|~cgB Y ��l�lxced^p ��j^s f\� � � E {�^v�jml�c�������qrz q�|�f}l�qrp���U�f�p�l�qt?"B Y ��l�l�cedRp �#��cel�� ��j^s�����y Y ��l�lxced^p »#|�qrimd �4lDf�o�b ��j^s���� EY ��l�l�cedRp ��j^s����

q���B��^v�jml�c , �3cBv�j(lDu �^v�jml�c E {�3cBv�jml�u �^v�j(l�c�H��^v�jmlxcm¢ �#��celx� �3cBv�jml�u ��jRs�H Y ��l�l�cedRp �#��cel�� ��j^s

}q���B��^v�j(l�cgf� El�cep���lxd�B �3cBv�jmlDu �^v�jmlxcmy��#��cel�� � cBv�jmlDu ��j^s E}l�cep���l�d�B � cBv�jmlDu �^v�jml�cmy��#��celx� �3cBv�jml�u ��jRs E}��qrim��l�c�¾ �!+¶cBs�pj��f�p�b£fF|rimjmlHq~pxb�z���p�b�cÄpxjmo �J��d�v�p�qrjmd���j(l�c�?�p�ced�s�qrjmd£j�� f�¸3qrp¶qrd�s�qtuRc7f v�jmd�s�ced�sH��s�lxcei�qrjmdyf�d�u�s�jmz{c�s�����lxjm��p�qrd�cBse�

Page 14: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

���

�!?�p�ced�u �¶qrimbRp�B�¸ qrpBy Y ��l�lxced^p �3cei�qrjmd E {��l�jmzZ��j^scH�¸3qrpB¢ ��l�jmz£�^v�jmlxc�H�ÂY jmoR� Y jmd�s�ced�s���s B Y ��l�l�cedRp �3cei�qrjmd E��jmlxcewmcel�{

��� Y �ĺ ����º ��1 � ��� � K.�ĺ � ��c� � H ��d�u j��7B Y ��l�lxced^p �3cei�qrjmd E+¶cBs�p ��q~i(b^p �^v�jmlxc�H +*|tfms�p�|�qr mc �¶qrimbRpj� ?�p�ced�s�q~j(d"B ¸ qrpBy���lxjmz ��j^seyR��l�j(z£�^v�jml�cmy��c� � E�#��cel�� +¶cBs�p �¶qrimbRp ��j^s�H��#��cel�� �3cBv�jmlDu ��j^sq���BL� ?�pxced�s�qrjmd zcel�z�q~d�f}p�cBu +�c��Jjml�c �*d�u j}� �3cei�qrjmd E l�cep���l�dq���B Y ��l�l�cedRp �3cei}q~j(d�HCH ��q~i(b^p �f(s�p � cei�qrjmd E l�cepx��l�dY ��l�l�cedRp �3cei�qrjmd�H�º#c�?�p �¶qrimb^p � cei�qrjmd j��2B Y ��lxl�ced^p �3cei�qrjmd E�c� � H ��d�u j��7B Y ��l�lxced^p �3cei�qrjmd E��� + �3»�º Y ¸ ��� � K �ĺ �����l�j(z ��j^s|H +¶cei�qrd�dRq~d�i j��7B Y ��l�l�cedRp l�cei�qrjmd E ¢ ��lxjmz£�^v�jml�c H +¶cBs�p �¶qrimbRp �^v�jml�czcez�o � cBv�jmlDu �^v�jml�c�H w�[�¢ ��d�u j�� �3cei�qrjmd H1�R»C�������j(lCBJq�HÄÂ�¢Rq S�dR��z ��cel j�� ��l�f�d�v�b�cBs ¢Rq � � E {+¶lDf�d�vxb �3cBv�jmlDu �^v�jml�c�H�ÂY jmoR� +¶lDf�d�vxb º#��z ��cel q�B Y ��l�l�cedRp �3cei}q~j(d E+¶lDf�d�vxb �3cBv�jmlDu �^v�jml�c�H+*|tfms�p�|�qr mc ��q~i(b^pj� ?�pxced�s�qrjmd"B ¸ qrpBy���l�jmz ��j^s y���l�jmz£�^v�j(l�cmy��c� � Eq���B�+¶lDf�d�vxb �3cBv�j(lDu �^v�jml�c*,\z�cez{o �3cBv�jml�u �^v�j(l�c E {z�cez{o �3cBv�jmlDu �^v�jmlxc�H +¶lDf�d�vxb �3cBv�jmlDu �^v�jml�c

�#��cel�� +¶cBs�p �¶qrimbRp ��j^s|H �#��cel�� �3cBv�jmlDu ��j^s}q���B��!?�p�ced�s�qrjmd z�cel�z qrd�f�p�cBu f�p ��d�u j�� �3cei�qrjmd E�*d�u j}� �3cei�qrjmd�HXz ��1 �

}+¶cBs�p ��q~i(b^p �^v�jmlxc�H z�cez{o �3cBv�jmlDu �^v�jml�cq���BL�*d�u j�� �3cei�qrjmd HCH¦�R»C����� E lxcep���l�dq���B Y ��l�l�cedRp �3cei}q~j(d�HCH ��q~i(b^p �f(s�p � cei�qrjmd E l�cep���lxdY ��l�l�cedRp �3cei�qrjmd�H�º#c�?�p �¶qrimb^p � cei�qrjmd j��2B Y ��lxl�ced^p �3cei�qrjmd E��l�j(z ��j^s|H +¶cei�qrd�dRq~d�i j��7B Y ��l�l�cedRp l�cei�qrjmd E ¢ ��lxjmz£�^v�jml�c H +¶cBs�p �¶qrimbRp �^v�jml�cY jmoR� Y jmd�s�ced�sH��s�B Y ��l�lxced^p �3cei�qrjmd E}}

��qrim��l�c � � +¶cBs�p�Å<��f�p�b£fF|rimjmlHq~pxb�z���l�qrimbRp#c�?�p�ced�s�qrjmdkj}�*f{¸ qrpB�

Page 15: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

�1�� ���+�I�P�[����~�P�M�Y�»�s�z{cedRp�qrjmd�d�cBu cBf�lH|�qrcelByRp�h3jÄz�fFqrdXf�o�oR|�qtvef�p�qrjmd�s3f�l�c3o�jRs�s�qr�R|rcÄh3qrp�b�p�b�c�+�cBsHpj��f�p�b{f�o�o�l�jRfmv�byF|�qr mc4h3qrp�bp�b�c�o�l�j%*�|rc�jmd�cm�

� z3b�c�*�lDs�p vx|tfms�s�qtvefF|#f�o�oR|�q�vef}p�qrjmd�v�jmd�v�cel�d�s¡� f�z�q�|r��f}d�fF|r��s�qtse¢* ^d�j�h3qrd�i�f��Mf�z q�|r��j��#b�jmz�j�|rjmimjm��so�l�jmp�c�qrd�s�b�f�l�qrd�i�s��Rãvxq~cedRpks�qrz q�|tf�l�qrp���p�j����Rq�|tu1fgz �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^pBy4h3ckh#f�dRp�p�j uRcepxcBv�p{qrd�fu�f�pDf���fmsHckj��7s�cB�(��ced�v�cBs£h bRq�vxb�jmd�cBs£f}l�ckl�c�|tf�pxcBu�pxj�p�b�c��Mf�z q�|r�m��a�c�i�qrwmc�qrd�s�cBv�p�qrjmd�¾�� È fv�jmz{o�f�l�qts�j(d�j�� s�q@?�u(qt�cel�cedRp�z{cep�b�j�u�s�f�o�oR|�qrcBu�pxjkf�d�f�d�fF|r��s�q�s j�� s�q~z�q�|tf�lHq~p���h q~pxb�f£s�����s�cep�j��p�b�c�i�|rjm�Rqrd�s � f}z q�|~�m�

� z3b�c{s�cBv�jmd�u�f�o�oR|�qtvef�p�qrjmd�|rjRjm �s qrd�l�cewmcel�s�c7u(qrl�cBv�p�qrjmdn��jml�s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs��,cep�h�ceced�f�s�cB�(��ced�v�cXf�d�uf£u�f�pDf���fmsHc7j}��z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse¢¶fF��pxcelÄl�cew(qrceh3qrd�i�s�j(z{c{fms�o�cBv�p�s�j���p�b�cZ��l�j^¹4j(zXÁ��{u�f�p�f���fms�cmyh�c�uRcew(c�|~j(okp�bRqts4f�o�o�l�j^fmvxb�qrdk¾�� Á��

� §Rd ��©9�©�°M¯V­m©J« �0ª#",¯V­m®��©�µ�³ � "�«>� " "�µ�¯ �´�° «m©M¯V°M©�³µ "�µ�«�¯Vµ�·&¯�ª "�«�¬���ª "���´ "�µ¶® "�ª� ��¯��©M° �5¯Vµ�¯V° ��ª�©�ª����3®�¬ �_¶¯T­(©Mª�¬µ�ª�¬�� ·�©�� "�­�",µ«O "�«��¬�·�ª

a�c{lxcBs�p�l�qtv�p�cBu�v�j(z{o�f�l�qts�jmd�s p�j£��d�i^f�o�o,cBu�s�q~z�q�|tf�lHq~p���z�cep�b�j�u�s yV|rcBfFwmqrd�i�f\|�|¶qts�s���cBs�l�c�|tf�p�qrwmc{pxjks�qrz qrÅ|tf�l�qrp��ks�cBf�lDvxbRqrd�i{h3qrp�b�i^f�o�s3p�j��J��p���l�c�h3jml� V�

��qrim��lxcBs � y � y ��y �y È Â{f�d�u ÈmÈ s�b�j�h5pxb�c�l�cBs��R|rpDs j��*s�q~z�q�|tf�lHq~p��ks�cBf}lDv�b£h q~pxb � u(qt�9celxced^pDs z{cep�b�j�u�se�� BM» E +�cBsHp ��f�p�b�z{cep�b�j�u£h3qrp�b£» |�qrimd�z{cedRp��4lDf�o�b�B2+*|tfms�pjU��R|rp�» | E �� B2+ E 1#dRh3c�qrimb^pxcBu Y jmd�s�ced�s���s �� B Y E a�c�qrimbRp�cBu Y j(d�s�ced�s���se�� B�¹ E 1#dRh3c�q~i(b^p�cBu'��l�j~*�|~c�B�o�l�j%*�|rc�h3qrp�b�fFwmcelDf�imc�s�v�jmlxc�f�p3cBfmv�b�o�j^s�q~pHq~j(d E �� B2� E agc�q~i(b^p�cBu��*l�j%*�|rc�B�o�l�j%*�|rc�h3qrp�b£h3c�qrimbRp�cBuksxv�jml�c�f�p3cBfmvxb£o�j^s�q~pHq~j(d E �� B�� E ��|tf�p{s�cB�(��ced�v�cBs��{h q~pxb ��s�cB�(��ced�v�cBsZf � qrd�p�b�c�z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^pBy*�Jjml�cBfmvxb�p�cBs�p s�cB�(��ced�v�cf _ yRp�b�c�s�cB�(��ced�v�c f � s�v�jmlHq~d�i���cBs�p4h3qrp�b�f _ b�fms ��ceced�sHc�|~cBv�pxcBuVyTf�d�u�pxb�c�v�jml�l�cBs�o,jmd�u(qrd�iXlxcBv�jmlDus�v�jml�c�z{cez�jml�qr½ecBuV�

