An Introduction to BrainNavigator Ally Kim Account Development Manager, Elsevier Korea...

An Introduction to BrainNavigator

Ally KimAccount Development Manager, Elsevier Korea

[email protected]

View the brain like never before!View the brain like never before! Copyright © 2009 Elsevier Inc. All rights reserved. BrainNavigator is a trademark of Elsevier Inc.

Brain research ;

Rat, Mouse & other species’ Human Brain Research Brain Research Neuroscientist 의 궁극적인 목표 Human Brain 에 대한 이해 Human Brain Research 위해 Rat, Mouse 등 다른 종의 실험이 선행

ex) Weight : Rat brain (2 grams) < Human brain (3 pounds)

Structure : ≒ (very similar!)

Rat / Mouse Research 장점 : 상대적으로 다른 영장류 및 종에 비해 관리 및 구입 비용저렴 몸집이 작아 실험하기 편함

Rat / Mouse (Brain) Research 단점 : 몸집이 작아 probe/ electrode 를 정확한 위치에 실험하기 어려움 정확한 Slice, Injection, analyze 어려움 많은 시행착오가 따름 시간 / 비용 소비

Current Brain ResearchCurrent Brain Research


How Can It Help?How Can It Help?

BrainNavigator helps you view the brain like never before!

It’s like a GPS for the brain !

Your solution? BrainNavigator!

BrainNavigator = Brain Research 위한 GPS system!

Online Interactive 2D & 3D software

시행착오를 줄인다 : 실험하는 시간의 단축 , 연구 목표 달성 기간의 단축 , 비용 절감의 효과

정확한 예측 및 실험이 가능하다 : 2D 및 3D Simulation 을 이용한 정확도 높은 연구 가능

Save your time!Improve the quality of your research!


Brain Atlas ProgramBrain Atlas Program

RAT BRAIN MOUSE BRAIN

MONKEY BRAINHUMAN BRAIN

지난 30 여년간 Elsevier 에서는 George Paxinos, Charles Watson, Keith Franklin, Jürgen Mai, Michael Petrides 와 같은 저명한 학자들의 Brain 연구결과를 출판하며 Brain research tool 구축에 큰 공헌을 해왔습니다 .

BrainNavigator 는 기존의 flat atlas 에서 발전된 2-Dimensional atlas를 제공하게 되었습니다 . 이는 Neuroscientists 의 연구 생산성과 능률을 높이는데 큰 기여를 할 것으로 기대합니다 .

Rodent model 뿐만 아니라 , 향후 Primates / Human Brain model 을 제공하는 것을 목표로 하고 있습니다 .


Navigation Tools Synchronized side by side comparison viewer and zoom Common nomenclature across species Very high resolution images

Customization/ Personalization Tools My Workspace Peer collaboration Annotation

Lab Research Tools Interactive 3D models Viewing and integration of your own images and data Calibration of atlas to your own specimen Virtual slicing

Main User RequestsMain User Requests

기존의 flat atlas 이용자들이 필요로 했던 사항들


End-user 의 고민 결과 필요한 점

이리저리 떠도는 정보들

Link 불가능한 불확실한 자료들

의미없는 species 간 비교자료

2D 환경에서의 3D 재현

자료 공유 불가

내 자료와 기존 map 의 비교불가

저해상도

닳아버리는 print atlases

쌓여만가는 prints

시간소비

연구의 질 저하초래

잦은 실험 실패 , 비용 증가 및 좌절

연구 업적의 향상 실패

한가지 tool 에서 map 과 문서들을 확인

3D map

3D 로 미리 slice 하는 가상실험

자료의 저장 / 공유 가능한 tool 의 필요

내 자료와 기존 map 을 비교해 볼 수 있는 tool

고해상도 / 이미지 확대 및 축소기능

책 온라인

논문 작성 및 연구 자료에 넣을 이미지 ( 다운로드 )

Solves User ProblemsSolves User Problems

BrainNavigator 이점

연구 능률을 높이고 폭넓은 연구가 가능 ! 시간절약 낮은 실패율 Rat/Mouse 구매율 낮춤 비용 절약 실패에 따른 좌절 감소 연구 업적 향상 자료 공유 용이

이제 BrainNavigator 로

편리하게 !!!


