Post on 07-Jan-2016
description
BIOSOPE – macro-particles
1- Scientific objectives
We are proposing two projects:
A- Estimation of the stock of particulate matter (PM) > 100 µm in the studied water column and the relationship between PM’s spatial pattern and the bio-physical data.
B- Estimation of the distribution and of the diversity of meso- and macrozooplankton. Relation between their size-dependent distribution and ecosystem state. NET SAMPLING.
Methods –ZOOSCAN and OPC for treatment of zooplankton
OPC
Triple net ZOOSCAN
1) Pour and distributethe sample in the cell
2) Digitize and analyze thepicture in one mouse click
3) Collect the sampleback without lost
or degradation
Easy 3 steps dataacquisition
<15 min
Image digitization
200 µm
20% of the whole image
Each picture is 17,500 x 7,000 pixels and contains hundreds of animals
Image analysis1 mm
010
0000
2500
00
total
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
24
68
AcartiaSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
46
810
14
CalyptopisSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.0
0.5
1.0
1.5
CavoliniaInflexa
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
510
1520
25
CentropagesSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
02
46
810
Chaetognathes
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
510
2030
CladoceransOthers
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
510
1520
ClausoParacalanus
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
3040
5060
70
Copepodit
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.5
1.0
1.5
Coryceidae
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.0
1.0
2.0
CreseisSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.2
0.6
1.0
1.4
EggOthers
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
12
34
5
EuterpinaSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.0
0.2
0.4
FishEgg
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.00
0.10
0.20
0.30
FishLarvay
janv. mai juil. sept. nov. janv.
05
1015
FritillariaSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
12
34
5
Hydrozoa
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
24
68
10
MolluskEggs
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
02
46
8
MolluskOthers
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.5
1.5
2.5
3.5
Mysis
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
05
1015
OikopleuraSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
1020
3040
OithonaSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
020
4060
PeniliaSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
02
46
8
Pluteus
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
2040
6080
reject
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
12
34
5
Salp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
02
46
812
SiphonoCali
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.0
1.0
2.0
SiphonoPhyso
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
46
810
12
TemoraSp
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
0.5
1.5
2.5
3.5
Zoe
y
janv. mai juil. sept. nov. janv.
Size distribution (or temporal evolution) of the different faunistical groups determined by the ZOOSCAN
3- Sampling needs
Dig-UVP will be mounted on the CTD (hopefully)we need a dry lab place for a large desktop computer, printer and a laptop computer
Zooplankton net sampling – according to the schedulewe need a storage place for the fixed samplespreservative = buffered formaldehyde
Zooscan/OPC – the treatments will be carried out in France
Results50
6070
8090
Methods accuracies and timings (8 external samples)
accu
racy
(%)
5060
7080
90
lda qda mda fda knn lvq tree rpar bagg db.l db.k rfor svm nnet dvf
lda qda mda fda knn lvq tree rpar bagg db.l db.k rfor svm nnet dvf
time
to p
redi
ct 1
0,00
0 ite
ms
(sec
)
05
1015
2025
05
1015
2025
• 15 methods tested and compared
• Recognition accuracies higher than 80% are difficult to obtain
• Our new method (dvf, discriminant vector forest) is both efficient and reasonably fast