�������� X���� 4��1� "�W�1#�4 �������a�c�qrimbRp�qrd�i sxv�b�cez{cBs7��jml�v�jmd�s�ced�s���s{f}d�u�o�l�j%*�|rckj���s�cB�(��ced�v�c�fF|�qrimd�z{cedRpDs b�fFwmc£�,ceced5v�jmz�o���p�cBu��^���s�qrd�i Y |r��s�p�» |~w & ÈmÈ (f�d�uNz�l�cecea�impC& � (��Y |~��sHp�»#|rw�o�l�j�uR��v�cBs�f��Rq~d�f}l��ko�bR�m|rjmi(ced�cep�qtv�ÅJp��Ro�c�p�l�cec4�Jjml¡sHcB�m��ced�v�cBs4�,c�|~j(d�i�qrd�i£p�j¿f�z7�R|rp�qtfF|�qrimd�Åz{cedRpB¢,cBfmv�b�s�cB�(��ced�v�c�qts�fmsxs�qrimd�cBu�p�jXf�d�j�uRc q~d�p�b�c�p�l�cec f�d�ukf�p�l�cec�p�jmo�j}|~j(im�Xi}q~w(cBs�s�qrz q�|�f}l�qrp��>|rcewmc�|��cep�h3ceced�sHcB�m��ced�v�cBse�

a$qrp�b�s���vxb�f�p�jmo,j�|rjmi�qtv£p�lxcec¿fms7q~d�o���pFy�z�l�cecea�imp i�qrwmcBs h3c�qrimbRpDs ��jml�p�b�c¿sHcB�m��ced�v�cBsey#f}d�u�p�b�cBs�ch3c�qrimb^p�s3zXfF�X�,c���s�cBu�pxjXv�jmz{o���p�c�h3c�qrimbRp�cBukv�j(d�s�ced�s���s jml3h�c�qrimbRp�cBu>o�l�j%*�|rcBse�

Page 16: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� �

������� �Z���1#�%�$�1��$ I�����54"�x�������1���f(v�b�s�cB�m��ced�v�cgh3qrp�b�j�u�u$lDf�d� �qrd\Uk�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp�� È BMi�|rjm�Rqrd$� f}z q�|~� E j�� �*l�j^¹4jmzXÁ �kb�f(s{�,ceceds�c�|rcBv�p�cBu�p�j ���Rq�|tu�f�z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpByVp�b�c��*l�jm�,ceÅM��f�z q�|r�m�z�cBs�pÄsHcB�m��ced�v�cBs4f�l�c��

� i�|rjm�Rqrd�sXs�cB�(��ced�v�cBs�j��7�mh q�sxs.��l�j(pj�mÁ�h#bRqtv�b�uRjgd�jmp{��c�|rjmd�i�p�j�uRjmzXf\q~d�� È j�� �*l�j�uRj(zXÁ�� B �6�s�cB�m��ced�v�cBs E ¢� d�jmd£i�|rjm�Rqrd�s�s�cB�(��ced�v�cBs#lDf}d�uRjmz |r�¿vxb�j^s�ced>qrd�s�qtuRcX�mh q�sxs.��l�j(pj�mÁgB È � �%� sHcB�m��ced�v�cBs E ���jml#cBfmvxb£z{cep�b�j�uVy � ÅMs�v�jml�cBs3b�fFwmc��,ceced�v�jmz�o���p�cBukfms*�Jj�|�|rj\h4se�È �#��jml�cBfmvxb�p�cBs�p�s�cB�(��ced�v�cmy¥pxb�c�f\|�qrimd�z�ced^p�h3qrp�b�p�b�c ��lxjm��ceÅ �Mf�z q�|r��o�l�j�uR��vxqrd�i�p�b�c ��cBs�p s�v�jml�cZfq~d�p�b�c�fmu�u(qrp�qrwmc{s�vxb�cez{c�uRcBs�v�l�qr�,cBuko�lxcewmqrjm��s�|r��b�fms3��ceced� mceo�pB�

Á����!?�o�cBv�pDf�pHq~j(d O¼f�d�u$w�f�l�qtf�d�v�c��¼j���p�b�cBsHcnsxv�jml�cBs���jml�p�b�c�d�jmd�ÅJi�|rjm�Rqrd�sks�cB�(��ced�v�cBs£b�f(s{�,cecedv�jmz{o���p�cBuV�

���3» �3ÅMs�v�jml�c�b�fms3�,ceced�v�jmz{o���pxcBukfms� H fxw�O

� 0¾,��z3b�c o�l�jm��f��Rq�|�qts�p�qtv{lxcBs��R|rpDs4j���s�cBv�p�qrjmd�Á�� �{s�b�j�hÄs p�b�f�p�f |�qrd�cBf�l�lxceiml�cBs�s�qrjmd�f�o�oR|�qrcBu�jmd�p�b�c oR|rjmp

� H���B �����"B� E.E y^h b�cel�c�$qts4p�b�c |rced�imp�b�j���p�b�c{s�cB�(��ced�v�cBseyVh3q�|�|�b�fFwmc7f�s�|rjmo�c -� ¢v�jmz�o���p�qrd�i ��^��p�bRqts3|�qrd�cBf�l4l�ceiml�cBsxs�qrjmdy�h3c�uRc�*�d�c7f � ÅMs�v�jml�c�f(s

� H"�Ww � |~j(i�B� E�8

p�j{imcep3l�qtu£j}� p�b�c�uRcew(qtf�p�qrjmd�vef���s�cBu£�R��p�b�c7s�cB�(��ced�v�cBs |~ced�i(p�b��������� ���1# $�1�)��� ��� �54"�x�!�����1�z3b�c �6� i�|rjm�Rqrd�sÄs�cB�(��ced�v�cBs4f�l�c�l�ceo�l�cBsHced^p�cBu>�^�£u�f�l� �o�j�qrdRpDs3qrd�p�b�c�oR|rjmpDsey�f}d�u�p�b�c È � � � d�jmd£i}|~j(�Rq~d�ss�cB�(��ced�v�cBs4�^��iml�ce��o�j}q~dRpDse�U�j^sHp�j��Äpxb�cXp�cBsHp7i}|~j(�Rq~d�s�s�cB�m��ced�v�cBs�b�fBw(c¿f>|rced�imp�b�vx|rj^s�c£j}� È1� Â�y�i�qrw(qrd�i�zXf�dR��o�j�qrdRpDs jmd�p�b�cw(q�vxqrdRqrp��kj���p�b�c�wmcelxp�qtvefF||�qrd�c�|rjmi�B� E H � �z b�cÄs�qt?{z{cep�b�j�u�s�u(q�sxv�l�qrz qrd�f�p�c�vx|rcBf�l�|r�{s�qt?{i�|rjm�Rqrd�s�bRqrimbR|r�Xs�q~z�q�|tf�l¶p�j�p�b�c �*l�jm�,ceÅM��f�z q�|r�V¢^b�j�h3cewmcelfksHcewmced^pxb�jmd�c{b�fms wmcel���bRq~i(b s�v�j(l�cBs4h3qrp�b�fF|�|�z{cep�b�j�u�s�c�?�v�ceo�p +*|tfms�p�Uk�R|rp�» |My�h#bRqtv�b�i�qrwmcBs�f¿|rj\h3cels�v�jmlxcm�

» |�|�p�b�c{s�qt?�z{cepxb�j�u�s�uRj£d�jmp�lxcBv�jmimdRqr½ec{f�o�f�l�p4j���p�b�c p�cBsHpÄi�|rjm�Rqrd�s�s�cB�m��ced�v�cBs yh#bRqtvxbnsHpDfF�kuRceceoqrd�s�qtuRc p�b�c7vx|rjm��u>j�� l�f�d�uRjmz<s�cB�(��ced�v�cBse�

Page 17: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

���

0

10

20

30

40

50

0 2 4 6 8

��q~i(��l�c � � � ÅMs�v�jml�cBs¶�Jjml�+*|tfms�pjU��R|rp�» |�BM» E

Page 18: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

�5�

0

10

20

30

40

50

0 2 4 6 8

��qrim��l�c � � � ÅMs�v�jmlxcBs¶��j(l#p�b�cC1 d^h3c�qrimbRp�cBu Y jmd�s�ced�sH��s#z{cepxb�j�u'B2+ E

Page 19: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� �

0

10

20

30

40

50

0 2 4 6 8

��qrim��l�c���� � ÅMs�v�j(l�cBs3p�b�c�a�c�qrimbRp�cBu Y jmd�s�ced�s���s z{cep�b�j�u�B Y E

Page 20: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

�&�

0

10

20

30

40

50

0 2 4 6 8

��qrim��l�c� � � ÅMsxv�jml�cBs ��jml3p�b�cC1 dRh�c�qrimbRp�cBu'��l�j%*�|rc�z{cep�b�j�u'B�¹ E

Page 21: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

���

0

10

20

30

40

50

0 2 4 6 8

��qrim��l�c È Â � � ÅMs�v�j(l�cBs¶�Jjml#p�b�c�a�c�qrimbRp�cBu'��l�j%*�|rc�z{cepxb�j�u B2� E

Page 22: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� �

0

10

20

30

40

50

0 2 4 6 8

��qrim��l�c È(È � � ÅMsxv�jml�cBs¶�Jjml3p�b�c7��|tf�p �mcB�m��ced�v�cBs z{cep�b�j�u�B�� E