CollaborationCollaboration

• Allen Institute for Brain Science : A non-profit medical research organization working to advance

brain research worldwide

Provides free publicly available resources that fuel discovery Includes Allen Mouse Brain Atlas—a genome-wide map of gene

expression in the mouse brain www.brain-map.org Created free Brain Explorer® 3D browser

• BrainNavigator 3D browser is based on Brain Explorer technology exchange

• BrainNavigator includes select free content

• Collaboration provides for navigation to Allen Mouse Brain Atlas

DemonstrationDemonstration


Main page : RegistrationMain page : Registration

www.brainnav.com


Species 선택 (Mouse or Rat)

확인하려는 brain structure 입력


Browse Atlas

Structure Browse : 검색단어 “ Hippocampus”

Image view option Image type option


Bregma- Coronal and Horizontal images 가능 (mm)( 예 ) Bregma 7.56 입력 -> 검색한 structure browse 중 7.56 이하의 결과 (brain image) 가 보임

Interaural- Coronal and Horizontal images 가능 (mm)

Lateral- Sagittal images 가능

Figure- Figure number 로 확인

Search for an image

Browse the image list

Browse Atlas


Bregma- Coronal and Horizontal images ONLY예 ) Bregma 7.65 입력 -> 7.65 이하 결과값 (image) 보임

Interaural- Coronal and Horizontal images ONLY

Lateral- Sagittal images ONLY

Figure- 검색 결과의 figure number 입력

Image view


Image type

Mixed Stains

Nissl Stains

AChE Stains


Click!Click 한 부분에 대한 정보


Zoom In & Out


Calibration 기능 : 나의 실험 모델을 직접 등록


기본 map

저장된 Calibration (Rat 1) 에 따라 달라지는 map 확인

Calibration ID : Rat 1


Add a note !

연구 내용과 관련된 detail information 을 기록할 수 있습니다 .

이메일 전송이 가능합니다 .


Structure

Structure 를 클릭하시면 아래와 같이 abbreviations 및 full name 이 나옵니다 .

확인을 원하는 약어를 클릭하시면 full name 과 함께 해당 부위가 표시됩니다 .


View section 에서 “ Stained Image” 를 클릭

Stain 된 brain structure 를 확인 가능

Zoom 100% 를 선택하시면 Cellular structure 를 자세히 확인 가능합니다 .


3D Navigator!


화면 위 tab 에서 “ 3D Navigator” 를 선택합니다 .

“3D Navigator” 를 이용하시기 위해 JAVA program 이 필요합니다 .

예 ) Local structure 에서 “ Hippocampal Region” 을 검색해봅시다 .


검색한 brain structure 의 3D 모형이 나타나며rotation/ manipulation 기능을 이용하실 수 있습니다 .

검색한 “ Hippocampal Region” 의 세부 13 개의 항목 또한 확인 가능합니다 .


원하는 세부 structure 를 클릭하시면 해당 부위는 노란색으로 표시되므로 특정 부위 3D 로의 확인이 가능합니다 .

( 예 : field CA1 of the hippocampus(CA1))field CA1 of the hippocampus(CA1)


Atlas menu 에서 “ coronal atlas image” 를 클릭합니다 .Plane 을 움직이시면 atlas image 의 figure/bregma/interaural정보가 자동으로 변환되어 확인이 가능합니다 .

Sagittal/Horizontal image 또한 확인이 가능합니다 .

좌우 이동 !


모든 check box 를 지우고 맨 위 옵션에 있는 “ brain” 을 클릭하시면 Rat/ Mouse 의 whole structure 확인이 가능합니다 .


Slice 두께 정도를 나타내는 “Slice thickness” 옵션에서 “Enable back clip” 0.1mm slice 하는 것을 추천해 드립니다 .

좌우 이동 !


Slicing Tool menu 를 선택하시면검색한 brain structure 의 3D slice 가 가능합니다 .

Coronal slicing 메뉴를 추천해드리며 Bregma 에서 얼마나 slicing 하는지 와 각도 및 Back clip 기능 또한 이용하실 수 있습니다 .

좌우 이동 !


Slicing control panel 에서는 bregma/ tilt sideways 정보를 입력 후 3D Simulation 을 확인하시기 바랍니다 .

Window 창의 x( 종료버튼 ) 를 클릭하시면 window 창이 닫히기 전 자료 저장이 가능합니다 .


Free Trial OfferFree Trial Offer

BrainNavigator !!!

무료 시범 사용을 원하시는 분은 연락 주시기 바랍니다 .

고객 서비스 ( 한국 ) email) [email protected]

Tel) 02-6714-3101


제품에 대한 문의사항은 아래 연락처 및 홈페이지를 참고하세요 .

[email protected]

Or visit www.brainnav.com/info

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