This  work  was  performed  as  a  part  of  the  Performance  Analysis  Workgroup  and  the  Discipline  Specific  User  Support  for  Chemistry  project  within  NOTUR.  

1  

Our  system,  a  very  successful  choice  of  name  –  a  bit  too  successful.  

2  

To  those  of  you  not  familiar  with  Gaussian.  

3  

56  atoms  Semi-­‐aromaOc  TransiOon  metal  Closed  electronic  shell    For  this  study,  we  used  a  rather  typical  problem  set  –  a  molecule  represenOng  a  typical  job  type  (geometry  opOmizaOon  using  DFT)  and  a  medium  sized  problem  (56  atoms,  one  transiOon  metal,  closed  electronic  shell  molecule).    

4  

In  the  Stallo  system  each  blade  enclosure  contains  one  Ethernet  and  one  Infiniband  switch  connecOng  the  16  nodes  within  the  enclosure  with  each  other.  The  Ethernet  switch  only  have  one  1  gigabit/second  uplink  shared  by  the  16  nodes  in  the  enclosure,  therefore  all  benchmarks  were  performed  within  one  blade  enclosure  to  prevent  arOficial  performance  differences  when  comparing  Ethernet  and  Infiniband  runs.    

5  

6  

7  

8  

9  

10  

We  also  exploit  the  specific  naming  of  “LindaWorkers”  in  the  Gaussian  output  for  IP  over  IB  and  IB  using  Rsockets  to  do  this  trick.    Acknowledgements:  Sean  Hedy,  INTEL  Corp,  implementor  of  the  Rsockets  library.  Roy  Dragseth,  UiT,  who  came  up  with  this  idea  and  implemented  it.  

11  

12  

PotenOal  saving  in  opOmal  case  is  7  mill  hrs  for  the  Stallo-­‐cluster.  

13  

14