Page 23: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� �

È

�mÂBM» E B2+ E B Y E B�¹ E B2� E B�� E

Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�Å<� Å<� Å<�Å<� Å<�Å<�ÅJ» Å Y Å YÅM¹ÅJ» Å Y Å<�ÅJ» Å<�ÅM¹ Å Y Å<�ÅJ» Å Y ÅM¹Å Y Å YÅJ» ÅJ» ÅM¹Å Y Å YÅ YÅ Y Å<�ÅJ» ÅJ» Å Y Å<�Å Y ÅM¹Å Y Å<�Å<�Å<� Å<�Å<�ÅJ» Å<� Å<�ÅJ» Å<� Å YÅ<�Å<� Å<�Å<� Å<�ÅJ» Å<� Å<�Å<�ÅJ» Å<� Å<�Å YÅ Y Å YÅM¹ ÅM¹Å Y ÅM¹ Å YÅ YÅ Y

��qrim��l�c È Á �*p�b�c �mÂ���cBs�p � ÅMs�v�j(l�cBs#lxcBs��R|rpDs#j(��pDfFqrd�cBu�h3qrp�b�f i}|~j(�Rq~d��*l�jm��ceÅM�,f�z q�|r�£�Jl�jmz<f�pDf�lximcep#s�cepj�� �:� i�|rjm�Rqrd�s#f�d�u È � � � d�jmdXi}|~j(�Rq~d�s ¢"BM» E +*|tfms�pjU��R|rp�» | ¢�B2+ E 1 d^h3c�qrimbRp�cBu Y jmd�s�ced�s���se¢�B Y E a�c�qrimbRp�cBuv�jmd�s�ced�sH��se¢ B�¹ E 1 d^h3c�qrimbRp�cBuI�*l�j%*�|rcm¢ B2� E agc�q~i(b^p�cBu���l�j~*�|~cm¢ B�� E ��|�f}p£�mcB�m��ced�v�cBs �1º jmd � |~j(�Rq~d�sf�l�c l�ceo�lxcBs�ced^pxcBuk�R�kf��R|�f(v� �l�cBv�pDf�d�i�|rcm�C�Vcep�pxcelDs4ÅJ»7y 01010 yNÅM��qrd�u(qtvef�p�c{pxb�c7z�cep�b�j�u�i�qrw(qrd�i£p�b�c bRq~i(b�cBs�p� ÅMsxv�jml�c��Jjml3p�b�c�v�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�i£o�lxjmp�c�qrd�

BM» E B2+ E B Y E B�¹ E B2� E B�� E� �!� +�K�º��� f � Â�� � � ¾ Â�� �mÂ6� Â�� Á � � Â�� � � ¾ Â�� ��¾ � Â�� È �mÁÁ f � S�� Â�� È Á È Â�� È Â � Â�� È � � Â�� È �mÁ Â�� Á È Á Â��  È1�

� S�Á Â�� ��È1� Â�� � È Â�� � È Â�� ¾ �6� Â��N¾�� Â����(Â6�ºC�ĺ �C�!� +�K�º �� f � Â�� Âm � Â��  ÈmÈ Â�� Â È Â Â�� Â È � Â��  È(È Â�� Â È ÂÁ f � S�� Â�� Â6��� Â�� ÂmÁ�¾ Â�� Â(ÁmÁ Â�� Â6� È Â�� Â6�(Á Â�� Â:�6�

� S�Á Â�� � ¾ Â��� �6� Â��� � � Â�� �6� Â��� ��� Â��� � �z�f��R|rc È � Y jmz�o�f�l�qts�jmd�s3j}� p�b�c � ÅMs�v�jml�cBs���jml p�b�c�s�qt?kz{cep�b�j�u�s3j��!*�im��l�c È Á��

Page 24: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� ������� 6 �����*�)�" ���� "��#%��� ��� �%i���$ $���qrim��l�c È ÁXs�b�j�hÄs b�j�h�zXf�dR�£d�jmd�ÅJi�|rjm�Rqrd�s f�l�c ��jm��d�u�q~d�p�b�c��mÂ�bRqrimb�cBsHp ���ÅMs�v�jmlxcBs4h3qrp�b�cBfmvxb�j���p�b�cs�qt?�z{cepxb�j�u�se¢�+�|tfmsHpjU��R|~px»#|#b�fms p�b�c¿sHzXfF|�|rcBs�p d^��z ��cel j��#d�jmd�i}|~j(�Rq~d�s7q~d�pxb�c �m£lxcBs��R|rpDsey�h#bRq�|rc �Tf�ps�cB�(��ced�v�cBs{b�fFwmc�p�b�c�|tf�l�imcBs�pF����jml cBfmvxb�o�lxjmp�c�qrd�qrd�p�bRqts pDf��R|rc�qts fF|ts�j�i�qrwmced�p�b�c£z{cep�b�j�ugh3qrp�b�p�b�cbRqrimb�cBs�p�� ÅMs�v�jml�cm����jml��,jmp�b£v�jmd�s�ced�s���s#f}d�u{o�l�j~*�|~cBs f�o�o�l�j^fmvxb�cBsey(h�c�qrimbRp�qrd�i p�b�c�s�cB�m��ced�v�cBs�q~z�o�l�j�wmcBsvx|rcBf�l�|r�kpxb�c�l�cBs��R|rpDse�z b�c�a�c�qrimbRp�cBu���l�j~*�|~c3i�qrwmcBs9qrd{z{j^sHpj���p�b�c3vefms�cBs�p�b�c3��cBs�p � ÅMs�v�j(l�cBsV�Jjml�p�b�c�o�lxjmp�c�qrd�s�j���*�im��l�c È Á�¢b�j�h3cewmcelBy�+*|tfms�p�Uk�R|rp�» |9uRcepxcBv�pDs�f�s�cep�j��¥u(qts�pDf�dRp�o�l�j(p�c�qrd�s���cepxp�cel�p�b�f}d{p�b�c#jmpxb�cel�z{cep�b�j�u�scB |~cepxp�celDs�ÅJ»qrdZ*�lDs�p#v�j�|r��z{d£j���*�im��l�c È Á E ��+*|tfms�pjU��R|rp�» |Tqts¶p�b�cel�c��Jjml�c�f���s�c��J�R|�v�j(z{oR|rcez{ced^p p�j�a�c�qrimbRp�cBu��*l�j%*�|rcBsh#bRqtvxb�f�l�c�pxb�c�z{jmlxc¡s�ced�s�q~pHq~w(c�f}o�o�l�j^fmvxb��������� �����.�1#%�(�1�'� ��������#%��� ��� �%i���$ $�z�f��R|rc È v�j(z{o�f�l�cBs�p�b�c�o�l�jmo,jml�p�qrjmd�j���� ÅMs�v�jml�cBs qrd�p�b�c�lDf�d�imcBsZ&  8 Á%(ty|& Á 8 �%(Jy�f�d�u & ,I�%(¶�Jjml�p�b�cks�q@?z{cep�b�j�u�se�z b�cÄdR��z ��cel3j��¥p�lx��cÄo,j^s�qrp�qrwmcBs3j�wmcel � HQ� qts�s�q~z�q�|tf�l ��jml�+*|tfms�pjU��R|rp�» |�B�Â�� � � ¾ E y�f�d�u{pxb�cÄo�l�j~*�|~cBsz{cep�b�j�u�sZB�Â�� � � ¾�f�d�u�Â�� ��¾ � E y����pZ+�|tfmsHpjU��R|~px»#|Äb�f(s�pxb�cks�zXfF|�|rcBs�p{dR��z ��cel{j�� � fF|ts�c£o,j^s�qrp�qrwmcBs�h3qrp�b� ,I�ZB�Â�� Âm � E �K�d p�b�c�z qtu�u(|rc#lDf}d�imc & Á 8 �%( y6+�|tfmsHpjU��R|~px»#|�uRj^cBs�d�j(p¥o,cel���j(l�z1w(cel���h3c�|�|M��a�b�ced v�jmd�s�qtuRcel�qrd�i �<?�Á�y��lxj%*�|rcBsc*�d�u>z{jml�c�p�lx��c�o�j^s�qrp�qrwmcBs]B�Â�� � ¾ � f}d�ukÂ�� �:�  E pxb�f�dN+*|�f(s�pjU��R|rp�»#|�B�Â��N¾ � � E ���|tf�p3s�cB�(��ced�v�cBs3o�cel��Jjml�z�s�wmcel�� ��fmu(|r� �Jjml¶p�l���c#o,j^s�qrp�qrwmc B�Â�� È �(Á E ¢�p�bRqts�lxcBs��R|rp�i}q~w(cBs�cew(qtuRced�v�c�j��p�b�cfmuRw�f�d^p�f�imc�jm��pDf\q~d�cBu>h#b�ced�sHjmo�bRqts�p�qtvef�p�qrd�i�p�b�c�z{cep�b�j�u�se������� = ��` ��!` � �!i�����" �� �)���i��� �%��1����Z� ��54I������ ����� ���� �)����4��z�f��R|rcBsÄÁ f�d�uZ� s�b�j�h5b�j�h�p�b�c�s�cB�(��ced�v�cBs3h3qrp�b£pxb�c �mÂ��,cBs�p +*|tfms�pjU��R|rp�» |�sxv�jml�cBs3f�l�c4�Jjm��d�u�h3qrp�b£p�b�cjmp�b�cel z{cep�b�j�u�se¢�pDf��R|rc Á�i}q~w(cBs#p�b�c�l�f�d� Xj(��pDfFqrd�cBu£�R�Xpxb�c�s�cB�m��ced�v�cBs4f�d�u>pDf��R|rc�� p�b�c�v�jmlxl�cBs�o�j(d�u(q~d�i� ÅMsxv�jml�cm� z3b�cBsHc#pDf��R|rcBs3s�b�j�h�p�b�f}p�s�jmz�cÄu(qts�pDf�dRp�s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs4f�l�cÄuRcepxcBv�p�cBu{�R� p�b�cC+�|tfmsHpjU��R|~px»#|My�f�d�ud�jmp#�R��p�b�c�jmpxb�cel�z�cep�b�j�u�s �

� � �$+3Á Y » � ����ymf#z{j}|�|r��s�v i�|rjm�Rqrdy^f�d�u �!� +c� ���3� �|��y�f3|rceimb�cez�jmi�|rjm�Rqrd�y�f�l�c¶��cep�pxcel���jm��d�u �^�+�|tfmsHpjU��R|~px»#| B |~cei(b�cez{jmi�|rjm�Rqrd�s4f�l�c�b�cez{jmo�lxjmp�c�qrd�s3o�l�cBs�cedRp3qrdkpxb�c�l�j^j(p�d�j�uR�R|rcBs#j}�¥|rceim��z qrd�jm��soR|�f}d^pDs ¢�p�b�c�qrl#�J��d�v�p�qrjmd>q�s p�j{o�l�j�w(q�uRc�j)?��Rimced£p�j p�b�c���fmv�pxcel�j�qtu�s E �

� � �$+¶¾ �<1 U�z�� y�f7sH������dRq~p j��¥i�|rjm�Rqrd£j��h3jml�z q�s���jm��d�u��R� +*|�f(s�pjU��R|rp�»#|¥f�d�u��R� �*l�j%*�|rcBseyR����pd�jmp#�R�Xp�b�c�j(p�b�cel#z{cep�b�j�u�se¢�f}d�jmp�b�cel#h3jml�zÆi�|rjm�Rqrd�s�������dRqrpBy � �$+ È �<1�Uxz|�#yRqts d�jmp3�Jjm��d�u��^�f�d^��z{cep�b�j�uVy�c�?�v�ceo�pÄ�R��+�|tfmsHpjU��R|~px»#|M�

� KMdRp�cel�cBs�p�qrd�i�|r�my p�b�c�qrd�s�cBv�pXi}|~j(�Rq~d � �$+cz Y ¸|K2z ¸Æqts�jmdR|r����jm��d�u��R�I+*|tfms�pjU��R|rp�» | ¢ p�b�c£i�qtf�dRpb�cez{jmi�|rjm�Rqrd�s�j}��h�j(l�zXs �C�$+ È �¶¸ � ���#yVfF|rp�b�jm��imb�o�l�cBv�cBuRcBu��R� � d�jmd�ÅJi�|rjm�Rqrd�seyVqts�fF|ts�j���cepxp�cel��jm��d�u>�^��+*|tfms�pjU��R|rp�» | �

Page 25: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

�6�

�#f�d� £jm��p�fFqrd�cBu£�R�¿s�qrz q�|tf�l�qrp��ks�cBf�l�v�b£j���f i�|rjm�Rqrd���l�jm�,ceÅM��f�z�q�|r�j}� ��l�jR¹4jmzXÁ���h3qrp�b �6� i�|rjm�Rqrd�sÄf�d�u È � � � d�jmd�ÅJi}|~j(�Rq~d�s

º4f�z{c +*|�f(s�p�Å Y j(d�se� Y j(d�se� ��lxj��H� ��lxj��H� ��|tf�pU��R|rp�»#| 1 d�a�imb^p a�c�qrimb^p 1#d�a�imbRp a�c�qrimb^p �mcB�m��ced�v�cBs¸�+c+ U'K Y �Ä» È È Á � � ȸ�+c+ � ¡º�� Á ¾ � � � ¾¸�+c+ »C� z#�L� � Á � � ¾ Á¸�+¶»¡Á »�� Y �Ä» ¾ � È È È �¸�+¶» È »�� Y �Ä» � � ¾ � � �¸�+¶» � ¡º��� � � � Á Á �¸�+¶» U'K Y �4» � � � ¾ � ��C�$+3Á Y » � ��� � ( �:� ¾ � ¾ � È ��¾�!�C+c� ���3� �|� � }¾ � � ¾ � �¾�C�$+3Á z ��¸ � È Â È Á � ��È � È Â �6� È Á6��� ÈmÈ~� ¾�C�$+¶¾ �<1 U�z�� ÈmÈ ¾ � � � �mÂ È ¾ � È ��C�$+cz Y ¸�K7z#¸ È Á � � ��¾ � � � � � � � � �mÁ����ÁmÁ ¸#»C�$U�» � È � 6��� � � È È ¾ � Á�¾ È%�RÈ ��C�$+ È Y » � ��� È ¾ � � � È Â È1� ÁmÂmÁ Á ��È � ����!�C+ È Ux�¶¹Cz � È1� È(È È~� �( Á � Á �U Y �¶Á � Y � �"K � È1� �6��È � � È Á�¾ È Â� È1� ¾ ��C�$+ È �<1 U�z�� È%� � � � �m � Â�¾ � � � � Â���¸ � C��»���z � È � È1� �m È1�:� ¾ � �6� �6� � ¾ ��!�C+¶¾ Ux�¶¹��m» È È Á È � Á � Á(Á ¾ � ��C���» �m» � z � ÁmÂ È Á � � 6��¾ Á È ¾ Á�� � È1� �mÂ�C�$+3Á �<1 U�z�� Á È È Â �6� È1�:� � � ��� È � � ��!�C+3Á ���3� �|� ÁmÁ � :� � Á ¾ � � 6�Y �� È ¹�K Y ¹�K � Á6� ¾ �6� È �}¾^Á � � �6� Á È ¾ �mÁ�C�$+ È ��¸��3��� Á�¾ È �6� È ¾ ¾^Â6� �6� ¾ �  ��C�$+c� �<1 U�z�� Á � � � �}¾ � � ¾ È ÈmÈ �!�C+3Á Ux�¶¹Cz � Á � È � �( � �  � � � Ám¸�U���» � Y � ��K Á � È Á � È Â�� È � È � È Á������ È C��»���z � Á�� Á��� È Â:� � È1� � � � �m ÈY �3» z U'K��B � Á� �^ÈmÈ � � Á � �6� � �6� È Â mÂz#¸ C� �3» z � �m Á � � �6� mÁ� 6� � Á È

º#j(d£i�|rjm�Rqrd�s#o�l�j(p�c�qrd�sÄf�lxc�zXf�l� mcBu��R�¿f �

z�f��R|rcnÁ�����q~z�q�|tf�lHq~pHq~cBs¿��j(��d�u��R�I+�|tfmsHpjU��R|~px»#|�j���p�b�c�i�|rjm�Rqrd �*l�jm�,ceÅM��f�z q�|r��h3qrp�b�i}|~j(�Rq~d�s �C�$+3Á�Åz ��¸ � y!� �$+cz Y ¸�K7z#¸�y!� �$+ È Y » � ����y!� �$+ È �<1�U�z���f�d�u � �$+ È ��¸��3��� f�l�c�d�j(p�uRcep�cBv�p�cBu�R�£p�b�c�jmp�b�cel#z�cep�b�j�u�s �3��qrz q�|�f}l�qrp�qrcBs4h3qrp�b �C�$+3Á Y »C������f�d�uN�!�C+c� ��� � ����f�l�c��,cep�p�celÄuRcep�cBv�pxcBuV�

Page 26: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� �

� ÅMs�v�jml�cBs jm��pDfFqrd�cBu£�R�£s�qrz q�|�f}l�qrp��ksHcBf�lDvxb£j��*f�i�|rjm�Rqrd �*l�jm�,ceÅM��f�z q�|r�j}� ��l�jR¹4jmzXÁ���h3qrp�b �6� i�|rjm�Rqrd�sÄf�d�u È � � � d�jmd�ÅJi}|~j(�Rq~d�s

º4f�z{c +*|�f(s�p�Å Y jmd�s Y jmd�s �*l�j�� �*l�j�� ��|tf�pU��R|rp�»#| 1 d�a�imb^p a�c�qrimb^p 1#d�a�imbRp a�c�qrimb^p �mcB�m��ced�v�cBs¸�+c+ U'K Y �Ä» Á � � � ¾^Â�� È ¾ �6��� ��� ÈmÈ � � � ¾����N¾(¾ � � �� �¸�+c+ � ¡º�� Á � � � � � � � �  �6��� � � È1� � �  ¾���� � Á �}¾�� � ¸�+c+ »C� z#�L� Á � � È �����N¾ � �mÁ�� È(È È Á��N¾ � ¾ � � �( � � � ���¸�+¶»¡Á »�� Y �Ä» Á�¾�� �6� ����� Á(Á ��¾�� Â È ¾ ��� È(È ¾ ���� È � � � È%�¸�+¶» È »�� Y �Ä» Á6��� ¾^Á � � � Á � �mÁ�� � � ¾ � � � ¾ ¾ � � �  �:��� ���¸�+¶» � ¡º��� Á6��� ¾^Á � � � Â:� �mÁ�� È ¾ ¾ � � � Á ¾ � � ��È �:��� È1�¸�+¶» U'K Y �4» ÁmÂ�� � ¾ � È � �:� Á � � ��� ���� Á:� ������(Á Á �� ÈmÈ�C�$+3Á Y » � ��� � ���6� Á�� Âm Á�� Á�¾ ��� Â�¾ Á��� � È � � Á�!�C+c� ���3� �|� ¾,� � � È � 6� È � � Á�� � � Á��� � Â�� È Â�C�$+3Á z ��¸ � ¾,�N¾ È ÅMÂ��N¾ Â�� ��È ÅMÂ�� Á�¾ ÅMÂ��N¾m¾ ÅMÂ�� � ��C�$+¶¾ �<1 U�z�� ¾,� � � Â�� � Â�� ¾ � � � Â È ¾�� � � Â�� ���C�$+cz Y ¸�K7z#¸ ¾,� � � Â�� ¾ � Â�� m Â�� È Â ÅMÂ�� ÂmÁ Â�� � È����ÁmÁ ¸#»C�$U�» � ¾,� � � ÅMÂ��  � Â�� Á � È � � � È � Á�¾ Å È �  ��C�$+ È Y » � ��� ����mÁ Â�� Â È ÅMÂ�� È Â È � ¾m¾ È � Ám Â�� ÈmÈ�!�C+ È Ux�¶¹Cz � ����m � � ��¾ ��� � Á ��� ¾ È ���N¾ Â�� �mÁU Y �¶Á � Y � �"K � ����� � Â�� �  ÅMÂ�� Â�� È � � Á�� È � ÅMÂ��� ��C�$+ È �<1 U�z�� ��� �6� Â�� ÂmÁ Â�� �6� Â�� � � Â��N¾�� ÅMÂ�� È Â���¸ � C��»���z � ��� � � ÅMÂ�� �6� ÅMÂ�� � Á Â�� Á � Â��N¾ � Â�� �mÂ�!�C+¶¾ Ux�¶¹��m» ��� � � � � ��¾ ��� � Á ��� �  ��� � � Â�� �6��C���» �m» � z � ��� �6� ÅMÂ��N¾ � ÅMÂ�� Â6� È � ��� È � È Â Å È � Â(Â�C�$+3Á �<1 U�z�� ��� � � ÅMÂ�� Á�¾ ÅMÂ�� � � ��� È1� Á�� �6� Å È �N¾ ��!�C+3Á ���3� �|� ��� �6� È � 6� È � � Á�� � � Á��� � Â�� È ÂY �� È ¹�K Y ¹�K � ��� � Á Â�� � � ÅMÂ��N¾ � ÅMÂ�� ÂmÁ Â�� È Á ÅMÂ�� �:��C�$+ È ��¸��3��� ���N¾m¾ È � � � È � � � Â�� � � Â��N¾ � Â�� � ��C�$+c� �<1 U�z�� ���N¾ È Á��  � Á�� Â6� ��� Á È ��� È È � � È�!�C+3Á Ux�¶¹Cz � ���N¾^ ¾�� � � ��� Á È Â�� mÁ ��� Á � Â�� �6�¸�U���» � Y � ��K ��� � � È � �6� È � �� ¾�� È ¾ ¾��  � È � � ������ È C��»���z � ��� � � È � Â�� ÅMÂ�� È Á È � � � Â�� � Á È � ÂmÁY �3» z U'K��B � ��� �mÁ Â�� ÁmÁ Â�� ¾^Á Â�� È ¾ Â�� È1� ÅMÂ�� Á}¾z#¸ C� �3» z � ��� �mÁ ��� � � Â�� �6� ÅMÂ�� Â�� ÅMÂ�� Â� ��� � �

º#j(d£i�|rjm�Rqrd�s#o�l�j(p�c�qrd�sÄf�lxc�zXf�l� mcBu��R�¿f �

z�f��R|rc � � � ÅMs�v�jml�cBs#v�j(l�l�cBs�o,jmd�u(qrd�iXp�j�p�b�c�o�l�cBv�cBu(qrd�i£pDf��R|rcm�

Page 27: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

��� § ` � "�¯V­m®�¶©Mµ�³�ª�©9 ©M°M¯V­m© «m©%"�ª{¬�� ¯�ª "���´�",µ�® " �k©J«� ¯�·�¯,«m¯ ��¯Vª "�¬���$´�° «}©�¯V°M©M³�µ "�µ�«mªa�c p���l�d�d�j�h�p�j�p�b�c{s�cBv�jmd�u�f�o�oR|�qtvef�p�qrjmd�j���jm��l�z{cepxb�j�uV¢�h�c�imcep�f��m��cel���s�cB�(��ced�v�cmy f}d�ukh3c�h f}d^pp�j£ Rd�j�h1h#bRqtvxb�jmd�cBs4j��#f£s�cep�j���z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs f�l�c{s�qrz q�|tf�l�p�j�p�b�c{�(��cel��m� z bRq�s�f�o�o�l�j^f(v�b�b�fms4fu(qrl�cBv�p�f}o�oR|�qtvef�pHq~j(d{h3qrp�b{p�b�c3u�f�pDf���f(s�c���l�j^¹4j(zk�Va�c#f�o�oR|�qrcBu{jm��l�z{cep�b�j�u�p�j4p�b�c���l�j^¹4j(zXÁ��3wmcel�s�qrjmdyh#bRqtvxb�v�jmdRpDfFqrd�s ��d�i^f�o�o�cBu�fF|�qrimd�z{cedRpDse����"��� :9 ���� ����� �����C�)���Z������� ������� $�������lxj^¹4jmzXÁ��Z& È 1(�b�fms3��ceced�imced�celDf�pxcBu���l�j(z �ma K��������|� z#Á ���¡f(s¶��j}|�|rj�hÄs��

� o�fFqrl�h3qts�c�v�jmz{o�f�lHq�sHjmd�s{j}�{�maQKx�������|� z�sHcB�m��ced�v�cBs�o�l�j�uR��v�c�f�sHcepXj��7¸ ����svB�¸ qrimb �^v�jml�qrd�i�mceimz{cedRp ��fFqrlDs E ¢

� ��l�j(z j�wmcel�|tf�o�oRqrd�iX¸ ����s3f�l�c4���Rq�|rpÄ�Rqrimimcel#¸ ���^s�B�¸ qrimbk�^v�j(l�qrd�i£�mceimz{cedRp4�mcepDs E f�d�u�f�i(lDf�o�b�j��¸����^se¢� z7�R|rp�qroR|rc�fF|�qrimd�z{cedRpDsXf}l�c£o�l�j�uR��v�cBu��R��v�jmd�vef�p�ced�f�pHq~j(d�j�� ¸ ���^s���c�|rjmd�i�qrd�i�p�j�o�f}p�b�s j���p�bRqtsimlDf�o�b£h#bRqtvxb�v�jmdRpDfFqrdkf z�f)?^qrzXf\|¥d^��z �,cel#j���s�cB�m��ced�v�cBs �z�f��R|rc�¾£i�qrwmcBs�f�dgj\w(cel�wmqrceh�j�� �*l�j^¹4jmzXÁ �£u�f�pDf���fmsHcm¢Vqrp�i�qrwmcBs�fF|ts�j�f}d�qtuRcBf£j��#p�b�cXsHp�l���v�p���l�c�j��

p�b�c�»#|�qrimd�z{cedRp��4lDf�o�b�s3i(ced�celDf�p�cBu��R�Xpxb�c�o�l�ceo�l�j�v�cBs�s�qrd�i£o�b�fms�cmy�h q~pxb£w\fF|r��cA)"gH � / �d^��z �,cel#j�� dR��z ��cel d^��z �,celÄj�� d^��z ��cel4j�� pxjmpDfF|dR��z7�,cel o�cel�v�ced^pDf}imc�j��

s�cB�(��ced�v�cBs3qrdkpxb�c j�� ��l�f�d�v�b ��lDf}d�v�b j�� ��lDf�d�vxbz �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs l�cei�qrjmd�s o�j^s�q~pHq~j(d�s o,j^s�qrp�qrjmd�s o�j^s�qrp�qrjmd�s

È È)�  � ¾ Á � � ¾�� � Â�� ÂÁ �mÂ}¾ � È)� Â6� È � � � � � ¾ �  �6� È Á�� �6�� È � �  � � �mÁ ¾ �:� ¾ Á�¾�� ��È ¾ È ��� � ¾ �6� � � ¾(¾m¾ �m �6�6� È1� � � ¾ È ��� È �� �  � ��( � Á�¾ �mÁ � � � � Á�¾�� ¾^Á� �6� � �mÂ(Á�� Á È)� � � ÁmÂ��¾ �mÂ��  �� Á � ¾ Á �  � Á È(È � ��È ���� ��¾�� � Á� È �6� È �� È%� Â��� ¾�� È � ���� � � È1��È È%�  � È ¾ �mÁ6� ��¾ È � ¾ È � ÂmÁ

? È Â È � È È Á�� È È ¾ � �:� Á �  ��È1� �6� � � �?�Á �mÂ:� È ��6� �:� �

z�f��R|rc�¾ ���#wmcel�w(qrceh<j�����lxj^¹4jmzXÁ���f�d�u�o�lxceo�l�j�v�cBsxs�qrd�i�l�cBsH�R|~p�s{h3qrp�b )" H � / BM��l�f�d�v�b�s�ceimz{cedRpDss�zXf\|�|rcel4p�b�f�dN� b�fFwmc��,cecedkc�|�qrz qrd�f�p�cBu E �

� â�¼wÁ ¼w»=½PÂ͸ºÀRÁ�À[Å~Þ »jÀ .HÀRÐ����¸º¹�ÀrÁtÂj·1¼FÃ?½wÚuà&Þ!»jÀ�.?ÀrÐ����5Ã�¸²Î²Î�Ùu¼FÔr¼wÁ ¼w»=½[Âj¼wÑ(Åg»jÀrÐ ��, Æ � � Þ�È�¶����(½[Á1ÑYÃ�¸²Î²Î�¾wÀrÁTÂ=½w¸ºÁÐFÏmκÂ͸h½wβ¸ºÔTÁ1мoÁTÂj¹|Ã�¸ºÂj·MÔT½[á1¹wã

Page 28: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� ����"�� �� $������� ���` � �54 ��� �)��� ��i���1#���� �)�"�x� ���0�%� ' �" � � � �)��� �1`�� $�����1��$ �)���% $���1���f(v�b�z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�v�j(d^pDf\q~dRqrd�i�� ?�ÁXs�cB�(��ced�v�cBs4b�fms ��ceced�o�lxj�v�cBs�sHcBukh q~pxbx+*|tfms�pjU��R|rp�» |�f�i^fFqrd�s�pf�u�f}pDf���fms�c j�� È ÂmÂmÂmÂ4l�f�d�uRjmz sHcB�m��ced�v�cBse��14s�qrd�i�f}o�o�l�j)?^qrzXf�pHq~j(d{j��p�b�c#c�?�o�jmd�cedRp�qtfF|V�Jjml�s�z�fF|�|Tw\f\|~��cBsj���p�b�c�c�?�o�jmd�cedRpByVf w\f�lHq�f}�R|~c�p�lDf�d�s���jmlxz qrd�cB�m��f�pHq~j(d�Á i�qrwmcBs

��B.f�B ��� �� E.E� ���5�)B.f B ���3��� E , 94E ' ���+�� � 5 ��� 8 B � Eh#b�cel�c���B f E qts�p�b�c3l�ceo�f�lxp�qrp�qrjmd�����d�v�p�qrjmd j���pxb�c sxv�jml�cBs�jm��pDfFqrd�cBu �R��s�qrz �R|�f}p�qrjmdy ����qts�p�b�c¶|~ced�i(p�b j���p�b�c�(��cel��Xs�cB�(��ced�v�c�f�d�u���¶p�b�c#|rced�impxbXj��p�b�c4lDf�d�uRj(z s�cB�(��ced�v�cBs�B�vxb�j^s�ced£fms �(Âm E �!z3b�cÄz�f)?^qrz ��z sxv�jml�cb�fms*��ceced� mceo�p��Jjml�cBf(v�b{l�f�d�uRjmz s�cB�(��ced�v�cmy�f�d�u{pxb�c3|rjmi^f�l�qrp�b�z�j��Tpxb�c#l�ceo�f�l�pHq~pHq~j(d{�J��d�v�p�qrjmd���B f E b�fms��ceced£oR|rjmpxp�cBuXf}i^fFqrd�s�p�pxb�cÄs�v�jml�c 9 ��z3b�c4o�f�lDf�z�cep�celDs '�f}d�u � b�fFwmc#p�b�ced���ceced�cew\fF|r��f�pxcBu£u(q~lxcBv�p�|r�{�^�|�qrd�cBf�l�l�ceiml�cBsxs�qrjmd£�Jjml3cBfmvxbkz �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^pF¢Vo�lDfmv�p�qtvefF| v�j(z{o���pDf�p�qrjmd�s s�b�j�h�p�b�c�imjRj�u��m��f\|�qrp��£j���p�bRqtsl�ceimlxcBs�s�qrjmd�f�d�unp�b�c{d�cei�|�qri�qr�R|rc�q~d ����ced�v�c£j}��p�b�cXf}o�o�l�j)?^qrzXf�pHq~j(d�j}��p�b�c{c�?�o�j(d�ced^p�qtfF|3jmd�p�b�c{l�cBsH�R|~p�se�z3bRqts¶i�qrwmcBs¶d^��z�cel�qtvefF|Tcew(qtuRced�v�c�p�b�f�p�pxb�c K�i�|rceb�f�l�p�Å ��f�lH|�qrd��Jjml�z �R|tf4qts¶w\fF|�qtu��Jjml�fF|�qrimd�z{cedRpDs '�ÅJimlDf}o�b�se�

K�d^px�Rq~pHq~w(c�|~�myRs�qrz q�|tf�l�qrp��7s�cBf�l�v�bRqrd�i#h3qrp�b f3z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^pFymh#b�ced f�o�oR|r�mqrd�i�jm��l�+¶cBs�p���f�p�b�f�o�o�l�jRfmv�bqts�l�jm��imbR|r��cB�m�Rqrw\f\|~cedRp�pxj¡s�cBf}lDv�bRqrd�i�s�qrz q�|tf�l�qrp��7h q~pxb�f |rjmd�imcel�s�cB�(��ced�v�cÄv�jmdRpDfFqrdRqrd�i�p�b�c�s�f}z{c�o,jmp�cedRp�qtfF|fF|�qrimd�z{cedRpDse��a�c3vefF|�| '� ���T Z P"��� 6V � P"��� �[V`&�j��^pxb�c�fF|�qrimd�z{cedRp2'3p�b�c*|rced�imp�b�j���p�bRqtso,jmp�cedRp�qtfF|�|r��cB�m�Rqrw\f\|~cedRp|rjmd�imcel�s�qrd�i�|rcÄsHcB�m��ced�v�cm� �9cep ����c3p�b�c¶|rced�imp�b j��Tf z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^pBy�f�d�u9�*��c3p�b�c3d^��z �,cel�j�����lDf�d�vxb�cBsqrdk��lDf}d�v�b�l�cei�qrjmd�s#f�d�u(�p�b�c�d^��z �,cel#j�����lDf�d�vxbkl�cei�qrjmd�s ��a�c�uRc�*�d�c�pxb�c ���T Z P"��� 6V �OP"��� �[V`&����#fms

� � H � $ �� 8jmlBy

|rjmi�B�� � E H |~j(i�B� E p �,|rjmi�B Ej0a�c�oR|rjmp�qrd���q~i(��l�c È �>p�b�c{l�cBs��R|rpDs�j��#s�qrz �R|�f}p�qrjmd���j(l � fms�f��J��d�v�p�qrjmd�j���� � �Jjml �gH Á�f�d�u �gH � ¢d�jmp�c4p�b�f�p3p�b�c4» |�qrimd�z�ced^p��4lDf�o�b�s¶h3qrp�b��|H � b�fBw(cÄ�,ceced£imced�celDf�p�cBu��R�{z �R|~pHq�f\|�qrimd�z�ced^pDs v�jmd^p�fFqrdRq~d�i� ? � s�cB�m��ced�v�cBs � �3cBsH�R|~p�s3j��¥s�qrz �R|�f}p�qrjmd���j(l ' i�qrwmc�f�dXc�?�o�cBv�p�f�p�qrjmd£j��¥Â 0 È �ymh3qrp�b£f�w\f�lHq�f}d�v�c�j��¥Â 0 È yqrd�uRceo�ced�uRcedRpÄj}�Tp�b�c#w�fF|r��cÄj}��� � �¥»�l�cBsH�R|~p¶�Jl�jmz u(qrl�cBv�p3v�jmz{o���pDf�pHq~j(d{j��cB�m��f}p�qrjmd{¾�h q~pxbXf�v�jmd�sHced�s���su�f�pDf}��fms�c�i�qrwmcBs '  0 È ���

0.22

0.24

0.26

0.28

0.3

0.32

0.34

0.36

0.38

0.4

0.42

0.44

1.5 2 2.5 3 3.5 4 4.5

0.22

0.24

0.26

0.28

0.3

0.32

0.34

0.36

0.38

0.4

0.42

2 3 4 5

|~j(i�|rjmi�B�� � E fOU e1fOU e&n�� � q

� ��|H5Á �|H �

��qrim��l�c È ���9B�fF|r��cBs{j�� � ��l�j(z �*l�j^¹4jmz�Á��kfF|�qrimd�z{cedRpDs v�jmdRpDfFqrdRqrd�i �vH<Á�f}d�u ��H � ��lDf�d�vxb�cBs��^���lDf�d�vxbklxcei�qrjmd�

Page 29: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

�"�

���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������� Y9Z W�W G�FN" D%M�F�F�DE

� M$X�[ " H,D��9Z���M W MN��� G�US�G E�C�G�F K�H�D�J�S�C�M E�X � MX�[ � F�C�D�H�M@E�X � GX�Y�G E�N " Z%MH�F�� � C�D�H�G " �-� �

&�& � ���� ��2���B���\"�����0/.,������� 4 "�����0/.,������� ������*�������0���.%������ 4�4�4 <�� �;4)��� & > �����,> & � ��2���B����� 0���!�",��������*\"���2���!�������0L!������Q!����,��!������/0L" 4�4�4 & � �;4) 3 ��>��,� >�� ����!���2��,�%��T"��,��*����� � 4 0�2������ � �]���9� 0���*,��2����%�$�T� 4�4�4 �� �;4)�� ��9� ���� 4d"��9�!������T����� 8�� & �>��g"���> 3 �� " 3 ���� 3 "����<� 3 " 3�3 4�4�4 � & �;4)��� �3 � �,� �-� 0�2������\"�����0/.,�������T��B�.���������*T��!�B����������/0+.9��"�<��� 4d" 4�4�4 & �;4)< 3 ������ ���� �,���������,���������,��� @�!�"V����������� ��&;')� !����,��"�������"�����*���4�4�4�4 >�� �;4)< 3 ����9� ���� ��� ����!�� ������*���!��T "�������"�����*���������7����������L"��,����"�����*�� 4�4�4�4 >�� �;4)<�� ���� & � ����� ����*�����0���2�2�.�2����T��2���B��� ������*�������0���.9������ � 4 ��2���B 4�4�4�4 � 3 �;4)<�� �<��� � 3 � ������6��Q!������%��Q0���������T !��,0 0�������Q�:���2���*���2T!�.9��0(4�4�4�4 > 3 �;4)<�<�<�> ��� & � ��� 0�����!���*�������� !���*�����2 � ��0�0���"�*��$���L0�����!�������0���"�*,���L"�� 4�4�4�4 � 3 �;4)<�<�<�< �� & >�< ��� �9�B�������!���2 3 ��� �9� & 4d!��*���0��������,�����2="���>�>�� "���� 3 >(4�4�4 ��� �;4)<�<�<�< & �����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������qrim��l�c È ¾ � �3cBs��R|rp�j���f�+*|tfms�pjU��R|rp�» |*�(��cel��£jmd���l�jR¹4jmzXÁ���¢Rp�b�c �m��celx�ks�cB�m��ced�v�c�qts4p�b�c�l�cBs�oRqrlDf�p�j(l��o�l�jmpxc�q~d�� �$+cz Y ¸|K2z ¸���������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������

� Y9Z W�W G�FN" D%M�F�F�DE

� M$X�[ " H,D��9Z���M W MN��� G�US�G E�C�G�F K�H�D�J�S�C�M E�X � MX�[ � F�C�D�H�M@E�X � GX�Y�G E�N " Z%MH�F�� � C�D�H�G " �-� �

&�& � ���� ��2�B 3 ��g��2�B�? $��� ��2�B�6 $��� 4�4�4 ��2���B���Q"�����0.�������� 4T4�4�4 ��> <(4 > G � ��> ���>�� ��-� 2���B 3 3 � 2���B�� �� ��B�"�2 �� 4�4�4 2���������!�����2���B���Q� 4P� 4�4�4 3 < �(4 ��� �>�> � ��� *���*��` 3 � *���*�! �� ��7 3 �,� 4�4�4 7���0�*����\��2���������*������ �4�4�4 ��� �(4 <�� 3 >�> ���� ��.%0�! �-� "�����2 3 � ��.9�/�; $��� 4�4�4 2����,���Q��������������������� 4�4�4 &�3 �(4 <�� ������< 3 � ���@:���������T"�����.,6���*���� ����*�����"������"�����*�� "�����0/.,�������T",(4�4�4 ��� �(4 <�< 3 3 � �,� �-� ���,��>` ��� ��� 3 �` $��� 0�2������T"�����0.��������\��B�.����,����*T��!�B 4�4�4 & �(4 <�< & ����������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������������qrim��l�c È)� �W+�|tfmsHp�o1�(��cel���jmd�p�b�c���dRh�c�qrimbRp�cBu�v�j(d�s�ced�s���s�j�� �*l�j^¹4jmz�Á���f\|�qrimd�z�ced^pDs ¢�p�b�c��m��cel��s�cB�(��ced�v�c�q�s � ��+�z Y ¸|K2z#¸��

���"��� �Z ������� "� �C�)���Z��� � ��54 6��������1�� $���1���z3b�c�s�qrz7�R|tf�pHq~j(d�sXuRcBs�v�lHq~�,cBu q~d$p�b�c£o�l�cBv�cBu(qrd�i�s�cBv�p�qrjmd5f\|�|rj�h���s pxj�i�qrwmc£o�l�jm��f}�Rq�|�qts�p�qtv�s�qrimdRqt*Tvef�d�v�cj���fF|�qrimd�z{cedRpDs jm��pDf\q~d�cBu�h q~pxbI+�|tfmsHpjU��R|~px»#|�����»4d�c�?�f�z{oR|rc£j����m��cel��gh3qrp�b�p�b�c£l�cBs�oRqrlDf}p�jml���qrd�s�cBv�po�l�jmpxc�q~d �C�$+cz Y ¸|K2z#¸�qts3i�qrwmced�qrdZ*�im��l�c È ¾,��K�p3qts3p�j���c7v�j(z{o�f�l�cBu�h3qrp�b£p�b�c�s�f}z{c¡�(��cel���zXfmuRc4jmdp�b�c{v�jmd�s�ced�sH��s�s�cB�m��ced�v�cBs4j}����l�j^¹4j(zXÁ��ZB�*�i(��l�c È1� E ��z3b�c l�cBs��R|rpDs4jm��p�fFqrd�cBukh q~pxb�pxb�c�p�h3j{z{cep�b�j�u�sf�l�c cBfmvxbkj(p�b�cel¡v�j(z{oR|rcez{ced^p�f�l��m� �#dR|r�n¸ ����s h3qrp�b�p�l���c z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDseyv�jmdRpDfFqrdRqrd�ikp�h3j{jml4z{jml�cs�cB�(��ced�v�cBsey�f�l�c¶c�?�bRqr�Rqrp�cBu�jmd *�im��l�cBs È ¾�f�d�u È1� y6BMpxb�c�dR��z ��cel�j��s�cB�(��ced�v�cBs�qrd p�b�c3z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs*qtsqrd�u(qtvef�p�cBu���cep�h3ceced���lDfmvx mcepDs E �!+*|�f(s�pjU��R|rp�»#|uRcep�cBv�pDs*p�h q�v�c�fms�zXf}d^�{s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs#fms�+*|�f(s�p�oyR����p�uRjRcBsd�jmp�uRcep�cBv�pDs�s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs h3qrp�b���l�j^¹4j(z<fF|�qrimd�z{cedRpDs4¾ � Â�y È%�6� y�� �6� f}d�u£¾m¾^Á �¢��Jjml#pxb�cBs�c{fF|�q~i(d�z{ced^p�seyh3c�b�fFwmc �  0 Á � y�p�jXv�jmz�o�f�l�c�pxj �  0 �mÁ v�jmz{o���p�cBu�h3qrp�b�cB�m��f}p�qrjmdx��y���s�cBu>��jml�+�|tfmsHp�okh3qrp�b�p�b�cv�jmd�s�ced�sH��s�s�cB�m��ced�v�cBs ¢mp�b�cBs�c*|rj\h � w\fF|r��cBs�zXf} mc +*|�f(s�pjU��R|rp�»#|�z qts�s�p�b�c�s�q~z�q�|tf�lHq~pHq~cBs*j�� � �$+cz Y ¸|K2z#¸h3qrp�b�p�b�c�v�jml�l�cBsHo�jmd�u(qrd�i�z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse�

��� Îh½[¹jÂHá »jÀrÙ�½PÙT¸²Î²¸h¹jÂ͸]¾t½PÁ Ñ(ÀRÏ1Âjá Ï Â�»jÀrÏ Â͸ºÁ ¼w¹�·u½ "R¼�Ùu¼w¼wÁMÏ ¹j¼wÑ&ã

Page 30: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

� �

��l�jmzÀpxb�c�s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBs£d�j(pXuRcep�cBv�p�cBu h3qrp�b�p�b�c�v�jmd�s�ced�s���s y#f�d�u��Jjm��d�u�h q~pxbQ+*|tfms�pjU��R|rp�» | y p�b�cs�qrz q�|tf�l�qrp��Xj}� �C�$+cz Y ¸�K7z#¸$h3qrp�bXpxb�cÄfF|�qrimd�z{cedRp È(È1� �4j�����lxj^¹4jmzXÁ�� qts3s�o�cBvxqtfF|�|r��qrd^p�celxcBs�p�qrd�i�¢Rh#bRq�|rc� ��+�z Y ¸�K7z#¸gqts�f�d�qrd�s�cBv�p�i�|rjm�Rqrdy(p�bRqts�fF|�q~i(d�z{ced^p�qts�v�jmz�o�j^s�cBu j���i�|rjm�Rqrd�s�j���cBf�lxp�b^h3jmlxzXs!B2�<1�U�z��f�d�u ��¸��3��� E yf£zXf}l�qrd�c{h3jml�z B2z C�¸�� E y�f�i�qtf�dRp7uRceceo�ÅMs�cBf�p����,cXh3jml�z B7�V» Ug��� E f�d�u�fks�|~��uRi(ch3jml�z B2z'1�+�z 1 E ¢(p�b�c�uRcep�cBv�p�qrjmd�j��¥p�bRqts3u(qts�pDf�dRp�s�qrz q�|tf�l�qrp���q�s d�jmp�o,j^s�s�qr�R|rc�jmdR|r�{h q~pxbXp�b�c�v�jmd�s�ced�sH��se���qrim��lxc È ��sHb�j\h4s�f�s�p�lxjmd�i��Rqtfms�j�� � ��j(l�s�b�jml�p3fF|�q~i(d�z{ced^p�scB�s�fF��h3qrp�b{�Jceh3cel�p�b�f�dXs�q@?�p�� o�j^s�qrp�qrjmd�s E ¢p�bRqts��Rqtfms�q�s�fF|ts�j�vx|rcBf�lXh b�ced�v�j(z{o���p�qrd�i � �R��s�qrz �R|�f}p�qrjmd$��jml�fF|�q~i(d�z{ced^p�s£v�jmz{o�jRs�cBu�j���f�s�qrd�i�|rcs�cB�(��ced�v�cmymp�b�c3vefms�c¶h#b�cel�c3p�b�cejml�cepHq�vef\|�v�jmz{o���pDf}p�qrjmd�qts�f�o�oR|�qtvef��R|rcm��»�s�f�d�c�?�f�z{oR|rcmyF�Jjmlp�b�c3fF|�q~i(d�z{ced^pÁ � ¾ � yVh3c7b�fFwmc |rced�imp�b � H Á � yf�d�u �  0 � � ��» z{j(l�c l�c�*�d�cXf�d�fF|r��s�qts�s�b�j(�R|�ux*�|~pxcel�jm��p4p�b�c �MfF|ts�cs�qrz q�|tf�l�qrp��kj���p�bRqts#fF|�qrimd�z{cedRp4h3qrp�b �C�$+cz Y ¸|K2z ¸��� #6��� �#��"� �#��celx�mqrd�iN��lxj^¹4jmzXÁ��7��jml�s�q~z�q�|tf�lHq~pHq~cBs�h3qrp�b �C�$+cz Y ¸|K2z ¸�l�cB�(�Rqrl�cBs È Á(Âms3�JjmlC+*|�f(s�p�ÅU��R|rp�»#|�f�d�u � s���jml�+*|tfms�p�o�jmdkf È �:� U�¸�����q�|�q�v�j(d �4lDf�o�bRqtves4v�jmz{o���p�celB�

� � �¥�¥��� �¥���[�¥�Y�a�c#uRcBs�v�l�qr�,cBuXf d�ceh�z{cep�b�j�u4�Jjml�b�jmz{j�|rjmim��sHcBf�lDvxb7�,cep�h�ceced{f4�m��celx�7s�cB�(��ced�v�c#f�d�u�z7�R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDse¢p�bRqts¶z{cep�b�j�u pDf� (cBs�fmuRw�f�d^p�f�imc#j��Vp�b�c�v�jmz �Rq~d�f}p�jml�qtfF|�o,j^s�s�qr�Rq�|�q~pHq~c�s#i}q~w(ced{�^��fF|�q~i(d�z{ced^p¶imlDf�o�b�s ymh#bRqtvxbu(qt�cel�ced^pHq�f}p�c7v�jmd�sHcel�wmcBuksH����o�f�l�pDs3j}�¥p�b�c�z �R|rp�qtfF|�qrimd�z{cedRp¡f}d�u£d�jmd�ÅMv�jmd�sHcel�wmcBu�jmd�cBse�z b�c�+�|tfmsHpjU��R|~px»#| sHj���p�h#f�l�c q~z�oR|~cez�ced^pDs p�bRqts#f�o�o�lxj^fmvxb¿f�d�u£f\|�|rj�hÄs#�(��cel�qrcBs jmdXpxb�c�o�l�jmp�c�qrdkz �R|rÅp�qtfF|�qrimd�z{cedRpDs�u�f�pDf���fmsHcN��l�j^¹4j(zk� Y jmz{o�f}l�qts�jmd�s h3qrp�b�z�cep�b�j�u�s�s���v�b�fms���d^h3c�qrimbRp�cBu�j(l7h3c�qrimbRp�cBuv�jmd�s�ced�sH��sey���dRh3c�qrimb^pxcBu�jml�h3c�qrimbRp�cBu�o�l�j%*�|rcBs{f�lxcXimjRj�uV¢�v�jmz�o�f�l�qts�jmd�h3qrp�b�f '#�Tf�p{s�cB�m��ced�v�cBs '�f�o�Åo�l�j^f(v�b$qts£vx|rcBf�l�|r��qrd�p�b�c�fmuRw�f�dRpDf�imc�j�� +*|�f(s�pjU��R|rp�»#|M��agc�uRcep�cBv�pku(qts�pDf}d^p�|r�$l�c�|tf�p�cBu�s�qrz q�|tf�l�qrp�qrcBseyf�d�ugo�f�l�p�qtv��R|tf�l�|r�my3s�qrz q�|tf�l�qrp���j��Äf�dgq~d�sHcBv�p7i}|~j(�Rq~d�h q~pxb f>o�l�jm��c�i�|rjm�Rqrd��Mf�z q�|r��v�jmdRpDfFqrdRqrd�i�d�j�s���vxbi�|rjm�Rqrd�se�3a�c�vef}d£o�cel��Jjml�z<s�q~z�q�|tf�lHq~p����m��cel�qrcBs h3qrp�bx�*l�j^¹4jmz�Á��4qrdklxcBfms�jmd�d�f��R|rc�o�l�j�v�cBsxs�qrd�iXp�qrz{cmyVuRceÅp�cBv�p�qrd�i£p�h3qtv�c{fms zXf�dR�ks�qrz q�|�f}l�qrp�qrcBs7f(s#h3qrp�b�f�u�f�pDf���f(s�c�j���v�j(d�s�ced�s���s�s�cB�(��ced�v�cBse���#��l�f�o�o�lxj^fmvxb£qtsv�jmz{oR|rcez{cedRpDf�lx�£h3qrp�bks�qrz{oR|rc{f�o�o�l�j^fmvxb�cBs¶|�qr mc7v�j(d�s�ced�s���s4f�d�u�h3qrp�bko,jmo��R|tf�l4jmd�cBs¶|�qr mc o�l�j%*�|rcBse�

����p���l�c h3jml� >q~d�vx|r��uRcBs b�f}d�u(|�qrd�i�z �R|rp�qtfF|�q~i(d�z{ced^p�s�h q~pxb�iRf�o�sey¥f}d�uki(cep�p�qrd�i£��cep�pxcel�o�l�jm��f}�Rq�|�qts�p�qtvqrd�s�qrimbRpDs#pxj{p�b�c�o�f�lDf}z{cep�celDs3j}�¥p�b�c7f\|~i(jml�qrp�b�zk�

��# �! "��� ��� �������x�� ��6� ��^ [ egPo^m`�Nwc f&f�`RU\��^ ihMON[f��^Tahi�s ��fOUgP�N i S N � UgP=d N[`rs ��fg^ f W�Nq��ahN[¯ ^mf NP`Rs � M PRNQM]f]f N��+®Nwxegi M N PRs���fOM��R^m\ N[`ba8p�PRNQNQihNY^ i W�egNr^ iux��3^ P S*�}`�N[iu^ NQPb`c UgP*c P�Nrkgf NQiu` WXMhZ S f&ZbZ�MOUgi&Z�^m\ Unf&``=ahNM^Tf]egUnP�M]`=a [AdhP�U1d U1Z�NmWMOi7`bahM]Z�dp^md NQPrs~^ i W�`�Ur�"M]`=ahi N\��fhP�Pw^ri3c UgPqS UgPRP�NmS´`�MOi&erM]`Rv �^ [ MOi WXN[\&`�N W'`�U�egNR^ iux�e�^gSPkgf N[Z � UhW&^ ihM�c UnPZ�MO[Mxf&fg^T`RMOi&e8Pw^ i WXUg[¤knfhNQPRMON[Z\Uni ^�d UT_ NQP÷c f&f�ihN[` UTc*S Un[Ydhf2`�NQPbZM`�U=N[¯ ^TfOfp^m`�N+`=ahN+dp^ Po^ [\N[`RNQP=Z� ^ i W� c UgPM`bahN[ f&f]`�Mg^mf M]enih[*N i�`bZ UTc L"P�U���Ug[ sFA&v

Page 31: BlastMultAl, a Blast Extension for Similarity ... - Inria

��������1�F����Y���|�& È (�������� ��������������������� �� �!����"#�$�%�%& '����!����")(*& '+,��-.� �!���0/*1�243*��5 67/*1�8�9:�"+�f(s�qtv��Vj�vefF|

»#|�qrimd�z{cedRp��mcBf}lDv�bNz j^j�|M�7; ��<4= � ��>@?A=�����B,C%D B È �m E y(¾^Â6��ER¾ È Â��& Á~(���'�1GFH�%I�8KJ��ML���8NJ@/*��/*O�'+�AP 10/*1�8NQR��8H/*1ISQT/VU�/*' /*WX/Y8MZ[�YQ[��\^]�?�_a`cb�dN=%e,_a`cfR?Agih@_Xj%fk_

l b%�%b�?m`nb�?Aoc`e� ��jmb�d£a$q�|rce�my È �mÁ��& �~(pLT �1�UY8�qr�H3M�7\sd�=%et_a`nf�?Agvu7_X=,w*�twc? �x?Ab�y�bAz,f{=%_|y���»�vefmuRcez qtv���lxcBs�sey È � ¾,� sHcBv�jmd�u£cBu(qrp�qrjmd�&N¾:(pLT'�F��� & 6@F*'�&G8H"}��8�/*1�I�~*(����& '�8��!�[�+f���b\����%=�_|?AbAz,��` � �c?^�JjmlDu�1 dRqrwmcelDs�qrp��N��l�cBsxsey È ��¾��& � (��Y& ���%& '�8*�!��\Tg��|g+b�_X=�j%e,o�b�?�=�gvb�=�u7_�=tw*�,w�? ��?Ab�y.bAz,f{=%_{y �%g0j��|bA`Y\M�%� ��?Ao2�%b�?A=%g�` � ��jmb�d£a$q�|rce�my È �6� �

s�cBv�jmd�u£cBu(qrp�qrjmd�& � (p�p& '+c��&,�$1�8V"}��8�+FH11 0/*6�& '�8�-.��8 /H1I)LT GF��� G��/78L�� B�j�|r��z{c¡vxb�f�d�imcBs�qrd�o�l�jmp�c�qrd{cew(j�|r��p�qrjmd�

;���<�=�����>M?A=�����B%�,� B È ��¾ E y È Â ��� E È Â � ���f�o�o�ced�u(qt?�& � (p�p'+�$��PO�F��Y8�"}�c�*l�j%*�|rc�f�d�fF|r��s�qtse�K<4fkbAzt=kjP`.?Ag�<4=���f{oke � ��_�>M?A=���=|��ypB,D B È �}¾ E y^Á}¾ � E�Á �:� �&��~(p�p'+�$��PO�F��Y8V"}��8�3T��+�� +(Y8V~���80/*1I�-M�AP& 1�0& '�U78�9r�"��lxj%*�|rcÄf�d�fF|r��s�qtse��<4f�bAz,=kjP`�?�g[�Yg��nyP��=���=|��y

C%�P� B È m E y È ¾ � E È)� ��&�~(p�p'+�$��PO�F��Y8�"}��8�")/��3�/�� �k/*1*8��R��87/*1�I�-@���& 1�+& ' UY8�9r���*l�j%*�|rc¿f}d�fF|r��s�qts��£uRcep�cBv�pHq~j(d�j��

u(q�sHpDf�dRp�|r�£l�c�|tf�p�cBu�o�l�jmpxc�q~d�s �7uY_X=ko ��  ��b%� ��\�o��%j l ok?%�K¡ l \!�c¢�B È �� � E ym¾ � �6� E^¾ � � ���& È Â~(�Z�& 1���OGFH£t£�8�����8�/*1I�Z�& 1G�$OGFH£,£+8�¤V���r�,»4��p�jmz�f�p�cBu fms�s�cez �R|r� j��To�lxjmp�c�qrd�s��R|rj�v� �s*��jml�u�f}pDf���fms�c

s�cBf�lDvxbRqrd�i��7 Te,o)�xf�?�oT\�ok?AjP`T_Xfc`cf2�%_Xo�z¥C%¦}y�Á6�gB È � È E y �6�6�6� E �6� � Á��& ÈmÈ (�Z��AU�U��$1G,8�9r��8��7�G�� G,8�~���8�/*1I§JT�%&%/���,(Y8[�R��¤V� Y �<1 ��z3» � B ��qrz{o�l�j�wmcBu$s�j��Jp�h f}l�c{�Jjml

z7�R|rp�qroR|rc{s�cB�(��ced�v�c7fF|�qrimd�z{cedRpB��d�\T>7�kh l � B È �mÁ E y È ���E È È �& È Á~(.¨�U*��& +/*'P�H8�9r��3@���!?�p�l�cez�cBs�w�fF|r��cBs qrd�p�b�c � K ����� È �(��ce��cBse�©�ztf �%g+g ���ª`R=X«�< �%bAz,f�� �%b�?�o����

l b%�%b�?m`nb�?Aoc`@¢ �my,ÁZB È � Á E y � Á � E � � � �& È �~(�q./*'����$1�8�����8N/*1I¬�����V��� ���8����K����U�cep�b�j�u�s4�Jjml7fmsxs�cBs�s�qrd�i�p�b�c£s�pDf�p�qts�pHq�vef\| s�qrimdRqt*Tvef�d�v�c�j��

z{j�|rcBv��R|tf�l¡sHcB�m��ced�v�cBs ��cBf}p���l�cBs3�R�X��s�q~d�i�imced�celDfF| sxv�jml�qrd�iXs�vxb�cez{cBse�7u7_X=ko#�V ��%b%����\�o��%j l o�? �K¡ l \� ­'BMzXf�l�v�b È �m E y^ÁmÁ � ¾PE�ÁmÁ � ���

& È ¾:(�q./*'����$1�8�����8H/*1I®JT'�& 1I& � 8�¯:� Y b�f�d�v�c�f�d�u�s�pDf�p�qts�pHq�vef\|�s�qrimdRqt*Tvef�d�v�c�qrd�o�l�jmp�c�qrd�f�d�u�¹�º#»s�cB�m��ced�v�c f�d�fF|r��s�qtse� l ok?Afkg0o|fTB,D�­'Br¤��R|r� È mÁ E y ���E^¾ ��

& È1� (�q./*'����$1�8����8t/*1I�9p& 6�� FY8V�R���,qrz qrp�u(qts�pxl�qr����p�qrjmd{j���zXf ?^qrzXfF|�s�ceimz�ced^pDf\|�s�v�jml�c3fF|rjmd�i�U�f�l� mj�wRÅuRceo�ced�u�f�dRpÄo�f}l�p�qtfF| s���z�se�*\�j�°#��\M�%� ����uY_X=,w)��Bk¢�B È �(Á E y È(È ��E È ¾RÂ��

& È1� (�Q�& & I�& �%6Y/H1�8����HJ���8�/*1I��§�1�k�� �87L��*9:�4» imced�cel�fF| z�cep�b�j�u�f�o�oR|�qtvef��R|rcXp�j�p�b�c s�cBf�lDvxb�j��s�qrz q�|�f}l�qrp�qrcBs q~d�p�b�c7f}z qrd�jXfmvxqtuks�cB�(��ced�v�cBs j�� p�h3j o�l�jmp�c�qrd�se�M;���<�=�����>M?A=�����¢+� B È �  E y(¾m¾���ER¾ � ���

& È%� (�±�&%/*'+�F*1�8��!� ~p��8t/*1I����$5 6Y/*1*809r��¤V� K�z{o�l�j�wmcBu p�j^j}|�sT��jml��Rqrj�|rjmi�qtvefF|�s�cB�(��ced�v�cBs�v�jmz{o�f}l�qts�jmd�se�uY_X=ko ��  �%b%����\�o��%j l o�? ��¡ l \²�%D B È ���� E yRÁ�¾m¾m¾�E�Á�¾m¾ ���

& È �~(�~�F*�0& '���8�±.� Y jm��lDs uRck¹C��» uRcZ*�|rcBsXu�³ f}p�p�cedRp�cm��zcBvxb��l�ceo��y �f��,jmlDf�p�j}q~lxckuRcN��l�jm��f}�Rq�|�qrp ´cBsey1#dRqrwmcelDs�q~p ´c���f�l�qts�B�K7KDy È �6���

& È ~(p�+F*1�1 +/*6�& '�8T-.��3@��8K/*1I©q./* �1�8�9r� z3b�c£z{j�uR�R|tf�lXf�lxlDf�d�imcez{cedRp j��Äo�l�j(p�c�qrd�s{fms qrdR��cel�lxcBu��l�j(z f}d�fF|r��s�qts j���b�jmz{j�|rjmim�m�MuY_X=%b�fk?Ag l ok?Afkg0o|f�� B È ��¾ E ym¾ �(Á�E^¾ mÁ��

& ÁmÂ~(.�µ/ ��& '�67/*1�8H"}�*���K�|g+b�_X=kj�e,o�b�?�=%g�b�=�d�=%�K�Getb%�%b�?A=%g ����>@?�= �x={�%y�� Y b�f�o�zXf}dv¶ ¸4fF|�| y È � � �